forester/java/src/org/forester/sdi/TestGSDI.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.sdi;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29
  30 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  31 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38 import org.forester.sdi.SDI.TaxonomyComparisonBase;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public final class TestGSDI {
  42
  43     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  44                                                           + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  45
  46     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
  47         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
  48         p.setRooted( true );
  49         return p;
  50     }
  51
  52     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
  53         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
  54     }
  55
  56     public static boolean test() {
  57         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
  58             return false;
  59         }
  60         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
  61             return false;
  62         }
  63         if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
  64             return false;
  65         }
  66         return true;
  67     }
  68
  69     private static boolean testGSDI_against_binary_gene_tree() {
  70         try {
  71             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  72             final String multi_species_2_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2]),"
  73                     + "([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4],[&&NHX:S=5])),"
  74                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7],[&&NHX:S=8],[&&NHX:S=9])),"
  75                     + "([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  76                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13],[&&NHX:S=14])),"
  77                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=16],[&&NHX:S=17]),([&&NHX:S=18],[&&NHX:S=19],[&&NHX:S=20]),([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=22],[&&NHX:S=23],[&&NHX:S=24])));";
  78             final String gene_2_1_str = "(((((([&&NHX:S=1],[&&NHX:S=2])1_2,([&&NHX:S=3],[&&NHX:S=4])),"
  79                     + "([&&NHX:S=6],[&&NHX:S=7])6_7_8_9)1_9,([&&NHX:S=10],[&&NHX:S=11])),"
  80                     + "([&&NHX:S=12],[&&NHX:S=13])12_13_14)1_14,"
  81                     + "([&&NHX:S=15],([&&NHX:S=21],[&&NHX:S=24])21_22_23_24)15_24);";
  82             final Phylogeny multi_species_2 = factory.create( multi_species_2_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  83             final Phylogeny gene_2_1 = factory.create( gene_2_1_str, new NHXParser() )[ 0 ];
  84             multi_species_2.setRooted( true );
  85             gene_2_1.setRooted( true );
  86             final GSDI sdi = new GSDI( gene_2_1, multi_species_2, false, false, false );
  87             if ( sdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
  88                 return false;
  89             }
  90             if ( sdi.getDuplicationsSum() != 0 ) {
  91                 return false;
  92             }
  93         }
  94         catch ( final Exception e ) {
  95             e.printStackTrace( System.out );
  96             return false;
  97         }
  98         return true;
  99     }
 100
 101     private static boolean testGSDI_general() {
 102         try {
 103             final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
 104                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
 105                     + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
 106                     + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
 107                     + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
 108                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
 109                     + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
 110                     + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
 111                     + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
 112                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
 113                     + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
 114                     + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
 115                     + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
 116                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
 117                     + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
 118                     + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
 119                     + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
 120             final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
 121             s2.setRooted( true );
 122             final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
 123             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
 124             s1.setRooted( true );
 125             final Phylogeny g1 = TestGSDI
 126                     .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
 127             final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false, false, false );
 128             // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
 129             // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
 130             if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 131                 return false;
 132             }
 133             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 134                     .isSpeciation() ) {
 135                 return false;
 136             }
 137             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 138                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 139                 return false;
 140             }
 141             if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 142                     .isDuplication() ) ) {
 143                 return false;
 144             }
 145             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 146                     .isSpeciation() ) {
 147                 return false;
 148             }
 149             final Phylogeny g2 = TestGSDI
 150                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 151             final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false, false, false );
 152             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 153                 return false;
 154             }
 155             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 156                     .isSpeciation() ) {
 157                 return false;
 158             }
 159             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 160                     .isSpeciation() ) {
 161                 return false;
 162             }
 163             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 164                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 168                     .isSpeciation() ) {
 169                 return false;
 170             }
 171             final Phylogeny g3 = TestGSDI
 172                     .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
 173             final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false, false, false );
 174             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 175                 return false;
 176             }
 177             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
 178                     .isSpeciation() ) {
 179                 return false;
 180             }
 181             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
 182                     .isSpeciation() ) {
 183                 return false;
 184             }
 185             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 186                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 190                     .isSpeciation() ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Phylogeny g4 = TestGSDI
 194                     .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
 195             final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false, false, false );
 196             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 197                 return false;
 198             }
 199             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent()
 200                     .isSpeciation() ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent()
 204                     .isDuplication() ) {
 205                 return false;
 206             }
 207             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
 208                     .isSpeciation() ) {
 209                 return false;
 210             }
 211             final Phylogeny g5 = TestGSDI
 212                     .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
 213             final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false, false, false );
 214             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
 218                     .isSpeciation() ) {
 219                 return false;
 220             }
 221             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
 222                     .isDuplication() ) {
 223                 return false;
 224             }
 225             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent()
 226                     .isDuplication() ) {
 227                 return false;
 228             }
 229             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 230                     .isDuplication() ) {
 231                 return false;
 232             }
 233             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
 234                     .isSpeciation() ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
 238                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
 239                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
 240                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
 241                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
 242             final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
 243                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 244             gene7_2.setRooted( true );
 245             final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false, false, false );
 246             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 247                 return false;
 248             }
 249             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 250                 return false;
 251             }
 252             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 253                 return false;
 254             }
 255             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 256                 return false;
