forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  45 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  48 import org.forester.go.TestGo;
  49 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  58 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  59 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  60 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  61 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  62 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  63 import org.forester.msa.BasicMsa;
  64 import org.forester.msa.Mafft;
  65 import org.forester.msa.Msa;
  66 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  67 import org.forester.msa.MsaMethods;
  68 import org.forester.pccx.TestPccx;
  69 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  80 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  86 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  89 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  90 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  94 import org.forester.protein.BasicDomain;
  95 import org.forester.protein.BasicProtein;
  96 import org.forester.protein.Domain;
  97 import org.forester.protein.Protein;
  98 import org.forester.protein.ProteinId;
  99 import org.forester.rio.TestRIO;
 100 import org.forester.sdi.SDI;
 101 import org.forester.sdi.SDIR;
 102 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 103 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 104 import org.forester.sequence.Sequence;
 105 import org.forester.species.BasicSpecies;
 106 import org.forester.species.Species;
 107 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 108 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 109 import org.forester.tools.SupportCount;
 110 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 111 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 112 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 113 import org.forester.util.BasicTable;
 114 import org.forester.util.BasicTableParser;
 115 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 116 import org.forester.util.ForesterConstants;
 117 import org.forester.util.ForesterUtil;
 118 import org.forester.util.GeneralTable;
 119 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 122 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 127
 128 @SuppressWarnings( "unused")
 129 public final class Test {
 130
 131     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 132                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 134     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 135                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 137     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 138     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 139                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 141     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 144     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 145     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 146
 147     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 148         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 149     }
 150
 151     public static void main( final String[] args ) {
 152         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 153         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 154                 + "]" );
 155         Locale.setDefault( Locale.US );
 156         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 157         int failed = 0;
 158         int succeeded = 0;
 159         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 160         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 169         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 170             System.out.println( "OK.]" );
 171         }
 172         else {
 173             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 174             System.out.println( "Testing aborted." );
 175             System.exit( -1 );
 176         }
 177         final long start_time = new Date().getTime();
 178         System.out.print( "Basic node methods: " );
 179         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Protein id: " );
 188         if ( !testProteinId() ) {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         else {
 193             succeeded++;
 194         }
 195         System.out.println( "OK." );
 196         System.out.print( "Species: " );
 197         if ( !testSpecies() ) {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         else {
 202             succeeded++;
 203         }
 204         System.out.println( "OK." );
 205         System.out.print( "Basic domain: " );
 206         if ( !testBasicDomain() ) {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         else {
 211             succeeded++;
 212         }
 213         System.out.println( "OK." );
 214         System.out.print( "Basic protein: " );
 215         if ( !testBasicProtein() ) {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         else {
 220             succeeded++;
 221         }
 222         System.out.println( "OK." );
 223         System.out.print( "Sequence writer: " );
 224         if ( testSequenceWriter() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 233         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 242         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 251         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 260             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 261             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 262                 System.out.println( "OK." );
 263                 succeeded++;
 264             }
 265             else {
 266                 System.out.println( "failed." );
 267                 failed++;
 268             }
 269         }
 270         // System.exit( 0 );
 271         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 272             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 273             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 274                 System.out.println( "OK." );
 275                 succeeded++;
 276             }
 277             else {
 278                 System.out.println( "failed." );
 279                 failed++;
 280                 System.exit( -1 );
 281             }
 282         }
 283         // System.exit( 0 );
 284         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 285         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 286             System.out.println( "OK." );
 287             succeeded++;
 288         }
 289         else {
 290             System.out.println( "failed." );
 291             failed++;
 292         }
 293         //
 294         System.out.print( "Overlap removal: " );
 295         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 296             System.out.println( "failed." );
 297             failed++;
 298         }
 299         else {
 300             succeeded++;
 301         }
 302         System.out.println( "OK." );
 303         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 304         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 305             System.out.println( "failed." );
 306             failed++;
 307         }
 308         else {
 309             succeeded++;
 310         }
 311         System.out.println( "OK." );
 312         //
 313         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 314         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "SN extraction: " );
 323         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 332         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 341         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 350         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 359         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "NH parsing: " );
 368         if ( Test.testNHParsing() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 377         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "NHX parsing: " );
 386         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 395         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 404         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 413         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 422         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 431         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 440         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 449         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 458         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 467         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 476         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 485         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 494         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Copying of node data: " );
 503         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "Tree copy: " );
 512         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 521         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "Tree methods: " );
 530         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 539         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 540             System.out.println( "OK." );
 541             succeeded++;
 542         }
 543         else {
 544             System.out.println( "failed." );
 545             failed++;
 546         }
 547         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 548         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 549             System.out.println( "OK." );
 550             succeeded++;
 551         }
 552         else {
 553             System.out.println( "failed." );
 554             failed++;
 555         }
 556         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 557         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 558             System.out.println( "OK." );
 559             succeeded++;
 560         }
 561         else {
 562             System.out.println( "failed." );
 563             failed++;
 564         }
 565         System.out.print( "Re-id methods: " );
 566         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 575         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 584         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 593         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 602         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 611         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Rerooting: " );
 620         if ( Test.testRerooting() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 629         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Node removal: " );
 638         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "Support count: " );
 647         if ( Test.testSupportCount() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Support transfer: " );
 656         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 665         if ( Test.testGetLCA() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 674         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 683         if ( Test.testGetDistance() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 692         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 701         if ( Test.testDataObjects() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Properties map: " );
 710         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         System.out.print( "SDIse: " );
 719         if ( Test.testSDIse() ) {
 720             System.out.println( "OK." );
 721             succeeded++;
 722         }
 723         else {
 724             System.out.println( "failed." );
 725             failed++;
 726         }
 727         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 728         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 729             System.out.println( "OK." );
 730             succeeded++;
 731         }
 732         else {
 733             System.out.println( "failed." );
 734             failed++;
 735         }
 736         System.out.print( "GSDI: " );
 737         if ( TestGSDI.test() ) {
 738             System.out.println( "OK." );
 739             succeeded++;
 740         }
 741         else {
 742             System.out.println( "failed." );
 743             failed++;
 744         }
 745         System.out.print( "RIO: " );
 746         if ( TestRIO.test() ) {
 747             System.out.println( "OK." );
 748             succeeded++;
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "failed." );
 752             failed++;
 753         }
 754         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 755         System.out.println();
 756         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 757             System.out.println( "OK." );
 758             succeeded++;
 759         }
 760         else {
 761             System.out.println( "failed." );
 762             failed++;
 763         }
 764         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 765         System.out.println();
 766         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 767             System.out.println( "OK." );
 768             succeeded++;
 769         }
 770         else {
 771             System.out.println( "failed." );
 772             failed++;
 773         }
 774         System.out.print( "GO: " );
 775         System.out.println();
 776         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 777             System.out.println( "OK." );
 778             succeeded++;
 779         }
 780         else {
 781             System.out.println( "failed." );
 782             failed++;
 783         }
 784         System.out.print( "Modeling tools: " );
 785         if ( TestPccx.test() ) {
 786             System.out.println( "OK." );
 787             succeeded++;
 788         }
 789         else {
 790             System.out.println( "failed." );
 791             failed++;
 792         }
 793         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 794         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 795             System.out.println( "OK." );
 796             succeeded++;
 797         }
 798         else {
 799             System.out.println( "failed." );
 800             failed++;
 801         }
 802         System.out.print( "Split Matrix: " );
 803         if ( Test.testSplit() ) {
 804             System.out.println( "OK." );
 805             succeeded++;
 806         }
 807         else {
 808             System.out.println( "failed." );
 809             failed++;
 810         }
 811         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 812         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 813             System.out.println( "OK." );
 814             succeeded++;
 815         }
 816         else {
 817             System.out.println( "failed." );
 818             failed++;
 819         }
 820         System.out.print( "Basic table: " );
 821         if ( Test.testBasicTable() ) {
 822             System.out.println( "OK." );
 823             succeeded++;
 824         }
 825         else {
 826             System.out.println( "failed." );
 827             failed++;
 828         }
 829         System.out.print( "General table: " );
 830         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 831             System.out.println( "OK." );
 832             succeeded++;
 833         }
 834         else {
 835             System.out.println( "failed." );
 836             failed++;
 837         }
 838         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 839         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 840             System.out.println( "OK." );
 841             succeeded++;
 842         }
 843         else {
 844             System.out.println( "failed." );
 845             failed++;
 846         }
 847         System.out.print( "General MSA parser: " );
 848         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 849             System.out.println( "OK." );
 850             succeeded++;
 851         }
 852         else {
 853             System.out.println( "failed." );
 854             failed++;
 855         }
 856         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 857         if ( Test.testFastaParser() ) {
 858             System.out.println( "OK." );
 859             succeeded++;
 860         }
 861         else {
 862             System.out.println( "failed." );
 863             failed++;
 864         }
 865         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 866         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 867             System.out.println( "OK." );
 868             succeeded++;
 869         }
 870         else {
 871             System.out.println( "failed." );
 872             failed++;
 873         }
 874         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
 875         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
 876             System.out.println( "OK." );
 877             succeeded++;
 878         }
 879         else {
 880             System.out.println( "failed." );
 881             failed++;
 882         }
 883         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 884             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 885             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 886                 System.out.println( "OK." );
 887                 succeeded++;
 888             }
 889             else {
 890                 System.out.println( "failed." );
 891                 failed++;
 892             }
 893         }
 894         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 895             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 896             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 897                 System.out.println( "OK." );
 898                 succeeded++;
 899             }
 900             else {
 901                 System.out.println( "failed." );
 902                 failed++;
 903             }
 904         }
 905         //----
 906         String path = "";
 907         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 908         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 909             path = "/usr/local/bin/mafft";
 910         }
 911         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 912             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 913         }
 914         else {
 915             path = "mafft";
 916             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 917                 path = "/usr/bin/mafft";
 918             }
 919             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 920                 path = "/usr/local/bin/mafft";
 921             }
 922         }
 923         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 924             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 925             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 926                 System.out.println( "OK." );
 927                 succeeded++;
 928             }
 929             else {
 930                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 931             }
 932         }
 933         //----
 934         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 935         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 936             System.out.println( "OK." );
 937             succeeded++;
 938         }
 939         else {
 940             System.out.println( "failed." );
 941             failed++;
 942         }
 943         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 944         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 945             System.out.println( "OK." );
 946             succeeded++;
 947         }
 948         else {
 949             System.out.println( "failed." );
 950             failed++;
 951         }
 952         System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
 953         if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
 954             System.out.println( "OK." );
 955             succeeded++;
 956         }
 957         else {
 958             System.out.println( "failed." );
 959             failed++;
 960         }
 961         System.out.print( "phyloXML parsing from URL: " );
 962         if ( Test.testPhyloXMLparsingFromURL() ) {
 963             System.out.println( "OK." );
 964             succeeded++;
 965         }
 966         else {
 967             System.out.println( "failed." );
 968             failed++;
 969         }
 970         System.out.println();
 971         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 972         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 973         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 974         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 975                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 976         System.out.println();
 977         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 978         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 979         System.out.println();
 980         if ( failed < 1 ) {
 981             System.out.println( "OK." );
 982         }
 983         else {
 984             System.out.println( "Not OK." );
 985         }
 986     }
 987
 988     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 989         try {
 990             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 991             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 992             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 993             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 994             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 995             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 996             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 997             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 998             covered.add( true ); // 0
 999             covered.add( false ); // 1
1000             covered.add( true ); // 2
1001             covered.add( false ); // 3
1002             covered.add( true ); // 4
1003             covered.add( true ); // 5
1004             covered.add( false ); // 6
1005             covered.add( true ); // 7
1006             covered.add( true ); // 8
1007             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1029             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1030             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1031             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
1032             abc.addProteinDomain( a );
1033             abc.addProteinDomain( b );
1034             abc.addProteinDomain( c );
1035             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
1036             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
1037             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1053             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1054             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1055             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
1056             def.addProteinDomain( d );
1057             def.addProteinDomain( e );
1058             def.addProteinDomain( f );
1059             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
1060             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
1061             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
1077                 return false;
1078             }
1079         }
1080         catch ( final Exception e ) {
1081             e.printStackTrace( System.out );
1082             return false;
1083         }
1084         return true;
1085     }
1086
1087     public static final boolean testPhyloXMLparsingFromURL() {
1088         try {
1089             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/archaeopteryx_a/apaf_bcl2.xml";
1090             final URL u = new URL( s );
1091             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1092             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser() );
1093             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 2 ) ) {
1094                 return false;
1095             }
1096         }
1097         catch ( final Exception e ) {
1098             e.printStackTrace();
1099         }
1100         return true;
1101     }
1102
1103     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
1104         try {
1105             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
1106             final URL u = new URL( s );
1107             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1108             final Phylogeny[] phys = factory.create( u, new NHXParser() );
1109             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 5 ) ) {
1110                 return false;
1111             }
1112             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1113                 System.out.println( phys[ 0 ].toNewHampshire() );
1114                 return false;
1115             }
1116             if ( !phys[ 1 ].toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1117                 System.out.println( phys[ 1 ].toNewHampshire() );
1118                 return false;
1119             }
1120             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
1121             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 5 ) ) {
1122                 return false;
1123             }
1124             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1125                 System.out.println( phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
1126                 return false;
1127             }
1128             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1129             final NHXParser p = new NHXParser();
1130             final URL u2 = new URL( s );
1131             p.setSource( u2 );
1132             if ( !p.hasNext() ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1136                 return false;
1137             }
1138             if ( !p.hasNext() ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             p.reset();
1142             if ( !p.hasNext() ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             p.reset();
1152             if ( !p.hasNext() ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161         }
1162         catch ( final Exception e ) {
1163             e.printStackTrace();
1164         }
1165         return true;
1166     }
1167
1168     public static boolean testOverlapRemoval() {
1169         try {
1170             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1171             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1172             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1173             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1174             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1175             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1176             covered.add( true ); // 0
1177             covered.add( false ); // 1
1178             covered.add( true ); // 2
1179             covered.add( false ); // 3
1180             covered.add( true ); // 4
1181             covered.add( true ); // 5
1182             covered.add( false ); // 6
1183             covered.add( true ); // 7
1184             covered.add( true ); // 8
1185             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
1201             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
1202             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
1203             ab.addProteinDomain( a );
1204             ab.addProteinDomain( b );
1205             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
1206             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
1216             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1223             final Domain d = new BasicDomain( "d",
1224                                               ( short ) 10000,
1225                                               ( short ) 10500,
1226                                               ( short ) 1,
1227                                               ( short ) 1,
1228                                               0.0000001,
1229                                               1 );
1230             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1231             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
1232             cde.addProteinDomain( c );
1233             cde.addProteinDomain( d );
1234             cde.addProteinDomain( e );
1235             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
1236             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1243             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1244             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1245             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
1246             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
1247             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
1248             fghi.addProteinDomain( f );
1249             fghi.addProteinDomain( g );
1250             fghi.addProteinDomain( h );
1251             fghi.addProteinDomain( i );
1252             fghi.addProteinDomain( i );
1253             fghi.addProteinDomain( i );
1254             fghi.addProteinDomain( i2 );
1255             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
1256             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
1266             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1273             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1274             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1275             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1276             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1277             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1278             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1279             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
1280             jklm.addProteinDomain( j );
1281             jklm.addProteinDomain( k );
1282             jklm.addProteinDomain( l );
1283             jklm.addProteinDomain( m );
1284             jklm.addProteinDomain( m0 );
1285             jklm.addProteinDomain( m1 );
1286             jklm.addProteinDomain( m2 );
1287             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
1288             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
1298             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1305             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
1306             od.addProteinDomain( only );
1307             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
1308             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314         }
1315         catch ( final Exception e ) {
1316             e.printStackTrace( System.out );
1317             return false;
1318         }
1319         return true;
1320     }
1321
1322     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1323         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1324         return p;
1325     }
1326
1327     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1328         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1329     }
1330
1331     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1332         try {
1333             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1334             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1347             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1351             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1355             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358         }
1359         catch ( final Exception e ) {
1360             e.printStackTrace();
1361             return false;
1362         }
1363         return true;
1364     }
1365
1366     private static boolean testBasicDomain() {
1367         try {
1368             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1369             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1382             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1383             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1384             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1385             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1386             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1414                 return false;
1415             }
1416         }
1417         catch ( final Exception e ) {
1418             e.printStackTrace( System.out );
1419             return false;
1420         }
1421         return true;
1422     }
1423
1424     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1425         try {
1426             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1430             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1431                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1432             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1433                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1434             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1435                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1436             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1437                 return false;
1438             }
1439             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1443                 return false;
1444             }
1445             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1446                 return false;
1447             }
1448             if ( !n3.isExternal() ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !n3.isRoot() ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457         }
1458         catch ( final Exception e ) {
1459             e.printStackTrace( System.out );
1460             return false;
1461         }
1462         return true;
1463     }
1464
1465     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1466         try {
1467             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1468             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1469             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1470                                                               xml_parser );
1471             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1472                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1479             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1480             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1481             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1482             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( !t1.isRooted() ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( t1.isRerootable() ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1516                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1520                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1539                 return false;
1540             }
1541             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1542                 return false;
1543             }
1544             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1548                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1552                 return false;
1553             }
1554             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1555                 return false;
1556             }
1557             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1558                 return false;
1559             }
1560             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1561                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1565                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1569                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1573                     .equals( "experimental" ) ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1577                     .equals( "function" ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1581                     .getValue() != 1 ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1585                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1589                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1593                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1597                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1601                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1605                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1609                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1613                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1617                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1621                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1628                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1635             if ( x.size() != 4 ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             int c = 0;
1639             for( final Accession acc : x ) {
1640                 if ( c == 0 ) {
1641                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1642                         return false;
1643                     }
1644                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1645                         return false;
1646                     }
1647                 }
1648                 c++;
1649             }
1650         }
1651         catch ( final Exception e ) {
1652             e.printStackTrace( System.out );
1653             return false;
1654         }
1655         return true;
1656     }
1657
1658     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1659         try {
1660             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1661             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1662             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1663                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1664             }
1665             else {
1666                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1667             }
1668             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1669                                                               xml_parser );
1670             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1671                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1678             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1679             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1683             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1696             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1697             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1698             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1711                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1715                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1719             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1720             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1721             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1722             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1726             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1742                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1752                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1756                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1760                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1764                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1768                     .equals( "experimental" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1772                     .equals( "function" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1776                     .getValue() != 1 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1780                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1784                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1788                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1792                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1796                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1800                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1804                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1808                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1812                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1816                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1823                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1833                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1849                     .equals( "ncbi" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1856                     .getName().equals( "B" ) ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1860                     .getFrom() != 21 ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1867                     .getLength() != 24 ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1871                     .getConfidence() != 2144 ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1875                     .equals( "pfam" ) ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1891             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1916                 return false;
1917             }
1918             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1928                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             //
