forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  31 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38
  39 public final class TestGSDI {
  40
  41     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  42         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  43         p.setRooted( true );
  44         return p;
  45     }
  46
  47     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  48         return PhylogenyMethods.getInstance().obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  49     }
  50
  51     public static boolean test() {
  52         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  53             return false;
  54         }
  55         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  56             return false;
  57         }
  58         return true;
  59     }
  60
  61     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  62         try {
  63             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  64             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  65                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  66                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  67                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  68                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  69                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  70             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  71                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  72                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  73                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  74             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  75             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  76             multi_species_2.setRooted( true );
  77             gene_2_1.setRooted( true );
  78             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  79             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  80                 return false;
  81             }
  82             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  83                 return false;
  84             }
  85         }
  86         catch ( final Exception e ) {
  87             e.printStackTrace( System.out );
  88             return false;
  89         }
  90         return true;
  91     }
  92
  93     private static boolean testGSDI_general() {
  94         try {
  95             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
  96             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
  97                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
  98                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
  99                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 100                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 101                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 102                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 103                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 104                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 105                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 106                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 107                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 108                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 109                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 110                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 111                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 112                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 113             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 114             s2.setRooted( true );
 115             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 116             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 117             s1.setRooted( true );
 118             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 119                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 120             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 121             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 122             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 123             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 124                 return false;
 125             }
 126             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 127                 return false;
 128             }
 129             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 130                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 131                 return false;
 132             }
 133             if ( !( pm.obtainLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
 134                 return false;
 135             }
 136             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 137                 return false;
 138             }
 139             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 140                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 141             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 142             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 143                 return false;
 144             }
 145             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 146                 return false;
 147             }
 148             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 149                 return false;
 150             }
 151             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 152                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 153                 return false;
 154             }
 155             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 156                 return false;
 157             }
 158             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 159                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 160             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 161             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 162                 return false;
 163             }
 164             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 168                 return false;
 169             }
 170             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 171                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 172                 return false;
 173             }
 174             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 175                 return false;
 176             }
 177             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 178                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 179             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 180             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 181                 return false;
 182             }
 183             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 184                 return false;
 185             }
 186             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 190                 return false;
 191             }
 192             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 193                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 194             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 195             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 196                 return false;
 197             }
 198             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 202                 return false;
 203             }
 204             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 205                 return false;
 206             }
 207             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 208                 return false;
 209             }
 210             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 211                 return false;
 212             }
 213             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 214                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 215                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 216                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 217                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 218             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 219                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 220             gene7_2.setRooted( true );
 221             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 222             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 223                 return false;
 224             }
 225             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 226                 return false;
 227             }
 228             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 229                 return false;
 230             }
 231             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 232                 return false;
 233             }
 234             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 244                 return false;
 245             }
 246             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 247                 return false;
 248             }
 249             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 250                 return false;
 251             }
 252             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 253             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 254             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 255                 return false;
 256             }
 257             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 258                 return false;
 259             }
 260             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 261                 return false;
 262             }
 263             if ( !pm.obtainLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 264                 return false;
 265             }
 266             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 267             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 268             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 275                 return false;
 276             }
 277             if ( !pm.obtainLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 278                 return false;
 279             }
 280             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 281             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 282             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 286                 return false;
 287             }
 288             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 289                 return false;
 290             }
 291             if ( !pm.obtainLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 292                 return false;
 293             }
 294             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 295             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 296             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 297                 return false;
 298             }
 299             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 300                 return false;
 301             }
 302             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 303                 return false;
 304             }
 305             if ( !pm.obtainLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 306                 return false;
 307             }
 308             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 309             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 310             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 311                 return false;
 312             }
 313             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 314                 return false;
 315             }
 316             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 317                 return false;
 318             }
 319             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 326             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 327             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 331                 return false;
 332             }
 333             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 340                 return false;
 341             }
 342             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 343             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 344             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 345                 return false;
 346             }
 347             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 348                 return false;
 349             }
 350             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 354                 return false;
 355             }
 356             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 357                 return false;
 358             }
 359             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 360             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 361             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 365                 return false;
 366             }
 367             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 368                 return false;
 369             }
 370             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 371                 return false;
 372             }
 373             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 374                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 375                 return false;
