forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 141         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 142     }
 143
 144     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 145         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 146     }
 147
 148     public static void main( final String[] args ) {
 149         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 150         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 151                 + "]" );
 152         Locale.setDefault( Locale.US );
 153         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 154         int failed = 0;
 155         int succeeded = 0;
 156         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 157         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 158             System.out.println( "OK.]" );
 159         }
 160         else {
 161             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 162             System.out.println( "Testing aborted." );
 163             System.exit( -1 );
 164         }
 165         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 166         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 167             System.out.println( "OK.]" );
 168         }
 169         else {
 170             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 171             System.out.println( "Testing aborted." );
 172             System.exit( -1 );
 173         }
 174         final long start_time = new Date().getTime();
 175         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 176         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 177             System.out.println( "OK." );
 178             succeeded++;
 179         }
 180         else {
 181             System.out.println( "failed." );
 182             failed++;
 183         }
 184         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 185         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 186             System.out.println( "OK." );
 187             succeeded++;
 188         }
 189         else {
 190             System.out.println( "failed." );
 191             failed++;
 192         }
 193         System.out.print( "Basic node methods: " );
 194         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 195             System.out.println( "OK." );
 196             succeeded++;
 197         }
 198         else {
 199             System.out.println( "failed." );
 200             failed++;
 201         }
 202         System.out.print( "Taxonomy extraction: " );
 203         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 204             System.out.println( "OK." );
 205             succeeded++;
 206         }
 207         else {
 208             System.out.println( "failed." );
 209             failed++;
 210         }
 211         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 212         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 213             System.out.println( "OK." );
 214             succeeded++;
 215         }
 216         else {
 217             System.out.println( "failed." );
 218             failed++;
 219         }
 220         System.out.print( "NH parsing: " );
 221         if ( Test.testNHParsing() ) {
 222             System.out.println( "OK." );
 223             succeeded++;
 224         }
 225         else {
 226             System.out.println( "failed." );
 227             failed++;
 228         }
 229         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 230         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 231             System.out.println( "OK." );
 232             succeeded++;
 233         }
 234         else {
 235             System.out.println( "failed." );
 236             failed++;
 237         }
 238         System.out.print( "NHX parsing: " );
 239         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 248         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 257         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 266         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 275         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 284         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 285             System.out.println( "OK." );
 286             succeeded++;
 287         }
 288         else {
 289             System.out.println( "failed." );
 290             failed++;
 291         }
 292         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 293         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 294             System.out.println( "OK." );
 295             succeeded++;
 296         }
 297         else {
 298             System.out.println( "failed." );
 299             failed++;
 300         }
 301         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 302         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 303             System.out.println( "OK." );
 304             succeeded++;
 305         }
 306         else {
 307             System.out.println( "failed." );
 308             failed++;
 309         }
 310         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 311         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 312             System.out.println( "OK." );
 313             succeeded++;
 314         }
 315         else {
 316             System.out.println( "failed." );
 317             failed++;
 318         }
 319         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 320         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 321             System.out.println( "OK." );
 322             succeeded++;
 323         }
 324         else {
 325             System.out.println( "failed." );
 326             failed++;
 327         }
 328         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 329         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 330             System.out.println( "OK." );
 331             succeeded++;
 332         }
 333         else {
 334             System.out.println( "failed." );
 335             failed++;
 336         }
 337         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 338         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 339             System.out.println( "OK." );
 340             succeeded++;
 341         }
 342         else {
 343             System.out.println( "failed." );
 344             failed++;
 345         }
 346         System.out.print( "Copying of node data: " );
 347         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 348             System.out.println( "OK." );
 349             succeeded++;
 350         }
 351         else {
 352             System.out.println( "failed." );
 353             failed++;
 354         }
 355         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 356         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 357             System.out.println( "OK." );
 358             succeeded++;
 359         }
 360         else {
 361             System.out.println( "failed." );
 362             failed++;
 363         }
 364         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 365         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 366             System.out.println( "OK." );
 367             succeeded++;
 368         }
 369         else {
 370             System.out.println( "failed." );
 371             failed++;
 372         }
 373         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 374         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 375             System.out.println( "OK." );
 376             succeeded++;
 377         }
 378         else {
 379             System.out.println( "failed." );
 380             failed++;
 381         }
 382         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 383         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 384             System.out.println( "OK." );
 385             succeeded++;
 386         }
 387         else {
 388             System.out.println( "failed." );
 389             failed++;
 390         }
 391         System.out.print( "Re-id methods: " );
 392         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 393             System.out.println( "OK." );
 394             succeeded++;
 395         }
 396         else {
 397             System.out.println( "failed." );
 398             failed++;
 399         }
 400         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 401         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 402             System.out.println( "OK." );
 403             succeeded++;
 404         }
 405         else {
 406             System.out.println( "failed." );
 407             failed++;
 408         }
 409         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 410         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 411             System.out.println( "OK." );
 412             succeeded++;
 413         }
 414         else {
 415             System.out.println( "failed." );
 416             failed++;
 417         }
 418         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 419         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 420             System.out.println( "OK." );
 421             succeeded++;
 422         }
 423         else {
 424             System.out.println( "failed." );
 425             failed++;
 426         }
 427         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 428         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 429             System.out.println( "OK." );
 430             succeeded++;
 431         }
 432         else {
 433             System.out.println( "failed." );
 434             failed++;
 435         }
 436         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 437         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 438             System.out.println( "OK." );
 439             succeeded++;
 440         }
 441         else {
 442             System.out.println( "failed." );
 443             failed++;
 444         }
 445         System.out.print( "Rerooting: " );
 446         if ( Test.testRerooting() ) {
 447             System.out.println( "OK." );
 448             succeeded++;
 449         }
 450         else {
 451             System.out.println( "failed." );
 452             failed++;
 453         }
 454         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 455         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 456             System.out.println( "OK." );
 457             succeeded++;
 458         }
 459         else {
 460             System.out.println( "failed." );
 461             failed++;
 462         }
 463         System.out.print( "Support count: " );
 464         if ( Test.testSupportCount() ) {
 465             System.out.println( "OK." );
 466             succeeded++;
 467         }
 468         else {
 469             System.out.println( "failed." );
 470             failed++;
 471         }
 472         System.out.print( "Support transfer: " );
 473         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 474             System.out.println( "OK." );
 475             succeeded++;
 476         }
 477         else {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 482         if ( Test.testGetLCA() ) {
 483             System.out.println( "OK." );
 484             succeeded++;
 485         }
 486         else {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 491         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 492             System.out.println( "OK." );
 493             succeeded++;
 494         }
 495         else {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 500         if ( Test.testGetDistance() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 509         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 518         if ( Test.testDataObjects() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Properties map: " );
 527         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "SDIse: " );
 536         if ( Test.testSDIse() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 545         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "GSDI: " );
 554         if ( TestGSDI.test() ) {
 555             System.out.println( "OK." );
 556             succeeded++;
 557         }
 558         else {
 559             System.out.println( "failed." );
 560             failed++;
 561         }
 562         System.out.print( "RIO: " );
 563         if ( TestRIO.test() ) {
 564             System.out.println( "OK." );
 565             succeeded++;
 566         }
 567         else {
 568             System.out.println( "failed." );
 569             failed++;
 570         }
 571         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 572         System.out.println();
 573         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 574             System.out.println( "OK." );
 575             succeeded++;
 576         }
 577         else {
 578             System.out.println( "failed." );
 579             failed++;
 580         }
 581         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 582         System.out.println();
 583         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "GO: " );
 592         System.out.println();
 593         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Modeling tools: " );
 602         if ( TestPccx.test() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 611         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Split Matrix: " );
 620         if ( Test.testSplit() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 629         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Basic table: " );
 638         if ( Test.testBasicTable() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "General table: " );
 647         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 656         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "General MSA parser: " );
 665         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 674         if ( Test.testFastaParser() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 683         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 692         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 701         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 710         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         //----
 719         String path = "";
 720         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 721         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 722             path = "/usr/local/bin/mafft";
 723         }
 724         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 725             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 726         }
 727         else {
 728             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 729         }
 730         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 731             path = "mafft";
 732         }
 733         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 734             path = "/usr/local/bin/mafft";
 735         }
 736         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 737             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 738             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 739                 System.out.println( "OK." );
 740                 succeeded++;
 741             }
 742             else {
 743                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 744             }
 745         }
 746         //----
 747         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 748         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 749             System.out.println( "OK." );
 750             succeeded++;
 751         }
 752         else {
 753             System.out.println( "failed." );
 754             failed++;
 755         }
 756         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 757         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 758             System.out.println( "OK." );
 759             succeeded++;
 760         }
 761         else {
 762             System.out.println( "failed." );
 763             failed++;
 764         }
 765         System.out.println();
 766         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 767         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 768         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 769         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 770                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 771         System.out.println();
 772         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 773         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 774         System.out.println();
 775         if ( failed < 1 ) {
 776             System.out.println( "OK." );
 777         }
 778         else {
 779             System.out.println( "Not OK." );
 780         }
 781     }
 782
 783     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 784         try {
 785             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 795                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 796                 return false;
 797             }
 798             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 799                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 800                 return false;
 801             }
 802             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 803                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 813                     .equals( "RAT" ) ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 817                     .equals( "RAT" ) ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 821                     .equals( "RAT" ) ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 834                     .equals( "PIG" ) ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 838                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 842                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 843                 return false;
 844             }
 845         }
 846         catch ( final Exception e ) {
 847             e.printStackTrace( System.out );
 848             return false;
 849         }
 850         return true;
 851     }
 852
 853     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 854         try {
 855             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 859             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 860                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 861             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 862                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 863             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 864                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 865             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( !n3.isExternal() ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !n3.isRoot() ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 884                 return false;
 885             }
 886         }
 887         catch ( final Exception e ) {
 888             e.printStackTrace( System.out );
 889             return false;
 890         }
 891         return true;
 892     }
 893
 894     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 895         try {
 896             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 897             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 898             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 899                                                               xml_parser );
 900             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 901                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 908             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 909             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 910             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 911             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t1.isRooted() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( t1.isRerootable() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 945                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 949                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 977                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 990                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 994                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
 998                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1002                     .equals( "experimental" ) ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1006                     .equals( "function" ) ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1010                     .getValue() != 1 ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1014                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1018                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1022                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1026                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1030                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1031                 return false;
1032             }
1033             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1034                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1038                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1042                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1043                 return false;
1044             }
1045             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1046                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1050                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1051                 return false;
1052             }
1053             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1057                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1058                 return false;
1059             }
1060             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063         }
1064         catch ( final Exception e ) {
1065             e.printStackTrace( System.out );
1066             return false;
1067         }
1068         return true;
1069     }
1070
1071     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1072         try {
1073             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1074             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1075             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1076                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1077             }
1078             else {
1079                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1080             }
1081             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1082                                                               xml_parser );
1083             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1084                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1085                 return false;
1086             }
1087             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1088                 return false;
1089             }
1090             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1091             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1092             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1096             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1097                 return false;
1098             }
1099             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1109             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1110             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1111             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1112                 return false;
1113             }
1114             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1124                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1125                 return false;
1126             }
1127             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1128                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1132             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1133             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1134             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1135             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1136                 return false;
1137             }
