forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  31 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38 import org.forester.sdi.SDI.TaxonomyComparisonBase;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public final class TestGSDI {
  42
  43     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  44                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  45
  46     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  47         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  48         p.setRooted( true );
  49         return p;
  50     }
  51
  52     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  53         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  54     }
  55
  56     public static boolean test() {
  57         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  58             return false;
  59         }
  60         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  61             return false;
  62         }
  63         return true;
  64     }
  65
  66     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  67         try {
  68             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  69             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  70                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  71                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  72                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  73                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  74                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  75             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  76                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  77                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  78                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  79             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  80             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  81             multi_species_2.setRooted( true );
  82             gene_2_1.setRooted( true );
  83             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false );
  84             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  85                 return false;
  86             }
  87             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  88                 return false;
  89             }
  90         }
  91         catch ( final Exception e ) {
  92             e.printStackTrace( System.out );
  93             return false;
  94         }
  95         return true;
  96     }
  97
  98     private static boolean testGSDI_general() {
  99         try {
 100             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 101             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
 102                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 103                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 104                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 105                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 106                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 107                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 108                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 109                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 110                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 111                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 112                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 113                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 114                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 115                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 116                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 117                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 118             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 119             s2.setRooted( true );
 120             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 121             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 122             s1.setRooted( true );
 123             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 124                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 125             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
 126             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 127             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 128             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 129                 return false;
 130             }
 131             if ( !pm.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 132                 return false;
 133             }
 134             if ( !pm.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 135                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 136                 return false;
 137             }
 138             if ( !( pm.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
 139                 return false;
 140             }
 141             if ( !pm.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 142                 return false;
 143             }
 144             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 145                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 146             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
 147             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 148                 return false;
 149             }
 150             if ( !pm.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 151                 return false;
 152             }
 153             if ( !pm.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 154                 return false;
 155             }
 156             if ( !pm.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 157                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 158                 return false;
 159             }
 160             if ( !pm.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 161                 return false;
 162             }
 163             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 164                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 165             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
 166             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( !pm.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( !pm.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( !pm.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 176                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             if ( !pm.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 180                 return false;
 181             }
 182             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 183                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 184             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
 185             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 186                 return false;
 187             }
 188             if ( !pm.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             if ( !pm.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 192                 return false;
 193             }
 194             if ( !pm.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 198                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 199             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
 200             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( !pm.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 204                 return false;
 205             }
 206             if ( !pm.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 207                 return false;
 208             }
 209             if ( !pm.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 210                 return false;
 211             }
 212             if ( !pm.calculateLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 213                 return false;
 214             }
 215             if ( !pm.calculateLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 216                 return false;
 217             }
 218             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 219                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 220                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 221                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 222                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 223             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 224                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 225             gene7_2.setRooted( true );
 226             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
 227             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 228                 return false;
 229             }
 230             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 231                 return false;
 232             }
 233             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 234                 return false;
 235             }
 236             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 237                 return false;
 238             }
 239             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 240                 return false;
 241             }
 242             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 243                 return false;
 244             }
 245             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 246                 return false;
 247             }
 248             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 252                 return false;
 253             }
 254             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 255                 return false;
 256             }
 257             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 258             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
 259             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 260                 return false;
 261             }
 262             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 266                 return false;
 267             }
 268             if ( !pm.calculateLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 272             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
 273             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             if ( !pm.calculateLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 286             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
 287             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 288                 return false;
 289             }
 290             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 291                 return false;
 292             }
 293             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 294                 return false;
 295             }
 296             if ( !pm.calculateLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 297                 return false;
 298             }
 299             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 300             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
 301             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 302                 return false;
 303             }
 304             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 305                 return false;
 306             }
 307             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 308                 return false;
 309             }
 310             if ( !pm.calculateLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
 311                 return false;
