forester/java/src/org/forester/rio/TestRIO.java

   1
   2 package org.forester.rio;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
   7 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  10 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField;
  11 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  12 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  13 import org.forester.rio.RIO.REROOTING;
  14 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  15 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  16 import org.forester.util.ForesterUtil;
  17
  18 public final class TestRIO {
  19
  20     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  21                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  22
  23     public static void main( final String[] args ) {
  24         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  25             System.out.println( "testRIO GSDIR failed" );
  26         }
  27         if ( !testRIO_GSDIR_Iterating() ) {
  28             System.out.println( "testRIO GSDIR iterating failed" );
  29         }
  30         else {
  31             System.out.println( "OK" );
  32         }
  33     }
  34
  35     public static boolean test() {
  36         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  37             return false;
  38         }
  39         if ( !testRIO_GSDIR_Iterating() ) {
  40             return false;
  41         }
  42         return true;
  43     }
  44
  45     private static boolean testRIO_GSDIR_Iterating() {
  46         try {
  47             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  48             final NHXParser nhx = new NHXParser();
  49             nhx.setReplaceUnderscores( false );
  50             nhx.setIgnoreQuotes( true );
  51             nhx.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
  52             final String gene_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);"
  53                     + "((((MOUSE,RAT),HUMAN),(ARATH,YEAST)),CAEEL);" + "((MOUSE,RAT),(((ARATH,YEAST),CAEEL),HUMAN));"
  54                     + "(((((MOUSE,HUMAN),RAT),CAEEL),YEAST),ARATH);" + "((((HUMAN,MOUSE),RAT),(ARATH,YEAST)),CAEEL);";
  55             nhx.setSource( gene_trees_1_str );
  56             final String species_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  57             final Phylogeny species_tree_1 = factory.create( species_trees_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  58             species_tree_1.setRooted( true );
  59             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_1, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  60             //Archaeopteryx.createApplication( species_trees_1 );
  61             RIO rio = RIO.executeAnalysis( nhx,
  62                                            species_tree_1,
  63                                            ALGORITHM.GSDIR,
  64                                            REROOTING.BY_ALGORITHM,
  65                                            "",
  66                                            true,
  67                                            false );
  68             //if ( rio.getAnalyzedGeneTrees().length != 5 ) {
  69             //    return false;
  70             //}
  71             if ( rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
  72                 return false;
  73             }
  74             if ( rio.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
  75                 return false;
  76             }
  77             if ( rio.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
  78                 return false;
  79             }
  80             IntMatrix m = rio.getOrthologTable();
  81             //System.out.println( m.toString() );
  82             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  83                 return false;
  84             }
  85             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  86                 return false;
  87             }
  88             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  89                 return false;
  90             }
  91             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  92                 return false;
  93             }
  94             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,3,3,5,5" ) ) {
  95                 return false;
  96             }
  97             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  98                 return false;
  99             }
 100             //
 101             final String species_trees_2_str = "((((MOUSE,RAT,HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
 102             final Phylogeny species_tree_2 = factory.create( species_trees_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
 103             species_tree_2.setRooted( true );
 104             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_2, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
 105             rio = RIO.executeAnalysis( nhx, species_tree_2, ALGORITHM.GSDIR, REROOTING.BY_ALGORITHM, "", true, false );
 106             m = rio.getOrthologTable();
 107             // System.out.println( m.toString() );
 108             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 109                 return false;
 110             }
 111             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 112                 return false;
 113             }
 114             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 115                 return false;
 116             }
 117             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 118                 return false;
 119             }
 120             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 121                 return false;
 122             }
 123             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 124                 return false;
 125             }
 126         }
 127         catch ( final Exception e ) {
 128             e.printStackTrace( System.out );
 129             return false;
 130         }
 131         return true;
 132     }
 133
 134     private static boolean testRIO_GSDIR() {
 135         try {
 136             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 137             final NHXParser nhx = new NHXParser();
 138             nhx.setReplaceUnderscores( false );
 139             nhx.setIgnoreQuotes( true );
 140             nhx.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
 141             final String gene_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);"
 142                     + "((((MOUSE,RAT),HUMAN),(ARATH,YEAST)),CAEEL);" + "((MOUSE,RAT),(((ARATH,YEAST),CAEEL),HUMAN));"
 143                     + "(((((MOUSE,HUMAN),RAT),CAEEL),YEAST),ARATH);" + "((((HUMAN,MOUSE),RAT),(ARATH,YEAST)),CAEEL);";
 144             final Phylogeny[] gene_trees_1 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
 145             final String species_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
 146             final Phylogeny species_tree_1 = factory.create( species_trees_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
 147             species_tree_1.setRooted( true );
 148             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_1, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
 149             //Archaeopteryx.createApplication( species_trees_1 );
 150             RIO rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_1,
 151                                            species_tree_1,
 152                                            ALGORITHM.GSDIR,
 153                                            REROOTING.BY_ALGORITHM,
 154                                            "",
 155                                            true,
 156                                            false );
 157             if ( rio.getAnalyzedGeneTrees().length != 5 ) {
 158                 return false;
 159             }
 160             if ( rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 161                 return false;
 162             }
 163             if ( rio.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( rio.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 170             // System.out.println( m.toString() );
 171             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 172                 return false;
 173             }
 174             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 175                 return false;
 176             }
 177             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,3,5" ) ) {
 178                 return false;
 179             }
 180             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,3,5" ) ) {
 181                 return false;
 182             }
 183             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,3,3,5,5" ) ) {
 184                 return false;
 185             }
 186             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             //
 190             final Phylogeny[] gene_trees_2 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
 191             final String species_trees_2_str = "((((MOUSE,RAT,HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
 192             final Phylogeny species_tree_2 = factory.create( species_trees_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
 193             species_tree_2.setRooted( true );
 194             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_2, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
 195             rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_2, species_tree_2 );
 196             m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 197             // System.out.println( m.toString() );
 198             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 202                 return false;
 203             }
 204             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 205                 return false;
