forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  45 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  48 import org.forester.go.TestGo;
  49 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  58 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  59 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  60 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  61 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  62 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  63 import org.forester.msa.BasicMsa;
  64 import org.forester.msa.Mafft;
  65 import org.forester.msa.Msa;
  66 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  67 import org.forester.msa.MsaMethods;
  68 import org.forester.pccx.TestPccx;
  69 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  80 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  86 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  89 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  90 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  94 import org.forester.protein.BasicDomain;
  95 import org.forester.protein.BasicProtein;
  96 import org.forester.protein.Domain;
  97 import org.forester.protein.Protein;
  98 import org.forester.protein.ProteinId;
  99 import org.forester.rio.TestRIO;
 100 import org.forester.sdi.SDI;
 101 import org.forester.sdi.SDIR;
 102 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 103 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 104 import org.forester.sequence.Sequence;
 105 import org.forester.species.BasicSpecies;
 106 import org.forester.species.Species;
 107 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 108 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 109 import org.forester.tools.SupportCount;
 110 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 111 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 112 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 113 import org.forester.util.BasicTable;
 114 import org.forester.util.BasicTableParser;
 115 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 116 import org.forester.util.ForesterConstants;
 117 import org.forester.util.ForesterUtil;
 118 import org.forester.util.GeneralTable;
 119 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 122 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 127
 128 @SuppressWarnings( "unused")
 129 public final class Test {
 130
 131     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 132     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 133     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 135                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 136     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 138                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 139     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 140     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 143     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 146
 147     public static boolean testOverlapRemoval() {
 148         try {
 149             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 154             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 155             covered.add( true ); // 0
 156             covered.add( false ); // 1
 157             covered.add( true ); // 2
 158             covered.add( false ); // 3
 159             covered.add( true ); // 4
 160             covered.add( true ); // 5
 161             covered.add( false ); // 6
 162             covered.add( true ); // 7
 163             covered.add( true ); // 8
 164             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 168                 return false;
 169             }
 170             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 171                 return false;
 172             }
 173             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 174                 return false;
 175             }
 176             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
 180             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
 181             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 182             ab.addProteinDomain( a );
 183             ab.addProteinDomain( b );
 184             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 185             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 186                 return false;
 187             }
 188             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 192                 return false;
 193             }
 194             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 195             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 196                 return false;
 197             }
 198             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 202             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 203                                               ( short ) 10000,
 204                                               ( short ) 10500,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               ( short ) 1,
 207                                               0.0000001,
 208                                               1 );
 209             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 210             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 211             cde.addProteinDomain( c );
 212             cde.addProteinDomain( d );
 213             cde.addProteinDomain( e );
 214             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 215             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 216                 return false;
 217             }
 218             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 219                 return false;
 220             }
 221             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 222             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 223             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 224             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 225             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 226             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 227             fghi.addProteinDomain( f );
 228             fghi.addProteinDomain( g );
 229             fghi.addProteinDomain( h );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i );
 233             fghi.addProteinDomain( i2 );
 234             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 235             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 236                 return false;
 237             }
 238             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 245             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 246                 return false;
 247             }
 248             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 252             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 253             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 254             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 257             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 258             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 259             jklm.addProteinDomain( j );
 260             jklm.addProteinDomain( k );
 261             jklm.addProteinDomain( l );
 262             jklm.addProteinDomain( m );
 263             jklm.addProteinDomain( m0 );
 264             jklm.addProteinDomain( m1 );
 265             jklm.addProteinDomain( m2 );
 266             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 267             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 268                 return false;
 269             }
 270             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 277             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 278                 return false;
 279             }
 280             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 281                 return false;
 282             }
 283             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 284             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 285             od.addProteinDomain( only );
 286             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 287             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 288                 return false;
 289             }
 290             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 291                 return false;
 292             }
 293         }
 294         catch ( final Exception e ) {
 295             e.printStackTrace( System.out );
 296             return false;
 297         }
 298         return true;
 299     }
 300
 301     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 302         try {
 303             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 310             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 311             covered.add( true ); // 0
 312             covered.add( false ); // 1
 313             covered.add( true ); // 2
 314             covered.add( false ); // 3
 315             covered.add( true ); // 4
 316             covered.add( true ); // 5
 317             covered.add( false ); // 6
 318             covered.add( true ); // 7
 319             covered.add( true ); // 8
 320             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 321                 return false;
 322             }
 323             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 324                 return false;
 325             }
 326             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 327                 return false;
 328             }
 329             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 330                 return false;
 331             }
 332             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 333                 return false;
 334             }
 335             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 336                 return false;
 337             }
 338             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 342             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 343             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 344             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 345             abc.addProteinDomain( a );
 346             abc.addProteinDomain( b );
 347             abc.addProteinDomain( c );
 348             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 349             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 350             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 354                 return false;
 355             }
 356             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 357                 return false;
 358             }
 359             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 360                 return false;
 361             }
 362             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 363                 return false;
 364             }
 365             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 366             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 367             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 368             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 369             def.addProteinDomain( d );
 370             def.addProteinDomain( e );
 371             def.addProteinDomain( f );
 372             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 373             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 374             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 375                 return false;
 376             }
 377             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 378                 return false;
 379             }
 380             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 381                 return false;
 382             }
 383             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 384                 return false;
 385             }
 386             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 390                 return false;
 391             }
 392         }
 393         catch ( final Exception e ) {
 394             e.printStackTrace( System.out );
 395             return false;
 396         }
 397         return true;
 398     }
 399
 400     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 401         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 402     }
 403
 404
 405     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
 406         try {
 407             String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
 408             final URL u = new URL( s );
 409             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 410             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
 411
 412
 413             if ( phys == null || phys.length != 1  ) {
 414                 return false;
 415
 416             }
 417             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
 418                 System.out.println(phys[ 0 ].toNewHampshire() );
 419                 return false;
 420             }
 421
 422             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
 423             if ( phys2 == null || phys2.length != 1  ) {
 424                 return false;
 425
 426             }
 427             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
 428                 System.out.println(phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
 429                 return false;
 430             }
 431         }
 432         catch ( Exception e ) {
 433             e.printStackTrace();
 434         }
 435         return true;
 436     }
 437
 438     public static void main( final String[] args ) {
 439
 440
 441         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 442         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 443                 + "]" );
 444         Locale.setDefault( Locale.US );
 445         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 446         int failed = 0;
 447         int succeeded = 0;
 448         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 449         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 450             System.out.println( "OK.]" );
 451         }
 452         else {
 453             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 454             System.out.println( "Testing aborted." );
 455             System.exit( -1 );
 456         }
 457         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 458         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 459             System.out.println( "OK.]" );
 460         }
 461         else {
 462             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 463             System.out.println( "Testing aborted." );
 464             System.exit( -1 );
 465         }
 466         final long start_time = new Date().getTime();
 467         System.out.print( "Basic node methods: " );
 468         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Protein id: " );
 477         if ( !testProteinId() ) {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         else {
 482             succeeded++;
 483         }
 484         System.out.println( "OK." );
 485         System.out.print( "Species: " );
 486         if ( !testSpecies() ) {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         else {
 491             succeeded++;
 492         }
 493         System.out.println( "OK." );
 494         System.out.print( "Basic domain: " );
 495         if ( !testBasicDomain() ) {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         else {
 500             succeeded++;
 501         }
 502         System.out.println( "OK." );
 503         System.out.print( "Basic protein: " );
 504         if ( !testBasicProtein() ) {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         else {
 509             succeeded++;
 510         }
 511         System.out.println( "OK." );
 512         System.out.print( "Sequence writer: " );
 513         if ( testSequenceWriter() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 522         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 531         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 532             System.out.println( "OK." );
 533             succeeded++;
 534         }
 535         else {
 536             System.out.println( "failed." );
 537             failed++;
 538         }
 539         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 540         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 541             System.out.println( "OK." );
 542             succeeded++;
 543         }
 544         else {
 545             System.out.println( "failed." );
 546             failed++;
 547         }
 548         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 549             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 550             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 551                 System.out.println( "OK." );
 552                 succeeded++;
 553             }
 554             else {
 555                 System.out.println( "failed." );
 556                 failed++;
 557             }
 558         }
 559         // System.exit( 0 );
 560         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 561             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 562             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 563                 System.out.println( "OK." );
 564                 succeeded++;
 565             }
 566             else {
 567                 System.out.println( "failed." );
 568                 failed++;
 569                 System.exit( -1 );
 570             }
 571         }
 572         // System.exit( 0 );
 573         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 574         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         //
 583         System.out.print( "Overlap removal: " );
 584         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         else {
 589             succeeded++;
 590         }
 591         System.out.println( "OK." );
 592         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 593         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         else {
 598             succeeded++;
 599         }
 600         System.out.println( "OK." );
 601         //
 602         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 603         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 604             System.out.println( "OK." );
 605             succeeded++;
 606         }
 607         else {
 608             System.out.println( "failed." );
 609             failed++;
 610         }
 611         System.out.print( "SN extraction: " );
 612         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 613             System.out.println( "OK." );
 614             succeeded++;
 615         }
 616         else {
 617             System.out.println( "failed." );
 618             failed++;
 619         }
 620         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 621         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 622             System.out.println( "OK." );
 623             succeeded++;
 624         }
 625         else {
 626             System.out.println( "failed." );
 627             failed++;
 628         }
 629         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 630         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 631             System.out.println( "OK." );
 632             succeeded++;
 633         }
 634         else {
 635             System.out.println( "failed." );
 636             failed++;
 637         }
 638         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 639         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 640             System.out.println( "OK." );
 641             succeeded++;
 642         }
 643         else {
 644             System.out.println( "failed." );
 645             failed++;
 646         }
 647         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 648         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 649             System.out.println( "OK." );
 650             succeeded++;
 651         }
 652         else {
 653             System.out.println( "failed." );
 654             failed++;
 655         }
 656         System.out.print( "NH parsing: " );
 657         if ( Test.testNHParsing() ) {
 658             System.out.println( "OK." );
 659             succeeded++;
 660         }
 661         else {
 662             System.out.println( "failed." );
 663             failed++;
 664         }
 665         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 666         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 667             System.out.println( "OK." );
 668             succeeded++;
 669         }
 670         else {
 671             System.out.println( "failed." );
 672             failed++;
 673         }
 674         System.out.print( "NHX parsing: " );
 675         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 676             System.out.println( "OK." );
 677             succeeded++;
 678         }
 679         else {
 680             System.out.println( "failed." );
 681             failed++;
 682         }
 683         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 684         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 685             System.out.println( "OK." );
 686             succeeded++;
 687         }
 688         else {
 689             System.out.println( "failed." );
 690             failed++;
 691         }
 692         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 693         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 694             System.out.println( "OK." );
 695             succeeded++;
 696         }
 697         else {
 698             System.out.println( "failed." );
 699             failed++;
 700         }
 701         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 702         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 703             System.out.println( "OK." );
 704             succeeded++;
 705         }
 706         else {
 707             System.out.println( "failed." );
 708             failed++;
 709         }
 710         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 711         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 720         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 729         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 730             System.out.println( "OK." );
 731             succeeded++;
 732         }
 733         else {
 734             System.out.println( "failed." );
 735             failed++;
 736         }
 737         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 738         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 739             System.out.println( "OK." );
 740             succeeded++;
 741         }
 742         else {
 743             System.out.println( "failed." );
 744             failed++;
 745         }
 746         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 747         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 748             System.out.println( "OK." );
 749             succeeded++;
 750         }
 751         else {
 752             System.out.println( "failed." );
 753             failed++;
 754         }
 755         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 756         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 757             System.out.println( "OK." );
 758             succeeded++;
 759         }
 760         else {
 761             System.out.println( "failed." );
 762             failed++;
 763         }
 764         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 765         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 766             System.out.println( "OK." );
 767             succeeded++;
 768         }
 769         else {
 770             System.out.println( "failed." );
 771             failed++;
 772         }
 773         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 774         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 775             System.out.println( "OK." );
 776             succeeded++;
 777         }
 778         else {
 779             System.out.println( "failed." );
 780             failed++;
 781         }
 782         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 783         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 784             System.out.println( "OK." );
 785             succeeded++;
 786         }
 787         else {
 788             System.out.println( "failed." );
 789             failed++;
 790         }
 791         System.out.print( "Copying of node data: " );
 792         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 793             System.out.println( "OK." );
 794             succeeded++;
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "failed." );
 798             failed++;
 799         }
 800         System.out.print( "Tree copy: " );
 801         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 802             System.out.println( "OK." );
 803             succeeded++;
 804         }
 805         else {
 806             System.out.println( "failed." );
 807             failed++;
 808         }
 809         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 810         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 811             System.out.println( "OK." );
 812             succeeded++;
 813         }
 814         else {
 815             System.out.println( "failed." );
 816             failed++;
 817         }
 818         System.out.print( "Tree methods: " );
 819         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 820             System.out.println( "OK." );
 821             succeeded++;
 822         }
 823         else {
 824             System.out.println( "failed." );
 825             failed++;
 826         }
 827         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 828         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 829             System.out.println( "OK." );
 830             succeeded++;
 831         }
 832         else {
 833             System.out.println( "failed." );
 834             failed++;
 835         }
 836         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 837         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 838             System.out.println( "OK." );
 839             succeeded++;
 840         }
 841         else {
 842             System.out.println( "failed." );
 843             failed++;
 844         }
 845         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 846         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 847             System.out.println( "OK." );
 848             succeeded++;
 849         }
 850         else {
 851             System.out.println( "failed." );
 852             failed++;
 853         }
 854         System.out.print( "Re-id methods: " );
 855         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 856             System.out.println( "OK." );
 857             succeeded++;
 858         }
 859         else {
 860             System.out.println( "failed." );
 861             failed++;
 862         }
 863         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 864         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 865             System.out.println( "OK." );
 866             succeeded++;
 867         }
 868         else {
 869             System.out.println( "failed." );
 870             failed++;
 871         }
 872         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 873         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 874             System.out.println( "OK." );
 875             succeeded++;
 876         }
 877         else {
 878             System.out.println( "failed." );
 879             failed++;
 880         }
 881         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 882         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 883             System.out.println( "OK." );
 884             succeeded++;
 885         }
 886         else {
 887             System.out.println( "failed." );
 888             failed++;
 889         }
 890         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 891         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 892             System.out.println( "OK." );
 893             succeeded++;
 894         }
 895         else {
 896             System.out.println( "failed." );
 897             failed++;
 898         }
 899         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 900         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 901             System.out.println( "OK." );
 902             succeeded++;
 903         }
 904         else {
 905             System.out.println( "failed." );
 906             failed++;
 907         }
 908         System.out.print( "Rerooting: " );
 909         if ( Test.testRerooting() ) {
 910             System.out.println( "OK." );
 911             succeeded++;
 912         }
 913         else {
 914             System.out.println( "failed." );
 915             failed++;
 916         }
 917         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 918         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 919             System.out.println( "OK." );
 920             succeeded++;
 921         }
 922         else {
 923             System.out.println( "failed." );
 924             failed++;
 925         }
 926         System.out.print( "Node removal: " );
 927         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 928             System.out.println( "OK." );
 929             succeeded++;
 930         }
 931         else {
 932             System.out.println( "failed." );
 933             failed++;
 934         }
 935         System.out.print( "Support count: " );
 936         if ( Test.testSupportCount() ) {
 937             System.out.println( "OK." );
 938             succeeded++;
 939         }
 940         else {
 941             System.out.println( "failed." );
 942             failed++;
 943         }
 944         System.out.print( "Support transfer: " );
 945         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 946             System.out.println( "OK." );
 947             succeeded++;
 948         }
 949         else {
 950             System.out.println( "failed." );
 951             failed++;
 952         }
 953         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 954         if ( Test.testGetLCA() ) {
 955             System.out.println( "OK." );
 956             succeeded++;
 957         }
 958         else {
 959             System.out.println( "failed." );
 960             failed++;
 961         }
 962         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 963         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 964             System.out.println( "OK." );
 965             succeeded++;
 966         }
 967         else {
 968             System.out.println( "failed." );
 969             failed++;
 970         }
 971         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 972         if ( Test.testGetDistance() ) {
 973             System.out.println( "OK." );
 974             succeeded++;
 975         }
 976         else {
 977             System.out.println( "failed." );
 978             failed++;
 979         }
 980         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 981         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 982             System.out.println( "OK." );
 983             succeeded++;
 984         }
 985         else {
 986             System.out.println( "failed." );
 987             failed++;
 988         }
 989         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 990         if ( Test.testDataObjects() ) {
 991             System.out.println( "OK." );
 992             succeeded++;
 993         }
 994         else {
 995             System.out.println( "failed." );
 996             failed++;
 997         }
 998         System.out.print( "Properties map: " );
 999         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
1000             System.out.println( "OK." );
1001             succeeded++;
1002         }
1003         else {
1004             System.out.println( "failed." );
1005             failed++;
1006         }
1007         System.out.print( "SDIse: " );
1008         if ( Test.testSDIse() ) {
1009             System.out.println( "OK." );
1010             succeeded++;
1011         }
1012         else {
1013             System.out.println( "failed." );
1014             failed++;
1015         }
1016         System.out.print( "SDIunrooted: " );
1017         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
1018             System.out.println( "OK." );
1019             succeeded++;
1020         }
1021         else {
1022             System.out.println( "failed." );
1023             failed++;
1024         }
1025         System.out.print( "GSDI: " );
1026         if ( TestGSDI.test() ) {
1027             System.out.println( "OK." );
1028             succeeded++;
1029         }
1030         else {
1031             System.out.println( "failed." );
1032             failed++;
1033         }
1034         System.out.print( "RIO: " );
1035         if ( TestRIO.test() ) {
1036             System.out.println( "OK." );
1037             succeeded++;
1038         }
1039         else {
1040             System.out.println( "failed." );
1041             failed++;
1042         }
1043         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1044         System.out.println();
1045         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1046             System.out.println( "OK." );
1047             succeeded++;
1048         }
1049         else {
1050             System.out.println( "failed." );
1051             failed++;
1052         }
1053         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1054         System.out.println();
1055         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1056             System.out.println( "OK." );
1057             succeeded++;
1058         }
1059         else {
1060             System.out.println( "failed." );
1061             failed++;
1062         }
1063         System.out.print( "GO: " );
1064         System.out.println();
1065         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1066             System.out.println( "OK." );
1067             succeeded++;
1068         }
1069         else {
1070             System.out.println( "failed." );
1071             failed++;
1072         }
1073         System.out.print( "Modeling tools: " );
1074         if ( TestPccx.test() ) {
1075             System.out.println( "OK." );
1076             succeeded++;
1077         }
1078         else {
1079             System.out.println( "failed." );
1080             failed++;
1081         }
1082         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1083         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1084             System.out.println( "OK." );
1085             succeeded++;
1086         }
1087         else {
1088             System.out.println( "failed." );
1089             failed++;
1090         }
1091         System.out.print( "Split Matrix: " );
1092         if ( Test.testSplit() ) {
1093             System.out.println( "OK." );
1094             succeeded++;
1095         }
1096         else {
1097             System.out.println( "failed." );
1098             failed++;
1099         }
1100         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1101         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1102             System.out.println( "OK." );
1103             succeeded++;
1104         }
1105         else {
1106             System.out.println( "failed." );
1107             failed++;
1108         }
1109         System.out.print( "Basic table: " );
1110         if ( Test.testBasicTable() ) {
1111             System.out.println( "OK." );
1112             succeeded++;
1113         }
1114         else {
1115             System.out.println( "failed." );
1116             failed++;
1117         }
1118         System.out.print( "General table: " );
1119         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1120             System.out.println( "OK." );
1121             succeeded++;
1122         }
1123         else {
1124             System.out.println( "failed." );
1125             failed++;
1126         }
1127         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1128         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1129             System.out.println( "OK." );
1130             succeeded++;
1131         }
1132         else {
1133             System.out.println( "failed." );
1134             failed++;
1135         }
1136         System.out.print( "General MSA parser: " );
1137         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1138             System.out.println( "OK." );
1139             succeeded++;
1140         }
1141         else {
1142             System.out.println( "failed." );
1143             failed++;
1144         }
1145         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1146         if ( Test.testFastaParser() ) {
1147             System.out.println( "OK." );
1148             succeeded++;
1149         }
1150         else {
1151             System.out.println( "failed." );
1152             failed++;
1153         }
1154         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1155         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1156             System.out.println( "OK." );
1157             succeeded++;
1158         }
1159         else {
1160             System.out.println( "failed." );
1161             failed++;
1162         }
1163         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1164         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1165             System.out.println( "OK." );
1166             succeeded++;
1167         }
1168         else {
1169             System.out.println( "failed." );
1170             failed++;
1171         }
1172         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1173             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1174             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1175                 System.out.println( "OK." );
1176                 succeeded++;
1177             }
1178             else {
1179                 System.out.println( "failed." );
1180                 failed++;
1181             }
1182         }
1183         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1184             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1185             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1186                 System.out.println( "OK." );
1187                 succeeded++;
1188             }
1189             else {
1190                 System.out.println( "failed." );
1191                 failed++;
1192             }
1193         }
1194         //----
1195         String path = "";
1196         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1197         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1198             path = "/usr/local/bin/mafft";
1199         }
1200         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1201             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1202         }
1203         else {
1204             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1205         }
1206         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1207             path = "mafft";
1208         }
1209         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1210             path = "/usr/local/bin/mafft";
1211         }
1212         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1213             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1214             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1215                 System.out.println( "OK." );
1216                 succeeded++;
1217             }
1218             else {
1219                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1220             }
1221         }
1222         //----
1223         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1224         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1225             System.out.println( "OK." );
1226             succeeded++;
1227         }
1228         else {
1229             System.out.println( "failed." );
1230             failed++;
1231         }
1232         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1233         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1234             System.out.println( "OK." );
1235             succeeded++;
1236         }
1237         else {
1238             System.out.println( "failed." );
1239             failed++;
1240         }
1241
1242
1243         System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
1244         if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
1245             System.out.println( "OK." );
1246             succeeded++;
1247         }
1248         else {
1249             System.out.println( "failed." );
1250             failed++;
1251         }
1252
1253         System.out.println();
1254         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1255         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1256         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1257         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1258                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1259         System.out.println();
1260         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1261         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1262         System.out.println();
1263         if ( failed < 1 ) {
1264             System.out.println( "OK." );
1265         }
1266         else {
1267             System.out.println( "Not OK." );
1268         }
1269     }
1270
1271     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1272         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1273         return p;
1274     }
1275
1276     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1277         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1278     }
1279
1280     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1281         try {
