forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  91 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  92 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  93 import org.forester.sequence.Sequence;
  94 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  95 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  96 import org.forester.tools.SupportCount;
  97 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  98 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  99 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.BasicTable;
 101 import org.forester.util.BasicTableParser;
 102 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 103 import org.forester.util.ForesterConstants;
 104 import org.forester.util.ForesterUtil;
 105 import org.forester.util.GeneralTable;
 106 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 109 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 114
 115 @SuppressWarnings( "unused")
 116 public final class Test {
 117
 118     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 119     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 125     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 126     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 132
 133     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 134         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 135         return p;
 136     }
 137
 138     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 139         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 140         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 182             failed++;
 183         }
 184         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 185         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 186             System.out.println( "OK." );
 187             succeeded++;
 188         }
 189         else {
 190             System.out.println( "failed." );
 191             failed++;
 192         }
 193         System.out.print( "Basic node methods: " );
 194         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 195             System.out.println( "OK." );
 196             succeeded++;
 197         }
 198         else {
 199             System.out.println( "failed." );
 200             failed++;
 201         }
 202         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 203         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 204             System.out.println( "OK." );
 205             succeeded++;
 206         }
 207         else {
 208             System.out.println( "failed." );
 209             failed++;
 210         }
 211         System.out.print( "NH parsing: " );
 212         if ( Test.testNHParsing() ) {
 213             System.out.println( "OK." );
 214             succeeded++;
 215         }
 216         else {
 217             System.out.println( "failed." );
 218             failed++;
 219         }
 220         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 221         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 222             System.out.println( "OK." );
 223             succeeded++;
 224         }
 225         else {
 226             System.out.println( "failed." );
 227             failed++;
 228         }
 229         System.out.print( "NHX parsing: " );
 230         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 231             System.out.println( "OK." );
 232             succeeded++;
 233         }
 234         else {
 235             System.out.println( "failed." );
 236             failed++;
 237         }
 238         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 239         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 248         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 257         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 266         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 275         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 284         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 285             System.out.println( "OK." );
 286             succeeded++;
 287         }
 288         else {
 289             System.out.println( "failed." );
 290             failed++;
 291         }
 292         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 293         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 294             System.out.println( "OK." );
 295             succeeded++;
 296         }
 297         else {
 298             System.out.println( "failed." );
 299             failed++;
 300         }
 301         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 302         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 303             System.out.println( "OK." );
 304             succeeded++;
 305         }
 306         else {
 307             System.out.println( "failed." );
 308             failed++;
 309         }
 310         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 311         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 312             System.out.println( "OK." );
 313             succeeded++;
 314         }
 315         else {
 316             System.out.println( "failed." );
 317             failed++;
 318         }
 319         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 320         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 321             System.out.println( "OK." );
 322             succeeded++;
 323         }
 324         else {
 325             System.out.println( "failed." );
 326             failed++;
 327         }
 328         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 329         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 330             System.out.println( "OK." );
 331             succeeded++;
 332         }
 333         else {
 334             System.out.println( "failed." );
 335             failed++;
 336         }
 337         System.out.print( "Copying of node data: " );
 338         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 339             System.out.println( "OK." );
 340             succeeded++;
 341         }
 342         else {
 343             System.out.println( "failed." );
 344             failed++;
 345         }
 346         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 347         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 348             System.out.println( "OK." );
 349             succeeded++;
 350         }
 351         else {
 352             System.out.println( "failed." );
 353             failed++;
 354         }
 355         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 356         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 357             System.out.println( "OK." );
 358             succeeded++;
 359         }
 360         else {
 361             System.out.println( "failed." );
 362             failed++;
 363         }
 364         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 365         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 366             System.out.println( "OK." );
 367             succeeded++;
 368         }
 369         else {
 370             System.out.println( "failed." );
 371             failed++;
 372         }
 373         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 374         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 375             System.out.println( "OK." );
 376             succeeded++;
 377         }
 378         else {
 379             System.out.println( "failed." );
 380             failed++;
 381         }
 382         System.out.print( "Re-id methods: " );
 383         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 384             System.out.println( "OK." );
 385             succeeded++;
 386         }
 387         else {
 388             System.out.println( "failed." );
 389             failed++;
 390         }
 391         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 392         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 393             System.out.println( "OK." );
 394             succeeded++;
 395         }
 396         else {
 397             System.out.println( "failed." );
 398             failed++;
 399         }
 400         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 401         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 402             System.out.println( "OK." );
 403             succeeded++;
 404         }
 405         else {
 406             System.out.println( "failed." );
 407             failed++;
 408         }
 409         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 410         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 411             System.out.println( "OK." );
 412             succeeded++;
 413         }
 414         else {
 415             System.out.println( "failed." );
 416             failed++;
 417         }
 418         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 419         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 420             System.out.println( "OK." );
 421             succeeded++;
 422         }
 423         else {
 424             System.out.println( "failed." );
 425             failed++;
 426         }
 427         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 428         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 429             System.out.println( "OK." );
 430             succeeded++;
 431         }
 432         else {
 433             System.out.println( "failed." );
 434             failed++;
 435         }
 436         System.out.print( "Rerooting: " );
 437         if ( Test.testRerooting() ) {
 438             System.out.println( "OK." );
 439             succeeded++;
 440         }
 441         else {
 442             System.out.println( "failed." );
 443             failed++;
 444         }
 445         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 446         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 447             System.out.println( "OK." );
 448             succeeded++;
 449         }
 450         else {
 451             System.out.println( "failed." );
 452             failed++;
 453         }
 454         System.out.print( "Support count: " );
 455         if ( Test.testSupportCount() ) {
 456             System.out.println( "OK." );
 457             succeeded++;
 458         }
 459         else {
 460             System.out.println( "failed." );
 461             failed++;
 462         }
 463         System.out.print( "Support transfer: " );
 464         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 465             System.out.println( "OK." );
 466             succeeded++;
 467         }
 468         else {
 469             System.out.println( "failed." );
 470             failed++;
 471         }
 472         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 473         if ( Test.testGetLCA() ) {
 474             System.out.println( "OK." );
 475             succeeded++;
 476         }
 477         else {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 482         if ( Test.testGetDistance() ) {
 483             System.out.println( "OK." );
 484             succeeded++;
 485         }
 486         else {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         System.out.print( "SDIse: " );
 491         if ( Test.testSDIse() ) {
 492             System.out.println( "OK." );
 493             succeeded++;
 494         }
 495         else {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 500         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 509         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "GSDI: " );
 518         if ( TestGSDI.test() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 527         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 536         if ( Test.testDataObjects() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "Properties map: " );
 545         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "GO: " );
 574         System.out.println();
 575         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Modeling tools: " );
 584         if ( TestPccx.test() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 593         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Split Matrix: " );
 602         if ( Test.testSplit() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 611         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Basic table: " );
 620         if ( Test.testBasicTable() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "General table: " );
 629         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 638         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "General MSA parser: " );
 647         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 656         if ( Test.testFastaParser() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 665         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 674         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 683         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 692         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 701             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 702             if ( Test.testMafft() ) {
 703                 System.out.println( "OK." );
 704                 succeeded++;
 705             }
 706             else {
 707                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 708             }
 709         }
 710         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 711         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 720         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 729         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 730         //            System.out.println( "OK." );
 731         //            succeeded++;
 732         //        }
 733         //        else {
 734         //            System.out
 735         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 736         //        }
 737         System.out.println();
 738         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 739         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 740         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 741         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 742                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 743         System.out.println();