 206             }
 207             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 208                 return false;
 209             }
 210             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 211                 return false;
 212             }
 213             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 214                 return false;
 215             }
 216             //
 217             RIO r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode.run1.t" ),
 218                                           new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 219                                           ALGORITHM.GSDIR,
 220                                           REROOTING.BY_ALGORITHM,
 221                                           "",
 222                                           -1,
 223                                           -1,
 224                                           true,
 225                                           false );
 226             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 227                 return false;
 228             }
 229             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 230                 return false;
 231             }
 232             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 233                 return false;
 234             }
 235             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 236                 return false;
 237             }
 238             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 245             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_NEMVE,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 246                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 247                 return false;
 248             }
 249             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 250                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 251                 return false;
 252             }
 253             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_MOUSE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 254                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 255                 return false;
 256             }
 257             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_CIOSA,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 258                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 259                 return false;
 260             }
 261             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 262                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 266                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 267                 return false;
 268             }
 269             //
 270             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxid.run1.t" ),
 271                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 272                                       ALGORITHM.GSDIR,
 273                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 274                                       "",
 275                                       -1,
 276                                       -1,
 277                                       true,
 278                                       false );
 279             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.ID ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 286                 return false;
 287             }
 288             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 289                 return false;
 290             }
 291             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 292                 return false;
 293             }
 294             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 295                 return false;
 296             }
 297             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 298             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_45351,201,200,201,200,200,200" ) ) {
 299                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 300                 return false;
 301             }
 302             //mouse
 303             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_10090,200,201,200,201,201,43" ) ) {
 304                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 305                 return false;
 306             }
 307             //human
 308             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_9606,201,200,201,200,200,43" ) ) {
 309                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 310                 return false;
 311             }
 312             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_51511,200,201,200,201,201,201" ) ) {
 313                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 314                 return false;
 315             }
 316             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_7955,200,201,200,201,201,43" ) ) {
 317                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 318                 return false;
 319             }
 320             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_8364,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 321                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 322                 return false;
 323             }
 324             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 325                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 326                                       ALGORITHM.GSDIR,
 327                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 328                                       "",
 329                                       -1,
 330                                       -1,
 331                                       true,
 332                                       false );
 333             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 340                 return false;
 341             }
 342             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 343                 return false;
 344             }
 345             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 346                 return false;
 347             }
 348             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 349                 return false;
 350             }
 351             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 352             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 353                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 354                 return false;
 355             }
 356             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 357                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 358                 return false;
 359             }
 360             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 361                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 362                 return false;
 363             }
 364             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 365                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 366                 return false;
 367             }
 368             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 369                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 370                 return false;
 371             }
 372             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 373                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 374                 return false;
 375             }
 376             //
 377             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 378                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 379                                       ALGORITHM.GSDIR,
 380                                       REROOTING.MIDPOINT,
 381                                       "",
 382                                       -1,
 383                                       -1,
 384                                       true,
 385                                       false );
 386             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 390                 return false;
 391             }
 392             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 393                 return false;
 394             }
 395             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 396                 return false;
 397             }
 398             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 2 ) {
 402                 return false;
 403             }
 404             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 405             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,94,93,160,93,93" ) ) {
 406                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 407                 return false;
 408             }
 409             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,94,201,200,53,200,43" ) ) {
 410                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 411                 return false;
 412             }
 413             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,93,200,201,53,201,43" ) ) {
 414                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 415                 return false;
 416             }
 417             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,160,53,53,201,53,53" ) ) {
 418                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 419                 return false;
 420             }
 421             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,93,200,201,53,201,43" ) ) {
 422                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,93,43,43,53,43,201" ) ) {