1138             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1139             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1155                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1165                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1169                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1173                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1177                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1181                     .equals( "experimental" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1185                     .equals( "function" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1189                     .getValue() != 1 ) {
1190                 return false;
1191             }
1192             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1193                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1197                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1201                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1205                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1209                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1213                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1217                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1221                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1225                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1229                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1236                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1246                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1262                     .equals( "ncbi" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1269                     .getName().equals( "B" ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1273                     .getFrom() != 21 ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1280                     .getLength() != 24 ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1284                     .getConfidence() != 2144 ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1288                     .equals( "pfam" ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1304             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1341                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1342                 ;
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             //
1367             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1371                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1378                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1388                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391         }
1392         catch ( final Exception e ) {
1393             e.printStackTrace( System.out );
1394             return false;
1395         }
1396         return true;
1397     }
1398
1399     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1400         try {
1401             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1402             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1403             try {
1404                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1405             }
1406             catch ( final Exception e ) {
1407                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1408             }
1409             if ( xml_parser == null ) {
1410                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1411                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1412                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1413                 }
1414                 else {
1415                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1416                 }
1417             }
1418             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1419                                                               xml_parser );
1420             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1421                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1428             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1429             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1430             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1431             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1453             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1454             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1455                 System.out.println( "errors:" );
1456                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1463                                                               xml_parser );
1464             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1465                 System.out.println( "errors:" );
1466                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1476                                                               xml_parser );
1477             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1478                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1479                 return false;
1480             }
1481             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1485             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1498                                                               xml_parser );
1499             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1500                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1507             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             s.getNode( "first" );
1511             s.getNode( "<>" );
1512             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1513             s.getNode( "'''\"" );
1514             s.getNode( "\"\"\"" );
1515             s.getNode( "dick & doof" );
1516         }
1517         catch ( final Exception e ) {
1518             e.printStackTrace( System.out );
1519             return false;
1520         }
1521         return true;
1522     }
1523
1524     private static boolean testBasicTable() {
1525         try {
1526             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1527             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1534             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1535             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1536             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1537             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1538             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1539             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1540             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1541             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1542                 return false;
1543             }
1544             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1572             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1573             source.append( "" + l );
1574             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1575             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1576             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1577             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1578             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1579             source.append( "40 41 42 43" + l );
1580             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1581             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1582             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1583             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1602             source1.append( "" + l );
1603             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1604             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1605             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1606             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1607             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1608             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1609             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1610             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1611             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1612             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1637             source2.append( "" + l );
1638             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1639             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1640             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1641             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1642             source2.append( "                     " + l );
1643             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1644             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1645             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1646             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1647             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1648                                                                         ";",
1649                                                                         false,
1650                                                                         false,
1651                                                                         "comment:",
1652                                                                         false );
1653             if ( tl.size() != 2 ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1657             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1658             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676         }
1677         catch ( final Exception e ) {
1678             e.printStackTrace( System.out );
1679             return false;
1680         }
1681         return true;
1682     }
1683
1684     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1685         try {
1686             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1687             final TolParser parser = new TolParser();
1688             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1689             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1690                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1691                 return false;
1692             }
1693             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1694                 return false;
1695             }
1696             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1697             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             if ( !t1.isRooted() ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1716             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1717                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1718                 return false;
1719             }
1720             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1721                 return false;
1722             }
1723             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1724             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( !t2.isRooted() ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1746                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1750             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1751                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1758             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1771             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1772                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1779             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1792             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1793                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1800             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812         }
1813         catch ( final Exception e ) {
1814             e.printStackTrace( System.out );
1815             return false;
1816         }
1817         return true;
1818     }
1819
1820     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1821         try {
1822             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1823             final Phylogeny t1 = factory.create();
1824             if ( !t1.isEmpty() ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1828             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( t2.isEmpty() ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1841             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1851             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1852             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1862             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1863             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1870             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1871             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1875             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1876             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1880             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1881             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             final char[] a9 = new char[] {};
1888             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1889             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1893             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897         }
1898         catch ( final Exception e ) {
1899             e.printStackTrace( System.out );
1900             return false;
1901         }
1902         return true;
1903     }
1904
1905     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1906         try {
1907             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1908             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1909             final Phylogeny[] ev0 = factory
1910                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1911                              new NHXParser() );
1912             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1913             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1920             final Phylogeny[] ev1 = factory
1921                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1922                              new NHXParser() );
1923             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1924             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1931             final Phylogeny[] ev_b = factory
1932                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1933                              new NHXParser() );
1934             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1935             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             //
1942             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1943             final Phylogeny[] ev1x = factory
1944                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1945                              new NHXParser() );
1946             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1947             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1948                 return false;
1949             }
1950             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1954             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1955                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1956                              new NHXParser() );
1957             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1958             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1959                 return false;
1960             }
1961             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             //
1965             final Phylogeny[] t2 = factory
1966                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1967                              new NHXParser() );
1968             final Phylogeny[] ev2 = factory
1969                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1970                              new NHXParser() );
1971             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1972                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1973             }
1974             //
1975             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1976                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1977             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1978             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1979             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1980                 return false;
1981             }
1982             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1986                 return false;
1987             }
1988         }
1989         catch ( final Exception e ) {
1990             e.printStackTrace();
1991             return false;
1992         }
1993         return true;
1994     }
1995
1996     private static boolean testCopyOfNodeData() {
1997         try {
1998             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
1999                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2000             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2001             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004         }
2005         catch ( final Exception e ) {
2006             e.printStackTrace();
2007             return false;
2008         }
2009         return true;
2010     }
2011
2012     private static boolean testDataObjects() {
2013         try {
2014             final Confidence s0 = new Confidence();
2015             final Confidence s1 = new Confidence();
2016             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2020             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2021             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2028             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2029                 return false;
2030             }
2031             s3.asSimpleText();
2032             s3.asText();
2033             // Taxonomy
2034             // ----------
2035             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2036             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2037             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2038             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2039             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2040             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2041             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2042             t1.setScientificName( "E. coli" );
2043             t1.setCommonName( "coli" );
2044             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2045             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2046                 return false;
2047             }
2048             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2049             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2050             t2.setScientificName( "what" );
2051             t2.setCommonName( "something" );
2052             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2053                 return false;
2054             }
2055             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2056             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             t1.setIdentifier( null );
2060             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2061             t3.setScientificName( "what" );
2062             t3.setCommonName( "something" );
2063             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             t1.setIdentifier( null );
2067             t1.setTaxonomyCode( "" );
2068             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2069             t4.setCommonName( "something" );
2070             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2074             t4.setCommonName( "something" );
2075             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             t1.setIdentifier( null );
2079             t1.setTaxonomyCode( "" );
2080             t1.setScientificName( "" );
2081             t5.setCommonName( "COLI" );
2082             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             t5.setCommonName( "vibrio" );
2086             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             // Identifier
2090             // ----------
2091             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2092             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2093             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             id1.asSimpleText();
2103             id1.asText();
2104             // ProteinDomain
2105             // ---------------
2106             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2107             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2108             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             pd1.asSimpleText();
2115             pd1.asText();
2116             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2117             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2118             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             pd3.asSimpleText();
2128             pd3.asText();
2129             // DomainArchitecture
2130             // ------------------
2131             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2132             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2133             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2134             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2135             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2136             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2137             domains0.add( d2 );
2138             domains0.add( d0 );
2139             domains0.add( d3 );
2140             domains0.add( d1 );
2141             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2142             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2146             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2156             domains1.add( d1 );
2157             domains1.add( d2 );
2158             domains1.add( d4 );
2159             domains1.add( d0 );
2160             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2161             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             ds1.asSimpleText();
2165             ds1.asText();
2166             ds1.toNHX();
2167             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2168             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2169                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             // Event
2176             // -----
2177             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2178             if ( e1.isDuplication() ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             if ( !e1.isFusion() ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2191             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2198             if ( e2.isDuplication() ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2217             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2221             if ( e3.isDuplication() ) {
2222                 return false;
2223             }
2224             if ( e3.isSpeciation() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2234             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2235             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             e3 = null;
2239             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2243             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2250             e4 = null;
2251             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2252             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             final Event e5 = new Event();
2259             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2269             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2276             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2283             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289         }
2290         catch ( final Exception e ) {
2291             e.printStackTrace( System.out );
2292             return false;
2293         }
2294         return true;
2295     }
2296
2297     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2298         try {
