forester/java/src/org/forester/surfacing/AdjactantDirectedCombinableDomains.java

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  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: www.phylosoft.org
  27
  28 package org.forester.surfacing;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.protein.BinaryDomainCombination;
  34 import org.forester.protein.DomainId;
  35 import org.forester.species.Species;
  36
  37 public class AdjactantDirectedCombinableDomains extends BasicCombinableDomains {
  38
  39     public AdjactantDirectedCombinableDomains( final DomainId n_terminal_key_domain, final Species species ) {
  40         super( n_terminal_key_domain, species );
  41     }
  42
  43     @Override
  44     public List<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations() {
  45         final List<BinaryDomainCombination> binary_combinations = new ArrayList<BinaryDomainCombination>( getNumberOfCombinableDomains() );
  46         for( final DomainId domain : getCombiningDomains().keySet() ) {
  47             // Precondition (!): key domain is most upstream domain.
  48             //TODO ensure this is true.
  49             binary_combinations.add( new AdjactantDirectedBinaryDomainCombination( getKeyDomain(), domain ) );
  50         }
  51         return binary_combinations;
  52     }
  53 }