 312             }
 313             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 314             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
 315             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 316                 return false;
 317             }
 318             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 319                 return false;
 320             }
 321             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( !pm.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             if ( !pm.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 331             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
 332             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 333                 return false;
 334             }
 335             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 336                 return false;
 337             }
 338             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             if ( !pm.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 342                 return false;
 343             }
 344             if ( !pm.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 345                 return false;
 346             }
 347             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 348             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
 349             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !pm.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !pm.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 365             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
 366             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 367                 return false;
 368             }
 369             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 370                 return false;
 371             }
 372             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 373                 return false;
 374             }
 375             if ( !pm.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 376                 return false;
 377             }
 378             if ( !pm.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 379                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 383             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
 384             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 385                 return false;
 386             }
 387             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 388                 return false;
 389             }
 390             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 391                 return false;
 392             }
 393             if ( !pm.calculateLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 394                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 395                 return false;
 396             }
 397             if ( !pm.calculateLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
 398                 return false;
 399             }
 400             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 401             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
 402             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 403                 return false;
 404             }
 405             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 406                 return false;
 407             }
 408             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 409                 return false;
 410             }
 411             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 412                 return false;
 413             }
 414             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 415                 return false;
 416             }
 417             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 418             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
 419             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 420                 return false;
 421             }
 422             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 426                 return false;
 427             }
 428             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 429                 return false;
 430             }
 431             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 432                 return false;
 433             }
 434             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 435             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
 436             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 437                 return false;
 438             }
 439             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 440                 return false;
 441             }
 442             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 443                 return false;
 444             }
 445             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 446                 return false;
 447             }
 448             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 449                 return false;
 450             }
 451             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 452             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
 453             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 454                 return false;
 455             }
 456             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 457                 return false;
 458             }
 459             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 460                 return false;
 461             }
 462             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 463                 return false;
 464             }
 465             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 466                 return false;
 467             }
 468             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 469             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
 470             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 471                 return false;
 472             }
 473             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 474                 return false;
 475             }
 476             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 477                 return false;
 478             }
 479             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 480                 return false;
 481             }
 482             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 483                 return false;
 484             }
 485             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 486             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
 487             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 488                 return false;
 489             }
 490             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 491                 return false;
 492             }
 493             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 500                 return false;
 501             }
 502             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 503             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
 504             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 505                 return false;
 506             }
 507             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 508                 return false;
 509             }
 510             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 511                 return false;
 512             }
 513             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 514                 return false;
 515             }
 516             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 517                 return false;
 518             }
 519             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 520             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
 521             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 522                 return false;
 523             }
 524             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 525                 return false;
 526             }
 527             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 528                 return false;
 529             }
 530             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 531                 return false;
 532             }
 533             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 534                 return false;
 535             }
 536             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 537             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
 538             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 539                 return false;
 540             }
 541             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 542                 return false;
 543             }
 544             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 545                 return false;
 546             }
 547             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 548                 return false;
 549             }
 550             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 551                 return false;
 552             }
 553             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 554                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 555             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
 556             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 557                 return false;
 558             }
 559             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 560                 return false;
 561             }
 562             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 563                 return false;
 564             }
 565             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 566                 return false;
 567             }
 568             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 569                 return false;
 570             }
 571             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 572                 return false;
 573             }
 574             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 575                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 576             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
 577             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 578                 return false;
 579             }
 580             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 581                 return false;
 582             }
 583             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 584                 return false;
 585             }
 586             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 587                 return false;
 588             }
 589             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 590                 return false;
 591             }
 592             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 593                 return false;
 594             }
 595             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 596                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 597             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
 598             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 599                 return false;
 600             }
 601             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 602                 return false;
 603             }
 604             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 605                 return false;
 606             }
 607             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 608                 return false;
 609             }
