forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  31 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38
  39 public final class TestGSDI {
  40
  41     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  42         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  43         p.setRooted( true );
  44         return p;
  45     }
  46
  47     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  48         return PhylogenyMethods.getInstance().obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  49     }
  50
  51     public static boolean test() {
  52         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  53             return false;
  54         }
  55         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  56             return false;
  57         }
  58         return true;
  59     }
  60
  61     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  62         try {
  63             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  64             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  65                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  66                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  67                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  68                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  69                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  70             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  71                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  72                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  73                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  74             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  75             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  76             multi_species_2.setRooted( true );
  77             gene_2_1.setRooted( true );
  78             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  79             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  80                 return false;
  81             }
  82             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  83                 return false;
  84             }
  85         }
  86         catch ( final Exception e ) {
  87             e.printStackTrace( System.out );
  88             return false;
  89         }
  90         return true;
  91     }
  92
  93     private static boolean testGSDI_general() {
  94         try {
  95             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
  96             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
  97                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
  98                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
  99                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 100                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 101                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 102                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 103                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 104                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 105                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 106                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 107                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 108                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 109                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 110                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 111                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 112                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 113             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 114             s2.setRooted( true );
 115             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 116             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 117             s1.setRooted( true );
 118             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 119                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 120             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 121             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 122                 return false;
 123             }
 124             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 125                 return false;
 126             }
 127             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 128                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 129                 return false;
 130             }
 131             if ( !( pm.obtainLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
 132                 return false;
 133             }
 134             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 135                 return false;
 136             }
 137             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 138                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 139             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 140             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 141                 return false;
 142             }
 143             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 144                 return false;
 145             }
 146             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 147                 return false;
 148             }
 149             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 150                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 151                 return false;
 152             }
 153             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 154                 return false;
 155             }
 156             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 157                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 158             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 159             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 160                 return false;
 161             }
 162             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 163                 return false;
 164             }
 165             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 166                 return false;
 167             }
 168             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 169                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 176                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 177             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 178             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 179                 return false;
 180             }
 181             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 182                 return false;
 183             }
 184             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 191                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 192             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 193             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 194                 return false;
 195             }
 196             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 197                 return false;
 198             }
 199             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 200                 return false;
 201             }
 202             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 203                 return false;
 204             }
 205             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 206                 return false;
 207             }
 208             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 209                 return false;
 210             }
 211             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 212                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 213                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 214                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 215                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 216             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 217                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 218             gene7_2.setRooted( true );
 219             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 220             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 221                 return false;
 222             }
 223             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 224                 return false;
 225             }
 226             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 227                 return false;
 228             }
 229             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 230                 return false;
 231             }
 232             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 233                 return false;
 234             }
 235             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 236                 return false;
 237             }
 238             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 251             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 252             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 253                 return false;
 254             }
 255             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 256                 return false;
 257             }
 258             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 259                 return false;
 260             }
 261             if ( !pm.obtainLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 262                 return false;
 263             }
 264             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 265             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 266             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             if ( !pm.obtainLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 276                 return false;
 277             }
 278             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 279             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 280             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 281                 return false;
 282             }
 283             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 284                 return false;
 285             }
 286             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( !pm.obtainLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 290                 return false;
 291             }
 292             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 293             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 294             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 295                 return false;
 296             }
 297             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 298                 return false;
 299             }
 300             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 301                 return false;
 302             }
 303             if ( !pm.obtainLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 304                 return false;
 305             }
 306             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 307             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 308             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 309                 return false;
 310             }
 311             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 312                 return false;
 313             }
 314             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 315                 return false;
 316             }
 317             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 318                 return false;
 319             }
 320             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 321                 return false;
 322             }
 323             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 324             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 325             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 341             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 342             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 343                 return false;
 344             }
 345             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 346                 return false;
 347             }
 348             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 349                 return false;
 350             }
 351             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 352                 return false;
 353             }
 354             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 355                 return false;
 356             }
 357             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 358             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 359             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 360                 return false;