 744         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 745         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 746         System.out.println();
 747         if ( failed < 1 ) {
 748             System.out.println( "OK." );
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "Not OK." );
 752         }
 753         // System.out.println();
 754         // Development.setTime( true );
 755         //try {
 756         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 757         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 758         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 759         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 760         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 761         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 762         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 763         // NHXParser() )[ 0 ];
 764         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 765         // }
 766         // catch ( final Exception e ) {
 767         //     e.printStackTrace();
 768         // }
 769         // t1.getRoot().preorderPrint();
 770         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 771         // .getInstance();
 772         // try {
 773         //
 774         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 775         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 776         // factory.create(
 777         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 778         // new NHXParser() );
 779         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 780         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 781         // factory.create(
 782         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 783         // new NHXParser() );
 784         //
 785         //
 786         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 787         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         // factory.create(
 794         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 795         // new NHXParser() );
 796         //
 797         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 798         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 799         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 800         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 801         //
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         // factory.create(
 806         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 807         // new NHXParser() );
 808         //
 809         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 810         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         //
 815         // }
 816         // catch ( IOException e ) {
 817         // // TODO Auto-generated catch block
 818         // e.printStackTrace();
 819         // }
 820     }
 821
 822     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 823         try {
 824             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 828             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 829                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 830             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 831                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 832             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 833                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 834             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( !n3.isExternal() ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !n3.isRoot() ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855         }
 856         catch ( final Exception e ) {
 857             e.printStackTrace( System.out );
 858             return false;
 859         }
 860         return true;
 861     }
 862
 863     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 864         try {
 865             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 866             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 867             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 868                                                               xml_parser );
 869             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 870                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 877             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 878             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 879             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 880             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !t1.isRooted() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( t1.isRerootable() ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 914                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 918                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 946                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 959                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 963                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 967                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 971                     .equals( "experimental" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 975                     .equals( "function" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 979                     .getValue() != 1 ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 983                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 987                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 991                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 995                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 999                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1003                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1007                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1011                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1015                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1019                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1026                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1033             //     return false;
1034             //}
1035             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1060             //                    .equals( "B" ) ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1073             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1077             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1093             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1094             //                ;
1095             //                return false;
1096             //            }
1097             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1119             //                                                              xml_parser );
1120             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1121             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1128             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1129             //                return false;
1130             //            }
1131             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1132             //                return false;
1133             //            }
1134             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1135             //                return false;
1136             //            }
1137             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140         }
1141         catch ( final Exception e ) {
1142             e.printStackTrace( System.out );
1143             return false;
1144         }
1145         return true;
1146     }
1147
1148     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1149         try {
1150             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1151             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1152             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1153                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1154             }
1155             else {
1156                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1157             }
1158             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1159                                                               xml_parser );
1160             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1161                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1168             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1169             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1173             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1186             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1187             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1188             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1201                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1205                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1209             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1210             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1211             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1212             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1216             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1232                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1242                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1246                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1250                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1254                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1258                     .equals( "experimental" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1262                     .equals( "function" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1266                     .getValue() != 1 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1270                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1274                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1278                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1282                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1286                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1290                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1294                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1298                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1302                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1306                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1313                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1323                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1339                     .equals( "ncbi" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1346                     .getName().equals( "B" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1350                     .getFrom() != 21 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1357                     .getLength() != 24 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1361                     .getConfidence() != 2144 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1365                     .equals( "pfam" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1381             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1418                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1419                 ;
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             //
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1448                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1455                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1465                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468         }
1469         catch ( final Exception e ) {
1470             e.printStackTrace( System.out );
1471             return false;
1472         }
1473         return true;
1474     }
1475
1476     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1477         try {
1478             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1479             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1480             try {
1481                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1482             }
1483             catch ( final Exception e ) {
1484                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1485             }
1486             if ( xml_parser == null ) {
1487                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1488                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1489                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1490                 }
1491                 else {
1492                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1493                 }
1494             }
1495             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1496                                                               xml_parser );
1497             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1498                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1505             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1506             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1507             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1508             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1530             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( "errors:" );
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1540                                                               xml_parser );