1953             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1957                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1964                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1968                 return false;
1969             }
1970             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1974                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1978                     .getCrossReferences();
1979             if ( x.size() != 4 ) {
1980                 return false;
1981             }
1982             int c = 0;
1983             for( final Accession acc : x ) {
1984                 if ( c == 0 ) {
1985                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1986                         return false;
1987                     }
1988                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1989                         return false;
1990                     }
1991                 }
1992                 c++;
1993             }
1994         }
1995         catch ( final Exception e ) {
1996             e.printStackTrace( System.out );
1997             return false;
1998         }
1999         return true;
2000     }
2001
2002     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
2003         try {
2004             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2005             PhyloXmlParser xml_parser = null;
2006             try {
2007                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
2008             }
2009             catch ( final Exception e ) {
2010                 // Do nothing -- means were not running from jar.
2011             }
2012             if ( xml_parser == null ) {
2013                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
2014                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
2015                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
2016                 }
2017                 else {
2018                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
2019                 }
2020             }
2021             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
2022                                                               xml_parser );
2023             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2024                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2031             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
2032             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
2033             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
2034             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
2041                 return false;
2042             }
2043             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
2044                 return false;
2045             }
2046             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2050                 return false;
2051             }
2052             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2053                 return false;
2054             }
2055             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2056             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2057             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2058                 System.out.println( "errors:" );
2059                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2060                 return false;
2061             }
2062             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2066                                                               xml_parser );
2067             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2068                 System.out.println( "errors:" );
2069                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2070                 return false;
2071             }
2072             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2079                                                               xml_parser );
2080             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2081                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2082                 return false;
2083             }
2084             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2088             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2095                 return false;
2096             }
2097             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2098                 return false;
2099             }
2100             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2101                                                               xml_parser );
2102             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2103                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2104                 return false;
2105             }
2106             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2107                 return false;
2108             }
2109             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2110             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             s.getNode( "first" );
2114             s.getNode( "<>" );
2115             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2116             s.getNode( "'''\"" );
2117             s.getNode( "\"\"\"" );
2118             s.getNode( "dick & doof" );
2119         }
2120         catch ( final Exception e ) {
2121             e.printStackTrace( System.out );
2122             return false;
2123         }
2124         return true;
2125     }
2126
2127     private static boolean testBasicProtein() {
2128         try {
2129             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2130             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2131             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2134             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2135             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2136             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2137             p0.addProteinDomain( y );
2138             p0.addProteinDomain( e );
2139             p0.addProteinDomain( b );
2140             p0.addProteinDomain( c );
2141             p0.addProteinDomain( d );
2142             p0.addProteinDomain( a );
2143             p0.addProteinDomain( x );
2144             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2145                 return false;
2146             }
2147             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             //
2151             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2152             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2153             aa0.addProteinDomain( a1 );
2154             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2155                 return false;
2156             }
2157             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2158                 return false;
2159             }
2160             //
2161             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2162             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2163             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2164             aa1.addProteinDomain( a11 );
2165             aa1.addProteinDomain( a12 );
2166             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2173             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2183             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2196             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2200                 return false;
2201             }
2202             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2203                 return false;
2204             }
2205             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2209             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             //
2222             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2223             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2224             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2225             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2226             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2227             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2228             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2229             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2230             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2231             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2232             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2233             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2234             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2235             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2236             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2237             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2238             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2239             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2240             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2241             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2242             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2243             p00.addProteinDomain( y0 );
2244             p00.addProteinDomain( e0 );
2245             p00.addProteinDomain( b0 );
2246             p00.addProteinDomain( c0 );
2247             p00.addProteinDomain( d0 );
2248             p00.addProteinDomain( a0 );
2249             p00.addProteinDomain( x0 );
2250             p00.addProteinDomain( y1 );
2251             p00.addProteinDomain( y2 );
2252             p00.addProteinDomain( y3 );
2253             p00.addProteinDomain( e1 );
2254             p00.addProteinDomain( e2 );
2255             p00.addProteinDomain( e3 );
2256             p00.addProteinDomain( e4 );
2257             p00.addProteinDomain( e5 );
2258             p00.addProteinDomain( z0 );
2259             p00.addProteinDomain( z1 );
2260             p00.addProteinDomain( z2 );
2261             p00.addProteinDomain( zz0 );
2262             p00.addProteinDomain( zz1 );
2263             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2279             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2280             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2281             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2282             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2283             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2284             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2285             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2286             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2287             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2288             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2289             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2290             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2291             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2292             p.addProteinDomain( B15 );
2293             p.addProteinDomain( C50 );
2294             p.addProteinDomain( A60 );
2295             p.addProteinDomain( A30 );
2296             p.addProteinDomain( C70 );
2297             p.addProteinDomain( B35 );
2298             p.addProteinDomain( B40 );
2299             p.addProteinDomain( A0 );
2300             p.addProteinDomain( A10 );
2301             p.addProteinDomain( A20 );
2302             p.addProteinDomain( B25 );
2303             p.addProteinDomain( D80 );
2304             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2305             domains_ids.add( "A" );
2306             domains_ids.add( "B" );
2307             domains_ids.add( "C" );
2308             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             domains_ids.add( "X" );
2315             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             domains_ids = new ArrayList<String>();
2322             domains_ids.add( "A" );
2323             domains_ids.add( "C" );
2324             domains_ids.add( "D" );
2325             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             domains_ids = new ArrayList<String>();
2332             domains_ids.add( "A" );
2333             domains_ids.add( "D" );
2334             domains_ids.add( "C" );
2335             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             domains_ids = new ArrayList<String>();
2342             domains_ids.add( "A" );
2343             domains_ids.add( "A" );
2344             domains_ids.add( "B" );
2345             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             domains_ids = new ArrayList<String>();
2352             domains_ids.add( "A" );
2353             domains_ids.add( "A" );
2354             domains_ids.add( "A" );
2355             domains_ids.add( "B" );
2356             domains_ids.add( "B" );
2357             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             domains_ids = new ArrayList<String>();
2364             domains_ids.add( "A" );
2365             domains_ids.add( "A" );
2366             domains_ids.add( "B" );
2367             domains_ids.add( "A" );
2368             domains_ids.add( "B" );
2369             domains_ids.add( "B" );
2370             domains_ids.add( "A" );
2371             domains_ids.add( "B" );
2372             domains_ids.add( "C" );
2373             domains_ids.add( "A" );
2374             domains_ids.add( "C" );
2375             domains_ids.add( "D" );
2376             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382         }
2383         catch ( final Exception e ) {
2384             e.printStackTrace( System.out );
2385             return false;
2386         }
2387         return true;
2388     }
2389
2390     private static boolean testBasicTable() {
2391         try {
2392             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2393             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2400             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2401             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2402             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2403             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2404             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2405             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2406             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2407             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2438             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2439             source.append( "" + l );
2440             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2441             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2442             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2443             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2444             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2445             source.append( "40 41 42 43" + l );
2446             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2447             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2448             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2449             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2468             source1.append( "" + l );
2469             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2470             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2471             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2472             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2473             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2474             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2475             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2476             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2477             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2478             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2503             source2.append( "" + l );
2504             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2505             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2506             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2507             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2508             source2.append( "                     " + l );
2509             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2510             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2511             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2512             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2513             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2514                                                                         ';',
2515                                                                         false,
2516                                                                         false,
2517                                                                         "comment:",
2518                                                                         false );
2519             if ( tl.size() != 2 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2523             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2524             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542         }
2543         catch ( final Exception e ) {
2544             e.printStackTrace( System.out );
2545             return false;
2546         }
2547         return true;
2548     }
2549
2550     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2551         try {
2552             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2553             final TolParser parser = new TolParser();
2554             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2555             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2556                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2557                 return false;
2558             }
2559             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2563             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             if ( !t1.isRooted() ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2582             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2583                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2584                 return false;
2585             }
2586             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2590             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             if ( !t2.isRooted() ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2612                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2616             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2617                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2618                 return false;
2619             }
2620             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2624             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2637             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2638                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2639                 return false;
2640             }
2641             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2645             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2658             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2659                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2666             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2676                 return false;
2677             }
2678         }
2679         catch ( final Exception e ) {
2680             e.printStackTrace( System.out );
2681             return false;
2682         }
2683         return true;
2684     }
2685
2686     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2687         try {
2688             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2689             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2690             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( t2.isEmpty() ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2703             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2713             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2714             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2724             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2725             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2732             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2733             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2737             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2738             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2742             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2743             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2750             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2751             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2755             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2756             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2757                 return false;
2758             }
2759         }
2760         catch ( final Exception e ) {
2761             e.printStackTrace( System.out );
2762             return false;
2763         }
2764         return true;
2765     }
2766
2767     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2768         try {
2769             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2770             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2771             final Phylogeny[] ev0 = factory
2772                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2773                              new NHXParser() );
2774             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2775             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2776                 return false;
2777             }
2778             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2782             final Phylogeny[] ev1 = factory
2783                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2784                              new NHXParser() );
2785             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2786             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2793             final Phylogeny[] ev_b = factory
2794                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2795                              new NHXParser() );
2796             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2797             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             //
2804             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2805             final Phylogeny[] ev1x = factory
2806                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2807                              new NHXParser() );
2808             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2809             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2816             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2817                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2818                              new NHXParser() );
2819             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2820             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             //
2827             final Phylogeny[] t2 = factory
2828                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2829                              new NHXParser() );
2830             final Phylogeny[] ev2 = factory
2831                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2832                              new NHXParser() );
2833             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2834                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2835             }
2836             //
2837             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2838                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2839             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2840             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2841             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2845                 return false;
2846             }
2847             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850         }
2851         catch ( final Exception e ) {
2852             e.printStackTrace();
2853             return false;
2854         }
2855         return true;
2856     }
2857
2858     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2859         try {
2860             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2861                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2862             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2863             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2864                 return false;
2865             }
2866         }
2867         catch ( final Exception e ) {
2868             e.printStackTrace();
2869             return false;
2870         }
2871         return true;
2872     }
2873
2874     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2875         try {
2876             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2877             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2881                 return false;
2882             }
2883             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2884             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2885                 return false;
2886             }
2887             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2888                 return false;
2889             }
2890         }
2891         catch ( final Exception e ) {
2892             e.printStackTrace();
2893             return false;
2894         }
2895         return true;
2896     }
2897
2898     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2899         try {
2900             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2901             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2902             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2906             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n.setName( "NP_001025424" );
2910             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             n.setName( "_NM_001030253-" );
2914             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             n.setName( "XM_002122186" );
2918             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2919                 return false;
2920             }
2921             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2922             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2923                 return false;
2924             }
2925             n.setName( "AAA34956" );
2926             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             n.setName( "GI:394892" );
2930             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2931                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2932                 return false;
2933             }
2934             n.setName( "gi_394892" );
2935             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2936                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2937                 return false;
2938             }
2939             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2940             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2941                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2942                 return false;
2943             }
2944             n.setName( "P12345" );
2945             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2946                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2947                 return false;
2948             }
2949             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2950             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2951                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2952                 return false;
2953             }
2954         }
2955         catch ( final Exception e ) {
2956             e.printStackTrace( System.out );
2957             return false;
2958         }
2959         return true;
2960     }
2961
2962     private static boolean testDataObjects() {
2963         try {
2964             final Confidence s0 = new Confidence();
2965             final Confidence s1 = new Confidence();
2966             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2970             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2971             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2978             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2979                 return false;
2980             }
2981             s3.asSimpleText();
2982             s3.asText();
2983             // Taxonomy
2984             // ----------
2985             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2986             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2987             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2988             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2989             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2990             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2991             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2992             t1.setScientificName( "E. coli" );
2993             t1.setCommonName( "coli" );
2994             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2995             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2999             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
3000             t2.setScientificName( "what" );
3001             t2.setCommonName( "something" );
3002             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
3006             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             t1.setIdentifier( null );
3010             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3011             t3.setScientificName( "what" );
3012             t3.setCommonName( "something" );
3013             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             t1.setIdentifier( null );
3017             t1.setTaxonomyCode( "" );
3018             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3019             t4.setCommonName( "something" );
3020             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3024             t4.setCommonName( "something" );
3025             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             t1.setIdentifier( null );
3029             t1.setTaxonomyCode( "" );
3030             t1.setScientificName( "" );
3031             t5.setCommonName( "COLI" );
3032             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             t5.setCommonName( "vibrio" );
3036             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             // Identifier
3040             // ----------
3041             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3042             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3043             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             id1.asSimpleText();
3053             id1.asText();
3054             // ProteinDomain
3055             // ---------------
3056             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3057             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3058             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             pd1.asSimpleText();
3065             pd1.asText();
3066             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3067             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3068             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             pd3.asSimpleText();
3078             pd3.asText();
3079             // DomainArchitecture
3080             // ------------------
3081             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3082             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3083             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3084             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3085             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3086             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3087             domains0.add( d2 );
3088             domains0.add( d0 );
3089             domains0.add( d3 );
3090             domains0.add( d1 );
3091             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3092             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3096             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3106             domains1.add( d1 );
3107             domains1.add( d2 );
3108             domains1.add( d4 );
3109             domains1.add( d0 );
3110             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3111             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             ds1.asSimpleText();
3115             ds1.asText();
3116             ds1.toNHX();
3117             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3118             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3119                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             // Event
3126             // -----
3127             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3128             if ( e1.isDuplication() ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( !e1.isFusion() ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3141             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3148             if ( e2.isDuplication() ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3167             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3171             if ( e3.isDuplication() ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( e3.isSpeciation() ) {
3175                 return false;
3176             }
3177             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3184             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3185             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             e3 = null;
3189             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3193             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3200             e4 = null;
3201             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3202             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final Event e5 = new Event();
3209             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3219             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3226             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3233             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239         }
3240         catch ( final Exception e ) {
3241             e.printStackTrace( System.out );
3242             return false;
3243         }
3244         return true;
3245     }
3246
3247     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3248         try {
3249             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3250             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3251             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3252             if ( t0.isEmpty() ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3259             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             if ( !t0.isEmpty() ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3266             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3270             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3277             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3281             if ( !t1.isEmpty() ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3285             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3289             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             t2.toNewHampshireX();
3293             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3294             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3298             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3302             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3306             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3310             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             n = t3.getNode( "A" );
3314             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             n = n.getNextExternalNode();
3318             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3322             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             n = t3.getNode( "C" );
3326             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3330             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3334             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3338             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3342             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3346             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3350             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3354             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             n = t4.getNode( "A" );
3358             n = n.getNextExternalNode();
3359             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             n = n.getNextExternalNode();
3363             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3367             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3371             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3372             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3376             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3380             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3381             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3385             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3389             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3390             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3394             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3398             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3399             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3403             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3407             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3408             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3412             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3416             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3417             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3421             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3425             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3426             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3430             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3434             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3438             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3442             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3443             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3447             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3451             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3455             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3459             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3463             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3467             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3471             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3475             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3479             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3483             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3484                 return false;
3485             }
3486             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3487             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3491             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3495             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3499             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3500             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3504             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3508             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3509             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3513             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3517             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3518             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3522             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3526             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3530             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3534             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3538             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3539                 return false;
3540             }
3541         }
3542         catch ( final Exception e ) {
3543             e.printStackTrace( System.out );
3544             return false;
3545         }
3546         return true;
3547     }
3548
3549     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3550         try {
