forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  91 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  92 import org.forester.sequence.Sequence;
  93 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  94 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  95 import org.forester.tools.SupportCount;
  96 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  97 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  98 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.BasicTable;
 100 import org.forester.util.BasicTableParser;
 101 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.ForesterConstants;
 103 import org.forester.util.ForesterUtil;
 104 import org.forester.util.GeneralTable;
 105 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 106 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 108 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 113
 114 @SuppressWarnings( "unused")
 115 public final class Test {
 116
 117     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 118     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 125     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131
 132     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 133         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 134         return p;
 135     }
 136
 137     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 138         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 139         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 140     }
 141
 142     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 143         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 144     }
 145
 146     public static void main( final String[] args ) {
 147         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 148         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 149                 + "]" );
 150         Locale.setDefault( Locale.US );
 151         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 152         int failed = 0;
 153         int succeeded = 0;
 154         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 155         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 156             System.out.println( "OK.]" );
 157         }
 158         else {
 159             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 160             System.out.println( "Testing aborted." );
 161             System.exit( -1 );
 162         }
 163         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 164         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 165             System.out.println( "OK.]" );
 166         }
 167         else {
 168             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 169             System.out.println( "Testing aborted." );
 170             System.exit( -1 );
 171         }
 172         final long start_time = new Date().getTime();
 173         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 174         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 175             System.out.println( "OK." );
 176             succeeded++;
 177         }
 178         else {
 179             System.out.println( "failed." );
 180             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 202         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "NH parsing: " );
 211         if ( Test.testNHParsing() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing: " );
 229         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 238         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 247         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 274         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 292         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 310         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 319         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Copying of node data: " );
 337         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 346         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 373         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Re-id methods: " );
 382         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 391         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 400         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 409         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 418         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 427         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Rerooting: " );
 436         if ( Test.testRerooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 445         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support count: " );
 454         if ( Test.testSupportCount() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Support transfer: " );
 463         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 472         if ( Test.testGetLCA() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 481         if ( Test.testGetDistance() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "SDIse: " );
 490         if ( Test.testSDIse() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498
 499         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 500         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "GSDI: " );
 509         if ( TestGSDI.test() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 518         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 527         if ( Test.testDataObjects() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "Properties map: " );
 536         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 545         System.out.println();
 546         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 547             System.out.println( "OK." );
 548             succeeded++;
 549         }
 550         else {
 551             System.out.println( "failed." );
 552             failed++;
 553         }
 554         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 555         System.out.println();
 556         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 557             System.out.println( "OK." );
 558             succeeded++;
 559         }
 560         else {
 561             System.out.println( "failed." );
 562             failed++;
 563         }
 564         System.out.print( "GO: " );
 565         System.out.println();
 566         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Modeling tools: " );
 575         if ( TestPccx.test() ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 584         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Split Matrix: " );
 593         if ( Test.testSplit() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 602         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Basic table: " );
 611         if ( Test.testBasicTable() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "General table: " );
 620         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 629         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "General MSA parser: " );
 638         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 647         if ( Test.testFastaParser() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 656         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 665         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 674         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 683         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 692             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 693             if ( Test.testMafft() ) {
 694                 System.out.println( "OK." );
 695                 succeeded++;
 696             }
 697             else {
 698                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 699             }
 700         }
 701         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 702         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 703             System.out.println( "OK." );
 704             succeeded++;
 705         }
 706         else {
 707             System.out.println( "failed." );
 708             failed++;
 709         }
 710         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 711         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 720         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 721         //            System.out.println( "OK." );
 722         //            succeeded++;
 723         //        }
 724         //        else {
 725         //            System.out
 726         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 727         //        }
 728         System.out.println();
 729         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 730         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 731         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 732         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 733                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 734         System.out.println();
 735         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 736         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 737         System.out.println();
 738         if ( failed < 1 ) {
 739             System.out.println( "OK." );
 740         }
 741         else {
 742             System.out.println( "Not OK." );
 743         }
 744         // System.out.println();
 745         // Development.setTime( true );
 746         //try {
 747         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 748         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 749         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 750         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 751         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 752         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 753         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 754         // NHXParser() )[ 0 ];
 755         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 756         // }
 757         // catch ( final Exception e ) {
 758         //     e.printStackTrace();
 759         // }
 760         // t1.getRoot().preorderPrint();
 761         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 762         // .getInstance();
 763         // try {
 764         //
 765         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 766         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 767         // factory.create(
 768         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 769         // new NHXParser() );
 770         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 771         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 772         // factory.create(
 773         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 774         // new NHXParser() );
 775         //
 776         //
 777         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 778         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 779         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 780         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 781         // factory.create(
 782         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 783         // new NHXParser() );
 784         // factory.create(
 785         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 786         // new NHXParser() );
 787         //
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 790         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 791         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 792         //
 793         // factory.create(
 794         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 795         // new NHXParser() );
 796         // factory.create(
 797         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 798         // new NHXParser() );
 799         //
 800         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 801         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         //
 806         // }
 807         // catch ( IOException e ) {
 808         // // TODO Auto-generated catch block
 809         // e.printStackTrace();
 810         // }
 811     }
 812
 813     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 814         try {
 815             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 819             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 820                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 821             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 822                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 823             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 824                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 825             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( !n3.isExternal() ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !n3.isRoot() ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 844                 return false;
 845             }
 846         }
 847         catch ( final Exception e ) {
 848             e.printStackTrace( System.out );
 849             return false;
 850         }
 851         return true;
 852     }
 853
 854     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 855         try {
 856             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 857             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 858             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 859                                                               xml_parser );
 860             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 861                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 868             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 869             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 870             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 871             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !t1.isRooted() ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( t1.isRerootable() ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 905                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 909                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 937                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 950                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 954                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 958                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 962                     .equals( "experimental" ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 966                     .equals( "function" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 970                     .getValue() != 1 ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 974                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 978                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 982                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 986                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 990                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 994                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 998                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1002                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1006                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1010                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1017                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1024             //     return false;
1025             //}
1026             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1027             //                return false;
1028             //            }
1029             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1030             //                return false;
1031             //            }
1032             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1033             //                return false;
1034             //            }
1035             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1051             //                    .equals( "B" ) ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1055             //                return false;
1056             //            }
1057             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1064             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1065             //                return false;
1066             //            }
1067             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1068             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1069             //                return false;
1070             //            }
1071             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1072             //                return false;
1073             //            }
1074             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1084             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1085             //                ;
1086             //                return false;
1087             //            }
1088             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1089             //                return false;
1090             //            }
1091             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1092             //                return false;
1093             //            }
1094             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1095             //                return false;
1096             //            }
1097             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1110             //                                                              xml_parser );
1111             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1112             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1119             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1120             //                return false;
1121             //            }
1122             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1123             //                return false;
1124             //            }
1125             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1126             //                return false;
1127             //            }
1128             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1129             //                return false;
1130             //            }
1131         }
1132         catch ( final Exception e ) {
1133             e.printStackTrace( System.out );
1134             return false;
1135         }
1136         return true;
1137     }
1138
1139     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1140         try {
1141             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1142             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1143             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1144                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1145             }
1146             else {
1147                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1148             }
1149             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1150                                                               xml_parser );
1151             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1152                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1159             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1160             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1164             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1168                 return false;
1169             }
1170             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1177             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1178             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1179             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1192                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1196                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1200             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1201             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1202             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1203             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1207             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1223                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1233                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1237                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1241                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1245                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1249                     .equals( "experimental" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1253                     .equals( "function" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1257                     .getValue() != 1 ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1261                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1265                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1269                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1273                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1277                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1281                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1285                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1289                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1293                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1297                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1304                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1314                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1330                     .equals( "ncbi" ) ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1337                     .getName().equals( "B" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1341                     .getFrom() != 21 ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1348                     .getLength() != 24 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1352                     .getConfidence() != 2144 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1356                     .equals( "pfam" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1372             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1409                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1410                 ;
