forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  42 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  43 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  46 import org.forester.go.TestGo;
  47 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  56 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  57 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  58 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  59 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  60 import org.forester.msa.BasicMsa;
  61 import org.forester.msa.Mafft;
  62 import org.forester.msa.Msa;
  63 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  64 import org.forester.msa.MsaMethods;
  65 import org.forester.pccx.TestPccx;
  66 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  72 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  75 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  81 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  84 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  88 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  89 import org.forester.protein.Protein;
  90 import org.forester.rio.RIO;
  91 import org.forester.sdi.GSDI;
  92 import org.forester.sdi.SDI;
  93 import org.forester.sdi.SDIR;
  94 import org.forester.sdi.SDIse;
  95 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  96 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  97 import org.forester.sequence.Sequence;
  98 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  99 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 100 import org.forester.tools.SupportCount;
 101 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 102 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 103 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.BasicTable;
 105 import org.forester.util.BasicTableParser;
 106 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 107 import org.forester.util.ForesterConstants;
 108 import org.forester.util.ForesterUtil;
 109 import org.forester.util.GeneralTable;
 110 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 111 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 112 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 113 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 116 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 117 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 118
 119 @SuppressWarnings( "unused")
 120 public final class Test {
 121
 122     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 123     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 127                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 128                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 129     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 130     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 134                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 135                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 136
 137     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 138         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 139         return p;
 140     }
 141
 142     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 143         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 144         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 145     }
 146
 147     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 148         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 149     }
 150
 151     public static void main( final String[] args ) {
 152         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 153         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 154                 + "]" );
 155         Locale.setDefault( Locale.US );
 156         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 157         int failed = 0;
 158         int succeeded = 0;
 159         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 160         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 169         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 170             System.out.println( "OK.]" );
 171         }
 172         else {
 173             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 174             System.out.println( "Testing aborted." );
 175             System.exit( -1 );
 176         }
 177         final long start_time = new Date().getTime();
 178         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 179         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 188         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 189             System.out.println( "OK." );
 190             succeeded++;
 191         }
 192         else {
 193             System.out.println( "failed." );
 194             failed++;
 195         }
 196         System.out.print( "Basic node methods: " );
 197         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 198             System.out.println( "OK." );
 199             succeeded++;
 200         }
 201         else {
 202             System.out.println( "failed." );
 203             failed++;
 204         }
 205         System.out.print( "Taxonomy extraction: " );
 206         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 207             System.out.println( "OK." );
 208             succeeded++;
 209         }
 210         else {
 211             System.out.println( "failed." );
 212             failed++;
 213         }
 214         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 215         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 216             System.out.println( "OK." );
 217             succeeded++;
 218         }
 219         else {
 220             System.out.println( "failed." );
 221             failed++;
 222         }
 223         System.out.print( "NH parsing: " );
 224         if ( Test.testNHParsing() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 233         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "NHX parsing: " );
 242         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 251         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 260         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 261             System.out.println( "OK." );
 262             succeeded++;
 263         }
 264         else {
 265             System.out.println( "failed." );
 266             failed++;
 267         }
 268         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 269         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 270             System.out.println( "OK." );
 271             succeeded++;
 272         }
 273         else {
 274             System.out.println( "failed." );
 275             failed++;
 276         }
 277         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 278         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 279             System.out.println( "OK." );
 280             succeeded++;
 281         }
 282         else {
 283             System.out.println( "failed." );
 284             failed++;
 285         }
 286         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 287         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 288             System.out.println( "OK." );
 289             succeeded++;
 290         }
 291         else {
 292             System.out.println( "failed." );
 293             failed++;
 294         }
 295         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 296         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 297             System.out.println( "OK." );
 298             succeeded++;
 299         }
 300         else {
 301             System.out.println( "failed." );
 302             failed++;
 303         }
 304         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 305         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 306             System.out.println( "OK." );
 307             succeeded++;
 308         }
 309         else {
 310             System.out.println( "failed." );
 311             failed++;
 312         }
 313         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 314         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 323         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 332         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 341         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Copying of node data: " );
 350         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 359         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 368         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 377         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 386         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "Re-id methods: " );
 395         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 404         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 413         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 422         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 431         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 440         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Rerooting: " );
 449         if ( Test.testRerooting() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 458         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "Support count: " );
 467         if ( Test.testSupportCount() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Support transfer: " );
 476         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 485         if ( Test.testGetLCA() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 494         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 503         if ( Test.testGetDistance() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "SDIse: " );
 512         if ( Test.testSDIse() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 521         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "GSDI: " );
 530         if ( TestGSDI.test() ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Ortholog table: " );
 539         if ( Test.testOrthologTable() ) {
 540             System.out.println( "OK." );
 541             succeeded++;
 542         }
 543         else {
 544             System.out.println( "failed." );
 545             failed++;
 546         }
 547         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 548         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 549             System.out.println( "OK." );
 550             succeeded++;
 551         }
 552         else {
 553             System.out.println( "failed." );
 554             failed++;
 555         }
 556         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 557         if ( Test.testDataObjects() ) {
 558             System.out.println( "OK." );
 559             succeeded++;
 560         }
 561         else {
 562             System.out.println( "failed." );
 563             failed++;
 564         }
 565         System.out.print( "Properties map: " );
 566         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 575         System.out.println();
 576         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 577             System.out.println( "OK." );
 578             succeeded++;
 579         }
 580         else {
 581             System.out.println( "failed." );
 582             failed++;
 583         }
 584         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 585         System.out.println();
 586         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 587             System.out.println( "OK." );
 588             succeeded++;
 589         }
 590         else {
 591             System.out.println( "failed." );
 592             failed++;
 593         }
 594         System.out.print( "GO: " );
 595         System.out.println();
 596         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Modeling tools: " );
 605         if ( TestPccx.test() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 614         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Split Matrix: " );
 623         if ( Test.testSplit() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 632         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Basic table: " );
 641         if ( Test.testBasicTable() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "General table: " );
 650         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 659         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "General MSA parser: " );
 668         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 677         if ( Test.testFastaParser() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 686         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 695         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 704         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 713         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         //----
 722         String path = "";
 723         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 724         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 725             path = "/usr/local/bin/mafft";
 726         }
 727         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 728             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 729         }
 730         else {
 731             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 732         }
 733         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 734             path = "mafft";
 735         }
 736         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 737             path = "/usr/local/bin/mafft";
 738         }
 739         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 740             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 741             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 742                 System.out.println( "OK." );
 743                 succeeded++;
 744             }
 745             else {
 746                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 747             }
 748         }
 749         //----
 750         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 751         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 752             System.out.println( "OK." );
 753             succeeded++;
 754         }
 755         else {
 756             System.out.println( "failed." );
 757             failed++;
 758         }
 759         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 760         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 761             System.out.println( "OK." );
 762             succeeded++;
 763         }
 764         else {
 765             System.out.println( "failed." );
 766             failed++;
 767         }
 768         System.out.println();
 769         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 770         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 771         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 772         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 773                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 774         System.out.println();
 775         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 776         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 777         System.out.println();
 778         if ( failed < 1 ) {
 779             System.out.println( "OK." );
 780         }
 781         else {
 782             System.out.println( "Not OK." );
 783         }
 784     }
 785
 786     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 787         try {
 788             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 798                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 802                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 806                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 816                     .equals( "RAT" ) ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 820                     .equals( "RAT" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 824                     .equals( "RAT" ) ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 837                     .equals( "PIG" ) ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 841                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 845                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 846                 return false;
 847             }
 848         }
 849         catch ( final Exception e ) {
 850             e.printStackTrace( System.out );
 851             return false;
 852         }
 853         return true;
 854     }
 855
 856     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 857         try {
 858             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 862             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 863                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 864             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 865                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 866             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 867                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 868             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !n3.isExternal() ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !n3.isRoot() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889         }
 890         catch ( final Exception e ) {
 891             e.printStackTrace( System.out );
 892             return false;
 893         }
 894         return true;
 895     }
 896
 897     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 898         try {
 899             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 900             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 901             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 902                                                               xml_parser );
 903             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 904                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 911             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 912             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 913             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 914             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t1.isRooted() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( t1.isRerootable() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 948                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 952                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 980                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 993                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 997                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1001                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1005                     .equals( "experimental" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1009                     .equals( "function" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1013                     .getValue() != 1 ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1017                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1021                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1025                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1029                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1033                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1037                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1041                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1045                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1049                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1053                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1060                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1064                 return false;
1065             }
1066         }
1067         catch ( final Exception e ) {
1068             e.printStackTrace( System.out );
1069             return false;
1070         }
1071         return true;
1072     }
1073
1074     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1075         try {
1076             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1077             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1078             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1079                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1080             }
1081             else {
1082                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1083             }
1084             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1085                                                               xml_parser );
1086             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1087                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1088                 return false;
1089             }
1090             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1091                 return false;
1092             }
1093             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1094             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1095             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1096                 return false;
1097             }
1098             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1099             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1112             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1113             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1114             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1127                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1131                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1135             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1136             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1138             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1142             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1158                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1168                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1172                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1176                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1180                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1184                     .equals( "experimental" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1188                     .equals( "function" ) ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1192                     .getValue() != 1 ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1196                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1200                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1204                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1208                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1212                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1216                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1220                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1224                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1228                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1232                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1239                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1249                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1265                     .equals( "ncbi" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1272                     .getName().equals( "B" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1276                     .getFrom() != 21 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1283                     .getLength() != 24 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1287                     .getConfidence() != 2144 ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1291                     .equals( "pfam" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1307             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1344                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1345                 ;
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             //
1370             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1374                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1381                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1391                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace( System.out );