3551             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3552             dss1.addValue( 82 );
3553             dss1.addValue( 78 );
3554             dss1.addValue( 70 );
3555             dss1.addValue( 58 );
3556             dss1.addValue( 42 );
3557             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             dss1.addValue( 123 );
3594             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3604             dss2.addValue( -1.85 );
3605             dss2.addValue( 57.5 );
3606             dss2.addValue( 92.78 );
3607             dss2.addValue( 57.78 );
3608             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3615             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             dss2.addValue( -100 );
3619             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             final double[] ds = new double[ 14 ];
3626             ds[ 0 ] = 34;
3627             ds[ 1 ] = 23;
3628             ds[ 2 ] = 1;
3629             ds[ 3 ] = 32;
3630             ds[ 4 ] = 11;
3631             ds[ 5 ] = 2;
3632             ds[ 6 ] = 12;
3633             ds[ 7 ] = 33;
3634             ds[ 8 ] = 13;
3635             ds[ 9 ] = 22;
3636             ds[ 10 ] = 21;
3637             ds[ 11 ] = 35;
3638             ds[ 12 ] = 24;
3639             ds[ 13 ] = 31;
3640             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3641             if ( bins.length != 4 ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3654                 return false;
3655             }
3656             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3657             ds1[ 0 ] = 10.0;
3658             ds1[ 1 ] = 19.0;
3659             ds1[ 2 ] = 9.999;
3660             ds1[ 3 ] = 0.0;
3661             ds1[ 4 ] = 39.9;
3662             ds1[ 5 ] = 39.999;
3663             ds1[ 6 ] = 30.0;
3664             ds1[ 7 ] = 19.999;
3665             ds1[ 8 ] = 30.1;
3666             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3667             if ( bins1.length != 4 ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3683             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3696             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3709             dss3.addValue( 1 );
3710             dss3.addValue( 1 );
3711             dss3.addValue( 1 );
3712             dss3.addValue( 2 );
3713             dss3.addValue( 3 );
3714             dss3.addValue( 4 );
3715             dss3.addValue( 5 );
3716             dss3.addValue( 5 );
3717             dss3.addValue( 5 );
3718             dss3.addValue( 6 );
3719             dss3.addValue( 7 );
3720             dss3.addValue( 8 );
3721             dss3.addValue( 9 );
3722             dss3.addValue( 10 );
3723             dss3.addValue( 10 );
3724             dss3.addValue( 10 );
3725             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3726             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3727             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3728         }
3729         catch ( final Exception e ) {
3730             e.printStackTrace( System.out );
3731             return false;
3732         }
3733         return true;
3734     }
3735
3736     private static boolean testDir( final String file ) {
3737         try {
3738             final File f = new File( file );
3739             if ( !f.exists() ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( !f.isDirectory() ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !f.canRead() ) {
3746                 return false;
3747             }
3748         }
3749         catch ( final Exception e ) {
3750             return false;
3751         }
3752         return true;
3753     }
3754
3755     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
3756         try {
3757             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
3758             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
3759                 System.out.println( entry.getAccession() );
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
3763                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !entry.getSequenceName()
3767                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
3768                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
3769                 return false;
3770             }
3771             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
3772             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
3773             //     return false;
3774             // }
3775             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
3776                 System.out.println( entry.getGeneName() );
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
3780                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
3784                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
3788                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             //
3795             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
3796             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
3800                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
3804                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
3808                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
3809                 return false;
3810             }
3811             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
3812                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             //
3819             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
3820             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3824                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !entry2.getSequenceName()
3828                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
3829                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3833                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
3837                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             //
3844             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
3845             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
3849                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
3853                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
3854                 return false;
3855             }
3856             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
3857                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
3858                 return false;
3859             }
3860             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
3861                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             //
3871             //
3872             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
3873             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3877                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
3878                 return false;
3879             }
3880             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
3881                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3885                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
3889                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
3890                 return false;
3891             }
3892             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
3893             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
3894             //     return false;
3895             // }
3896             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
3897             //     System.out.println( entry4.getMap() );
3898             //     return false;
3899             // }
3900             //TODO FIXME gi...
3901             //
3902             //TODO fails:
3903             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
3904             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3905             //                return false;
3906             //            }
3907             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
3908             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
3912                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
3916                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
3920                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
3921                 return false;
3922             }
3923         }
3924         catch ( final IOException e ) {
3925             System.out.println();
3926             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
3927             e.printStackTrace( System.out );
3928             return true;
3929         }
3930         catch ( final Exception e ) {
3931             e.printStackTrace();
3932             return false;
3933         }
3934         return true;
3935     }
3936
3937     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3938         try {
3939             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3940             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3941             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3942             n = n.getNextExternalNode();
3943             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             n = n.getNextExternalNode();
3947             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             n = n.getNextExternalNode();
3951             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             n = t1.getNode( "B" );
3955             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3956                 n = n.getNextExternalNode();
3957             }
3958             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3959             n = t2.getNode( "A" );
3960             n = n.getNextExternalNode();
3961             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             n = n.getNextExternalNode();
3965             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             n = n.getNextExternalNode();
3969             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             n = t2.getNode( "B" );
3973             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3974                 n = n.getNextExternalNode();
3975             }
3976             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3977             n = t3.getNode( "A" );
3978             n = n.getNextExternalNode();
3979             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             n = n.getNextExternalNode();
3983             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             n = n.getNextExternalNode();
3987             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             n = n.getNextExternalNode();
3991             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             n = n.getNextExternalNode();
3995             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             n = n.getNextExternalNode();
3999             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             n = n.getNextExternalNode();
4003             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             n = t3.getNode( "B" );
4007             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4008                 n = n.getNextExternalNode();
4009             }
4010             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4011             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4012                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4013             }
4014             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4015             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4016                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4017             }
4018             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4019             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
4020             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( iter.hasNext() ) {
4039                 return false;
4040             }
4041         }
4042         catch ( final Exception e ) {
4043             e.printStackTrace( System.out );
4044             return false;
4045         }
4046         return true;
4047     }
4048
4049     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
4050         try {
4051             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
4055                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
4059                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
4066                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069         }
4070         catch ( final Exception e ) {
4071             e.printStackTrace( System.out );
4072             return false;
4073         }
4074         return true;
4075     }
4076
4077     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
4078         try {
4079             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4083                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4087                     .equals( "ARATH" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4091                     .equals( "ARATH" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4104                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4108                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4112                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4116                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4120                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4124                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4128                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4132                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4139                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
4143                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4147                     .equals( "9YX45" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4151                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4152                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4156                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4157                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4161                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4162                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4166                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4170                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4174                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4178                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4182                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4186                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4190                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4194                     .equals( "RAT" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4198                     .equals( "PIG" ) ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             if ( !ParserUtils
4202                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4203                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4207                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4211                 return false;
4212             }
4213         }
4214         catch ( final Exception e ) {
4215             e.printStackTrace( System.out );
4216             return false;
4217         }
4218         return true;
4219     }
4220
4221     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4222         try {
4223             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4224             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4225             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4229             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4233             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4237             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4241             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4245             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4249             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4253             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4257             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4261             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4265             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4269             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             n.setName( "B3RJ64" );
4273             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4277             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4281             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             n.setName( "sp B3RJ64" );
4285             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4289             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4293             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4297             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4301             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4305             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4309             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4313             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4317             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4321             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4325             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4329             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4333             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4337             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             n = new PhylogenyNode();
4341             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4342             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4343             n.getNodeData().addSequence( seq );
4344             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4348             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             n = new PhylogenyNode();
4352             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4353             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4354             n.getNodeData().addSequence( seq );
4355             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4359             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             n = new PhylogenyNode();
4363             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4364             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4365             n.getNodeData().addSequence( seq );
4366             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             n = new PhylogenyNode();
4370             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4371             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4372             n.getNodeData().addSequence( seq );
4373             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             //
4377             n = new PhylogenyNode();
4378             n.setName( "ACP19736" );
4379             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             n = new PhylogenyNode();
4383             n.setName( "|ACP19736|" );
4384             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387         }
4388         catch ( final Exception e ) {
4389             e.printStackTrace( System.out );
4390             return false;
4391         }
4392         return true;
4393     }
4394
4395     private static boolean testFastaParser() {
4396         try {
4397             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4404             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4414                 return false;
4415             }
4416             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422         }
4423         catch ( final Exception e ) {
4424             e.printStackTrace();
4425             return false;
4426         }
4427         return true;
4428     }
4429
4430     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
4431         //The format for GenBank Accession numbers are:
4432         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
4433         //Protein:    3 letters + 5 numerals
4434         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
4435         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
4436             return false;
4437         }
4438         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
4439             return false;
4440         }
4441         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
4442             return false;
4443         }
4444         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
4445             return false;
4446         }
4447         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
4448             return false;
4449         }
4450         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
4451             return false;
4452         }
4453         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
4454             return false;
4455         }
4456         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
4457             return false;
4458         }
4459         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
4460             return false;
4461         }
4462         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
4463             return false;
4464         }
4465         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
4466             return false;
4467         }
4468         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4469             return false;
4470         }
4471         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4472             return false;
4473         }
4474         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
4475             return false;
4476         }
4477         return true;
4478     }
4479
4480     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4481         try {
4482             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4483             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4484             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4485             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4486             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4487             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4488             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4489             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4490             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4527             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4537             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4547             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556         }
4557         catch ( final Exception e ) {
4558             e.printStackTrace();
4559             return false;
4560         }
4561         return true;
4562     }
4563
4564     private static boolean testGeneralTable() {
4565         try {
4566             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4567             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4568             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4569             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4570             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4571             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4572             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4573             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4574             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4575             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4603             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4604             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4605             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4606             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4607             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4608             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4609             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4610             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4611             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4612             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642         }
4643         catch ( final Exception e ) {
4644             e.printStackTrace( System.out );
4645             return false;
4646         }
4647         return true;
4648     }
4649
4650     private static boolean testGetDistance() {
4651         try {
4652             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4653             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4654                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4655             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4677                 return false;
4678             }
4679             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4749                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4750             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4781                 return false;
4782             }
4783         }
4784         catch ( final Exception e ) {
4785             e.printStackTrace( System.out );
4786             return false;
4787         }
4788         return true;
4789     }
4790
4791     private static boolean testGetLCA() {
4792         try {
4793             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4794             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4795                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4796             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4797             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4801             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4805             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4809             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4813             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4817             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4821             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4825             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4829             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4833             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4837             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4841             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4845             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4849             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4853             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4857             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4861             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4865             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4869             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4873             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4877             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4881             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4885             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4889             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4890             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4894             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4898             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4902             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4906             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4910             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4914             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4918             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final Phylogeny p3 = factory
4922                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4923                              new NHXParser() )[ 0 ];
4924             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4925             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4929             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4933             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4937             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4941             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4948             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( !al_3.isRoot() ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4955             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4962             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4969             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4973             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4974             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4978             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4979             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4983             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4984             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4988             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4989             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992         }
4993         catch ( final Exception e ) {
4994             e.printStackTrace( System.out );
4995             return false;
4996         }
4997         return true;
4998     }
4999
5000     private static boolean testGetLCA2() {
5001         try {
5002             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5003             // final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
5004             final Phylogeny p_a = NHXParser.parse( "(a)" )[ 0 ];
5005             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
5006             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
5007                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
5008             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final Phylogeny p_b = NHXParser.parse( "((a)b)" )[ 0 ];
5012             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
5013             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
5014                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
5015             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
5019                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
5020             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
5024             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
5025             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
5026                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5027             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5031                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
5032             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
5033                 System.out.println( p_c_2.getName() );
5034                 System.exit( -1 );
5035                 return false;
5036             }
5037             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5038                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
5039             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
5043                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5044             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5048                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5049             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
5050             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5051                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
5052             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
5056                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
5057             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5061                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
5062             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5066                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5067             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5071                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
5072             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
5076                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
5077             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
5081                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5082             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5086                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
5087             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5091                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
5092             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
5096                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
5097             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5101                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
5102             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5106                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
5107             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5111                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
5112             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5116                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
5117             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5121                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
5122             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5126                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
5127             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
5131                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5132             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5136                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
5137             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5141                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
5142             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5146                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
5147             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
5151                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
5152             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5156                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
5157             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5161                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
5162             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5166             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
5167             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5168                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
5169             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5173                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
5174             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5178                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
5179             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
5183                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
5184             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5188                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
5189             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5193                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
5194             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
5198                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5199             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5203                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5204             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             final Phylogeny p3 = factory
5208                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5209                              new NHXParser() )[ 0 ];
5210             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5211             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5212                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5213             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5217                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5218             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5222                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5223             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5227                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5228             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5232                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5233             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5240                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5241             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !al_3.isRoot() ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5248                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5249             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5256                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5257             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5264                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5265             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5269             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5270             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5271                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5272             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5276             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5277             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5278                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5279             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5283             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5284             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5285                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5286             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5290             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5291             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5292                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5293             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5297                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5298             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5302                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5303             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5307                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5308             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5312                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5313             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5317                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5318             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321         }
5322         catch ( final Exception e ) {
5323             e.printStackTrace( System.out );
5324             return false;
5325         }
5326         return true;
5327     }
5328
5329     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5330         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5331         try {
5332             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5333                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5334             parser1.parse();
5335             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5336                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5337             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5338             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( proteins.size() != 4 ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5357             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5364             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5371             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5375             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5394                 return false;
5395             }
5396             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5397                 return false;
5398             }
5399         }
5400         catch ( final Exception e ) {
5401             e.printStackTrace( System.out );
5402             return false;
5403         }
5404         return true;
5405     }
5406
5407     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5408         try {