2299             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2300             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2301             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2302             if ( t0.isEmpty() ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2309             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !t0.isEmpty() ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2316             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2320             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2327             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2331             if ( !t1.isEmpty() ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2335             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2339             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             t2.toNewHampshireX();
2343             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2344             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2348             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2352             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2356             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2360             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             n = t3.getNode( "A" );
2364             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2365                 return false;
2366             }
2367             n = n.getNextExternalNode();
2368             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2372             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             n = t3.getNode( "C" );
2376             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2380             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2384             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2388             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2392             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2396             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2400             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2404             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             n = t4.getNode( "A" );
2408             n = n.getNextExternalNode();
2409             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             n = n.getNextExternalNode();
2413             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2417             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2421             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2422             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2426             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2430             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2431             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2435             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2439             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2440             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2444             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2448             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2449             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2453             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2457             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2458             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2462             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2466             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2467             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2471             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2475             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2476             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2480             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2484             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2488             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2492             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2493             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2497             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2501             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2505             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2509             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2513             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2517             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2525             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2529             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2533             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2537             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2541             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2549             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2550             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2554             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2558             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2559             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2567             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2568             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2572             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2576             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2580             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2584             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2588             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2589                 return false;
2590             }
2591         }
2592         catch ( final Exception e ) {
2593             e.printStackTrace( System.out );
2594             return false;
2595         }
2596         return true;
2597     }
2598
2599     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2600         try {
2601             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2602             dss1.addValue( 82 );
2603             dss1.addValue( 78 );
2604             dss1.addValue( 70 );
2605             dss1.addValue( 58 );
2606             dss1.addValue( 42 );
2607             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             dss1.addValue( 123 );
2644             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2645                 return false;
2646             }
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2654             dss2.addValue( -1.85 );
2655             dss2.addValue( 57.5 );
2656             dss2.addValue( 92.78 );
2657             dss2.addValue( 57.78 );
2658             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2665             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             dss2.addValue( -100 );
2669             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             final double[] ds = new double[ 14 ];
2676             ds[ 0 ] = 34;
2677             ds[ 1 ] = 23;
2678             ds[ 2 ] = 1;
2679             ds[ 3 ] = 32;
2680             ds[ 4 ] = 11;
2681             ds[ 5 ] = 2;
2682             ds[ 6 ] = 12;
2683             ds[ 7 ] = 33;
2684             ds[ 8 ] = 13;
2685             ds[ 9 ] = 22;
2686             ds[ 10 ] = 21;
2687             ds[ 11 ] = 35;
2688             ds[ 12 ] = 24;
2689             ds[ 13 ] = 31;
2690             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2691             if ( bins.length != 4 ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2707             ds1[ 0 ] = 10.0;
2708             ds1[ 1 ] = 19.0;
2709             ds1[ 2 ] = 9.999;
2710             ds1[ 3 ] = 0.0;
2711             ds1[ 4 ] = 39.9;
2712             ds1[ 5 ] = 39.999;
2713             ds1[ 6 ] = 30.0;
2714             ds1[ 7 ] = 19.999;
2715             ds1[ 8 ] = 30.1;
2716             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2717             if ( bins1.length != 4 ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2733             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2746             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2759             dss3.addValue( 1 );
2760             dss3.addValue( 1 );
2761             dss3.addValue( 1 );
2762             dss3.addValue( 2 );
2763             dss3.addValue( 3 );
2764             dss3.addValue( 4 );
2765             dss3.addValue( 5 );
2766             dss3.addValue( 5 );
2767             dss3.addValue( 5 );
2768             dss3.addValue( 6 );
2769             dss3.addValue( 7 );
2770             dss3.addValue( 8 );
2771             dss3.addValue( 9 );
2772             dss3.addValue( 10 );
2773             dss3.addValue( 10 );
2774             dss3.addValue( 10 );
2775             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2776             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2777             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2778         }
2779         catch ( final Exception e ) {
2780             e.printStackTrace( System.out );
2781             return false;
2782         }
2783         return true;
2784     }
2785
2786     private static boolean testDir( final String file ) {
2787         try {
2788             final File f = new File( file );
2789             if ( !f.exists() ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             if ( !f.isDirectory() ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !f.canRead() ) {
2796                 return false;
2797             }
2798         }
2799         catch ( final Exception e ) {
2800             return false;
2801         }
2802         return true;
2803     }
2804
2805     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2806         try {
2807             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2808             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2809             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2810             n = n.getNextExternalNode();
2811             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             n = n.getNextExternalNode();
2815             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             n = n.getNextExternalNode();
2819             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             n = t1.getNode( "B" );
2823             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2824                 n = n.getNextExternalNode();
2825             }
2826             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2827             n = t2.getNode( "A" );
2828             n = n.getNextExternalNode();
2829             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             n = n.getNextExternalNode();
2833             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2834                 return false;
2835             }
2836             n = n.getNextExternalNode();
2837             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             n = t2.getNode( "B" );
2841             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2842                 n = n.getNextExternalNode();
2843             }
2844             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2845             n = t3.getNode( "A" );
2846             n = n.getNextExternalNode();
2847             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             n = n.getNextExternalNode();
2851             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             n = n.getNextExternalNode();
2855             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2856                 return false;
2857             }
2858             n = n.getNextExternalNode();
2859             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             n = n.getNextExternalNode();
2863             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2864                 return false;
2865             }
2866             n = n.getNextExternalNode();
2867             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2868                 return false;
2869             }
2870             n = n.getNextExternalNode();
2871             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             n = t3.getNode( "B" );
2875             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2876                 n = n.getNextExternalNode();
2877             }
2878             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2879             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2880                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2881             }
2882             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2883             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2884                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2885             }
2886             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2887             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2888             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2889                 return false;
2890             }
2891             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2901                 return false;
2902             }
2903             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2904                 return false;
2905             }
2906             if ( iter.hasNext() ) {
2907                 return false;
2908             }
2909         }
2910         catch ( final Exception e ) {
2911             e.printStackTrace( System.out );
2912             return false;
2913         }
2914         return true;
2915     }
2916
2917     private static boolean testGeneralTable() {
2918         try {
2919             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2920             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2921             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2922             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2923             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2924             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2925             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2926             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2927             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2928             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2956             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2957             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2958             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2959             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2960             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2961             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2962             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2963             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2964             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2965             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995         }
2996         catch ( final Exception e ) {
2997             e.printStackTrace( System.out );
2998             return false;
2999         }
3000         return true;
3001     }
3002
3003     private static boolean testGetDistance() {
3004         try {
3005             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3006             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3007                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3008             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3009             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3103                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3104             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137         }
3138         catch ( final Exception e ) {
3139             e.printStackTrace( System.out );
3140             return false;
3141         }
3142         return true;
3143     }
3144
3145     private static boolean testGetLCA() {
3146         try {
3147             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3148             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3149                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3150             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3151             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3155             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3159             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3163             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3167             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3171             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3175             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3179             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3183             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3187             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3191             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3195             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3199             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3203             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3207             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3211             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3215             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3219             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3223             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3227             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3231             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3235             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3239             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3243             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3244             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3248             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3252             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3256             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3260             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3264             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3268             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3272             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final Phylogeny p3 = factory
3276                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3277                              new NHXParser() )[ 0 ];
3278             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3279             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3283             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3287             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3291             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3295             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3302             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             if ( !al_3.isRoot() ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3309             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3316             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3323             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3327             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3328             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3332             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3333             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3337             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3338             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3342             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3343             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346         }
3347         catch ( final Exception e ) {
3348             e.printStackTrace( System.out );
3349             return false;
3350         }
3351         return true;
3352     }
3353
3354     private static boolean testGetLCA2() {
3355         try {
3356             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3357             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3358             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3359             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3360                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3361             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3365             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3366             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3367                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3368             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3372                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3373             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3378             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3379                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3380             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3384                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3385             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3386                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3387                 System.exit( -1 );
3388                 return false;
3389             }
3390             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3391                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3392             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3396                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3397             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3401                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3402             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3403             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3404                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3405             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3409                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3410             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3414                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3415             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3419                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3420             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3424                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3425             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3429                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3430             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3434                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3435             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3439                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3440             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3444                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3445             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3449                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3450             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3454                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3455             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3459                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3460             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3464                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3465             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3469                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3470             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3474                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3475             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3479                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3480             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3484                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3485             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3489                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3490             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3494                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3495             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3499                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3500             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3504                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3505             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3509                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3510             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3514                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3515             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3519             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3520             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3521                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3522             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3526                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3527             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3531                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3532             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3536                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3537             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3541                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3542             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3546                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3547             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3551                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3552             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3556                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3557             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final Phylogeny p3 = factory
