forester/java/src/org/forester/surfacing/AdjactantDirectedBinaryDomainCombination.java

   1 // $Id:
   2 // Exp $
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import java.util.HashMap;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.forester.protein.BasicDomain;
  33 import org.forester.protein.BinaryDomainCombination;
  34
  35 public class AdjactantDirectedBinaryDomainCombination extends BasicBinaryDomainCombination {
  36
  37     final private static Map<Integer, AdjactantDirectedBinaryDomainCombination> ADDC_POOL = new HashMap<Integer, AdjactantDirectedBinaryDomainCombination>();
  38
  39     private AdjactantDirectedBinaryDomainCombination( final String n_terminal, final String c_terminal ) {
  40         super();
  41         if ( ( n_terminal == null ) || ( c_terminal == null ) ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create binary domain combination using null" );
  43         }
  44         _id0 = BasicDomain.obtainIdAsShort( n_terminal );
  45         _id1 = BasicDomain.obtainIdAsShort( c_terminal );
  46     }
  47
  48     public final static AdjactantDirectedBinaryDomainCombination obtainInstance( final String ids ) {
  49         if ( ids.indexOf( BinaryDomainCombination.SEPARATOR ) < 1 ) {
  50             throw new IllegalArgumentException( "Unexpected format for binary domain combination [" + ids + "]" );
  51         }
  52         final String[] ids_ary = ids.split( BinaryDomainCombination.SEPARATOR );
  53         if ( ids_ary.length != 2 ) {
  54             throw new IllegalArgumentException( "Unexpected format for binary domain combination [" + ids + "]" );
  55         }
  56         return AdjactantDirectedBinaryDomainCombination.obtainInstance( ids_ary[ 0 ], ids_ary[ 1 ] );
  57     }
  58
  59     public final static AdjactantDirectedBinaryDomainCombination obtainInstance( final String n_terminal,
  60                                                                                  final String c_terminal ) {
  61         final int code = calcCode( BasicDomain.obtainIdAsShort( n_terminal ), BasicDomain.obtainIdAsShort( c_terminal ) );
  62         if ( ADDC_POOL.containsKey( code ) ) {
  63             return ADDC_POOL.get( code );
  64         }
  65         else {
  66             final AdjactantDirectedBinaryDomainCombination dc = new AdjactantDirectedBinaryDomainCombination( n_terminal,
  67                                                                                                               c_terminal );
  68             ADDC_POOL.put( code, dc );
  69             if ( VERBOSE && ( ( ADDC_POOL.size() % 100 ) == 0 ) ) {
  70                 System.out.println( " addc pool size: " + ADDC_POOL.size() );
  71             }
  72             return dc;
  73         }
  74     }
  75 }