1397             return false;
1398         }
1399         return true;
1400     }
1401
1402     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1403         try {
1404             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1405             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1406             try {
1407                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1408             }
1409             catch ( final Exception e ) {
1410                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1411             }
1412             if ( xml_parser == null ) {
1413                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1414                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1415                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1416                 }
1417                 else {
1418                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1419                 }
1420             }
1421             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1422                                                               xml_parser );
1423             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1424                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1431             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1432             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1433             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1434             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1456             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1457             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1458                 System.out.println( "errors:" );
1459                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1466                                                               xml_parser );
1467             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1468                 System.out.println( "errors:" );
1469                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1479                                                               xml_parser );
1480             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1481                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1488             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1501                                                               xml_parser );
1502             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1503                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1510             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             s.getNode( "first" );
1514             s.getNode( "<>" );
1515             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1516             s.getNode( "'''\"" );
1517             s.getNode( "\"\"\"" );
1518             s.getNode( "dick & doof" );
1519         }
1520         catch ( final Exception e ) {
1521             e.printStackTrace( System.out );
1522             return false;
1523         }
1524         return true;
1525     }
1526
1527     private static boolean testBasicTable() {
1528         try {
1529             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1530             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1537             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1538             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1539             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1540             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1541             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1542             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1543             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1544             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1575             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1576             source.append( "" + l );
1577             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1578             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1579             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1580             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1581             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1582             source.append( "40 41 42 43" + l );
1583             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1584             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1585             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1586             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1605             source1.append( "" + l );
1606             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1607             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1608             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1609             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1610             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1611             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1612             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1613             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1614             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1615             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1640             source2.append( "" + l );
1641             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1642             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1643             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1644             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1645             source2.append( "                     " + l );
1646             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1647             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1648             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1649             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1650             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1651                                                                         ";",
1652                                                                         false,
1653                                                                         false,
1654                                                                         "comment:",
1655                                                                         false );
1656             if ( tl.size() != 2 ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1660             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1661             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679         }
1680         catch ( final Exception e ) {
1681             e.printStackTrace( System.out );
1682             return false;
1683         }
1684         return true;
1685     }
1686
1687     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1688         try {
1689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1690             final TolParser parser = new TolParser();
1691             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1692             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1693                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1700             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !t1.isRooted() ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1719             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1720                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1721                 return false;
1722             }
1723             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1727             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !t2.isRooted() ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1749                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1753             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1754                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1761             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1774             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1775                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1782             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1795             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1796                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1803             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815         }
1816         catch ( final Exception e ) {
1817             e.printStackTrace( System.out );
1818             return false;
1819         }
1820         return true;
1821     }
1822
1823     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1824         try {
1825             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1826             final Phylogeny t1 = factory.create();
1827             if ( !t1.isEmpty() ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1831             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( t2.isEmpty() ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1844             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1854             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1865             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1866             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1873             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1874             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1878             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1879             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1883             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1884             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             final char[] a9 = new char[] {};
1891             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1892             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1896             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1897             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900         }
1901         catch ( final Exception e ) {
1902             e.printStackTrace( System.out );
1903             return false;
1904         }
1905         return true;
1906     }
1907
1908     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1909         try {
1910             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1911             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1912             final Phylogeny[] ev0 = factory
1913                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1914                              new NHXParser() );
1915             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1916             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1923             final Phylogeny[] ev1 = factory
1924                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1925                              new NHXParser() );
1926             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1927             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1934             final Phylogeny[] ev_b = factory
1935                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1936                              new NHXParser() );
1937             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1938             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             //
1945             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1946             final Phylogeny[] ev1x = factory
1947                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1948                              new NHXParser() );
1949             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1950             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1957             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1958                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1959                              new NHXParser() );
1960             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1961             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             //
1968             final Phylogeny[] t2 = factory
1969                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1970                              new NHXParser() );
1971             final Phylogeny[] ev2 = factory
1972                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1973                              new NHXParser() );
1974             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1975                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1976             }
1977             //
1978             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1979                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1980             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1981             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1982             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991         }
1992         catch ( final Exception e ) {
1993             e.printStackTrace();
1994             return false;
1995         }
1996         return true;
1997     }
1998
1999     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2000         try {
2001             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2002                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2003             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2004             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007         }
2008         catch ( final Exception e ) {
2009             e.printStackTrace();
2010             return false;
2011         }
2012         return true;
2013     }
2014
2015     private static boolean testDataObjects() {
2016         try {
2017             final Confidence s0 = new Confidence();
2018             final Confidence s1 = new Confidence();
2019             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2023             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2024             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2031             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2032                 return false;
2033             }
2034             s3.asSimpleText();
2035             s3.asText();
2036             // Taxonomy
2037             // ----------
2038             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2039             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2040             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2041             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2042             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2043             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2044             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2045             t1.setScientificName( "E. coli" );
2046             t1.setCommonName( "coli" );
2047             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2048             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2052             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2053             t2.setScientificName( "what" );
2054             t2.setCommonName( "something" );
2055             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2059             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             t1.setIdentifier( null );
2063             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2064             t3.setScientificName( "what" );
2065             t3.setCommonName( "something" );
2066             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             t1.setIdentifier( null );
2070             t1.setTaxonomyCode( "" );
2071             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2072             t4.setCommonName( "something" );
2073             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2077             t4.setCommonName( "something" );
2078             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             t1.setIdentifier( null );
2082             t1.setTaxonomyCode( "" );
2083             t1.setScientificName( "" );
2084             t5.setCommonName( "COLI" );
2085             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             t5.setCommonName( "vibrio" );
2089             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             // Identifier
2093             // ----------
2094             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2095             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2096             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             id1.asSimpleText();
2106             id1.asText();
2107             // ProteinDomain
2108             // ---------------
2109             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2110             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2111             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             pd1.asSimpleText();
2118             pd1.asText();
2119             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2120             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2121             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             pd3.asSimpleText();
2131             pd3.asText();
2132             // DomainArchitecture
2133             // ------------------
2134             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2135             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2136             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2137             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2138             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2139             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2140             domains0.add( d2 );
2141             domains0.add( d0 );
2142             domains0.add( d3 );
2143             domains0.add( d1 );
2144             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2145             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2149             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2159             domains1.add( d1 );
2160             domains1.add( d2 );
2161             domains1.add( d4 );
2162             domains1.add( d0 );
2163             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2164             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             ds1.asSimpleText();
2168             ds1.asText();
2169             ds1.toNHX();
2170             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2171             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2172                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             // Event
2179             // -----
2180             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2181             if ( e1.isDuplication() ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !e1.isFusion() ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2194             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2201             if ( e2.isDuplication() ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2220             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2224             if ( e3.isDuplication() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( e3.isSpeciation() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2237             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2238             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             e3 = null;
2242             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2246             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2253             e4 = null;
2254             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2255             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             final Event e5 = new Event();
2262             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2272             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2279             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2286             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292         }
2293         catch ( final Exception e ) {
2294             e.printStackTrace( System.out );
2295             return false;
2296         }
2297         return true;
2298     }
2299
2300     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2301         try {
2302             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2303             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2304             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2305             if ( t0.isEmpty() ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2312             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.isEmpty() ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2319             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2323             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2330             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2334             if ( !t1.isEmpty() ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2338             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2342             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             t2.toNewHampshireX();
2346             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2347             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2351             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2355             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2359             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2363             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             n = t3.getNode( "A" );
2367             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             n = n.getNextExternalNode();
2371             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2375             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             n = t3.getNode( "C" );
2379             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2383             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2387             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2395             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2399             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2403             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2407             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             n = t4.getNode( "A" );
2411             n = n.getNextExternalNode();
2412             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             n = n.getNextExternalNode();
2416             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2420             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2424             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2425             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2429             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2434             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2438             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2443             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2447             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2451             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2452             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2456             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2460             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2461             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2465             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2469             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2470             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2474             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2478             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2479             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2483             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2487             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2491             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2496             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2504             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2512             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2516             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2520             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2524             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2528             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2532             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2536             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2540             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2544             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2553             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2561             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2562             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2570             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2571             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2575             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2579             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2583             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2587             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2591             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594         }
