forester/java/src/org/forester/sdi/TaxonomyAssigner.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  29 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  30 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  31 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  32
  33 public class TaxonomyAssigner extends SDI {
  34
  35     public TaxonomyAssigner( final Phylogeny gene_tree, final Phylogeny species_tree ) throws SdiException {
  36         super( gene_tree, species_tree );
  37         getSpeciesTree().preOrderReId();
  38         linkNodesOfG();
  39         geneTreePostOrderTraversal( getGeneTree().getRoot() );
  40     }
  41
  42     void geneTreePostOrderTraversal( final PhylogenyNode g ) {
  43         if ( !g.isExternal() ) {
  44             for( final PhylogenyNodeIterator iter = g.iterateChildNodesForward(); iter.hasNext(); ) {
  45                 geneTreePostOrderTraversal( iter.next() );
  46             }
  47             final PhylogenyNode[] linked_nodes = new PhylogenyNode[ g.getNumberOfDescendants() ];
  48             for( int i = 0; i < linked_nodes.length; ++i ) {
  49                 linked_nodes[ i ] = g.getChildNode( i ).getLink();
  50             }
  51             final int[] min_max = GSDI.obtainMinMaxIdIndices( linked_nodes );
  52             int min_i = min_max[ 0 ];
  53             int max_i = min_max[ 1 ];
  54             while ( linked_nodes[ min_i ] != linked_nodes[ max_i ] ) {
  55                 linked_nodes[ max_i ] = linked_nodes[ max_i ].getParent();
  56                 final int[] min_max_ = GSDI.obtainMinMaxIdIndices( linked_nodes );
  57                 min_i = min_max_[ 0 ];
  58                 max_i = min_max_[ 1 ];
  59             }
  60             final PhylogenyNode s = linked_nodes[ max_i ];
  61             g.setLink( s );
  62             if ( s.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  63                 g.getNodeData().setTaxonomy( ( Taxonomy ) s.getNodeData().getTaxonomy().copy() );
  64             }
  65         }
  66     }
  67
  68     public static void execute( final Phylogeny gene_tree, final Phylogeny species_tree ) throws SdiException {
  69         new TaxonomyAssigner( gene_tree, species_tree );
  70     }
  71 }