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             //
1435             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1439                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1443                 return false;
1444             }
1445             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1446                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1456                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1457                 return false;
1458             }
1459         }
1460         catch ( final Exception e ) {
1461             e.printStackTrace( System.out );
1462             return false;
1463         }
1464         return true;
1465     }
1466
1467     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1468         try {
1469             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1470             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1471             try {
1472                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1473             }
1474             catch ( final Exception e ) {
1475                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1476             }
1477             if ( xml_parser == null ) {
1478                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1479                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1480                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1481                 }
1482                 else {
1483                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1484                 }
1485             }
1486             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1487                                                               xml_parser );
1488             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1489                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1496             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1497             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1498             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1499             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1521             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1522             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1523                 System.out.println( "errors:" );
1524                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1531                                                               xml_parser );
1532             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1533                 System.out.println( "errors:" );
1534                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1535                 return false;
1536             }
1537             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1538                 return false;
1539             }
1540             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1544                                                               xml_parser );
1545             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1546                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1553             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1566                                                               xml_parser );
1567             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1568                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1575             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             s.getNode( "first" );
1579             s.getNode( "<>" );
1580             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1581             s.getNode( "'''\"" );
1582             s.getNode( "\"\"\"" );
1583             s.getNode( "dick & doof" );
1584         }
1585         catch ( final Exception e ) {
1586             e.printStackTrace( System.out );
1587             return false;
1588         }
1589         return true;
1590     }
1591
1592     private static boolean testBasicTable() {
1593         try {
1594             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1595             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1602             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1603             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1604             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1605             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1606             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1607             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1608             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1609             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1640             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1641             source.append( "" + l );
1642             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1643             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1644             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1645             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1646             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1647             source.append( "40 41 42 43" + l );
1648             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1649             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1650             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1651             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1670             source1.append( "" + l );
1671             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1672             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1673             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1674             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1675             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1676             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1677             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1678             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1679             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1680             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1705             source2.append( "" + l );
1706             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1707             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1708             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1709             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1710             source2.append( "                     " + l );
1711             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1712             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1713             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1714             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1715             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1716                                                                         ";",
1717                                                                         false,
1718                                                                         "comment:",
1719                                                                         false );
1720             if ( tl.size() != 2 ) {
1721                 return false;
1722             }
1723             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1724             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1725             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1741                 return false;
1742             }
1743         }
1744         catch ( final Exception e ) {
1745             e.printStackTrace( System.out );
1746             return false;
1747         }
1748         return true;
1749     }
1750
1751     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1752         try {
1753             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1754             final TolParser parser = new TolParser();
1755             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1756             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1757                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1764             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t1.isRooted() ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1783             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1784                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1791             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !t2.isRooted() ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1813                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1817             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1818                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1825             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1838             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1839                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1846             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1859             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1860                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1867             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879         }
1880         catch ( final Exception e ) {
1881             e.printStackTrace( System.out );
1882             return false;
1883         }
1884         return true;
1885     }
1886
1887     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1888         try {
1889             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1890             final Phylogeny t1 = factory.create();
1891             if ( !t1.isEmpty() ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1895             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1896                 return false;
1897             }
1898             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             if ( t2.isEmpty() ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1908             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1912                 return false;
1913             }
1914             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1918             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1919             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1929             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1930             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1937             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1938             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1942             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1943             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1947             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1948             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final char[] a9 = new char[] {};
1955             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1956             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1960             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1961             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964         }
1965         catch ( final Exception e ) {
1966             e.printStackTrace( System.out );
1967             return false;
1968         }
1969         return true;
1970     }
1971
1972     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1973         try {
1974             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1975             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1976             final Phylogeny[] ev0 = factory
1977                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1978                              new NHXParser() );
1979             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1980             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1987             final Phylogeny[] ev1 = factory
1988                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1989                              new NHXParser() );
1990             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1991             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1998             final Phylogeny[] ev_b = factory
1999                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2000                              new NHXParser() );
2001             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2002             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2003             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             //
2010             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2011             final Phylogeny[] ev1x = factory
2012                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2013                              new NHXParser() );
2014             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2015             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2019                 return false;
2020             }
2021             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2022             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2023                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2024                              new NHXParser() );
2025             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2026             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             //
2033             final Phylogeny[] t2 = factory
2034                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2035                              new NHXParser() );
2036             final Phylogeny[] ev2 = factory
2037                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2038                              new NHXParser() );
2039             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2040                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2041             }
2042             //
2043             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2044                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2045             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2046             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2047             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056         }
2057         catch ( final Exception e ) {
2058             e.printStackTrace();
2059             return false;
2060         }
2061         return true;
2062     }
2063
2064     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2065         try {
2066             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2067                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2068             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2069             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072         }
2073         catch ( final Exception e ) {
2074             e.printStackTrace();
2075             return false;
2076         }
2077         return true;
2078     }
2079
2080     private static boolean testDataObjects() {
2081         try {
2082             final Confidence s0 = new Confidence();
2083             final Confidence s1 = new Confidence();
2084             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2088             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2089             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2096             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             s3.asSimpleText();
2100             s3.asText();
2101             // Taxonomy
2102             // ----------
2103             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2104             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2105             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2106             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2107             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2108             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2109             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2110             t1.setScientificName( "E. coli" );
2111             t1.setCommonName( "coli" );
2112             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2113             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2114                 return false;
2115             }
2116             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2117             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2118             t2.setScientificName( "what" );
2119             t2.setCommonName( "something" );
2120             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2121                 return false;
2122             }
2123             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2124             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             t1.setIdentifier( null );
2128             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2129             t3.setScientificName( "what" );
2130             t3.setCommonName( "something" );
2131             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             t1.setIdentifier( null );
2135             t1.setTaxonomyCode( "" );
2136             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2137             t4.setCommonName( "something" );
2138             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2142             t4.setCommonName( "something" );
2143             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             t1.setIdentifier( null );
2147             t1.setTaxonomyCode( "" );
2148             t1.setScientificName( "" );
2149             t5.setCommonName( "COLI" );
2150             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             t5.setCommonName( "vibrio" );
2154             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2155                 return false;
2156             }
2157             // Identifier
2158             // ----------
2159             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2160             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2161             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             id1.asSimpleText();
2171             id1.asText();
2172             // ProteinDomain
2173             // ---------------
2174             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2175             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2176             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             pd1.asSimpleText();
2183             pd1.asText();
2184             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2185             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2186             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             pd3.asSimpleText();
2196             pd3.asText();
2197             // DomainArchitecture
2198             // ------------------
2199             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2200             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2201             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2202             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2203             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2204             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2205             domains0.add( d2 );
2206             domains0.add( d0 );
2207             domains0.add( d3 );
2208             domains0.add( d1 );
2209             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2210             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2214             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2224             domains1.add( d1 );
2225             domains1.add( d2 );
2226             domains1.add( d4 );