 376             }
 377             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 378             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 379             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 389                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 390                 return false;
 391             }
 392             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 393                 return false;
 394             }
 395             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 396             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 397             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 398                 return false;
 399             }
 400             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 401                 return false;
 402             }
 403             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 404                 return false;
 405             }
 406             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 407                 return false;
 408             }
 409             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 410                 return false;
 411             }
 412             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 413             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 414             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 415                 return false;
 416             }
 417             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 418                 return false;
 419             }
 420             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 421                 return false;
 422             }
 423             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 424                 return false;
 425             }
 426             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 427                 return false;
 428             }
 429             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 430             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 431             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 432                 return false;
 433             }
 434             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 435                 return false;
 436             }
 437             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 438                 return false;
 439             }
 440             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 441                 return false;
 442             }
 443             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 444                 return false;
 445             }
 446             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 447             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 448             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 449                 return false;
 450             }
 451             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 458                 return false;
 459             }
 460             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 461                 return false;
 462             }
 463             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 464             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 465             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 466                 return false;
 467             }
 468             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 469                 return false;
 470             }
 471             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 475                 return false;
 476             }
 477             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 478                 return false;
 479             }
 480             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 481             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 482             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 483                 return false;
 484             }
 485             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 486                 return false;
 487             }
 488             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 489                 return false;
 490             }
 491             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 492                 return false;
 493             }
 494             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 495                 return false;
 496             }
 497             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 498             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 499             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 503                 return false;
 504             }
 505             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 506                 return false;
 507             }
 508             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 509                 return false;
 510             }
 511             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 512                 return false;
 513             }
 514             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 515             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 516             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 517                 return false;
 518             }
 519             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 520                 return false;
 521             }
 522             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 523                 return false;
 524             }
 525             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 526                 return false;
 527             }
 528             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 529                 return false;
 530             }
 531             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 532             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 533             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 534                 return false;
 535             }
 536             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 537                 return false;
 538             }
 539             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 540                 return false;
 541             }
 542             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 543                 return false;
 544             }
 545             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 546                 return false;
 547             }
 548             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 549                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 550             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 551             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 552                 return false;
 553             }
 554             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 555                 return false;
 556             }
 557             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 558                 return false;
 559             }
 560             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 561                 return false;
 562             }
 563             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 564                 return false;
 565             }
 566             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 567                 return false;
 568             }
 569             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 570                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 571             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 572             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 573                 return false;
 574             }
 575             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 576                 return false;
 577             }
 578             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 579                 return false;
 580             }
 581             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 582                 return false;
 583             }
 584             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 585                 return false;
 586             }
 587             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 588                 return false;
 589             }
 590             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 591                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 592             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 593             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 594                 return false;
 595             }
 596             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 597                 return false;
 598             }
 599             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 600                 return false;
 601             }
 602             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 603                 return false;
 604             }
 605             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 606                 return false;
 607             }
 608             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 609                 return false;
 610             }
 611             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 612                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 613             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 614             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 615                 return false;
 616             }
 617             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 618                 return false;
 619             }
 620             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 621                 return false;
 622             }
 623             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 624                 return false;
 625             }
 626             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 627                 return false;
 628             }
 629             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 630                 return false;
 631             }
 632             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 633                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 634             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 635             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 636             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 637             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 638                 return false;
 639             }
 640             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 641                 return false;
 642             }
 643             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 644                 return false;
 645             }
 646             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 647                 return false;
 648             }
 649             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 650                 return false;
 651             }
 652             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 653                 return false;
 654             }
 655             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 656                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 657             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 658             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 659                 return false;
 660             }
 661             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 662                 return false;
 663             }
 664             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 665                 return false;
 666             }
 667             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 668                 return false;
 669             }
 670             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 671                 return false;
 672             }
 673             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 674                 return false;
 675             }
 676             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 677                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 678             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 679             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 680                 return false;
 681             }
 682             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 683                 return false;
 684             }
 685             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 686                 return false;
 687             }
 688             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 689                 return false;
 690             }
 691             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 692                 return false;
 693             }
 694             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 695                 return false;
 696             }
 697             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 698                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 699             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 700             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 701                 return false;
 702             }
 703             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 704                 return false;
 705             }
