forester/java/src/org/forester/surfacing/SimpleDomain.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import org.forester.protein.BasicDomain;
  30 import org.forester.protein.Domain;
  31 import org.forester.util.ForesterUtil;
  32
  33 /*
  34  * A limited implementation of Domain. Its intended use is for when only a
  35  * domain identifier is needed. Note intended for general use.
  36  */
  37 public class SimpleDomain implements Domain {
  38
  39     final private short _id;
  40
  41     public SimpleDomain( final String id ) {
  42         if ( ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
  43             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create protein domain with null or empty id" );
  44         }
  45         _id = BasicDomain.obtainIdAsShort( id );
  46     }
  47
  48     @Override
  49     public int compareTo( final Domain domain ) {
  50         if ( this == domain ) {
  51             return 0;
  52         }
  53         return getDomainId().compareTo( domain.getDomainId() );
  54     }
  55
  56     @Override
  57     public String getDomainId() {
  58         return BasicDomain.obtainIdFromShort( _id );
  59     }
  60
  61     @Override
  62     public int getFrom() {
  63         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  64     }
  65
  66     @Override
  67     public int getLength() {
  68         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  69     }
  70
  71     @Override
  72     public short getNumber() {
  73         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  74     }
  75
  76     @Override
  77     public double getPerDomainEvalue() {
  78         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public double getPerDomainScore() {
  83         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  84     }
  85
  86     @Override
  87     public int getTo() {
  88         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  89     }
  90
  91     @Override
  92     public short getTotalCount() {
  93         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  94     }
  95 }