3561                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3562                              new NHXParser() )[ 0 ];
3563             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3564             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3565                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3566             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3570                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3571             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3575                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3576             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3580                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3581             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3585                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3586             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3593                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3594             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !al_3.isRoot() ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3601                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3602             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3609                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3610             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3617                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3618             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3622             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3623             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3624                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3625             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3629             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3630             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3631                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3632             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3636             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3637             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3638                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3639             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3643             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3644             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3645                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3646             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3650                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3651             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3655                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3656             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3660                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3661             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3665                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3666             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3670                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3671             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3672                 return false;
3673             }
3674         }
3675         catch ( final Exception e ) {
3676             e.printStackTrace( System.out );
3677             return false;
3678         }
3679         return true;
3680     }
3681
3682     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3683         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3684         try {
3685             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3686                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3687             parser1.parse();
3688             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3689                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3690             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3691             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             if ( proteins.size() != 4 ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3707             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3714             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3721             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3725             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3741                 return false;
3742             }
3743             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3753                 return false;
3754             }
3755         }
3756         catch ( final Exception e ) {
3757             e.printStackTrace( System.out );
3758             return false;
3759         }
3760         return true;
3761     }
3762
3763     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3764         try {
3765             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3766             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3767             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3768             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3769             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3773             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3777             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3781             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3782                 return false;
3783             }
3784         }
3785         catch ( final Exception e ) {
3786             e.printStackTrace( System.out );
3787             return false;
3788         }
3789         return true;
3790     }
3791
3792     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3793         try {
3794             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3795             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3796             PhylogenyNodeIterator it0;
3797             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3798                 it0.next();
3799             }
3800             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3801                 it0.next();
3802             }
3803             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3804             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( it.hasNext() ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3829                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3830             PhylogenyNodeIterator it2;
3831             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3832                 it2.next();
3833             }
3834             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3835                 it2.next();
3836             }
3837             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3838             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3845                 return false;
3846             }
3847             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3851                 return false;
3852             }
3853             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3854                 return false;
3855             }
3856             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3857                 return false;
3858             }
3859             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3863                 return false;
3864             }
3865             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3872                 return false;
3873             }
3874             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3878                 return false;
3879             }
3880             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( it3.hasNext() ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3917             PhylogenyNodeIterator it4;
3918             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3919                 it4.next();
3920             }
3921             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3922                 it4.next();
3923             }
3924             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3925             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3941             PhylogenyNodeIterator it6;
3942             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3943                 it6.next();
3944             }
3945             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3946                 it6.next();
3947             }
3948             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3949             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( it.hasNext() ) {
3953                 return false;
3954             }
3955         }
3956         catch ( final Exception e ) {
3957             e.printStackTrace( System.out );
3958             return false;
3959         }
3960         return true;
3961     }
3962
3963     private static boolean testMidpointrooting() {
3964         try {
3965             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3966             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3967                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3968             if ( !t1.isRooted() ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3972             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3991             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3992             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010         }
4011         catch ( final Exception e ) {
4012             e.printStackTrace( System.out );
4013             return false;
4014         }
4015         return true;
4016     }
4017
4018     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4019         try {
4020             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4021             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4022             parser.parse();
4023             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4024             if ( labels.length != 7 ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4049             parser.parse();
4050             labels = parser.getCharStateLabels();
4051             if ( labels.length != 7 ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4073                 return false;
4074             }
4075         }
4076         catch ( final Exception e ) {
4077             e.printStackTrace( System.out );
4078             return false;
4079         }
4080         return true;
4081     }
4082
4083     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4084         try {
4085             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4086             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4087             parser.parse();
4088             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4089             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             //            if ( labels.length != 7 ) {
4117             //                return false;
4118             //            }
4119             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4120             //                return false;
4121             //            }
4122             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4123             //                return false;
4124             //            }
4125             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4126             //                return false;
4127             //            }
4128             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4129             //                return false;
4130             //            }
4131             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4132             //                return false;
4133             //            }
4134             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4135             //                return false;
4136             //            }
4137             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4138             //                return false;
4139             //            }
4140             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4141             //            parser.parse();
4142             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4143             //            if ( labels.length != 7 ) {
4144             //                return false;
4145             //            }
4146             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4147             //                return false;
4148             //            }
4149             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4150             //                return false;
4151             //            }
4152             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4153             //                return false;
4154             //            }
4155             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4156             //                return false;
4157             //            }
4158             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4159             //                return false;
4160             //            }
4161             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4162             //                return false;
4163             //            }
4164             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4165             //                return false;
4166             //            }
4167         }
4168         catch ( final Exception e ) {
4169             e.printStackTrace( System.out );
4170             return false;
4171         }
4172         return true;
4173     }
4174
4175     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4176         try {
4177             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4178             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4179             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4180             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             phylogenies = null;
4190             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4191             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             phylogenies = null;
4201             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4202             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             phylogenies = null;
4215             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4216             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4229                 return false;
4230             }
4231             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4241                 return false;
4242             }
4243             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4337                 return false;
4338             }
4339         }
4340         catch ( final Exception e ) {
4341             e.printStackTrace( System.out );
4342             return false;
4343         }
4344         return true;
4345     }
4346
4347     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4348         try {
4349             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4350             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4351             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4352             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4368                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             phylogenies = null;
4372             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4373             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4392                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4411                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4424                 return false;
4425             }
4426             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4430                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             phylogenies = null;
4434             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4435             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4454                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4473                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4492                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495         }
4496         catch ( final Exception e ) {
4497             e.printStackTrace( System.out );
4498             return false;
4499         }
4500         return true;
4501     }
4502
4503     private static boolean testNHParsing() {
4504         try {
4505             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4506             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4507             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4511             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4512             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4513             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4514             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             final Phylogeny p1b = factory
4521                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4522                              new NHXParser() )[ 0 ];
4523             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4530             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4531             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4532             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4533             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4534             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4535             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4536             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4537             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4538             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4539             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4540                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4541                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4542                                                     new NHXParser() );
4543             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4556             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4557             final String p16_S = "((A,B),C)";
4558             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4559             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4563             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4564             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4568             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4569             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4573             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4574             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4578             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4579             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4583             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4584             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4588             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4589             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4593             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4594             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4598             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4599             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4603             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4604             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4605             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4612                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4613                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4614                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4615                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4616                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4617                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4618                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4619             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4620             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final String p26_S = "(A,B)ab";
4624             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4625             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4629             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4630                                                     new NHXParser() );
4631             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4635             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4636             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4637             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4638             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4639                                                     new NHXParser() );
4640             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4653             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4654             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4658             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4659             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4663             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4664             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             final String p33_S = "A";
4668             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4669             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final String p34_S = "B;";
4673             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4674             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final String p35_S = "B:0.2";
4678             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4679             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             final String p36_S = "(A)";
4683             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4684             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             final String p37_S = "((A))";
4688             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4689             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4693             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4694             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4698             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4699             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             final String p40_S = "(A,B,C)";