 257             }
 258             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 259                 return false;
 260             }
 261             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
 262                 return false;
 263             }
 264             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
 265                 return false;
 266             }
 267             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 268                 return false;
 269             }
 270             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
 277             final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false, false, false );
 278             if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 279                 return false;
 280             }
 281             if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 282                 return false;
 283             }
 284             if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 285                 return false;
 286             }
 287             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent()
 288                     .isSpeciation() ) {
 289                 return false;
 290             }
 291             final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
 292             final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false, false, false );
 293             if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 294                 return false;
 295             }
 296             if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 297                 return false;
 298             }
 299             if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 300                 return false;
 301             }
 302             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent()
 303                     .isSpeciation() ) {
 304                 return false;
 305             }
 306             final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
 307             final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false, false, false );
 308             if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 309                 return false;
 310             }
 311             if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 312                 return false;
 313             }
 314             if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 315                 return false;
 316             }
 317             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent()
 318                     .isSpeciation() ) {
 319                 return false;
 320             }
 321             final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
 322             final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false, false, false );
 323             if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 324                 return false;
 325             }
 326             if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 327                 return false;
 328             }
 329             if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 330                 return false;
 331             }
 332             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData()
 333                     .getEvent().isDuplication() ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
 337             final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false, false, false );
 338             if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 342                 return false;
 343             }
 344             if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 345                 return false;
 346             }
 347             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 348                     .isSpeciation() ) {
 349                 return false;
 350             }
 351             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent()
 352                     .isSpeciation() ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 356             final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false, false, false );
 357             if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 358                 return false;
 359             }
 360             if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 361                 return false;
 362             }
 363             if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 364                 return false;
 365             }
 366             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
 367                     .isSpeciation() ) {
 368                 return false;
 369             }
 370             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 371                     .isSpeciation() ) {
 372                 return false;
 373             }
 374             final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
 375             final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false, false, false );
 376             if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent()
 386                     .isSpeciation() ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
 390                     .isSpeciation() ) {
 391                 return false;
 392             }
 393             final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
 394             final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false, false, false );
 395             if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 396                 return false;
 397             }
 398             if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 402                 return false;
 403             }
 404             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 405                     .isSpeciation() ) {
 406                 return false;
 407             }
 408             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 409                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 410                 return false;
 411             }
 412             final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
 413             final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false, false, false );
 414             if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 415                 return false;
 416             }
 417             if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 418                 return false;
 419             }
 420             if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 421                 return false;
 422             }
 423             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
 424                     .isSpeciationOrDuplication() ) {
 425                 return false;
 426             }
 427             if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
 428                     .isSpeciation() ) {
 429                 return false;
 430             }
 431             final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 432             final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false, false, false );
 433             if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 434                 return false;
 435             }
 436             if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 437                 return false;
 438             }
 439             if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 440                 return false;
 441             }
 442             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 443                 return false;
 444             }
 445             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
 446                 return false;
 447             }
 448             final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
 449             final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false, false, false );
 450             if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 451                 return false;
 452             }
 453             if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 454                 return false;
 455             }
 456             if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 457                 return false;
 458             }
 459             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 460                 return false;
 461             }
 462             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 463                 return false;
 464             }
 465             final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
 466             final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false, false, false );
 467             if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 468                 return false;
 469             }
 470             if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 471                 return false;
 472             }
 473             if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 474                 return false;
 475             }
 476             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
 477                 return false;
 478             }
 479             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 480                 return false;
 481             }
 482             final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
 483             final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false, false, false );
 484             if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 485                 return false;
 486             }
 487             if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 488                 return false;
 489             }
 490             if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 491                 return false;
 492             }
 493             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 497                 return false;
 498             }
 499             final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
 500             final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false, false, false );
 501             if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 502                 return false;
 503             }
 504             if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 505                 return false;
 506             }
 507             if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 508                 return false;
 509             }
 510             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
 511                 return false;
 512             }
 513             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 514                 return false;
 515             }
 516             final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 517             final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false, false, false );