2595         catch ( final Exception e ) {
2596             e.printStackTrace( System.out );
2597             return false;
2598         }
2599         return true;
2600     }
2601
2602     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2603         try {
2604             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2605             dss1.addValue( 82 );
2606             dss1.addValue( 78 );
2607             dss1.addValue( 70 );
2608             dss1.addValue( 58 );
2609             dss1.addValue( 42 );
2610             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             dss1.addValue( 123 );
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2657             dss2.addValue( -1.85 );
2658             dss2.addValue( 57.5 );
2659             dss2.addValue( 92.78 );
2660             dss2.addValue( 57.78 );
2661             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2668             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             dss2.addValue( -100 );
2672             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             final double[] ds = new double[ 14 ];
2679             ds[ 0 ] = 34;
2680             ds[ 1 ] = 23;
2681             ds[ 2 ] = 1;
2682             ds[ 3 ] = 32;
2683             ds[ 4 ] = 11;
2684             ds[ 5 ] = 2;
2685             ds[ 6 ] = 12;
2686             ds[ 7 ] = 33;
2687             ds[ 8 ] = 13;
2688             ds[ 9 ] = 22;
2689             ds[ 10 ] = 21;
2690             ds[ 11 ] = 35;
2691             ds[ 12 ] = 24;
2692             ds[ 13 ] = 31;
2693             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2694             if ( bins.length != 4 ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2710             ds1[ 0 ] = 10.0;
2711             ds1[ 1 ] = 19.0;
2712             ds1[ 2 ] = 9.999;
2713             ds1[ 3 ] = 0.0;
2714             ds1[ 4 ] = 39.9;
2715             ds1[ 5 ] = 39.999;
2716             ds1[ 6 ] = 30.0;
2717             ds1[ 7 ] = 19.999;
2718             ds1[ 8 ] = 30.1;
2719             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2720             if ( bins1.length != 4 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2736             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2749             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2762             dss3.addValue( 1 );
2763             dss3.addValue( 1 );
2764             dss3.addValue( 1 );
2765             dss3.addValue( 2 );
2766             dss3.addValue( 3 );
2767             dss3.addValue( 4 );
2768             dss3.addValue( 5 );
2769             dss3.addValue( 5 );
2770             dss3.addValue( 5 );
2771             dss3.addValue( 6 );
2772             dss3.addValue( 7 );
2773             dss3.addValue( 8 );
2774             dss3.addValue( 9 );
2775             dss3.addValue( 10 );
2776             dss3.addValue( 10 );
2777             dss3.addValue( 10 );
2778             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2779             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2780             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2781         }
2782         catch ( final Exception e ) {
2783             e.printStackTrace( System.out );
2784             return false;
2785         }
2786         return true;
2787     }
2788
2789     private static boolean testDir( final String file ) {
2790         try {
2791             final File f = new File( file );
2792             if ( !f.exists() ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !f.isDirectory() ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !f.canRead() ) {
2799                 return false;
2800             }
2801         }
2802         catch ( final Exception e ) {
2803             return false;
2804         }
2805         return true;
2806     }
2807
2808     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2809         try {
2810             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2811             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2812             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2813             n = n.getNextExternalNode();
2814             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             n = n.getNextExternalNode();
2818             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             n = n.getNextExternalNode();
2822             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             n = t1.getNode( "B" );
2826             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2827                 n = n.getNextExternalNode();
2828             }
2829             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2830             n = t2.getNode( "A" );
2831             n = n.getNextExternalNode();
2832             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             n = n.getNextExternalNode();
2836             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             n = n.getNextExternalNode();
2840             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             n = t2.getNode( "B" );
2844             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2845                 n = n.getNextExternalNode();
2846             }
2847             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2848             n = t3.getNode( "A" );
2849             n = n.getNextExternalNode();
2850             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n = n.getNextExternalNode();
2854             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n = n.getNextExternalNode();
2858             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             n = n.getNextExternalNode();
2862             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2863                 return false;
2864             }
2865             n = n.getNextExternalNode();
2866             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             n = n.getNextExternalNode();
2870             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2871                 return false;
2872             }
2873             n = n.getNextExternalNode();
2874             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2875                 return false;
2876             }
2877             n = t3.getNode( "B" );
2878             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2879                 n = n.getNextExternalNode();
2880             }
2881             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2882             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2883                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2884             }
2885             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2886             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2887                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2888             }
2889         }
2890         catch ( final Exception e ) {
2891             e.printStackTrace( System.out );
2892             return false;
2893         }
2894         return true;
2895     }
2896
2897     private static boolean testGeneralTable() {
2898         try {
2899             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2900             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2901             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2902             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2903             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2904             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2905             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2906             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2907             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2908             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2936             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2937             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2938             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2939             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2940             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2941             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2942             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2943             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2944             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2945             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975         }
2976         catch ( final Exception e ) {
2977             e.printStackTrace( System.out );
2978             return false;
2979         }
2980         return true;
2981     }
2982
2983     private static boolean testGetDistance() {
2984         try {
2985             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2986             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
2987                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2988             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
2989             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3083                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3084             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117         }
3118         catch ( final Exception e ) {
3119             e.printStackTrace( System.out );
3120             return false;
3121         }
3122         return true;
3123     }
3124
3125     private static boolean testGetLCA() {
3126         try {
3127             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3128             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3129                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3130             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3131             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3135             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3139             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3143             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3147             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3151             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3155             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3159             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3163             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3167             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3171             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3175             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3179             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3183             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3187             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3191             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3195             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3199             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3203             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3207             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3211             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3215             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3219             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3223             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3224             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3228             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3232             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3236             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3240             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3244             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3248             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3252             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final Phylogeny p3 = factory
3256                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3257                              new NHXParser() )[ 0 ];
3258             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3259             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3263             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3267             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3271             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3275             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3282             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             if ( !al_3.isRoot() ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3289             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3296             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3303             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3307             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3308             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3312             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3313             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3317             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3318             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3322             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3323             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326         }
3327         catch ( final Exception e ) {
3328             e.printStackTrace( System.out );
3329             return false;
3330         }
3331         return true;
3332     }
3333
3334     private static boolean testGetLCA2() {
3335         try {
3336             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3337             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3338             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3339             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3340                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3341             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3345             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3346             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3347                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3348             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3352                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3353             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3357             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3358             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3359                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3360             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3364                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3365             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3366                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3367                 System.exit( -1 );
3368                 return false;
3369             }
3370             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3371                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3372             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3376                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3377             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3381                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3382             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3383             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3384                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3385             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3389                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3390             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3394                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3395             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3399                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3400             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3401                 return false;
3402             }
3403             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3404                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3405             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3409                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3410             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3414                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3415             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3419                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3420             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3424                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3425             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3429                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3430             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3434                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3435             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3439                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3440             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3444                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3445             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3449                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3450             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3454                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3455             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3459                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3460             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3464                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3465             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3469                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3470             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3474                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3475             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3479                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3480             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3484                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3485             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3489                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3490             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3494                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3495             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3499             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3500             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3501                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3502             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3506                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3507             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3511                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3512             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3516                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3517             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3521                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3522             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3526                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3527             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3531                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3532             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3536                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3537             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             final Phylogeny p3 = factory
3541                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3542                              new NHXParser() )[ 0 ];
3543             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3544             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3545                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3546             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3550                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3551             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3555                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3556             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3560                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3561             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3565                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3566             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3573                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3574             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !al_3.isRoot() ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3581                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3582             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3589                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3590             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3597                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3598             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3602             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3603             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3604                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3605             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3609             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3610             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3611                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3612             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3616             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3617             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3618                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3619             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3623             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3624             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3625                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3626             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3630                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3631             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3635                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3636             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3640                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3641             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3645                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3646             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3650                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3651             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654         }