5409             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5410             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5411             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5412             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5413             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5417             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5421             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5425             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5426                 return false;
5427             }
5428         }
5429         catch ( final Exception e ) {
5430             e.printStackTrace( System.out );
5431             return false;
5432         }
5433         return true;
5434     }
5435
5436     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5437         try {
5438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5439             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5440             PhylogenyNodeIterator it0;
5441             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5442                 it0.next();
5443             }
5444             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5445                 it0.next();
5446             }
5447             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5448             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( it.hasNext() ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5473                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5474             PhylogenyNodeIterator it2;
5475             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5476                 it2.next();
5477             }
5478             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5479                 it2.next();
5480             }
5481             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5482             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( it3.hasNext() ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5561             PhylogenyNodeIterator it4;
5562             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5563                 it4.next();
5564             }
5565             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5566                 it4.next();
5567             }
5568             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5569             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5585             PhylogenyNodeIterator it6;
5586             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5587                 it6.next();
5588             }
5589             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5590                 it6.next();
5591             }
5592             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5593             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( it.hasNext() ) {
5597                 return false;
5598             }
5599         }
5600         catch ( final Exception e ) {
5601             e.printStackTrace( System.out );
5602             return false;
5603         }
5604         return true;
5605     }
5606
5607     private static boolean testMafft( final String path ) {
5608         try {
5609             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5610             opts.add( "--maxiterate" );
5611             opts.add( "1000" );
5612             opts.add( "--localpair" );
5613             opts.add( "--quiet" );
5614             Msa msa = null;
5615             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5616             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5617             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623         }
5624         catch ( final Exception e ) {
5625             e.printStackTrace( System.out );
5626             return false;
5627         }
5628         return true;
5629     }
5630
5631     private static boolean testMidpointrooting() {
5632         try {
5633             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5634             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5635             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5636             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5643                            1 ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5647                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5648             if ( !t1.isRooted() ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5652             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5671             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5672             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5685                 System.exit( -1 );
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691         }
5692         catch ( final Exception e ) {
5693             e.printStackTrace( System.out );
5694             return false;
5695         }
5696         return true;
5697     }
5698
5699     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5700         try {
5701             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5702             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5703             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5704             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5705             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5706             l.add( s0 );
5707             l.add( s1 );
5708             l.add( s2 );
5709             l.add( s3 );
5710             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5711             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723         }
5724         catch ( final Exception e ) {
5725             e.printStackTrace( System.out );
5726             return false;
5727         }
5728         return true;
5729     }
5730
5731     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5732         try {
5733             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5734             PhylogenyNode n;
5735             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5736             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5737             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5738             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5739             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5740             n = t0.getFirstExternalNode();
5741             while ( n != null ) {
5742                 ext.add( n );
5743                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5744             }
5745             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             ext.clear();
5764             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5765             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5766             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5767             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5768             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5769             n = t1.getNode( "ab" );
5770             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5771             while ( n != null ) {
5772                 ext.add( n );
5773                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5774             }
5775             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             //
5791             //
5792             ext.clear();
5793             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5794             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5795             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5796             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5797             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5798             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5799             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5800             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5801             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5802             n = t2.getNode( "ab" );
5803             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5804             while ( n != null ) {
5805                 ext.add( n );
5806                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5807             }
5808             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             //
5821             //
5822             ext.clear();
5823             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5824             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5825             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5826             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5827             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5828             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5829             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5830             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5831             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5832             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5833             n = t3.getNode( "ab" );
5834             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5835             while ( n != null ) {
5836                 ext.add( n );
5837                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5838             }
5839             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             //
5849             //
5850             ext.clear();
5851             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5852             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5853             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5854             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5855             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5856             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5857             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5858             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5859             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5860             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5861             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5862             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5863             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             //
5867             //
5868             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5869             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5870             ext.clear();
5871             n = t5.getFirstExternalNode();
5872             while ( n != null ) {
5873                 ext.add( n );
5874                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5875             }
5876             if ( ext.size() != 8 ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5898                 return false;
5899             }
5900             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5901                 return false;
5902             }
5903             //
5904             //
5905             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5906             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5907             ext.clear();
5908             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5909             n = t6.getNode( "ab" );
5910             while ( n != null ) {
5911                 ext.add( n );
5912                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5913             }
5914             if ( ext.size() != 7 ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             //
5939             //
5940             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5941             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5942             ext.clear();
5943             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5944             n = t7.getNode( "a" );
5945             while ( n != null ) {
5946                 ext.add( n );
5947                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5948             }
5949             if ( ext.size() != 7 ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5959                 return false;
5960             }
5961             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5962                 return false;
5963             }
5964             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5965                 return false;
5966             }
5967             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5968                 return false;
5969             }
5970             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             //
5974             //
5975             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5976             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5977             ext.clear();
5978             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5979             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5980             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5981             n = t8.getNode( "a" );
5982             while ( n != null ) {
5983                 ext.add( n );
5984                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5985             }
5986             if ( ext.size() != 7 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5996                 System.out.println( "2 fail" );
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             //
6012             //
6013             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6014             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
6015             ext.clear();
6016             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6017             n = t9.getNode( "a" );
6018             while ( n != null ) {
6019                 ext.add( n );
6020                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6021             }
6022             if ( ext.size() != 7 ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             //
6047             //
6048             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6049             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
6050             ext.clear();
6051             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6052             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6053             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6054             n = t10.getNode( "a" );
6055             while ( n != null ) {
6056                 ext.add( n );
6057                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6058             }
6059             if ( ext.size() != 7 ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             //
6084             //
6085             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6086             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
6087             ext.clear();
6088             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6089             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6090             n = t11.getNode( "a" );
6091             while ( n != null ) {
6092                 ext.add( n );
6093                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6094             }
6095             if ( ext.size() != 6 ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             //
6117             //
6118             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6119             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
6120             ext.clear();
6121             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6122             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6123             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6124             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6125             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
6126             n = t12.getNode( "a" );
6127             while ( n != null ) {
6128                 ext.add( n );
6129                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6130             }
6131             if ( ext.size() != 6 ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             //
6153             //
6154             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6155             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
6156             ext.clear();
6157             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6158             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
6159             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6160             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6161             n = t13.getNode( "ab" );
6162             while ( n != null ) {
6163                 ext.add( n );
6164                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6165             }
6166             if ( ext.size() != 5 ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             //
6185             //
6186             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6187             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
6188             ext.clear();
6189             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6190             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6191             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6192             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6193             n = t14.getNode( "ab" );
6194             while ( n != null ) {
6195                 ext.add( n );
6196                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6197             }
6198             if ( ext.size() != 5 ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             //
6217             //
6218             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6219             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6220             ext.clear();
6221             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6222             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6223             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6224             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6225             n = t15.getNode( "ab" );
6226             while ( n != null ) {
6227                 ext.add( n );
6228                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6229             }
6230             if ( ext.size() != 6 ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             //
6252             //
6253             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6254             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6255             ext.clear();
6256             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6257             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6258             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6259             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6260             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6261             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6262             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6263             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6264             n = t16.getNode( "ab" );
6265             while ( n != null ) {
6266                 ext.add( n );
6267                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6268             }
6269             if ( ext.size() != 4 ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284         }
6285         catch ( final Exception e ) {
6286             e.printStackTrace( System.out );
6287             return false;
6288         }
6289         return true;
6290     }
6291
6292     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6293         try {
6294             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6295             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6296             parser.parse();
6297             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6298             if ( labels.length != 7 ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6323             parser.parse();
6324             labels = parser.getCharStateLabels();
6325             if ( labels.length != 7 ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349         }
6350         catch ( final Exception e ) {
6351             e.printStackTrace( System.out );
6352             return false;
6353         }
6354         return true;
6355     }
6356
6357     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6358         try {
6359             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6360             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6361             parser.parse();
6362             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6363             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             //            if ( labels.length != 7 ) {
6391             //                return false;
6392             //            }
6393             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6394             //                return false;
6395             //            }
6396             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6397             //                return false;
6398             //            }
6399             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6400             //                return false;
6401             //            }
6402             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6403             //                return false;
6404             //            }
6405             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6406             //                return false;
6407             //            }
6408             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6409             //                return false;
6410             //            }
6411             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6412             //                return false;
6413             //            }
6414             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6415             //            parser.parse();
6416             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6417             //            if ( labels.length != 7 ) {
6418             //                return false;
6419             //            }
6420             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6421             //                return false;
6422             //            }
6423             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6424             //                return false;
6425             //            }
6426             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6427             //                return false;
6428             //            }
6429             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6430             //                return false;
6431             //            }
6432             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6433             //                return false;
6434             //            }
6435             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6436             //                return false;
6437             //            }
6438             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6439             //                return false;
6440             //            }
6441         }
6442         catch ( final Exception e ) {
6443             e.printStackTrace( System.out );
6444             return false;
6445         }
6446         return true;
6447     }
6448
6449     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6450         try {
6451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6452             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6453             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6454             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             phylogenies = null;
6464             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6465             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             phylogenies = null;
6475             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6476             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             phylogenies = null;
6489             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6490             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6491                 return false;
6492             }
6493             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6494                 return false;
6495             }
6496             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6542                 return false;
6543             }
6544             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6563                 return false;
6564             }
6565             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6611                 return false;
6612             }
6613         }
6614         catch ( final Exception e ) {
6615             e.printStackTrace( System.out );
6616             return false;
6617         }
6618         return true;
6619     }
6620
6621     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6622         try {
6623             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6624             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6625             if ( !p.hasNext() ) {
6626                 return false;
6627             }
6628             Phylogeny phy = p.next();
6629             if ( phy == null ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             if ( p.hasNext() ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             phy = p.next();
6642             if ( phy != null ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             //
6646             p.reset();
6647             if ( !p.hasNext() ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             phy = p.next();
6651             if ( phy == null ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( p.hasNext() ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             phy = p.next();
6664             if ( phy != null ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             ////
6668             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6669             if ( !p.hasNext() ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             phy = p.next();
6673             if ( phy == null ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             if ( p.hasNext() ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             phy = p.next();
6686             if ( phy != null ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             //
6690             p.reset();
6691             if ( !p.hasNext() ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             phy = p.next();
6695             if ( phy == null ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( p.hasNext() ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             phy = p.next();
6708             if ( phy != null ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             ////
6712             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6713             if ( !p.hasNext() ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             phy = p.next();
6717             if ( phy == null ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( phy.isRooted() ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             if ( p.hasNext() ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             phy = p.next();
6733             if ( phy != null ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             //
6737             p.reset();
6738             if ( !p.hasNext() ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             phy = p.next();
6742             if ( phy == null ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( p.hasNext() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             phy = p.next();
6755             if ( phy != null ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             ////
6759             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6760             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6761             //                return false;
6762             //            }
6763             //0
6764             if ( !p.hasNext() ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             phy = p.next();
6768             if ( phy == null ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //1
6778             if ( !p.hasNext() ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             phy = p.next();
6782             if ( phy == null ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             //2
6792             if ( !p.hasNext() ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             phy = p.next();
6796             if ( phy == null ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( phy.isRooted() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //3
6809             if ( !p.hasNext() ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             phy = p.next();
6813             if ( phy == null ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             if ( !phy.isRooted() ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             //4
6826             if ( !p.hasNext() ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             phy = p.next();
6830             if ( phy == null ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6834                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( !phy.isRooted() ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             //5
6844             if ( !p.hasNext() ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             phy = p.next();
6848             if ( phy == null ) {
6849                 return false;
6850             }
6851             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             if ( phy.isRooted() ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             //6
6861             if ( !p.hasNext() ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             phy = p.next();
6865             if ( phy == null ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             if ( !phy.isRooted() ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             //7
6878             if ( !p.hasNext() ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             phy = p.next();
6882             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             if ( !phy.isRooted() ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             //8
6892             if ( !p.hasNext() ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             phy = p.next();
6896             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             //9
6906             if ( !p.hasNext() ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             phy = p.next();
6910             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //10
6920             if ( !p.hasNext() ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             phy = p.next();
6924             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             if ( !phy.isRooted() ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             //11
6937             if ( !p.hasNext() ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             phy = p.next();
6941             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6948                 return false;
6949             }
6950             if ( phy.isRooted() ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //12
6954             if ( !p.hasNext() ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             phy = p.next();
6958             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             if ( !phy.isRooted() ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //13
6971             if ( !p.hasNext() ) {
6972                 return false;
6973             }
6974             phy = p.next();
6975             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( !phy.isRooted() ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //14
6988             if ( !p.hasNext() ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             phy = p.next();
6992             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6993                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6994                 return false;
6995             }
6996             if ( !phy
6997                     .toNewHampshire()
6998                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6999                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7000                 return false;
7001             }
7002             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             if ( !phy.isRooted() ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             //15
7009             if ( !p.hasNext() ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             phy = p.next();
7013             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7014                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phy
7018                     .toNewHampshire()
7019                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7020                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( phy.isRooted() ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             //16
7030             if ( !p.hasNext() ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             phy = p.next();
7034             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7035                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( !phy
7039                     .toNewHampshire()
7040                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7041                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             if ( !phy.isRooted() ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             //17
7051             if ( !p.hasNext() ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             phy = p.next();
7055             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7056                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7057                 return false;
7058             }
7059             if ( !phy
7060                     .toNewHampshire()
7061                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7062                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             if ( phy.isRooted() ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             //
7072             if ( p.hasNext() ) {
7073                 return false;
7074             }
7075             phy = p.next();
7076             if ( phy != null ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             p.reset();
7080             //0
7081             if ( !p.hasNext() ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             phy = p.next();
7085             if ( phy == null ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7089                 return false;
7090             }
7091             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             //1
7095             if ( !p.hasNext() ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             phy = p.next();
7099             if ( phy == null ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             //2
7109             if ( !p.hasNext() ) {
7110                 return false;
7111             }
7112             phy = p.next();
7113             if ( phy == null ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             if ( phy.isRooted() ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             //3
7126             if ( !p.hasNext() ) {
7127                 return false;
7128             }
7129             phy = p.next();
7130             if ( phy == null ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             if ( !phy.isRooted() ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             //4
7143             if ( !p.hasNext() ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             phy = p.next();
7147             if ( phy == null ) {
7148                 return false;
7149             }
7150             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7151                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7152                 return false;
7153             }
7154             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7155                 return false;
7156             }
7157             if ( !phy.isRooted() ) {
7158                 return false;
7159             }
7160             //5
7161             if ( !p.hasNext() ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             phy = p.next();
7165             if ( phy == null ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             if ( phy.isRooted() ) {
7175                 return false;
7176             }
7177         }
7178         catch ( final Exception e ) {
7179             e.printStackTrace( System.out );
7180             return false;
7181         }
7182         return true;
7183     }
7184
7185     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
7186         try {
7187             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7188             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
7189             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
7190             if ( phylogenies.length != 1 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7206                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             phylogenies = null;
7210             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7211             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7230                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7249                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7268                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7269                 return false;
7270             }
7271             phylogenies = null;
7272             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7273             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7274                 return false;
7275             }
7276             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7286                 return false;
7287             }
7288             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7289                 return false;
7290             }
7291             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7292                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7311                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7312                 return false;
7313             }
7314             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7318                 return false;
7319             }
7320             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7321                 return false;
7322             }
7323             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7327                 return false;
7328             }
7329             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7330                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7331                 return false;
7332             }
7333         }
7334         catch ( final Exception e ) {
7335             e.printStackTrace( System.out );
7336             return false;
7337         }
7338         return true;
7339     }
7340
7341     private static boolean testNHParsing() {
7342         try {
7343             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7344             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7345             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7349             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7350             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7351             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7352             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             final Phylogeny p1b = factory
7359                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7360                              new NHXParser() )[ 0 ];
7361             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7368             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7369             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7370             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7371             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7372             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7373             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7374             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7375             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7376             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7377             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7378                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7379                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7380                                                     new NHXParser() );
7381             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7394             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7395             final String p16_S = "((A,B),C)";
7396             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7397             if ( p16.length != 1 ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7404             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7405             if ( p17.length != 1 ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7412             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7413             if ( p18.length != 1 ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7420             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7421             if ( p19.length != 1 ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7428             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7429             if ( p20.length != 1 ) {
