forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  31 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38 import org.forester.sdi.SDI.TaxonomyComparisonBase;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public final class TestGSDI {
  42
  43     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  44                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  45
  46     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  47         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  48         p.setRooted( true );
  49         return p;
  50     }
  51
  52     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  53         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  54     }
  55
  56     public static boolean test() {
  57         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  58             return false;
  59         }
  60         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  61             return false;
  62         }
  63         return true;
  64     }
  65
  66     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  67         try {
  68             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  69             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  70                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  71                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  72                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  73                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  74                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  75             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  76                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  77                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  78                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  79             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  80             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  81             multi_species_2.setRooted( true );
  82             gene_2_1.setRooted( true );
  83             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  84             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  85                 return false;
  86             }
  87             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  88                 return false;
  89             }
  90         }
  91         catch ( final Exception e ) {
  92             e.printStackTrace( System.out );
  93             return false;
  94         }
  95         return true;
  96     }
  97
  98     private static boolean testGSDI_general() {
  99         try {
 100
 101             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
 102                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 103                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 104                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 105                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 106                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 107                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 108                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 109                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 110                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 111                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 112                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 113                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 114                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 115                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 116                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 117                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 118             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 119             s2.setRooted( true );
 120             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 121             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 122             s1.setRooted( true );
 123             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 124                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 125             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 126             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 127             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 128             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 129                 return false;
 130             }
 131             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 132                     .isSpeciation() ) {
 133                 return false;
 134             }
 135             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 136                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 137                 return false;
 138             }
 139             if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 140                     .isDuplication() ) ) {
 141                 return false;
 142             }
 143             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 144                     .isSpeciation() ) {
 145                 return false;
 146             }
 147             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 148                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 149             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 150             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 151                 return false;
 152             }
 153             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 154                     .isSpeciation() ) {
 155                 return false;
 156             }
 157             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 158                     .isSpeciation() ) {
 159                 return false;
 160             }
 161             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 162                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 163                 return false;
 164             }
 165             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 166                     .isSpeciation() ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 170                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 171             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 172             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 176                     .isSpeciation() ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 180                     .isSpeciation() ) {
 181                 return false;
 182             }
 183             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 184                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 188                     .isSpeciation() ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 192                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 193             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 194             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent()
 198                     .isSpeciation() ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent()
 202                     .isDuplication() ) {
 203                 return false;
 204             }
 205             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 206                     .isSpeciation() ) {
 207                 return false;
 208             }
 209             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 210                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 211             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 212             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 213                 return false;
 214             }
 215             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 216                     .isSpeciation() ) {
 217                 return false;
 218             }
 219             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 220                     .isDuplication() ) {
 221                 return false;
 222             }
 223             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent()
 224                     .isDuplication() ) {
 225                 return false;
 226             }
 227             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 228                     .isDuplication() ) {
 229                 return false;
 230             }
 231             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 232                     .isSpeciation() ) {
 233                 return false;
 234             }
 235             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 236                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 237                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 238                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 239                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 240             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 241                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 242             gene7_2.setRooted( true );
 243             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 244             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 251                 return false;
 252             }
 253             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 254                 return false;
 255             }
 256             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 257                 return false;
 258             }
 259             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 260                 return false;
 261             }
 262             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 266                 return false;
 267             }
 268             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 275             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 276             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent()
 286                     .isSpeciation() ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 290             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 291             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 292                 return false;
 293             }
 294             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 295                 return false;
 296             }
 297             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 298                 return false;
 299             }
 300             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent()
 301                     .isSpeciation() ) {
 302                 return false;
 303             }
 304             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 305             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 306             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 307                 return false;
 308             }
 309             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 310                 return false;
 311             }
 312             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 313                 return false;
 314             }
 315             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent()
 316                     .isSpeciation() ) {
 317                 return false;
 318             }
 319             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 320             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 321             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData()
