forester/java/src/org/forester/rio/TestRIO.java

   1
   2 package org.forester.rio;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
   7 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  10 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField;
  11 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  12 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  13 import org.forester.rio.RIO.REROOTING;
  14 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  15 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  16 import org.forester.util.ForesterUtil;
  17
  18 public final class TestRIO {
  19
  20     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  21                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  22
  23     public static void main( final String[] args ) {
  24         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  25             System.out.println( "testRIO GSDIR failed" );
  26         }
  27         else {
  28             System.out.println( "OK" );
  29         }
  30     }
  31
  32     public static boolean test() {
  33         if ( !testRIO_GSDIR() ) {
  34             return false;
  35         }
  36         return true;
  37     }
  38
  39     private static boolean testRIO_GSDIR() {
  40         try {
  41             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  42             final NHXParser nhx = new NHXParser();
  43             nhx.setReplaceUnderscores( false );
  44             nhx.setIgnoreQuotes( true );
  45             nhx.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
  46             final String gene_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);"
  47                     + "((((MOUSE,RAT),HUMAN),(ARATH,YEAST)),CAEEL);" + "((MOUSE,RAT),(((ARATH,YEAST),CAEEL),HUMAN));"
  48                     + "(((((MOUSE,HUMAN),RAT),CAEEL),YEAST),ARATH);" + "((((HUMAN,MOUSE),RAT),(ARATH,YEAST)),CAEEL);";
  49             final Phylogeny[] gene_trees_1 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  50             final String species_trees_1_str = "(((((MOUSE,RAT),HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  51             final Phylogeny species_tree_1 = factory.create( species_trees_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  52             species_tree_1.setRooted( true );
  53             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_1, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
  54             //Archaeopteryx.createApplication( species_trees_1 );
  55             RIO rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_1,
  56                                            species_tree_1,
  57                                            ALGORITHM.GSDIR,
  58                                            REROOTING.BY_ALGORITHM,
  59                                            "",
  60                                            true,
  61                                            false );
  62             if ( rio.getAnalyzedGeneTrees().length != 5 ) {
  63                 return false;
  64             }
  65             if ( rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
  66                 return false;
  67             }
  68             if ( rio.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
  69                 return false;
  70             }
  71             if ( rio.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
  72                 return false;
  73             }
  74             IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
  75             // System.out.println( m.toString() );
  76             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  77                 return false;
  78             }
  79             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  80                 return false;
  81             }
  82             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  83                 return false;
  84             }
  85             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,3,5" ) ) {
  86                 return false;
  87             }
  88             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,3,3,5,5" ) ) {
  89                 return false;
  90             }
  91             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
  92                 return false;
  93             }
  94             //
  95             final Phylogeny[] gene_trees_2 = factory.create( gene_trees_1_str, nhx );
  96             final String species_trees_2_str = "((((MOUSE,RAT,HUMAN),CAEEL),YEAST),ARATH);";
  97             final Phylogeny species_tree_2 = factory.create( species_trees_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  98             species_tree_2.setRooted( true );
  99             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( species_tree_2, PhylogenyNodeField.TAXONOMY_CODE, true );
 100             rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_2, species_tree_2 );
 101             m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 102             // System.out.println( m.toString() );
 103             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "ARATH,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 104                 return false;
 105             }
 106             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "CAEEL,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 107                 return false;
 108             }
 109             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "HUMAN,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 110                 return false;
 111             }
 112             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "MOUSE,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 113                 return false;
 114             }
 115             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "RAT,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 116                 return false;
 117             }
 118             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "YEAST,5,5,5,5,5,5" ) ) {
 119                 return false;
 120             }
 121             //
 122             RIO r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode.run1.t" ),
 123                                           new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 124                                           ALGORITHM.GSDIR,
 125                                           REROOTING.BY_ALGORITHM,
 126                                           "",
 127                                           -1,
 128                                           -1,
 129                                           true,
 130                                           false );
 131             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 132                 return false;
 133             }
 134             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 135                 return false;
 136             }
 137             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 138                 return false;
 139             }
 140             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 141                 return false;
 142             }
 143             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 144                 return false;
 145             }
 146             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 147                 return false;
 148             }
 149             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 150             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_NEMVE,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 151                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 152                 return false;
 153             }
 154             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 155                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 156                 return false;
 157             }
 158             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_MOUSE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 159                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 160                 return false;
 161             }
 162             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_CIOSA,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 163                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 167                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 168                 return false;
 169             }
 170             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 171                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 172                 return false;
 173             }
 174             //
 175             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxid.run1.t" ),
 176                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 177                                       ALGORITHM.GSDIR,
 178                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 179                                       "",
 180                                       -1,
 181                                       -1,
 182                                       true,
 183                                       false );
 184             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.ID ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 194                 return false;
 195             }
 196             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 197                 return false;
 198             }
 199             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 200                 return false;
 201             }
 202             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 203             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_45351,201,200,201,200,200,200" ) ) {
 204                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 205                 return false;
 206             }
 207             //mouse
 208             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_10090,200,201,200,201,201,43" ) ) {
 209                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 210                 return false;
 211             }
 212             //human
 213             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_9606,201,200,201,200,200,43" ) ) {
 214                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_51511,200,201,200,201,201,201" ) ) {
 218                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 219                 return false;
 220             }
 221             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_7955,200,201,200,201,201,43" ) ) {
 222                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 223                 return false;
 224             }
 225             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_8364,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 226                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 227                 return false;
 228             }
 229             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 230                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 231                                       ALGORITHM.GSDIR,
 232                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 233                                       "",
 234                                       -1,
 235                                       -1,
 236                                       true,
 237                                       false );
 238             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 251                 return false;
 252             }
 253             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 254                 return false;
 255             }
 256             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 257             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 258                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 259                 return false;
 260             }