7430                 return false;
7431             }
7432             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7436             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7437             if ( p21.length != 1 ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7444             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7445             if ( p22.length != 1 ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7452             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7453             if ( p23.length != 1 ) {
7454                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7455                 System.exit( -1 );
7456                 return false;
7457             }
7458             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7462             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7463             if ( p24.length != 1 ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7470             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7471             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7472             if ( p241.length != 2 ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7482                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7483                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7484                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7485                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7486                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7487                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7488                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7489             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7490             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             final String p26_S = "(A,B)ab";
7494             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7495             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7496                 return false;
7497             }
7498             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7499             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7500             if ( p27s.length != 1 ) {
7501                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7502                 System.exit( -1 );
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7506                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7507                 System.exit( -1 );
7508                 return false;
7509             }
7510             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7511                                                     new NHXParser() );
7512             if ( p27.length != 1 ) {
7513                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7514                 System.exit( -1 );
7515                 return false;
7516             }
7517             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7518                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7519                 System.exit( -1 );
7520                 return false;
7521             }
7522             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7523             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7524             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7525             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7526             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7527                                                     new NHXParser() );
7528             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             if ( p28.length != 4 ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7544             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7545             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7549             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7550             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7554             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7555             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             final String p33_S = "A";
7559             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7560             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             final String p34_S = "B;";
7564             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7565             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             final String p35_S = "B:0.2";
7569             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7570             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             final String p36_S = "(A)";
7574             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7575             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             final String p37_S = "((A))";
7579             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7580             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7584             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7585             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7589             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7590             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             final String p40_S = "(A,B,C)";
7594             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7595             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7599             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7600             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7604             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7605             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7609             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7610             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7614             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7615             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7619             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7620             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             final String p46_S = "";
7624             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7625             if ( p46.length != 0 ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7629             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7633             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             final Phylogeny p49 = factory
7637                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7638                              new NHXParser() )[ 0 ];
7639             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7643             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7647                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7654                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7658             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7662             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             final Phylogeny p53 = factory
7666                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7667                              new NHXParser() )[ 0 ];
7668             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             //
7672             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7673             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7677                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680         }
7681         catch ( final Exception e ) {
7682             e.printStackTrace( System.out );
7683             return false;
7684         }
7685         return true;
7686     }
7687
7688     private static boolean testNHParsingIter() {
7689         try {
7690             final String p0_str = "(A,B);";
7691             final NHXParser p = new NHXParser();
7692             p.setSource( p0_str );
7693             if ( !p.hasNext() ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             final Phylogeny p0 = p.next();
7697             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7698                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( p.hasNext() ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( p.next() != null ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             //
7708             final String p00_str = "(A,B)root;";
7709             p.setSource( p00_str );
7710             final Phylogeny p00 = p.next();
7711             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7712                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7713                 return false;
7714             }
7715             //
7716             final String p000_str = "A;";
7717             p.setSource( p000_str );
7718             final Phylogeny p000 = p.next();
7719             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7720                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7721                 return false;
7722             }
7723             //
7724             final String p0000_str = "A";
7725             p.setSource( p0000_str );
7726             final Phylogeny p0000 = p.next();
7727             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7728                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7729                 return false;
7730             }
7731             //
7732             p.setSource( "(A)" );
7733             final Phylogeny p00000 = p.next();
7734             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7735                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7736                 return false;
7737             }
7738             //
7739             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7740             p.setSource( p1_str );
7741             if ( !p.hasNext() ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7745             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7746                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !p.hasNext() ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7753             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7754                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !p.hasNext() ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7761             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7762                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( !p.hasNext() ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7769             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7770                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7771                 return false;
7772             }
7773             if ( p.hasNext() ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( p.next() != null ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             //
7780             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7781             p.setSource( p2_str );
7782             if ( !p.hasNext() ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             Phylogeny p2_0 = p.next();
7786             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7787                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7788                 return false;
7789             }
7790             if ( !p.hasNext() ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             Phylogeny p2_1 = p.next();
7794             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7795                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !p.hasNext() ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             Phylogeny p2_2 = p.next();
7802             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7803                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( !p.hasNext() ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             Phylogeny p2_3 = p.next();
7810             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7811                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7812                 return false;
7813             }
7814             if ( !p.hasNext() ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             Phylogeny p2_4 = p.next();
7818             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7819                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( p.hasNext() ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( p.next() != null ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             ////
7829             p.reset();
7830             if ( !p.hasNext() ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             p2_0 = p.next();
7834             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7835                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( !p.hasNext() ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             p2_1 = p.next();
7842             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7843                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( !p.hasNext() ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             p2_2 = p.next();
7850             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7851                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !p.hasNext() ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             p2_3 = p.next();
7858             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7859                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !p.hasNext() ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             p2_4 = p.next();
7866             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7867                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( p.hasNext() ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( p.next() != null ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             //
7877             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7878             p.setSource( p3_str );
7879             if ( !p.hasNext() ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7883             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7884                 return false;
7885             }
7886             if ( p.hasNext() ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             if ( p.next() != null ) {
7890                 return false;
7891             }
7892             //
7893             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7894             p.setSource( p4_str );
7895             if ( !p.hasNext() ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7899             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( p.hasNext() ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( p.next() != null ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             //
7909             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7910             p.setSource( p5_str );
7911             if ( !p.hasNext() ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7915             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( p.hasNext() ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             if ( p.next() != null ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             //
7925             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7926             p.setSource( p6_str );
7927             if ( !p.hasNext() ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             Phylogeny p6_0 = p.next();
7931             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             if ( p.hasNext() ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             if ( p.next() != null ) {
7938                 return false;
7939             }
7940             p.reset();
7941             if ( !p.hasNext() ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             p6_0 = p.next();
7945             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( p.hasNext() ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( p.next() != null ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             //
7955             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7956             p.setSource( p7_str );
7957             if ( !p.hasNext() ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             Phylogeny p7_0 = p.next();
7961             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             if ( p.hasNext() ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             if ( p.next() != null ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             p.reset();
7971             if ( !p.hasNext() ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             p7_0 = p.next();
7975             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             if ( p.hasNext() ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             if ( p.next() != null ) {
7982                 return false;
7983             }
7984             //
7985             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7986             p.setSource( p8_str );
7987             if ( !p.hasNext() ) {
7988                 return false;
7989             }
7990             Phylogeny p8_0 = p.next();
7991             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( !p.hasNext() ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( !p.hasNext() ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             Phylogeny p8_1 = p.next();
8001             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8002                 return false;
8003             }
8004             if ( p.hasNext() ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             if ( p.next() != null ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             p.reset();
8011             if ( !p.hasNext() ) {
8012                 return false;
8013             }
8014             p8_0 = p.next();
8015             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !p.hasNext() ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             p8_1 = p.next();
8022             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8023                 return false;
8024             }
8025             if ( p.hasNext() ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( p.next() != null ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             p.reset();
8032             //
8033             p.setSource( "" );
8034             if ( p.hasNext() ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             //
8038             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
8039             if ( !p.hasNext() ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             Phylogeny p_27 = p.next();
8043             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8044                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8045                 System.exit( -1 );
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( p.hasNext() ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( p.next() != null ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             p.reset();
8055             if ( !p.hasNext() ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             p_27 = p.next();
8059             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8060                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8061                 System.exit( -1 );
8062                 return false;
8063             }
8064             if ( p.hasNext() ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             if ( p.next() != null ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             //
8071             final String p30_str = "(A,B);(C,D)";
8072             final NHXParser p30 = new NHXParser();
8073             p30.setSource( p30_str );
8074             if ( !p30.hasNext() ) {
8075                 return false;
8076             }
8077             Phylogeny phy30 = p30.next();
8078             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8079                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( !p30.hasNext() ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             Phylogeny phy301 = p30.next();
8086             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8087                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8088                 return false;
8089             }
8090             if ( p30.hasNext() ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             if ( p30.hasNext() ) {
8094                 return false;
8095             }
8096             if ( p30.next() != null ) {
8097                 return false;
8098             }
8099             if ( p30.next() != null ) {
8100                 return false;
8101             }
8102             p30.reset();
8103             if ( !p30.hasNext() ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             phy30 = p30.next();
8107             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8108                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( !p30.hasNext() ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             phy301 = p30.next();
8115             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8116                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( p30.hasNext() ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( p30.hasNext() ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( p30.next() != null ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( p30.next() != null ) {
8129                 return false;
8130             }
8131         }
8132         catch ( final Exception e ) {
8133             e.printStackTrace( System.out );
8134             return false;
8135         }
8136         return true;
8137     }
8138
8139     private static boolean testNHXconversion() {
8140         try {
8141             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8142             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8143             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8144             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8145             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8146                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
8147             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
8148                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8149             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
8165                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
8166                 return false;
8167             }
8168         }
8169         catch ( final Exception e ) {
8170             e.printStackTrace( System.out );
8171             return false;
8172         }
8173         return true;
8174     }
8175
8176     private static boolean testNHXNodeParsing() {
8177         try {
8178             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8179             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8180             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8181             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8182             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8183                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
8184             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( n3.isDuplication() ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             if ( !n5.isDuplication() ) {
8218                 return false;
8219             }
8220             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
8224                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
8225                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8226             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
8233                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
8234                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8235             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
8242                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8243             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
8247                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8248             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
8255                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8256             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8263                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8264             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8271                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8272             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8279                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8280             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8287                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8288             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8295                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8296             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8297                 return false;
8298             }
8299             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8303                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8304             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8311                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8312             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8316                 return false;
8317             }
8318             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8319                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8320             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8327                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8328                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8329             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8336                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8337                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8338             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8345                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8346             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8347                 return false;
8348             }
8349             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8353                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8354                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8355             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8365                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8366                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8367             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8377                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8378             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8379                 return false;
8380             }
8381             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8382                 return false;
8383             }
8384             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8388                 return false;
8389             }
8390             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8391                 return false;
8392             }
8393             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8394                 return false;
8395             }
8396             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8403                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8404             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8411             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8415                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8416             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8429                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8430             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8437                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8438                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8439             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8449                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8450                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8451             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8461                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8462                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8463             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8470                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8471             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8481                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8482             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8489                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8490                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8491             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8498                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8499                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8500             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8504                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8505             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8509                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8510             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8514                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8515             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8519                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8520             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8524                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8525             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8529                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8530             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8531                 return false;
8532             }
8533         }
8534         catch ( final Exception e ) {
8535             e.printStackTrace( System.out );
8536             return false;
8537         }
8538         return true;
8539     }
8540
8541     private static boolean testNHXParsing() {
8542         try {
8543             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8544             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8545             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8549             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8550             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8554             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8555             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             final Phylogeny[] p3 = factory
8559                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8560                              new NHXParser() );
8561             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             final Phylogeny[] p4 = factory
8565                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8566                              new NHXParser() );
8567             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             final Phylogeny[] p5 = factory
8571                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8572                              new NHXParser() );
8573             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8577             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8578             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8579             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8583             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8584             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8585             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8589             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8590             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8591             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8595             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             final Phylogeny p10 = factory
8599                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8600                              new NHXParser() )[ 0 ];
8601             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8602                 return false;
8603             }
8604         }
8605         catch ( final Exception e ) {
8606             e.printStackTrace( System.out );
8607             return false;
8608         }
8609         return true;
8610     }
8611
8612     private static boolean testNHXParsingMB() {
8613         try {
8614             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8615             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8616                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8617                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8618                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8619                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8620                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8621                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8622                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8623                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8624             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8631                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             final Phylogeny p2 = factory
8641                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8642                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8643                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8644                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8645                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8646                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8647                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8648                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8649                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8650                              new NHXParser() )[ 0 ];
8651             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8655                 return false;
8656             }
8657         }
8658         catch ( final Exception e ) {
8659             e.printStackTrace( System.out );
8660             System.exit( -1 );
8661             return false;
8662         }
8663         return true;
8664     }
8665
8666     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8667         try {
8668             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8669             final NHXParser p = new NHXParser();
8670             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8671             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8675             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8685                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8704             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8705             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8706             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8710             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8711             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8712             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8716             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8717             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8718             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8722             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8723             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8724             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             final Phylogeny p10 = factory
8728                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8729                              new NHXParser() )[ 0 ];
8730             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8731             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8735             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             //
8739             final Phylogeny p12 = factory
8740                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8741                              new NHXParser() )[ 0 ];
8742             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8743             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8747             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8751             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8755             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758         }
8759         catch ( final Exception e ) {
8760             e.printStackTrace( System.out );
8761             return false;
8762         }
8763         return true;
8764     }
8765
8766     private static boolean testNodeRemoval() {
8767         try {
8768             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8769             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8770             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8771             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8775             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8776             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8780             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8781             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784         }
8785         catch ( final Exception e ) {
8786             e.printStackTrace( System.out );
8787             return false;
8788         }
8789         return true;
8790     }
8791
8792     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8793         try {
8794             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8795             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8796             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8797             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8798             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8808             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8809             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8810             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8817             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826         }
8827         catch ( final Exception e ) {
8828             e.printStackTrace( System.out );
8829             return false;
8830         }
8831         return true;
8832     }
8833
8834     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8835         try {
8836             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8837             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8838             try {
8839                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8840             }
8841             catch ( final Exception e ) {
8842                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8843             }
8844             if ( xml_parser == null ) {
8845                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8846                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8847                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8848                 }
8849                 else {
8850                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8851                 }
8852             }
8853             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8854                                                               xml_parser );
8855             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8856                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8857                 return false;
8858             }
8859             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8860                 return false;
8861             }
8862             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8863             PhylogenyNode n = null;
8864             Distribution d = null;
8865             n = t1.getNode( "root node" );
8866             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8870                 return false;
8871             }
8872             d = n.getNodeData().getDistribution();
8873             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( d.getPolygons() != null ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8883                 return false;
8884             }
8885             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8886                 return false;
8887             }
8888             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             n = t1.getNode( "node a" );
8898             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8899                 return false;
8900             }
8901             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8905             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( d.getPolygons() != null ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8915                 return false;