4703             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4704             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4708             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4709             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4713             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4714             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4718             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4719             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4723             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4724             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4728             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4729             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             final String p46_S = "";
4733             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4734             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4738             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4742             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             final Phylogeny p49 = factory
4746                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4747                              new NHXParser() )[ 0 ];
4748             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4752             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4756                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4763                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4767             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4771             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final Phylogeny p53 = factory
4775                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4776                              new NHXParser() )[ 0 ];
4777             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             //
4781             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4782             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4786                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789         }
4790         catch ( final Exception e ) {
4791             e.printStackTrace( System.out );
4792             return false;
4793         }
4794         return true;
4795     }
4796
4797     private static boolean testNHXconversion() {
4798         try {
4799             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4800             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4801             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4802             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4803             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4804                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4805             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4806                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4807             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4808                 return false;
4809             }
4810             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             if ( !n5.toNewHampshireX()
4820                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826         }
4827         catch ( final Exception e ) {
4828             e.printStackTrace( System.out );
4829             return false;
4830         }
4831         return true;
4832     }
4833
4834     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4835         try {
4836             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4837             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4838             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4839             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4840             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4841                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4842             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( n3.isDuplication() ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( !n5.isDuplication() ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4888                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4889             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4896                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4897             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4904                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4905             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4909                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4910             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4917                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4918             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4925                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4926             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4933                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4934             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4941                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4942             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4949                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4950             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4957                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4958             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4962                 return false;
4963             }
4964             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4965                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4966             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4973                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4974             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4981                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4982             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4989                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4990             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4997                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4998                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4999             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
5006                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
5007                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5008             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
5015                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
5016                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5017             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5024                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5025             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5032                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5033             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5040                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5041             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5048                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5049             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5056                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5057                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5058             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5068                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5069                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5070             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5080                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5081             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5088                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5089             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5096             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5097             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5140                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5141             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5166             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5170             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5174                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5175             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5179                 return false;
5180             }
5181             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5182                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5183             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5190                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5191                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5192             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5202                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5203             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5204                 return false;
5205             }
5206             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5210                 return false;
5211             }
5212             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5213                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5214             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5221                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5222             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231         }
5232         catch ( final Exception e ) {
5233             e.printStackTrace( System.out );
5234             return false;
5235         }
5236         return true;
5237     }
5238
5239     private static boolean testNHXParsing() {
5240         try {
5241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5242             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5243             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5247             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5248             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5252             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5253             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             final Phylogeny[] p3 = factory
5257                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5258                              new NHXParser() );
5259             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             final Phylogeny[] p4 = factory
5263                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5264                              new NHXParser() );
5265             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final Phylogeny[] p5 = factory
5269                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5270                              new NHXParser() );
5271             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5275             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5276             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5277             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5281             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5282             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5283             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5287             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5288             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5289             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5293             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final Phylogeny p10 = factory
5297                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5298                              new NHXParser() )[ 0 ];
5299             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302         }
5303         catch ( final Exception e ) {
5304             e.printStackTrace( System.out );
5305             return false;
5306         }
5307         return true;
5308     }
5309
5310     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5311         try {
5312             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5313             final NHXParser p = new NHXParser();
5314             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5315             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5319             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5329                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5348             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5349             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5350             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5354             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5355             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5356             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5360             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5361             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5362             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5366             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5367             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5368             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             final Phylogeny p10 = factory
5372                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5373                              new NHXParser() )[ 0 ];
5374             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5375             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5379             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             //
5383             final Phylogeny p12 = factory
5384                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5385                              new NHXParser() )[ 0 ];
5386             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5387             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5391             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5395             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5399             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402         }
5403         catch ( final Exception e ) {
5404             e.printStackTrace( System.out );
5405             return false;
5406         }
5407         return true;
5408     }
5409
5410     private static boolean testNHXParsingMB() {
5411         try {
5412             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5413             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5414                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5415                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5416                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5417                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5418                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5419                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5420                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5421                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5422             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5429                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             final Phylogeny p2 = factory
5439                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5440                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5441                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5442                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5443                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5444                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5445                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5446                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5447                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5448                              new NHXParser() )[ 0 ];
5449             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5453                 return false;
5454             }
5455         }
5456         catch ( final Exception e ) {
5457             e.printStackTrace( System.out );
5458             System.exit( -1 );
5459             return false;
5460         }
5461         return true;
5462     }
5463
5464     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5465         try {
5466             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5467             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5468             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5469             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5470             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5480             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5481             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5482             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5489             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498         }
5499         catch ( final Exception e ) {
5500             e.printStackTrace( System.out );
5501             return false;
5502         }
5503         return true;
5504     }
5505
5506     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5507         try {
5508             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5509             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5510             try {
5511                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5512             }
5513             catch ( final Exception e ) {
5514                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5515             }
5516             if ( xml_parser == null ) {
5517                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5518                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5519                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5520                 }
5521                 else {
5522                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5523                 }
5524             }
5525             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5526                                                               xml_parser );
5527             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5528                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5535             PhylogenyNode n = null;
5536             Distribution d = null;
5537             n = t1.getNode( "root node" );
5538             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5542                 return false;
5543             }
5544             d = n.getNodeData().getDistribution();
5545             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( d.getPolygons() != null ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             n = t1.getNode( "node a" );
5570             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5577             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( d.getPolygons() != null ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             n = t1.getNode( "node bb" );
5602             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5609             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5634             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             p = d.getPolygons().get( 1 );
5656             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5666                 return false;
5667             }
5668             // Roundtrip:
5669             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5670             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5671             if ( rt.length != 1 ) {
5672                 return false;
5673             }
5674             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5675             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5676             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             d = n.getNodeData().getDistribution();
5683             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( d.getPolygons() != null ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5708             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5715             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( d.getPolygons() != null ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5740             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5747             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             p = d.getPolygons().get( 0 );
5772             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             p = d.getPolygons().get( 1 );
5794             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806         }
5807         catch ( final Exception e ) {
5808             e.printStackTrace( System.out );
5809             return false;
5810         }
5811         return true;
5812     }
5813
5814     private static boolean testPostOrderIterator() {
5815         try {
5816             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5817             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5818             PhylogenyNodeIterator it0;
5819             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5820                 it0.next();
5821             }
5822             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5823                 it0.next();
5824             }
5825             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5826             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5827             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( it.hasNext() ) {
5873                 return false;
5874             }
5875         }
5876         catch ( final Exception e ) {
5877             e.printStackTrace( System.out );
5878             return false;
5879         }
5880         return true;
5881     }
5882
5883     private static boolean testPreOrderIterator() {
5884         try {
5885             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5886             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5887             PhylogenyNodeIterator it0;
5888             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5889                 it0.next();
5890             }
5891             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5892                 it0.next();
5893             }
5894             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5895             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( it.hasNext() ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5920             it = t1.iteratorPreorder();
5921             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5952                 return false;
5953             }
5954             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5955                 return false;
5956             }
5957             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( it.hasNext() ) {
5967                 return false;
5968             }
5969         }
5970         catch ( final Exception e ) {
5971             e.printStackTrace( System.out );
5972             return false;
5973         }
5974         return true;
5975     }
5976
5977     private static boolean testPropertiesMap() {
5978         try {
5979             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5980             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5981             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5982             final Property p2 = new Property( "something:else",
5983                                               "?",
5984                                               "improbable:research",
5985                                               "xsd:decimal",
5986                                               AppliesTo.NODE );
5987             pm.addProperty( p0 );
5988             pm.addProperty( p1 );
5989             pm.addProperty( p2 );
5990             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
6009             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6016                 return false;
6017             }
6018         }
6019         catch ( final Exception e ) {
6020             e.printStackTrace( System.out );
6021             return false;
6022         }
6023         return true;
6024     }
6025
6026     private static boolean testReIdMethods() {
6027         try {