1282             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1283             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1296             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1300             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1304             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307         }
1308         catch ( final Exception e ) {
1309             e.printStackTrace();
1310             return false;
1311         }
1312         return true;
1313     }
1314
1315     private static boolean testBasicDomain() {
1316         try {
1317             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1318             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1331             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1332             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1333             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1334             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1335             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1363                 return false;
1364             }
1365         }
1366         catch ( final Exception e ) {
1367             e.printStackTrace( System.out );
1368             return false;
1369         }
1370         return true;
1371     }
1372
1373     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1374         try {
1375             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1379             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1380                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1381             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1382                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1383             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1384                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1385             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( !n3.isExternal() ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !n3.isRoot() ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1404                 return false;
1405             }
1406         }
1407         catch ( final Exception e ) {
1408             e.printStackTrace( System.out );
1409             return false;
1410         }
1411         return true;
1412     }
1413
1414     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1415         try {
1416             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1417             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1418             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1419                                                               xml_parser );
1420             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1421                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1428             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1429             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1430             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1431             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t1.isRooted() ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t1.isRerootable() ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1465                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1469                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1479                 return false;
1480             }
1481             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1491                 return false;
1492             }
1493             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1494                 return false;
1495             }
1496             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1497                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1510                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1514                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1518                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1522                     .equals( "experimental" ) ) {
1523                 return false;
1524             }
1525             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1526                     .equals( "function" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1530                     .getValue() != 1 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1534                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1535                 return false;
1536             }
1537             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1538                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1539                 return false;
1540             }
1541             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1542                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1546                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1550                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1554                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1555                 return false;
1556             }
1557             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1558                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1562                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1566                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1567                 return false;
1568             }
1569             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1570                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1577                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1584             if ( x.size() != 4 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             int c = 0;
1588             for( final Accession acc : x ) {
1589                 if ( c == 0 ) {
1590                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1591                         return false;
1592                     }
1593                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1594                         return false;
1595                     }
1596                 }
1597                 c++;
1598             }
1599         }
1600         catch ( final Exception e ) {
1601             e.printStackTrace( System.out );
1602             return false;
1603         }
1604         return true;
1605     }
1606
1607     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1608         try {
1609             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1610             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1611             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1612                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1613             }
1614             else {
1615                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1616             }
1617             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1618                                                               xml_parser );
1619             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1620                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1627             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1628             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1632             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1645             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1646             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1647             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1660                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1664                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1668             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1669             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1670             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1671             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1675             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1682                 return false;
1683             }
1684             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1691                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1701                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1705                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1709                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1713                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1717                     .equals( "experimental" ) ) {
1718                 return false;
1719             }
1720             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1721                     .equals( "function" ) ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1725                     .getValue() != 1 ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1729                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1733                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1737                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1741                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1745                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1749                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1753                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1757                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1761                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1765                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1772                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1782                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1798                     .equals( "ncbi" ) ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1805                     .getName().equals( "B" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1809                     .getFrom() != 21 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1816                     .getLength() != 24 ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1820                     .getConfidence() != 2144 ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1824                     .equals( "pfam" ) ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1840             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1877                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1878                 return false;
1879             }
1880             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1896                 return false;
1897             }
1898             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             //
1902             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1906                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1913                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1923                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1927                     .getCrossReferences();
1928             if ( x.size() != 4 ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             int c = 0;
1932             for( final Accession acc : x ) {
1933                 if ( c == 0 ) {
1934                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1935                         return false;
1936                     }
1937                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1938                         return false;
1939                     }
1940                 }
1941                 c++;
1942             }
1943         }
1944         catch ( final Exception e ) {
1945             e.printStackTrace( System.out );
1946             return false;
1947         }
1948         return true;
1949     }
1950
1951     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1952         try {
1953             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1954             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1955             try {
1956                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1957             }
1958             catch ( final Exception e ) {
1959                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1960             }
1961             if ( xml_parser == null ) {
1962                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1963                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1964                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1965                 }
1966                 else {
1967                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1968                 }
1969             }
1970             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1971                                                               xml_parser );
1972             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1973                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1974                 return false;
1975             }
1976             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1977                 return false;
1978             }
1979             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1980             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1981             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1982             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1983             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1996                 return false;
1997             }
1998             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2005             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2006             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2007                 System.out.println( "errors:" );
2008                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2009                 return false;
2010             }
2011             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2012                 return false;
2013             }
2014             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2015                                                               xml_parser );
2016             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2017                 System.out.println( "errors:" );
2018                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2019                 return false;
2020             }
2021             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2028                                                               xml_parser );
2029             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2030                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2031                 return false;
2032             }
2033             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2037             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2041                 return false;
2042             }
2043             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2044                 return false;
2045             }
2046             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2050                                                               xml_parser );
2051             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2052                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2053                 return false;
2054             }
2055             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2059             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             s.getNode( "first" );
2063             s.getNode( "<>" );
2064             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2065             s.getNode( "'''\"" );
2066             s.getNode( "\"\"\"" );
2067             s.getNode( "dick & doof" );
2068         }
2069         catch ( final Exception e ) {
2070             e.printStackTrace( System.out );
2071             return false;
2072         }
2073         return true;
2074     }
2075
2076     private static boolean testBasicProtein() {
2077         try {
2078             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2079             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2080             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2081             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2082             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2083             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2084             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2085             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2086             p0.addProteinDomain( y );
2087             p0.addProteinDomain( e );
2088             p0.addProteinDomain( b );
2089             p0.addProteinDomain( c );
2090             p0.addProteinDomain( d );
2091             p0.addProteinDomain( a );
2092             p0.addProteinDomain( x );
2093             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             //
2100             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2101             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2102             aa0.addProteinDomain( a1 );
2103             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2104                 return false;
2105             }
2106             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2107                 return false;
2108             }
2109             //
2110             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2111             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2112             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2113             aa1.addProteinDomain( a11 );
2114             aa1.addProteinDomain( a12 );
2115             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2116                 return false;
2117             }
2118             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2122             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2132             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2142                 return false;
2143             }
2144             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2145             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2149                 return false;
2150             }
2151             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2152                 return false;
2153             }
2154             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2155                 return false;
2156             }
2157             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2158             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             //
2171             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2172             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2173             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2174             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2175             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2176             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2177             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2178             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2179             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2180             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2181             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2182             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2183             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2184             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2185             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2186             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2187             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2188             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2189             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2190             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2191             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2192             p00.addProteinDomain( y0 );
2193             p00.addProteinDomain( e0 );
2194             p00.addProteinDomain( b0 );
2195             p00.addProteinDomain( c0 );
2196             p00.addProteinDomain( d0 );
2197             p00.addProteinDomain( a0 );
2198             p00.addProteinDomain( x0 );
2199             p00.addProteinDomain( y1 );
2200             p00.addProteinDomain( y2 );
2201             p00.addProteinDomain( y3 );
2202             p00.addProteinDomain( e1 );
2203             p00.addProteinDomain( e2 );
2204             p00.addProteinDomain( e3 );
2205             p00.addProteinDomain( e4 );
2206             p00.addProteinDomain( e5 );
2207             p00.addProteinDomain( z0 );
2208             p00.addProteinDomain( z1 );
2209             p00.addProteinDomain( z2 );
2210             p00.addProteinDomain( zz0 );
2211             p00.addProteinDomain( zz1 );
2212             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2222                 return false;
2223             }
2224             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2228             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2229             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2230             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2231             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2232             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2233             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2234             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2235             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2236             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2237             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2238             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2239             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2240             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2241             p.addProteinDomain( B15 );
2242             p.addProteinDomain( C50 );
2243             p.addProteinDomain( A60 );
2244             p.addProteinDomain( A30 );
2245             p.addProteinDomain( C70 );
2246             p.addProteinDomain( B35 );
2247             p.addProteinDomain( B40 );
2248             p.addProteinDomain( A0 );
2249             p.addProteinDomain( A10 );
2250             p.addProteinDomain( A20 );
2251             p.addProteinDomain( B25 );
2252             p.addProteinDomain( D80 );
2253             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2254             domains_ids.add( "A" );
2255             domains_ids.add( "B" );
2256             domains_ids.add( "C" );
2257             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             domains_ids.add( "X" );
2264             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             domains_ids = new ArrayList<String>();
2271             domains_ids.add( "A" );
2272             domains_ids.add( "C" );
2273             domains_ids.add( "D" );
2274             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             domains_ids = new ArrayList<String>();
2281             domains_ids.add( "A" );
2282             domains_ids.add( "D" );
2283             domains_ids.add( "C" );
2284             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             domains_ids = new ArrayList<String>();
2291             domains_ids.add( "A" );
2292             domains_ids.add( "A" );
2293             domains_ids.add( "B" );
2294             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             domains_ids = new ArrayList<String>();
2301             domains_ids.add( "A" );
2302             domains_ids.add( "A" );
2303             domains_ids.add( "A" );
2304             domains_ids.add( "B" );
2305             domains_ids.add( "B" );
2306             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             domains_ids = new ArrayList<String>();
2313             domains_ids.add( "A" );
2314             domains_ids.add( "A" );
2315             domains_ids.add( "B" );
2316             domains_ids.add( "A" );
2317             domains_ids.add( "B" );
2318             domains_ids.add( "B" );
2319             domains_ids.add( "A" );
2320             domains_ids.add( "B" );
2321             domains_ids.add( "C" );
2322             domains_ids.add( "A" );
2323             domains_ids.add( "C" );
2324             domains_ids.add( "D" );
2325             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331         }
2332         catch ( final Exception e ) {
2333             e.printStackTrace( System.out );
2334             return false;
2335         }
2336         return true;
2337     }
2338
2339     private static boolean testBasicTable() {
2340         try {
2341             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2342             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2349             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2350             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2351             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2352             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2353             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2354             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2355             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2356             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2387             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2388             source.append( "" + l );
2389             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2390             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2391             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2392             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2393             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2394             source.append( "40 41 42 43" + l );
2395             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2396             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2397             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2398             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2417             source1.append( "" + l );
2418             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2419             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2420             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2421             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2422             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2423             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2424             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2425             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2426             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2427             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2452             source2.append( "" + l );
2453             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2454             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2455             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2456             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2457             source2.append( "                     " + l );
2458             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2459             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2460             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2461             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2462             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2463                                                                         ';',
2464                                                                         false,
2465                                                                         false,
2466                                                                         "comment:",
2467                                                                         false );
2468             if ( tl.size() != 2 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2472             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2473             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491         }
2492         catch ( final Exception e ) {
2493             e.printStackTrace( System.out );
2494             return false;
2495         }
2496         return true;
2497     }
2498
2499     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2500         try {
2501             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2502             final TolParser parser = new TolParser();
2503             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2504             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2505                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2506                 return false;
2507             }
2508             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2512             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             if ( !t1.isRooted() ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2531             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2532                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2533                 return false;
2534             }
2535             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2539             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             if ( !t2.isRooted() ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2561                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2565             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2566                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2567                 return false;
2568             }
2569             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2573             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2586             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2587                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2588                 return false;
2589             }
2590             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2594             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2607             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2608                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2609                 return false;
2610             }
2611             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2615             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627         }
2628         catch ( final Exception e ) {
2629             e.printStackTrace( System.out );
2630             return false;
2631         }
2632         return true;
2633     }
2634
2635     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2636         try {
2637             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2638             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2639             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( t2.isEmpty() ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2652             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2662             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2663             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2673             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2674             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2681             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2682             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2686             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2687             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2691             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2692             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2699             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2700             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2704             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2705             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2706                 return false;
2707             }
2708         }
2709         catch ( final Exception e ) {
2710             e.printStackTrace( System.out );
2711             return false;
2712         }
2713         return true;
2714     }
2715
2716     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2717         try {
2718             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2719             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2720             final Phylogeny[] ev0 = factory
2721                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2722                              new NHXParser() );
2723             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2724             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2731             final Phylogeny[] ev1 = factory
2732                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2733                              new NHXParser() );
2734             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2735             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2742             final Phylogeny[] ev_b = factory
2743                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2744                              new NHXParser() );
2745             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2746             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             //
2753             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2754             final Phylogeny[] ev1x = factory
2755                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2756                              new NHXParser() );
2757             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2758             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2762                 return false;
2763             }
2764             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2765             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2766                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2767                              new NHXParser() );
2768             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2769             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2770                 return false;
2771             }
2772             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2773                 return false;
2774             }
2775             //
2776             final Phylogeny[] t2 = factory
2777                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2778                              new NHXParser() );
2779             final Phylogeny[] ev2 = factory
2780                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2781                              new NHXParser() );
2782             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2783                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2784             }
2785             //
2786             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2787                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2788             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2789             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2790             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2797                 return false;
2798             }
2799         }
2800         catch ( final Exception e ) {
2801             e.printStackTrace();
2802             return false;
2803         }
2804         return true;
2805     }
2806
2807     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2808         try {
2809             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2810                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2811             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2812             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2813                 return false;
2814             }
2815         }
2816         catch ( final Exception e ) {
2817             e.printStackTrace();
2818             return false;
2819         }
2820         return true;
2821     }
2822
2823     private static boolean testTreeCopy() {
2824         try {
2825             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
2826             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2827             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2828             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2829                 return false;
2830             }
2831             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2832                 return false;
2833             }
2834             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2835             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2836             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
2837             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
2838             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2845             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
2846             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2847             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850         }
2851         catch ( final Exception e ) {
2852             e.printStackTrace();
2853             return false;
2854         }
2855         return true;
2856     }
2857
2858     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2859         try {
2860             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2861             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2868             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2872                 return false;
2873             }
2874         }
2875         catch ( final Exception e ) {
2876             e.printStackTrace();
2877             return false;
2878         }
2879         return true;
2880     }
2881
2882     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2883         try {
2884             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2885             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2886             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2887                 return false;
2888             }
2889             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2890             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2891                 return false;
2892             }
2893             n.setName( "NP_001025424" );
2894             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n.setName( "_NM_001030253-" );
2898             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n.setName( "XM_002122186" );
2902             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2906             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n.setName( "AAA34956" );
2910             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             n.setName( "GI:394892" );
2914             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2915                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2916                 return false;
2917             }
2918             n.setName( "gi_394892" );
2919             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2920                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2921                 return false;
2922             }
2923             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2924             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2925                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2926                 return false;
2927             }
2928             n.setName( "P12345" );
2929             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2930                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2931                 return false;
2932             }
2933             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2934             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2935                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2936                 return false;
2937             }
2938         }
2939         catch ( final Exception e ) {
2940             e.printStackTrace( System.out );
2941             return false;
2942         }
2943         return true;
2944     }
2945
2946     private static boolean testDataObjects() {
2947         try {
2948             final Confidence s0 = new Confidence();
2949             final Confidence s1 = new Confidence();
2950             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2951                 return false;
2952             }
2953             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2954             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2955             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2962             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             s3.asSimpleText();
2966             s3.asText();
2967             // Taxonomy
2968             // ----------
2969             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2970             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2971             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2972             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2973             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2974             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2975             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2976             t1.setScientificName( "E. coli" );
2977             t1.setCommonName( "coli" );
2978             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2979             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2983             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2984             t2.setScientificName( "what" );
2985             t2.setCommonName( "something" );
2986             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2990             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             t1.setIdentifier( null );
