forester/java/src/org/forester/surfacing/SimpleDomain.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import org.forester.go.GoId;
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 /*
  33  * A limited implementation of Domain. Its intended use is for when only a
  34  * domain identifier is needed. Note intended for general use.
  35  */
  36 public class SimpleDomain implements Domain {
  37
  38     final private DomainId _id;
  39
  40     public SimpleDomain( final String id_str ) {
  41         if ( ForesterUtil.isEmpty( id_str ) ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create protein domain with null or empty id" );
  43         }
  44         _id = new DomainId( id_str );
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public void addGoId( final GoId go_id ) {
  49         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public int compareTo( final Domain domain ) {
  54         if ( this == domain ) {
  55             return 0;
  56         }
  57         return getDomainId().compareTo( domain.getDomainId() );
  58     }
  59
  60     @Override
  61     public DomainId getDomainId() {
  62         return _id;
  63     }
  64
  65     @Override
  66     public int getFrom() {
  67         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  68     }
  69
  70     @Override
  71     public GoId getGoId( final int i ) {
  72         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  73     }
  74
  75     public int getLength() {
  76         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  77     }
  78
  79     @Override
  80     public short getNumber() {
  81         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public int getNumberOfGoIds() {
  86         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  87     }
  88
  89     @Override
  90     public double getPerDomainEvalue() {
  91         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  92     }
  93
  94     @Override
  95     public double getPerDomainScore() {
  96         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  97     }
  98
  99     @Override
 100     public double getPerSequenceEvalue() {
 101         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public double getPerSequenceScore() {
 106         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 107     }
 108
 109     public String getSearchParameter() {
 110         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 111     }
 112
 113     @Override
 114     public int getTo() {
 115         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 116     }
 117
 118     @Override
 119     public short getTotalCount() {
 120         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 121     }
 122
 123     public boolean isCompleteQueryMatch() {
 124         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 125     }
 126
 127     public boolean isCompleteTargetMatch() {
 128         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 129     }
 130 }