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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / surfacing / DirectedCombinableDomains.java
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2 //
3 // FORESTER -- software libraries and applications
4 // for evolutionary biology research and applications.
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6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
8 // All rights reserved
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10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
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19 // 
20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
23 //
24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
26
27 package org.forester.surfacing;
28
29 import java.util.ArrayList;
30 import java.util.List;
31
32 public class DirectedCombinableDomains extends BasicCombinableDomains {
33
34     public DirectedCombinableDomains( final DomainId n_terminal_key_domain, final Species species ) {
35         super( n_terminal_key_domain, species );
36     }
37
38     @Override
39     public List<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations() {
40         final List<BinaryDomainCombination> binary_combinations = new ArrayList<BinaryDomainCombination>( getNumberOfCombinableDomains() );
41         for( final DomainId domain : getCombiningDomains().keySet() ) {
42             // Precondition (!): key domain is most upstream domain.
43             //TODO ensure this is true.
44             binary_combinations.add( new DirectedBinaryDomainCombination( getKeyDomain(), domain ) );
45         }
46         return binary_combinations;
47     }
48 }