2994             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2995             t3.setScientificName( "what" );
2996             t3.setCommonName( "something" );
2997             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             t1.setIdentifier( null );
3001             t1.setTaxonomyCode( "" );
3002             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3003             t4.setCommonName( "something" );
3004             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3008             t4.setCommonName( "something" );
3009             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             t1.setIdentifier( null );
3013             t1.setTaxonomyCode( "" );
3014             t1.setScientificName( "" );
3015             t5.setCommonName( "COLI" );
3016             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             t5.setCommonName( "vibrio" );
3020             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             // Identifier
3024             // ----------
3025             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3026             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3027             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             id1.asSimpleText();
3037             id1.asText();
3038             // ProteinDomain
3039             // ---------------
3040             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3041             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3042             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             pd1.asSimpleText();
3049             pd1.asText();
3050             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3051             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3052             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             pd3.asSimpleText();
3062             pd3.asText();
3063             // DomainArchitecture
3064             // ------------------
3065             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3066             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3067             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3068             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3069             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3070             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3071             domains0.add( d2 );
3072             domains0.add( d0 );
3073             domains0.add( d3 );
3074             domains0.add( d1 );
3075             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3076             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3080             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3090             domains1.add( d1 );
3091             domains1.add( d2 );
3092             domains1.add( d4 );
3093             domains1.add( d0 );
3094             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3095             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             ds1.asSimpleText();
3099             ds1.asText();
3100             ds1.toNHX();
3101             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3102             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3103                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             // Event
3110             // -----
3111             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3112             if ( e1.isDuplication() ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( !e1.isFusion() ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3125             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3132             if ( e2.isDuplication() ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3151             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3155             if ( e3.isDuplication() ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( e3.isSpeciation() ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3168             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3169             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             e3 = null;
3173             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3177             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3184             e4 = null;
3185             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3186             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3187                 return false;
3188             }
3189             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             final Event e5 = new Event();
3193             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3203             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3210             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3217             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223         }
3224         catch ( final Exception e ) {
3225             e.printStackTrace( System.out );
3226             return false;
3227         }
3228         return true;
3229     }
3230
3231     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3232         try {
3233             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3234             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3235             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3236             if ( t0.isEmpty() ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3243             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             if ( !t0.isEmpty() ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3250             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3254             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3261             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3265             if ( !t1.isEmpty() ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3269             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3273             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             t2.toNewHampshireX();
3277             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3278             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3282             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3286             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3290             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3294             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             n = t3.getNode( "A" );
3298             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             n = n.getNextExternalNode();
3302             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3306             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             n = t3.getNode( "C" );
3310             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3314             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3318             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3322             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3326             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3330             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3334             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3338             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             n = t4.getNode( "A" );
3342             n = n.getNextExternalNode();
3343             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             n = n.getNextExternalNode();
3347             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3351             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3355             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3356             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3360             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3364             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3365             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3369             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3373             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3374             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3378             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3383             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3387             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3391             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3392             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3396             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3400             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3401             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3405             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3409             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3410             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3414             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3418             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3422             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3426             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3427             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3431             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3435             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3439             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3443             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3447             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3451             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3455             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3459             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3463             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3467             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3471             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3475             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3479             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3483             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3484             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3488             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3492             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3493             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3497             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3501             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3502             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3506             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3510             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3514             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3518             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3522             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3523                 return false;
3524             }
3525         }
3526         catch ( final Exception e ) {
3527             e.printStackTrace( System.out );
3528             return false;
3529         }
3530         return true;
3531     }
3532
3533     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3534         try {
3535             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3536             dss1.addValue( 82 );
3537             dss1.addValue( 78 );
3538             dss1.addValue( 70 );
3539             dss1.addValue( 58 );
3540             dss1.addValue( 42 );
3541             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3554                 return false;
3555             }
3556             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             dss1.addValue( 123 );
3578             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3588             dss2.addValue( -1.85 );
3589             dss2.addValue( 57.5 );
3590             dss2.addValue( 92.78 );
3591             dss2.addValue( 57.78 );
3592             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3599             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             dss2.addValue( -100 );
3603             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             final double[] ds = new double[ 14 ];
3610             ds[ 0 ] = 34;
3611             ds[ 1 ] = 23;
3612             ds[ 2 ] = 1;
3613             ds[ 3 ] = 32;
3614             ds[ 4 ] = 11;
3615             ds[ 5 ] = 2;
3616             ds[ 6 ] = 12;
3617             ds[ 7 ] = 33;
3618             ds[ 8 ] = 13;
3619             ds[ 9 ] = 22;
3620             ds[ 10 ] = 21;
3621             ds[ 11 ] = 35;
3622             ds[ 12 ] = 24;
3623             ds[ 13 ] = 31;
3624             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3625             if ( bins.length != 4 ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3641             ds1[ 0 ] = 10.0;
3642             ds1[ 1 ] = 19.0;
3643             ds1[ 2 ] = 9.999;
3644             ds1[ 3 ] = 0.0;
3645             ds1[ 4 ] = 39.9;
3646             ds1[ 5 ] = 39.999;
3647             ds1[ 6 ] = 30.0;
3648             ds1[ 7 ] = 19.999;
3649             ds1[ 8 ] = 30.1;
3650             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3651             if ( bins1.length != 4 ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3658                 return false;
3659             }
3660             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3667             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3680             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3693             dss3.addValue( 1 );
3694             dss3.addValue( 1 );
3695             dss3.addValue( 1 );
3696             dss3.addValue( 2 );
3697             dss3.addValue( 3 );
3698             dss3.addValue( 4 );
3699             dss3.addValue( 5 );
3700             dss3.addValue( 5 );
3701             dss3.addValue( 5 );
3702             dss3.addValue( 6 );
3703             dss3.addValue( 7 );
3704             dss3.addValue( 8 );
3705             dss3.addValue( 9 );
3706             dss3.addValue( 10 );
3707             dss3.addValue( 10 );
3708             dss3.addValue( 10 );
3709             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3710             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3711             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3712         }
3713         catch ( final Exception e ) {
3714             e.printStackTrace( System.out );
3715             return false;
3716         }
3717         return true;
3718     }
3719
3720     private static boolean testDir( final String file ) {
3721         try {
3722             final File f = new File( file );
3723             if ( !f.exists() ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !f.isDirectory() ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( !f.canRead() ) {
3730                 return false;
3731             }
3732         }
3733         catch ( final Exception e ) {
3734             return false;
3735         }
3736         return true;
3737     }
3738
3739     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3740         //The format for GenBank Accession numbers are:
3741         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3742         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3743         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3744         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3745             return false;
3746         }
3747         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3748             return false;
3749         }
3750         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3751             return false;
3752         }
3753         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3754             return false;
3755         }
3756         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3757             return false;
3758         }
3759         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3760             return false;
3761         }
3762         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3763             return false;
3764         }
3765         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3766             return false;
3767         }
3768         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3769             return false;
3770         }
3771         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3772             return false;
3773         }
3774         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3775             return false;
3776         }
3777         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3778             return false;
3779         }
3780         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3781             return false;
3782         }
3783         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3784             return false;
3785         }
3786         return true;
3787     }
3788
3789     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3790         try {
3791             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3792             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3793             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3794             n = n.getNextExternalNode();
3795             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3796                 return false;
3797             }
3798             n = n.getNextExternalNode();
3799             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             n = n.getNextExternalNode();
3803             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             n = t1.getNode( "B" );
3807             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3808                 n = n.getNextExternalNode();
3809             }
3810             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3811             n = t2.getNode( "A" );
3812             n = n.getNextExternalNode();
3813             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             n = n.getNextExternalNode();
3817             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             n = n.getNextExternalNode();
3821             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             n = t2.getNode( "B" );
3825             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3826                 n = n.getNextExternalNode();
3827             }
3828             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3829             n = t3.getNode( "A" );
3830             n = n.getNextExternalNode();
3831             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             n = n.getNextExternalNode();
3835             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3836                 return false;
3837             }
3838             n = n.getNextExternalNode();
3839             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             n = n.getNextExternalNode();
3843             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             n = n.getNextExternalNode();
3847             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             n = n.getNextExternalNode();
3851             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             n = n.getNextExternalNode();
3855             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             n = t3.getNode( "B" );
3859             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3860                 n = n.getNextExternalNode();
3861             }
3862             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3863             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3864                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3865             }
3866             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3867             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3868                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3869             }
3870             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3871             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3872             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( iter.hasNext() ) {
3891                 return false;
3892             }
3893         }
3894         catch ( final Exception e ) {
3895             e.printStackTrace( System.out );
3896             return false;
3897         }
3898         return true;
3899     }
3900
3901     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3902         try {
3903             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3907                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3911                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3918                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3919                 return false;
3920             }
3921         }
3922         catch ( final Exception e ) {
3923             e.printStackTrace( System.out );
3924             return false;
3925         }
3926         return true;
3927     }
3928
3929     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3930         try {
3931             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3935                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3939                     .equals( "ARATH" ) ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3943                     .equals( "ARATH" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3956                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3960                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3964                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3968                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3972                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3976                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3980                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3984                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3991                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3995                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3999                     .equals( "9YX45" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4003                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4004                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4008                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4009                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4013                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4014                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4018                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4022                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4026                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4030                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4034                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4038                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4042                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4046                     .equals( "RAT" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4050                     .equals( "PIG" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !ParserUtils
4054                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4055                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4059                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4063                 return false;
4064             }
4065         }
4066         catch ( final Exception e ) {
4067             e.printStackTrace( System.out );
4068             return false;
4069         }
4070         return true;
4071     }
4072
4073     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4074         try {
4075             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4076             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4077             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4081             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4085             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4089             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4093             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4097             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4101             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4105             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4109             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4113             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4117             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4121             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n.setName( "B3RJ64" );
4125             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4129             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4133             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             n.setName( "sp B3RJ64" );
4137             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4141             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4145             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4149             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4153             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4157             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4161             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4165             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4169             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4173             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4177             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4181             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4185             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4189             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             n = new PhylogenyNode();
4193             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4194             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4195             n.getNodeData().addSequence( seq );
4196             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4200             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             n = new PhylogenyNode();
4204             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4205             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4206             n.getNodeData().addSequence( seq );
4207             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4211             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             n = new PhylogenyNode();
4215             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4216             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4217             n.getNodeData().addSequence( seq );
4218             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             n = new PhylogenyNode();
4222             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4223             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4224             n.getNodeData().addSequence( seq );
4225             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             //
4229             n = new PhylogenyNode();
4230             n.setName( "ACP19736" );
4231             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             n = new PhylogenyNode();
4235             n.setName( "|ACP19736|" );
4236             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239         }
4240         catch ( final Exception e ) {
4241             e.printStackTrace( System.out );
4242             return false;
4243         }
4244         return true;
4245     }
4246
4247     private static boolean testFastaParser() {
4248         try {
4249             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4256             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274         }
4275         catch ( final Exception e ) {
4276             e.printStackTrace();
4277             return false;
4278         }
4279         return true;
4280     }
4281
4282     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4283         try {
4284             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4285             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4286             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4287             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4288             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4289             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4290             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4291             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4292             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4329             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4339             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4349             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358         }
4359         catch ( final Exception e ) {
4360             e.printStackTrace();
4361             return false;
4362         }
4363         return true;
4364     }
4365
4366     private static boolean testGeneralTable() {
4367         try {
4368             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4369             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4370             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4371             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4372             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4373             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4374             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4375             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4376             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4377             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4405             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4406             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4407             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4408             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4409             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4410             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4411             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4412             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4413             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4414             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4424                 return false;
4425             }
4426             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444         }
4445         catch ( final Exception e ) {
4446             e.printStackTrace( System.out );
4447             return false;
4448         }
4449         return true;
4450     }
4451
4452     private static boolean testGetDistance() {
4453         try {
4454             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4455             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4456                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4457             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4551                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4552             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4583                 return false;
4584             }
4585         }
4586         catch ( final Exception e ) {
4587             e.printStackTrace( System.out );
4588             return false;
4589         }
4590         return true;
4591     }
4592
4593     private static boolean testGetLCA() {
4594         try {
4595             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4596             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4597                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4598             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4599             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4603             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4607             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4611             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4615             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4619             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4623             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4627             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4631             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4635             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4639             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4643             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4647             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4651             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4652                 return false;
4653             }
4654             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4655             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4659             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4663             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4667             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4671             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4675             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4679             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4683             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4687             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4691             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4692             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4696             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4700             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4704             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4708             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4712             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4716             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4720             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             final Phylogeny p3 = factory
4724                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4725                              new NHXParser() )[ 0 ];
4726             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4727             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4731             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4735             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4739             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4743             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4750             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             if ( !al_3.isRoot() ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4757             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4764             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4771             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4775             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4776             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4780             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4781             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4785             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4786             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4790             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4791             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794         }
4795         catch ( final Exception e ) {
4796             e.printStackTrace( System.out );
4797             return false;
4798         }
4799         return true;
4800     }
4801
4802     private static boolean testGetLCA2() {
4803         try {
4804             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4805             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4806             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4807             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4808                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4809             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4813             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4814             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4815                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4816             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4820                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4821             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4825             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4826             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4827                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4828             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4832                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4833             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4834                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4835                 System.exit( -1 );
4836                 return false;
4837             }
4838             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4839                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4840             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4844                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4845             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4849                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4850             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4851             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4852                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4853             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4857                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4858             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4862                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4863             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4867                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4868             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4872                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4873             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4877                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4878             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4882                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4883             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4887                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4888             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4892                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4893             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4897                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4898             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4902                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4903             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4907                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4908             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4912                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4913             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4917                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4918             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4922                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4923             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4927                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4928             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4932                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4933             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4937                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4938             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4942                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4943             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4947                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4948             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4952                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4953             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4957                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4958             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4962                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4963             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4967             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4968             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4969                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4970             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4974                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4975             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4979                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4980             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4984                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4985             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4989                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4990             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4994                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4995             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4999                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5000             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5004                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5005             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             final Phylogeny p3 = factory