 518             if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 519                 return false;
 520             }
 521             if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 522                 return false;
 523             }
 524             if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 525                 return false;
 526             }
 527             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 528                 return false;
 529             }
 530             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
 531                 return false;
 532             }
 533             final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 534             final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false, false, false );
 535             if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 536                 return false;
 537             }
 538             if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 539                 return false;
 540             }
 541             if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 542                 return false;
 543             }
 544             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
 545                 return false;
 546             }
 547             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
 548                 return false;
 549             }
 550             final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 551             final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false, false, false );
 552             if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 553                 return false;
 554             }
 555             if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 556                 return false;
 557             }
 558             if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 559                 return false;
 560             }
 561             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 562                 return false;
 563             }
 564             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
 565                 return false;
 566             }
 567             final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
 568             final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false, false, false );
 569             if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 570                 return false;
 571             }
 572             if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 573                 return false;
 574             }
 575             if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 576                 return false;
 577             }
 578             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
 579                 return false;
 580             }
 581             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
 582                 return false;
 583             }
 584             final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
 585                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
 586             final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false, false, false );
 587             if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 588                 return false;
 589             }
 590             if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 591                 return false;
 592             }
 593             if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
 594                 return false;
 595             }
 596             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 597                 return false;
 598             }
 599             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
 600                 return false;
 601             }
 602             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
 603                 return false;
 604             }
 605             final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
 606                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
 607             final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false, false, false );
 608             if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 609                 return false;
 610             }
 611             if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 612                 return false;
 613             }
 614             if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 615                 return false;
 616             }
 617             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
 618                 return false;
 619             }
 620             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
 621                 return false;
 622             }
 623             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 624                 return false;
 625             }
 626             final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
 627                     .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
 628             final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false, false, false );
 629             if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 630                 return false;
 631             }
 632             if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 633                 return false;
 634             }
 635             if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 636                 return false;
 637             }
 638             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
 639                 return false;
 640             }
 641             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
 642                 return false;
 643             }
 644             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
 645                 return false;
 646             }
 647             final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
 648                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
 649             final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false, false, false );
 650             if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 651                 return false;
 652             }
 653             if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 654                 return false;
 655             }
 656             if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 657                 return false;
 658             }
 659             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 660                 return false;
 661             }
 662             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
 663                 return false;
 664             }
 665             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
 666                 return false;
 667             }
 668             final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
 669                     .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
 670             final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false, false, false );
 671             //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
 672             //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
 673             if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 674                 return false;
 675             }
 676             if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 677                 return false;
 678             }
 679             if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 680                 return false;
 681             }
 682             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
 683                 return false;
 684             }
 685             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
 686                 return false;
 687             }
 688             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 689                 return false;
 690             }
 691             final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
 692                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
 693             final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false, false, false );
 694             if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 695                 return false;
 696             }
 697             if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 698                 return false;
 699             }
 700             if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 701                 return false;
 702             }
 703             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 704                 return false;
 705             }
 706             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
 707                 return false;
 708             }
 709             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 710                 return false;
 711             }
 712             final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
 713                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
 714             final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false, false, false );
 715             if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 716                 return false;
 717             }
 718             if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 719                 return false;
 720             }
 721             if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 722                 return false;
 723             }
 724             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 725                 return false;
 726             }
 727             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
 728                 return false;
 729             }
 730             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 731                 return false;
 732             }
 733             final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
 734                     .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
 735             final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false, false, false );
 736             if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 737                 return false;
 738             }
 739             if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 740                 return false;
 741             }
 742             if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 743                 return false;
 744             }
 745             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 746                 return false;
 747             }
 748             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
 749                 return false;
 750             }
 751             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 752                 return false;