1541             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1542                 System.out.println( "errors:" );
1543                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1553                                                               xml_parser );
1554             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1555                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1562             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1575                                                               xml_parser );
1576             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1577                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1584             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             s.getNode( "first" );
1588             s.getNode( "<>" );
1589             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1590             s.getNode( "'''\"" );
1591             s.getNode( "\"\"\"" );
1592             s.getNode( "dick & doof" );
1593         }
1594         catch ( final Exception e ) {
1595             e.printStackTrace( System.out );
1596             return false;
1597         }
1598         return true;
1599     }
1600
1601     private static boolean testBasicTable() {
1602         try {
1603             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1604             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1611             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1612             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1613             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1614             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1615             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1616             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1617             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1618             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1649             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1650             source.append( "" + l );
1651             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1652             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1653             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1654             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1655             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1656             source.append( "40 41 42 43" + l );
1657             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1658             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1659             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1660             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1679             source1.append( "" + l );
1680             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1681             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1682             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1683             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1684             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1685             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1686             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1687             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1688             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1689             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1714             source2.append( "" + l );
1715             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1716             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1717             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1718             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1719             source2.append( "                     " + l );
1720             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1721             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1722             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1723             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1724             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1725                                                                         ";",
1726                                                                         false,
1727                                                                         "comment:",
1728                                                                         false );
1729             if ( tl.size() != 2 ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1733             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1734             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752         }
1753         catch ( final Exception e ) {
1754             e.printStackTrace( System.out );
1755             return false;
1756         }
1757         return true;
1758     }
1759
1760     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1761         try {
1762             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1763             final TolParser parser = new TolParser();
1764             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1765             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1766                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1773             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t1.isRooted() ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1792             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1793                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1800             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t2.isRooted() ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1822                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1834             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1847             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1848                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1868             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1869                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1876             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888         }
1889         catch ( final Exception e ) {
1890             e.printStackTrace( System.out );
1891             return false;
1892         }
1893         return true;
1894     }
1895
1896     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1897         try {
1898             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1899             final Phylogeny t1 = factory.create();
1900             if ( !t1.isEmpty() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1904             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t2.isEmpty() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1927             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1928             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1938             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1939             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1946             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1947             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1948                 return false;
1949             }
1950             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1951             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1952             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1956             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1957             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             final char[] a9 = new char[] {};
1964             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1965             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1969             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1970             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1971                 return false;
1972             }
1973         }
1974         catch ( final Exception e ) {
1975             e.printStackTrace( System.out );
1976             return false;
1977         }
1978         return true;
1979     }
1980
1981     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1982         try {
1983             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1984             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1985             final Phylogeny[] ev0 = factory
1986                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1987                              new NHXParser() );
1988             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1989             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1996             final Phylogeny[] ev1 = factory
1997                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1998                              new NHXParser() );
1999             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2000             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2007             final Phylogeny[] ev_b = factory
2008                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2009                              new NHXParser() );
2010             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2011             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2012             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             //
2019             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2020             final Phylogeny[] ev1x = factory
2021                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2022                              new NHXParser() );
2023             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2024             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2031             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2032                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2033                              new NHXParser() );
2034             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2035             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             //
2042             final Phylogeny[] t2 = factory
2043                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2044                              new NHXParser() );
2045             final Phylogeny[] ev2 = factory
2046                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2047                              new NHXParser() );
2048             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2049                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2050             }
2051             //
2052             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2053                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2054             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2055             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2056             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065         }
2066         catch ( final Exception e ) {
2067             e.printStackTrace();
2068             return false;
2069         }
2070         return true;
2071     }
2072
2073     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2074         try {
2075             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2076                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2077             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2078             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081         }
2082         catch ( final Exception e ) {
2083             e.printStackTrace();
2084             return false;
2085         }
2086         return true;
2087     }
2088
2089     private static boolean testDataObjects() {
2090         try {
2091             final Confidence s0 = new Confidence();
2092             final Confidence s1 = new Confidence();
2093             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2097             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2098             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2105             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             s3.asSimpleText();
2109             s3.asText();
2110             // Taxonomy
2111             // ----------
2112             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2113             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2114             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2115             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2116             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2117             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2118             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2119             t1.setScientificName( "E. coli" );
2120             t1.setCommonName( "coli" );
2121             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2122             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2126             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2127             t2.setScientificName( "what" );
2128             t2.setCommonName( "something" );
2129             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2133             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2134                 return false;
2135             }
2136             t1.setIdentifier( null );
2137             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2138             t3.setScientificName( "what" );
2139             t3.setCommonName( "something" );
2140             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             t1.setIdentifier( null );
2144             t1.setTaxonomyCode( "" );
2145             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2146             t4.setCommonName( "something" );
2147             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2151             t4.setCommonName( "something" );
