forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  31 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38
  39 import com.itextpdf.text.pdf.ArabicLigaturizer;
  40
  41 public final class TestGSDI {
  42
  43     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  44         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  45         p.setRooted( true );
  46         return p;
  47     }
  48
  49     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  50         return PhylogenyMethods.getInstance().obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  51     }
  52
  53     public static boolean test() {
  54         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  55             return false;
  56         }
  57         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  58             return false;
  59         }
  60         return true;
  61     }
  62
  63     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  64         try {
  65             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  66             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  67                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  68                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  69                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  70                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  71                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  72             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  73                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  74                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  75                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  76             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  77             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  78             multi_species_2.setRooted( true );
  79             gene_2_1.setRooted( true );
  80             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  81             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  82                 return false;
  83             }
  84             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  85                 return false;
  86             }
  87         }
  88         catch ( final Exception e ) {
  89             e.printStackTrace( System.out );
  90             return false;
  91         }
  92         return true;
  93     }
  94
  95     private static boolean testGSDI_general() {
  96         try {
  97             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
  98             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
  99                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 100                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 101                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 102                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 103                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 104                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 105                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 106                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 107                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 108                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 109                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 110                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 111                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 112                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 113                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 114                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 115             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 116             s2.setRooted( true );
 117             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 118             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 119             s1.setRooted( true );
 120             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 121                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 122             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 123             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 124             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 125             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 126                 return false;
 127             }
 128             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 129                 return false;
 130             }
 131             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 132                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 133                 return false;
 134             }
 135             if ( !( pm.obtainLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
 136                 return false;
 137             }
 138             if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 139                 return false;
 140             }
 141             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 142                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 143             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 144             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 145                 return false;
 146             }
 147             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 148                 return false;
 149             }
 150             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 151                 return false;
 152             }
 153             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 154                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 155                 return false;
 156             }
 157             if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 158                 return false;
 159             }
 160             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 161                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 162             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 163             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 173                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 174                 return false;
 175             }
 176             if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 180                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 181             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 182             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 183                 return false;
 184             }
 185             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 186                 return false;
 187             }
 188             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 192                 return false;
 193             }
 194             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 195                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 196             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 197             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 204                 return false;
 205             }
 206             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 207                 return false;
 208             }
 209             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 210                 return false;
 211             }
 212             if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 213                 return false;
 214             }
 215             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 216                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 217                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 218                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 219                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 220             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 221                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 222             gene7_2.setRooted( true );
 223             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 224             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 225                 return false;
 226             }
 227             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 228                 return false;
 229             }
 230             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 231                 return false;
 232             }
 233             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 234                 return false;
 235             }
 236             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 237                 return false;
 238             }
 239             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 240                 return false;
 241             }
 242             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 243                 return false;
 244             }
 245             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 246                 return false;
 247             }
 248             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 252                 return false;
 253             }
 254             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 255             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 256             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 257                 return false;
 258             }
 259             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 260                 return false;
 261             }
 262             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( !pm.obtainLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 266                 return false;
 267             }
 268             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 269             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 270             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( !pm.obtainLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 283             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 284             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 285                 return false;
 286             }
 287             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 288                 return false;
 289             }
 290             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 291                 return false;
 292             }
 293             if ( !pm.obtainLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 294                 return false;
 295             }
 296             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 297             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 298             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 299                 return false;
 300             }
 301             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 302                 return false;
 303             }
 304             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 305                 return false;
 306             }
 307             if ( !pm.obtainLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 308                 return false;
 309             }
 310             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 311             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 312             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 313                 return false;
 314             }
 315             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 316                 return false;
 317             }
 318             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 319                 return false;
 320             }
 321             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 328             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 329             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 330                 return false;
 331             }
 332             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 333                 return false;
 334             }
 335             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 336                 return false;
 337             }
 338             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 342                 return false;
 343             }
 344             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 345             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 346             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 347                 return false;
 348             }
 349             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 362             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 363             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 364                 return false;
 365             }
 366             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 367                 return false;
 368             }
 369             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 370                 return false;
 371             }
 372             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 373                 return false;
 374             }
 375             if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 376                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 380             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 381             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 382                 return false;