6028             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6029             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6030             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6031             p.levelOrderReID();
6032             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077         }
6078         catch ( final Exception e ) {
6079             e.printStackTrace( System.out );
6080             return false;
6081         }
6082         return true;
6083     }
6084
6085     private static boolean testRerooting() {
6086         try {
6087             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6088             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6089                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6090             if ( !t1.isRooted() ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6094             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6095             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6096             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6097             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6098             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6099             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6100             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6101             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6102             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6103             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6104             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6105             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6106             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6107             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6108             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6109             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6110             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6111             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6112             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6113             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6114             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6115             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6116             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6117             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6118             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6119             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6120             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6121             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6140                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6141             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6142             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6143             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6144             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6145             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6146             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6147             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6148             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6149             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6150             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6151             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6152             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6153             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6154             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6155             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6156             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6157             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6158             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6159             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6160             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6161             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6162             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6163             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6164             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6165             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6166             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6167             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6168             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6169             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6170             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6171             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6172             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6173             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6174             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6175             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6176             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6177             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6178             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6179             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6180             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6181             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6182             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6183             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6184             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6185             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6186             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6193             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6200             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6210             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6220             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6227             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6234                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6235             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6236             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6246             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6256             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6263                 return false;
6264             }
6265         }
6266         catch ( final Exception e ) {
6267             e.printStackTrace( System.out );
6268             return false;
6269         }
6270         return true;
6271     }
6272
6273     private static boolean testSDIse() {
6274         try {
6275             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6276             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6277             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6278             gene1.setRooted( true );
6279             species1.setRooted( true );
6280             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
6281             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             final Phylogeny species2 = factory
6285                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6286                              new NHXParser() )[ 0 ];
6287             final Phylogeny gene2 = factory
6288                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6289                              new NHXParser() )[ 0 ];
6290             species2.setRooted( true );
6291             gene2.setRooted( true );
6292             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
6293             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             final Phylogeny species3 = factory
6315                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6316                              new NHXParser() )[ 0 ];
6317             final Phylogeny gene3 = factory
6318                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6319                              new NHXParser() )[ 0 ];
6320             species3.setRooted( true );
6321             gene3.setRooted( true );
6322             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
6323             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             final Phylogeny species4 = factory
6333                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6334                              new NHXParser() )[ 0 ];
6335             final Phylogeny gene4 = factory
6336                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6337                              new NHXParser() )[ 0 ];
6338             species4.setRooted( true );
6339             gene4.setRooted( true );
6340             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
6341             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             final Phylogeny species5 = factory
6360                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6361                              new NHXParser() )[ 0 ];
6362             final Phylogeny gene5 = factory
6363                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6364                              new NHXParser() )[ 0 ];
6365             species5.setRooted( true );
6366             gene5.setRooted( true );
6367             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
6368             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6387             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6388             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6389             final Phylogeny species6 = factory
6390                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6391                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6392                              new NHXParser() )[ 0 ];
6393             final Phylogeny gene6 = factory
6394                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6395                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6396                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6397                              new NHXParser() )[ 0 ];
6398             species6.setRooted( true );
6399             gene6.setRooted( true );
6400             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
6401             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             sdi6.computeMappingCostL();
6429             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6439                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6440                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6441                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6442                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6443             species7.setRooted( true );
6444             final Phylogeny gene7_1 = Test
6445                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6446             gene7_1.setRooted( true );
6447             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
6448             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             final Phylogeny gene7_2 = Test
6476                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6477             gene7_2.setRooted( true );
6478             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
6479             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6507                 return false;
6508             }
6509         }
6510         catch ( final Exception e ) {
6511             return false;
6512         }
6513         return true;
6514     }
6515
6516     private static boolean testSDIunrooted() {
6517         try {
6518             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6519             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6520             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6521             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6522             PhylogenyBranch br = iter.next();
6523             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             br = iter.next();
6530             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             br = iter.next();
6537             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             br = iter.next();
6544             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             br = iter.next();
6551             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             br = iter.next();
6558             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             br = iter.next();
6565             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             br = iter.next();
6572             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             br = iter.next();
6579             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             br = iter.next();
6586             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             br = iter.next();
6593             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             br = iter.next();
6600             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             br = iter.next();
6607             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             br = iter.next();
6614             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             br = iter.next();
6621             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( iter.hasNext() ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6631             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6632             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6633             br = iter1.next();
6634             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6638                 return false;
6639             }
6640             br = iter1.next();
6641             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             br = iter1.next();
6648             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( iter1.hasNext() ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6658             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6659             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6660             br = iter2.next();
6661             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             br = iter2.next();
6668             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             br = iter2.next();
6675             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             if ( iter2.hasNext() ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             final Phylogeny species0 = factory
6685                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6686                              new NHXParser() )[ 0 ];
6687             final Phylogeny gene1 = factory
6688                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6689                              new NHXParser() )[ 0 ];
6690             species0.setRooted( true );
6691             gene1.setRooted( true );
6692             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6693             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6694             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             final Phylogeny gene2 = factory
6710                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6711                              new NHXParser() )[ 0 ];
6712             gene2.setRooted( true );
6713             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6714             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             final Phylogeny species6 = factory
6730                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6731                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6732                              new NHXParser() )[ 0 ];
6733             final Phylogeny gene6 = factory
6734                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6735                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6736                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6737                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6738                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6739                              new NHXParser() )[ 0 ];
6740             species6.setRooted( true );
6741             gene6.setRooted( true );
6742             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6743             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             p6 = null;
6783             final Phylogeny species7 = factory
6784                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6785                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6786                              new NHXParser() )[ 0 ];
6787             final Phylogeny gene7 = factory
6788                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6789                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6790                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6791                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6792                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6793                              new NHXParser() )[ 0 ];
6794             species7.setRooted( true );
6795             gene7.setRooted( true );
6796             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6797             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             p7 = null;
6837             final Phylogeny species8 = factory
6838                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6839                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6840                              new NHXParser() )[ 0 ];
6841             final Phylogeny gene8 = factory
6842                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6843                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6844                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6845                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6846                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6847                              new NHXParser() )[ 0 ];
6848             species8.setRooted( true );
6849             gene8.setRooted( true );
6850             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6851             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             p8 = null;
6891         }
6892         catch ( final Exception e ) {
6893             e.printStackTrace( System.out );
6894             return false;
6895         }
6896         return true;
6897     }
6898
6899     private static boolean testSplit() {
6900         try {
6901             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6902             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6903             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6904             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6905             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6906             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6907             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6908             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6909             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6910             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6911             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6912             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6913             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6914             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6915             // System.out.println( s0.toString() );
6916             //
6917             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6918             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6920             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6931             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             //
6935             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6939             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             //
6943             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6944             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6945             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6948             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             //
6952             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6953             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6957             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             //
6961             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6965             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             //
6969             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6972             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             //
6976             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6982             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             //
6986             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6990             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6999             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             //
7003             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7006             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             //
7010             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7015             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             //
7019             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7020             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7025             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             //
7029             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7033             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             //
7037             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7040             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             //
7044             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7047             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             //
7051             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7054             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             //
7058             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7061             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             //
7065             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7068             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             //
7072             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7074             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7075             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             //
7079             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7083             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             //
7087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7091             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             //
7095             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7099             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             //
7103             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7108             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             /////////
7112             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7113             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7114             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7115             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7116             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7118             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7119             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7120             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7121             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7122             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7123             //                return false;
7124             //            }
