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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / surfacing / DomainCountsBasedPairwiseSimilarityCalculator.java
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2 // 04:20:19 cmzmasek Exp $
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4 // FORESTER -- software libraries and applications
5 // for evolutionary biology research and applications.
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7 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
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24 //
25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
26 // WWW: www.phylosoft.org/forester
27
28 package org.forester.surfacing;
29
30 public class DomainCountsBasedPairwiseSimilarityCalculator implements PairwiseDomainSimilarityCalculator {
31
32     @Override
33     public PairwiseDomainSimilarity calculateSimilarity( final CombinableDomains domains_1,
34                                                          final CombinableDomains domains_2 ) {
35         if ( !domains_1.getKeyDomain().equals( domains_2.getKeyDomain() ) ) {
36             throw new IllegalArgumentException( "attempt to calculate similarity between domain collection with different keys" );
37         }
38         final int dc1 = domains_1.getKeyDomainCount();
39         final int dc2 = domains_2.getKeyDomainCount();
40         return new CountsBasedPairwiseDomainSimilarity( dc1 - dc2, dc1 + dc2 );
41     }
42 }