2227             domains1.add( d0 );
2228             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2229             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             ds1.asSimpleText();
2233             ds1.asText();
2234             ds1.toNHX();
2235             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2236             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2237                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2238                 return false;
2239             }
2240             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             // Event
2244             // -----
2245             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2246             if ( e1.isDuplication() ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e1.isFusion() ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2259             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2266             if ( e2.isDuplication() ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2285             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2289             if ( e3.isDuplication() ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( e3.isSpeciation() ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2302             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2303             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             e3 = null;
2307             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2311             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2318             e4 = null;
2319             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2320             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             final Event e5 = new Event();
2327             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2337             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2344             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2351             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2355                 return false;
2356             }
2357         }
2358         catch ( final Exception e ) {
2359             e.printStackTrace( System.out );
2360             return false;
2361         }
2362         return true;
2363     }
2364
2365     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2366         try {
2367             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2368             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2369             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2370             if ( t0.isEmpty() ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2377             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( !t0.isEmpty() ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2384             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2388             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2395             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2399             if ( !t1.isEmpty() ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2403             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2407             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             t2.toNewHampshireX();
2411             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2412             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2416             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2420             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2424             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2428             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             n = t3.getNode( "A" );
2432             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             n = n.getNextExternalNode();
2436             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2440             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             n = t3.getNode( "C" );
2444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2452             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2456             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2460             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2461                 return false;
2462             }
2463             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2464             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2472             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             n = t4.getNode( "A" );
2476             n = n.getNextExternalNode();
2477             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             n = n.getNextExternalNode();
2481             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2485             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2489             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2490             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2494             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2498             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2499             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2503             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2508             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2512             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2516             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2517             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2525             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2526             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2535             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2543             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2544             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2552             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2553                 return false;
2554             }
2555             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2556             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2560             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2561             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2565             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2573             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2577             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2581             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2585             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2589             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2593             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2597             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2601             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2602                 return false;
2603             }
2604             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2605             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2609             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2613             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2617             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2618             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2622             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2626             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2627             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2631             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2635             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2636             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2640             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2645                 return false;
2646             }
2647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659         }
2660         catch ( final Exception e ) {
2661             e.printStackTrace( System.out );
2662             return false;
2663         }
2664         return true;
2665     }
2666
2667     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2668         try {
2669             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2670             dss1.addValue( 82 );
2671             dss1.addValue( 78 );
2672             dss1.addValue( 70 );
2673             dss1.addValue( 58 );
2674             dss1.addValue( 42 );
2675             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             dss1.addValue( 123 );
2712             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2722             dss2.addValue( -1.85 );
2723             dss2.addValue( 57.5 );
2724             dss2.addValue( 92.78 );
2725             dss2.addValue( 57.78 );
2726             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2733             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             dss2.addValue( -100 );
2737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2741                 return false;
2742             }
2743             final double[] ds = new double[ 14 ];
2744             ds[ 0 ] = 34;
2745             ds[ 1 ] = 23;
2746             ds[ 2 ] = 1;
2747             ds[ 3 ] = 32;
2748             ds[ 4 ] = 11;
2749             ds[ 5 ] = 2;
2750             ds[ 6 ] = 12;
2751             ds[ 7 ] = 33;
2752             ds[ 8 ] = 13;
2753             ds[ 9 ] = 22;
2754             ds[ 10 ] = 21;
2755             ds[ 11 ] = 35;
2756             ds[ 12 ] = 24;
2757             ds[ 13 ] = 31;
2758             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2759             if ( bins.length != 4 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2775             ds1[ 0 ] = 10.0;
2776             ds1[ 1 ] = 19.0;
2777             ds1[ 2 ] = 9.999;
2778             ds1[ 3 ] = 0.0;
2779             ds1[ 4 ] = 39.9;
2780             ds1[ 5 ] = 39.999;
2781             ds1[ 6 ] = 30.0;
2782             ds1[ 7 ] = 19.999;
2783             ds1[ 8 ] = 30.1;
2784             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2785             if ( bins1.length != 4 ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2801             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2814             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2827             dss3.addValue( 1 );
2828             dss3.addValue( 1 );
2829             dss3.addValue( 1 );
2830             dss3.addValue( 2 );
2831             dss3.addValue( 3 );
2832             dss3.addValue( 4 );
2833             dss3.addValue( 5 );
2834             dss3.addValue( 5 );
2835             dss3.addValue( 5 );
2836             dss3.addValue( 6 );
2837             dss3.addValue( 7 );
2838             dss3.addValue( 8 );
2839             dss3.addValue( 9 );
2840             dss3.addValue( 10 );
2841             dss3.addValue( 10 );
2842             dss3.addValue( 10 );
2843             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2844             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2845             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2846         }
2847         catch ( final Exception e ) {
2848             e.printStackTrace( System.out );
2849             return false;
2850         }
2851         return true;
2852     }
2853
2854     private static boolean testDir( final String file ) {
2855         try {
2856             final File f = new File( file );
2857             if ( !f.exists() ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             if ( !f.isDirectory() ) {
2861                 return false;
2862             }
2863             if ( !f.canRead() ) {
2864                 return false;
2865             }
2866         }
2867         catch ( final Exception e ) {
2868             return false;
2869         }
2870         return true;
2871     }
2872
2873     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2874         try {
2875             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2876             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2877             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2878             n = n.getNextExternalNode();
2879             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n = n.getNextExternalNode();
2883             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n = n.getNextExternalNode();
2887             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             n = t1.getNode( "B" );
2891             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2892                 n = n.getNextExternalNode();
2893             }
2894             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2895             n = t2.getNode( "A" );
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = t2.getNode( "B" );
2909             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2910                 n = n.getNextExternalNode();
2911             }
2912             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2913             n = t3.getNode( "A" );
2914             n = n.getNextExternalNode();
2915             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             n = n.getNextExternalNode();
2919             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             n = n.getNextExternalNode();
2923             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             n = n.getNextExternalNode();
2927             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             n = n.getNextExternalNode();
2931             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             n = n.getNextExternalNode();
2935             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             n = n.getNextExternalNode();
2939             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2940                 return false;
2941             }
2942             n = t3.getNode( "B" );
2943             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2944                 n = n.getNextExternalNode();
2945             }
2946             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2947             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2948                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2949             }
2950             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2951             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2952                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2953             }
2954         }
2955         catch ( final Exception e ) {
2956             e.printStackTrace( System.out );
2957             return false;
2958         }
2959         return true;
2960     }
2961
2962     private static boolean testGeneralTable() {
2963         try {
2964             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2965             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2966             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2967             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2968             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2969             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2970             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2971             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2972             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2973             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2977                 return false;
2978             }
2979             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3001             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3002             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3003             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3004             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3005             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3006             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3007             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3008             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3009             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3010             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040         }
3041         catch ( final Exception e ) {
3042             e.printStackTrace( System.out );
3043             return false;
3044         }
3045         return true;
3046     }
3047
3048     private static boolean testGetDistance() {
3049         try {
3050             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3051             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3052                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3053             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3148                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3149             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182         }
3183         catch ( final Exception e ) {
3184             e.printStackTrace( System.out );
3185             return false;
3186         }
3187         return true;
3188     }
3189
3190     private static boolean testGetLCA() {
3191         try {
3192             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3193             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3194                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3195             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3196             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3197             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3201             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3205             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3209             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3213             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3217             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3221             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3225             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3229             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3233             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3237             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3241             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3245             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3249             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3253             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3257             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3261             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3265             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3269             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3273             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3277             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3281             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3285             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3289             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3290             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3294             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3298             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3302             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3306             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3310             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3314             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3318             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny p3 = factory
3322                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3323                              new NHXParser() )[ 0 ];
3324             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3325             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3329             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3333             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3337             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3341             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3348             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             if ( !al_3.isRoot() ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3355             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3362             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3369             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3373             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3374             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3378             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3379             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3383             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3384             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3388             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3389             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3390                 return false;
3391             }
3392         }
3393         catch ( final Exception e ) {
3394             e.printStackTrace( System.out );
3395             return false;