 331                     .getEvent().isDuplication() ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 335             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 336             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 340                 return false;
 341             }
 342             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 343                 return false;
 344             }
 345             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 346                     .isSpeciation() ) {
 347                 return false;
 348             }
 349             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent()
 350                     .isSpeciation() ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 354             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 355             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 365                     .isSpeciation() ) {
 366                 return false;
 367             }
 368             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 369                     .isSpeciation() ) {
 370                 return false;
 371             }
 372             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 373             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 374             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 375                 return false;
 376             }
 377             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 378                 return false;
 379             }
 380             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 381                 return false;
 382             }
 383             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent()
 384                     .isSpeciation() ) {
 385                 return false;
 386             }
 387             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 388                     .isSpeciation() ) {
 389                 return false;
 390             }
 391             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 392             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 393             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 394                 return false;
 395             }
 396             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 397                 return false;
 398             }
 399             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 400                 return false;
 401             }
 402             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 403                     .isSpeciation() ) {
 404                 return false;
 405             }
 406             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 407                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 408                 return false;
 409             }
 410             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 411             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 412             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 413                 return false;
 414             }
 415             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 416                 return false;
 417             }
 418             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 419                 return false;
 420             }
 421             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 422                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 426                     .isSpeciation() ) {
 427                 return false;
 428             }
 429             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 430             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 431             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 432                 return false;
 433             }
 434             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 435                 return false;
 436             }
 437             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 438                 return false;
 439             }
 440             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 441                 return false;
 442             }
 443             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 444                 return false;
 445             }
 446             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 447             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 448             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 449                 return false;
 450             }
 451             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 458                 return false;
 459             }
 460             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 461                 return false;
 462             }
 463             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 464             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 465             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 466                 return false;
 467             }
 468             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 469                 return false;
 470             }
 471             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 475                 return false;
 476             }
 477             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 478                 return false;
 479             }
 480             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 481             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 482             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 483                 return false;
 484             }
 485             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 486                 return false;
 487             }
 488             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 489                 return false;
 490             }
 491             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 492                 return false;
 493             }
 494             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 495                 return false;
 496             }
 497             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 498             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 499             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 503                 return false;
 504             }
 505             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 506                 return false;
 507             }
 508             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 509                 return false;
 510             }
 511             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 512                 return false;
 513             }
 514             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 515             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 516             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 517                 return false;
 518             }
 519             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 520                 return false;
 521             }
 522             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 523                 return false;
 524             }
 525             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 526                 return false;
 527             }
 528             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 529                 return false;
 530             }
 531             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 532             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 533             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 534                 return false;
 535             }
 536             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 537                 return false;
 538             }
 539             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 540                 return false;
 541             }
 542             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 543                 return false;
 544             }
 545             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 546                 return false;
 547             }
 548             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 549             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 550             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 551                 return false;
 552             }
 553             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 554                 return false;
 555             }
 556             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 557                 return false;
 558             }
 559             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 560                 return false;
 561             }
 562             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 563                 return false;
 564             }
 565             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 566             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 567             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 568                 return false;
 569             }
 570             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 571                 return false;
 572             }
 573             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 574                 return false;
 575             }
 576             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 577                 return false;
 578             }
 579             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 580                 return false;
 581             }
 582             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 583                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 584             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 585             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 586                 return false;
 587             }
 588             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 589                 return false;
 590             }
 591             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 592                 return false;
 593             }
 594             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 595                 return false;
 596             }
 597             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 598                 return false;
 599             }
 600             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 601                 return false;
 602             }
 603             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 604                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 605             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 606             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 607                 return false;
 608             }
 609             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 610                 return false;
 611             }
 612             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 613                 return false;
 614             }
 615             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 616                 return false;
 617             }
 618             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 619                 return false;
 620             }
 621             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 622                 return false;
 623             }
 624             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 625                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 626             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 627             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 628                 return false;