5009                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5010                              new NHXParser() )[ 0 ];
5011             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5012             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5013                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5014             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5018                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5019             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5023                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5024             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5028                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5029             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5033                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5034             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5041                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5042             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             if ( !al_3.isRoot() ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5049                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5050             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5057                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5058             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5065                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5066             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5070             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5071             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5072                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5073             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5077             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5078             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5079                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5080             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5084             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5085             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5086                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5087             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5091             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5092             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5093                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5094             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5098                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5099             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5103                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5104             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5108                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5109             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5113                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5114             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5118                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5119             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122         }
5123         catch ( final Exception e ) {
5124             e.printStackTrace( System.out );
5125             return false;
5126         }
5127         return true;
5128     }
5129
5130     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5131         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5132         try {
5133             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5134                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5135             parser1.parse();
5136             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5137                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5138             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5139             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( proteins.size() != 4 ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5158             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5165             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5172             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5176             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5198                 return false;
5199             }
5200         }
5201         catch ( final Exception e ) {
5202             e.printStackTrace( System.out );
5203             return false;
5204         }
5205         return true;
5206     }
5207
5208     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5209         try {
5210             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5211             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5212             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5213             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5214             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5218             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5222             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5226             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5227                 return false;
5228             }
5229         }
5230         catch ( final Exception e ) {
5231             e.printStackTrace( System.out );
5232             return false;
5233         }
5234         return true;
5235     }
5236
5237     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5238         try {
5239             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5240             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5241             PhylogenyNodeIterator it0;
5242             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5243                 it0.next();
5244             }
5245             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5246                 it0.next();
5247             }
5248             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5249             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( it.hasNext() ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5274                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5275             PhylogenyNodeIterator it2;
5276             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5277                 it2.next();
5278             }
5279             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5280                 it2.next();
5281             }
5282             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5283             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( it3.hasNext() ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5362             PhylogenyNodeIterator it4;
5363             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5364                 it4.next();
5365             }
5366             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5367                 it4.next();
5368             }
5369             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5370             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5386             PhylogenyNodeIterator it6;
5387             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5388                 it6.next();
5389             }
5390             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5391                 it6.next();
5392             }
5393             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5394             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( it.hasNext() ) {
5398                 return false;
5399             }
5400         }
5401         catch ( final Exception e ) {
5402             e.printStackTrace( System.out );
5403             return false;
5404         }
5405         return true;
5406     }
5407
5408     private static boolean testMafft( final String path ) {
5409         try {
5410             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5411             opts.add( "--maxiterate" );
5412             opts.add( "1000" );
5413             opts.add( "--localpair" );
5414             opts.add( "--quiet" );
5415             Msa msa = null;
5416             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5417             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5418             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424         }
5425         catch ( final Exception e ) {
5426             e.printStackTrace( System.out );
5427             return false;
5428         }
5429         return true;
5430     }
5431
5432     private static boolean testMidpointrooting() {
5433         try {
5434             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5435             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5436             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5437             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5444                            1 ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5448                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5449             if ( !t1.isRooted() ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5453             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5472             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5473             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5486                 System.exit( -1 );
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492         }
5493         catch ( final Exception e ) {
5494             e.printStackTrace( System.out );
5495             return false;
5496         }
5497         return true;
5498     }
5499
5500     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5501         try {
5502             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5503             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5504             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5505             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5506             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5507             l.add( s0 );
5508             l.add( s1 );
5509             l.add( s2 );
5510             l.add( s3 );
5511             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5512             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524         }
5525         catch ( final Exception e ) {
5526             e.printStackTrace( System.out );
5527             return false;
5528         }
5529         return true;
5530     }
5531
5532     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5533         try {
5534             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5535             PhylogenyNode n;
5536             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5537             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5538             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5539             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5540             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5541             n = t0.getFirstExternalNode();
5542             while ( n != null ) {
5543                 ext.add( n );
5544                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5545             }
5546             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             ext.clear();
5565             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5566             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5567             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5568             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5569             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5570             n = t1.getNode( "ab" );
5571             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5572             while ( n != null ) {
5573                 ext.add( n );
5574                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5575             }
5576             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             //
5592             //
5593             ext.clear();
5594             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5595             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5596             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5597             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5598             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5599             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5600             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5601             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5602             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5603             n = t2.getNode( "ab" );
5604             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5605             while ( n != null ) {
5606                 ext.add( n );
5607                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5608             }
5609             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             //
5622             //
5623             ext.clear();
5624             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5625             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5626             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5627             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5628             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5629             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5630             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5631             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5632             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5633             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5634             n = t3.getNode( "ab" );
5635             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5636             while ( n != null ) {
5637                 ext.add( n );
5638                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5639             }
5640             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             //
5650             //
5651             ext.clear();
5652             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5653             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5654             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5655             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5656             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5657             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5658             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5659             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5660             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5661             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5662             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5663             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5664             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             //
5668             //
5669             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5670             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5671             ext.clear();
5672             n = t5.getFirstExternalNode();
5673             while ( n != null ) {
5674                 ext.add( n );
5675                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5676             }
5677             if ( ext.size() != 8 ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             //
5705             //
5706             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5707             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5708             ext.clear();
5709             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5710             n = t6.getNode( "ab" );
5711             while ( n != null ) {
5712                 ext.add( n );
5713                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5714             }
5715             if ( ext.size() != 7 ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             //
5740             //
5741             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5742             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5743             ext.clear();
5744             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5745             n = t7.getNode( "a" );
5746             while ( n != null ) {
5747                 ext.add( n );
5748                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5749             }
5750             if ( ext.size() != 7 ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             //
5775             //
5776             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5777             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5778             ext.clear();
5779             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5780             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5781             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5782             n = t8.getNode( "a" );
5783             while ( n != null ) {
5784                 ext.add( n );
5785                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5786             }
5787             if ( ext.size() != 7 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5797                 System.out.println( "2 fail" );
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             //
5813             //
5814             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5815             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5816             ext.clear();
5817             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5818             n = t9.getNode( "a" );
5819             while ( n != null ) {
5820                 ext.add( n );
5821                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5822             }
5823             if ( ext.size() != 7 ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5842                 return false;
5843             }
5844             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             //
5848             //
5849             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5850             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5851             ext.clear();
5852             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5853             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5854             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5855             n = t10.getNode( "a" );
5856             while ( n != null ) {
5857                 ext.add( n );
5858                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5859             }
5860             if ( ext.size() != 7 ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             //
5885             //
5886             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5887             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5888             ext.clear();
5889             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5890             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5891             n = t11.getNode( "a" );
5892             while ( n != null ) {
5893                 ext.add( n );
5894                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5895             }
5896             if ( ext.size() != 6 ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             //
5918             //
5919             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5920             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5921             ext.clear();
5922             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5923             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5924             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5925             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5926             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5927             n = t12.getNode( "a" );
5928             while ( n != null ) {
5929                 ext.add( n );
5930                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5931             }
5932             if ( ext.size() != 6 ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             //
5954             //
5955             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5956             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5957             ext.clear();
5958             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5959             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5960             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5961             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5962             n = t13.getNode( "ab" );
5963             while ( n != null ) {
5964                 ext.add( n );
5965                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5966             }
5967             if ( ext.size() != 5 ) {
5968                 return false;
5969             }
5970             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             //
5986             //
5987             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5988             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5989             ext.clear();
5990             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5991             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5992             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5993             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5994             n = t14.getNode( "ab" );
5995             while ( n != null ) {
5996                 ext.add( n );
5997                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5998             }
5999             if ( ext.size() != 5 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             //
6018             //
6019             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6020             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6021             ext.clear();
6022             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6023             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6024             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6025             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6026             n = t15.getNode( "ab" );
6027             while ( n != null ) {
6028                 ext.add( n );
6029                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6030             }
6031             if ( ext.size() != 6 ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             //
6053             //
6054             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6055             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6056             ext.clear();
6057             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6058             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6059             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6060             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6061             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6062             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6063             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6064             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6065             n = t16.getNode( "ab" );
6066             while ( n != null ) {
6067                 ext.add( n );
6068                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6069             }
6070             if ( ext.size() != 4 ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085         }
6086         catch ( final Exception e ) {
6087             e.printStackTrace( System.out );
6088             return false;
6089         }
6090         return true;
6091     }
6092
6093     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6094         try {
6095             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6096             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6097             parser.parse();
6098             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6099             if ( labels.length != 7 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6124             parser.parse();
6125             labels = parser.getCharStateLabels();
6126             if ( labels.length != 7 ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150         }
6151         catch ( final Exception e ) {
6152             e.printStackTrace( System.out );
6153             return false;
6154         }
6155         return true;
6156     }
6157
6158     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6159         try {
6160             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6161             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6162             parser.parse();
6163             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6164             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             //            if ( labels.length != 7 ) {
6192             //                return false;
6193             //            }
6194             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6195             //                return false;
6196             //            }
6197             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6198             //                return false;
6199             //            }
6200             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6201             //                return false;
6202             //            }
6203             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6204             //                return false;
6205             //            }
6206             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6207             //                return false;
6208             //            }
6209             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6210             //                return false;
6211             //            }
6212             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6213             //                return false;
6214             //            }
6215             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6216             //            parser.parse();
6217             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6218             //            if ( labels.length != 7 ) {
6219             //                return false;
6220             //            }
6221             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6222             //                return false;
6223             //            }
6224             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6225             //                return false;
6226             //            }
6227             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6228             //                return false;
6229             //            }
6230             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6231             //                return false;
6232             //            }
6233             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6234             //                return false;
6235             //            }
6236             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6237             //                return false;
6238             //            }
6239             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6240             //                return false;
6241             //            }
6242         }
6243         catch ( final Exception e ) {
6244             e.printStackTrace( System.out );
6245             return false;
6246         }
6247         return true;
6248     }
6249
6250     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6251         try {
6252             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6253             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6254             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6255             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             phylogenies = null;
6265             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6266             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             phylogenies = null;
6276             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6277             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             phylogenies = null;
6290             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6291             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6412                 return false;
6413             }
6414         }
6415         catch ( final Exception e ) {
6416             e.printStackTrace( System.out );
6417             return false;
6418         }
6419         return true;
6420     }
6421
6422     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6423         try {
6424             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6425             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6426             if ( !p.hasNext() ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             Phylogeny phy = p.next();
6430             if ( phy == null ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( p.hasNext() ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             phy = p.next();
6443             if ( phy != null ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             //
6447             p.reset();
6448             if ( !p.hasNext() ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             phy = p.next();
6452             if ( phy == null ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6459                 return false;
6460             }
6461             if ( p.hasNext() ) {
6462                 return false;
6463             }
6464             phy = p.next();
6465             if ( phy != null ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             ////
6469             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6470             if ( !p.hasNext() ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             phy = p.next();
6474             if ( phy == null ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( p.hasNext() ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             phy = p.next();
6487             if ( phy != null ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             //
6491             p.reset();
6492             if ( !p.hasNext() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             phy = p.next();
6496             if ( phy == null ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( p.hasNext() ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             phy = p.next();
6509             if ( phy != null ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             ////
6513             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6514             if ( !p.hasNext() ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             phy = p.next();
6518             if ( phy == null ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( phy.isRooted() ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( p.hasNext() ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             phy = p.next();
6534             if ( phy != null ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             //
6538             p.reset();
6539             if ( !p.hasNext() ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             phy = p.next();
6543             if ( phy == null ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( p.hasNext() ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             phy = p.next();
6556             if ( phy != null ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             ////
6560             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6561             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6562             //                return false;
6563             //            }
6564             //0
6565             if ( !p.hasNext() ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             phy = p.next();
6569             if ( phy == null ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             //1
6579             if ( !p.hasNext() ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             phy = p.next();
6583             if ( phy == null ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             //2
6593             if ( !p.hasNext() ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             phy = p.next();
6597             if ( phy == null ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( phy.isRooted() ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             //3
6610             if ( !p.hasNext() ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             phy = p.next();
6614             if ( phy == null ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             if ( !phy.isRooted() ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             //4
6627             if ( !p.hasNext() ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             phy = p.next();
6631             if ( phy == null ) {
6632                 return false;
6633             }
6634             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6635                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6636                 return false;
6637             }
6638             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             if ( !phy.isRooted() ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             //5
6645             if ( !p.hasNext() ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             phy = p.next();
6649             if ( phy == null ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             if ( phy.isRooted() ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             //6
6662             if ( !p.hasNext() ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             phy = p.next();
6666             if ( phy == null ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( !phy.isRooted() ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             //7
6679             if ( !p.hasNext() ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             phy = p.next();
6683             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( !phy.isRooted() ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             //8
6693             if ( !p.hasNext() ) {
6694                 return false;
6695             }
6696             phy = p.next();
6697             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             //9
6707             if ( !p.hasNext() ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             phy = p.next();
6711             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6712                 return false;
6713             }
6714             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             //10
6721             if ( !p.hasNext() ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             phy = p.next();
6725             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( !phy.isRooted() ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             //11
6738             if ( !p.hasNext() ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             phy = p.next();
6742             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( phy.isRooted() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             //12
6755             if ( !p.hasNext() ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             phy = p.next();
6759             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             if ( !phy.isRooted() ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             //13
6772             if ( !p.hasNext() ) {
6773                 return false;
6774             }
6775             phy = p.next();
6776             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( !phy.isRooted() ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             //14
6789             if ( !p.hasNext() ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             phy = p.next();
6793             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6794                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !phy
6798                     .toNewHampshire()
6799                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6800                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( !phy.isRooted() ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             //15
6810             if ( !p.hasNext() ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             phy = p.next();
6814             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6815                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( !phy
6819                     .toNewHampshire()
6820                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6821                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             if ( phy.isRooted() ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             //16
6831             if ( !p.hasNext() ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             phy = p.next();
6835             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6836                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6837                 return false;
6838             }
6839             if ( !phy
6840                     .toNewHampshire()
6841                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6842                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6843                 return false;
6844             }
6845             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             if ( !phy.isRooted() ) {
6849                 return false;
6850             }
6851             //17
6852             if ( !p.hasNext() ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             phy = p.next();
6856             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6857                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( !phy
6861                     .toNewHampshire()
6862                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6863                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( phy.isRooted() ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             //
6873             if ( p.hasNext() ) {
6874                 return false;
6875             }
6876             phy = p.next();
6877             if ( phy != null ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             p.reset();
6881             //0
6882             if ( !p.hasNext() ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             phy = p.next();
6886             if ( phy == null ) {
6887                 return false;
6888             }
6889             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             //1
6896             if ( !p.hasNext() ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             phy = p.next();
6900             if ( phy == null ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             //2
6910             if ( !p.hasNext() ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             phy = p.next();
6914             if ( phy == null ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             if ( phy.isRooted() ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             //3
6927             if ( !p.hasNext() ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             phy = p.next();
6931             if ( phy == null ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( !phy.isRooted() ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             //4
6944             if ( !p.hasNext() ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             phy = p.next();
6948             if ( phy == null ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6952                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !phy.isRooted() ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             //5
6962             if ( !p.hasNext() ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             phy = p.next();
6966             if ( phy == null ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( phy.isRooted() ) {
6976                 return false;
6977             }
6978         }
6979         catch ( final Exception e ) {
6980             e.printStackTrace( System.out );
6981             return false;
6982         }
6983         return true;
6984     }
6985
6986     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6987         try {
6988             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6989             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6990             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6991             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7007                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             phylogenies = null;
7011             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7012             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7022                 return false;
7023             }
