forester/java/src/org/forester/sdi/GSDIR.java

   1 // $Id:\r
   2 // FORESTER -- software libraries and applications\r
   3 // for evolutionary biology research and applications.\r
   4 //\r
   5 // Copyright (C) 2008-2013 Christian M. Zmasek\r
   6 // All rights reserved\r
   7 //\r
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or\r
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public\r
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either\r
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.\r
  12 //\r
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,\r
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU\r
  16 // Lesser General Public License for more details.\r
  17 //\r
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public\r
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software\r
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA\r
  21 //\r
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com\r
  23 // WWW: www.phylosoft.org\r
  24 \r
  25 package org.forester.sdi;\r
  26 \r
  27 import java.util.ArrayList;\r
  28 import java.util.List;\r
  29 \r
  30 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;\r
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;\r
  32 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;\r
  33 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;\r
  34 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;\r
  35 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;\r
  36 \r
  37 public class GSDIR extends GSDI {\r
  38 \r
  39     private int                              _min_duplications_sum;\r
  40     private final BasicDescriptiveStatistics _duplications_sum_stats;\r
  41     private final List<Phylogeny>            _min_duplications_sum_gene_trees;\r
  42 \r
  43     public GSDIR( final Phylogeny gene_tree,\r
  44                   final Phylogeny species_tree,\r
  45                   final boolean strip_gene_tree,\r
  46                   final boolean strip_species_tree ) throws SDIException {\r
  47         super( gene_tree.copy(), species_tree, strip_gene_tree );\r
  48         linkNodesOfG( null, strip_gene_tree, strip_species_tree );\r
  49         final List<PhylogenyBranch> gene_tree_branches_post_order = new ArrayList<PhylogenyBranch>();\r
  50         for( final PhylogenyNodeIterator it = _gene_tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {\r
  51             final PhylogenyNode n = it.next();\r
  52             if ( !n.isRoot() ) {\r
  53                 gene_tree_branches_post_order.add( new PhylogenyBranch( n, n.getParent() ) );\r
  54             }\r
  55         }\r
  56         _min_duplications_sum = Integer.MAX_VALUE;\r
  57         _min_duplications_sum_gene_trees = new ArrayList<Phylogeny>();\r
  58         _duplications_sum_stats = new BasicDescriptiveStatistics();\r
  59         for( final PhylogenyBranch branch : gene_tree_branches_post_order ) {\r
  60             _duplications_sum = 0;\r
  61             _speciations_sum = 0;\r
  62             _gene_tree.reRoot( branch );\r
  63             PhylogenyMethods.preOrderReId( getSpeciesTree() );\r
  64             //TEST, remove later\r
  65             for( final PhylogenyNodeIterator it = _gene_tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {\r
  66                 final PhylogenyNode g = it.next();\r
  67                 if ( g.isInternal() ) {\r
  68                     g.setLink( null );\r
  69                 }\r
  70             }\r
  71             geneTreePostOrderTraversal();\r
  72             if ( _duplications_sum < _min_duplications_sum ) {\r
  73                 _min_duplications_sum = _duplications_sum;\r
  74                 _min_duplications_sum_gene_trees.clear();\r
  75                 _min_duplications_sum_gene_trees.add( getGeneTree().copy() );\r
  76             }\r
  77             else if ( _duplications_sum == _min_duplications_sum ) {\r
  78                 _min_duplications_sum_gene_trees.add( getGeneTree().copy() );\r
  79             }\r
  80             _duplications_sum_stats.addValue( _duplications_sum );\r
  81         }\r
  82         //System.out.println( _duplications_sum_stats.getSummaryAsString() );\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public int getMinDuplicationsSum() {\r
  86         return _min_duplications_sum;\r
  87     }\r
  88 \r
  89     public List<Phylogeny> getMinDuplicationsSumGeneTrees() {\r
  90         return _min_duplications_sum_gene_trees;\r
  91     }\r
  92 \r
  93     public BasicDescriptiveStatistics getDuplicationsSumStats() {\r
  94         return _duplications_sum_stats;\r
  95     }\r
  96 }\r