8916             }
8917             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8918                 return false;
8919             }
8920             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             n = t1.getNode( "node bb" );
8930             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8931                 return false;
8932             }
8933             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8934                 return false;
8935             }
8936             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8937             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8938                 return false;
8939             }
8940             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8941                 return false;
8942             }
8943             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8944                 return false;
8945             }
8946             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8947                 return false;
8948             }
8949             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8950                 return false;
8951             }
8952             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8953                 return false;
8954             }
8955             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8956                 return false;
8957             }
8958             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8959                 return false;
8960             }
8961             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8962             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8972                 return false;
8973             }
8974             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             p = d.getPolygons().get( 1 );
8984             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8988                 return false;
8989             }
8990             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8991                 return false;
8992             }
8993             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             // Roundtrip:
8997             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8998             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8999             if ( rt.length != 1 ) {
9000                 return false;
9001             }
9002             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
9003             n = t1_rt.getNode( "root node" );
9004             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9008                 return false;
9009             }
9010             d = n.getNodeData().getDistribution();
9011             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9012                 return false;
9013             }
9014             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9015                 return false;
9016             }
9017             if ( d.getPolygons() != null ) {
9018                 return false;
9019             }
9020             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9021                 return false;
9022             }
9023             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9024                 return false;
9025             }
9026             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9027                 return false;
9028             }
9029             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9030                 return false;
9031             }
9032             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             n = t1_rt.getNode( "node a" );
9036             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9037                 return false;
9038             }
9039             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9040                 return false;
9041             }
9042             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9043             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             if ( d.getPolygons() != null ) {
9050                 return false;
9051             }
9052             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9053                 return false;
9054             }
9055             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9056                 return false;
9057             }
9058             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
9068             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9069                 return false;
9070             }
9071             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9072                 return false;
9073             }
9074             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9075             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9076                 return false;
9077             }
9078             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9079                 return false;
9080             }
9081             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9082                 return false;
9083             }
9084             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9085                 return false;
9086             }
9087             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9088                 return false;
9089             }
9090             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9091                 return false;
9092             }
9093             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9094                 return false;
9095             }
9096             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9097                 return false;
9098             }
9099             p = d.getPolygons().get( 0 );
9100             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9101                 return false;
9102             }
9103             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9104                 return false;
9105             }
9106             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9107                 return false;
9108             }
9109             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9110                 return false;
9111             }
9112             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9113                 return false;
9114             }
9115             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9116                 return false;
9117             }
9118             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9119                 return false;
9120             }
9121             p = d.getPolygons().get( 1 );
9122             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9123                 return false;
9124             }
9125             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9126                 return false;
9127             }
9128             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9129                 return false;
9130             }
9131             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9132                 return false;
9133             }
9134         }
9135         catch ( final Exception e ) {
9136             e.printStackTrace( System.out );
9137             return false;
9138         }
9139         return true;
9140     }
9141
9142     private static boolean testPostOrderIterator() {
9143         try {
9144             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9145             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9146             PhylogenyNodeIterator it0;
9147             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
9148                 it0.next();
9149             }
9150             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9151                 it0.next();
9152             }
9153             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9154             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
9155             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9156                 return false;
9157             }
9158             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9159                 return false;
9160             }
9161             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9162                 return false;
9163             }
9164             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9165                 return false;
9166             }
9167             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9168                 return false;
9169             }
9170             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9171                 return false;
9172             }
9173             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9174                 return false;
9175             }
9176             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9177                 return false;
9178             }
9179             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9180                 return false;
9181             }
9182             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9183                 return false;
9184             }
9185             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9186                 return false;
9187             }
9188             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9189                 return false;
9190             }
9191             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9192                 return false;
9193             }
9194             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9195                 return false;
9196             }
9197             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9198                 return false;
9199             }
9200             if ( it.hasNext() ) {
9201                 return false;
9202             }
9203         }
9204         catch ( final Exception e ) {
9205             e.printStackTrace( System.out );
9206             return false;
9207         }
9208         return true;
9209     }
9210
9211     private static boolean testPreOrderIterator() {
9212         try {
9213             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9214             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9215             PhylogenyNodeIterator it0;
9216             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
9217                 it0.next();
9218             }
9219             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9220                 it0.next();
9221             }
9222             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
9223             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9224                 return false;
9225             }
9226             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9227                 return false;
9228             }
9229             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9230                 return false;
9231             }
9232             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9233                 return false;
9234             }
9235             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9236                 return false;
9237             }
9238             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9239                 return false;
9240             }
9241             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9242                 return false;
9243             }
9244             if ( it.hasNext() ) {
9245                 return false;
9246             }
9247             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9248             it = t1.iteratorPreorder();
9249             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9250                 return false;
9251             }
9252             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9253                 return false;
9254             }
9255             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9256                 return false;
9257             }
9258             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9259                 return false;
9260             }
9261             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9271                 return false;
9272             }
9273             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9274                 return false;
9275             }
9276             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9277                 return false;
9278             }
9279             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9280                 return false;
9281             }
9282             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9283                 return false;
9284             }
9285             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9286                 return false;
9287             }
9288             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9289                 return false;
9290             }
9291             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9292                 return false;
9293             }
9294             if ( it.hasNext() ) {
9295                 return false;
9296             }
9297         }
9298         catch ( final Exception e ) {
9299             e.printStackTrace( System.out );
9300             return false;
9301         }
9302         return true;
9303     }
9304
9305     private static boolean testPropertiesMap() {
9306         try {
9307             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9308             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9309             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9310             final Property p2 = new Property( "something:else",
9311                                               "?",
9312                                               "improbable:research",
9313                                               "xsd:decimal",
9314                                               AppliesTo.NODE );
9315             pm.addProperty( p0 );
9316             pm.addProperty( p1 );
9317             pm.addProperty( p2 );
9318             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9319                 return false;
9320             }
9321             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9322                 return false;
9323             }
9324             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9325                 return false;
9326             }
9327             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9331                 return false;
9332             }
9333             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9334                 return false;
9335             }
9336             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9337             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9344                 return false;
9345             }
9346         }
9347         catch ( final Exception e ) {
9348             e.printStackTrace( System.out );
9349             return false;
9350         }
9351         return true;
9352     }
9353
9354     private static boolean testProteinId() {
9355         try {
9356             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9357             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9358             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9359             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9360             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9361                 return false;
9362             }
9363             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9364                 return false;
9365             }
9366             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9367                 return false;
9368             }
9369             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9370                 return false;
9371             }
9372             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9373                 return false;
9374             }
9375             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9376                 return false;
9377             }
9378             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9379                 return false;
9380             }
9381             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9382                 return false;
9383             }
9384             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9385                 return false;
9386             }
9387             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9391                 return false;
9392             }
9393             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9394                 return false;
9395             }
9396             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9397                 return false;
9398             }
9399             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9400                 return false;
9401             }
9402             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9403             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9404                 return false;
9405             }
9406             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9407                 return false;
9408             }
9409         }
9410         catch ( final Exception e ) {
9411             e.printStackTrace( System.out );
9412             return false;
9413         }
9414         return true;
9415     }
9416
9417     private static boolean testReIdMethods() {
9418         try {
9419             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9420             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9421             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9422             p.levelOrderReID();
9423             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9424                 return false;
9425             }
9426             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9427                 return false;
9428             }
9429             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9430                 return false;
9431             }
9432             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9433                 return false;
9434             }
9435             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9436                 return false;
9437             }
9438             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9439                 return false;
9440             }
9441             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9442                 return false;
9443             }
9444             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9445                 return false;
9446             }
9447             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9448                 return false;
9449             }
9450             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9451                 return false;
9452             }
9453             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9454                 return false;
9455             }
9456             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9457                 return false;
9458             }
9459             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9460                 return false;
9461             }
9462             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9463                 return false;
9464             }
9465             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9466                 return false;
9467             }
9468         }
9469         catch ( final Exception e ) {
9470             e.printStackTrace( System.out );
9471             return false;
9472         }
9473         return true;
9474     }
9475
9476     private static boolean testRerooting() {
9477         try {
9478             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9479             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9480                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9481             if ( !t1.isRooted() ) {
9482                 return false;
9483             }
9484             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9485             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9486             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9487             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9488             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9489             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9490             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9491             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9492             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9493             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9494             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9495             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9496             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9497             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9498             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9499             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9500             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9501             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9502             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9503             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9504             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9505             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9506             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9507             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9508             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9509             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9510             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9511             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9512             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9513                 return false;
9514             }
9515             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9528                 return false;
9529             }
9530             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9531                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9532             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9533             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9534             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9535             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9536             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9537             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9538             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9539             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9540             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9541             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9542             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9543             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9544             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9545             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9546             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9547             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9548             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9549             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9550             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9551             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9552             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9553             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9554             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9555             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9556             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9557             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9558             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9559             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9560             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9561             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9562             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9563             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9564             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9565             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9566             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9567             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9568             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9569             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9570             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9571             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9572             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9573             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9574             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9575             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9576             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9577             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9581                 return false;
9582             }
9583             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9584             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9591             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9592                 return false;
9593             }
9594             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9595                 return false;
9596             }
9597             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9598                 return false;
9599             }
9600             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9601             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9602                 return false;
9603             }
9604             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9605                 return false;
9606             }
9607             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9608                 return false;
9609             }
9610             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9611             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9612                 return false;
9613             }
9614             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9615                 return false;
9616             }
9617             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9618             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9619                 return false;
9620             }
9621             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9622                 return false;
9623             }
9624             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9625                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9626             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9627             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9628                 return false;
9629             }
9630             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9634                 return false;
9635             }
9636             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9637             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9641                 return false;
9642             }
9643             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9647             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9648                 return false;
9649             }
9650             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9651                 return false;
9652             }
9653             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9654                 return false;
9655             }
9656         }
9657         catch ( final Exception e ) {
9658             e.printStackTrace( System.out );
9659             return false;
9660         }
9661         return true;
9662     }
9663
9664     private static boolean testSDIse() {
9665         try {
9666             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9667             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9668             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9669             gene1.setRooted( true );
9670             species1.setRooted( true );
9671             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9672             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9673                 return false;
9674             }
9675             final Phylogeny species2 = factory
9676                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9677                              new NHXParser() )[ 0 ];
9678             final Phylogeny gene2 = factory
9679                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9680                              new NHXParser() )[ 0 ];
9681             species2.setRooted( true );
9682             gene2.setRooted( true );
9683             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9684             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9688                 return false;
9689             }
9690             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9691                 return false;
9692             }
9693             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9694                 return false;
9695             }
9696             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9703                 return false;
9704             }
9705             final Phylogeny species3 = factory
9706                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9707                              new NHXParser() )[ 0 ];
9708             final Phylogeny gene3 = factory
9709                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9710                              new NHXParser() )[ 0 ];
9711             species3.setRooted( true );
9712             gene3.setRooted( true );
9713             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9714             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9715                 return false;
9716             }
9717             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9718                 return false;
9719             }
9720             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9721                 return false;
9722             }
9723             final Phylogeny species4 = factory
9724                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9725                              new NHXParser() )[ 0 ];
9726             final Phylogeny gene4 = factory
9727                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9728                              new NHXParser() )[ 0 ];
9729             species4.setRooted( true );
9730             gene4.setRooted( true );
9731             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9732             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9733                 return false;
9734             }
9735             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9736                 return false;
9737             }
9738             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9739                 return false;
9740             }
9741             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9742                 return false;
9743             }
9744             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9745                 return false;
9746             }
9747             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9748                 return false;
9749             }
9750             final Phylogeny species5 = factory
9751                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9752                              new NHXParser() )[ 0 ];
9753             final Phylogeny gene5 = factory
9754                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9755                              new NHXParser() )[ 0 ];
9756             species5.setRooted( true );
9757             gene5.setRooted( true );
9758             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9759             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9760                 return false;
9761             }
9762             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9763                 return false;
9764             }
9765             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9766                 return false;
9767             }
9768             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9769                 return false;
9770             }
9771             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9772                 return false;
9773             }
9774             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9775                 return false;
9776             }
9777             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9778             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9779             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9780             final Phylogeny species6 = factory
9781                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9782                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9783                              new NHXParser() )[ 0 ];
9784             final Phylogeny gene6 = factory
9785                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9786                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9787                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9788                              new NHXParser() )[ 0 ];
9789             species6.setRooted( true );
9790             gene6.setRooted( true );
9791             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9792             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9796                 return false;
9797             }
9798             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9799                 return false;
9800             }
9801             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9802                 return false;
9803             }
9804             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9805                 return false;
9806             }
9807             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9808                 return false;
9809             }
9810             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9811                 return false;
9812             }
9813             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9814                 return false;
9815             }
9816             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9817                 return false;
9818             }
9819             sdi6.computeMappingCostL();
9820             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9821                 return false;
9822             }
9823             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9824                 return false;
9825             }
9826             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9827                 return false;
9828             }
9829             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9830                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9831                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9832                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9833                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9834             species7.setRooted( true );
9835             final Phylogeny gene7_1 = Test
9836                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9837             gene7_1.setRooted( true );
9838             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9839             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9840                 return false;
9841             }
9842             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9843                 return false;
9844             }
9845             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9846                 return false;
9847             }
9848             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9849                 return false;
9850             }
9851             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9852                 return false;
9853             }
9854             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9855                 return false;
9856             }
9857             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9858                 return false;
9859             }
9860             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9861                 return false;
9862             }
9863             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9864                 return false;
9865             }
9866             final Phylogeny gene7_2 = Test
9867                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9868             gene7_2.setRooted( true );
9869             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9870             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9871                 return false;
9872             }
9873             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9874                 return false;
9875             }
9876             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9877                 return false;
9878             }
9879             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9880                 return false;
9881             }
9882             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9883                 return false;
9884             }
9885             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9886                 return false;
9887             }
9888             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9889                 return false;
9890             }
9891             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9892                 return false;
9893             }
9894             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9895                 return false;
9896             }
9897             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9898                 return false;
9899             }
9900         }
9901         catch ( final Exception e ) {
9902             return false;
9903         }
9904         return true;
9905     }
9906
9907     private static boolean testSDIunrooted() {
9908         try {
9909             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9910             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9911             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9912             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9913             PhylogenyBranch br = iter.next();
9914             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9915                 return false;
9916             }
9917             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9918                 return false;
9919             }
9920             br = iter.next();
9921             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9922                 return false;
9923             }
9924             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9925                 return false;
9926             }
9927             br = iter.next();
9928             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             br = iter.next();
9935             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9936                 return false;
9937             }
9938             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9939                 return false;
9940             }
9941             br = iter.next();
9942             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9943                 return false;
9944             }
9945             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9946                 return false;
9947             }
9948             br = iter.next();
9949             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9950                 return false;
9951             }
9952             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9953                 return false;
9954             }
9955             br = iter.next();
9956             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9957                 return false;
9958             }
9959             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             br = iter.next();
9963             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9964                 return false;
9965             }
9966             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9967                 return false;
9968             }
9969             br = iter.next();
9970             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9971                 return false;
9972             }