7024             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7031                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7050                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7069                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             phylogenies = null;
7073             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7074             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7093                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7094                 return false;
7095             }
7096             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7097                 return false;
7098             }
7099             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7112                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7113                 return false;
7114             }
7115             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7116                 return false;
7117             }
7118             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7119                 return false;
7120             }
7121             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7131                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134         }
7135         catch ( final Exception e ) {
7136             e.printStackTrace( System.out );
7137             return false;
7138         }
7139         return true;
7140     }
7141
7142     private static boolean testNHParsing() {
7143         try {
7144             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7145             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7146             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7150             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7151             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7152             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7153             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7154                 return false;
7155             }
7156             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             final Phylogeny p1b = factory
7160                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7161                              new NHXParser() )[ 0 ];
7162             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7169             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7170             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7171             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7172             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7173             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7174             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7175             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7176             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7177             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7178             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7179                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7180                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7181                                                     new NHXParser() );
7182             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7195             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7196             final String p16_S = "((A,B),C)";
7197             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7198             if ( p16.length != 1 ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7205             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7206             if ( p17.length != 1 ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7213             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7214             if ( p18.length != 1 ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7221             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7222             if ( p19.length != 1 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7229             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7230             if ( p20.length != 1 ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7237             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7238             if ( p21.length != 1 ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7245             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7246             if ( p22.length != 1 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7253             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7254             if ( p23.length != 1 ) {
7255                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7256                 System.exit( -1 );
7257                 return false;
7258             }
7259             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7263             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7264             if ( p24.length != 1 ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7271             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7272             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7273             if ( p241.length != 2 ) {
7274                 return false;
7275             }
7276             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7283                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7284                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7285                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7286                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7287                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7288                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7289                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7290             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7291             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7292                 return false;
7293             }
7294             final String p26_S = "(A,B)ab";
7295             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7296             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7300             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7301             if ( p27s.length != 1 ) {
7302                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7303                 System.exit( -1 );
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7307                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7308                 System.exit( -1 );
7309                 return false;
7310             }
7311             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7312                                                     new NHXParser() );
7313             if ( p27.length != 1 ) {
7314                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7315                 System.exit( -1 );
7316                 return false;
7317             }
7318             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7319                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7320                 System.exit( -1 );
7321                 return false;
7322             }
7323             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7324             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7325             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7326             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7327             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7328                                                     new NHXParser() );
7329             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7333                 return false;
7334             }
7335             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7336                 return false;
7337             }
7338             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             if ( p28.length != 4 ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7345             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7346             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7350             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7351             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7355             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7356             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             final String p33_S = "A";
7360             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7361             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             final String p34_S = "B;";
7365             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7366             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             final String p35_S = "B:0.2";
7370             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7371             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             final String p36_S = "(A)";
7375             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7376             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             final String p37_S = "((A))";
7380             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7381             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7385             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7386             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7390             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7391             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             final String p40_S = "(A,B,C)";
7395             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7396             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7400             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7401             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7405             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7406             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7410             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7411             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7415             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7416             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7420             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7421             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             final String p46_S = "";
7425             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7426             if ( p46.length != 0 ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7430             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7434             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             final Phylogeny p49 = factory
7438                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7439                              new NHXParser() )[ 0 ];
7440             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7444             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7445                 return false;
7446             }
7447             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7448                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7452                 return false;
7453             }
7454             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7455                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7459             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7463             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             final Phylogeny p53 = factory
7467                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7468                              new NHXParser() )[ 0 ];
7469             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             //
7473             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7474             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7478                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481         }
7482         catch ( final Exception e ) {
7483             e.printStackTrace( System.out );
7484             return false;
7485         }
7486         return true;
7487     }
7488
7489     private static boolean testNHParsingIter() {
7490         try {
7491             final String p0_str = "(A,B);";
7492             final NHXParser p = new NHXParser();
7493             p.setSource( p0_str );
7494             if ( !p.hasNext() ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             final Phylogeny p0 = p.next();
7498             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7499                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7500                 return false;
7501             }
7502             if ( p.hasNext() ) {
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( p.next() != null ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             //
7509             final String p00_str = "(A,B)root;";
7510             p.setSource( p00_str );
7511             final Phylogeny p00 = p.next();
7512             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7513                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7514                 return false;
7515             }
7516             //
7517             final String p000_str = "A;";
7518             p.setSource( p000_str );
7519             final Phylogeny p000 = p.next();
7520             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7521                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7522                 return false;
7523             }
7524             //
7525             final String p0000_str = "A";
7526             p.setSource( p0000_str );
7527             final Phylogeny p0000 = p.next();
7528             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7529                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7530                 return false;
7531             }
7532             //
7533             p.setSource( "(A)" );
7534             final Phylogeny p00000 = p.next();
7535             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7536                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7537                 return false;
7538             }
7539             //
7540             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7541             p.setSource( p1_str );
7542             if ( !p.hasNext() ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7546             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7547                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !p.hasNext() ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7554             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7555                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7556                 return false;
7557             }
7558             if ( !p.hasNext() ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7562             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7563                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !p.hasNext() ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7570             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7571                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7572                 return false;
7573             }
7574             if ( p.hasNext() ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( p.next() != null ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             //
7581             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7582             p.setSource( p2_str );
7583             if ( !p.hasNext() ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             Phylogeny p2_0 = p.next();
7587             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7588                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !p.hasNext() ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             Phylogeny p2_1 = p.next();
7595             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7596                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( !p.hasNext() ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             Phylogeny p2_2 = p.next();
7603             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7604                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !p.hasNext() ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             Phylogeny p2_3 = p.next();
7611             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7612                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !p.hasNext() ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             Phylogeny p2_4 = p.next();
7619             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7620                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7621                 return false;
7622             }
7623             if ( p.hasNext() ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( p.next() != null ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             ////
7630             p.reset();
7631             if ( !p.hasNext() ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             p2_0 = p.next();
7635             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7636                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( !p.hasNext() ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             p2_1 = p.next();
7643             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7644                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( !p.hasNext() ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             p2_2 = p.next();
7651             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7652                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( !p.hasNext() ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             p2_3 = p.next();
7659             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7660                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( !p.hasNext() ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             p2_4 = p.next();
7667             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7668                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( p.hasNext() ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( p.next() != null ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             //
7678             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7679             p.setSource( p3_str );
7680             if ( !p.hasNext() ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7684             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( p.hasNext() ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( p.next() != null ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             //
7694             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7695             p.setSource( p4_str );
7696             if ( !p.hasNext() ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7700             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( p.hasNext() ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( p.next() != null ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             //
7710             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7711             p.setSource( p5_str );
7712             if ( !p.hasNext() ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7716             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             if ( p.hasNext() ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( p.next() != null ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             //
7726             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7727             p.setSource( p6_str );
7728             if ( !p.hasNext() ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             Phylogeny p6_0 = p.next();
7732             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( p.hasNext() ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( p.next() != null ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             p.reset();
7742             if ( !p.hasNext() ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             p6_0 = p.next();
7746             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( p.hasNext() ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( p.next() != null ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             //
7756             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7757             p.setSource( p7_str );
7758             if ( !p.hasNext() ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             Phylogeny p7_0 = p.next();
7762             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( p.hasNext() ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             if ( p.next() != null ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             p.reset();
7772             if ( !p.hasNext() ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             p7_0 = p.next();
7776             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( p.hasNext() ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( p.next() != null ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             //
7786             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7787             p.setSource( p8_str );
7788             if ( !p.hasNext() ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             Phylogeny p8_0 = p.next();
7792             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !p.hasNext() ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !p.hasNext() ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             Phylogeny p8_1 = p.next();
7802             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( p.hasNext() ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             if ( p.next() != null ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             p.reset();
7812             if ( !p.hasNext() ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             p8_0 = p.next();
7816             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !p.hasNext() ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             p8_1 = p.next();
7823             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( p.hasNext() ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             if ( p.next() != null ) {
7830                 return false;
7831             }
7832             p.reset();
7833             //
7834             p.setSource( "" );
7835             if ( p.hasNext() ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             //
7839             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7840             if ( !p.hasNext() ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             Phylogeny p_27 = p.next();
7844             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7845                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7846                 System.exit( -1 );
7847                 return false;
7848             }
7849             if ( p.hasNext() ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( p.next() != null ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             p.reset();
7856             if ( !p.hasNext() ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             p_27 = p.next();
7860             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7861                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7862                 System.exit( -1 );
7863                 return false;
7864             }
7865             if ( p.hasNext() ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( p.next() != null ) {
7869                 return false;
7870             }
7871         }
7872         catch ( final Exception e ) {
7873             e.printStackTrace( System.out );
7874             return false;
7875         }
7876         return true;
7877     }
7878
7879     private static boolean testNHXconversion() {
7880         try {
7881             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7882             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7883             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7884             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7885             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7886                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7887             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7888                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7889             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7890                 return false;
7891             }
7892             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7905                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7906                 return false;
7907             }
7908         }
7909         catch ( final Exception e ) {
7910             e.printStackTrace( System.out );
7911             return false;
7912         }
7913         return true;
7914     }
7915
7916     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7917         try {
7918             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7919             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7920             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7921             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7922             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7923                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7924             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             if ( n3.isDuplication() ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             if ( !n5.isDuplication() ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7964                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7965                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7966             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7973                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7974                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7975             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7982                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7983             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7987                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7988             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7995                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7996             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8003                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8004             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8011                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8012             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8019                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8020             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8024                 return false;
8025             }
8026             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8027                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8028             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8035                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8036             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8043                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8044             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8045                 return false;
8046             }
8047             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8048                 return false;
8049             }
8050             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8051                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8052             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8059                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8060             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8067                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8068                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8069             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8076                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8077                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8078             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8085                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8086             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8090                 return false;
8091             }
8092             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8093                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8094                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8095             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8102                 return false;
8103             }
8104             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8105                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8106                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8107             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8111                 return false;
8112             }
8113             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8117                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8118             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8143                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8144             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8151             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8155                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8156             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8157                 return false;
8158             }
8159             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8160                 return false;
8161             }
8162             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8163                 return false;
8164             }
8165             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8169                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8170             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8177                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8178                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8179             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8189                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8190                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8191             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8195                 return false;
8196             }
8197             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8201                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8202                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8203             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8207                 return false;
8208             }
8209             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8210                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8211             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8218                 return false;
8219             }
8220             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8221                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8222             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8229                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8230                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8231             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8238                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8239                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8240             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8241                 return false;
8242             }
8243             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8244                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8245             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8249                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8250             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8254                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8255             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8256                 return false;
8257             }
8258             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8259                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8260             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8264                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8265             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8269                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8270             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8271                 return false;
8272             }
8273         }
8274         catch ( final Exception e ) {
8275             e.printStackTrace( System.out );
8276             return false;
8277         }
8278         return true;
8279     }
8280
8281     private static boolean testNHXParsing() {
8282         try {
8283             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8284             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8285             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8289             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8290             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8291                 return false;
8292             }
8293             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8294             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8295             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8296                 return false;
8297             }
8298             final Phylogeny[] p3 = factory
8299                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8300                              new NHXParser() );
8301             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             final Phylogeny[] p4 = factory
8305                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8306                              new NHXParser() );
8307             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             final Phylogeny[] p5 = factory
8311                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8312                              new NHXParser() );
8313             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8317             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8318             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8319             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8320                 return false;
8321             }
8322             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8323             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8324             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8325             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8326                 return false;
8327             }
8328             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8329             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8330             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8331             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8332                 return false;
8333             }
8334             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8335             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             final Phylogeny p10 = factory
8339                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8340                              new NHXParser() )[ 0 ];
8341             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344         }
8345         catch ( final Exception e ) {
8346             e.printStackTrace( System.out );
8347             return false;
8348         }
8349         return true;
8350     }
8351
8352     private static boolean testNHXParsingMB() {
8353         try {
8354             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8355             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8356                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8357                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8358                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8359                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8360                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8361                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8362                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8363                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8364             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8371                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             final Phylogeny p2 = factory
8381                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8382                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8383                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8384                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8385                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8386                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8387                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8388                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8389                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8390                              new NHXParser() )[ 0 ];
8391             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8395                 return false;
8396             }
8397         }
8398         catch ( final Exception e ) {
8399             e.printStackTrace( System.out );
8400             System.exit( -1 );
8401             return false;
8402         }
8403         return true;
8404     }
8405
8406     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8407         try {
8408             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8409             final NHXParser p = new NHXParser();
8410             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8411             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8415             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8425                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8444             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8445             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8446             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8450             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8451             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8452             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8453                 return false;
8454             }
8455             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8456             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8457             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8458             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8459                 return false;
8460             }
8461             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8462             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8463             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8464             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             final Phylogeny p10 = factory
8468                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8469                              new NHXParser() )[ 0 ];
8470             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8471             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8475             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8476                 return false;
8477             }
8478             //
8479             final Phylogeny p12 = factory
8480                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8481                              new NHXParser() )[ 0 ];
8482             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8483             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8487             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8491             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8495             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498         }
8499         catch ( final Exception e ) {
8500             e.printStackTrace( System.out );
8501             return false;
8502         }
8503         return true;
8504     }
8505
8506     private static boolean testNodeRemoval() {
8507         try {
8508             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8509             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8510             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8511             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8515             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8516             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8517                 return false;
8518             }
8519             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8520             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8521             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524         }
8525         catch ( final Exception e ) {
8526             e.printStackTrace( System.out );
8527             return false;
8528         }
8529         return true;
8530     }
8531