3396         }
3397         return true;
3398     }
3399
3400     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3401         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3402         try {
3403             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3404                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3405             parser1.parse();
3406             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3407                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3408             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3409             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             if ( proteins.size() != 4 ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3425             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3432             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3439             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3443             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473         }
3474         catch ( final Exception e ) {
3475             e.printStackTrace( System.out );
3476             return false;
3477         }
3478         return true;
3479     }
3480
3481     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3482         try {
3483             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3484             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3485             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3486             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3487             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3491             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3495             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3499             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3500                 return false;
3501             }
3502         }
3503         catch ( final Exception e ) {
3504             e.printStackTrace( System.out );
3505             return false;
3506         }
3507         return true;
3508     }
3509
3510     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3511         try {
3512             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3513             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3514             PhylogenyNodeIterator it0;
3515             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3516                 it0.next();
3517             }
3518             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3519                 it0.next();
3520             }
3521             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3522             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( it.hasNext() ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3547                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3548             PhylogenyNodeIterator it2;
3549             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3550                 it2.next();
3551             }
3552             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3553                 it2.next();
3554             }
3555             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3556             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( it3.hasNext() ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3635             PhylogenyNodeIterator it4;
3636             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3637                 it4.next();
3638             }
3639             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3640                 it4.next();
3641             }
3642             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3643             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3659             PhylogenyNodeIterator it6;
3660             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3661                 it6.next();
3662             }
3663             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3664                 it6.next();
3665             }
3666             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3667             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( it.hasNext() ) {
3671                 return false;
3672             }
3673         }
3674         catch ( final Exception e ) {
3675             e.printStackTrace( System.out );
3676             return false;
3677         }
3678         return true;
3679     }
3680
3681     private static boolean testMidpointrooting() {
3682         try {
3683             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3684             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3685                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3686             if ( !t1.isRooted() ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3690             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3709             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3710             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728         }
3729         catch ( final Exception e ) {
3730             e.printStackTrace( System.out );
3731             return false;
3732         }
3733         return true;
3734     }
3735
3736     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3737         try {
3738             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3739             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3740             parser.parse();
3741             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3742             if ( labels.length != 7 ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3767             parser.parse();
3768             labels = parser.getCharStateLabels();
3769             if ( labels.length != 7 ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793         }
3794         catch ( final Exception e ) {
3795             e.printStackTrace( System.out );
3796             return false;
3797         }
3798         return true;
3799     }
3800
3801     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3802         try {
3803             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3804             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3805             parser.parse();
3806             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3807             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             //            if ( labels.length != 7 ) {
3835             //                return false;
3836             //            }
3837             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3838             //                return false;
3839             //            }
3840             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3841             //                return false;
3842             //            }
3843             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3844             //                return false;
3845             //            }
3846             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3850             //                return false;
3851             //            }
3852             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3859             //            parser.parse();
3860             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3861             //            if ( labels.length != 7 ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885         }
3886         catch ( final Exception e ) {
3887             e.printStackTrace( System.out );
3888             return false;
3889         }
3890         return true;
3891     }
3892
3893     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3894         try {
3895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3896             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3897             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3898             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             phylogenies = null;
3908             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3909             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             phylogenies = null;
3919             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3920             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             phylogenies = null;
3933             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3934             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057         }
4058         catch ( final Exception e ) {
4059             e.printStackTrace( System.out );
4060             return false;
4061         }
4062         return true;
4063     }
4064
4065     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4066         try {
4067             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4068             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4069             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4070             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4086                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             phylogenies = null;
4090             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4091             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4110                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4129                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4148                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             phylogenies = null;
4152             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4153             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4172                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4191                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4210                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213         }
4214         catch ( final Exception e ) {
4215             e.printStackTrace( System.out );
4216             return false;
4217         }
4218         return true;
4219     }
4220
4221     private static boolean testNHParsing() {
4222         try {
4223             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4224             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4225             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4229             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4230             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4231             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4232             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             final Phylogeny p1b = factory
4239                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4240                              new NHXParser() )[ 0 ];
4241             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4248             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4249             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4250             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4251             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4252             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4253             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4254             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4255             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4256             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4257             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4258                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4259                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4260                                                     new NHXParser() );
4261             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4274             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4275             final String p16_S = "((A,B),C)";
4276             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4277             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4281             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4282             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4286             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4287             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4291             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4292             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4296             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4297             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4301             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4302             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4306             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4307             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4311             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4312             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4316             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4317             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4321             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4322             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4323             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4330                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4331                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4332                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4333                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4334                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4335                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4336                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4337             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4338             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             final String p26_S = "(A,B)ab";
4342             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4343             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4347             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4348                                                     new NHXParser() );
4349             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4353             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4354             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4355             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4356             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4357                                                     new NHXParser() );
4358             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4371             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4372             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4376             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4377             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4381             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4382             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             final String p33_S = "A";
4386             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4387             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             final String p34_S = "B;";
4391             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4392             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             final String p35_S = "B:0.2";
4396             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4397             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             final String p36_S = "(A)";
4401             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4402             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             final String p37_S = "((A))";
4406             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4407             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4411             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4412             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4416             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4417             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             final String p40_S = "(A,B,C)";
4421             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4422             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4426             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4427             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4431             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4432             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4436             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4437             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4441             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4442             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4446             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4447             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             final String p46_S = "";
4451             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4452             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4456             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4460             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             final Phylogeny p49 = factory
4464                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4465                              new NHXParser() )[ 0 ];
4466             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4470             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4474                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4481                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4485             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4489             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             final Phylogeny p53 = factory
4493                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4494                              new NHXParser() )[ 0 ];
4495             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             //
4499             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4500             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4504                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4505                 return false;
4506             }
4507         }
4508         catch ( final Exception e ) {
4509             e.printStackTrace( System.out );
4510             return false;
4511         }
4512         return true;
4513     }
4514
4515     private static boolean testNHXconversion() {
4516         try {
4517             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4518             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4519             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4520             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4521             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4522                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4523             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4524                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4525             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             if ( !n5.toNewHampshireX()
4538                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4542                 return false;
4543             }
4544         }
4545         catch ( final Exception e ) {
4546             e.printStackTrace( System.out );
4547             return false;
4548         }
4549         return true;
4550     }
4551
4552     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4553         try {
4554             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4555             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4556             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4557             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4558             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4559                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4560             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             if ( n3.isDuplication() ) {
4567                 return false;
4568             }
4569             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( !n5.isDuplication() ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4606                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4607                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4608             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4615                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4616                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4617             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4624                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4625             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4629                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4630             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4637                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4638             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4639                 return false;