 753             }
 754             final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
 755                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 756             final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false, false, false );
 757             if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 758                 return false;
 759             }
 760             if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
 761                 return false;
 762             }
 763             if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 764                 return false;
 765             }
 766             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 767                 return false;
 768             }
 769             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 770                 return false;
 771             }
 772             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 773                 return false;
 774             }
 775             final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
 776                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
 777             final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false, false, false );
 778             if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 779                 return false;
 780             }
 781             if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 782                 return false;
 783             }
 784             if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 785                 return false;
 786             }
 787             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
 788                 return false;
 789             }
 790             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 791                 return false;
 792             }
 793             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 794                 return false;
 795             }
 796             final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
 797                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
 798             final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false, false, false );
 799             if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 800                 return false;
 801             }
 802             if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 806                 return false;
 807             }
 808             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 809                 return false;
 810             }
 811             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
 818                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
 819             final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false, false, false );
 820             if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
 824                 return false;
 825             }
 826             if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 827                 return false;
 828             }
 829             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 830                 return false;
 831             }
 832             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
 839                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
 840             final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false, false, false );
 841             if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 845                 return false;
 846             }
 847             if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
 860                     .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
 861             final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false, false, false );
 862             if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
 881                     .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 882             final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false, false, false );
 883             if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
 923                     .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
 924             final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false, false, false );
 925             if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
 968                     .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
 969             final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false, false, false );
 970             if ( sdi2_33_d.getDuplicationsSum() != 3 ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( sdi2_33_d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 14 ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( sdi2_33_d.getSpeciationsSum() != 6 ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
 980                     .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
 981             final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false, false, false );
 982             if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
1004                     .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
1005             final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false, false, false );
1006             if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
1028                 return false;
1029             }
1030             final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
1031                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1032             final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false, false, false );
1033             if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1037                 return false;
1038             }
1039             if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1040                 return false;
1041             }
1042             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1043                 return false;
1044             }
1045             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1049                 return false;
1050             }
1051             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1052                 return false;
1053             }
1054             final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
1055                     .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
1056             final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false, false, false );
1057             if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
1058                 return false;
1059             }
1060             if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1064                 return false;
1065             }
1066             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
1067                 return false;
1068             }
1069             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
1070                 return false;
1071             }
1072             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
1073                 return false;
1074             }
1075             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1076                 return false;
1077             }
1078             final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
1079                     .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
1080             final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false, false, false );
1081             if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
1082                 return false;
1083             }
1084             if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1085                 return false;
1086             }
1087             if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
1088                 return false;
1089             }
1090             final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
1091                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
1092             final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false, false, false );
1093             if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
1094                 return false;
1095             }
1096             if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1097                 return false;
1098             }
1099             if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
1112                 return false;
1113             }
1114             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
1127                     .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
1128             final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false, false, false );
1129             if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
1130                 return false;
1131             }
1132             if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1136                 return false;
1137             }
1138             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
1145                 return false;
1146             }
1147             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
1163             DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
1164             final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
1165                     .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1166                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1167                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1168                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1169                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1170                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1171                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1172                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1173                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1174                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1175                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1176                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
1177             final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false, false, false );
1178             if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
1200                 return false;
1201             }
1202             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
1221                     .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
1222                             + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
1223                             + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
1224                             + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
1225                             + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