8532     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8533         try {
8534             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8535             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8536             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8537             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8538             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8539                 return false;
8540             }
8541             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8542                 return false;
8543             }
8544             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8548             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8549             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8550             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8557             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8558                 return false;
8559             }
8560             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8561                 return false;
8562             }
8563             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8564                 return false;
8565             }
8566         }
8567         catch ( final Exception e ) {
8568             e.printStackTrace( System.out );
8569             return false;
8570         }
8571         return true;
8572     }
8573
8574     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8575         try {
8576             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8577             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8578             try {
8579                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8580             }
8581             catch ( final Exception e ) {
8582                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8583             }
8584             if ( xml_parser == null ) {
8585                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8586                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8587                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8588                 }
8589                 else {
8590                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8591                 }
8592             }
8593             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8594                                                               xml_parser );
8595             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8596                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8603             PhylogenyNode n = null;
8604             Distribution d = null;
8605             n = t1.getNode( "root node" );
8606             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             d = n.getNodeData().getDistribution();
8613             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( d.getPolygons() != null ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             n = t1.getNode( "node a" );
8638             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8645             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             if ( d.getPolygons() != null ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             n = t1.getNode( "node bb" );
8670             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8671                 return false;
8672             }
8673             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8677             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8684                 return false;
8685             }
8686             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8687                 return false;
8688             }
8689             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8690                 return false;
8691             }
8692             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8702             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             p = d.getPolygons().get( 1 );
8724             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             // Roundtrip:
8737             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8738             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8739             if ( rt.length != 1 ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8743             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8744             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             d = n.getNodeData().getDistribution();
8751             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8755                 return false;
8756             }
8757             if ( d.getPolygons() != null ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8776             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8783             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             if ( d.getPolygons() != null ) {
8790                 return false;
8791             }
8792             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8808             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8812                 return false;
8813             }
8814             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8815             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8816                 return false;
8817             }
8818             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8819                 return false;
8820             }
8821             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8822                 return false;
8823             }
8824             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8825                 return false;
8826             }
8827             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8828                 return false;
8829             }
8830             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8831                 return false;
8832             }
8833             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8834                 return false;
8835             }
8836             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             p = d.getPolygons().get( 0 );
8840             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8844                 return false;
8845             }
8846             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8850                 return false;
8851             }
8852             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8853                 return false;
8854             }
8855             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8859                 return false;
8860             }
8861             p = d.getPolygons().get( 1 );
8862             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8863                 return false;
8864             }
8865             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8866                 return false;
8867             }
8868             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8869                 return false;
8870             }
8871             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874         }
8875         catch ( final Exception e ) {
8876             e.printStackTrace( System.out );
8877             return false;
8878         }
8879         return true;
8880     }
8881
8882     private static boolean testPostOrderIterator() {
8883         try {
8884             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8885             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8886             PhylogenyNodeIterator it0;
8887             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8888                 it0.next();
8889             }
8890             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8891                 it0.next();
8892             }
8893             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8894             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8895             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8896                 return false;
8897             }
8898             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8899                 return false;
8900             }
8901             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8905                 return false;
8906             }
8907             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8908                 return false;
8909             }
8910             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8911                 return false;
8912             }
8913             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8914                 return false;
8915             }
8916             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8917                 return false;
8918             }
8919             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8920                 return false;
8921             }
8922             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8923                 return false;
8924             }
8925             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8926                 return false;
8927             }
8928             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8929                 return false;
8930             }
8931             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8932                 return false;
8933             }
8934             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8935                 return false;
8936             }
8937             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8938                 return false;
8939             }
8940             if ( it.hasNext() ) {
8941                 return false;
8942             }
8943         }
8944         catch ( final Exception e ) {
8945             e.printStackTrace( System.out );
8946             return false;
8947         }
8948         return true;
8949     }
8950
8951     private static boolean testPreOrderIterator() {
8952         try {
8953             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8954             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8955             PhylogenyNodeIterator it0;
8956             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8957                 it0.next();
8958             }
8959             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8960                 it0.next();
8961             }
8962             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8963             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8964                 return false;
8965             }
8966             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8982                 return false;
8983             }
8984             if ( it.hasNext() ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8988             it = t1.iteratorPreorder();
8989             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8996                 return false;
8997             }
8998             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8999                 return false;
9000             }
9001             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9002                 return false;
9003             }
9004             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9008                 return false;
9009             }
9010             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9011                 return false;
9012             }
9013             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( it.hasNext() ) {
9035                 return false;
9036             }
9037         }
9038         catch ( final Exception e ) {
9039             e.printStackTrace( System.out );
9040             return false;
9041         }
9042         return true;
9043     }
9044
9045     private static boolean testPropertiesMap() {
9046         try {
9047             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9048             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9049             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9050             final Property p2 = new Property( "something:else",
9051                                               "?",
9052                                               "improbable:research",
9053                                               "xsd:decimal",
9054                                               AppliesTo.NODE );
9055             pm.addProperty( p0 );
9056             pm.addProperty( p1 );
9057             pm.addProperty( p2 );
9058             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9068                 return false;
9069             }
9070             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9071                 return false;
9072             }
9073             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9074                 return false;
9075             }
9076             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9077             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9078                 return false;
9079             }
9080             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9081                 return false;
9082             }
9083             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9084                 return false;
9085             }
9086         }
9087         catch ( final Exception e ) {
9088             e.printStackTrace( System.out );
9089             return false;
9090         }
9091         return true;
9092     }
9093
9094     private static boolean testProteinId() {
9095         try {
9096             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9097             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9098             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9099             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9100             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9101                 return false;
9102             }
9103             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9104                 return false;
9105             }
9106             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9107                 return false;
9108             }
9109             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9110                 return false;
9111             }
9112             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9113                 return false;
9114             }
9115             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9116                 return false;
9117             }
9118             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9119                 return false;
9120             }
9121             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9122                 return false;
9123             }
9124             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9125                 return false;
9126             }
9127             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9128                 return false;
9129             }
9130             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9131                 return false;
9132             }
9133             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9134                 return false;
9135             }
9136             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9143             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9144                 return false;
9145             }
9146             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9147                 return false;
9148             }
9149         }
9150         catch ( final Exception e ) {
9151             e.printStackTrace( System.out );
9152             return false;
9153         }
9154         return true;
9155     }
9156
9157     private static boolean testReIdMethods() {
9158         try {
9159             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9160             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9161             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9162             p.levelOrderReID();
9163             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9164                 return false;
9165             }
9166             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9167                 return false;
9168             }
9169             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9170                 return false;
9171             }
9172             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9173                 return false;
9174             }
9175             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9176                 return false;
9177             }
9178             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9179                 return false;
9180             }
9181             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9182                 return false;
9183             }
9184             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9185                 return false;
9186             }
9187             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9188                 return false;
9189             }
9190             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9191                 return false;
9192             }
9193             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9194                 return false;
9195             }
9196             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9197                 return false;
9198             }
9199             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9200                 return false;
9201             }
9202             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9203                 return false;
9204             }
9205             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9206                 return false;
9207             }
9208         }
9209         catch ( final Exception e ) {
9210             e.printStackTrace( System.out );
9211             return false;
9212         }
9213         return true;
9214     }
9215
9216     private static boolean testRerooting() {
9217         try {
9218             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9219             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9220                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9221             if ( !t1.isRooted() ) {
9222                 return false;
9223             }
9224             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9225             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9226             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9227             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9228             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9229             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9230             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9231             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9232             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9233             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9234             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9235             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9236             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9237             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9238             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9239             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9240             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9241             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9242             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9243             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9244             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9245             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9246             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9247             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9248             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9249             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9250             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9251             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9252             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9253                 return false;
9254             }
9255             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9256                 return false;
9257             }
9258             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9259                 return false;
9260             }
9261             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9271                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9274             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9275             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9276             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9277             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9278             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9279             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9280             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9281             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9282             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9283             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9284             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9285             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9286             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9287             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9288             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9289             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9290             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9291             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9292             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9293             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9294             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9295             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9296             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9297             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9298             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9299             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9300             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9301             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9302             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9303             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9304             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9305             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9306             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9307             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9308             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9309             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9310             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9311             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9312             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9313             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9314             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9315             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9316             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9317             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9318                 return false;
9319             }
9320             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9321                 return false;
9322             }
9323             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9324             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9325                 return false;
9326             }
9327             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9331             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9341             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9345                 return false;
9346             }
9347             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9348                 return false;
9349             }
9350             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9351             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9352                 return false;
9353             }
9354             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9355                 return false;
9356             }
9357             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9358             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9359                 return false;
9360             }
9361             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9362                 return false;
9363             }
9364             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9365                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9366             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9367             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9368                 return false;
9369             }
9370             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9374                 return false;
9375             }
9376             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9377             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9378                 return false;
9379             }
9380             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9384                 return false;
9385             }
9386             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9387             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9391                 return false;
9392             }
9393             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9394                 return false;
9395             }
9396         }
9397         catch ( final Exception e ) {
9398             e.printStackTrace( System.out );
9399             return false;
9400         }
9401         return true;
9402     }
9403
9404     private static boolean testSDIse() {
9405         try {
9406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9407             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9408             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9409             gene1.setRooted( true );
9410             species1.setRooted( true );
9411             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9412             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             final Phylogeny species2 = factory
9416                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9417                              new NHXParser() )[ 0 ];
9418             final Phylogeny gene2 = factory
9419                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9420                              new NHXParser() )[ 0 ];
9421             species2.setRooted( true );
9422             gene2.setRooted( true );
9423             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9424             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9437                 return false;
9438             }
9439             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9440                 return false;
9441             }
9442             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9443                 return false;
9444             }
9445             final Phylogeny species3 = factory
9446                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9447                              new NHXParser() )[ 0 ];
9448             final Phylogeny gene3 = factory
9449                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9450                              new NHXParser() )[ 0 ];
9451             species3.setRooted( true );
9452             gene3.setRooted( true );
9453             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9454             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9455                 return false;
9456             }
9457             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             final Phylogeny species4 = factory
9464                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9465                              new NHXParser() )[ 0 ];
9466             final Phylogeny gene4 = factory
9467                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9468                              new NHXParser() )[ 0 ];
9469             species4.setRooted( true );
9470             gene4.setRooted( true );
9471             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9472             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9473                 return false;
9474             }
9475             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9476                 return false;
9477             }
9478             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9479                 return false;
9480             }
9481             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9482                 return false;
9483             }
9484             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9485                 return false;
9486             }
9487             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9488                 return false;
9489             }
9490             final Phylogeny species5 = factory
9491                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9492                              new NHXParser() )[ 0 ];
9493             final Phylogeny gene5 = factory
9494                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9495                              new NHXParser() )[ 0 ];
9496             species5.setRooted( true );
9497             gene5.setRooted( true );
9498             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9499             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9500                 return false;
9501             }
9502             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9503                 return false;
9504             }
9505             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9506                 return false;
9507             }
9508             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9509                 return false;
9510             }
9511             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9512                 return false;
9513             }
9514             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9515                 return false;
9516             }
9517             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9518             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9519             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9520             final Phylogeny species6 = factory
9521                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9522                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9523                              new NHXParser() )[ 0 ];
9524             final Phylogeny gene6 = factory
9525                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9526                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9527                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9528                              new NHXParser() )[ 0 ];
9529             species6.setRooted( true );
9530             gene6.setRooted( true );
9531             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9532             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9533                 return false;
9534             }
9535             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9536                 return false;
9537             }
9538             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9539                 return false;
9540             }
9541             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9542                 return false;
9543             }
9544             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9545                 return false;
9546             }
9547             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9548                 return false;
9549             }
9550             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9551                 return false;
9552             }
9553             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9554                 return false;
9555             }
9556             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9557                 return false;
9558             }
9559             sdi6.computeMappingCostL();
9560             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9561                 return false;
9562             }
9563             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9564                 return false;
9565             }
9566             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9567                 return false;
9568             }
9569             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9570                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9571                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9572                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9573                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9574             species7.setRooted( true );
9575             final Phylogeny gene7_1 = Test
9576                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9577             gene7_1.setRooted( true );
9578             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9579             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9580                 return false;
9581             }
9582             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9583                 return false;
9584             }
9585             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9586                 return false;
9587             }
9588             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9589                 return false;
9590             }
9591             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9592                 return false;
9593             }
9594             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9595                 return false;
9596             }
9597             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9598                 return false;
9599             }
9600             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9601                 return false;
9602             }
9603             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9604                 return false;
9605             }
9606             final Phylogeny gene7_2 = Test
9607                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9608             gene7_2.setRooted( true );
9609             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9610             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9611                 return false;
9612             }
9613             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9614                 return false;
9615             }
9616             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9617                 return false;
9618             }
9619             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9623                 return false;
9624             }
9625             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9626                 return false;
9627             }
9628             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9629                 return false;
9630             }
9631             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9632                 return false;
9633             }
9634             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9635                 return false;
9636             }
9637             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9638                 return false;
9639             }
9640         }
9641         catch ( final Exception e ) {
9642             return false;
9643         }
9644         return true;
9645     }
9646
9647     private static boolean testSDIunrooted() {
9648         try {
9649             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9650             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9651             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9652             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9653             PhylogenyBranch br = iter.next();
9654             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9655                 return false;
9656             }
9657             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9658                 return false;
9659             }
9660             br = iter.next();
9661             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             br = iter.next();
9668             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9669                 return false;
9670             }
9671             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9672                 return false;
9673             }
9674             br = iter.next();
9675             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9676                 return false;
9677             }
9678             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             br = iter.next();
9682             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9686                 return false;
9687             }
9688             br = iter.next();
9689             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9690                 return false;
9691             }
9692             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9693                 return false;
9694             }
9695             br = iter.next();
9696             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             br = iter.next();
9703             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9704                 return false;
9705             }
9706             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9707                 return false;
9708             }
9709             br = iter.next();
9710             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9711                 return false;
9712             }
9713             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9714                 return false;
9715             }
9716             br = iter.next();
9717             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9718                 return false;
9719             }
9720             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9721                 return false;
9722             }
9723             br = iter.next();
9724             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9725                 return false;
9726             }
9727             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9728                 return false;
9729             }
9730             br = iter.next();
9731             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             br = iter.next();
9738             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9739                 return false;
9740             }
9741             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9742                 return false;
9743             }
9744             br = iter.next();
9745             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9746                 return false;
9747             }
9748             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9749                 return false;
9750             }
9751             br = iter.next();
9752             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9756                 return false;
9757             }
9758             if ( iter.hasNext() ) {
9759                 return false;
9760             }
9761             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9762             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9763             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9764             br = iter1.next();
9765             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9766                 return false;
9767             }
9768             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9769                 return false;
9770             }
9771             br = iter1.next();
9772             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9776                 return false;
9777             }
9778             br = iter1.next();
9779             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9780                 return false;
9781             }
9782             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9783                 return false;
9784             }
9785             if ( iter1.hasNext() ) {
9786                 return false;
9787             }
9788             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9789             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9790             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9791             br = iter2.next();
9792             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9796                 return false;
9797             }
9798             br = iter2.next();
9799             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             br = iter2.next();
9806             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9807                 return false;
9808             }
9809             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9810                 return false;
9811             }