 610             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 611                 return false;
 612             }
 613             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 614                 return false;
 615             }
 616             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 617                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 618             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
 619             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 620                 return false;
 621             }
 622             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 623                 return false;
 624             }
 625             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 626                 return false;
 627             }
 628             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 629                 return false;
 630             }
 631             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 632                 return false;
 633             }
 634             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 635                 return false;
 636             }
 637             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 638                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 639             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
 640             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 641             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 642             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 643                 return false;
 644             }
 645             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 646                 return false;
 647             }
 648             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 649                 return false;
 650             }
 651             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 652                 return false;
 653             }
 654             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 655                 return false;
 656             }
 657             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 658                 return false;
 659             }
 660             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 661                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 662             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
 663             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 664                 return false;
 665             }
 666             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 667                 return false;
 668             }
 669             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 670                 return false;
 671             }
 672             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 673                 return false;
 674             }
 675             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 676                 return false;
 677             }
 678             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 679                 return false;
 680             }
 681             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 682                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 683             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
 684             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 685                 return false;
 686             }
 687             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 688                 return false;
 689             }
 690             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 691                 return false;
 692             }
 693             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 694                 return false;
 695             }
 696             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 697                 return false;
 698             }
 699             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 700                 return false;
 701             }
 702             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 703                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 704             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
 705             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 706                 return false;
 707             }
 708             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 709                 return false;
 710             }
 711             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 712                 return false;
 713             }
 714             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 715                 return false;
 716             }
 717             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 718                 return false;
 719             }
 720             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 721                 return false;
 722             }
 723             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 724                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 725             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
 726             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 727                 return false;
 728             }
 729             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 730                 return false;
 731             }
 732             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 733                 return false;
 734             }
 735             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 736                 return false;
 737             }
 738             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 739                 return false;
 740             }
 741             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 742                 return false;
 743             }
 744             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 745                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 746             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
 747             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 748                 return false;
 749             }
 750             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 751                 return false;
 752             }
 753             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 754                 return false;
 755             }
 756             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 757                 return false;
 758             }
 759             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 760                 return false;
 761             }
 762             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 763                 return false;
 764             }
 765             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 766                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 767             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
 768             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 769                 return false;
 770             }
 771             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 772                 return false;
 773             }
 774             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 775                 return false;
 776             }
 777             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 778                 return false;
 779             }
 780             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 781                 return false;
 782             }
 783             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 784                 return false;
 785             }
 786             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 787                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 788             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
 789             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 790                 return false;
 791             }
 792             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 796                 return false;
 797             }
 798             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 802                 return false;
 803             }
 804             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 805                 return false;
 806             }
 807             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 808                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 809             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
 810             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 811                 return false;
 812             }
 813             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 829                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 830             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
 831             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 850                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 851             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
 852             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 892                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 893             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
 894             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 895                 return false;
 896             }
 897             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 907                 return false;
 908             }
 909             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 937                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 938             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
 939             if ( sdi2_33_d.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( sdi2_33_d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 14 ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( sdi2_33_d.getSpeciationsSum() != 6 ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 949                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 950             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
 951             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
 973                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
 974             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
 975             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
1000                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1001             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
1002             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1024                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1025             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
1026             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1045                 return false;
1046             }
1047             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1048                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1049             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
1050             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1051                 return false;
1052             }
1053             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1060                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1061             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
1062             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1063                 return false;
1064             }
1065             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1066                 return false;
1067             }