4640             }
4641             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4645                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4646             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4653                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4654             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4661                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4662             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4669                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4670             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4677                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4678             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4685                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4686             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4693                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4694             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4701                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4702             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4709                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4710                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4711             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4718                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4719                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4720             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4727                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4728                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4729             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4736                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4737                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4738             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4745                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4746             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4753                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4754             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4761                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4762             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4769                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4770             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4777                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4778                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4779             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4789                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4790                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4791             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4801                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4802             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4809                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4810             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4817             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4818             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4861                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4862             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4887             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4891             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4895                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4896                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4897             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4904                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4905                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4906             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4913                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4914                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4915             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4925                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4926                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4927             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4937                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4938                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4939             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4946                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4947             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956         }
4957         catch ( final Exception e ) {
4958             e.printStackTrace( System.out );
4959             return false;
4960         }
4961         return true;
4962     }
4963
4964     private static boolean testNHXParsing() {
4965         try {
4966             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4967             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4968             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4972             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4973             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4977             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4978             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             final Phylogeny[] p3 = factory
4982                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4983                              new NHXParser() );
4984             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final Phylogeny[] p4 = factory
4988                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4989                              new NHXParser() );
4990             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final Phylogeny[] p5 = factory
4994                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4995                              new NHXParser() );
4996             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5000             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5001             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5002             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5006             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5007             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5008             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5012             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5013             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5014             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5018             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             final Phylogeny p10 = factory
5022                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5023                              new NHXParser() )[ 0 ];
5024             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027         }
5028         catch ( final Exception e ) {
5029             e.printStackTrace( System.out );
5030             return false;
5031         }
5032         return true;
5033     }
5034
5035     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5036         try {
5037             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5038             final NHXParser p = new NHXParser();
5039             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5040             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5044             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5054                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5073             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5074             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5075             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5079             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5080             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5081             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5085             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5086             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5087             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5091             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5092             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5093             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             final Phylogeny p10 = factory
5097                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5098                              new NHXParser() )[ 0 ];
5099             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5100             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5104             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             //
5108             final Phylogeny p12 = factory
5109                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5110                              new NHXParser() )[ 0 ];
5111             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5112             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5116             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5120             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5124             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127         }
5128         catch ( final Exception e ) {
5129             e.printStackTrace( System.out );
5130             return false;
5131         }
5132         return true;
5133     }
5134
5135     private static boolean testNHXParsingMB() {
5136         try {
5137             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5138             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5139                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5140                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5141                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5142                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5143                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5144                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5145                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5146                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5147             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5154                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             final Phylogeny p2 = factory
5164                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5165                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5166                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5167                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5168                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5169                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5170                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5171                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5172                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5173                              new NHXParser() )[ 0 ];
5174             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5178                 return false;
5179             }
5180         }
5181         catch ( final Exception e ) {
5182             e.printStackTrace( System.out );
5183             System.exit( -1 );
5184             return false;
5185         }
5186         return true;
5187     }
5188
5189     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5190         try {
5191             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5192             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5193             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5194             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5195             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5205             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5206             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5207             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5214             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223         }
5224         catch ( final Exception e ) {
5225             e.printStackTrace( System.out );
5226             return false;
5227         }
5228         return true;
5229     }
5230
5231     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5232         try {
5233             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5234             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5235             try {
5236                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5237             }
5238             catch ( final Exception e ) {
5239                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5240             }
5241             if ( xml_parser == null ) {
5242                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5243                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5244                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5245                 }
5246                 else {
5247                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5248                 }
5249             }
5250             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5251                                                               xml_parser );
5252             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5253                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5260             PhylogenyNode n = null;
5261             Distribution d = null;
5262             n = t1.getNode( "root node" );
5263             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             d = n.getNodeData().getDistribution();
5270             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( d.getPolygons() != null ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             n = t1.getNode( "node a" );
5295             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5302             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( d.getPolygons() != null ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             n = t1.getNode( "node bb" );
5327             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5334             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5359             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5375                 return false;
5376             }
5377             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5378                 return false;
5379             }
5380             p = d.getPolygons().get( 1 );
5381             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             // Roundtrip:
5394             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5395             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5396             if ( rt.length != 1 ) {
5397                 return false;
5398             }
5399             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5400             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5401             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             d = n.getNodeData().getDistribution();
5408             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             if ( d.getPolygons() != null ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5433             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5440             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5444                 return false;
5445             }
5446             if ( d.getPolygons() != null ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5465             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5472             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             p = d.getPolygons().get( 0 );
5497             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             p = d.getPolygons().get( 1 );
5519             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531         }
5532         catch ( final Exception e ) {
5533             e.printStackTrace( System.out );
5534             return false;
5535         }
5536         return true;
5537     }
5538
5539     private static boolean testPostOrderIterator() {
5540         try {
5541             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5542             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5543             PhylogenyNodeIterator it0;
5544             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5545                 it0.next();
5546             }
5547             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5548                 it0.next();
5549             }
5550             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5551             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5552             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( it.hasNext() ) {
5598                 return false;
5599             }
5600         }
5601         catch ( final Exception e ) {
5602             e.printStackTrace( System.out );
5603             return false;
5604         }
5605         return true;
5606     }
5607
5608     private static boolean testPreOrderIterator() {
5609         try {
5610             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5611             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5612             PhylogenyNodeIterator it0;
5613             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5614                 it0.next();
5615             }
5616             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5617                 it0.next();
5618             }
5619             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5620             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( it.hasNext() ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5645             it = t1.iteratorPreorder();
5646             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( it.hasNext() ) {
5692                 return false;
5693             }
5694         }
5695         catch ( final Exception e ) {
5696             e.printStackTrace( System.out );
5697             return false;
5698         }
5699         return true;
5700     }
5701
5702     private static boolean testPropertiesMap() {
5703         try {
5704             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5705             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5706             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5707             final Property p2 = new Property( "something:else",
5708                                               "?",
5709                                               "improbable:research",
5710                                               "xsd:decimal",
5711                                               AppliesTo.NODE );
5712             pm.addProperty( p0 );
5713             pm.addProperty( p1 );
5714             pm.addProperty( p2 );
5715             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5734             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5741                 return false;
5742             }
5743         }
5744         catch ( final Exception e ) {
5745             e.printStackTrace( System.out );
5746             return false;
5747         }
5748         return true;
5749     }
5750
5751     private static boolean testReIdMethods() {
5752         try {
5753             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5754             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5755             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5756             p.levelOrderReID();
5757             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802         }
5803         catch ( final Exception e ) {
5804             e.printStackTrace( System.out );
5805             return false;
5806         }
5807         return true;
5808     }
5809
5810     private static boolean testRerooting() {
5811         try {
5812             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5813             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5814                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5815             if ( !t1.isRooted() ) {
5816                 return false;
5817             }