2152             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             t1.setIdentifier( null );
2156             t1.setTaxonomyCode( "" );
2157             t1.setScientificName( "" );
2158             t5.setCommonName( "COLI" );
2159             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2160                 return false;
2161             }
2162             t5.setCommonName( "vibrio" );
2163             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             // Identifier
2167             // ----------
2168             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2169             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2170             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             id1.asSimpleText();
2180             id1.asText();
2181             // ProteinDomain
2182             // ---------------
2183             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2184             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2185             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             pd1.asSimpleText();
2192             pd1.asText();
2193             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2194             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2195             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             pd3.asSimpleText();
2205             pd3.asText();
2206             // DomainArchitecture
2207             // ------------------
2208             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2209             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2210             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2211             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2212             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2213             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2214             domains0.add( d2 );
2215             domains0.add( d0 );
2216             domains0.add( d3 );
2217             domains0.add( d1 );
2218             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2219             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2223             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2233             domains1.add( d1 );
2234             domains1.add( d2 );
2235             domains1.add( d4 );
2236             domains1.add( d0 );
2237             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2238             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             ds1.asSimpleText();
2242             ds1.asText();
2243             ds1.toNHX();
2244             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2245             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2246                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             // Event
2253             // -----
2254             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2255             if ( e1.isDuplication() ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e1.isFusion() ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2268             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2275             if ( e2.isDuplication() ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2294             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2298             if ( e3.isDuplication() ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( e3.isSpeciation() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2311             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2312             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             e3 = null;
2316             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2320             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2327             e4 = null;
2328             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2329             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Event e5 = new Event();
2336             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2346             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2353             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2360             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366         }
2367         catch ( final Exception e ) {
2368             e.printStackTrace( System.out );
2369             return false;
2370         }
2371         return true;
2372     }
2373
2374     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2375         try {
2376             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2377             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2378             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2379             if ( t0.isEmpty() ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2386             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t0.isEmpty() ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2393             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2397             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2404             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2408             if ( !t1.isEmpty() ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2412             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2416             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             t2.toNewHampshireX();
2420             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2421             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2425             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2429             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2437             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             n = t3.getNode( "A" );
2441             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             n = n.getNextExternalNode();
2445             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2449             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             n = t3.getNode( "C" );
2453             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2457             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2461             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2465             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2469             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2473             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2477             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2481             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             n = t4.getNode( "A" );
2485             n = n.getNextExternalNode();
2486             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             n = n.getNextExternalNode();
2490             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2494             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2498             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2499             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2503             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2508             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2512             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2516             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2517             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2525             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2526             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2535             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2543             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2544             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2553             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2561             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2565             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2569             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2570             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2574             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2578             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2582             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2586             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2590             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2594             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2598             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2602             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2606             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2610             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2614             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2618             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2622             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2626             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2627             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2631             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2635             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2636             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2640             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2644             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2645             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2649             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2653             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2657             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2661             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2665             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2666                 return false;
2667             }
2668         }
2669         catch ( final Exception e ) {
2670             e.printStackTrace( System.out );
2671             return false;
2672         }
2673         return true;
2674     }
2675
2676     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2677         try {
2678             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2679             dss1.addValue( 82 );
2680             dss1.addValue( 78 );
2681             dss1.addValue( 70 );
2682             dss1.addValue( 58 );
2683             dss1.addValue( 42 );
2684             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             dss1.addValue( 123 );
2721             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2731             dss2.addValue( -1.85 );
2732             dss2.addValue( 57.5 );
2733             dss2.addValue( 92.78 );
2734             dss2.addValue( 57.78 );
2735             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2742             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             dss2.addValue( -100 );
2746             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             final double[] ds = new double[ 14 ];
2753             ds[ 0 ] = 34;
2754             ds[ 1 ] = 23;
2755             ds[ 2 ] = 1;
2756             ds[ 3 ] = 32;
2757             ds[ 4 ] = 11;
2758             ds[ 5 ] = 2;
2759             ds[ 6 ] = 12;
2760             ds[ 7 ] = 33;
2761             ds[ 8 ] = 13;
2762             ds[ 9 ] = 22;
2763             ds[ 10 ] = 21;
2764             ds[ 11 ] = 35;
2765             ds[ 12 ] = 24;
2766             ds[ 13 ] = 31;
2767             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2768             if ( bins.length != 4 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2784             ds1[ 0 ] = 10.0;
2785             ds1[ 1 ] = 19.0;
2786             ds1[ 2 ] = 9.999;
2787             ds1[ 3 ] = 0.0;
2788             ds1[ 4 ] = 39.9;
2789             ds1[ 5 ] = 39.999;
2790             ds1[ 6 ] = 30.0;
2791             ds1[ 7 ] = 19.999;
2792             ds1[ 8 ] = 30.1;
2793             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2794             if ( bins1.length != 4 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2810             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2823             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2836             dss3.addValue( 1 );
2837             dss3.addValue( 1 );
2838             dss3.addValue( 1 );
2839             dss3.addValue( 2 );
2840             dss3.addValue( 3 );
2841             dss3.addValue( 4 );
2842             dss3.addValue( 5 );
2843             dss3.addValue( 5 );
2844             dss3.addValue( 5 );
2845             dss3.addValue( 6 );
2846             dss3.addValue( 7 );
2847             dss3.addValue( 8 );
2848             dss3.addValue( 9 );
2849             dss3.addValue( 10 );
2850             dss3.addValue( 10 );
2851             dss3.addValue( 10 );
2852             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2853             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2854             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2855         }
2856         catch ( final Exception e ) {
2857             e.printStackTrace( System.out );
2858             return false;
2859         }
2860         return true;
2861     }
2862
2863     private static boolean testDir( final String file ) {
2864         try {
2865             final File f = new File( file );
2866             if ( !f.exists() ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             if ( !f.isDirectory() ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( !f.canRead() ) {
2873                 return false;
2874             }
2875         }
2876         catch ( final Exception e ) {
2877             return false;
2878         }
2879         return true;
2880     }
2881
2882     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2883         try {
2884             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2885             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2886             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2887             n = n.getNextExternalNode();
