forester/java/src/org/forester/sdi/TaxonomyAssigner.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  29 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  30 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  31
  32 public class TaxonomyAssigner extends SDI {
  33
  34     public TaxonomyAssigner( final Phylogeny gene_tree, final Phylogeny species_tree ) throws SdiException {
  35         super( gene_tree, species_tree );
  36         getSpeciesTree().preOrderReId();
  37         linkNodesOfG();
  38         geneTreePostOrderTraversal( getGeneTree().getRoot() );
  39     }
  40
  41     void geneTreePostOrderTraversal( final PhylogenyNode g ) {
  42         if ( !g.isExternal() ) {
  43             for( int i = 0; i < g.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
  44                 geneTreePostOrderTraversal( g.getChildNode( i ) );
  45             }
  46             final PhylogenyNode[] linked_nodes = new PhylogenyNode[ g.getNumberOfDescendants() ];
  47             for( int i = 0; i < linked_nodes.length; ++i ) {
  48                 linked_nodes[ i ] = g.getChildNode( i ).getLink();
  49             }
  50             final int[] min_max = GSDI.obtainMinMaxIdIndices( linked_nodes );
  51             int min_i = min_max[ 0 ];
  52             int max_i = min_max[ 1 ];
  53             while ( linked_nodes[ min_i ] != linked_nodes[ max_i ] ) {
  54                 linked_nodes[ max_i ] = linked_nodes[ max_i ].getParent();
  55                 final int[] min_max_ = GSDI.obtainMinMaxIdIndices( linked_nodes );
  56                 min_i = min_max_[ 0 ];
  57                 max_i = min_max_[ 1 ];
  58             }
  59             final PhylogenyNode s = linked_nodes[ max_i ];
  60             g.setLink( s );
  61             if ( s.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  62                 g.getNodeData().setTaxonomy( ( Taxonomy ) s.getNodeData().getTaxonomy().copy() );
  63             }
  64         }
  65     }
  66
  67     public static void execute( final Phylogeny gene_tree, final Phylogeny species_tree ) throws SdiException {
  68         new TaxonomyAssigner( gene_tree, species_tree );
  69     }
  70 }