forester/java/src/org/forester/sequence/BasicSequence.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.sequence;
  28
  29 public class BasicSequence implements Sequence {
  30
  31     private final char[] _mol_sequence;
  32     private final Object _identifier;
  33     private final TYPE   _type;
  34
  35     private BasicSequence( final Object identifier, final String mol_sequence, final TYPE type ) {
  36         _mol_sequence = mol_sequence.toCharArray();
  37         _identifier = identifier;
  38         _type = type;
  39     }
  40
  41     // Only use if you know what you are doing!
  42     public BasicSequence( final Object identifier, final char[] mol_sequence, final TYPE type ) {
  43         _mol_sequence = mol_sequence;
  44         _identifier = identifier;
  45         _type = type;
  46     }
  47
  48     @Override
  49     public Object getIdentifier() {
  50         return _identifier;
  51     }
  52
  53     @Override
  54     public int getLength() {
  55         return _mol_sequence.length;
  56     }
  57
  58     @Override
  59     public char[] getMolecularSequence() {
  60         return _mol_sequence;
  61     }
  62
  63     @Override
  64     public char getResidueAt( final int position ) {
  65         return _mol_sequence[ position ];
  66     }
  67
  68     @Override
  69     public TYPE getType() {
  70         return _type;
  71     }
  72
  73     @Override
  74     public String toString() {
  75         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  76         sb.append( _identifier.toString() );
  77         sb.append( " " );
  78         sb.append( new String( _mol_sequence ) );
  79         return sb.toString();
  80     }
  81
  82     public static Sequence createAaSequence( final Object identifier, final String mol_sequence ) {
  83         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
  84                 .replaceAll( AA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_AA ) ), TYPE.AA );
  85     }
  86
  87     public static Sequence createDnaSequence( final Object identifier, final String mol_sequence ) {
  88         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
  89                 .replaceAll( DNA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_NUC ) ), TYPE.DNA );
  90     }
  91
  92     public static Sequence createRnaSequence( final Object identifier, final String mol_sequence ) {
  93         return new BasicSequence( identifier, mol_sequence.toUpperCase().replaceAll( "\\.", GAP_STR )
  94                 .replaceAll( RNA_REGEXP, Character.toString( UNSPECIFIED_NUC ) ), TYPE.RNA );
  95     }
  96 }