forester/java/src/org/forester/surfacing/SimpleDomain.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import org.forester.protein.Domain;
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 /*
  33  * A limited implementation of Domain. Its intended use is for when only a
  34  * domain identifier is needed. Note intended for general use.
  35  */
  36 public class SimpleDomain implements Domain {
  37
  38     final private String _id;
  39
  40     public SimpleDomain( final String id ) {
  41         if ( ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create protein domain with null or empty id" );
  43         }
  44         _id = id;
  45     }
  46
  47     // ^^  @Override
  48     // ^^  public void addGoId( final GoId go_id ) {
  49     // ^^     throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  50     // ^^ }
  51     @Override
  52     public int compareTo( final Domain domain ) {
  53         if ( this == domain ) {
  54             return 0;
  55         }
  56         return getDomainId().compareTo( domain.getDomainId() );
  57     }
  58
  59     @Override
  60     public String getDomainId() {
  61         return _id;
  62     }
  63
  64     @Override
  65     public int getFrom() {
  66         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  67     }
  68
  69     // ^^   @Override
  70     // ^^   public GoId getGoId( final int i ) {
  71     // ^^      throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  72     // ^^  }
  73     @Override
  74     public int getLength() {
  75         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  76     }
  77
  78     @Override
  79     public short getNumber() {
  80         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  81     }
  82
  83     // ^^   @Override
  84     // ^^  public int getNumberOfGoIds() {
  85     // ^^      throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  86     // ^^ }
  87     @Override
  88     public double getPerDomainEvalue() {
  89         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  90     }
  91
  92     @Override
  93     public double getPerDomainScore() {
  94         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  95     }
  96
  97     @Override
  98     public double getPerSequenceEvalue() {
  99         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 100     }
 101
 102     @Override
 103     public double getPerSequenceScore() {
 104         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 105     }
 106
 107     public String getSearchParameter() {
 108         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 109     }
 110
 111     @Override
 112     public int getTo() {
 113         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 114     }
 115
 116     @Override
 117     public short getTotalCount() {
 118         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 119     }
 120
 121     public boolean isCompleteQueryMatch() {
 122         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 123     }
 124
 125     public boolean isCompleteTargetMatch() {
 126         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 127     }
 128 }