 426                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 427                 return false;
 428             }
 429             //
 430             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 431                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 432                                       ALGORITHM.GSDIR,
 433                                       REROOTING.OUTGROUP,
 434                                       "H2ZH97_Ciona_savignyi",
 435                                       -1,
 436                                       -1,
 437                                       true,
 438                                       false );
 439             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 440                 return false;
 441             }
 442             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 443                 return false;
 444             }
 445             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 446                 return false;
 447             }
 448             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 449                 return false;
 450             }
 451             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 2 ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 458             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,201,200,0,200,200" ) ) {
 459                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 460                 return false;
 461             }
 462             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,201,201,200,0,200,43" ) ) {
 463                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 464                 return false;
 465             }
 466             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,200,200,201,0,201,43" ) ) {
 467                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 468                 return false;
 469             }
 470             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,0,0,0,201,0,0" ) ) {
 471                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,200,200,201,0,201,43" ) ) {
 475                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 476                 return false;
 477             }
 478             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,200,43,43,0,43,201" ) ) {
 479                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 480                 return false;
 481             }
 482             //
 483             //
 484             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 485                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 486                                       ALGORITHM.GSDIR,
 487                                       REROOTING.NONE,
 488                                       null,
 489                                       10,
 490                                       19,
 491                                       true,
 492                                       false );
 493             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 10 ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 503                 return false;
 504             }
 505             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 506                 return false;
 507             }
 508             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 4 ) {
 509                 return false;
 510             }
 511             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 512             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,10,0,0,10,0,0" ) ) {
 513                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 514                 return false;
 515             }
 516             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,0,10,0,0,0,0" ) ) {
 517                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 518                 return false;
 519             }
 520             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,0,0,10,0,0,0" ) ) {
 521                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 522                 return false;
 523             }
 524             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,10,0,0,10,0,0" ) ) {
 525                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 526                 return false;
 527             }
 528             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,0,0,0,0,10,0" ) ) {
 529                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 530                 return false;
 531             }
 532             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,0,0,0,0,0,10" ) ) {
 533                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 534                 return false;
 535             }
 536             //
 537             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode_1.run1.t" ),
 538                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 539                                       ALGORITHM.GSDIR,
 540                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 541                                       "",
 542                                       -1,
 543                                       -1,
 544                                       true,
 545                                       false );
 546             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 547                 return false;
 548             }
 549             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 550                 return false;
 551             }
 552             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 3 ) {
 553                 return false;
 554             }
 555             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 2 ) {
 556                 return false;
 557             }
 558             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
 559                 return false;
 560             }
 561             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 0 ) {
 562                 return false;
 563             }
 564             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 565             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN,201,201,201" ) ) {
 566                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 567                 return false;
 568             }
 569             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE,201,201,201" ) ) {
 570                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 571                 return false;
 572             }
 573             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR,201,201,201" ) ) {
 574                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 575                 return false;
 576             }
 577             //
 578             //
 579             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode_2.run1.t" ),
 580                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 581                                       ALGORITHM.GSDIR,
 582                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 583                                       "",
 584                                       -1,
 585                                       -1,
 586                                       true,
 587                                       false );
 588             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 589                 return false;
 590             }
 591             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 592                 return false;
 593             }
 594             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 595                 return false;
 596             }
 597             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 598                 return false;
 599             }
 600             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 601                 return false;
 602             }
 603             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 604                 return false;
 605             }
 606             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 607             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_NEMVE&1,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 608                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 609                 return false;
 610             }
 611             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN+,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 612                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 613                 return false;
 614             }
 615             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_MOUSE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 616                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 617                 return false;
 618             }
 619             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "CIOSA,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 620                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 621                 return false;
 622             }
 623             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE/12-45,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 624                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 625                 return false;
 626             }
 627             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR-LOUSE,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 628                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 629                 return false;
 630             }
 631             //
 632         }
 633         catch ( final Exception e ) {
 634             e.printStackTrace( System.out );
 635             return false;
 636         }
 637         return true;
 638     }
 639 }