forester/java/src/org/forester/surfacing/CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarityCalculator.java

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  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  27
  28 package org.forester.surfacing;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.forester.protein.DomainId;
  33
  34 public class CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarityCalculator implements PairwiseDomainSimilarityCalculator {
  35
  36     @Override
  37     public PairwiseDomainSimilarity calculateSimilarity( final CombinableDomains domains_1,
  38                                                          final CombinableDomains domains_2 ) {
  39         if ( !domains_1.getKeyDomain().equals( domains_2.getKeyDomain() ) ) {
  40             throw new IllegalArgumentException( "attempt to calculate similarity between domain collection with different keys" );
  41         }
  42         final List<DomainId> d1 = domains_1.getCombinableDomains();
  43         final List<DomainId> d2 = domains_2.getCombinableDomains();
  44         int same = 0;
  45         int different = 0;
  46         for( final DomainId domain : d1 ) {
  47             if ( d2.contains( domain ) ) {
  48                 same++;
  49             }
  50             else {
  51                 different++;
  52             }
  53         }
  54         for( final DomainId domain : d2 ) {
  55             if ( !( d1.contains( domain ) ) ) {
  56                 different++;
  57             }
  58         }
  59         final int difference = domains_1.getNumberOfCombinableDomains() - domains_2.getNumberOfCombinableDomains();
  60         return new CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarity( same, different, difference );
  61     }
  62 }