forester/java/src/org/forester/surfacing/GenomeWideCombinableDomains.java

   1 // $Id:
   2 // $
   3 //
   4 // FORESTER -- software libraries and applications
   5 // for evolutionary biology research and applications.
   6 //
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   8 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  27
  28 package org.forester.surfacing;
  29
  30 import java.util.SortedMap;
  31 import java.util.SortedSet;
  32
  33 import org.forester.protein.BinaryDomainCombination;
  34 import org.forester.protein.BinaryDomainCombination.DomainCombinationType;
  35 import org.forester.protein.DomainId;
  36 import org.forester.species.Species;
  37 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  38
  39 public interface GenomeWideCombinableDomains {
  40
  41     public boolean contains( DomainId key_id );
  42
  43     public CombinableDomains get( DomainId key_id );
  44
  45     public SortedMap<DomainId, CombinableDomains> getAllCombinableDomainsIds();
  46
  47     /**
  48      * This should return all domains ids present in the genome.
  49      *
  50      * @return a sorted set of domains ids
  51      */
  52     public SortedSet<DomainId> getAllDomainIds();
  53
  54     public DomainCombinationType getDomainCombinationType();
  55
  56     SortedSet<DomainId> getMostPromiscuosDomain();
  57
  58     /**
  59      * This should return a statistic for per domain
  60      * promiscuity in a genome.
  61      *
  62      * @return descriptive statistics for per domain promiscuity in a genome
  63      */
  64     public DescriptiveStatistics getPerGenomeDomainPromiscuityStatistics();
  65
  66     public int getSize();
  67
  68     public Species getSpecies();
  69
  70     /**
  71      * This should return all binary domain combinations present in the genome.
  72      *
  73      * @return a sorted set of binary domain combinations
  74      */
  75     public SortedSet<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations();
  76
  77     public StringBuilder toStringBuilder( GenomeWideCombinableDomainsSortOrder order );
  78
  79     public static enum GenomeWideCombinableDomainsSortOrder {
  80         ALPHABETICAL_KEY_ID, KEY_DOMAIN_PROTEINS_COUNT, KEY_DOMAIN_COUNT, COMBINATIONS_COUNT
  81     }
  82 }