 361             }
 362             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 363                 return false;
 364             }
 365             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 366                 return false;
 367             }
 368             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 369                 return false;
 370             }
 371             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 372                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 373                 return false;
 374             }
 375             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 376             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 377             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 378                 return false;
 379             }
 380             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 381                 return false;
 382             }
 383             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 384                 return false;
 385             }
 386             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 387                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 388                 return false;
 389             }
 390             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 391                 return false;
 392             }
 393             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 394             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 395             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 396                 return false;
 397             }
 398             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 402                 return false;
 403             }
 404             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 405                 return false;
 406             }
 407             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 408                 return false;
 409             }
 410             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 411             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 412             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 413                 return false;
 414             }
 415             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 416                 return false;
 417             }
 418             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 419                 return false;
 420             }
 421             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 422                 return false;
 423             }
 424             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 425                 return false;
 426             }
 427             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 428             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 429             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 430                 return false;
 431             }
 432             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 433                 return false;
 434             }
 435             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 436                 return false;
 437             }
 438             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 439                 return false;
 440             }
 441             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 442                 return false;
 443             }
 444             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 445             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 446             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 447                 return false;
 448             }
 449             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 450                 return false;
 451             }
 452             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 453                 return false;
 454             }
 455             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 456                 return false;
 457             }
 458             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 459                 return false;
 460             }
 461             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 462             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 463             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 464                 return false;
 465             }
 466             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 467                 return false;
 468             }
 469             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 470                 return false;
 471             }
 472             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 473                 return false;
 474             }
 475             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 476                 return false;
 477             }
 478             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 479             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 480             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 481                 return false;
 482             }
 483             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 484                 return false;
 485             }
 486             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 487                 return false;
 488             }
 489             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 490                 return false;
 491             }
 492             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 493                 return false;
 494             }
 495             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 496             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 497             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 498                 return false;
 499             }
 500             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 501                 return false;
 502             }
 503             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 504                 return false;
 505             }
 506             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 507                 return false;
 508             }
 509             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 510                 return false;
 511             }
 512             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 513             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 514             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 515                 return false;
 516             }
 517             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 518                 return false;
 519             }
 520             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 521                 return false;
 522             }
 523             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 524                 return false;
 525             }
 526             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 527                 return false;
 528             }
 529             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 530             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 531             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 532                 return false;
 533             }
 534             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 535                 return false;
 536             }
 537             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 538                 return false;
 539             }
 540             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 541                 return false;
 542             }
 543             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 544                 return false;
 545             }
 546             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 547                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 548             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 549             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 550                 return false;
 551             }
 552             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 553                 return false;
 554             }
 555             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 556                 return false;
 557             }
 558             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 559                 return false;
 560             }
 561             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 562                 return false;
 563             }
 564             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 565                 return false;
 566             }
 567             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 568                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 569             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 570             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 571                 return false;
 572             }
 573             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 574                 return false;
 575             }
 576             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 577                 return false;
 578             }
 579             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 580                 return false;
 581             }
 582             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 583                 return false;
 584             }
 585             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 586                 return false;
 587             }
 588             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 589                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 590             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 591             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 592                 return false;
 593             }
 594             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 595                 return false;
 596             }
 597             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 598                 return false;
 599             }
 600             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 601                 return false;
 602             }
 603             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 604                 return false;
 605             }
 606             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 607                 return false;
 608             }
 609             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 610                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 611             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 612             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 613                 return false;
 614             }
 615             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 616                 return false;
 617             }
 618             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 619                 return false;
 620             }
 621             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 622                 return false;
 623             }
 624             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 625                 return false;
 626             }
 627             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 628                 return false;
 629             }
 630             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 631                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 632             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 633             Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 634             Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 635             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 636                 return false;
 637             }
 638             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 639                 return false;
 640             }
 641             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 642                 return false;
 643             }
 644             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 645                 return false;
 646             }
 647             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 648                 return false;
 649             }
 650             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 651                 return false;
 652             }
 653             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 654                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 655             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 656             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 657                 return false;
 658             }
 659             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 660                 return false;
