forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  31 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  32 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  33 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  35 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  37
  38 public final class TestGSDI {
  39
  40     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  41         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  42         p.setRooted( true );
  43         return p;
  44     }
  45
  46     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  47         return PhylogenyMethods.getInstance().obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  48     }
  49
  50     public static boolean test() {
  51         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  52             return false;
  53         }
  54         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  55             return false;
  56         }
  57         return true;
  58     }
  59
  60     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  61         try {
  62             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  63             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  64                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  65                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  66                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  67                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  68                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  69             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  70                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  71                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  72                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  73             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  74             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  75             multi_species_2.setRooted( true );
  76             gene_2_1.setRooted( true );
  77             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  78             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  79                 return false;
  80             }
  81             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  82                 return false;
  83             }
  84         }
  85         catch ( final Exception e ) {
  86             e.printStackTrace( System.out );
  87             return false;
  88         }
  89         return true;
  90     }
  91
  92     private static boolean testGSDI_general() {
  93         try {
  94             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
  95             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
  96             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
  97             s1.setRooted( true );
  98             final Phylogeny g1 = TestGSDI
  99                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 100             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 101             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 102                 return false;
 103             }
 104             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 105                 return false;
 106             }
 107             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 108                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 109                 return false;
 110             }
 111             if ( !( pm.obtainLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
 112                 return false;
 113             }
 114             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 115                 return false;
 116             }
 117             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 118                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 119             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 120             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 121                 return false;
 122             }
 123             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 124                 return false;
 125             }
 126             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 127                 return false;
 128             }
 129             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 130                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 131                 return false;
 132             }
 133             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 134                 return false;
 135             }
 136             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 137                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 138             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 139             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 140                 return false;
 141             }
 142             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 143                 return false;
 144             }
 145             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 146                 return false;
 147             }
 148             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 149                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 150                 return false;
 151             }
 152             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 153                 return false;
 154             }
 155             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 156                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 157             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 158             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 159                 return false;
 160             }
 161             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 162                 return false;
 163             }
 164             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 168                 return false;
 169             }
 170             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 171                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 172             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 173             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 174                 return false;
 175             }
 176             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 180                 return false;
 181             }
 182             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 183                 return false;
 184             }
 185             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 186                 return false;
 187             }
 188             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 192                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 193                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 194                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 195                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 196             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 197                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 198             gene7_2.setRooted( true );
 199             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 200             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 204                 return false;
 205             }
 206             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 207                 return false;
 208             }
 209             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 210                 return false;
 211             }
 212             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 213                 return false;
 214             }
 215             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 216                 return false;
 217             }
 218             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 219                 return false;
 220             }
 221             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 222                 return false;
 223             }
 224             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 225                 return false;
 226             }
 227             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 228                 return false;
 229             }
 230             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
 231                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 232                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 233                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 234                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 235                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 236                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 237                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 238                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 239                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 240                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 241                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 242                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 243                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 244                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 245                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 246                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 247             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 248             s2.setRooted( true );
 249             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 250             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 251             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 252                 return false;
 253             }
 254             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 255                 return false;
 256             }
 257             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 258                 return false;
 259             }
 260             if ( !pm.obtainLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 261                 return false;
 262             }
 263             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 264             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 265             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 266                 return false;
 267             }
 268             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             if ( !pm.obtainLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 275                 return false;
 276             }
 277             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 278             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 279             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 286                 return false;
 287             }
 288             if ( !pm.obtainLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 289                 return false;
 290             }
 291             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 292             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 293             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 294                 return false;
 295             }
 296             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 297                 return false;
 298             }
 299             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 300                 return false;
 301             }
 302             if ( !pm.obtainLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 303                 return false;
 304             }
 305             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 306             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 307             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 308                 return false;
 309             }
 310             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 311                 return false;
 312             }
 313             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 314                 return false;
 315             }
 316             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 317                 return false;
 318             }
 319             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 323             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 324             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 331                 return false;
 332             }
 333             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 340             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 341             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 342                 return false;
 343             }
 344             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 345                 return false;
 346             }
 347             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 348                 return false;
 349             }
 350             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 354                 return false;
 355             }
 356             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 357             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 358             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 365                 return false;
 366             }
 367             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 368                 return false;
 369             }
 370             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 371                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 372                 return false;
 373             }
 374             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 375             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 376             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 386                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 390                 return false;
 391             }
 392             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 393             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 394             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 395                 return false;
 396             }
 397             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 398                 return false;
 399             }
 400             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 401                 return false;
 402             }
 403             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 404                 return false;
 405             }
 406             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 407                 return false;
 408             }
 409             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 410             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 411             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 412                 return false;
 413             }
 414             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 415                 return false;
 416             }
 417             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 418                 return false;
 419             }
 420             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 421                 return false;
 422             }
 423             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 424                 return false;
 425             }
 426             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 427             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 428             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 429                 return false;
 430             }
 431             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 432                 return false;
 433             }
 434             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 435                 return false;
 436             }
 437             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 438                 return false;
 439             }
 440             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 441                 return false;
 442             }
 443             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 444             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 445             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 446                 return false;
 447             }
 448             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 449                 return false;
 450             }
 451             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 458                 return false;
 459             }
 460             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 461             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 462             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 463                 return false;
 464             }
 465             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 466                 return false;
 467             }
 468             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 469                 return false;
 470             }
 471             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 475                 return false;
 476             }
 477             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 478             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 479             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 480                 return false;
 481             }
 482             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 483                 return false;
 484             }
 485             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 486                 return false;
 487             }
 488             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 489                 return false;
 490             }
 491             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 492                 return false;
 493             }
 494             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 495             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 496             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 503                 return false;