 629             }
 630             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 631                 return false;
 632             }
 633             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 634                 return false;
 635             }
 636             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 637                 return false;
 638             }
 639             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 640                 return false;
 641             }
 642             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 643                 return false;
 644             }
 645             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 646                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 647             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 648             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 649                 return false;
 650             }
 651             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 652                 return false;
 653             }
 654             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 655                 return false;
 656             }
 657             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 658                 return false;
 659             }
 660             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 661                 return false;
 662             }
 663             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 664                 return false;
 665             }
 666             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 667                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 668             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 669             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 670             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 671             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 672                 return false;
 673             }
 674             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 675                 return false;
 676             }
 677             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 678                 return false;
 679             }
 680             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 681                 return false;
 682             }
 683             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 684                 return false;
 685             }
 686             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 687                 return false;
 688             }
 689             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 690                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 691             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 692             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 693                 return false;
 694             }
 695             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 696                 return false;
 697             }
 698             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 699                 return false;
 700             }
 701             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 702                 return false;
 703             }
 704             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 705                 return false;
 706             }
 707             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 708                 return false;
 709             }
 710             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 711                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 712             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 713             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 714                 return false;
 715             }
 716             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 717                 return false;
 718             }
 719             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 720                 return false;
 721             }
 722             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 723                 return false;
 724             }
 725             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 726                 return false;
 727             }
 728             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 729                 return false;
 730             }
 731             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 732                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 733             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 734             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 735                 return false;
 736             }
 737             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 738                 return false;
 739             }
 740             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 741                 return false;
 742             }
 743             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 744                 return false;
 745             }
 746             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 747                 return false;
 748             }
 749             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 750                 return false;
 751             }
 752             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 753                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 754             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 755             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 756                 return false;
 757             }
 758             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 759                 return false;
 760             }
 761             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 762                 return false;
 763             }
 764             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 765                 return false;
 766             }
 767             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 768                 return false;
 769             }
 770             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 771                 return false;
 772             }
 773             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 774                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 775             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 776             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 777                 return false;
 778             }
 779             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 780                 return false;
 781             }
 782             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 783                 return false;
 784             }
 785             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 795                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 796             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 797             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 798                 return false;
 799             }
 800             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 801                 return false;
 802             }
 803             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 816                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 817             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 818             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 819                 return false;
 820             }
 821             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 837                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 838             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 839             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 858                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 859             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 860             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 879                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 880             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 881             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 882                 return false;
 883             }
 884             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 921                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 922             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 923             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 966                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 967             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
 968             if ( sdi2_33_d.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( sdi2_33_d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 14 ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( sdi2_33_d.getSpeciationsSum() != 6 ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 978                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 979             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 980             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
1002                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
1003             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
1004             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
1029                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1030             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
1031             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1053                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1054             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1055             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1077                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1078             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1079             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1089                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1090             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1091             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1092                 return false;
1093             }
1094             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1110                 return false;
1111             }
1112             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1122                 return false;
1123             }
1124             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1125                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1126             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1127             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1137                 return false;
1138             }