7125             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7126             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7127             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7128             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7129             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7130             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7131             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7132             //                return false;
7133             //            }
7134             //            //
7135             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7137             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7138             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7139             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7140             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7141             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7142             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7143             //                return false;
7144             //            }
7145             //            //
7146             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7147             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7148             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7149             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7150             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7151             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7152             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7153             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7154             //                return false;
7155             //            }
7156             //            //
7157             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7158             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7159             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7160             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7161             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7162             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7163             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7164             //                return false;
7165             //            }
7166             //            //
7167             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7168             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7169             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7170             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7171             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7172             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7173             //                return false;
7174             //            }
7175             //
7176             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7181             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             //
7185             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7190             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             ///////////////////////////
7194             //
7195             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7200             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7201                 return false;
7202             }
7203             //
7204             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             //
7213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7218             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             //
7222             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7227             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             //
7231             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7236             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             //
7240             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7244             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247             //
7248             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7254             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             //
7258             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7264             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             //
7268             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7274             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7275                 return false;
7276             }
7277             //
7278             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7285             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7286                 return false;
7287             }
7288         }
7289         catch ( final Exception e ) {
7290             e.printStackTrace();
7291             return false;
7292         }
7293         return true;
7294     }
7295
7296     private static boolean testSplitStrict() {
7297         try {
7298             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7299             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7300             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7301             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7302             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7303             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7304             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7305             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7306             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7307             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7308             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7309             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7312             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7316             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7323             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             //
7327             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7331             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             //
7335             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7340             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             //
7344             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7349             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             //
7353             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7357             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             //
7361             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7364             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             //
7368             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7369             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7374             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             //
7378             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7382             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             //
7386             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7391             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             //
7395             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7398             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             //
7402             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7407             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             //
7411             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7417             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             //
7421             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7425             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             //
7429             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7432             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             //
7436             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7439             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             //
7443             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7446             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             //
7450             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7451             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7453             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             //
7457             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7460             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             //
7464             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7465             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7466             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7467             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             //
7471             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7475             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             //
7479             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7483             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7484                 return false;
7485             }
7486             //
7487             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7491             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             //
7495             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7500             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503         }
7504         catch ( final Exception e ) {
7505             e.printStackTrace();
7506             return false;
7507         }
7508         return true;
7509     }
7510
7511     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7512         try {
7513             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7514             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7515             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7516             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             t1.toNewHampshireX();
7520             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7521             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             t1.toNewHampshireX();
7525             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7526             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             t1.toNewHampshireX();
7530             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7531             t1.toNewHampshireX();
7532             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7536             t1.toNewHampshireX();
7537             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7541             t1.toNewHampshireX();
7542             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7546             t1.toNewHampshireX();
7547             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7551             t1.toNewHampshireX();
7552             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7556             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !t1.isEmpty() ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7563             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7564             t2.toNewHampshireX();
7565             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7569             t2.toNewHampshireX();
7570             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7574             t2.toNewHampshireX();
7575             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7576                 return false;
7577             }
7578         }
7579         catch ( final Exception e ) {
7580             e.printStackTrace( System.out );
7581             return false;
7582         }
7583         return true;
7584     }
7585
7586     private static boolean testSupportCount() {
7587         try {
7588             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7589             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7590             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7591                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7592                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7593                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7594                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7595                                                               new NHXParser() );
7596             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7597             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7598             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7599                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7600                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7601                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7602                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7603                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7604                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7605                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7606                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7607                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7608                                                               new NHXParser() );
7609             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7610             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7611             while ( it.hasNext() ) {
7612                 final PhylogenyNode n = it.next();
7613                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7614                     return false;
7615                 }
7616             }
7617             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7618             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7619                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7620             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7621             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7622             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7653             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7654                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7655             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7656             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7657             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7688             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7689             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7690             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7694             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7695             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7696             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7700             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7701             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7702             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7706             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7707             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7708             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7709                 return false;
7710             }
7711         }
7712         catch ( final Exception e ) {
7713             e.printStackTrace( System.out );
7714             return false;
7715         }
7716         return true;
7717     }
7718
7719     private static boolean testSupportTransfer() {
7720         try {
7721             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7722             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7723                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7724             final Phylogeny p2 = factory
7725                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7726             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7733             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7734             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7756                 return false;
7757             }
7758         }
7759         catch ( final Exception e ) {
7760             e.printStackTrace( System.out );
7761             return false;
7762         }
7763         return true;
7764     }
7765
7766     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7767         try {
7768             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7769                                                                                                  10 );
7770             if ( results.size() != 1 ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             results = null;
7789             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7790             if ( results.size() != 1 ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             results = null;
7809             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7810             if ( results.size() != 1 ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             results = null;
7829             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7830             if ( results.size() != 1 ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7840                 return false;
7841             }
7842             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7843                 return false;
7844             }
7845             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7855                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7856                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7857                 return false;
7858             }
7859         }
7860         catch ( final IOException e ) {
7861             System.out.println();
7862             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7863             e.printStackTrace( System.out );
7864             return true;
7865         }
7866         catch ( final Exception e ) {
7867             return false;
7868         }
7869         return true;
7870     }
7871
7872     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7873         //The format for GenBank Accession numbers are:
7874         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7875         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7876         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7877         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7878             return false;
7879         }
7880         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7881             return false;
7882         }
7883         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7884             return false;
7885         }
7886         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7887             return false;
7888         }
7889         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7890             return false;
7891         }
7892         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7893             return false;
7894         }
7895         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7896             return false;
7897         }
7898         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7899             return false;
7900         }
7901         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7902             return false;
7903         }
7904         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7905             return false;
7906         }
7907         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7908             return false;
7909         }
7910         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7911             return false;
7912         }
7913         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7914             return false;
7915         }
7916         return true;
7917     }
7918
7919     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7920         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7921             return false;
7922         }
7923         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7924             return false;
7925         }
7926         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7927             return false;
7928         }
7929         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7930             return false;
7931         }
7932         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7933             return false;
7934         }
7935         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7936             return false;
7937         }
7938         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7939             return false;
7940         }
7941         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7942             return false;
7943         }
7944         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7945             return false;
7946         }
7947         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7948             return false;
7949         }
7950         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7951             return false;
7952         }
7953         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7954             return false;
7955         }
7956         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7957             return false;
7958         }
7959         try {
7960             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7961             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976         }
7977         catch ( final IOException e ) {
7978             System.out.println();
7979             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7980             e.printStackTrace( System.out );
7981             return true;
7982         }
7983         catch ( final Exception e ) {
7984             return false;
7985         }
7986         return true;
7987     }
7988
7989     private static boolean testWabiTxSearch() {
7990         try {
7991             String result = "";
7992             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7993             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7994             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7998             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7999                 return false;
8000             }
8001             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8002             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8006             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8010             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8014             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8015                 return false;
8016             }
8017             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8018             queries.add( "Campylobacter coli" );
8019             queries.add( "Escherichia coli" );
8020             queries.add( "Arabidopsis" );
8021             queries.add( "Trichoplax" );
8022             queries.add( "Samanea saman" );
8023             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8024             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8025             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8026             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8027             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8028             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8029             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8030             ranks.add( RANKS.GENUS );
8031             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8032             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8033             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8034             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8035         }
8036         catch ( final Exception e ) {
8037             System.out.println();
8038             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8039             e.printStackTrace( System.out );
8040             return false;
8041         }
8042         return true;
8043     }
8044
8045     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8046         try {
8047             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8048             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8061             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8062                 return false;
8063             }