1226                             + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
1227                             + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
1228                             + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
1229                             + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
1230                             + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
1231                             + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
1232                             + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
1233                             + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
1234             final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false, false, false );
1235             if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
1245             final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
1246             g2_0.setRooted( true );
1247             final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false, false, false );
1248             if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             //--
1252             final Phylogeny tol_143_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA + "tol_143.xml" )[ 0 ];
1253             final Phylogeny gene_tree_tax_code_4_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1254                     + "gene_tree_tax_code_4.xml" )[ 0 ];
1255             final GSDI gsdi_143_4_1 = new GSDI( gene_tree_tax_code_4_.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1256             if ( gsdi_143_4_1.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             //--
1266             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_wnt = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1267                     + "gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.xml" )[ 0 ];
1268             gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.setRooted( true );
1269             final GSDI a = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
1270             if ( a.getDuplicationsSum() != 33 ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( a.getSpeciationsSum() != 31 ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( a.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( a.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( a.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 26 ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( a.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             //--
1289             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1290                     + "gsdi_test_species_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1291             final GSDI b = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1292                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1293                                      false,
1294                                      true,
1295                                      true );
1296             if ( b.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( b.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( b.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( b.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( b.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( b.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( b.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( b.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             //--
1321             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_nh = TestGSDI
1322                     .createPhylogeny( "((((((('Homo sapiens','Mus musculus')Euarchontoglires,'Petromyzon marinus')Vertebrata,'Nematostella vectensis')'Bilateria Cnidaria',(('Mycosphaerella graminicola','Mycosphaerella pini')Mycosphaerella,'Saccharomyces cerevisiae')'Pezizomycotina Saccharomycetales')Opisthokonta,('Plasmodium chabaudi','Plasmodium falciparum','Plasmodium yoelii yoelii')Plasmodium)Eukaryota,'Pyrococcus horikoshii')Neomura,(('Kineococcus radiotolerans','Kocuria rhizophila','Streptomyces coelicolor','Thermobifida fusca','Microlunatus phosphovorus'),'Bacteroides thetaiotaomicron'))'cellular organisms';" );
1323             PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( gsdi_test_species_tree_sn_nh,
1324                                                       PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
1325                                                       true );
1326             final GSDI c = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
1327                                      gsdi_test_species_tree_sn_nh.copy(),
1328                                      false,
1329                                      true,
1330                                      true );
1331             if ( c.getDuplicationsSum() != 8 ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( c.getSpeciationsSum() != 2 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( c.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( c.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( c.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( c.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( c.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( c.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 15 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             //--
1356             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1357                     + "gsdi_test_gene_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1358             final Phylogeny gsdi_test_species_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1359                     + "gsdi_test_species_tree_codes.xml" )[ 0 ];
1360             final GSDI d = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_codes_xml.copy(),
1361                                      gsdi_test_species_tree_codes_xml.copy(),
1362                                      false,
1363                                      true,
1364                                      true );
1365             if ( d.getDuplicationsSum() != 21 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( d.getSpeciationsSum() != 28 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( d.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( d.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( d.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( d.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 12 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( d.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 3 ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             //--
1390             final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
1391                     + "gsdi_test_gene_tree_sn.xml" )[ 0 ];
1392             final GSDI e = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_xml.copy(),
1393                                      gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
1394                                      false,
1395                                      true,
1396                                      true );
1397             if ( e.getDuplicationsSum() != 7 ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( e.getSpeciationsSum() != 9 ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( e.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( e.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( e.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 12 ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( e.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 8 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( e.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( e.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 7 ) {
1419                 return false;
1420             }
1421         }
1422         catch ( final Exception e ) {
1423             e.printStackTrace( System.out );
1424             return false;
1425         }
1426         return true;
1427     }
1428
1429     private static boolean testGSDIR_general() {
1430         try {
1431             final String s1str = "(((([&&NHX:S=HUMAN],([&&NHX:S=MOUSE],[&&NHX:S=RAT])),([&&NHX:S=CAEEL],[&&NHX:S=CAEBR])),[&&NHX:S=YEAST]),[&&NHX:S=ARATH])";
1432             final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1str, new NHXParser() )[ 0 ];
1433             s1.setRooted( true );
1434             final Phylogeny g1 = TestGSDI
1435                     .createPhylogeny( "(HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],(RAT[&&NHX:S=RAT],(CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL],YEAST[&&NHX:S=YEAST])))" );
1436             final GSDIR sdi1 = new GSDIR( g1.copy(), s1.copy(), false, false );
1437             if ( sdi1.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             final Phylogeny g2 = TestGSDI
1441                     .createPhylogeny( "(((HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],RAT[&&NHX:S=RAT]),CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL]),YEAST[&&NHX:S=YEAST])" );
1442             final GSDIR sdi2 = new GSDIR( g2.copy(), s1.copy(), false, false );
1443             if ( sdi2.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             final Phylogeny g3 = TestGSDI
1447                     .createPhylogeny( "(RAT[&&NHX:S=RAT],HUMAN[&&NHX:S=HUMAN],(YEAST[&&NHX:S=YEAST],CAEEL[&&NHX:T=:S=CAEEL]))" );
1448             final GSDIR sdi3 = new GSDIR( g3.copy(), s1.copy(), false, false );
1449             if ( sdi3.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             final Phylogeny g4 = TestGSDI
1453                     .createPhylogeny( "(((((MOUSE[&&NHX:S=MOUSE],[&&NHX:S=RAT]),[&&NHX:S=HUMAN]),([&&NHX:S=ARATH],[&&NHX:S=YEAST])),[&&NHX:S=CAEEL]),[&&NHX:S=CAEBR])" );
1454             final GSDIR sdi4 = new GSDIR( g4.copy(), s1.copy(), false, false );
1455             if ( sdi4.getMinDuplicationsSum() != 0 ) {
1456                 return false;
1457             }
1458         }
1459         catch ( final Exception e ) {
1460             e.printStackTrace( System.out );
1461             return false;
1462         }
1463         return true;
1464     }
1465
1466     public static void main( final String[] args ) {
1467         if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
1468             System.out.println( "binary failed" );
1469         }
1470         if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
1471             System.out.println( "general failed" );
1472         }
1473         if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
1474             System.out.println( "general re-rooting failed" );
1475         }
1476         else {
1477             System.out.println( "OK" );
1478         }
1479         //        boolean success = test();
1480         //        if ( success ) {
1481         //            System.out.println( "OK" );
1482         //        }
1483         //        else {
1484         //            System.out.println( "failed" );
1485         //        }
1486     }
1487 }