9973             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9974                 return false;
9975             }
9976             br = iter.next();
9977             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9978                 return false;
9979             }
9980             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9981                 return false;
9982             }
9983             br = iter.next();
9984             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9985                 return false;
9986             }
9987             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9988                 return false;
9989             }
9990             br = iter.next();
9991             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9992                 return false;
9993             }
9994             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9995                 return false;
9996             }
9997             br = iter.next();
9998             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9999                 return false;
10000             }
10001             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10002                 return false;
10003             }
10004             br = iter.next();
10005             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
10006                 return false;
10007             }
10008             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
10009                 return false;
10010             }
10011             br = iter.next();
10012             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
10016                 return false;
10017             }
10018             if ( iter.hasNext() ) {
10019                 return false;
10020             }
10021             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10022             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
10023             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
10024             br = iter1.next();
10025             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10026                 return false;
10027             }
10028             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10029                 return false;
10030             }
10031             br = iter1.next();
10032             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10033                 return false;
10034             }
10035             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10036                 return false;
10037             }
10038             br = iter1.next();
10039             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10040                 return false;
10041             }
10042             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10043                 return false;
10044             }
10045             if ( iter1.hasNext() ) {
10046                 return false;
10047             }
10048             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10049             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
10050             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
10051             br = iter2.next();
10052             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10053                 return false;
10054             }
10055             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10056                 return false;
10057             }
10058             br = iter2.next();
10059             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10060                 return false;
10061             }
10062             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10063                 return false;
10064             }
10065             br = iter2.next();
10066             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10067                 return false;
10068             }
10069             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10070                 return false;
10071             }
10072             if ( iter2.hasNext() ) {
10073                 return false;
10074             }
10075             final Phylogeny species0 = factory
10076                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10077                              new NHXParser() )[ 0 ];
10078             final Phylogeny gene1 = factory
10079                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10080                              new NHXParser() )[ 0 ];
10081             species0.setRooted( true );
10082             gene1.setRooted( true );
10083             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
10084             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
10085             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10086                 return false;
10087             }
10088             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
10089                 return false;
10090             }
10091             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
10092                 return false;
10093             }
10094             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
10095                 return false;
10096             }
10097             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10098                 return false;
10099             }
10100             final Phylogeny gene2 = factory
10101                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10102                              new NHXParser() )[ 0 ];
10103             gene2.setRooted( true );
10104             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
10105             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10106                 return false;
10107             }
10108             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10109                 return false;
10110             }
10111             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10112                 return false;
10113             }
10114             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
10115                 return false;
10116             }
10117             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10118                 return false;
10119             }
10120             final Phylogeny species6 = factory
10121                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10122                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10123                              new NHXParser() )[ 0 ];
10124             final Phylogeny gene6 = factory
10125                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10126                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10127                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10128                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10129                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10130                              new NHXParser() )[ 0 ];
10131             species6.setRooted( true );
10132             gene6.setRooted( true );
10133             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
10134             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10135                 return false;
10136             }
10137             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10138                 return false;
10139             }
10140             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10141                 return false;
10142             }
10143             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10144                 return false;
10145             }
10146             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10147                 return false;
10148             }
10149             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10150                 return false;
10151             }
10152             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10153                 return false;
10154             }
10155             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10156                 return false;
10157             }
10158             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10159                 return false;
10160             }
10161             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10171                 return false;
10172             }
10173             p6 = null;
10174             final Phylogeny species7 = factory
10175                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10176                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10177                              new NHXParser() )[ 0 ];
10178             final Phylogeny gene7 = factory
10179                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10180                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10181                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10182                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10183                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10184                              new NHXParser() )[ 0 ];
10185             species7.setRooted( true );
10186             gene7.setRooted( true );
10187             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
10188             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10189                 return false;
10190             }
10191             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10192                 return false;
10193             }
10194             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10195                 return false;
10196             }
10197             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10198                 return false;
10199             }
10200             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
10201                 return false;
10202             }
10203             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10204                 return false;
10205             }
10206             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10207                 return false;
10208             }
10209             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10210                 return false;
10211             }
10212             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10213                 return false;
10214             }
10215             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10216                 return false;
10217             }
10218             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10219                 return false;
10220             }
10221             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10222                 return false;
10223             }
10224             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10225                 return false;
10226             }
10227             p7 = null;
10228             final Phylogeny species8 = factory
10229                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10230                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10231                              new NHXParser() )[ 0 ];
10232             final Phylogeny gene8 = factory
10233                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10234                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10235                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10236                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10237                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10238                              new NHXParser() )[ 0 ];
10239             species8.setRooted( true );
10240             gene8.setRooted( true );
10241             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
10242             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10243                 return false;
10244             }
10245             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10246                 return false;
10247             }
10248             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10249                 return false;
10250             }
10251             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10252                 return false;
10253             }
10254             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10255                 return false;
10256             }
10257             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10258                 return false;
10259             }
10260             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10261                 return false;
10262             }
10263             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10264                 return false;
10265             }
10266             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10267                 return false;
10268             }
10269             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10270                 return false;
10271             }
10272             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10273                 return false;
10274             }
10275             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10276                 return false;
10277             }
10278             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10279                 return false;
10280             }
10281             p8 = null;
10282         }
10283         catch ( final Exception e ) {
10284             e.printStackTrace( System.out );
10285             return false;
10286         }
10287         return true;
10288     }
10289
10290     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
10291         try {
10292             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
10293             n.setName( "NP_001025424" );
10294             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10295             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10296                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10297                 return false;
10298             }
10299             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
10300             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10301             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10302                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10303                 return false;
10304             }
10305             n.setName( "NP_001025424.1" );
10306             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10307             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10308                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10309                 return false;
10310             }
10311             n.setName( "NM_001030253" );
10312             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10313             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10314                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10315                 return false;
10316             }
10317             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
10318             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10319             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10320                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
10321                 System.out.println( acc.toString() );
10322                 return false;
10323             }
10324             n.setName( "P10415" );
10325             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10326             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10327                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10328                 System.out.println( acc.toString() );
10329                 return false;
10330             }
10331             n.setName( " P10415 " );
10332             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10333             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10334                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10335                 System.out.println( acc.toString() );
10336                 return false;
10337             }
10338             n.setName( "_P10415|" );
10339             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10340             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10341                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10342                 System.out.println( acc.toString() );
10343                 return false;
10344             }
10345             n.setName( "AY695820" );
10346             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10347             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10348                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10349                 System.out.println( acc.toString() );
10350                 return false;
10351             }
10352             n.setName( "_AY695820_" );
10353             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10354             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10355                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10356                 System.out.println( acc.toString() );
10357                 return false;
10358             }
10359             n.setName( "AAA59452" );
10360             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10361             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10362                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10363                 System.out.println( acc.toString() );
10364                 return false;
10365             }
10366             n.setName( "_AAA59452_" );
10367             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10368             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10369                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10370                 System.out.println( acc.toString() );
10371                 return false;
10372             }
10373             n.setName( "AAA59452.1" );
10374             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10375             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10376                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10377                 System.out.println( acc.toString() );
10378                 return false;
10379             }
10380             n.setName( "_AAA59452.1_" );
10381             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10382             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10383                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10384                 System.out.println( acc.toString() );
10385                 return false;
10386             }
10387             n.setName( "GI:94894583" );
10388             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10389             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10390                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
10391                 System.out.println( acc.toString() );
10392                 return false;
10393             }
10394             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10395             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10396             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10397                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
10398                 System.out.println( acc.toString() );
10399                 return false;
10400             }
10401             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10402             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10403             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10404                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
10405                 System.out.println( acc.toString() );
10406                 return false;
10407             }
10408         }
10409         catch ( final Exception e ) {
10410             return false;
10411         }
10412         return true;
10413     }
10414
10415     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
10416         try {
10417             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
10418             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
10419             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
10420                 return false;
10421             }
10422             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10423                 return false;
10424             }
10425             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10426                 return false;
10427             }
10428             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10429                 return false;
10430             }
10431             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
10432             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
10433             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
10434                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
10435                 return false;
10436             }
10437             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10438                 return false;
10439             }
10440             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10441                 return false;
10442             }
10443             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10444                 return false;
10445             }
10446             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
10447             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
10448             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
10449                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
10450                 return false;
10451             }
10452             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
10453                 return false;
10454             }
10455             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10456                 return false;
10457             }
10458             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
10459                 return false;
10460             }
10461         }
10462         catch ( final IOException e ) {
10463             System.out.println();
10464             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
10465             e.printStackTrace( System.out );
10466             return true;
10467         }
10468         catch ( final Exception e ) {
10469             e.printStackTrace();
10470             return false;
10471         }
10472         return true;
10473     }
10474
10475     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10476         try {
10477             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10478             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10479                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10480                 if ( id != null ) {
10481                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10482                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10483                 }
10484                 return false;
10485             }
10486             //
10487             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10488             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10489                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10490                 if ( id != null ) {
10491                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10492                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10493                 }
10494                 return false;
10495             }
10496             //
10497             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10498             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10499                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10500                 if ( id != null ) {
10501                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10502                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10503                 }
10504                 return false;
10505             }
10506             //
10507             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10508             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10509                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10510                 if ( id != null ) {
10511                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10512                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10513                 }
10514                 return false;
10515             }
10516             //
10517             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10518             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10519                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10520                 if ( id != null ) {
10521                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10522                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10523                 }
10524                 return false;
10525             }
10526             //
10527             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10528             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10529                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10530                 if ( id != null ) {
10531                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10532                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10533                 }
10534                 return false;
10535             }
10536             //
10537             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10538             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10539                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10540                 if ( id != null ) {
10541                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10542                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10543                 }
10544                 return false;
10545             }
10546             //
10547             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10548             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10549                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10550                 if ( id != null ) {
10551                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10552                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10553                 }
10554                 return false;
10555             }
10556             //
10557             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10558             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10559                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10560                 if ( id != null ) {
10561                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10562                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10563                 }
10564                 return false;
10565             }
10566             //
10567             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10568             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10569                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10570                 if ( id != null ) {
10571                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10572                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10573                 }
10574                 return false;
10575             }
10576             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10577             if ( id != null ) {
10578                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10579                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10580                 return false;
10581             }
10582         }
10583         catch ( final Exception e ) {
10584             e.printStackTrace( System.out );
10585             return false;
10586         }
10587         return true;
10588     }
10589
10590     private static boolean testSequenceWriter() {
10591         try {
10592             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10593             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10594                 return false;
10595             }
10596             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10597                 return false;
10598             }
10599             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10600                 return false;
10601             }
10602             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10603                 return false;
10604             }
10605             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10606                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10607                 return false;
10608             }
10609             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10610                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10611                 return false;
10612             }
10613         }
10614         catch ( final Exception e ) {
10615             e.printStackTrace();
10616             return false;
10617         }
10618         return true;
10619     }
10620
10621     private static boolean testSpecies() {
10622         try {
10623             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10624             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10625             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10626             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10627             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10628                 return false;
10629             }
10630             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10631                 return false;
10632             }
10633             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10634                 return false;
10635             }
10636             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10637                 return false;
10638             }
10639             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10640                 return false;
10641             }
10642             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10643                 return false;
10644             }
10645             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10646                 return false;
10647             }
10648             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10649                 return false;
10650             }
10651             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10652                 return false;
10653             }
10654             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10655                 return false;
10656             }
10657             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10658                 return false;
10659             }
10660             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10661                 return false;
10662             }
10663             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10664                 return false;
10665             }
10666             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10667                 return false;
10668             }
10669             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10670             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10671                 return false;
10672             }
10673             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10674                 return false;
10675             }
10676         }
10677         catch ( final Exception e ) {
10678             e.printStackTrace( System.out );
10679             return false;
10680         }
10681         return true;
10682     }
10683
10684     private static boolean testSplit() {
10685         try {
10686             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10687             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10688             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10689             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10690             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10691             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10692             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10693             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10694             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10695             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10696             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10697             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10698             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10699             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10700             // System.out.println( s0.toString() );
10701             //
10702             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10705             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10706                 return false;
10707             }
10708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10715             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10716             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10717                 return false;
10718             }
10719             //
10720             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10724             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10725                 return false;
10726             }
10727             //
10728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10733             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10734                 return false;
10735             }
10736             //
10737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10742             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10743                 return false;
10744             }
10745             //
10746             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10750             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10751                 return false;
10752             }
10753             //
10754             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10757             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10758                 return false;
10759             }
10760             //
10761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10767             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10768                 return false;
10769             }
10770             //
10771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10774             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10775             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10776                 return false;
10777             }
10778             //
10779             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10784             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10785                 return false;
10786             }
10787             //
10788             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10792                 return false;
10793             }
10794             //
10795             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10800             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10801                 return false;
10802             }
10803             //
10804             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10810             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10811                 return false;
10812             }
10813             //
10814             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10818             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10819                 return false;
10820             }
10821             //
10822             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10825             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10826                 return false;
10827             }
10828             //
10829             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10832             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10833                 return false;
10834             }
10835             //
10836             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10839             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10840                 return false;
10841             }
10842             //
10843             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10845             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10846             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10847                 return false;
10848             }
10849             //
10850             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10851             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10852             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10853             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10854                 return false;
10855             }
10856             //
10857             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10858             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10859             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10860             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10861                 return false;
10862             }
10863             //
10864             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10865             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10866             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10867             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10868             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10869                 return false;
10870             }
10871             //
10872             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10875             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10876             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10877                 return false;
10878             }
10879             //
10880             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10884             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10885                 return false;
10886             }
10887             //
10888             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10892             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10893             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10894                 return false;
10895             }
10896             /////////
10897             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10898             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10899             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10900             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10901             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10902             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10903             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10904             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10905             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10906             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10907             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10908             //                return false;
10909             //            }
10910             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10911             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10912             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10913             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10914             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10915             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10916             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10917             //                return false;
10918             //            }
10919             //            //
10920             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10921             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10922             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10923             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10924             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10925             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10926             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10927             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10928             //                return false;
10929             //            }
10930             //            //
10931             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10932             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10933             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10934             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10935             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10936             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10937             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10938             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10939             //                return false;
10940             //            }
10941             //            //