5818             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5820             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5821             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5822             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5846             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5865                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5911             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5918             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5925             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5935             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5945             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5952             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5959                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5960             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5961             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5962                 return false;
5963             }
5964             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5965                 return false;
5966             }
5967             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5968                 return false;
5969             }
5970             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5971             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5981             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5988                 return false;
5989             }
5990         }
5991         catch ( final Exception e ) {
5992             e.printStackTrace( System.out );
5993             return false;
5994         }
5995         return true;
5996     }
5997
5998     private static boolean testSDIse() {
5999         try {
6000             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6001             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6002             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6003             gene1.setRooted( true );
6004             species1.setRooted( true );
6005             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6006             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             final Phylogeny species2 = factory
6010                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6011                              new NHXParser() )[ 0 ];
6012             final Phylogeny gene2 = factory
6013                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6014                              new NHXParser() )[ 0 ];
6015             species2.setRooted( true );
6016             gene2.setRooted( true );
6017             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6018             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             final Phylogeny species3 = factory
6040                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6041                              new NHXParser() )[ 0 ];
6042             final Phylogeny gene3 = factory
6043                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6044                              new NHXParser() )[ 0 ];
6045             species3.setRooted( true );
6046             gene3.setRooted( true );
6047             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6048             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             final Phylogeny species4 = factory
6058                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6059                              new NHXParser() )[ 0 ];
6060             final Phylogeny gene4 = factory
6061                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6062                              new NHXParser() )[ 0 ];
6063             species4.setRooted( true );
6064             gene4.setRooted( true );
6065             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6066             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             final Phylogeny species5 = factory
6085                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6086                              new NHXParser() )[ 0 ];
6087             final Phylogeny gene5 = factory
6088                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6089                              new NHXParser() )[ 0 ];
6090             species5.setRooted( true );
6091             gene5.setRooted( true );
6092             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6093             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6112             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6113             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6114             final Phylogeny species6 = factory
6115                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6116                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6117                              new NHXParser() )[ 0 ];
6118             final Phylogeny gene6 = factory
6119                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6120                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6121                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6122                              new NHXParser() )[ 0 ];
6123             species6.setRooted( true );
6124             gene6.setRooted( true );
6125             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6126             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             sdi6.computeMappingCostL();
6154             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6164                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6165                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6166                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6167                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6168             species7.setRooted( true );
6169             final Phylogeny gene7_1 = Test
6170                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6171             gene7_1.setRooted( true );
6172             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6173             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             final Phylogeny gene7_2 = Test
6201                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6202             gene7_2.setRooted( true );
6203             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6204             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6232                 return false;
6233             }
6234         }
6235         catch ( final Exception e ) {
6236             return false;
6237         }
6238         return true;
6239     }
6240
6241     private static boolean testSDIunrooted() {
6242         try {
6243             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6244             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6245             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6246             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6247             PhylogenyBranch br = iter.next();
6248             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             br = iter.next();
6255             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             br = iter.next();
6262             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             br = iter.next();
6269             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             br = iter.next();
6276             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             br = iter.next();
6283             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             br = iter.next();
6290             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             br = iter.next();
6297             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             br = iter.next();
6304             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             br = iter.next();
6311             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             br = iter.next();
6318             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             br = iter.next();
6325             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             br = iter.next();
6332             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             br = iter.next();
6339             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             br = iter.next();
6346             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( iter.hasNext() ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6356             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6357             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6358             br = iter1.next();
6359             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             br = iter1.next();
6366             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             br = iter1.next();
6373             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( iter1.hasNext() ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6383             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6384             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6385             br = iter2.next();
6386             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6390                 return false;
6391             }
6392             br = iter2.next();
6393             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             br = iter2.next();
6400             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( iter2.hasNext() ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             final Phylogeny species0 = factory
6410                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6411                              new NHXParser() )[ 0 ];
6412             final Phylogeny gene1 = factory
6413                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6414                              new NHXParser() )[ 0 ];
6415             species0.setRooted( true );
6416             gene1.setRooted( true );
6417             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6418             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6419             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             final Phylogeny gene2 = factory
6435                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6436                              new NHXParser() )[ 0 ];
6437             gene2.setRooted( true );
6438             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6439             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             final Phylogeny species6 = factory
6455                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6456                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6457                              new NHXParser() )[ 0 ];
6458             final Phylogeny gene6 = factory
6459                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6460                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6461                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6462                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6463                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6464                              new NHXParser() )[ 0 ];
6465             species6.setRooted( true );
6466             gene6.setRooted( true );
6467             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6468             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             p6 = null;
6508             final Phylogeny species7 = factory
6509                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6510                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6511                              new NHXParser() )[ 0 ];
6512             final Phylogeny gene7 = factory
6513                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6514                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6515                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6516                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6517                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6518                              new NHXParser() )[ 0 ];
6519             species7.setRooted( true );
6520             gene7.setRooted( true );
6521             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6522             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             p7 = null;
6562             final Phylogeny species8 = factory
6563                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6564                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6565                              new NHXParser() )[ 0 ];
6566             final Phylogeny gene8 = factory
6567                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6568                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6569                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6570                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6571                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6572                              new NHXParser() )[ 0 ];
6573             species8.setRooted( true );
6574             gene8.setRooted( true );
6575             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6576             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             p8 = null;
6616         }
6617         catch ( final Exception e ) {
6618             e.printStackTrace( System.out );
6619             return false;
6620         }
6621         return true;
6622     }
6623
6624     private static boolean testSplit() {
6625         try {
6626             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6627             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6628             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6629             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6630             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6631             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6632             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6633             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6634             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6635             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6636             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6637             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6638             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6639             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6640             // System.out.println( s0.toString() );
6641             //
6642             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6645             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6656             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             //
6660             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6664             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //
6668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6673             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             //
6677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6682             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             //
6686             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6690             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             //
6694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6697             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             //
6701             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6707             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             //
6711             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6715             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             //
6719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6724             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6731             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             //
6735             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6740             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             //
6744             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6750             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             //
6754             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6758             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             //
6762             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             //
6769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6772             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6773                 return false;
6774             }
6775             //
6776             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6779             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             //
6783             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6786             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             //
6790             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6793             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             //
6797             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6800             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             //
6804             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6808             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             //
6812             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6816             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             //
6820             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6821             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6824             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             //
6828             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6829             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6833             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             /////////
6837             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6838             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6839             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6840             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6841             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6842             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6847             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6848             //                return false;
6849             //            }
6850             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6856             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6857             //                return false;
6858             //            }
6859             //            //
6860             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6867             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6868             //                return false;
6869             //            }
6870             //            //
6871             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6872             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6878             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6879             //                return false;
6880             //            }
6881             //            //
6882             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6883             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6887             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6888             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6889             //                return false;
6890             //            }
6891             //            //
6892             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6893             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6896             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6897             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6898             //                return false;
6899             //            }
6900             //
6901             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6906             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             //
6910             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6915             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             ///////////////////////////
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6925             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             //
6929             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6934             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6943             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6961             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             //
6965             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6969             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             //
6973             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6979             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             //
