forester/java/src/org/forester/surfacing/DirectedCombinableDomains.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.forester.protein.BinaryDomainCombination;
  33 import org.forester.species.Species;
  34
  35 public class DirectedCombinableDomains extends BasicCombinableDomains {
  36
  37     public DirectedCombinableDomains( final String n_terminal_key_domain, final Species species ) {
  38         super( n_terminal_key_domain, species );
  39     }
  40
  41     @Override
  42     public List<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations() {
  43         final List<BinaryDomainCombination> binary_combinations = new ArrayList<BinaryDomainCombination>( getNumberOfCombinableDomains() );
  44         for( final String domain : getCombiningDomains().keySet() ) {
  45             // Precondition (!): key domain is most upstream domain.
  46             //TODO ensure this is true.
  47             binary_combinations.add( DirectedBinaryDomainCombination.obtainInstance( getKeyDomain(), domain ) );
  48         }
  49         return binary_combinations;
  50     }
  51 }