forester/java/src/org/forester/surfacing/CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarityCalculator.java

   1 // $Id:
   2 // 22:43:35 cmzmasek Exp $
   3 //
   4 // FORESTER -- software libraries and applications
   5 // for evolutionary biology research and applications.
   6 //
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   8 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  27
  28 package org.forester.surfacing;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarityCalculator implements PairwiseDomainSimilarityCalculator {
  33
  34     @Override
  35     public PairwiseDomainSimilarity calculateSimilarity( final CombinableDomains domains_1,
  36                                                          final CombinableDomains domains_2 ) {
  37         if ( !domains_1.getKeyDomain().equals( domains_2.getKeyDomain() ) ) {
  38             throw new IllegalArgumentException( "attempt to calculate similarity between domain collection with different keys" );
  39         }
  40         final List<String> d1 = domains_1.getCombinableDomains();
  41         final List<String> d2 = domains_2.getCombinableDomains();
  42         int same = 0;
  43         int different = 0;
  44         for( final String domain : d1 ) {
  45             if ( d2.contains( domain ) ) {
  46                 same++;
  47             }
  48             else {
  49                 different++;
  50             }
  51         }
  52         for( final String domain : d2 ) {
  53             if ( !( d1.contains( domain ) ) ) {
  54                 different++;
  55             }
  56         }
  57         final int difference = domains_1.getNumberOfCombinableDomains() - domains_2.getNumberOfCombinableDomains();
  58         return new CombinationsBasedPairwiseDomainSimilarity( same, different, difference );
  59     }
  60 }