3655         catch ( final Exception e ) {
3656             e.printStackTrace( System.out );
3657             return false;
3658         }
3659         return true;
3660     }
3661
3662     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3663         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3664         try {
3665             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3666                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3667             parser1.parse();
3668             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3669                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3670             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3671             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             if ( proteins.size() != 4 ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3687             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3694             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3701             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3705             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735         }
3736         catch ( final Exception e ) {
3737             e.printStackTrace( System.out );
3738             return false;
3739         }
3740         return true;
3741     }
3742
3743     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3744         try {
3745             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3746             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3747             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3748             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3749             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3753             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3757             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3761             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3762                 return false;
3763             }
3764         }
3765         catch ( final Exception e ) {
3766             e.printStackTrace( System.out );
3767             return false;
3768         }
3769         return true;
3770     }
3771
3772     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3773         try {
3774             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3775             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3776             PhylogenyNodeIterator it0;
3777             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3778                 it0.next();
3779             }
3780             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3781                 it0.next();
3782             }
3783             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3784             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( it.hasNext() ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3809                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3810             PhylogenyNodeIterator it2;
3811             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3812                 it2.next();
3813             }
3814             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3815                 it2.next();
3816             }
3817             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3818             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3849                 return false;
3850             }
3851             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3855                 return false;
3856             }
3857             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3858                 return false;
3859             }
3860             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3861                 return false;
3862             }
3863             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3864                 return false;
3865             }
3866             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3870                 return false;
3871             }
3872             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( it3.hasNext() ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3897             PhylogenyNodeIterator it4;
3898             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3899                 it4.next();
3900             }
3901             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3902                 it4.next();
3903             }
3904             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3905             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3921             PhylogenyNodeIterator it6;
3922             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3923                 it6.next();
3924             }
3925             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3926                 it6.next();
3927             }
3928             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3929             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( it.hasNext() ) {
3933                 return false;
3934             }
3935         }
3936         catch ( final Exception e ) {
3937             e.printStackTrace( System.out );
3938             return false;
3939         }
3940         return true;
3941     }
3942
3943     private static boolean testMidpointrooting() {
3944         try {
3945             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3946             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3947                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3948             if ( !t1.isRooted() ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3952             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3971             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3972             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990         }
3991         catch ( final Exception e ) {
3992             e.printStackTrace( System.out );
3993             return false;
3994         }
3995         return true;
3996     }
3997
3998     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3999         try {
4000             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4001             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4002             parser.parse();
4003             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4004             if ( labels.length != 7 ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4029             parser.parse();
4030             labels = parser.getCharStateLabels();
4031             if ( labels.length != 7 ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4053                 return false;
4054             }
4055         }
4056         catch ( final Exception e ) {
4057             e.printStackTrace( System.out );
4058             return false;
4059         }
4060         return true;
4061     }
4062
4063     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4064         try {
4065             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4066             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4067             parser.parse();
4068             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4069             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             //            if ( labels.length != 7 ) {
4097             //                return false;
4098             //            }
4099             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4100             //                return false;
4101             //            }
4102             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4103             //                return false;
4104             //            }
4105             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4106             //                return false;
4107             //            }
4108             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4109             //                return false;
4110             //            }
4111             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4112             //                return false;
4113             //            }
4114             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4115             //                return false;
4116             //            }
4117             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4118             //                return false;
4119             //            }
4120             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4121             //            parser.parse();
4122             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4123             //            if ( labels.length != 7 ) {
4124             //                return false;
4125             //            }
4126             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4127             //                return false;
4128             //            }
4129             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4130             //                return false;
4131             //            }
4132             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4133             //                return false;
4134             //            }
4135             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4136             //                return false;
4137             //            }
4138             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4139             //                return false;
4140             //            }
4141             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4142             //                return false;
4143             //            }
4144             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4145             //                return false;
4146             //            }
4147         }
4148         catch ( final Exception e ) {
4149             e.printStackTrace( System.out );
4150             return false;
4151         }
4152         return true;
4153     }
4154
4155     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4156         try {
4157             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4158             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4159             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4160             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             phylogenies = null;
4170             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4171             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             phylogenies = null;
4181             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4182             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             phylogenies = null;
4195             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4196             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4239                 return false;
4240             }
4241             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4317                 return false;
4318             }
4319         }
4320         catch ( final Exception e ) {
4321             e.printStackTrace( System.out );
4322             return false;
4323         }
4324         return true;
4325     }
4326
4327     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4328         try {
4329             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4330             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4331             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4332             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4348                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             phylogenies = null;
4352             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4353             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4372                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4391                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4410                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             phylogenies = null;
4414             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4415             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4434                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4453                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4472                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4473                 return false;
4474             }
4475         }
4476         catch ( final Exception e ) {
4477             e.printStackTrace( System.out );
4478             return false;
4479         }
4480         return true;
4481     }
4482
4483     private static boolean testNHParsing() {
4484         try {
4485             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4486             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4487             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4491             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4492             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4493             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4494             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             final Phylogeny p1b = factory
4501                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4502                              new NHXParser() )[ 0 ];
4503             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4510             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4511             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4512             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4513             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4514             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4515             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4516             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4517             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4518             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4519             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4520                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4521                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4522                                                     new NHXParser() );
4523             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4536             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4537             final String p16_S = "((A,B),C)";
4538             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4539             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4543             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4544             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4548             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4549             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4553             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4554             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4558             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4559             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4563             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4564             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4568             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4569             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4573             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4574             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4578             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4579             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4583             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4584             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4585             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4592                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4593                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4594                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4595                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4596                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4597                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4598                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4599             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4600             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             final String p26_S = "(A,B)ab";
4604             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4605             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4609             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4610                                                     new NHXParser() );
4611             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4615             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4616             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4617             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4618             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4619                                                     new NHXParser() );
4620             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4633             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4634             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4638             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4639             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4643             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4644             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final String p33_S = "A";
4648             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4649             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final String p34_S = "B;";
4653             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4654             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             final String p35_S = "B:0.2";
4658             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4659             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final String p36_S = "(A)";
4663             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4664             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             final String p37_S = "((A))";
4668             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4669             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4673             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4674             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4678             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4679             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             final String p40_S = "(A,B,C)";
4683             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4684             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4688             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4689             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4693             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4694             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4698             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4699             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4703             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4704             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4708             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4709             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             final String p46_S = "";
4713             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4714             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4718             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4722             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             final Phylogeny p49 = factory
4726                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4727                              new NHXParser() )[ 0 ];
4728             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4732             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4736                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4743                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4747             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4751             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             final Phylogeny p53 = factory
4755                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4756                              new NHXParser() )[ 0 ];
4757             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             //
4761             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4762             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4766                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769         }
4770         catch ( final Exception e ) {
4771             e.printStackTrace( System.out );
4772             return false;
4773         }
4774         return true;
4775     }
4776
4777     private static boolean testNHXconversion() {
4778         try {
4779             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4780             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4781             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4782             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4783             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4784                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4785             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4786                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4787             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( !n5.toNewHampshireX()
4800                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806         }
4807         catch ( final Exception e ) {
4808             e.printStackTrace( System.out );
4809             return false;
4810         }
4811         return true;
4812     }
4813
4814     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4815         try {
