forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  31 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38 import org.forester.sdi.SDIutil.TaxonomyComparisonBase;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public final class TestGSDI {
  42
  43     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  44                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  45
  46     public static void main( final String[] args ) {
  47         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  48             System.out.println( "binary failed" );
  49         }
  50         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  51             System.out.println( "general failed" );
  52         }
  53         if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
  54             System.out.println( "general re-rooting failed" );
  55         }
  56         else {
  57             System.out.println( "OK" );
  58         }
  59         //        boolean success = test();
  60         //        if ( success ) {
  61         //            System.out.println( "OK" );
  62         //        }
  63         //        else {
  64         //            System.out.println( "failed" );
  65         //        }
  66     }
  67
  68     public static boolean test() {
  69         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  70             return false;
  71         }
  72         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  73             return false;
  74         }
  75         if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
  76             return false;
  77         }
  78         return true;
  79     }
  80
  81     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  82         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  83         p.setRooted( true );
  84         return p;
  85     }
  86
  87     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  88         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  89     }
  90
  91     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  92         try {
  93             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  94             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  95                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  96                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  97                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  98                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  99                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
 100             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
 101                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
 102                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
 103                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
 104             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
 105             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
 106             multi_species_2.setRooted( true );
 107             gene_2_1.setRooted( true );
 108             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false, false, false );
 109             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 110                 return false;
 111             }
 112             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 113                 return false;
 114             }
 115         }
 116         catch ( final Exception e ) {
 117             e.printStackTrace( System.out );
 118             return false;
 119         }
 120         return true;
 121     }
 122
 123     private static boolean testGSDI_general() {
 124         try {
 125             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
 126                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 127                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 128                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 129                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 130                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 131                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 132                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 133                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 134                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 135                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 136                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 137                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 138                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 139                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 140                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 141                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 142             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 143             s2.setRooted( true );
 144             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 145             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 146             s1.setRooted( true );
 147             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 148                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 149             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false, false, false );
 150             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 151             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 152             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 153                 return false;
 154             }
 155             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 156                     .isSpeciation() ) {
 157                 return false;
 158             }
 159             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 160                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 161                 return false;
 162             }
 163             if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 164                     .isDuplication() ) ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 168                     .isSpeciation() ) {
 169                 return false;
 170             }
 171             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 172                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 173             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false, false, false );
 174             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 175                 return false;
 176             }
 177             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 178                     .isSpeciation() ) {
 179                 return false;
 180             }
 181             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 182                     .isSpeciation() ) {
 183                 return false;
 184             }
 185             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 186                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 190                     .isSpeciation() ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 194                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 195             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false, false, false );
 196             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 197                 return false;
 198             }
 199             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 200                     .isSpeciation() ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 204                     .isSpeciation() ) {
 205                 return false;
 206             }
 207             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 208                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 209                 return false;
 210             }
 211             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 212                     .isSpeciation() ) {
 213                 return false;
 214             }
 215             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 216                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 217             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false, false, false );
 218             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 219                 return false;
 220             }
 221             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent()
 222                     .isSpeciation() ) {
 223                 return false;
 224             }
 225             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent()
 226                     .isDuplication() ) {
 227                 return false;
 228             }
 229             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 230                     .isSpeciation() ) {
 231                 return false;
 232             }
 233             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 234                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 235             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false, false, false );
 236             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 237                 return false;
 238             }
 239             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 240                     .isSpeciation() ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 244                     .isDuplication() ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent()
 248                     .isDuplication() ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 252                     .isDuplication() ) {
 253                 return false;
 254             }
 255             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 256                     .isSpeciation() ) {
 257                 return false;
 258             }
 259             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 260                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 261                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 262                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 263                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 264             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 265                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 266             gene7_2.setRooted( true );
 267             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false, false, false );
 268             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 275                 return false;
 276             }
 277             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 278                 return false;
 279             }
 280             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 281                 return false;
 282             }
 283             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 284                 return false;
 285             }
 286             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 290                 return false;
 291             }
 292             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 293                 return false;
 294             }
 295             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 296                 return false;
 297             }
 298             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 299             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false, false, false );
 300             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 301                 return false;
 302             }
 303             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 304                 return false;
 305             }
 306             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 307                 return false;
 308             }
 309             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent()
 310                     .isSpeciation() ) {
 311                 return false;
 312             }
