forester/java/src/org/forester/sequence/BasicSequence.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.sequence;
  28
  29 import org.forester.util.ForesterUtil;
  30
  31 public class BasicSequence implements Sequence {
  32
  33     private final char[] _mol_sequence;
  34     private final String _identifier;
  35     private final TYPE   _type;
  36
  37     private BasicSequence( final String identifier, final String mol_sequence, final TYPE type ) {
  38         if ( ForesterUtil.isEmpty( identifier ) ) {
  39             throw new IllegalArgumentException( "identifier of sequence cannot be empty" );
  40         }
  41         if ( ForesterUtil.isEmpty( mol_sequence ) ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "molecular sequence cannot be empty" );
  43         }
  44         _mol_sequence = mol_sequence.toCharArray();
  45         _identifier = identifier;
  46         _type = type;
  47     }
  48
  49     // Only use if you know what you are doing!
  50     public BasicSequence( final String identifier, final char[] mol_sequence, final TYPE type ) {
  51         if ( ForesterUtil.isEmpty( identifier ) ) {
  52             throw new IllegalArgumentException( "identifier of sequence cannot be empty" );
  53         }
  54         if ( ( mol_sequence == null ) || ( mol_sequence.length < 1 ) ) {
  55             throw new IllegalArgumentException( "molecular sequence cannot be empty" );
  56         }
  57         _mol_sequence = mol_sequence;
  58         _identifier = identifier;
  59         _type = type;
  60     }
  61
  62     @Override
  63     public String getIdentifier() {
  64         return _identifier;
  65     }
  66
  67     @Override
  68     public int getLength() {
  69         return _mol_sequence.length;
  70     }
  71
  72     @Override
  73     public char[] getMolecularSequence() {
  74         return _mol_sequence;
  75     }
  76
  77     @Override
  78     public char getResidueAt( final int position ) {
  79         return _mol_sequence[ position ];
  80     }
  81
  82     @Override
  83     public TYPE getType() {
  84         return _type;
  85     }
  86
  87     @Override
  88     public int getNumberOfGapResidues() {
  89         int gaps = 0;
  90         for( final char element : _mol_sequence ) {
  91             if ( element == GAP ) {
  92                 ++gaps;
  93             }
  94         }
  95         return gaps;
  96     }
  97
  98     @Override
  99     public boolean equals( final Object obj ) {
 100         if ( obj == null ) {
 101             return false;
 102         }
 103         if ( obj.getClass() != getClass() ) {
 104             return false;
 105         }
 106         final Sequence other = ( Sequence ) obj;
 107         if ( getMolecularSequenceAsString().equals( other.getMolecularSequenceAsString() ) ) {
 108             return true;
 109         }
 110         return false;
 111     }
 112
 113     @Override
 114     public int hashCode() {
 115         return getMolecularSequenceAsString().hashCode();
 116     }
 117
 118     @Override
 119     public String toString() {
 120         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 121         sb.append( _identifier.toString() );
 122         sb.append( ": " );
 123         sb.append( getMolecularSequenceAsString() );
 124         return sb.toString();
 125     }
 126
 127     public static Sequence copySequence( final Sequence seq ) {
 128         final char[] s = new char[ seq.getMolecularSequence().length ];
 129         for( int i = 0; i < seq.getMolecularSequence().length; i++ ) {
 130             s[ i ] = seq.getMolecularSequence()[ i ];
 131         }
 132         return new BasicSequence( new String( seq.getIdentifier() ), s, seq.getType() );
 133     }
 134
 135     public static Sequence createAaSequence( final String identifier, final String mol_sequence ) {
 136         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
 137                 .replaceAll( AA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_AA ) ), TYPE.AA );
 138     }
 139
 140     public static Sequence createDnaSequence( final String identifier, final String mol_sequence ) {
 141         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
 142                 .replaceAll( DNA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_NUC ) ), TYPE.DNA );
 143     }
 144
 145     public static Sequence createRnaSequence( final String identifier, final String mol_sequence ) {
 146         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
 147                 .replaceAll( RNA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_NUC ) ), TYPE.RNA );
 148     }
 149
 150     @Override
 151     public String getMolecularSequenceAsString() {
 152         return new String( getMolecularSequence() );
 153     }
 154 }