8064             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8065             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8069             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072         }
8073         catch ( final Exception e ) {
8074             e.printStackTrace();
8075             return false;
8076         }
8077         return true;
8078     }
8079
8080     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8081         try {
8082             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8083             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8090             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8094                 return false;
8095             }
8096         }
8097         catch ( final Exception e ) {
8098             e.printStackTrace();
8099             return false;
8100         }
8101         return true;
8102     }
8103
8104     private static boolean testFastaParser() {
8105         try {
8106             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8113             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131         }
8132         catch ( final Exception e ) {
8133             e.printStackTrace();
8134             return false;
8135         }
8136         return true;
8137     }
8138
8139     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8140         try {
8141             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8142             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8143             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8144             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8145             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8146             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8147             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8148             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8149             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8177                 return false;
8178             }
8179             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8186             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8196             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8206             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8207                 return false;
8208             }
8209             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8210                 return false;
8211             }
8212             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8213                 return false;
8214             }
8215         }
8216         catch ( final Exception e ) {
8217             e.printStackTrace();
8218             return false;
8219         }
8220         return true;
8221     }
8222
8223     private static boolean testMafft( final String path ) {
8224         try {
8225             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8226             opts.add( "--maxiterate" );
8227             opts.add( "1000" );
8228             opts.add( "--localpair" );
8229             opts.add( "--quiet" );
8230             Msa msa = null;
8231             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8232             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8233             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8234                 return false;
8235             }
8236             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8237                 return false;
8238             }
8239         }
8240         catch ( final Exception e ) {
8241             e.printStackTrace( System.out );
8242             return false;
8243         }
8244         return true;
8245     }
8246
8247     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8248         try {
8249             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8250             PhylogenyNode n;
8251             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8252             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8253             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8254             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8255             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8256             n = t0.getFirstExternalNode();
8257             while ( n != null ) {
8258                 ext.add( n );
8259                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8260             }
8261             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8262                 return false;
8263             }
8264             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             ext.clear();
8280             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8281             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8282             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8283             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8284             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8285             n = t1.getNode( "ab" );
8286             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8287             while ( n != null ) {
8288                 ext.add( n );
8289                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8290             }
8291             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8301                 return false;
8302             }
8303             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             //
8307             //
8308             ext.clear();
8309             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8310             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8311             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8312             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8313             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8314             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8315             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8316             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8317             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8318             n = t2.getNode( "ab" );
8319             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8320             while ( n != null ) {
8321                 ext.add( n );
8322                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8323             }
8324             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8325                 return false;
8326             }
8327             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8331                 return false;
8332             }
8333             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             //
8337             //
8338             ext.clear();
8339             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8340             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8341             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8342             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8343             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8344             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8345             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8346             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8347             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8348             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8349             n = t3.getNode( "ab" );
8350             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8351             while ( n != null ) {
8352                 ext.add( n );
8353                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8354             }
8355             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             //
8365             //
8366             ext.clear();
8367             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8368             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8369             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8370             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8371             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8372             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8373             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8374             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8375             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8376             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8377             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8378             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8379             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8380                 return false;
8381             }
8382             //
8383             //
8384             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8385             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8386             ext.clear();
8387             n = t5.getFirstExternalNode();
8388             while ( n != null ) {
8389                 ext.add( n );
8390                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8391             }
8392             if ( ext.size() != 8 ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             //
8420             //
8421             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8422             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8423             ext.clear();
8424             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8425             n = t6.getNode( "ab" );
8426             while ( n != null ) {
8427                 ext.add( n );
8428                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8429             }
8430             if ( ext.size() != 7 ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             //
8455             //
8456             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8457             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8458             ext.clear();
8459             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8460             n = t7.getNode( "a" );
8461             while ( n != null ) {
8462                 ext.add( n );
8463                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8464             }
8465             if ( ext.size() != 7 ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             //
8490             //
8491             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8492             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8493             ext.clear();
8494             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8495             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8496             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8497             n = t8.getNode( "a" );
8498             while ( n != null ) {
8499                 ext.add( n );
8500                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8501             }
8502             if ( ext.size() != 7 ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8512                 System.out.println( "2 fail" );
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             //
8528             //
8529             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8530             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8531             ext.clear();
8532             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8533             n = t9.getNode( "a" );
8534             while ( n != null ) {
8535                 ext.add( n );
8536                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8537             }
8538             if ( ext.size() != 7 ) {
8539                 return false;
8540             }
8541             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8542                 return false;
8543             }
8544             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             //
8563             //
8564             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8565             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8566             ext.clear();
8567             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8568             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8569             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8570             n = t10.getNode( "a" );
8571             while ( n != null ) {
8572                 ext.add( n );
8573                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8574             }
8575             if ( ext.size() != 7 ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             //
8600             //
8601             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8602             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8603             ext.clear();
8604             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8605             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8606             n = t11.getNode( "a" );
8607             while ( n != null ) {
8608                 ext.add( n );
8609                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8610             }
8611             if ( ext.size() != 6 ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             //
8633             //
8634             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8635             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8636             ext.clear();
8637             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8638             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8639             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8640             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8641             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8642             n = t12.getNode( "a" );
8643             while ( n != null ) {
8644                 ext.add( n );
8645                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8646             }
8647             if ( ext.size() != 6 ) {
8648                 return false;
8649             }
8650             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             //
8669             //
8670             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8671             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8672             ext.clear();
8673             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8674             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8675             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8676             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8677             n = t13.getNode( "ab" );
8678             while ( n != null ) {
8679                 ext.add( n );
8680                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8681             }
8682             if ( ext.size() != 5 ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             //
8701             //
8702             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8703             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8704             ext.clear();
8705             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8706             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8707             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8708             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8709             n = t14.getNode( "ab" );
8710             while ( n != null ) {
8711                 ext.add( n );
8712                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8713             }
8714             if ( ext.size() != 5 ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             //
8733             //
8734             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8735             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8736             ext.clear();
8737             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8738             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8739             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8740             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8741             n = t15.getNode( "ab" );
8742             while ( n != null ) {
8743                 ext.add( n );
8744                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8745             }
8746             if ( ext.size() != 6 ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8765                 return false;
8766             }
8767             //
8768             //
8769             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8770             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8771             ext.clear();
8772             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8773             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8774             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8775             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8776             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8777             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8778             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8779             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8780             n = t16.getNode( "ab" );
8781             while ( n != null ) {
8782                 ext.add( n );
8783                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8784             }
8785             if ( ext.size() != 4 ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8795                 return false;
8796             }
8797             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8798                 return false;
8799             }
8800         }
8801         catch ( final Exception e ) {
8802             e.printStackTrace( System.out );
8803             return false;
8804         }
8805         return true;
8806     }
8807
8808     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8809         try {
8810             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8811             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8812             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8813             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8814             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8815             l.add( s0 );
8816             l.add( s1 );
8817             l.add( s2 );
8818             l.add( s3 );
8819             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8820             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832         }
8833         catch ( final Exception e ) {
8834             e.printStackTrace( System.out );
8835             return false;
8836         }
8837         return true;
8838     }
8839
8840     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8841         try {
8842             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8843             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8844                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8845                 if ( id != null ) {
8846                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8847                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8848                 }
8849                 return false;
8850             }
8851             //
8852             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8853             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8854                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8855                 if ( id != null ) {
8856                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8857                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8858                 }
8859                 return false;
8860             }
8861             //
8862             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8863             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8864                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8865                 if ( id != null ) {
8866                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8867                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8868                 }
8869                 return false;
8870             }
8871             //
8872             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8873             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8874                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8875                 if ( id != null ) {
8876                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8877                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8878                 }
8879                 return false;
8880             }
8881             //
8882             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8883             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8884                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8885                 if ( id != null ) {
8886                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8887                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8888                 }
8889                 return false;
8890             }
8891             //
8892             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8893             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8894                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8895                 if ( id != null ) {
8896                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8897                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8898                 }
8899                 return false;
8900             }
8901             //
8902             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8903             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8904                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8905                 if ( id != null ) {
8906                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8907                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8908                 }
8909                 return false;
8910             }
8911             //
8912             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8913             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8914                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8915                 if ( id != null ) {
8916                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8917                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8918                 }
8919                 return false;
8920             }
8921             //
8922             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8923             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8924                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8925                 if ( id != null ) {
8926                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8927                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8928                 }
8929                 return false;
8930             }
8931             //
8932             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8933             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8934                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8935                 if ( id != null ) {
8936                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8937                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8938                 }
8939                 return false;
8940             }
8941             //
8942             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8943             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8944                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8945                 if ( id != null ) {
8946                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8947                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8948                 }
8949                 return false;
8950             }
8951             //
8952             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8953             if ( id != null ) {
8954                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8955                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8956                 return false;
8957             }
8958             // lcl_91970_unknown_
8959         }
8960         catch ( final Exception e ) {
8961             e.printStackTrace( System.out );
8962             return false;
8963         }
8964         return true;
8965     }
8966 }