 383             }
 384             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 385                 return false;
 386             }
 387             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 388                 return false;
 389             }
 390             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 391                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 392                 return false;
 393             }
 394             if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 395                 return false;
 396             }
 397             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 398             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 399             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 400                 return false;
 401             }
 402             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 403                 return false;
 404             }
 405             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 406                 return false;
 407             }
 408             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 409                 return false;
 410             }
 411             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 412                 return false;
 413             }
 414             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 415             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 416             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 417                 return false;
 418             }
 419             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 420                 return false;
 421             }
 422             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 426                 return false;
 427             }
 428             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 429                 return false;
 430             }
 431             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 432             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 433             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 434                 return false;
 435             }
 436             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 437                 return false;
 438             }
 439             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 440                 return false;
 441             }
 442             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 443                 return false;
 444             }
 445             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 446                 return false;
 447             }
 448             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 449             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 450             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 451                 return false;
 452             }
 453             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 454                 return false;
 455             }
 456             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 457                 return false;
 458             }
 459             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 460                 return false;
 461             }
 462             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 463                 return false;
 464             }
 465             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 466             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 467             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 468                 return false;
 469             }
 470             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 471                 return false;
 472             }
 473             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 474                 return false;
 475             }
 476             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 477                 return false;
 478             }
 479             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 480                 return false;
 481             }
 482             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 483             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 484             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 485                 return false;
 486             }
 487             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 488                 return false;
 489             }
 490             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 491                 return false;
 492             }
 493             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 500             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 501             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 502                 return false;
 503             }
 504             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 505                 return false;
 506             }
 507             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 508                 return false;
 509             }
 510             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 511                 return false;
 512             }
 513             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 514                 return false;
 515             }
 516             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 517             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 518             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 519                 return false;
 520             }
 521             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 522                 return false;
 523             }
 524             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 525                 return false;
 526             }
 527             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 528                 return false;
 529             }
 530             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 531                 return false;
 532             }
 533             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 534             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 535             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 536                 return false;
 537             }
 538             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 539                 return false;
 540             }
 541             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 542                 return false;
 543             }
 544             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 545                 return false;
 546             }
 547             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 548                 return false;
 549             }
 550             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 551                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 552             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 553             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 554                 return false;
 555             }
 556             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 557                 return false;
 558             }
 559             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 560                 return false;
 561             }
 562             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 563                 return false;
 564             }
 565             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 566                 return false;
 567             }
 568             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 569                 return false;
 570             }
 571             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 572                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 573             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 574             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 575                 return false;
 576             }
 577             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 578                 return false;
 579             }
 580             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 581                 return false;
 582             }
 583             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 584                 return false;
 585             }
 586             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 587                 return false;
 588             }
 589             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 590                 return false;
 591             }
 592             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 593                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 594             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 595             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 596                 return false;
 597             }
 598             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 599                 return false;
 600             }
 601             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 602                 return false;
 603             }
 604             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 605                 return false;
 606             }
 607             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 608                 return false;
 609             }
 610             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 611                 return false;
 612             }
 613             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 614                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 615             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 616             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 617                 return false;
 618             }
 619             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 620                 return false;
 621             }
 622             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 623                 return false;
 624             }
 625             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 626                 return false;
 627             }
 628             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 629                 return false;
 630             }
 631             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 632                 return false;
 633             }
 634             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 635                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 636             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 637             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 638             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 639             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 640                 return false;
 641             }
 642             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 643                 return false;
 644             }
 645             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 646                 return false;
 647             }
 648             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 649                 return false;
 650             }
 651             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 652                 return false;
 653             }
 654             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 655                 return false;
 656             }
 657             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 658                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 659             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 660             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 661                 return false;
 662             }
 663             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 664                 return false;
 665             }
 666             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 667                 return false;
 668             }
 669             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 670                 return false;
 671             }
 672             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 673                 return false;
 674             }
 675             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 676                 return false;
 677             }
 678             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 679                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 680             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 681             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 682                 return false;
 683             }
 684             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 685                 return false;
 686             }
 687             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 688                 return false;
 689             }
 690             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 691                 return false;
 692             }
 693             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 694                 return false;
 695             }
 696             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 697                 return false;
 698             }