4816             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4817             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4818             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4819             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4820             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4821                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4822             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             if ( n3.isDuplication() ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             if ( !n5.isDuplication() ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4868                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4869             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4876                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4877             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4884                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4885             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4889                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4890             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4897                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4898             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4905                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4906             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4913                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4914             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4921                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4922             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4929                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4930             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4937                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4938             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4945                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4946             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4953                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4954             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4961                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4962             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4969                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4970             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4977                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4978                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4979             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4986                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4987                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4988             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4995                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4996                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4997             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5004                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5005             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5012                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5013             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5020                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5021             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5028                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5029             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5036                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5037                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5038             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5048                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5049                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5050             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5060                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5061             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5068                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5069             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5076             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5077             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5120                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5121             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5146             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5150             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5154                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5155             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5162                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5163             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5170                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5171                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5172             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5179                 return false;
5180             }
5181             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5182                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5183             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5193                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5194             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5201                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5202             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211         }
5212         catch ( final Exception e ) {
5213             e.printStackTrace( System.out );
5214             return false;
5215         }
5216         return true;
5217     }
5218
5219     private static boolean testNHXParsing() {
5220         try {
5221             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5222             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5223             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5227             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5228             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5232             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5233             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             final Phylogeny[] p3 = factory
5237                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5238                              new NHXParser() );
5239             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             final Phylogeny[] p4 = factory
5243                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5244                              new NHXParser() );
5245             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5246                 return false;
5247             }
5248             final Phylogeny[] p5 = factory
5249                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5250                              new NHXParser() );
5251             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5255             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5256             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5257             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5261             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5262             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5263             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5267             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5268             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5269             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5273             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             final Phylogeny p10 = factory
5277                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5278                              new NHXParser() )[ 0 ];
5279             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282         }
5283         catch ( final Exception e ) {
5284             e.printStackTrace( System.out );
5285             return false;
5286         }
5287         return true;
5288     }
5289
5290     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5291         try {
5292             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5293             final NHXParser p = new NHXParser();
5294             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5295             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5299             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5309                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5328             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5329             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5330             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5334             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5335             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5336             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5340             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5341             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5342             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5346             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5347             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5348             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             final Phylogeny p10 = factory
5352                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5353                              new NHXParser() )[ 0 ];
5354             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5355             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5359             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             //
5363             final Phylogeny p12 = factory
5364                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5365                              new NHXParser() )[ 0 ];
5366             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5367             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5371             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5375             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5379             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382         }
5383         catch ( final Exception e ) {
5384             e.printStackTrace( System.out );
5385             return false;
5386         }
5387         return true;
5388     }
5389
5390     private static boolean testNHXParsingMB() {
5391         try {
5392             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5393             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5394                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5395                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5396                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5397                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5398                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5399                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5400                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5401                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5402             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5409                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             final Phylogeny p2 = factory
5419                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5420                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5421                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5422                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5423                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5424                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5425                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5426                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5427                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5428                              new NHXParser() )[ 0 ];
5429             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5433                 return false;
5434             }
5435         }
5436         catch ( final Exception e ) {
5437             e.printStackTrace( System.out );
5438             System.exit( -1 );
5439             return false;
5440         }
5441         return true;
5442     }
5443
5444     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5445         try {
5446             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5447             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5448             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5449             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5450             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5460             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5461             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5462             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5469             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478         }
5479         catch ( final Exception e ) {
5480             e.printStackTrace( System.out );
5481             return false;
5482         }
5483         return true;
5484     }
5485
5486     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5487         try {
5488             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5489             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5490             try {
5491                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5492             }
5493             catch ( final Exception e ) {
5494                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5495             }
5496             if ( xml_parser == null ) {
5497                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5498                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5499                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5500                 }
5501                 else {
5502                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5503                 }
5504             }
5505             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5506                                                               xml_parser );
5507             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5508                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5515             PhylogenyNode n = null;
5516             Distribution d = null;
5517             n = t1.getNode( "root node" );
5518             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             d = n.getNodeData().getDistribution();
5525             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( d.getPolygons() != null ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             n = t1.getNode( "node a" );
5550             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5557             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( d.getPolygons() != null ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             n = t1.getNode( "node bb" );
5582             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5589             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5602                 return false;
5603             }
5604             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5608                 return false;
5609             }
5610             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5611                 return false;
5612             }
5613             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5614             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             p = d.getPolygons().get( 1 );
5636             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             // Roundtrip:
5649             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5650             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5651             if ( rt.length != 1 ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5655             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5656             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             d = n.getNodeData().getDistribution();
5663             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( d.getPolygons() != null ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5688             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5695             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( d.getPolygons() != null ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5708                 return false;
5709             }
5710             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5714                 return false;
5715             }
5716             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5720             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5727             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             p = d.getPolygons().get( 0 );
5752             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             p = d.getPolygons().get( 1 );
5774             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5784                 return false;
5785             }
5786         }
5787         catch ( final Exception e ) {
5788             e.printStackTrace( System.out );
5789             return false;
5790         }
5791         return true;
5792     }
5793
5794     private static boolean testPostOrderIterator() {
5795         try {
5796             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5797             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5798             PhylogenyNodeIterator it0;
5799             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5800                 it0.next();
5801             }
5802             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5803                 it0.next();
5804             }
5805             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5806             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5807             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5811                 return false;
5812             }
5813             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5814                 return false;
5815             }
5816             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5817                 return false;
5818             }
5819             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5823                 return false;
5824             }
5825             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5826                 return false;
5827             }
5828             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5832                 return false;
5833             }
5834             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( it.hasNext() ) {
5853                 return false;
5854             }
5855         }
5856         catch ( final Exception e ) {
5857             e.printStackTrace( System.out );
5858             return false;
5859         }
5860         return true;
5861     }
5862
5863     private static boolean testPreOrderIterator() {
5864         try {
5865             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5866             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5867             PhylogenyNodeIterator it0;
5868             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5869                 it0.next();
5870             }
5871             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5872                 it0.next();
5873             }
5874             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5875             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( it.hasNext() ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5900             it = t1.iteratorPreorder();
5901             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( it.hasNext() ) {
5947                 return false;
5948             }
5949         }
5950         catch ( final Exception e ) {
5951             e.printStackTrace( System.out );
5952             return false;
5953         }
5954         return true;
5955     }
5956
5957     private static boolean testPropertiesMap() {
5958         try {
5959             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5960             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5961             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5962             final Property p2 = new Property( "something:else",
5963                                               "?",
5964                                               "improbable:research",
5965                                               "xsd:decimal",
5966                                               AppliesTo.NODE );
5967             pm.addProperty( p0 );
5968             pm.addProperty( p1 );
5969             pm.addProperty( p2 );
5970             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5986                 return false;
5987             }
5988             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5989             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5996                 return false;
5997             }
5998         }
5999         catch ( final Exception e ) {
6000             e.printStackTrace( System.out );
6001             return false;
6002         }
6003         return true;
6004     }
6005
6006     private static boolean testReIdMethods() {
6007         try {
6008             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6009             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6010             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6011             p.levelOrderReID();
6012             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6055                 return false;
6056             }
6057         }
6058         catch ( final Exception e ) {
6059             e.printStackTrace( System.out );
6060             return false;
6061         }
6062         return true;
6063     }
6064
6065     private static boolean testRerooting() {
6066         try {
6067             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6068             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6069                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6070             if ( !t1.isRooted() ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6074             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6075             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6076             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6077             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6078             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6079             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6080             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6081             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6082             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6083             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6084             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6085             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6086             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6087             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6088             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6089             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6090             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6091             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6092             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6093             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6094             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6095             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6096             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6097             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6098             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6099             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6100             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6101             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6120                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6121             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6122             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6123             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6124             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6125             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6126             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6127             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6128             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6129             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6130             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6131             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6132             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6133             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6134             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6135             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6136             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6137             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6138             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6139             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6140             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6141             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6142             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6143             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6144             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6145             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6146             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6147             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6148             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6149             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6150             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6151             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6152             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6153             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6154             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6155             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6156             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6157             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6158             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6159             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6160             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6161             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6162             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6163             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6164             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6165             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6166             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6173             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6180             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6190             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6200             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6207             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6214                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6215             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6216             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6226             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6236             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6243                 return false;
