forester/java/src/org/forester/surfacing/MinimalDomainomeCalculator.java

   1
   2 package org.forester.surfacing;
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashSet;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Set;
   8 import java.util.SortedMap;
   9
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  14 import org.forester.protein.Domain;
  15 import org.forester.protein.Protein;
  16 import org.forester.species.BasicSpecies;
  17 import org.forester.species.Species;
  18
  19 public final class MinimalDomainomeCalculator {
  20
  21     public static void main( final String[] args ) {
  22         Set<String> a = new HashSet<String>();
  23         Set<String> b = new HashSet<String>();
  24         Set<String> c = new HashSet<String>();
  25         Set<String> d = new HashSet<String>();
  26         a.add( "x" );
  27         a.add( "b" );
  28         a.add( "c" );
  29         b.add( "a" );
  30         b.add( "b" );
  31         b.add( "c" );
  32         c.add( "a" );
  33         c.add( "b" );
  34         c.add( "c" );
  35         c.add( "c" );
  36         c.add( "f" );
  37         d.add( "a" );
  38         d.add( "c" );
  39         d.add( "d" );
  40         List<Set<String>> domains_per_genome_list = new ArrayList();
  41         domains_per_genome_list.add( a );
  42         domains_per_genome_list.add( b );
  43         domains_per_genome_list.add( c );
  44         domains_per_genome_list.add( d );
  45         Set<String> x = x( domains_per_genome_list );
  46         System.out.println( x );
  47     }
  48
  49     static final public void calc( Phylogeny tre, SortedMap<Species, List<Protein>> protein_lists_per_species ) {
  50         for( final PhylogenyNodeIterator iter = tre.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
  51             final PhylogenyNode node = iter.next();
  52             if ( node.isInternal() ) {
  53                 System.out.println();
  54                 if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  55                     System.out.println( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() + ":" );
  56                 }
  57                 else {
  58                     System.out.println( node.getName() + ":" );
  59                 }
  60                 final List<PhylogenyNode> e = node.getAllExternalDescendants();
  61                 final List<Set<String>> domains_per_genome_list = new ArrayList();
  62                 for( PhylogenyNode en : e ) {
  63                     final String code = en.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode();
  64                     System.out.print( code + " " );
  65                     //System.out.println( protein_lists_per_species );
  66                     final List<Protein> x = protein_lists_per_species.get( new BasicSpecies( code ) );
  67                     if ( x != null ) {
  68                         final Set<String> d = new HashSet<String>();
  69                         for( Protein protein : x ) {
  70                             List<Domain> domains = protein.getProteinDomains();
  71                             for( Domain domain : domains ) {
  72                                 d.add( domain.getDomainId() );
  73                             }
  74                         }
  75                         domains_per_genome_list.add( d );
  76                     }
  77                 }
  78                 System.out.println();
  79                 Set<String> x = x( domains_per_genome_list );
  80                 System.out.println( x );
  81             }
  82         }
  83     }
  84
  85     static final Set<String> x( List<Set<String>> domains_per_genome_list ) {
  86         Set<String> first = domains_per_genome_list.get( 0 );
  87         for( int i = 1; i < domains_per_genome_list.size(); ++i ) {
  88             first.retainAll( domains_per_genome_list.get( i ) );
  89         }
  90         return first;
  91     }
  92 }