9812             if ( iter2.hasNext() ) {
9813                 return false;
9814             }
9815             final Phylogeny species0 = factory
9816                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9817                              new NHXParser() )[ 0 ];
9818             final Phylogeny gene1 = factory
9819                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9820                              new NHXParser() )[ 0 ];
9821             species0.setRooted( true );
9822             gene1.setRooted( true );
9823             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9824             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9825             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9826                 return false;
9827             }
9828             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9829                 return false;
9830             }
9831             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9832                 return false;
9833             }
9834             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9835                 return false;
9836             }
9837             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9838                 return false;
9839             }
9840             final Phylogeny gene2 = factory
9841                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9842                              new NHXParser() )[ 0 ];
9843             gene2.setRooted( true );
9844             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9845             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9846                 return false;
9847             }
9848             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9849                 return false;
9850             }
9851             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9852                 return false;
9853             }
9854             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9855                 return false;
9856             }
9857             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9858                 return false;
9859             }
9860             final Phylogeny species6 = factory
9861                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9862                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9863                              new NHXParser() )[ 0 ];
9864             final Phylogeny gene6 = factory
9865                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9866                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9867                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9868                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9869                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9870                              new NHXParser() )[ 0 ];
9871             species6.setRooted( true );
9872             gene6.setRooted( true );
9873             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9874             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9875                 return false;
9876             }
9877             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9878                 return false;
9879             }
9880             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9881                 return false;
9882             }
9883             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9884                 return false;
9885             }
9886             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9887                 return false;
9888             }
9889             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9890                 return false;
9891             }
9892             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9893                 return false;
9894             }
9895             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             p6 = null;
9914             final Phylogeny species7 = factory
9915                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9916                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9917                              new NHXParser() )[ 0 ];
9918             final Phylogeny gene7 = factory
9919                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9920                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9921                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9922                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9923                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9924                              new NHXParser() )[ 0 ];
9925             species7.setRooted( true );
9926             gene7.setRooted( true );
9927             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9928             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9935                 return false;
9936             }
9937             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9941                 return false;
9942             }
9943             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9944                 return false;
9945             }
9946             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9947                 return false;
9948             }
9949             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9950                 return false;
9951             }
9952             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9953                 return false;
9954             }
9955             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9956                 return false;
9957             }
9958             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9959                 return false;
9960             }
9961             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9962                 return false;
9963             }
9964             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             p7 = null;
9968             final Phylogeny species8 = factory
9969                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9970                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9971                              new NHXParser() )[ 0 ];
9972             final Phylogeny gene8 = factory
9973                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9974                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9975                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9976                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9977                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9978                              new NHXParser() )[ 0 ];
9979             species8.setRooted( true );
9980             gene8.setRooted( true );
9981             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9982             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9983                 return false;
9984             }
9985             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9986                 return false;
9987             }
9988             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9989                 return false;
9990             }
9991             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9992                 return false;
9993             }
9994             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9995                 return false;
9996             }
9997             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9998                 return false;
9999             }
10000             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10001                 return false;
10002             }
10003             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10004                 return false;
10005             }
10006             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10007                 return false;
10008             }
10009             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10010                 return false;
10011             }
10012             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10016                 return false;
10017             }
10018             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10019                 return false;
10020             }
10021             p8 = null;
10022         }
10023         catch ( final Exception e ) {
10024             e.printStackTrace( System.out );
10025             return false;
10026         }
10027         return true;
10028     }
10029
10030     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10031         try {
10032             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10033             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10034                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10035                 if ( id != null ) {
10036                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10037                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10038                 }
10039                 return false;
10040             }
10041             //
10042             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10043             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10044                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10045                 if ( id != null ) {
10046                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10047                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10048                 }
10049                 return false;
10050             }
10051             //
10052             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10053             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10054                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10055                 if ( id != null ) {
10056                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10057                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10058                 }
10059                 return false;
10060             }
10061             //
10062             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10063             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10064                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10065                 if ( id != null ) {
10066                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10067                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10068                 }
10069                 return false;
10070             }
10071             //
10072             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10073             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10074                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10075                 if ( id != null ) {
10076                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10077                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10078                 }
10079                 return false;
10080             }
10081             //
10082             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10083             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10084                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10085                 if ( id != null ) {
10086                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10087                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10088                 }
10089                 return false;
10090             }
10091             //
10092             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10093             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10094                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10095                 if ( id != null ) {
10096                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10097                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10098                 }
10099                 return false;
10100             }
10101             //
10102             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10103             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10104                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10105                 if ( id != null ) {
10106                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10107                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10108                 }
10109                 return false;
10110             }
10111             //
10112             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10113             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10114                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10115                 if ( id != null ) {
10116                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10117                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10118                 }
10119                 return false;
10120             }
10121             //
10122             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10123             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10124                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10125                 if ( id != null ) {
10126                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10127                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10128                 }
10129                 return false;
10130             }
10131             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10132             if ( id != null ) {
10133                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10134                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10135                 return false;
10136             }
10137         }
10138         catch ( final Exception e ) {
10139             e.printStackTrace( System.out );
10140             return false;
10141         }
10142         return true;
10143     }
10144
10145     private static boolean testSequenceWriter() {
10146         try {
10147             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10148             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10149                 return false;
10150             }
10151             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10152                 return false;
10153             }
10154             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10155                 return false;
10156             }
10157             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10158                 return false;
10159             }
10160             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10161                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10165                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10166                 return false;
10167             }
10168         }
10169         catch ( final Exception e ) {
10170             e.printStackTrace();
10171             return false;
10172         }
10173         return true;
10174     }
10175
10176     private static boolean testSpecies() {
10177         try {
10178             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10179             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10180             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10181             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10182             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10183                 return false;
10184             }
10185             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10186                 return false;
10187             }
10188             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10189                 return false;
10190             }
10191             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10192                 return false;
10193             }
10194             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10195                 return false;
10196             }
10197             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10198                 return false;
10199             }
10200             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10201                 return false;
10202             }
10203             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10204                 return false;
10205             }
10206             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10207                 return false;
10208             }
10209             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10210                 return false;
10211             }
10212             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10213                 return false;
10214             }
10215             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10216                 return false;
10217             }
10218             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10219                 return false;
10220             }
10221             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10222                 return false;
10223             }
10224             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10225             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10226                 return false;
10227             }
10228             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10229                 return false;
10230             }
10231         }
10232         catch ( final Exception e ) {
10233             e.printStackTrace( System.out );
10234             return false;
10235         }
10236         return true;
10237     }
10238
10239     private static boolean testSplit() {
10240         try {
10241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10242             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10243             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10244             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10245             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10246             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10247             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10248             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10249             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10250             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10251             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10252             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10253             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10254             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10255             // System.out.println( s0.toString() );
10256             //
10257             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10260             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10261                 return false;
10262             }
10263             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10271             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10272                 return false;
10273             }
10274             //
10275             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10279             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10280                 return false;
10281             }
10282             //
10283             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10288             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10289                 return false;
10290             }
10291             //
10292             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10297             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10298                 return false;
10299             }
10300             //
10301             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10305             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10306                 return false;
10307             }
10308             //
10309             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10312             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10313                 return false;
10314             }
10315             //
10316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10322             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10323                 return false;
10324             }
10325             //
10326             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10330             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10331                 return false;
10332             }
10333             //
10334             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10339             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10340                 return false;
10341             }
10342             //
10343             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10346             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10347                 return false;
10348             }
10349             //
10350             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10355             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10356                 return false;
10357             }
10358             //
10359             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10365             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10366                 return false;
10367             }
10368             //
10369             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10373             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10374                 return false;
10375             }
10376             //
10377             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10381                 return false;
10382             }
10383             //
10384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10387             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10388                 return false;
10389             }
10390             //
10391             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10395                 return false;
10396             }
10397             //
10398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10401             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10402                 return false;
10403             }
10404             //
10405             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10408             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10409                 return false;
10410             }
10411             //
10412             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10415             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10416                 return false;
10417             }
10418             //
10419             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10421             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10423             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10424                 return false;
10425             }
10426             //
10427             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10428             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10431             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10432                 return false;
10433             }
10434             //
10435             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10439             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10440                 return false;
10441             }
10442             //
10443             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10448             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10449                 return false;
10450             }
10451             /////////
10452             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10453             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10454             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10458             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10459             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10460             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10461             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10462             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10463             //                return false;
10464             //            }
10465             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10467             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10468             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10469             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10470             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10471             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10472             //                return false;
10473             //            }
10474             //            //
10475             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10476             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10477             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10478             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10479             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10480             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10481             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10482             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10483             //                return false;
10484             //            }
10485             //            //
10486             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10487             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10488             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10489             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10490             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10491             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10492             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10493             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10494             //                return false;
10495             //            }
10496             //            //
10497             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10498             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10499             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10500             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10501             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10502             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10503             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10504             //                return false;
10505             //            }
10506             //            //
10507             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10508             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10509             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10510             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10511             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10512             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10513             //                return false;
10514             //            }
10515             //
10516             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10521             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10522                 return false;
10523             }
10524             //
10525             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10530             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10531                 return false;
10532             }
10533             ///////////////////////////
10534             //
10535             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10540             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10541                 return false;
10542             }
10543             //
10544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10549             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10550                 return false;
10551             }
10552             //
10553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10558             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10559                 return false;
10560             }
10561             //
10562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10567             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10568                 return false;
10569             }
10570             //
10571             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10576             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10577                 return false;
10578             }
10579             //
10580             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10584             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10585                 return false;
10586             }
10587             //
10588             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10594             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10595                 return false;
10596             }
10597             //
10598             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10602             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10604             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10605                 return false;
10606             }
10607             //
10608             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10609             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10610             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10614             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10615                 return false;
10616             }
10617             //
10618             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10625             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10626                 return false;
10627             }
10628         }
10629         catch ( final Exception e ) {
10630             e.printStackTrace();
10631             return false;
10632         }
10633         return true;
10634     }
10635
10636     private static boolean testSplitStrict() {
10637         try {
10638             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10639             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10640             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10641             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10642             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10643             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10644             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10645             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10646             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10647             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10648             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10649             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10652             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10653                 return false;
10654             }
10655             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10663             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10664                 return false;
10665             }
10666             //
10667             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10671             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10672                 return false;
10673             }
10674             //
10675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10680             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10681                 return false;
10682             }
10683             //
10684             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10689             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10690                 return false;
10691             }
10692             //
10693             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10697             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10698                 return false;
10699             }
10700             //
10701             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10704             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10705                 return false;
10706             }
10707             //
10708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10714             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10715                 return false;
10716             }
10717             //
10718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10722             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10723                 return false;
10724             }
10725             //
10726             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10731             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10732                 return false;
10733             }
10734             //
10735             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10738             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10739                 return false;
10740             }
10741             //
10742             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10747             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10748                 return false;
10749             }
10750             //
10751             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10758                 return false;
10759             }
10760             //
10761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10766                 return false;
10767             }
10768             //
10769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10772             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10773                 return false;
10774             }
10775             //
10776             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10779             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10780                 return false;
10781             }
10782             //
10783             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10786             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10787                 return false;
10788             }
10789             //
10790             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10793             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10794                 return false;
10795             }
10796             //
10797             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10800             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10801                 return false;
10802             }
10803             //
10804             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10808                 return false;
10809             }
10810             //
10811             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10815             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10816                 return false;
10817             }
10818             //
10819             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10820             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10821             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10823             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10824                 return false;
10825             }
10826             //
10827             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10828             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10829             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10831             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10832                 return false;
10833             }
10834             //
10835             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10839             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10840             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10841                 return false;
10842             }
10843         }
10844         catch ( final Exception e ) {
10845             e.printStackTrace();
10846             return false;
10847         }
10848         return true;
10849     }
10850
10851     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10852         try {
10853             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10854             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10855             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10856             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10857                 return false;
10858             }
10859             t1.toNewHampshireX();
10860             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10861             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10862                 return false;
10863             }
10864             t1.toNewHampshireX();
10865             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10866             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10867                 return false;
10868             }
10869             t1.toNewHampshireX();
10870             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10871             t1.toNewHampshireX();
10872             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10873                 return false;
10874             }
10875             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10876             t1.toNewHampshireX();
10877             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10878                 return false;
10879             }
10880             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10881             t1.toNewHampshireX();
10882             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10883                 return false;
10884             }
10885             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10886             t1.toNewHampshireX();
10887             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10888                 return false;
10889             }
10890             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10891             t1.toNewHampshireX();
10892             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10893                 return false;
10894             }
10895             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10896             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10897                 return false;
10898             }
10899             if ( !t1.isEmpty() ) {
10900                 return false;
10901             }
10902             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10903             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10904             t2.toNewHampshireX();
10905             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10906                 return false;
10907             }
10908             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10909             t2.toNewHampshireX();
10910             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10911                 return false;
10912             }
10913             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10914             t2.toNewHampshireX();
10915             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10916                 return false;
10917             }
10918         }
10919         catch ( final Exception e ) {
10920             e.printStackTrace( System.out );
10921             return false;
10922         }
10923         return true;
10924     }
10925
10926     private static boolean testSupportCount() {
10927         try {
10928             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10929             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10930             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10931                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10932                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10933                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10934                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10935                                                               new NHXParser() );
10936             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10937             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10938             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10939                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10940                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10941                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10942                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10943                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10944                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10945                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10946                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10947                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10948                                                               new NHXParser() );
10949             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10950             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10951             while ( it.hasNext() ) {
10952                 final PhylogenyNode n = it.next();
10953                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10954                     return false;
10955                 }
10956             }