6244             }
6245         }
6246         catch ( final Exception e ) {
6247             e.printStackTrace( System.out );
6248             return false;
6249         }
6250         return true;
6251     }
6252
6253     private static boolean testSDIse() {
6254         try {
6255             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6256             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6257             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6258             gene1.setRooted( true );
6259             species1.setRooted( true );
6260             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6261             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             final Phylogeny species2 = factory
6265                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6266                              new NHXParser() )[ 0 ];
6267             final Phylogeny gene2 = factory
6268                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6269                              new NHXParser() )[ 0 ];
6270             species2.setRooted( true );
6271             gene2.setRooted( true );
6272             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6273             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             final Phylogeny species3 = factory
6295                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6296                              new NHXParser() )[ 0 ];
6297             final Phylogeny gene3 = factory
6298                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6299                              new NHXParser() )[ 0 ];
6300             species3.setRooted( true );
6301             gene3.setRooted( true );
6302             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6303             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             final Phylogeny species4 = factory
6313                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6314                              new NHXParser() )[ 0 ];
6315             final Phylogeny gene4 = factory
6316                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6317                              new NHXParser() )[ 0 ];
6318             species4.setRooted( true );
6319             gene4.setRooted( true );
6320             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6321             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             final Phylogeny species5 = factory
6340                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6341                              new NHXParser() )[ 0 ];
6342             final Phylogeny gene5 = factory
6343                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6344                              new NHXParser() )[ 0 ];
6345             species5.setRooted( true );
6346             gene5.setRooted( true );
6347             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6348             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6367             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6368             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6369             final Phylogeny species6 = factory
6370                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6371                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6372                              new NHXParser() )[ 0 ];
6373             final Phylogeny gene6 = factory
6374                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6375                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6376                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6377                              new NHXParser() )[ 0 ];
6378             species6.setRooted( true );
6379             gene6.setRooted( true );
6380             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6381             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             sdi6.computeMappingCostL();
6409             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6419                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6420                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6421                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6422                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6423             species7.setRooted( true );
6424             final Phylogeny gene7_1 = Test
6425                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6426             gene7_1.setRooted( true );
6427             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6428             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             final Phylogeny gene7_2 = Test
6456                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6457             gene7_2.setRooted( true );
6458             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6459             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6487                 return false;
6488             }
6489         }
6490         catch ( final Exception e ) {
6491             return false;
6492         }
6493         return true;
6494     }
6495
6496     private static boolean testSDIunrooted() {
6497         try {
6498             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6499             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6500             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6501             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6502             PhylogenyBranch br = iter.next();
6503             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             br = iter.next();
6510             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             br = iter.next();
6517             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             br = iter.next();
6524             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             br = iter.next();
6531             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             br = iter.next();
6538             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6542                 return false;
6543             }
6544             br = iter.next();
6545             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             br = iter.next();
6552             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             br = iter.next();
6559             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6563                 return false;
6564             }
6565             br = iter.next();
6566             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             br = iter.next();
6573             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             br = iter.next();
6580             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             br = iter.next();
6587             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             br = iter.next();
6594             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             br = iter.next();
6601             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( iter.hasNext() ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6611             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6612             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6613             br = iter1.next();
6614             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             br = iter1.next();
6621             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             br = iter1.next();
6628             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6629                 return false;
6630             }
6631             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6632                 return false;
6633             }
6634             if ( iter1.hasNext() ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6638             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6639             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6640             br = iter2.next();
6641             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             br = iter2.next();
6648             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             br = iter2.next();
6655             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             if ( iter2.hasNext() ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             final Phylogeny species0 = factory
6665                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6666                              new NHXParser() )[ 0 ];
6667             final Phylogeny gene1 = factory
6668                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6669                              new NHXParser() )[ 0 ];
6670             species0.setRooted( true );
6671             gene1.setRooted( true );
6672             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6673             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6674             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6675                 return false;
6676             }
6677             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6678                 return false;
6679             }
6680             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             final Phylogeny gene2 = factory
6690                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6691                              new NHXParser() )[ 0 ];
6692             gene2.setRooted( true );
6693             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6694             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             final Phylogeny species6 = factory
6710                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6711                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6712                              new NHXParser() )[ 0 ];
6713             final Phylogeny gene6 = factory
6714                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6715                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6716                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6717                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6718                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6719                              new NHXParser() )[ 0 ];
6720             species6.setRooted( true );
6721             gene6.setRooted( true );
6722             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6723             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6748                 return false;
6749             }
6750             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             p6 = null;
6763             final Phylogeny species7 = factory
6764                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6765                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6766                              new NHXParser() )[ 0 ];
6767             final Phylogeny gene7 = factory
6768                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6769                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6770                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6771                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6772                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6773                              new NHXParser() )[ 0 ];
6774             species7.setRooted( true );
6775             gene7.setRooted( true );
6776             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6777             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             p7 = null;
6817             final Phylogeny species8 = factory
6818                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6819                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6820                              new NHXParser() )[ 0 ];
6821             final Phylogeny gene8 = factory
6822                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6823                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6824                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6825                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6826                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6827                              new NHXParser() )[ 0 ];
6828             species8.setRooted( true );
6829             gene8.setRooted( true );
6830             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6831             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6859                 return false;
6860             }
6861             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6868                 return false;
6869             }
6870             p8 = null;
6871         }
6872         catch ( final Exception e ) {
6873             e.printStackTrace( System.out );
6874             return false;
6875         }
6876         return true;
6877     }
6878
6879     private static boolean testOrthologTable() {
6880         try {
6881             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6882             final Phylogeny s1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "rio_species.xml", new PhyloXmlParser() )[ 0 ];
6883             final NHXParser p = new NHXParser();
6884             p.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6885             final Phylogeny g1[] = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA
6886                     + "rio_Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt" ), p );
6887             for( final Phylogeny gt : g1 ) {
6888                 gt.setRooted( true );
6889                 final GSDI sdi = new GSDI( gt, s1, true, true, true );
6890             }
6891             final IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( g1 );
6892             // System.out.println( m.toString() );
6893         }
6894         catch ( final Exception e ) {
6895             e.printStackTrace();
6896             return false;
6897         }
6898         return true;
6899     }
6900
6901     private static boolean testSplit() {
6902         try {
6903             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6904             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6905             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6906             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6907             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6908             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6909             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6910             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6911             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6912             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6913             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6914             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6915             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6916             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6917             // System.out.println( s0.toString() );
6918             //
6919             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6922             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6933             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             //
6937             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6941             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             //
6945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6950             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6959             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             //
6963             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6967             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //
6971             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6974             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             //
6978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6984             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6992             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             //
6996             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7001             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             //
7005             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7008             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             //
7012             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7017             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             //
7021             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7027             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             //
7031             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7035             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             //
7039             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7042             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             //
7046             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7049             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             //
7053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7056             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7063             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             //
7067             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7070             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             //
7074             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7077             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             //
7081             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7085             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             //
7089             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7093             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7094                 return false;
7095             }
7096             //
7097             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7101             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             //
7105             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7108             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7110             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7111                 return false;
7112             }
7113             /////////
7114             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7115             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7116             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7118             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7119             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7120             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7121             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7122             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7123             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7124             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7125             //                return false;
7126             //            }
7127             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7128             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7129             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7130             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7131             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7132             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7133             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7134             //                return false;
7135             //            }
7136             //            //
7137             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7138             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7139             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7140             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7141             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7142             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7143             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7144             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7145             //                return false;
7146             //            }
7147             //            //
7148             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7149             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7150             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7151             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7152             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7153             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7154             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7155             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7156             //                return false;
7157             //            }
7158             //            //
7159             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7160             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7161             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7162             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7163             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7164             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7165             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7166             //                return false;
