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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / surfacing / AdjactantDirectedCombinableDomains.java
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4 // FORESTER -- software libraries and applications
5 // for evolutionary biology research and applications.
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7 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
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24 //
25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
26 // WWW: www.phylosoft.org
27
28 package org.forester.surfacing;
29
30 import java.util.ArrayList;
31 import java.util.List;
32
33 public class AdjactantDirectedCombinableDomains extends BasicCombinableDomains {
34
35     public AdjactantDirectedCombinableDomains( final DomainId n_terminal_key_domain, final Species species ) {
36         super( n_terminal_key_domain, species );
37     }
38
39     @Override
40     public List<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations() {
41         final List<BinaryDomainCombination> binary_combinations = new ArrayList<BinaryDomainCombination>( getNumberOfCombinableDomains() );
42         for( final DomainId domain : getCombiningDomains().keySet() ) {
43             // Precondition (!): key domain is most upstream domain.
44             //TODO ensure this is true.
45             binary_combinations.add( new AdjactantDirectedBinaryDomainCombination( getKeyDomain(), domain ) );
46         }
47         return binary_combinations;
48     }
49 }