 661             }
 662             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 663                 return false;
 664             }
 665             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 666                 return false;
 667             }
 668             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 669                 return false;
 670             }
 671             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 672                 return false;
 673             }
 674             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 675                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 676             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 677             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 678                 return false;
 679             }
 680             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 681                 return false;
 682             }
 683             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 684                 return false;
 685             }
 686             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 687                 return false;
 688             }
 689             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 690                 return false;
 691             }
 692             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 693                 return false;
 694             }
 695             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 696                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 697             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 698             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 699                 return false;
 700             }
 701             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 702                 return false;
 703             }
 704             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 705                 return false;
 706             }
 707             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 708                 return false;
 709             }
 710             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 711                 return false;
 712             }
 713             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 714                 return false;
 715             }
 716             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 717                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 718             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 719             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 720                 return false;
 721             }
 722             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 723                 return false;
 724             }
 725             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 726                 return false;
 727             }
 728             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 729                 return false;
 730             }
 731             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 732                 return false;
 733             }
 734             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 735                 return false;
 736             }
 737             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 738                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 739             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 740             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 741                 return false;
 742             }
 743             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 744                 return false;
 745             }
 746             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 747                 return false;
 748             }
 749             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 750                 return false;
 751             }
 752             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 753                 return false;
 754             }
 755             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 756                 return false;
 757             }
 758             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 759                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 760             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 761             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 762                 return false;
 763             }
 764             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 765                 return false;
 766             }
 767             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 768                 return false;
 769             }
 770             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 771                 return false;
 772             }
 773             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 774                 return false;
 775             }
 776             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 777                 return false;
 778             }
 779             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 780                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 781             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 782             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 783                 return false;
 784             }
 785             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 798                 return false;
 799             }
 800             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 801                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 802             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 803             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 819                 return false;
 820             }
 821             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 822                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 823             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 824             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 843                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 844             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 845             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 882                 return false;
 883             }
 884             //            //-
 885             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 886                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 887             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
 888             Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
 889             //  Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 890             //-
 891             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 892                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 893             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 894             Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
 895             // Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 896             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 939                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 940             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 941             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
 963                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
 964             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
 965             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
 990                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
 991             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
 992             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1014                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1015             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1016             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1038                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1039             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1040             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1050                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1051             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1052             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1086                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1087             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1088             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1092                 return false;
1093             }
1094             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1110                 return false;
1111             }
1112             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1122             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1123             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1124                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1125                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1126                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1127                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1128                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1129                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1130                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1131                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1132                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1133                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1134                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1135                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1136             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1137             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1168                 return false;
1169             }
1170             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1180                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1181                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1182                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1183                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1184                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1185                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1186                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1187                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1188                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1189                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1190                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1191                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1192                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1193             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1194             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             //---------------------
1204             //             final String g2_0_ =
1205             //             "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1206             //             final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[
1207             //             0 ];
1208             //             g2_0.setRooted( true );
1209             //             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
1210             //             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1211             //             return false;
1212             //             }
1213             //             final String g2_1_= "";
1214             //             final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[
1215             //             0 ];
1216             //             g2_1.setRooted( true );
1217             //             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
1218             //             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1219             //             return false;
1220             //             }
1221         }
1222         catch ( final Exception e ) {
1223             e.printStackTrace( System.out );
1224             return false;
1225         }
1226         return true;
1227     }
1228
1229     public static void main( final String[] args ) {
1230         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1231             System.out.println( "binary failed" );
1232         }
1233         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1234             System.out.println( "general failed" );
1235         }
1236         //        boolean success = test();
1237         //        if ( success ) {
1238         //            System.out.println( "OK" );
1239         //        }
1240         //        else {
1241         //            System.out.println( "failed" );
1242         //        }
1243     }
1244 }