forester/java/src/org/forester/protein/ProteinId.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.protein;
  28
  29 import org.forester.util.ForesterUtil;
  30
  31 public class ProteinId implements Comparable<ProteinId> {
  32
  33     final private String _id;
  34
  35     public ProteinId( final String id ) {
  36         if ( ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
  37             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create new protein id from empty or null string" );
  38         }
  39         _id = id.trim();
  40     }
  41
  42     @Override
  43     public int compareTo( final ProteinId protein_id ) {
  44         if ( this == protein_id ) {
  45             return 0;
  46         }
  47         return getId().toLowerCase().compareTo( protein_id.getId().toLowerCase() );
  48     }
  49
  50     @Override
  51     public boolean equals( final Object o ) {
  52         if ( this == o ) {
  53             return true;
  54         }
  55         else if ( o == null ) {
  56             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check protein id equality to null" );
  57         }
  58         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
  59             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check protein id equality to " + o + " [" + o.getClass()
  60                                                 + "]" );
  61         }
  62         else {
  63             return getId().equals( ( ( ProteinId ) o ).getId() );
  64         }
  65     }
  66
  67     public String getId() {
  68         return _id;
  69     }
  70
  71     @Override
  72     public int hashCode() {
  73         return getId().hashCode();
  74     }
  75
  76     @Override
  77     public String toString() {
  78         return getId();
  79     }
  80 }