2888             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2889                 return false;
2890             }
2891             n = n.getNextExternalNode();
2892             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2893                 return false;
2894             }
2895             n = n.getNextExternalNode();
2896             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2897                 return false;
2898             }
2899             n = t1.getNode( "B" );
2900             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2901                 n = n.getNextExternalNode();
2902             }
2903             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2904             n = t2.getNode( "A" );
2905             n = n.getNextExternalNode();
2906             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n = n.getNextExternalNode();
2910             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             n = n.getNextExternalNode();
2914             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             n = t2.getNode( "B" );
2918             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2919                 n = n.getNextExternalNode();
2920             }
2921             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2922             n = t3.getNode( "A" );
2923             n = n.getNextExternalNode();
2924             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             n = n.getNextExternalNode();
2928             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             n = n.getNextExternalNode();
2932             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             n = n.getNextExternalNode();
2936             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2937                 return false;
2938             }
2939             n = n.getNextExternalNode();
2940             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             n = n.getNextExternalNode();
2944             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             n = n.getNextExternalNode();
2948             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             n = t3.getNode( "B" );
2952             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2953                 n = n.getNextExternalNode();
2954             }
2955             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2956             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2957                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2958             }
2959             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2960             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2961                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2962             }
2963         }
2964         catch ( final Exception e ) {
2965             e.printStackTrace( System.out );
2966             return false;
2967         }
2968         return true;
2969     }
2970
2971     private static boolean testGeneralTable() {
2972         try {
2973             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2974             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2975             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2976             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2977             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2978             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2979             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2980             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2981             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2982             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3010             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3011             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3012             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3013             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3014             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3015             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3016             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3017             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3018             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3019             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049         }
3050         catch ( final Exception e ) {
3051             e.printStackTrace( System.out );
3052             return false;
3053         }
3054         return true;
3055     }
3056
3057     private static boolean testGetDistance() {
3058         try {
3059             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3060             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3061                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3062             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3157                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191         }
3192         catch ( final Exception e ) {
3193             e.printStackTrace( System.out );
3194             return false;
3195         }
3196         return true;
3197     }
3198
3199     private static boolean testGetLCA() {
3200         try {
3201             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3202             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3203                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3204             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3205             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3206             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3210             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3214             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3218             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3222             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3226             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3230             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3234             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3238             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3242             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3246             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3250             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3254             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3258             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3262             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3266             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3270             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3274             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3278             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3282             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3286             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3290             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3294             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3298             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3299             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3303             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3307             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3311             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3315             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3319             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3323             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3327             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final Phylogeny p3 = factory
3331                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3332                              new NHXParser() )[ 0 ];
3333             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3334             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3338             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3342             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3346             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3350             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3357             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             if ( !al_3.isRoot() ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3364             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3371             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3372                 return false;
3373             }
3374             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3378             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3383             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3387             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3388             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3393             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3397             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3398             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401         }
3402         catch ( final Exception e ) {
3403             e.printStackTrace( System.out );
3404             return false;
3405         }
3406         return true;
3407     }
3408
3409     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3410         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3411         try {
3412             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3413                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3414             parser1.parse();
3415             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3416                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3417             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3418             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( proteins.size() != 4 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3434             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3441             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3448             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3452             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482         }
3483         catch ( final Exception e ) {
3484             e.printStackTrace( System.out );
3485             return false;
3486         }
3487         return true;
3488     }
3489
3490     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3491         try {
3492             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3493             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3494             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3495             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3496             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3500             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3504             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3508             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3509                 return false;
3510             }
3511         }
3512         catch ( final Exception e ) {
3513             e.printStackTrace( System.out );
3514             return false;
3515         }
3516         return true;
3517     }
3518
3519     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3520         try {
3521             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3522             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3523             PhylogenyNodeIterator it0;
3524             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3525                 it0.next();
3526             }
3527             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3528                 it0.next();
3529             }
3530             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3531             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( it.hasNext() ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3556                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3557             PhylogenyNodeIterator it2;
3558             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3559                 it2.next();
3560             }
3561             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3562                 it2.next();
3563             }
3564             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3565             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( it3.hasNext() ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3644             PhylogenyNodeIterator it4;
3645             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3646                 it4.next();
3647             }
3648             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3649                 it4.next();
3650             }
3651             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3652             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3668             PhylogenyNodeIterator it6;
3669             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3670                 it6.next();
3671             }
3672             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3673                 it6.next();
3674             }
3675             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3676             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( it.hasNext() ) {
3680                 return false;
3681             }
3682         }
3683         catch ( final Exception e ) {
3684             e.printStackTrace( System.out );
3685             return false;
3686         }
3687         return true;
3688     }
3689
3690     private static boolean testMidpointrooting() {
3691         try {
