forester/java/src/org/forester/surfacing/SimpleDomain.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import org.forester.go.GoId;
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 /*
  33  * A limited implementation of Domain. Its intended use is for when only a
  34  * domain identifier is needed. Note intended for general use.
  35  */
  36 public class SimpleDomain implements Domain {
  37
  38     final private DomainId _id;
  39
  40     public SimpleDomain( final String id_str ) {
  41         if ( ForesterUtil.isEmpty( id_str ) ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create protein domain with null or empty id" );
  43         }
  44         _id = new DomainId( id_str );
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public void addGoId( final GoId go_id ) {
  49         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  50     }
  51
  52     public int compareTo( final Domain domain ) {
  53         if ( this == domain ) {
  54             return 0;
  55         }
  56         return getDomainId().compareTo( domain.getDomainId() );
  57     }
  58
  59     public DomainId getDomainId() {
  60         return _id;
  61     }
  62
  63     public int getFrom() {
  64         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  65     }
  66
  67     @Override
  68     public GoId getGoId( final int i ) {
  69         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  70     }
  71
  72     public int getLength() {
  73         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  74     }
  75
  76     public short getNumber() {
  77         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  78     }
  79
  80     @Override
  81     public int getNumberOfGoIds() {
  82         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  83     }
  84
  85     @Override
  86     public double getPerDomainEvalue() {
  87         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  88     }
  89
  90     @Override
  91     public double getPerDomainScore() {
  92         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  93     }
  94
  95     public double getPerSequenceEvalue() {
  96         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  97     }
  98
  99     public double getPerSequenceScore() {
 100         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 101     }
 102
 103     public String getSearchParameter() {
 104         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 105     }
 106
 107     public int getTo() {
 108         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 109     }
 110
 111     public short getTotalCount() {
 112         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 113     }
 114
 115     public boolean isCompleteQueryMatch() {
 116         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 117     }
 118
 119     public boolean isCompleteTargetMatch() {
 120         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 121     }
 122 }