10942             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10943             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10944             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10945             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10946             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10947             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10948             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10949             //                return false;
10950             //            }
10951             //            //
10952             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10953             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10954             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10955             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10956             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10957             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10958             //                return false;
10959             //            }
10960             //
10961             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10966             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10967                 return false;
10968             }
10969             //
10970             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10975             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10976                 return false;
10977             }
10978             ///////////////////////////
10979             //
10980             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10985             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10986                 return false;
10987             }
10988             //
10989             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10994             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10995                 return false;
10996             }
10997             //
10998             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11003             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11004                 return false;
11005             }
11006             //
11007             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11012             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11013                 return false;
11014             }
11015             //
11016             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11020             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11021             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11022                 return false;
11023             }
11024             //
11025             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11028             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11029             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11030                 return false;
11031             }
11032             //
11033             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11039             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11040                 return false;
11041             }
11042             //
11043             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11049             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11050                 return false;
11051             }
11052             //
11053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11059             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11060                 return false;
11061             }
11062             //
11063             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11070             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11071                 return false;
11072             }
11073         }
11074         catch ( final Exception e ) {
11075             e.printStackTrace();
11076             return false;
11077         }
11078         return true;
11079     }
11080
11081     private static boolean testSplitStrict() {
11082         try {
11083             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11084             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11085             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11086             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11087             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11088             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11089             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11090             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11091             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11092             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11093             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
11094             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11097             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11098                 return false;
11099             }
11100             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11108             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11109                 return false;
11110             }
11111             //
11112             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11116             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11117                 return false;
11118             }
11119             //
11120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11125             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11126                 return false;
11127             }
11128             //
11129             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11134             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11135                 return false;
11136             }
11137             //
11138             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11142             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11143                 return false;
11144             }
11145             //
11146             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11149             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11150                 return false;
11151             }
11152             //
11153             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11159             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11160                 return false;
11161             }
11162             //
11163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11167             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11168                 return false;
11169             }
11170             //
11171             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11176             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11177                 return false;
11178             }
11179             //
11180             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11183             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11184                 return false;
11185             }
11186             //
11187             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11192             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11193                 return false;
11194             }
11195             //
11196             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11202             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11203                 return false;
11204             }
11205             //
11206             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11210             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11211                 return false;
11212             }
11213             //
11214             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11218                 return false;
11219             }
11220             //
11221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11224             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11225                 return false;
11226             }
11227             //
11228             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11231             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11232                 return false;
11233             }
11234             //
11235             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11238             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11239                 return false;
11240             }
11241             //
11242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11245             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11246                 return false;
11247             }
11248             //
11249             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11252             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11253                 return false;
11254             }
11255             //
11256             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11260             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11261                 return false;
11262             }
11263             //
11264             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11268             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11269                 return false;
11270             }
11271             //
11272             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11276             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11277                 return false;
11278             }
11279             //
11280             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11285             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11286                 return false;
11287             }
11288         }
11289         catch ( final Exception e ) {
11290             e.printStackTrace();
11291             return false;
11292         }
11293         return true;
11294     }
11295
11296     private static boolean testSubtreeDeletion() {
11297         try {
11298             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11299             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11300             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
11301             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11302                 return false;
11303             }
11304             t1.toNewHampshireX();
11305             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
11306             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
11307                 return false;
11308             }
11309             t1.toNewHampshireX();
11310             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
11311             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11312                 return false;
11313             }
11314             t1.toNewHampshireX();
11315             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
11316             t1.toNewHampshireX();
11317             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11318                 return false;
11319             }
11320             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
11321             t1.toNewHampshireX();
11322             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
11323                 return false;
11324             }
11325             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
11326             t1.toNewHampshireX();
11327             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11328                 return false;
11329             }
11330             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
11331             t1.toNewHampshireX();
11332             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11333                 return false;
11334             }
11335             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
11336             t1.toNewHampshireX();
11337             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11338                 return false;
11339             }
11340             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
11341             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             if ( !t1.isEmpty() ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11348             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
11349             t2.toNewHampshireX();
11350             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11351                 return false;
11352             }
11353             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
11354             t2.toNewHampshireX();
11355             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11356                 return false;
11357             }
11358             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
11359             t2.toNewHampshireX();
11360             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11361                 return false;
11362             }
11363         }
11364         catch ( final Exception e ) {
11365             e.printStackTrace( System.out );
11366             return false;
11367         }
11368         return true;
11369     }
11370
11371     private static boolean testSupportCount() {
11372         try {
11373             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11374             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
11375             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
11376                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
11377                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11378                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11379                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
11380                                                               new NHXParser() );
11381             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
11382             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
11383             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11384                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
11385                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
11386                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11387                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11388                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11389                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
11390                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11391                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
11392                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
11393                                                               new NHXParser() );
11394             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
11395             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
11396             while ( it.hasNext() ) {
11397                 final PhylogenyNode n = it.next();
11398                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
11399                     return false;
11400                 }
11401             }
11402             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
11403             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
11404                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
11405             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
11406             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
11407             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
11408                 return false;
11409             }
11410             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
11411                 return false;
11412             }
11413             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
11414                 return false;
11415             }
11416             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
11417                 return false;
11418             }
11419             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
11420                 return false;
11421             }
11422             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
11423                 return false;
11424             }
11425             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
11426                 return false;
11427             }
11428             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
11429                 return false;
11430             }
11431             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
11432                 return false;
11433             }
11434             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
11435                 return false;
11436             }
11437             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11438             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
11439                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
11440             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
11441             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
11442             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
11443                 return false;
11444             }
11445             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11446                 return false;
11447             }
11448             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11449                 return false;
11450             }
11451             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11452                 return false;
11453             }
11454             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11455                 return false;
11456             }
11457             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11458                 return false;
11459             }
11460             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11461                 return false;
11462             }
11463             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11464                 return false;
11465             }
11466             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11467                 return false;
11468             }
11469             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11470                 return false;
11471             }
11472             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11473             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11474             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11475             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11476                 return false;
11477             }
11478             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11479             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11480             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11481             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11482                 return false;
11483             }
11484             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11485             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11486             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11487             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11488                 return false;
11489             }
11490             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11491             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11492             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11493             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11494                 return false;
11495             }
11496         }
11497         catch ( final Exception e ) {
11498             e.printStackTrace( System.out );
11499             return false;
11500         }
11501         return true;
11502     }
11503
11504     private static boolean testSupportTransfer() {
11505         try {
11506             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11507             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11508                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11509             final Phylogeny p2 = factory
11510                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11511             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11512                 return false;
11513             }
11514             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11515                 return false;
11516             }
11517             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11518             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11519             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11520                 return false;
11521             }
11522             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11523                 return false;
11524             }
11525             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11526                 return false;
11527             }
11528             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11529                 return false;
11530             }
11531             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11532                 return false;
11533             }
11534             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11535                 return false;
11536             }
11537             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11538                 return false;
11539             }
11540             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11541                 return false;
11542             }
11543         }
11544         catch ( final Exception e ) {
11545             e.printStackTrace( System.out );
11546             return false;
11547         }
11548         return true;
11549     }
11550
11551     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11552         try {
11553             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11554                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11555             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11556                 return false;
11557             }
11558             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11559                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11560             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11561                 System.out.println( n1.toString() );
11562                 return false;
11563             }
11564             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11565                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11566             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11567                 return false;
11568             }
11569             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11570                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11571             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11572                 System.out.println( n3.toString() );
11573                 return false;
11574             }
11575             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11576                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11577             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11578                 System.out.println( n4.toString() );
11579                 return false;
11580             }
11581             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11582                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11583             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11584                 System.out.println( n5.toString() );
11585                 return false;
11586             }
11587             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11588                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11589             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11590                 System.out.println( n6.toString() );
11591                 return false;
11592             }
11593             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11594                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11595             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11596                 System.out.println( n7.toString() );
11597                 return false;
11598             }
11599             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11600                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11601             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11602                 System.out.println( n8.toString() );
11603                 return false;
11604             }
11605             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11606                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11607             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11608                 System.out.println( n9.toString() );
11609                 return false;
11610             }
11611             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11612                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11613             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11614                 System.out.println( n10x.toString() );
11615                 return false;
11616             }
11617             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11618                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11619             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11620                 System.out.println( n10xx.toString() );
11621                 return false;
11622             }
11623             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11624                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11625             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11626                 System.out.println( n10.toString() );
11627                 return false;
11628             }
11629             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11630                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11631             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11632                 System.out.println( n11.toString() );
11633                 return false;
11634             }
11635             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11636                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11637                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11638             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11639                 System.out.println( n12.toString() );
11640                 return false;
11641             }
11642             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11643                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11644             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11645                 System.out.println( n13.toString() );
11646                 return false;
11647             }
11648         }
11649         catch ( final Exception e ) {
11650             e.printStackTrace( System.out );
11651             return false;
11652         }
11653         return true;
11654     }
11655
11656     private static boolean testTreeCopy() {
11657         try {
11658             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
11659             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
11660             final Phylogeny t1 = t0.copy();
11661             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
11662                 return false;
11663             }
11664             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11665                 return false;
11666             }
11667             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
11668             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
11669             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
11670             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
11671             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11675                 return false;
11676             }
11677             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
11678             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
11679             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
11680             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11681                 return false;
11682             }
11683         }
11684         catch ( final Exception e ) {
11685             e.printStackTrace();
11686             return false;
11687         }
11688         return true;
11689     }
11690
11691     private static boolean testTreeMethods() {
11692         try {
11693             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11694             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11695             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11696             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11697                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11698                 return false;
11699             }
11700             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11701             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11702             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11703                 return false;
11704             }
11705             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11706                 return false;
11707             }
11708             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11709                 return false;
11710             }
11711         }
11712         catch ( final Exception e ) {
11713             e.printStackTrace( System.out );
11714             return false;
11715         }
11716         return true;
11717     }
11718
11719     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11720         try {
11721             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11722             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11723                 return false;
11724             }
11725             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11726                 return false;
11727             }
11728             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11729                 return false;
11730             }
11731             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11732                 return false;
11733             }
11734             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11735                 return false;
11736             }
11737             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11738                 return false;
11739             }
11740         }
11741         catch ( final IOException e ) {
11742             System.out.println();
11743             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11744             e.printStackTrace( System.out );
11745             return true;
11746         }
11747         catch ( final Exception e ) {
11748             return false;
11749         }
11750         return true;
11751     }
11752
11753     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11754         try {
11755             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11756                                                                                                  10 );
11757             if ( results.size() != 1 ) {
11758                 return false;
11759             }
11760             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11761                 return false;
11762             }
11763             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11764                 return false;
11765             }
11766             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11767                 return false;
11768             }
11769             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11770                 return false;
11771             }
11772             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11773                 return false;
11774             }
11775             results = null;
11776             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11777             if ( results.size() != 1 ) {
11778                 return false;
11779             }
11780             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11781                 return false;
11782             }
11783             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11784                 return false;
11785             }
11786             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11787                 return false;
11788             }
11789             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11790                 return false;
11791             }
11792             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11793                 return false;
11794             }
11795             results = null;
11796             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11797             if ( results.size() != 1 ) {
11798                 return false;
11799             }
11800             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11801                 return false;
11802             }
11803             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11807                 return false;
11808             }
11809             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11810                 return false;
11811             }
11812             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11813                 return false;
11814             }
11815             results = null;
11816             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11817             if ( results.size() != 1 ) {
11818                 return false;
11819             }
11820             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11821                 return false;
11822             }
11823             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11824                 return false;
11825             }
11826             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11827                 return false;
11828             }
11829             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11830                 return false;
11831             }
11832             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11833                 return false;
11834             }
11835             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11836                 return false;
11837             }
11838             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11839                 return false;
11840             }
11841             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11842                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11843                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11844                 return false;
11845             }
11846             //
11847             results = null;
11848             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11849             if ( results.size() != 1 ) {
11850                 return false;
11851             }
11852             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11853                 return false;
11854             }
11855             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11856                 return false;
11857             }
11858             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11859                 return false;
11860             }
11861             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11862                 return false;
11863             }
11864             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11865                 return false;
11866             }
11867             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11868                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11869                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11870                 return false;
11871             }
11872             //
11873             results = null;
11874             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11875             if ( results.size() != 1 ) {
11876                 return false;
11877             }
11878             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11879                 return false;
11880             }
11881             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11882                 return false;
11883             }
11884             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11885                 return false;
11886             }
11887             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11888                 return false;
11889             }
11890             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11891                 return false;
11892             }
11893             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11894                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11895                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11896                 return false;
11897             }
11898             //
11899             results = null;
11900             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11901             if ( results.size() != 1 ) {
11902                 return false;
11903             }
11904             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11905                 return false;
11906             }
11907             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11908                 return false;
11909             }
11910             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11911                 return false;
11912             }
11913             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11914                 return false;
11915             }
11916             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11917                 return false;
11918             }
11919             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11920                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11921                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11922                 return false;
11923             }
11924         }
11925         catch ( final IOException e ) {
11926             System.out.println();
11927             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11928             e.printStackTrace( System.out );
11929             return true;
11930         }
11931         catch ( final Exception e ) {
11932             return false;
11933         }
11934         return true;
11935     }
11936
11937     private static boolean testWabiTxSearch() {
11938         try {
11939             String result = "";
11940             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11941             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11942             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11943                 return false;
11944             }
11945             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11946             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11947                 return false;
11948             }
11949             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11950             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11951                 return false;
11952             }
11953             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11954             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11955                 return false;
11956             }
11957             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11958             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11959                 return false;
11960             }
11961             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11962             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11963                 return false;
11964             }
11965             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11966             queries.add( "Campylobacter coli" );
11967             queries.add( "Escherichia coli" );
11968             queries.add( "Arabidopsis" );
11969             queries.add( "Trichoplax" );
11970             queries.add( "Samanea saman" );
11971             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11972             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11973             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11974             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11975             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11976             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11977             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11978             ranks.add( RANKS.GENUS );
11979             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11980             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11981             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11982             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11983         }
11984         catch ( final Exception e ) {
11985             System.out.println();
11986             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11987             e.printStackTrace( System.out );
11988             return false;
11989         }
11990         return true;
11991     }
11992 }