3692             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3693             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3694                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3695             if ( !t1.isRooted() ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3718             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737         }
3738         catch ( final Exception e ) {
3739             e.printStackTrace( System.out );
3740             return false;
3741         }
3742         return true;
3743     }
3744
3745     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3746         try {
3747             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3748             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3749             parser.parse();
3750             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3751             if ( labels.length != 7 ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3776             parser.parse();
3777             labels = parser.getCharStateLabels();
3778             if ( labels.length != 7 ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802         }
3803         catch ( final Exception e ) {
3804             e.printStackTrace( System.out );
3805             return false;
3806         }
3807         return true;
3808     }
3809
3810     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3811         try {
3812             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3813             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3814             parser.parse();
3815             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3816             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             //            if ( labels.length != 7 ) {
3844             //                return false;
3845             //            }
3846             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3850             //                return false;
3851             //            }
3852             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3859             //                return false;
3860             //            }
3861             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3868             //            parser.parse();
3869             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3870             //            if ( labels.length != 7 ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3886             //                return false;
3887             //            }
3888             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3889             //                return false;
3890             //            }
3891             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3892             //                return false;
3893             //            }
3894         }
3895         catch ( final Exception e ) {
3896             e.printStackTrace( System.out );
3897             return false;
3898         }
3899         return true;
3900     }
3901
3902     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3903         try {
3904             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3905             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3906             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3907             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             phylogenies = null;
3917             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3918             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             phylogenies = null;
3928             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3929             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             phylogenies = null;
3942             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3943             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4064                 return false;
4065             }
4066         }
4067         catch ( final Exception e ) {
4068             e.printStackTrace( System.out );
4069             return false;
4070         }
4071         return true;
4072     }
4073
4074     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4075         try {
4076             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4077             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4078             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4079             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4095                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             phylogenies = null;
4099             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4100             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4119                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4138                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4157                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             phylogenies = null;
4161             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4162             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4181                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4200                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4219                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4220                 return false;
4221             }
4222         }
4223         catch ( final Exception e ) {
4224             e.printStackTrace( System.out );
4225             return false;
4226         }
4227         return true;
4228     }
4229
4230     private static boolean testNHParsing() {
4231         try {
4232             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4233             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4234             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4238             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4239             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4240             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4241             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final Phylogeny p1b = factory
4248                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4249                              new NHXParser() )[ 0 ];
4250             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4257             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4258             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4259             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4260             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4261             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4262             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4263             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4264             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4265             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4266             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4267                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4268                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4269                                                     new NHXParser() );
4270             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4283             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4284             final String p16_S = "((A,B),C)";
4285             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4286             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4290             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4291             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4295             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4296             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4300             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4301             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4305             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4306             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4310             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4311             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4315             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4316             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4320             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4321             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4325             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4326             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4330             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4331             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4332             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4339                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4340                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4341                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4342                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4343                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4344                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4345                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4346             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4347             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             final String p26_S = "(A,B)ab";
4351             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4352             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4356             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4357                                                     new NHXParser() );
4358             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4362             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4363             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4364             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4365             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4366                                                     new NHXParser() );
4367             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4380             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4381             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4385             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4386             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4390             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4391             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p33_S = "A";
4395             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p34_S = "B;";
4400             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p35_S = "B:0.2";
4405             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p36_S = "(A)";
4410             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p37_S = "((A))";
4415             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4420             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4425             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p40_S = "(A,B,C)";
4430             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4435             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4436             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4440             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4441             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4445             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4446             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4450             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4451             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4455             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4456             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             final String p46_S = "";
4460             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4461             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4465             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4469             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             final Phylogeny p49 = factory
4473                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4474                              new NHXParser() )[ 0 ];
4475             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4479             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4483                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4490                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4494             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4498             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             final Phylogeny p53 = factory
4502                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4503                              new NHXParser() )[ 0 ];
4504             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             //
4508             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4509             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4513                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516         }
4517         catch ( final Exception e ) {
4518             e.printStackTrace( System.out );
4519             return false;
4520         }
4521         return true;
4522     }
4523
4524     private static boolean testNHXconversion() {
4525         try {
4526             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4527             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4528             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4529             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4530             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4531                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4532             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4533                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4534             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !n5.toNewHampshireX()