 313             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 314             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false, false, false );
 315             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 316                 return false;
 317             }
 318             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 319                 return false;
 320             }
 321             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent()
 325                     .isSpeciation() ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 329             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false, false, false );
 330             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 331                 return false;
 332             }
 333             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent()
 340                     .isSpeciation() ) {
 341                 return false;
 342             }
 343             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 344             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false, false, false );
 345             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 346                 return false;
 347             }
 348             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 349                 return false;
 350             }
 351             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 352                 return false;
 353             }
 354             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData()
 355                     .getEvent().isDuplication() ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 359             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false, false, false );
 360             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 361                 return false;
 362             }
 363             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 364                 return false;
 365             }
 366             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 367                 return false;
 368             }
 369             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 370                     .isSpeciation() ) {
 371                 return false;
 372             }
 373             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent()
 374                     .isSpeciation() ) {
 375                 return false;
 376             }
 377             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 378             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false, false, false );
 379             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 389                     .isSpeciation() ) {
 390                 return false;
 391             }
 392             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 393                     .isSpeciation() ) {
 394                 return false;
 395             }
 396             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 397             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false, false, false );
 398             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 402                 return false;
 403             }
 404             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 405                 return false;
 406             }
 407             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent()
 408                     .isSpeciation() ) {
 409                 return false;
 410             }
 411             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 412                     .isSpeciation() ) {
 413                 return false;
 414             }
 415             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 416             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false, false, false );
 417             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 418                 return false;
 419             }
 420             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 421                 return false;
 422             }
 423             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 424                 return false;
 425             }
 426             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 427                     .isSpeciation() ) {
 428                 return false;
 429             }
 430             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 431                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 432                 return false;
 433             }
 434             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 435             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false, false, false );
 436             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 437                 return false;
 438             }
 439             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 440                 return false;
 441             }
 442             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 443                 return false;
 444             }
 445             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 446                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 447                 return false;
 448             }
 449             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 450                     .isSpeciation() ) {
 451                 return false;
 452             }
 453             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 454             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false, false, false );
 455             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 456                 return false;
 457             }
 458             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 459                 return false;
 460             }
 461             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 462                 return false;
 463             }
 464             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 465                 return false;
 466             }
 467             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 468                 return false;
 469             }
 470             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 471             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false, false, false );
 472             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 473                 return false;
 474             }
 475             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 476                 return false;
 477             }
 478             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 479                 return false;
 480             }
 481             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 482                 return false;
 483             }
 484             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 485                 return false;
 486             }
 487             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 488             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false, false, false );
 489             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 490                 return false;
 491             }
 492             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 493                 return false;
 494             }
 495             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 496                 return false;
 497             }
 498             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 499                 return false;
 500             }
 501             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 502                 return false;
 503             }
 504             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 505             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false, false, false );
 506             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 507                 return false;
 508             }
 509             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 510                 return false;
 511             }
 512             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 513                 return false;
 514             }
 515             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 516                 return false;
 517             }
 518             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 519                 return false;
 520             }
 521             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 522             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false, false, false );
 523             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 524                 return false;
 525             }
 526             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 527                 return false;
 528             }
 529             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 530                 return false;
 531             }
 532             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 533                 return false;
 534             }
 535             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 536                 return false;
 537             }
 538             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 539             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false, false, false );
 540             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 541                 return false;
 542             }
 543             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 544                 return false;
 545             }
 546             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 547                 return false;
 548             }
 549             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 550                 return false;
 551             }
 552             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 553                 return false;
 554             }
 555             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 556             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false, false, false );
 557             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 558                 return false;
 559             }
 560             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 561                 return false;
 562             }
 563             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 564                 return false;
 565             }
 566             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 567                 return false;
 568             }
 569             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 570                 return false;
 571             }
 572             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 573             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false, false, false );
 574             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 575                 return false;
 576             }
 577             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 578                 return false;
 579             }
 580             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 581                 return false;
 582             }
 583             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 584                 return false;
 585             }
 586             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 587                 return false;
 588             }
 589             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 590             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false, false, false );
 591             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 592                 return false;
 593             }
 594             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 595                 return false;
 596             }
 597             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 598                 return false;
 599             }
 600             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 601                 return false;
 602             }