 504             }
 505             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 506                 return false;
 507             }
 508             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 509                 return false;
 510             }
 511             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 512             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 513             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 514                 return false;
 515             }
 516             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 517                 return false;
 518             }
 519             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 520                 return false;
 521             }
 522             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 523                 return false;
 524             }
 525             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 526                 return false;
 527             }
 528             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 529             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 530             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 531                 return false;
 532             }
 533             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 534                 return false;
 535             }
 536             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 537                 return false;
 538             }
 539             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 540                 return false;
 541             }
 542             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 543                 return false;
 544             }
 545             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 546                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 547             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 548             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 549                 return false;
 550             }
 551             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 552                 return false;
 553             }
 554             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 555                 return false;
 556             }
 557             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 558                 return false;
 559             }
 560             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 561                 return false;
 562             }
 563             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 564                 return false;
 565             }
 566             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 567                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 568             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 569             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 570                 return false;
 571             }
 572             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 573                 return false;
 574             }
 575             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 576                 return false;
 577             }
 578             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 579                 return false;
 580             }
 581             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 582                 return false;
 583             }
 584             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 585                 return false;
 586             }
 587             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 588                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 589             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 590             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 591                 return false;
 592             }
 593             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 594                 return false;
 595             }
 596             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 597                 return false;
 598             }
 599             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 600                 return false;
 601             }
 602             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 603                 return false;
 604             }
 605             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 606                 return false;
 607             }
 608             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 609                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 610             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 611             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 612                 return false;
 613             }
 614             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 615                 return false;
 616             }
 617             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 618                 return false;
 619             }
 620             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 621                 return false;
 622             }
 623             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 624                 return false;
 625             }
 626             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 627                 return false;
 628             }
 629             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 630                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 631             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 632             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 633                 return false;
 634             }
 635             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 636                 return false;
 637             }
 638             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 639                 return false;
 640             }
 641             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 642                 return false;
 643             }
 644             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 645                 return false;
 646             }
 647             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 648                 return false;
 649             }
 650             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 651                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 652             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 653             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 654                 return false;
 655             }
 656             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 657                 return false;
 658             }
 659             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 660                 return false;
 661             }
 662             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 663                 return false;
 664             }
 665             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 666                 return false;
 667             }
 668             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 669                 return false;
 670             }
 671             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 672                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 673             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 674             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 675                 return false;
 676             }
 677             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 678                 return false;
 679             }
 680             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 681                 return false;
 682             }
 683             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 684                 return false;
 685             }
 686             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 687                 return false;
 688             }
 689             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 690                 return false;
 691             }
 692             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 693                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 694             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 695             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 696                 return false;
 697             }
 698             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 699                 return false;
 700             }
 701             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 702                 return false;
 703             }
 704             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 705                 return false;
 706             }
 707             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 708                 return false;
 709             }
 710             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 711                 return false;
 712             }
 713             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 714                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 715             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 716             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 717                 return false;
 718             }
 719             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 720                 return false;
 721             }
 722             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 723                 return false;
 724             }
 725             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 726                 return false;
 727             }
 728             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 729                 return false;
 730             }
 731             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 732                 return false;
 733             }
 734             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 735                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 736             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 737             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 738                 return false;
 739             }
 740             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 741                 return false;
 742             }
 743             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 744                 return false;
 745             }
 746             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 747                 return false;
 748             }
 749             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 750                 return false;
 751             }
 752             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 753                 return false;
 754             }
 755             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 756                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 757             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 758             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 759                 return false;
 760             }
 761             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 762                 return false;
 763             }
 764             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 765                 return false;
 766             }
 767             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 768                 return false;
 769             }
 770             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 771                 return false;
 772             }
 773             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 774                 return false;
 775             }
 776             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 777                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 778             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 779             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 780                 return false;
 781             }
 782             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 783                 return false;
 784             }
 785             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 798                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 799             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 800             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 801                 return false;
 802             }
 803             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 819                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 820             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 821             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 840                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 841             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 842             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 882                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 883             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 884             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 927                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 928             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 929             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
 951                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
 952             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
 953             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
 978                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
 979             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
 980             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1002                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1003             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1004             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1026                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1027             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1028             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1038                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1039             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1040             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1074                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1075             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1076             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1092                 return false;
1093             }
1094             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1110             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1111             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1112                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1113                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1114                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1115                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1116                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1117                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1118                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1119                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1120                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1121                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1122                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1123                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1124             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1125             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1126                 return false;
1127             }
1128             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1135                 return false;
1136             }
1137             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1168                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1169                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1170                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1171                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1172                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1173                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1174                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1175                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1176                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1177                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1178                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1179                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1180                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1181             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1182             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             // final String g2_0_ =
1192             // "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1193             // final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[
1194             // 0 ];
1195             // g2_0.setRooted( true );
1196             // final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
1197             // if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1198             // return false;
1199             // }
1200             // final String g2_1_= "";
1201             // final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[
1202             // 0 ];
1203             // g2_1.setRooted( true );
1204             // final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
1205             // if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1206             // return false;
1207             // }
1208         }
1209         catch ( final Exception e ) {
1210             e.printStackTrace( System.out );
1211             return false;
1212         }
1213         return true;
1214     }
1215 }