6983             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6989             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             //
6993             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6999             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             //
7003             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7010             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013         }
7014         catch ( final Exception e ) {
7015             e.printStackTrace();
7016             return false;
7017         }
7018         return true;
7019     }
7020
7021     private static boolean testSplitStrict() {
7022         try {
7023             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7024             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7025             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7026             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7027             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7028             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7029             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7030             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7031             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7032             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7033             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7034             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7037             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7048             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             //
7052             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7056             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7065             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             //
7069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7074             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             //
7078             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7082             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             //
7086             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7089             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             //
7093             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7094             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7099             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             //
7103             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7107             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7108                 return false;
7109             }
7110             //
7111             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7116             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             //
7120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7123             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             //
7127             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7132             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7133                 return false;
7134             }
7135             //
7136             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7142             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             //
7146             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7150             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             //
7154             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7157             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7158                 return false;
7159             }
7160             //
7161             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7162             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7164             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             //
7168             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7171             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             //
7175             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7178             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             //
7182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7185             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             //
7189             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7192             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             //
7196             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7200             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7201                 return false;
7202             }
7203             //
7204             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7208             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             //
7212             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7216             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             //
7220             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7225             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228         }
7229         catch ( final Exception e ) {
7230             e.printStackTrace();
7231             return false;
7232         }
7233         return true;
7234     }
7235
7236     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7237         try {
7238             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7239             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7240             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7241             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             t1.toNewHampshireX();
7245             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7246             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             t1.toNewHampshireX();
7250             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7251             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             t1.toNewHampshireX();
7255             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7256             t1.toNewHampshireX();
7257             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7258                 return false;
7259             }
7260             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7261             t1.toNewHampshireX();
7262             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7266             t1.toNewHampshireX();
7267             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7271             t1.toNewHampshireX();
7272             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7276             t1.toNewHampshireX();
7277             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7278                 return false;
7279             }
7280             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7281             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             if ( !t1.isEmpty() ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7288             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7289             t2.toNewHampshireX();
7290             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7294             t2.toNewHampshireX();
7295             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7299             t2.toNewHampshireX();
7300             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7301                 return false;
7302             }
7303         }
7304         catch ( final Exception e ) {
7305             e.printStackTrace( System.out );
7306             return false;
7307         }
7308         return true;
7309     }
7310
7311     private static boolean testSupportCount() {
7312         try {
7313             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7314             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7315             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7316                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7317                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7318                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7319                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7320                                                               new NHXParser() );
7321             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7322             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7323             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7324                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7325                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7326                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7327                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7328                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7329                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7330                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7331                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7332                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7333                                                               new NHXParser() );
7334             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7335             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7336             while ( it.hasNext() ) {
7337                 final PhylogenyNode n = it.next();
7338                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7339                     return false;
7340                 }
7341             }
7342             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7343             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7344                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7345             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7346             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7347             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7378             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7379                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7380             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7381             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7382             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7413             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7414             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7415             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7419             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7420             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7421             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7425             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7426             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7427             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7432             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7433             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436         }
7437         catch ( final Exception e ) {
7438             e.printStackTrace( System.out );
7439             return false;
7440         }
7441         return true;
7442     }
7443
7444     private static boolean testSupportTransfer() {
7445         try {
7446             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7447             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7448                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7449             final Phylogeny p2 = factory
7450                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7451             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7452                 return false;
7453             }
7454             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7455                 return false;
7456             }
7457             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7458             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7459             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7481                 return false;
7482             }
7483         }
7484         catch ( final Exception e ) {
7485             e.printStackTrace( System.out );
7486             return false;
7487         }
7488         return true;
7489     }
7490
7491
7492
7493     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7494         try {
7495             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7496                                                                                                  10 );
7497             if ( results.size() != 1 ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             results = null;
7516             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7517             if ( results.size() != 1 ) {
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             results = null;
7536             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7537             if ( results.size() != 1 ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7544                 return false;
7545             }
7546             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             results = null;
7556             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7557             if ( results.size() != 1 ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7582                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7583                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7584                 return false;
7585             }
7586         }
7587         catch ( final IOException e ) {
7588             System.out.println();
7589             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7590             e.printStackTrace( System.out );
7591             return true;
7592         }
7593         catch ( final Exception e ) {
7594             return false;
7595         }
7596         return true;
7597     }
7598
7599     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7600         //The format for GenBank Accession numbers are:
7601         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7602         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7603         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7604         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7605             return false;
7606         }
7607         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7608             return false;
7609         }
7610         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7611             return false;
7612         }
7613         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7614             return false;
7615         }
7616         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7617             return false;
7618         }
7619         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7620             return false;
7621         }
7622         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7623             return false;
7624         }
7625         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7626             return false;
7627         }
7628         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7629             return false;
7630         }
7631         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7632             return false;
7633         }
7634         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7635             return false;
7636         }
7637         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7638             return false;
7639         }
7640         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7641             return false;
7642         }
7643         return true;
7644     }
7645
7646     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7647         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7648             return false;
7649         }
7650         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7651             return false;
7652         }
7653         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7654             return false;
7655         }
7656         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7657             return false;
7658         }
7659         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7660             return false;
7661         }
7662         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7663             return false;
7664         }
7665         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7666             return false;
7667         }
7668         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7669             return false;
7670         }
7671         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7672             return false;
7673         }
7674         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7675             return false;
7676         }
7677         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7678             return false;
7679         }
7680         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7681             return false;
7682         }
7683         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7684             return false;
7685         }
7686         try {
7687             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7688             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703         }
7704         catch ( final IOException e ) {
7705             System.out.println();
7706             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7707             e.printStackTrace( System.out );
7708             return true;
7709         }
7710         catch ( final Exception e ) {
7711             return false;
7712         }
7713         return true;
7714     }
7715
7716     private static boolean testWabiTxSearch() {
7717         try {
7718             String result = "";
7719             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7720             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7721             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7725             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7729             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7733             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7737             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7741             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7745             queries.add( "Campylobacter coli" );
7746             queries.add( "Escherichia coli" );
7747             queries.add( "Arabidopsis" );
7748             queries.add( "Trichoplax" );
7749             queries.add( "Samanea saman" );
7750             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7751             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7752             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7753             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7754             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7755             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7756             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7757             ranks.add( RANKS.GENUS );
7758             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7759             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7760             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7761             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7762         }
7763         catch ( final Exception e ) {
7764             System.out.println();
7765             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7766             e.printStackTrace( System.out );
7767             return false;
7768         }
7769         return true;
7770     }
7771
7772     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7773         try {
7774             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7775             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7788             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7792             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7796             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799         }
7800         catch ( final Exception e ) {
7801             e.printStackTrace();
7802             return false;
7803         }
7804         return true;
7805     }
7806
7807     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7808         try {
7809             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7810             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7817             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7821                 return false;
7822             }
7823         }
7824         catch ( final Exception e ) {
7825             e.printStackTrace();
7826             return false;
7827         }
7828         return true;
7829     }
7830
7831     private static boolean testFastaParser() {
7832         try {
7833             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7840             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858         }
7859         catch ( final Exception e ) {