 699             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 700                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 701             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 702             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 703                 return false;
 704             }
 705             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 706                 return false;
 707             }
 708             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 709                 return false;
 710             }
 711             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 712                 return false;
 713             }
 714             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 715                 return false;
 716             }
 717             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 718                 return false;
 719             }
 720             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 721                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 722             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 723             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 724                 return false;
 725             }
 726             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 727                 return false;
 728             }
 729             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 730                 return false;
 731             }
 732             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 733                 return false;
 734             }
 735             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 736                 return false;
 737             }
 738             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 739                 return false;
 740             }
 741             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 742                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 743             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 744             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 745                 return false;
 746             }
 747             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 748                 return false;
 749             }
 750             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 751                 return false;
 752             }
 753             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 754                 return false;
 755             }
 756             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 757                 return false;
 758             }
 759             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 760                 return false;
 761             }
 762             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 763                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 764             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 765             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 766                 return false;
 767             }
 768             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 769                 return false;
 770             }
 771             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 772                 return false;
 773             }
 774             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 775                 return false;
 776             }
 777             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 778                 return false;
 779             }
 780             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 781                 return false;
 782             }
 783             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 784                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 785             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 786             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 787                 return false;
 788             }
 789             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 790                 return false;
 791             }
 792             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 796                 return false;
 797             }
 798             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 802                 return false;
 803             }
 804             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 805                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 806             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 807             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 808                 return false;
 809             }
 810             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 811                 return false;
 812             }
 813             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 826                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 827             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 828             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 847                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 848             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 849             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             //            //            //-
 889             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 890                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 891             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
 892             Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
 893             //  Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 894             //-
 895             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 896                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 897             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 898             Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
 899             Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 900             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 907                 return false;
 908             }
 909             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 943                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 944             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 945             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
 967                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
 968             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
 969             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
 994                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
 995             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
 996             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1018                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1019             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1020             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1024                 return false;
1025             }
1026             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1042                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1043             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1044             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1045                 return false;
1046             }
1047             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1048                 return false;
1049             }
1050             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1051                 return false;
1052             }
1053             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1054                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1055             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1056             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1060                 return false;
1061             }
1062             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1063                 return false;
1064             }
1065             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1066                 return false;
1067             }
1068             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1072                 return false;
1073             }
1074             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1075                 return false;
1076             }
1077             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1078                 return false;
1079             }
1080             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1081                 return false;
1082             }
1083             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1084                 return false;
1085             }
1086             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1087                 return false;
1088             }
1089             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1090                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1091             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1092             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1096                 return false;
1097             }
1098             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1099                 return false;
1100             }
1101             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1102                 return false;
1103             }
1104             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1105                 return false;
1106             }
1107             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1108                 return false;
1109             }
1110             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1111                 return false;
1112             }
1113             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1114                 return false;
1115             }
1116             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1117                 return false;
1118             }
1119             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1126             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1127             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1128                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1129                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1130                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1131                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1132                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1133                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1134                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1135                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1136                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1137                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1138                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1139                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1140             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1141             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1145                 return false;
1146             }
1147             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1184                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1185                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1186                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1187                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1188                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1189                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1190                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1191                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1192                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1193                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1194                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1195                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1196                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1197             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1198             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             //---------------------
1208             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1209             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1210             g2_0.setRooted( true );
1211             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false );
1212             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215         }
1216         catch ( final Exception e ) {
1217             e.printStackTrace( System.out );
1218             return false;
1219         }
1220         return true;
1221     }
1222
1223     public static void main( final String[] args ) {
1224         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1225             System.out.println( "binary failed" );
1226         }
1227         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1228             System.out.println( "general failed" );
1229         }
1230         else {
1231             System.out.println( "general OK" );
1232         }
1233         //        boolean success = test();
1234         //        if ( success ) {
1235         //            System.out.println( "OK" );
1236         //        }
1237         //        else {
1238         //            System.out.println( "failed" );
1239         //        }
1240     }
1241 }