forester/java/src/org/forester/sdi/NodesLinkingResult.java

   1
   2 package org.forester.sdi;
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashSet;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Set;
   8 import java.util.SortedSet;
   9 import java.util.TreeSet;
  10
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  13
  14 final class NodesLinkingResult {
  15
  16     private final List<PhylogenyNode> _stripped_gene_tree_nodes;
  17     private final List<PhylogenyNode> _stripped_species_tree_nodes;
  18     private final Set<PhylogenyNode>  _mapped_species_tree_nodes;
  19     private TaxonomyComparisonBase    _tax_comp_base;
  20     private final SortedSet<String>   _scientific_names_mapped_to_reduced_specificity;
  21
  22     NodesLinkingResult() {
  23         _stripped_gene_tree_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
  24         _stripped_species_tree_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
  25         _mapped_species_tree_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
  26         _scientific_names_mapped_to_reduced_specificity = new TreeSet<String>();
  27         _tax_comp_base = null;
  28     }
  29
  30     final Set<PhylogenyNode> getMappedSpeciesTreeNodes() {
  31         return _mapped_species_tree_nodes;
  32     }
  33
  34     final SortedSet<String> getScientificNamesMappedToReducedSpecificity() {
  35         return _scientific_names_mapped_to_reduced_specificity;
  36     }
  37
  38     final List<PhylogenyNode> getStrippedGeneTreeNodes() {
  39         return _stripped_gene_tree_nodes;
  40     }
  41
  42     final List<PhylogenyNode> getStrippedSpeciesTreeNodes() {
  43         return _stripped_species_tree_nodes;
  44     }
  45
  46     final TaxonomyComparisonBase getTaxCompBase() {
  47         return _tax_comp_base;
  48     }
  49
  50     final void setTaxCompBase( final TaxonomyComparisonBase tax_comp_base ) {
  51         _tax_comp_base = tax_comp_base;
  52     }
  53 }