7860             e.printStackTrace();
7861             return false;
7862         }
7863         return true;
7864     }
7865
7866     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7867         try {
7868             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7869             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7870             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
7871             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7872             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7873             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7874             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7875             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7876             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7913             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7923             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7933             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942         }
7943         catch ( final Exception e ) {
7944             e.printStackTrace();
7945             return false;
7946         }
7947         return true;
7948     }
7949
7950     private static boolean testMafft() {
7951         try {
7952             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7953             opts.add( "--maxiterate" );
7954             opts.add( "1000" );
7955             opts.add( "--localpair" );
7956             opts.add( "--quiet" );
7957             Msa msa = null;
7958             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
7959             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
7960             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
7964                 return false;
7965             }
7966         }
7967         catch ( final Exception e ) {
7968             e.printStackTrace( System.out );
7969             return false;
7970         }
7971         return true;
7972     }
7973
7974     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
7975         try {
7976             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7977             PhylogenyNode n;
7978             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
7979             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
7980             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
7981             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
7982             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
7983             n = t0.getFirstExternalNode();
7984             while ( n != null ) {
7985                 ext.add( n );
7986                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
7987             }
7988             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             ext.clear();
8007             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8008             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8009             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8010             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8011             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8012             n = t1.getNode( "ab" );
8013             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8014             while ( n != null ) {
8015                 ext.add( n );
8016                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8017             }
8018             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8031                 return false;
8032             }
8033             //
8034             //
8035             ext.clear();
8036             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8037             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8038             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8039             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8040             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8041             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8042             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8043             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8044             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8045             n = t2.getNode( "ab" );
8046             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8047             while ( n != null ) {
8048                 ext.add( n );
8049                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8050             }
8051             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             //
8064             //
8065             ext.clear();
8066             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8067             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8068             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8069             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8070             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8071             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8072             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8073             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8074             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8075             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8076             n = t3.getNode( "ab" );
8077             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8078             while ( n != null ) {
8079                 ext.add( n );
8080                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8081             }
8082             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8089                 return false;
8090             }
8091             //
8092             //
8093             ext.clear();
8094             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8095             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8096             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8097             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8098             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8099             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8100             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8101             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8102             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8103             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8104             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8105             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8106             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             //
8110             //
8111             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8112             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8113             ext.clear();
8114             n = t5.getFirstExternalNode();
8115             while ( n != null ) {
8116                 ext.add( n );
8117                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8118             }
8119             if ( ext.size() != 8 ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             //
8147             //
8148             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8149             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8150             ext.clear();
8151             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8152             n = t6.getNode( "ab" );
8153             while ( n != null ) {
8154                 ext.add( n );
8155                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8156             }
8157             if ( ext.size() != 7 ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             //
8182             //
8183             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8184             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8185             ext.clear();
8186             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8187             n = t7.getNode( "a" );
8188             while ( n != null ) {
8189                 ext.add( n );
8190                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8191             }
8192             if ( ext.size() != 7 ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             //
8217             //
8218             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8219             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8220             ext.clear();
8221             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8222             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8223             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8224             n = t8.getNode( "a" );
8225             while ( n != null ) {
8226                 ext.add( n );
8227                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8228             }
8229             if ( ext.size() != 7 ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8239                 System.out.println( "2 fail" );
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             //
8255             //
8256             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8257             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8258             ext.clear();
8259             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8260             n = t9.getNode( "a" );
8261             while ( n != null ) {
8262                 ext.add( n );
8263                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8264             }
8265             if ( ext.size() != 7 ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             //
8290             //
8291             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8292             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8293             ext.clear();
8294             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8295             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8296             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8297             n = t10.getNode( "a" );
8298             while ( n != null ) {
8299                 ext.add( n );
8300                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8301             }
8302             if ( ext.size() != 7 ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8312                 return false;
8313             }
8314             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             //
8327             //
8328             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8329             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8330             ext.clear();
8331             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8332             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8333             n = t11.getNode( "a" );
8334             while ( n != null ) {
8335                 ext.add( n );
8336                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8337             }
8338             if ( ext.size() != 6 ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             //
8360             //
8361             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8362             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8363             ext.clear();
8364             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8365             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8366             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8367             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8368             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8369             n = t12.getNode( "a" );
8370             while ( n != null ) {
8371                 ext.add( n );
8372                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8373             }
8374             if ( ext.size() != 6 ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             //
8396             //
8397             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8398             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8399             ext.clear();
8400             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8401             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8402             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8403             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8404             n = t13.getNode( "ab" );
8405             while ( n != null ) {
8406                 ext.add( n );
8407                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8408             }
8409             if ( ext.size() != 5 ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             //
8428             //
8429             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8430             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8431             ext.clear();
8432             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8433             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8434             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8435             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8436             n = t14.getNode( "ab" );
8437             while ( n != null ) {
8438                 ext.add( n );
8439                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8440             }
8441             if ( ext.size() != 5 ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8454                 return false;
8455             }
8456             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             //
8460             //
8461             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8462             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8463             ext.clear();
8464             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8465             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8466             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8467             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8468             n = t15.getNode( "ab" );
8469             while ( n != null ) {
8470                 ext.add( n );
8471                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8472             }
8473             if ( ext.size() != 6 ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             //
8495             //
8496             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8497             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8498             ext.clear();
8499             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8500             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8501             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8502             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8503             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8504             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8505             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8506             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8507             n = t16.getNode( "ab" );
8508             while ( n != null ) {
8509                 ext.add( n );
8510                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8511             }
8512             if ( ext.size() != 4 ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527         }
8528         catch ( final Exception e ) {
8529             e.printStackTrace( System.out );
8530             return false;
8531         }
8532         return true;
8533     }
8534
8535     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8536         try {
8537             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8538             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8539             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8540             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8541             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8542             l.add( s0 );
8543             l.add( s1 );
8544             l.add( s2 );
8545             l.add( s3 );
8546             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8547             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559         }
8560         catch ( final Exception e ) {
8561             e.printStackTrace( System.out );
8562             return false;
8563         }
8564         return true;
8565     }
8566
8567     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8568         try {
8569             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8570             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8571                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8572                 if ( id != null ) {
8573                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8574                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8575                 }
8576                 return false;
8577             }
8578             //
8579             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8580             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8581                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8582                 if ( id != null ) {
8583                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8584                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8585                 }
8586                 return false;
8587             }
8588             //
8589             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8590             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8591                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8592                 if ( id != null ) {
8593                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8594                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8595                 }
8596                 return false;
8597             }
8598             //
8599             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8600             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8601                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8602                 if ( id != null ) {
8603                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8604                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8605                 }
8606                 return false;
8607             }
8608             //
8609             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8610             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8611                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8612                 if ( id != null ) {
8613                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8614                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8615                 }
8616                 return false;
8617             }
8618             //
8619             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8620             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8621                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8622                 if ( id != null ) {
8623                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8624                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8625                 }
8626                 return false;
8627             }
8628             //
8629             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8630             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8631                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8632                 if ( id != null ) {
8633                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8634                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8635                 }
8636                 return false;
8637             }
8638             //
8639             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8640             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8641                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8642                 if ( id != null ) {
8643                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8644                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8645                 }
8646                 return false;
8647             }
8648             //
8649             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8650             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8651                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8652                 if ( id != null ) {
8653                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8654                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8655                 }
8656                 return false;
8657             }
8658             //
8659             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8660             if ( id != null ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             // lcl_91970_unknown_
8664         }
8665         catch ( final Exception e ) {
8666             e.printStackTrace( System.out );
8667             return false;
8668         }
8669         return true;
8670     }
8671 }