1139             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1161             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1162             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1163                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1164                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1165                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1166                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1167                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1168                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1169                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1170                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1171                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1172                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1173                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1174                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1175             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1176             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1219                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1220                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1221                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1222                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1223                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1224                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1225                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1226                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1227                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1228                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1229                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1230                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1231                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1232             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1233             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1243             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1244             g2_0.setRooted( true );
1245             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false );
1246             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             //--
1250             final Phylogeny tol_143_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA + "tol_143.xml" )[ 0 ];
1251             final Phylogeny gene_tree_tax_code_4_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1252                     + "gene_tree_tax_code_4.xml" )[ 0 ];
1253             final GSDI gsdi_143_4_1 = new GSDI( gene_tree_tax_code_4_.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1254             if ( gsdi_143_4_1.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             //--
1264             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_wnt = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1265                     + "gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.xml" )[ 0 ];
1266             gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.setRooted( true );
1267             final GSDI a = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1268             if ( a.getDuplicationsSum() != 33 ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( a.getSpeciationsSum() != 31 ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( a.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( a.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( a.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 26 ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( a.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             //--
1287             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1288                     + "gsdi_test_species_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1289             final GSDI b = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1290                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1291                                      false,
1292                                      true,
1293                                      true );
1294             if ( b.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( b.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( b.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( b.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( b.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( b.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( b.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( b.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             //--
1319             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_nh = TestGSDI
1320                     .createPhylogeny( "((((((('Homo sapiens','Mus musculus')Euarchontoglires,'Petromyzon marinus')Vertebrata,'Nematostella vectensis')'Bilateria Cnidaria',(('Mycosphaerella graminicola','Mycosphaerella pini')Mycosphaerella,'Saccharomyces cerevisiae')'Pezizomycotina Saccharomycetales')Opisthokonta,('Plasmodium chabaudi','Plasmodium falciparum','Plasmodium yoelii yoelii')Plasmodium)Eukaryota,'Pyrococcus horikoshii')Neomura,(('Kineococcus radiotolerans','Kocuria rhizophila','Streptomyces coelicolor','Thermobifida fusca','Microlunatus phosphovorus'),'Bacteroides thetaiotaomicron'))'cellular organisms';" );
1321             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( gsdi_test_species_tree_sn_nh,
1322                                                       PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
1323                                                       true );
1324             final GSDI c = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1325                                      gsdi_test_species_tree_sn_nh.copy(),
1326                                      false,
1327                                      true,
1328                                      true );
1329             if ( c.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( c.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( c.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( c.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( c.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( c.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( c.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( c.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 15 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             //--
1354             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1355                     + "gsdi_test_gene_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1356             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1357                     + "gsdi_test_species_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1358             final GSDI d = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_codes_xml.copy(),
1359                                      gsdi_test_species_tree_codes_xml.copy(),
1360                                      false,
1361                                      true,
1362                                      true );
1363             if ( d.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( d.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( d.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( d.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( d.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( d.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 12 ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( d.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 3 ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             //--
1388             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1389                     + "gsdi_test_gene_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1390             final GSDI e = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_xml.copy(),
1391                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1392                                      false,
1393                                      true,
1394                                      true );
1395             if ( e.getDuplicationsSum() != 7 ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( e.getSpeciationsSum() != 9 ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( e.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( e.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( e.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 12 ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( e.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 8 ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( e.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( e.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 7 ) {
1417                 return false;
1418             }
1419         }
1420         catch ( final Exception e ) {
1421             e.printStackTrace( System.out );
1422             return false;
1423         }
1424         return true;
1425     }
1426
1427     private static boolean testGSDIR_general() {
1428         try {
1429
1430             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
1431                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
1432                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
1433                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
1434                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
1435                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
1436                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
1437                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
1438                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
1439                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
1440                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
1441                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
1442                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
1443                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
1444                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
1445                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
1446                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
1447             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
1448             s2.setRooted( true );
1449             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
1450             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
1451             s1.setRooted( true );
1452             final Phylogeny g1 = TestGSDI
1453                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
1454             final GSDIR sdi1 = new GSDIR( g1, s1, false, 1 );
1455             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
1456             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
1457             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
1461                     .isSpeciation() ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
1465                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
1469                     .isDuplication() ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
1473                     .isSpeciation() ) {
1474                 return false;
1475             }
1476
1477         }
1478         catch ( final Exception e ) {
1479             e.printStackTrace( System.out );
1480             return false;
1481         }
1482         return true;
1483     }
1484
1485     public static void main( final String[] args ) {
1486         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1487             System.out.println( "binary failed" );
1488         }
1489         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1490             System.out.println( "general failed" );
1491         }
1492         if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
1493             System.out.println( "general re-rooting failed" );
1494         }
1495         else {
1496             System.out.println( "OK" );
1497         }
1498         //        boolean success = test();
1499         //        if ( success ) {
1500         //            System.out.println( "OK" );
1501         //        }
1502         //        else {
1503         //            System.out.println( "failed" );
1504         //        }
1505     }
1506 }