1068             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1072                 return false;
1073             }
1074             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1075                 return false;
1076             }
1077             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1078                 return false;
1079             }
1080             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1081                 return false;
1082             }
1083             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1084                 return false;
1085             }
1086             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1087                 return false;
1088             }
1089             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1090                 return false;
1091             }
1092             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1096                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1097             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
1098             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1099                 return false;
1100             }
1101             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1102                 return false;
1103             }
1104             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1105                 return false;
1106             }
1107             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1108                 return false;
1109             }
1110             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1111                 return false;
1112             }
1113             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1114                 return false;
1115             }
1116             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1117                 return false;
1118             }
1119             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1126                 return false;
1127             }
1128             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1132             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1133             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1134                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1135                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1136                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1137                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1138                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1139                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1140                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1141                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1142                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1143                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1144                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1145                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1146             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
1147             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1190                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1191                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1192                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1193                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1194                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1195                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1196                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1197                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1198                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1199                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1200                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1201                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1202                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1203             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
1204             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1214             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1215             g2_0.setRooted( true );
1216             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false );
1217             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             //--
1221             final Phylogeny tol_143_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA + "tol_143.xml" )[ 0 ];
1222             final Phylogeny gene_tree_tax_code_4_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1223                     + "gene_tree_tax_code_4.xml" )[ 0 ];
1224             final GSDI gsdi_143_4_1 = new GSDI( gene_tree_tax_code_4_.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1225             if ( gsdi_143_4_1.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             //--
1235             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_wnt = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1236                     + "gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.xml" )[ 0 ];
1237             gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.setRooted( true );
1238             final GSDI a = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1239             if ( a.getDuplicationsSum() != 33 ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( a.getSpeciationsSum() != 31 ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( a.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( a.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( a.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 26 ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( a.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             //--
1258             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1259                     + "gsdi_test_species_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1260             final GSDI b = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1261                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1262                                      false,
1263                                      true,
1264                                      true );
1265             if ( b.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( b.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( b.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( b.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( b.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( b.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( b.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( b.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             //--
1290             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_nh = TestGSDI
1291                     .createPhylogeny( "((((((('Homo sapiens','Mus musculus')Euarchontoglires,'Petromyzon marinus')Vertebrata,'Nematostella vectensis')'Bilateria Cnidaria',(('Mycosphaerella graminicola','Mycosphaerella pini')Mycosphaerella,'Saccharomyces cerevisiae')'Pezizomycotina Saccharomycetales')Opisthokonta,('Plasmodium chabaudi','Plasmodium falciparum','Plasmodium yoelii yoelii')Plasmodium)Eukaryota,'Pyrococcus horikoshii')Neomura,(('Kineococcus radiotolerans','Kocuria rhizophila','Streptomyces coelicolor','Thermobifida fusca','Microlunatus phosphovorus'),'Bacteroides thetaiotaomicron'))'cellular organisms';" );
1292             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( gsdi_test_species_tree_sn_nh,
1293                                                       PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
1294                                                       true );
1295             final GSDI c = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1296                                      gsdi_test_species_tree_sn_nh.copy(),
1297                                      false,
1298                                      true,
1299                                      true );
1300             if ( c.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( c.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( c.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( c.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( c.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( c.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( c.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( c.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 15 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             //--
1325             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1326                     + "gsdi_test_gene_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1327             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1328                     + "gsdi_test_species_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1329             final GSDI d = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_codes_xml.copy(),
1330                                      gsdi_test_species_tree_codes_xml.copy(),
1331                                      false,
1332                                      true,
1333                                      true );
1334             if ( d.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( d.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( d.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( d.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( d.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( d.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 12 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( d.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 3 ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             //--
1359             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1360                     + "gsdi_test_gene_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1361             final GSDI e = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_xml.copy(),
1362                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1363                                      false,
1364                                      true,
1365                                      true );
1366             if ( e.getDuplicationsSum() != 7 ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( e.getSpeciationsSum() != 9 ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( e.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( e.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( e.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 12 ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( e.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 8 ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( e.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( e.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 7 ) {
1388                 return false;
1389             }
1390         }
1391         catch ( final Exception e ) {
1392             e.printStackTrace( System.out );
1393             return false;
1394         }
1395         return true;
1396     }
1397
1398     public static void main( final String[] args ) {
1399         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1400             System.out.println( "binary failed" );
1401         }
1402         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1403             System.out.println( "general failed" );
1404         }
1405         else {
1406             System.out.println( "general OK" );
1407         }
1408         //        boolean success = test();
1409         //        if ( success ) {
1410         //            System.out.println( "OK" );
1411         //        }
1412         //        else {
1413         //            System.out.println( "failed" );
1414         //        }
1415     }
1416 }