 603             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 604                 return false;
 605             }
 606             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 607                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 608             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false, false, false );
 609             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 610                 return false;
 611             }
 612             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 613                 return false;
 614             }
 615             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 616                 return false;
 617             }
 618             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 619                 return false;
 620             }
 621             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 622                 return false;
 623             }
 624             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 625                 return false;
 626             }
 627             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 628                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 629             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false, false, false );
 630             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 631                 return false;
 632             }
 633             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 634                 return false;
 635             }
 636             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 637                 return false;
 638             }
 639             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 640                 return false;
 641             }
 642             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 643                 return false;
 644             }
 645             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 646                 return false;
 647             }
 648             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 649                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 650             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false, false, false );
 651             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 652                 return false;
 653             }
 654             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 655                 return false;
 656             }
 657             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 658                 return false;
 659             }
 660             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 661                 return false;
 662             }
 663             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 664                 return false;
 665             }
 666             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 667                 return false;
 668             }
 669             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 670                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 671             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false, false, false );
 672             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 673                 return false;
 674             }
 675             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 676                 return false;
 677             }
 678             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 679                 return false;
 680             }
 681             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 682                 return false;
 683             }
 684             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 685                 return false;
 686             }
 687             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 688                 return false;
 689             }
 690             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 691                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 692             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false, false, false );
 693             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 694             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 695             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 696                 return false;
 697             }
 698             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 699                 return false;
 700             }
 701             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 702                 return false;
 703             }
 704             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 705                 return false;
 706             }
 707             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 708                 return false;
 709             }
 710             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 711                 return false;
 712             }
 713             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 714                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 715             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false, false, false );
 716             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 717                 return false;
 718             }
 719             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 720                 return false;
 721             }
 722             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 723                 return false;
 724             }
 725             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 726                 return false;
 727             }
 728             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 729                 return false;
 730             }
 731             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 732                 return false;
 733             }
 734             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 735                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 736             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false, false, false );
 737             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 738                 return false;
 739             }
 740             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 741                 return false;
 742             }
 743             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 744                 return false;
 745             }
 746             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 747                 return false;
 748             }
 749             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 750                 return false;
 751             }
 752             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 753                 return false;
 754             }
 755             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 756                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 757             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false, false, false );
 758             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 759                 return false;
 760             }
 761             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 762                 return false;
 763             }
 764             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 765                 return false;
 766             }
 767             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 768                 return false;
 769             }
 770             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 771                 return false;
 772             }
 773             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 774                 return false;
 775             }
 776             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 777                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 778             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false, false, false );
 779             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 780                 return false;
 781             }
 782             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 783                 return false;
 784             }
 785             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 798                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 799             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false, false, false );
 800             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 801                 return false;
 802             }
 803             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 819                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 820             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false, false, false );
 821             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 840                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 841             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false, false, false );
 842             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 861                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 862             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false, false, false );
 863             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 882                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 883             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false, false, false );
 884             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 903                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 904             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false, false, false );
 905             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 945                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 946             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false, false, false );
 947             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 990                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 991             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false, false, false );
 992             if ( sdi2_33_d.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( sdi2_33_d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 14 ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( sdi2_33_d.getSpeciationsSum() != 6 ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
1002                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
1003             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false, false, false );
1004             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
1026                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
1027             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false, false, false );
1028             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
1053                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1054             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false, false, false );
1055             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1077                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1078             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false, false, false );
1079             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1092                 return false;
1093             }
1094             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1101                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1102             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false, false, false );
1103             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1110                 return false;
1111             }
1112             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1113                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1114             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false, false, false );
