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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / surfacing / PairwiseDomainSimilarity.java
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3 // FORESTER -- software libraries and applications
4 // for evolutionary biology research and applications.
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6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
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22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
23 //
24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
26
27 package org.forester.surfacing;
28
29 public interface PairwiseDomainSimilarity {
30
31     /**
32      * This should return the -- not normalized, not absolute -- difference in
33      * counts (for example domain counts) for the two domains.
34      * It is important that it is: (counts for domain 1) minus (counts for domain 2).
35      * 
36      * @return the difference in counts
37      */
38     public int getDifferenceInCounts();
39
40     public double getSimilarityScore();
41 }