7167             //            }
7168             //            //
7169             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7170             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7171             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7172             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7173             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7174             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7175             //                return false;
7176             //            }
7177             //
7178             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7183             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             //
7187             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7192             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             ///////////////////////////
7196             //
7197             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7202             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             //
7206             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7211             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             //
7215             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7220             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             //
7224             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7229             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7230                 return false;
7231             }
7232             //
7233             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7238             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             //
7242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7246             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             //
7250             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7256             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7257                 return false;
7258             }
7259             //
7260             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7266             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             //
7270             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7276             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             //
7280             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7287             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290         }
7291         catch ( final Exception e ) {
7292             e.printStackTrace();
7293             return false;
7294         }
7295         return true;
7296     }
7297
7298     private static boolean testSplitStrict() {
7299         try {
7300             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7301             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7302             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7303             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7304             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7305             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7306             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7307             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7308             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7309             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7310             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7311             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7314             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7325             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             //
7329             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7333             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             //
7337             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7342             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             //
7346             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7351             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             //
7355             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7359             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             //
7363             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7366             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             //
7370             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7376             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             //
7380             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7384             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             //
7388             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7393             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             //
7397             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7398             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7400             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             //
7404             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7409             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             //
7413             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7419             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             //
7423             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7427             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             //
7431             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7432             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7434             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             //
7438             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7441             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7442                 return false;
7443             }
7444             //
7445             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7448             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             //
7452             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7453             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7455             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             //
7459             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7460             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7461             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7462             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             //
7466             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7469             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             //
7473             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7477             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             //
7481             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7485             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             //
7489             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7493             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             //
7497             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7502             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7503                 return false;
7504             }
7505         }
7506         catch ( final Exception e ) {
7507             e.printStackTrace();
7508             return false;
7509         }
7510         return true;
7511     }
7512
7513     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7514         try {
7515             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7516             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7517             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7518             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             t1.toNewHampshireX();
7522             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7523             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             t1.toNewHampshireX();
7527             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7528             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             t1.toNewHampshireX();
7532             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7533             t1.toNewHampshireX();
7534             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7538             t1.toNewHampshireX();
7539             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7543             t1.toNewHampshireX();
7544             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7548             t1.toNewHampshireX();
7549             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7553             t1.toNewHampshireX();
7554             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7558             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             if ( !t1.isEmpty() ) {
7562                 return false;
7563             }
7564             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7565             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7566             t2.toNewHampshireX();
7567             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7571             t2.toNewHampshireX();
7572             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7576             t2.toNewHampshireX();
7577             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7578                 return false;
7579             }
7580         }
7581         catch ( final Exception e ) {
7582             e.printStackTrace( System.out );
7583             return false;
7584         }
7585         return true;
7586     }
7587
7588     private static boolean testSupportCount() {
7589         try {
7590             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7591             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7592             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7593                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7594                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7595                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7596                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7597                                                               new NHXParser() );
7598             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7599             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7600             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7601                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7602                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7603                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7604                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7605                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7606                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7607                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7608                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7609                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7610                                                               new NHXParser() );
7611             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7612             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7613             while ( it.hasNext() ) {
7614                 final PhylogenyNode n = it.next();
7615                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7616                     return false;
7617                 }
7618             }
7619             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7620             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7621                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7622             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7623             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7624             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7655             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7656                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7657             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7658             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7659             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7690             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7691             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7692             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7696             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7697             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7698             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7702             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7703             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7704             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7708             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7709             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7710             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713         }
7714         catch ( final Exception e ) {
7715             e.printStackTrace( System.out );
7716             return false;
7717         }
7718         return true;
7719     }
7720
7721     private static boolean testSupportTransfer() {
7722         try {
7723             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7724             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7725                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7726             final Phylogeny p2 = factory
7727                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7728             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7735             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7736             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7758                 return false;
7759             }
7760         }
7761         catch ( final Exception e ) {
7762             e.printStackTrace( System.out );
7763             return false;
7764         }
7765         return true;
7766     }
7767
7768     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7769         try {
7770             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7771                                                                                                  10 );
7772             if ( results.size() != 1 ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             results = null;
7791             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7792             if ( results.size() != 1 ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             results = null;
7811             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7812             if ( results.size() != 1 ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7822                 return false;
7823             }
7824             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             results = null;
7831             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7832             if ( results.size() != 1 ) {
7833                 return false;
7834             }
7835             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7857                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7858                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7859                 return false;
7860             }
7861         }
7862         catch ( final IOException e ) {
7863             System.out.println();
7864             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7865             e.printStackTrace( System.out );
7866             return true;
7867         }
7868         catch ( final Exception e ) {
7869             return false;
7870         }
7871         return true;
7872     }
7873
7874     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7875         //The format for GenBank Accession numbers are:
7876         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7877         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7878         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7879         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7880             return false;
7881         }
7882         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7883             return false;
7884         }
7885         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7886             return false;
7887         }
7888         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7889             return false;
7890         }
7891         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7892             return false;
7893         }
7894         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7895             return false;
7896         }
7897         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7898             return false;
7899         }
7900         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7901             return false;
7902         }
7903         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7904             return false;
7905         }
7906         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7907             return false;
7908         }
7909         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7910             return false;
7911         }
7912         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7913             return false;
7914         }
7915         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7916             return false;
7917         }
7918         return true;
7919     }
7920
7921     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7922         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7923             return false;
7924         }
7925         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7926             return false;
7927         }
7928         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7929             return false;
7930         }
7931         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7932             return false;
7933         }
7934         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7935             return false;
7936         }
7937         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7938             return false;
7939         }
7940         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7941             return false;
7942         }
7943         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7944             return false;
7945         }
7946         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7947             return false;
7948         }
7949         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7950             return false;
7951         }
7952         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7953             return false;
7954         }
7955         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7956             return false;
7957         }
7958         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7959             return false;
7960         }
7961         try {
7962             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7963             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7964                 return false;
7965             }
7966             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978         }
7979         catch ( final IOException e ) {
7980             System.out.println();
7981             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7982             e.printStackTrace( System.out );
7983             return true;
7984         }
7985         catch ( final Exception e ) {
7986             return false;
7987         }
7988         return true;
7989     }
7990
7991     private static boolean testWabiTxSearch() {
7992         try {
7993             String result = "";
7994             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7995             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7996             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8000             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8004             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8008             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8009                 return false;
8010             }
8011             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8012             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8016             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8020             queries.add( "Campylobacter coli" );
8021             queries.add( "Escherichia coli" );
8022             queries.add( "Arabidopsis" );
8023             queries.add( "Trichoplax" );
8024             queries.add( "Samanea saman" );
8025             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8026             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8027             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8028             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8029             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8030             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8031             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8032             ranks.add( RANKS.GENUS );
8033             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8034             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8035             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8036             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8037         }
8038         catch ( final Exception e ) {
8039             System.out.println();
8040             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8041             e.printStackTrace( System.out );
8042             return false;
8043         }
8044         return true;
8045     }
8046
8047     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8048         try {
8049             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8050             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8051                 return false;
8052             }
8053             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8054                 return false;
8055             }
8056             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8063             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8067             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8071             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8072                 return false;
8073             }
8074         }
8075         catch ( final Exception e ) {
8076             e.printStackTrace();
8077             return false;
8078         }
8079         return true;
8080     }
8081
8082     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8083         try {
8084             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8085             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8089                 return false;
8090             }
8091             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8092             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8096                 return false;
8097             }
8098         }
8099         catch ( final Exception e ) {
8100             e.printStackTrace();
8101             return false;
8102         }
8103         return true;
8104     }
8105
8106     private static boolean testFastaParser() {
8107         try {
8108             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8115             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133         }
8134         catch ( final Exception e ) {
8135             e.printStackTrace();
8136             return false;
8137         }
8138         return true;
8139     }
8140
8141     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8142         try {
