forester/java/src/org/forester/surfacing/GenomeWideCombinableDomains.java

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  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  27
  28 package org.forester.surfacing;
  29
  30 import java.util.SortedMap;
  31 import java.util.SortedSet;
  32
  33 import org.forester.surfacing.BinaryDomainCombination.DomainCombinationType;
  34 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  35
  36 public interface GenomeWideCombinableDomains {
  37
  38     public boolean contains( DomainId key_id );
  39
  40     public CombinableDomains get( DomainId key_id );
  41
  42     public SortedMap<DomainId, CombinableDomains> getAllCombinableDomainsIds();
  43
  44     /**
  45      * This should return all domains ids present in the genome.
  46      *
  47      * @return a sorted set of domains ids
  48      */
  49     public SortedSet<DomainId> getAllDomainIds();
  50
  51     public DomainCombinationType getDomainCombinationType();
  52
  53     SortedSet<DomainId> getMostPromiscuosDomain();
  54
  55     /**
  56      * This should return a statistic for per domain
  57      * promiscuity in a genome.
  58      *
  59      * @return descriptive statistics for per domain promiscuity in a genome
  60      */
  61     public DescriptiveStatistics getPerGenomeDomainPromiscuityStatistics();
  62
  63     public int getSize();
  64
  65     public Species getSpecies();
  66
  67     /**
  68      * This should return all binary domain combinations present in the genome.
  69      *
  70      * @return a sorted set of binary domain combinations
  71      */
  72     public SortedSet<BinaryDomainCombination> toBinaryDomainCombinations();
  73
  74     public StringBuilder toStringBuilder( GenomeWideCombinableDomainsSortOrder order );
  75
  76     public static enum GenomeWideCombinableDomainsSortOrder {
  77         ALPHABETICAL_KEY_ID, KEY_DOMAIN_PROTEINS_COUNT, KEY_DOMAIN_COUNT, COMBINATIONS_COUNT
  78     }
  79 }