forester/java/src/org/forester/rio/TestRIO.java

   1
   2 package org.forester.rio;
   3
   4 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
   5 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
   6 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   7 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
   8 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField;
   9 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  10 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  11 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  12 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  13 import org.forester.util.ForesterUtil;
  14
  15 public final class TestRIO {
  16
  17     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  18                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  19
  20     public static boolean test() {
  21         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  22             return false;
  23         }
  24         return true;
  25     }
  26
  27     private static boolean testRIO_GSDIR() {
  28         try {
  29             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  30             final NHXParser nhx = new NHXParser();
  31             nhx.setReplaceUnderscores( false );
  32             nhx.setIgnoreQuotes( true );
  33             nhx.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
  34             final String gene_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);"
  35                     + "((((MOUSE,RAT),HUMAN),(ARATH,YEAST)),CAEEL);" + "((MOUSE,RAT),(((ARATH,YEAST),CAEEL),HUMAN));"
  36                     + "(((((MOUSE,HUMAN),RAT),CAEEL),YEAST),ARATH);" + "((((HUMAN,MOUSE),RAT),(ARATH,YEAST)),CAEEL);";
  37             final Phylogeny[] gene_trees_1 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  38             final String species_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  39             final Phylogeny species_tree_1 = factory.create( species_trees_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  40             species_tree_1.setRooted( true );
  41             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_1, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  42             //Archaeopteryx.createApplication( species_trees_1 );
  43             RIO rio = new RIO( gene_trees_1, species_tree_1, ALGORITHM.GSDIR, true, false );
  44             if ( rio.getAnalyzedGeneTrees().length != 5 ) {
  45                 return false;
  46             }
  47             if ( rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
  48                 return false;
  49             }
  50             if ( rio.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
  51                 return false;
  52             }
  53             if ( rio.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
  54                 return false;
  55             }
  56             IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
  57             // System.out.println( m.toString() );
  58             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  59                 return false;
  60             }
  61             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  62                 return false;
  63             }
  64             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  65                 return false;
  66             }
  67             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  68                 return false;
  69             }
  70             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,3,3,5,5" ) ) {
  71                 return false;
  72             }
  73             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  74                 return false;
  75             }
  76             //
  77             final Phylogeny[] gene_trees_2 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  78             final String species_trees_2_str = "((((MOUSE,RAT,HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  79             final Phylogeny species_tree_2 = factory.create( species_trees_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  80             species_tree_2.setRooted( true );
  81             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_2, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  82             rio = new RIO( gene_trees_2, species_tree_2, ALGORITHM.GSDIR, true, false );
  83             m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
  84             // System.out.println( m.toString() );
  85             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  86                 return false;
  87             }
  88             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  89                 return false;
  90             }
  91             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  92                 return false;
  93             }
  94             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  95                 return false;
  96             }
  97             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  98                 return false;
  99             }
 100             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 101                 return false;
 102             }
 103         }
 104         catch ( final Exception e ) {
 105             e.printStackTrace( System.out );
 106             return false;
 107         }
 108         return true;
 109     }
 110
 111     public static void main( final String[] args ) {
 112         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
 113             System.out.println( "testRIO GSDIR failed" );
 114         }
 115         else {
 116             System.out.println( "OK" );
 117         }
 118     }
 119 }