1115             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1122                 return false;
1123             }
1124             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1125                 return false;
1126             }
1127             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1137                 return false;
1138             }
1139             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1149                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1150             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false, false, false );
1151             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1185             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1186             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1187                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1188                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1189                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1190                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1191                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1192                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1193                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1194                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1195                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1196                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1197                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1198                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1199             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false, false, false );
1200             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1243                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1244                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1245                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1246                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1247                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1248                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1249                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1250                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1251                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1252                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1253                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1254                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1255                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1256             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false, false, false );
1257             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1267             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1268             g2_0.setRooted( true );
1269             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false, false, false );
1270             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             //--
1274             final Phylogeny tol_143_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA + "tol_143.xml" )[ 0 ];
1275             final Phylogeny gene_tree_tax_code_4_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1276                     + "gene_tree_tax_code_4.xml" )[ 0 ];
1277             final GSDI gsdi_143_4_1 = new GSDI( gene_tree_tax_code_4_.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1278             if ( gsdi_143_4_1.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             //--
1288             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_wnt = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1289                     + "gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.xml" )[ 0 ];
1290             gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.setRooted( true );
1291             final GSDI a = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1292             if ( a.getDuplicationsSum() != 33 ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( a.getSpeciationsSum() != 31 ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( a.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( a.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( a.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 26 ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( a.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             //--
1311             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1312                     + "gsdi_test_species_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1313             final GSDI b = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1314                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1315                                      false,
1316                                      true,
1317                                      true );
1318             if ( b.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( b.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( b.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( b.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( b.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( b.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( b.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( b.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             //--
1343             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_nh = TestGSDI
1344                     .createPhylogeny( "((((((('Homo sapiens','Mus musculus')Euarchontoglires,'Petromyzon marinus')Vertebrata,'Nematostella vectensis')'Bilateria Cnidaria',(('Mycosphaerella graminicola','Mycosphaerella pini')Mycosphaerella,'Saccharomyces cerevisiae')'Pezizomycotina Saccharomycetales')Opisthokonta,('Plasmodium chabaudi','Plasmodium falciparum','Plasmodium yoelii yoelii')Plasmodium)Eukaryota,'Pyrococcus horikoshii')Neomura,(('Kineococcus radiotolerans','Kocuria rhizophila','Streptomyces coelicolor','Thermobifida fusca','Microlunatus phosphovorus'),'Bacteroides thetaiotaomicron'))'cellular organisms';" );
1345             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( gsdi_test_species_tree_sn_nh,
1346                                                       PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
1347                                                       true );
1348             final GSDI c = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1349                                      gsdi_test_species_tree_sn_nh.copy(),
1350                                      false,
1351                                      true,
1352                                      true );
1353             if ( c.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( c.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( c.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( c.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( c.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( c.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( c.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( c.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 15 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             //--
1378             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1379                     + "gsdi_test_gene_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1380             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1381                     + "gsdi_test_species_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1382             final GSDI d = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_codes_xml.copy(),
1383                                      gsdi_test_species_tree_codes_xml.copy(),
1384                                      false,
1385                                      true,
1386                                      true );
1387             if ( d.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( d.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( d.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( d.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( d.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( d.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 12 ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( d.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 3 ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             //--
1412             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1413                     + "gsdi_test_gene_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1414             final GSDI e = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_xml.copy(),
1415                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1416                                      false,
1417                                      true,
1418                                      true );
1419             if ( e.getDuplicationsSum() != 7 ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( e.getSpeciationsSum() != 9 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( e.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( e.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( e.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 12 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( e.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 8 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( e.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( e.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 7 ) {
1441                 return false;
1442             }
1443         }
1444         catch ( final Exception e ) {
1445             e.printStackTrace( System.out );
1446             return false;
1447         }
1448         return true;
1449     }
1450
1451     private static boolean testGSDIR_general() {
1452         try {
1453             final String s1str = "(((([&&NHX:S=HUMAN],([&&NHX:S=MOUSE],[&&NHX:S=RAT])),([&&NHX:S=CAEEL],[&&NHX:S=CAEBR])),[&&NHX:S=YEAST]),[&&NHX:S=ARATH])";
1454             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1str, new NHXParser() )[ 0 ];
1455             s1.setRooted( true );
1456             final Phylogeny g1 = TestGSDI
1457                     .createPhylogeny( "(HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],(RAT[&&NHX:S=RAT],(CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL],YEAST[&&NHX:S=YEAST])))" );
1458             final GSDIR sdi1 = new GSDIR( g1.copy(), s1.copy(), false, false );
1459             if ( sdi1.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             final Phylogeny g2 = TestGSDI
1463                     .createPhylogeny( "(((HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],RAT[&&NHX:S=RAT]),CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL]),YEAST[&&NHX:S=YEAST])" );
1464             final GSDIR sdi2 = new GSDIR( g2.copy(), s1.copy(), false, false );
1465             if ( sdi2.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             final Phylogeny g3 = TestGSDI
1469                     .createPhylogeny( "(RAT[&&NHX:S=RAT],HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],(YEAST[&&NHX:S=YEAST],CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL]))" );
1470             final GSDIR sdi3 = new GSDIR( g3.copy(), s1.copy(), false, false );
1471             if ( sdi3.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             final Phylogeny g4 = TestGSDI
1475                     .createPhylogeny( "(((((MOUSE[&&NHX:S=MOUSE],[&&NHX:S=RAT]),[&&NHX:S=HUMAN]),([&&NHX:S=ARATH],[&&NHX:S=YEAST])),[&&NHX:S=CAEEL]),[&&NHX:S=CAEBR])" );
1476             final GSDIR sdi4 = new GSDIR( g4.copy(), s1.copy(), false, false );
1477             if ( sdi4.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1478                 return false;
1479             }
1480         }
1481         catch ( final Exception e ) {
1482             e.printStackTrace( System.out );
1483             return false;
1484         }
1485         return true;
1486     }
1487 }