forester/java/src/org/forester/surfacing/SimpleDomain.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.surfacing;
  28
  29 import org.forester.go.GoId;
  30 import org.forester.protein.Domain;
  31 import org.forester.protein.DomainId;
  32 import org.forester.util.ForesterUtil;
  33
  34 /*
  35  * A limited implementation of Domain. Its intended use is for when only a
  36  * domain identifier is needed. Note intended for general use.
  37  */
  38 public class SimpleDomain implements Domain {
  39
  40     final private DomainId _id;
  41
  42     public SimpleDomain( final String id_str ) {
  43         if ( ForesterUtil.isEmpty( id_str ) ) {
  44             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create protein domain with null or empty id" );
  45         }
  46         _id = new DomainId( id_str );
  47     }
  48
  49     @Override
  50     public void addGoId( final GoId go_id ) {
  51         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  52     }
  53
  54     @Override
  55     public int compareTo( final Domain domain ) {
  56         if ( this == domain ) {
  57             return 0;
  58         }
  59         return getDomainId().compareTo( domain.getDomainId() );
  60     }
  61
  62     @Override
  63     public DomainId getDomainId() {
  64         return _id;
  65     }
  66
  67     @Override
  68     public int getFrom() {
  69         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  70     }
  71
  72     @Override
  73     public GoId getGoId( final int i ) {
  74         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  75     }
  76
  77     public int getLength() {
  78         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public short getNumber() {
  83         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  84     }
  85
  86     @Override
  87     public int getNumberOfGoIds() {
  88         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  89     }
  90
  91     @Override
  92     public double getPerDomainEvalue() {
  93         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  94     }
  95
  96     @Override
  97     public double getPerDomainScore() {
  98         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
  99     }
 100
 101     @Override
 102     public double getPerSequenceEvalue() {
 103         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public double getPerSequenceScore() {
 108         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 109     }
 110
 111     public String getSearchParameter() {
 112         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 113     }
 114
 115     @Override
 116     public int getTo() {
 117         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 118     }
 119
 120     @Override
 121     public short getTotalCount() {
 122         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 123     }
 124
 125     public boolean isCompleteQueryMatch() {
 126         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 127     }
 128
 129     public boolean isCompleteTargetMatch() {
 130         throw new RuntimeException( "method not implemented" );
 131     }
 132 }