 706             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 707                 return false;
 708             }
 709             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 710                 return false;
 711             }
 712             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 713                 return false;
 714             }
 715             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 716                 return false;
 717             }
 718             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 719                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 720             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 721             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 722                 return false;
 723             }
 724             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 725                 return false;
 726             }
 727             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 728                 return false;
 729             }
 730             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 731                 return false;
 732             }
 733             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 734                 return false;
 735             }
 736             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 737                 return false;
 738             }
 739             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 740                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 741             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 742             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 743                 return false;
 744             }
 745             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 746                 return false;
 747             }
 748             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 749                 return false;
 750             }
 751             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 752                 return false;
 753             }
 754             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 755                 return false;
 756             }
 757             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 758                 return false;
 759             }
 760             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 761                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 762             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 763             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 764                 return false;
 765             }
 766             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 767                 return false;
 768             }
 769             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 770                 return false;
 771             }
 772             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 773                 return false;
 774             }
 775             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 776                 return false;
 777             }
 778             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 779                 return false;
 780             }
 781             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 782                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 783             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 784             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 785                 return false;
 786             }
 787             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 788                 return false;
 789             }
 790             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 791                 return false;
 792             }
 793             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 794                 return false;
 795             }
 796             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 797                 return false;
 798             }
 799             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 800                 return false;
 801             }
 802             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 803                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 804             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 805             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 806                 return false;
 807             }
 808             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 809                 return false;
 810             }
 811             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 824                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 825             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 826             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 827                 return false;
 828             }
 829             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 830                 return false;
 831             }
 832             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 845                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 846             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 847             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 860                 return false;
 861             }
 862             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             //            //            //-
 887             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 888                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 889             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
 890             Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
 891             //  Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 892             //-
 893             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 894                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 895             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 896             Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
 897             Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 898             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 923                 return false;
 924             }
 925             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 941                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 942             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 943             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
 965                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
 966             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
 967             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
 992                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
 993             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
 994             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1016                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1017             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1018             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1028                 return false;
1029             }
1030             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1031                 return false;
1032             }
1033             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1037                 return false;
1038             }
1039             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1040                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1041             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1042             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1043                 return false;
1044             }
1045             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1049                 return false;
1050             }
1051             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1052                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1053             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1054             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1055                 return false;
1056             }
1057             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1058                 return false;
1059             }
1060             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1064                 return false;
1065             }
1066             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1067                 return false;
1068             }
1069             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1070                 return false;
1071             }
1072             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1073                 return false;
1074             }
1075             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1076                 return false;
1077             }
1078             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1079                 return false;
1080             }
1081             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1082                 return false;
1083             }
1084             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1085                 return false;
1086             }
1087             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1088                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1089             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1090             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1091                 return false;
1092             }
1093             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1094                 return false;
1095             }
1096             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1097                 return false;
1098             }
1099             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1112                 return false;
1113             }
1114             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1124             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1125             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1126                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1127                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1128                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1129                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1130                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1131                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1132                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1133                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1134                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1135                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1136                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1137                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1138             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1139             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1182                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1183                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1184                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1185                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1186                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1187                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1188                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1189                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1190                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1191                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1192                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1193                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1194                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1195             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1196             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1200                 return false;
1201             }
1202             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             //---------------------
1206             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1207             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1208             g2_0.setRooted( true );
1209             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false );
1210             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1211                 return false;
1212             }
1213         }
1214         catch ( final Exception e ) {
1215             e.printStackTrace( System.out );
1216             return false;
1217         }
1218         return true;
1219     }
1220
1221     public static void main( final String[] args ) {
1222         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1223             System.out.println( "binary failed" );
1224         }
1225         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1226             System.out.println( "general failed" );
1227         }
1228         else {
1229             System.out.println( "general OK" );
1230         }
1231         //        boolean success = test();
1232         //        if ( success ) {
1233         //            System.out.println( "OK" );
1234         //        }
1235         //        else {
1236         //            System.out.println( "failed" );
1237         //        }
1238     }
1239 }