 261             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 262                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 266                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 270                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 274                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 275                 return false;
 276             }
 277             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 278                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 279                 return false;
 280             }
 281             //
 282             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 283                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 284                                       ALGORITHM.GSDIR,
 285                                       REROOTING.MIDPOINT,
 286                                       "",
 287                                       -1,
 288                                       -1,
 289                                       true,
 290                                       false );
 291             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 292                 return false;
 293             }
 294             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 295                 return false;
 296             }
 297             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 298                 return false;
 299             }
 300             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 301                 return false;
 302             }
 303             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 304                 return false;
 305             }
 306             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 2 ) {
 307                 return false;
 308             }
 309             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 310             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,94,93,160,93,93" ) ) {
 311                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 312                 return false;
 313             }
 314             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,94,201,200,53,200,43" ) ) {
 315                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 316                 return false;
 317             }
 318             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,93,200,201,53,201,43" ) ) {
 319                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,160,53,53,201,53,53" ) ) {
 323                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 324                 return false;
 325             }
 326             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,93,200,201,53,201,43" ) ) {
 327                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,93,43,43,53,43,201" ) ) {
 331                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 332                 return false;
 333             }
 334             //
 335             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 336                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 337                                       ALGORITHM.GSDIR,
 338                                       REROOTING.OUTGROUP,
 339                                       "H2ZH97_Ciona_savignyi",
 340                                       -1,
 341                                       -1,
 342                                       true,
 343                                       false );
 344             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 345                 return false;
 346             }
 347             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 348                 return false;
 349             }
 350             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 354                 return false;
 355             }
 356             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 357                 return false;
 358             }
 359             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 2 ) {
 360                 return false;
 361             }
 362             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 363             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,201,201,200,0,200,200" ) ) {
 364                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 365                 return false;
 366             }
 367             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,201,201,200,0,200,43" ) ) {
 368                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 369                 return false;
 370             }
 371             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,200,200,201,0,201,43" ) ) {
 372                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 373                 return false;
 374             }
 375             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,0,0,0,201,0,0" ) ) {
 376                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,200,200,201,0,201,43" ) ) {
 380                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 381                 return false;
 382             }
 383             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,200,43,43,0,43,201" ) ) {
 384                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 385                 return false;
 386             }
 387             //
 388             //
 389             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
 390                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 391                                       ALGORITHM.GSDIR,
 392                                       REROOTING.NONE,
 393                                       null,
 394                                       10,
 395                                       19,
 396                                       true,
 397                                       false );
 398             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 10 ) {
 402                 return false;
 403             }
 404             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 405                 return false;
 406             }
 407             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 408                 return false;
 409             }
 410             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 411                 return false;
 412             }
 413             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 4 ) {
 414                 return false;
 415             }
 416             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 417             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,10,0,0,10,0,0" ) ) {
 418                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 419                 return false;
 420             }
 421             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,0,10,0,0,0,0" ) ) {
 422                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,0,0,10,0,0,0" ) ) {
 426                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 427                 return false;
 428             }
 429             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,10,0,0,10,0,0" ) ) {
 430                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 431                 return false;
 432             }
 433             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,0,0,0,0,10,0" ) ) {
 434                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 435                 return false;
 436             }
 437             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,0,0,0,0,0,10" ) ) {
 438                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 439                 return false;
 440             }
 441             //
 442             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode_1.run1.t" ),
 443                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 444                                       ALGORITHM.GSDIR,
 445                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 446                                       "",
 447                                       -1,
 448                                       -1,
 449                                       true,
 450                                       false );
 451             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 3 ) {
 458                 return false;
 459             }
 460             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 2 ) {
 461                 return false;
 462             }
 463             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
 464                 return false;
 465             }
 466             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 0 ) {
 467                 return false;
 468             }
 469             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 470             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN,201,201,201" ) ) {
 471                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE,201,201,201" ) ) {
 475                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 476                 return false;
 477             }
 478             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR,201,201,201" ) ) {
 479                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 480                 return false;
 481             }
 482             //
 483             //
 484             r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode_2.run1.t" ),
 485                                       new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
 486                                       ALGORITHM.GSDIR,
 487                                       REROOTING.BY_ALGORITHM,
 488                                       "",
 489                                       -1,
 490                                       -1,
 491                                       true,
 492                                       false );
 493             if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
 503                 return false;
 504             }
 505             if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
 506                 return false;
 507             }
 508             if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 1 ) {
 509                 return false;
 510             }
 511             m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 512             if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_NEMVE&1,201,201,200,200,200,200" ) ) {
 513                 System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
 514                 return false;
 515             }
 516             if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN+,201,201,200,200,200,43" ) ) {
 517                 System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
 518                 return false;
 519             }
 520             if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_MOUSE,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 521                 System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
 522                 return false;
 523             }
 524             if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "CIOSA,200,200,201,201,201,201" ) ) {
 525                 System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
 526                 return false;
 527             }
 528             if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE/12-45,200,200,201,201,201,43" ) ) {
 529                 System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
 530                 return false;
 531             }
 532             if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR-LOUSE,200,43,43,201,43,201" ) ) {
 533                 System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
 534                 return false;
 535             }
 536             //
 537         }
 538         catch ( final Exception e ) {
 539             e.printStackTrace( System.out );
 540             return false;
 541         }
 542         return true;
 543     }
 544 }