4547                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553         }
4554         catch ( final Exception e ) {
4555             e.printStackTrace( System.out );
4556             return false;
4557         }
4558         return true;
4559     }
4560
4561     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4562         try {
4563             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4564             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4565             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4566             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4567             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4568                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4569             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( n3.isDuplication() ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( !n5.isDuplication() ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4615                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4616                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4617             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4624                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4625                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4626             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4633                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4638                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4639             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4646                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4647             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4654                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4655             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4662                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4663             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4670                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4671             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4678                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4679             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4686                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4687             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4694                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4695             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4702                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4703             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4710                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4711             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4718                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4719                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4720             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4727                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4728                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4729             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4736                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4737                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4738             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4745                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4746                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4747             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4754                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4755             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4762                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4763             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4770                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4771             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4778                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4779             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4786                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4787                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4788             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4798                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4799                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4800             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4810                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4811             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4818                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4819             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4826             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4827             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4870                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4871             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4896             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4900             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4904                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4905                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4906             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4913                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4914                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4915             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4922                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4923                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4924             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4934                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4935                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4936             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4946                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4947                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4948             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4955                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4956             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965         }
4966         catch ( final Exception e ) {
4967             e.printStackTrace( System.out );
4968             return false;
4969         }
4970         return true;
4971     }
4972
4973     private static boolean testNHXParsing() {
4974         try {
4975             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4976             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4977             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4981             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4982             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4986             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4987             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4988                 return false;
4989             }
4990             final Phylogeny[] p3 = factory
4991                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4992                              new NHXParser() );
4993             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final Phylogeny[] p4 = factory
4997                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4998                              new NHXParser() );
4999             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             final Phylogeny[] p5 = factory
5003                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5004                              new NHXParser() );
5005             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5009             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5010             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5011             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5015             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5016             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5017             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5021             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5022             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5023             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5027             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             final Phylogeny p10 = factory
5031                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5032                              new NHXParser() )[ 0 ];
5033             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036         }
5037         catch ( final Exception e ) {
5038             e.printStackTrace( System.out );
5039             return false;
5040         }
5041         return true;
5042     }
5043
5044     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5045         try {
5046             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5047             final NHXParser p = new NHXParser();
5048             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5049             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5053             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5063                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5082             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5083             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5084             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5088             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5089             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5090             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5094             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5095             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5096             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5100             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5101             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5102             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             final Phylogeny p10 = factory
5106                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5107                              new NHXParser() )[ 0 ];
5108             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5109             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5113             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             //
5117             final Phylogeny p12 = factory
5118                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5119                              new NHXParser() )[ 0 ];
5120             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5121             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5125             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5129             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5133             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136         }
5137         catch ( final Exception e ) {
5138             e.printStackTrace( System.out );
5139             return false;
5140         }
5141         return true;
5142     }
5143
5144     private static boolean testNHXParsingMB() {
5145         try {
5146             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5147             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5148                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5149                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5150                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5151                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5152                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5153                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5154                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5155                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5156             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5163                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             final Phylogeny p2 = factory
5173                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5174                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5175                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5176                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5177                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5178                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5179                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5180                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5181                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5182                              new NHXParser() )[ 0 ];
5183             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5187                 return false;
5188             }
5189         }
5190         catch ( final Exception e ) {
5191             e.printStackTrace( System.out );
5192             System.exit( -1 );
5193             return false;
5194         }
5195         return true;
5196     }
5197
5198     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5199         try {