8143             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8144             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8145             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8146             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8147             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8148             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8149             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8150             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8151             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8188             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8195                 return false;
8196             }
8197             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8198             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8208             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217         }
8218         catch ( final Exception e ) {
8219             e.printStackTrace();
8220             return false;
8221         }
8222         return true;
8223     }
8224
8225     private static boolean testMafft( final String path ) {
8226         try {
8227             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8228             opts.add( "--maxiterate" );
8229             opts.add( "1000" );
8230             opts.add( "--localpair" );
8231             opts.add( "--quiet" );
8232             Msa msa = null;
8233             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8234             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8235             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241         }
8242         catch ( final Exception e ) {
8243             e.printStackTrace( System.out );
8244             return false;
8245         }
8246         return true;
8247     }
8248
8249     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8250         try {
8251             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8252             PhylogenyNode n;
8253             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8254             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8255             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8256             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8257             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8258             n = t0.getFirstExternalNode();
8259             while ( n != null ) {
8260                 ext.add( n );
8261                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8262             }
8263             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8279                 return false;
8280             }
8281             ext.clear();
8282             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8283             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8284             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8285             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8286             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8287             n = t1.getNode( "ab" );
8288             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8289             while ( n != null ) {
8290                 ext.add( n );
8291                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8292             }
8293             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8297                 return false;
8298             }
8299             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             //
8309             //
8310             ext.clear();
8311             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8312             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8313             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8314             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8315             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8316             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8317             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8318             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8319             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8320             n = t2.getNode( "ab" );
8321             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8322             while ( n != null ) {
8323                 ext.add( n );
8324                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8325             }
8326             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             //
8339             //
8340             ext.clear();
8341             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8342             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8343             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8344             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8345             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8346             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8347             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8348             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8349             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8350             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8351             n = t3.getNode( "ab" );
8352             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8353             while ( n != null ) {
8354                 ext.add( n );
8355                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8356             }
8357             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8361                 return false;
8362             }
8363             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8364                 return false;
8365             }
8366             //
8367             //
8368             ext.clear();
8369             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8370             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8371             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8372             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8373             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8374             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8375             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8376             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8377             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8378             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8379             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8380             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8381             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8382                 return false;
8383             }
8384             //
8385             //
8386             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8387             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8388             ext.clear();
8389             n = t5.getFirstExternalNode();
8390             while ( n != null ) {
8391                 ext.add( n );
8392                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8393             }
8394             if ( ext.size() != 8 ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8401                 return false;
8402             }
8403             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             //
8422             //
8423             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8424             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8425             ext.clear();
8426             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8427             n = t6.getNode( "ab" );
8428             while ( n != null ) {
8429                 ext.add( n );
8430                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8431             }
8432             if ( ext.size() != 7 ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8436                 return false;
8437             }
8438             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8454                 return false;
8455             }
8456             //
8457             //
8458             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8459             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8460             ext.clear();
8461             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8462             n = t7.getNode( "a" );
8463             while ( n != null ) {
8464                 ext.add( n );
8465                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8466             }
8467             if ( ext.size() != 7 ) {
8468                 return false;
8469             }
8470             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8471                 return false;
8472             }
8473             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             //
8492             //
8493             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8494             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8495             ext.clear();
8496             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8497             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8498             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8499             n = t8.getNode( "a" );
8500             while ( n != null ) {
8501                 ext.add( n );
8502                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8503             }
8504             if ( ext.size() != 7 ) {
8505                 return false;
8506             }
8507             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8514                 System.out.println( "2 fail" );
8515                 return false;
8516             }
8517             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             //
8530             //
8531             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8532             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8533             ext.clear();
8534             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8535             n = t9.getNode( "a" );
8536             while ( n != null ) {
8537                 ext.add( n );
8538                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8539             }
8540             if ( ext.size() != 7 ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8544                 return false;
8545             }
8546             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8547                 return false;
8548             }
8549             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8550                 return false;
8551             }
8552             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             //
8565             //
8566             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8567             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8568             ext.clear();
8569             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8570             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8571             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8572             n = t10.getNode( "a" );
8573             while ( n != null ) {
8574                 ext.add( n );
8575                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8576             }
8577             if ( ext.size() != 7 ) {
8578                 return false;
8579             }
8580             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8599                 return false;
8600             }
8601             //
8602             //
8603             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8604             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8605             ext.clear();
8606             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8607             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8608             n = t11.getNode( "a" );
8609             while ( n != null ) {
8610                 ext.add( n );
8611                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8612             }
8613             if ( ext.size() != 6 ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             //
8635             //
8636             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8637             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8638             ext.clear();
8639             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8640             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8641             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8642             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8643             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8644             n = t12.getNode( "a" );
8645             while ( n != null ) {
8646                 ext.add( n );
8647                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8648             }
8649             if ( ext.size() != 6 ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8656                 return false;
8657             }
8658             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8662                 return false;
8663             }
8664             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8668                 return false;
8669             }
8670             //
8671             //
8672             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8673             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8674             ext.clear();
8675             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8676             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8677             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8678             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8679             n = t13.getNode( "ab" );
8680             while ( n != null ) {
8681                 ext.add( n );
8682                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8683             }
8684             if ( ext.size() != 5 ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8694                 return false;
8695             }
8696             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             //
8703             //
8704             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8705             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8706             ext.clear();
8707             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8708             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8709             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8710             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8711             n = t14.getNode( "ab" );
8712             while ( n != null ) {
8713                 ext.add( n );
8714                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8715             }
8716             if ( ext.size() != 5 ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8723                 return false;
8724             }
8725             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8726                 return false;
8727             }
8728             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             //
8735             //
8736             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8737             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8738             ext.clear();
8739             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8740             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8741             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8742             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8743             n = t15.getNode( "ab" );
8744             while ( n != null ) {
8745                 ext.add( n );
8746                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8747             }
8748             if ( ext.size() != 6 ) {
8749                 return false;
8750             }
8751             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8755                 return false;
8756             }
8757             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             //
8770             //
8771             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8772             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8773             ext.clear();
8774             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8775             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8776             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8777             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8778             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8779             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8780             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8781             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8782             n = t16.getNode( "ab" );
8783             while ( n != null ) {
8784                 ext.add( n );
8785                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8786             }
8787             if ( ext.size() != 4 ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8797                 return false;
8798             }
8799             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8800                 return false;
8801             }
8802         }
8803         catch ( final Exception e ) {
8804             e.printStackTrace( System.out );
8805             return false;
8806         }
8807         return true;
8808     }
8809
8810     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8811         try {
8812             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8813             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8814             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8815             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8816             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8817             l.add( s0 );
8818             l.add( s1 );
8819             l.add( s2 );
8820             l.add( s3 );
8821             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8822             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8829                 return false;
8830             }
8831             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8832                 return false;
8833             }
8834         }
8835         catch ( final Exception e ) {
8836             e.printStackTrace( System.out );
8837             return false;
8838         }
8839         return true;
8840     }
8841
8842     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8843         try {
8844             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8845             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8846                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8847                 if ( id != null ) {
8848                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8849                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8850                 }
8851                 return false;
8852             }
8853             //
8854             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8855             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8856                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8857                 if ( id != null ) {
8858                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8859                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8860                 }
8861                 return false;
8862             }
8863             //
8864             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8865             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8866                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8867                 if ( id != null ) {
8868                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8869                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8870                 }
8871                 return false;
8872             }
8873             //
8874             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8875             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8876                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8877                 if ( id != null ) {
8878                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8879                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8880                 }
8881                 return false;
8882             }
8883             //
8884             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8885             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8886                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8887                 if ( id != null ) {
8888                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8889                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8890                 }
8891                 return false;
8892             }
8893             //
8894             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8895             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8896                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8897                 if ( id != null ) {
8898                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8899                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8900                 }
8901                 return false;
8902             }
8903             //
8904             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8905             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8906                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8907                 if ( id != null ) {
8908                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8909                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8910                 }
8911                 return false;
8912             }
8913             //
8914             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8915             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8916                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8917                 if ( id != null ) {
8918                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8919                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8920                 }
8921                 return false;
8922             }
8923             //
8924             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8925             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8926                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8927                 if ( id != null ) {
8928                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8929                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8930                 }
8931                 return false;
8932             }
8933             //
8934             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8935             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8936                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8937                 if ( id != null ) {
8938                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8939                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8940                 }
8941                 return false;
8942             }
8943             //
8944             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8945             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8946                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8947                 if ( id != null ) {
8948                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8949                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8950                 }
8951                 return false;
8952             }
8953             //
8954             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8955             if ( id != null ) {
8956                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8957                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8958                 return false;
8959             }
8960             // lcl_91970_unknown_
8961         }
8962         catch ( final Exception e ) {
8963             e.printStackTrace( System.out );
8964             return false;
8965         }
8966         return true;
8967     }
8968 }