10957             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10958             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10959                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10960             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10961             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10962             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10963                 return false;
10964             }
10965             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10966                 return false;
10967             }
10968             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10969                 return false;
10970             }
10971             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10972                 return false;
10973             }
10974             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10975                 return false;
10976             }
10977             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10978                 return false;
10979             }
10980             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10981                 return false;
10982             }
10983             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10984                 return false;
10985             }
10986             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10987                 return false;
10988             }
10989             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10990                 return false;
10991             }
10992             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10993             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10994                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10995             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10996             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10997             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10998                 return false;
10999             }
11000             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11001                 return false;
11002             }
11003             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11004                 return false;
11005             }
11006             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11007                 return false;
11008             }
11009             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11010                 return false;
11011             }
11012             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11013                 return false;
11014             }
11015             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11016                 return false;
11017             }
11018             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11019                 return false;
11020             }
11021             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11022                 return false;
11023             }
11024             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11025                 return false;
11026             }
11027             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11028             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11029             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11030             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11031                 return false;
11032             }
11033             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11034             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11035             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11036             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11037                 return false;
11038             }
11039             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11040             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11041             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11042             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11043                 return false;
11044             }
11045             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11046             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11047             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11048             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11049                 return false;
11050             }
11051         }
11052         catch ( final Exception e ) {
11053             e.printStackTrace( System.out );
11054             return false;
11055         }
11056         return true;
11057     }
11058
11059     private static boolean testSupportTransfer() {
11060         try {
11061             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11062             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11063                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11064             final Phylogeny p2 = factory
11065                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11066             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11067                 return false;
11068             }
11069             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11070                 return false;
11071             }
11072             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11073             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11074             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11075                 return false;
11076             }
11077             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11078                 return false;
11079             }
11080             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11081                 return false;
11082             }
11083             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11084                 return false;
11085             }
11086             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11087                 return false;
11088             }
11089             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11090                 return false;
11091             }
11092             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11093                 return false;
11094             }
11095             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11096                 return false;
11097             }
11098         }
11099         catch ( final Exception e ) {
11100             e.printStackTrace( System.out );
11101             return false;
11102         }
11103         return true;
11104     }
11105
11106     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11107         try {
11108             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11109                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11110             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11111                 return false;
11112             }
11113             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11114                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11115             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11116                 System.out.println( n1.toString() );
11117                 return false;
11118             }
11119             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11120                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11121             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11122                 return false;
11123             }
11124             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11125                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11126             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11127                 System.out.println( n3.toString() );
11128                 return false;
11129             }
11130             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11131                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11132             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11133                 System.out.println( n4.toString() );
11134                 return false;
11135             }
11136             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11137                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11138             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11139                 System.out.println( n5.toString() );
11140                 return false;
11141             }
11142             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11143                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11144             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11145                 System.out.println( n6.toString() );
11146                 return false;
11147             }
11148             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11149                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11150             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11151                 System.out.println( n7.toString() );
11152                 return false;
11153             }
11154             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11155                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11156             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11157                 System.out.println( n8.toString() );
11158                 return false;
11159             }
11160             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11161                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11162             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11163                 System.out.println( n9.toString() );
11164                 return false;
11165             }
11166             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11167                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11168             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11169                 System.out.println( n10x.toString() );
11170                 return false;
11171             }
11172             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11173                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11174             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11175                 System.out.println( n10xx.toString() );
11176                 return false;
11177             }
11178             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11179                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11180             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11181                 System.out.println( n10.toString() );
11182                 return false;
11183             }
11184             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11185                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11186             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11187                 System.out.println( n11.toString() );
11188                 return false;
11189             }
11190             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11191                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11192                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11193             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11194                 System.out.println( n12.toString() );
11195                 return false;
11196             }
11197             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11198                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11199             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11200                 System.out.println( n13.toString() );
11201                 return false;
11202             }
11203         }
11204         catch ( final Exception e ) {
11205             e.printStackTrace( System.out );
11206             return false;
11207         }
11208         return true;
11209     }
11210
11211     private static boolean testTreeMethods() {
11212         try {
11213             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11214             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11215             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11216             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11217                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11218                 return false;
11219             }
11220             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11221             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11222             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11223                 return false;
11224             }
11225             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11226                 return false;
11227             }
11228             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11229                 return false;
11230             }
11231         }
11232         catch ( final Exception e ) {
11233             e.printStackTrace( System.out );
11234             return false;
11235         }
11236         return true;
11237     }
11238
11239     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11240         try {
11241             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11242             n.setName( "NP_001025424" );
11243             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11244             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11245                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11246                 return false;
11247             }
11248             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11249             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11250             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11251                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11252                 return false;
11253             }
11254             n.setName( "NP_001025424.1" );
11255             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11256             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11257                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11258                 return false;
11259             }
11260             n.setName( "NM_001030253" );
11261             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11262             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11263                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11264                 return false;
11265             }
11266             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11267             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11268             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11269                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11270                 System.out.println( acc.toString() );
11271                 return false;
11272             }
11273             n.setName( "P10415" );
11274             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11275             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11276                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11277                 System.out.println( acc.toString() );
11278                 return false;
11279             }
11280             n.setName( " P10415 " );
11281             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11282             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11283                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11284                 System.out.println( acc.toString() );
11285                 return false;
11286             }
11287             n.setName( "_P10415|" );
11288             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11289             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11290                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11291                 System.out.println( acc.toString() );
11292                 return false;
11293             }
11294             n.setName( "AY695820" );
11295             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11296             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11297                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11298                 System.out.println( acc.toString() );
11299                 return false;
11300             }
11301             n.setName( "_AY695820_" );
11302             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11303             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11304                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11305                 System.out.println( acc.toString() );
11306                 return false;
11307             }
11308             n.setName( "AAA59452" );
11309             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11310             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11311                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11312                 System.out.println( acc.toString() );
11313                 return false;
11314             }
11315             n.setName( "_AAA59452_" );
11316             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11317             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11318                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11319                 System.out.println( acc.toString() );
11320                 return false;
11321             }
11322             n.setName( "AAA59452.1" );
11323             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11324             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11325                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11326                 System.out.println( acc.toString() );
11327                 return false;
11328             }
11329             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11330             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11331             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11332                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11333                 System.out.println( acc.toString() );
11334                 return false;
11335             }
11336             n.setName( "GI:94894583" );
11337             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11338             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11339                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11340                 System.out.println( acc.toString() );
11341                 return false;
11342             }
11343             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11344             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11345             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11346                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
11347                 System.out.println( acc.toString() );
11348                 return false;
11349             }
11350             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11351             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11352             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11353                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
11354                 System.out.println( acc.toString() );
11355                 return false;
11356             }
11357         }
11358         catch ( final Exception e ) {
11359             return false;
11360         }
11361         return true;
11362     }
11363
11364     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11365         try {
11366             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11367             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11368             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11369                 return false;
11370             }
11371             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11372                 return false;
11373             }
11374             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11375                 return false;
11376             }
11377             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11378                 return false;
11379             }
11380             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11381             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11382             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11383                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11384                 return false;
11385             }
11386             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11387                 return false;
11388             }
11389             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11390                 return false;
11391             }
11392             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11393                 return false;
11394             }
11395             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11396             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11397             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11398                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11399                 return false;
11400             }
11401             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11402                 return false;
11403             }
11404             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11405                 return false;
11406             }
11407             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11408                 return false;
11409             }
11410         }
11411         catch ( final IOException e ) {
11412             System.out.println();
11413             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11414             e.printStackTrace( System.out );
11415             return true;
11416         }
11417         catch ( final Exception e ) {
11418             e.printStackTrace();
11419             return false;
11420         }
11421         return true;
11422     }
11423
11424     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11425         try {
11426             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11427             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11428                 System.out.println( entry.getAccession() );
11429                 return false;
11430             }
11431             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11432                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11433                 return false;
11434             }
11435             if ( !entry.getSequenceName()
11436                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11437                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11438                 return false;
11439             }
11440             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11441             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11442             //     return false;
11443             // }
11444             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11445                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11446                 return false;
11447             }
11448             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11449                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11450                 return false;
11451             }
11452             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11453                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11454                 return false;
11455             }
11456             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11457                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11458                 return false;
11459             }
11460             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11461                 return false;
11462             }
11463             //
11464             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11465             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11466                 return false;
11467             }
11468             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11469                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11470                 return false;
11471             }
11472             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11473                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11474                 return false;
11475             }
11476             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11477                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11478                 return false;
11479             }
11480             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11481                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11482                 return false;
11483             }
11484             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11485                 return false;
11486             }
11487             //
11488             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11489             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11490                 return false;
11491             }
11492             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11493                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11494                 return false;
11495             }
11496             if ( !entry2.getSequenceName()
11497                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11498                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11499                 return false;
11500             }
11501             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11502                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11503                 return false;
11504             }
11505             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11506                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11507                 return false;
11508             }
11509             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11510                 return false;
11511             }
11512             //
11513             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11514             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11515                 return false;
11516             }
11517             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11518                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11519                 return false;
11520             }
11521             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11522                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11523                 return false;
11524             }
11525             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11526                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11527                 return false;
11528             }
11529             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11530                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11531                 return false;
11532             }
11533             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11534                 return false;
11535             }
11536             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11537                 return false;
11538             }
11539             //
11540             //
11541             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11542             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11543                 return false;
11544             }
11545             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11546                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11547                 return false;
11548             }
11549             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11550                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11551                 return false;
11552             }
11553             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11554                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11555                 return false;
11556             }
11557             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11558                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11559                 return false;
11560             }
11561             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11562             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
11563             //     return false;
11564             // }
11565             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11566             //     System.out.println( entry4.getMap() );
11567             //     return false;
11568             // }
11569             //TODO FIXME gi...
11570             //
11571             //TODO fails:
11572             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11573             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11574             //                return false;
11575             //            }
11576             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
11577             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
11578                 return false;
11579             }
11580             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
11581                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
11582                 return false;
11583             }
11584             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
11585                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
11586                 return false;
11587             }
11588             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
11589                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
11590                 return false;
11591             }
11592         }
11593         catch ( final IOException e ) {
11594             System.out.println();
11595             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11596             e.printStackTrace( System.out );
11597             return true;
11598         }
11599         catch ( final Exception e ) {
11600             e.printStackTrace();
11601             return false;
11602         }
11603         return true;
11604     }
11605
11606     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11607         try {
11608             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11609             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11610                 return false;
11611             }
11612             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11613                 return false;
11614             }
11615             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11616                 return false;
11617             }
11618             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11619                 return false;
11620             }
11621             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11622                 return false;
11623             }
11624             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11625                 return false;
11626             }
11627         }
11628         catch ( final IOException e ) {
11629             System.out.println();
11630             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11631             e.printStackTrace( System.out );
11632             return true;
11633         }
11634         catch ( final Exception e ) {
11635             return false;
11636         }
11637         return true;
11638     }
11639
11640     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11641         try {
11642             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11643                                                                                                  10 );
11644             if ( results.size() != 1 ) {
11645                 return false;
11646             }
11647             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11648                 return false;
11649             }
11650             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11651                 return false;
11652             }
11653             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11654                 return false;
11655             }
11656             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11657                 return false;
11658             }
11659             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11660                 return false;
11661             }
11662             results = null;
11663             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11664             if ( results.size() != 1 ) {
11665                 return false;
11666             }
11667             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11668                 return false;
11669             }
11670             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11671                 return false;
11672             }
11673             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11674                 return false;
11675             }
11676             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11677                 return false;
11678             }
11679             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11680                 return false;
11681             }
11682             results = null;
11683             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11684             if ( results.size() != 1 ) {
11685                 return false;
11686             }
11687             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11688                 return false;
11689             }
11690             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11691                 return false;
11692             }
11693             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11694                 return false;
11695             }
11696             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11697                 return false;
11698             }
11699             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11700                 return false;
11701             }
11702             results = null;
11703             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11704             if ( results.size() != 1 ) {
11705                 return false;
11706             }
11707             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11708                 return false;
11709             }
11710             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11711                 return false;
11712             }
11713             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11714                 return false;
11715             }
11716             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11717                 return false;
11718             }
11719             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11720                 return false;
11721             }
11722             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11723                 return false;
11724             }
11725             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11726                 return false;
11727             }
11728             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11729                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11730                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11731                 return false;
11732             }
11733             //
11734             results = null;
11735             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11736             if ( results.size() != 1 ) {
11737                 return false;
11738             }
11739             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11740                 return false;
11741             }
11742             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11743                 return false;
11744             }
11745             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11746                 return false;
11747             }
11748             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11749                 return false;
11750             }
11751             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11752                 return false;
11753             }
11754             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11755                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11756                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11757                 return false;
11758             }
11759             //
11760             results = null;
11761             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11762             if ( results.size() != 1 ) {
11763                 return false;
11764             }
11765             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11766                 return false;
11767             }
11768             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11769                 return false;
11770             }
11771             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11772                 return false;
11773             }
11774             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11775                 return false;
11776             }
11777             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11778                 return false;
11779             }
11780             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11781                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11782                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11783                 return false;
11784             }
11785             //
11786             results = null;
11787             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11788             if ( results.size() != 1 ) {
11789                 return false;
11790             }
11791             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11792                 return false;
11793             }
11794             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11795                 return false;
11796             }
11797             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11798                 return false;
11799             }
11800             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11801                 return false;
11802             }
11803             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11807                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11808                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11809                 return false;
11810             }
11811         }
11812         catch ( final IOException e ) {
11813             System.out.println();
11814             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11815             e.printStackTrace( System.out );
11816             return true;
11817         }
11818         catch ( final Exception e ) {
11819             return false;
11820         }
11821         return true;
11822     }
11823
11824     private static boolean testWabiTxSearch() {
11825         try {
11826             String result = "";
11827             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11828             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11829             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11830                 return false;
11831             }
11832             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11833             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11834                 return false;
11835             }
11836             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11837             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11838                 return false;
11839             }
11840             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11841             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11842                 return false;
11843             }
11844             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11845             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11846                 return false;
11847             }
11848             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11849             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11850                 return false;
11851             }
11852             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11853             queries.add( "Campylobacter coli" );
11854             queries.add( "Escherichia coli" );
11855             queries.add( "Arabidopsis" );
11856             queries.add( "Trichoplax" );
11857             queries.add( "Samanea saman" );
11858             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11859             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11860             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11861             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11862             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11863             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11864             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11865             ranks.add( RANKS.GENUS );
11866             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11867             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11868             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11869             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11870         }
11871         catch ( final Exception e ) {
11872             System.out.println();
11873             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11874             e.printStackTrace( System.out );
11875             return false;
11876         }
11877         return true;
11878     }
11879 }