5200             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5201             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5202             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5203             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5204             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5214             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5215             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5216             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5223             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232         }
5233         catch ( final Exception e ) {
5234             e.printStackTrace( System.out );
5235             return false;
5236         }
5237         return true;
5238     }
5239
5240     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5241         try {
5242             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5243             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5244             try {
5245                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5246             }
5247             catch ( final Exception e ) {
5248                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5249             }
5250             if ( xml_parser == null ) {
5251                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5252                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5253                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5254                 }
5255                 else {
5256                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5257                 }
5258             }
5259             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5260                                                               xml_parser );
5261             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5262                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5269             PhylogenyNode n = null;
5270             Distribution d = null;
5271             n = t1.getNode( "root node" );
5272             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             d = n.getNodeData().getDistribution();
5279             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( d.getPolygons() != null ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             n = t1.getNode( "node a" );
5304             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5311             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( d.getPolygons() != null ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             n = t1.getNode( "node bb" );
5336             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5343             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5368             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5375                 return false;
5376             }
5377             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5378                 return false;
5379             }
5380             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             p = d.getPolygons().get( 1 );
5390             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5394                 return false;
5395             }
5396             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5397                 return false;
5398             }
5399             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             // Roundtrip:
5403             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5404             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5405             if ( rt.length != 1 ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5409             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5410             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             d = n.getNodeData().getDistribution();
5417             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( d.getPolygons() != null ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5442             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5449             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             if ( d.getPolygons() != null ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5474             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5481             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             p = d.getPolygons().get( 0 );
5506             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             p = d.getPolygons().get( 1 );
5528             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540         }
5541         catch ( final Exception e ) {
5542             e.printStackTrace( System.out );
5543             return false;
5544         }
5545         return true;
5546     }
5547
5548     private static boolean testPostOrderIterator() {
5549         try {
5550             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5551             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5552             PhylogenyNodeIterator it0;
5553             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5554                 it0.next();
5555             }
5556             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5557                 it0.next();
5558             }
5559             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5560             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5561             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( it.hasNext() ) {
5607                 return false;
5608             }
5609         }
5610         catch ( final Exception e ) {
5611             e.printStackTrace( System.out );
5612             return false;
5613         }
5614         return true;
5615     }
5616
5617     private static boolean testPreOrderIterator() {
5618         try {
5619             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5620             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5621             PhylogenyNodeIterator it0;
5622             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5623                 it0.next();
5624             }
5625             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5626                 it0.next();
5627             }
5628             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5629             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( it.hasNext() ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5654             it = t1.iteratorPreorder();
5655             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5698                 return false;
5699             }
5700             if ( it.hasNext() ) {
5701                 return false;
5702             }
5703         }
5704         catch ( final Exception e ) {
5705             e.printStackTrace( System.out );
5706             return false;
5707         }
5708         return true;
5709     }
5710
5711     private static boolean testPropertiesMap() {
5712         try {
5713             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5714             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5715             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5716             final Property p2 = new Property( "something:else",
5717                                               "?",
5718                                               "improbable:research",
5719                                               "xsd:decimal",
5720                                               AppliesTo.NODE );
5721             pm.addProperty( p0 );
5722             pm.addProperty( p1 );
5723             pm.addProperty( p2 );
5724             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5743             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5750                 return false;
5751             }
5752         }
5753         catch ( final Exception e ) {
5754             e.printStackTrace( System.out );
5755             return false;
5756         }
5757         return true;
5758     }
5759
5760     private static boolean testReIdMethods() {
5761         try {
5762             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5763             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5764             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5765             p.levelOrderReID();
5766             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5809                 return false;
5810             }
5811         }
5812         catch ( final Exception e ) {
5813             e.printStackTrace( System.out );
5814             return false;
5815         }
5816         return true;
5817     }
5818
5819     private static boolean testRerooting() {
5820         try {
5821             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5822             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5823                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5824             if ( !t1.isRooted() ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5847             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5848             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5849             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5850             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5851             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5852             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5853             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5854             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5855             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5874                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5912             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5913             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5914             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5916             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5917             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5919             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5920             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5927             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5934             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5944             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5954             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5955                 return false;
5956             }
5957             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5961             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5962                 return false;
5963             }
5964             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5965                 return false;
5966             }
5967             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5968                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5969             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5970             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5980             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5990             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5997                 return false;
5998             }
5999         }
6000         catch ( final Exception e ) {
6001             e.printStackTrace( System.out );
6002             return false;
6003         }
6004         return true;
6005     }
6006
6007     private static boolean testSDIse() {
6008         try {
6009             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6010             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6011             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6012             gene1.setRooted( true );
6013             species1.setRooted( true );
6014             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6015             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             final Phylogeny species2 = factory
6019                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6020                              new NHXParser() )[ 0 ];
6021             final Phylogeny gene2 = factory
6022                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6023                              new NHXParser() )[ 0 ];
6024             species2.setRooted( true );
6025             gene2.setRooted( true );
6026             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6027             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             final Phylogeny species3 = factory
6049                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6050                              new NHXParser() )[ 0 ];
6051             final Phylogeny gene3 = factory
6052                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6053                              new NHXParser() )[ 0 ];
6054             species3.setRooted( true );
6055             gene3.setRooted( true );
6056             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6057             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             final Phylogeny species4 = factory
6067                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6068                              new NHXParser() )[ 0 ];
6069             final Phylogeny gene4 = factory
6070                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6071                              new NHXParser() )[ 0 ];
6072             species4.setRooted( true );
6073             gene4.setRooted( true );
6074             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6075             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             final Phylogeny species5 = factory
6094                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6095                              new NHXParser() )[ 0 ];
6096             final Phylogeny gene5 = factory
6097                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6098                              new NHXParser() )[ 0 ];
6099             species5.setRooted( true );
6100             gene5.setRooted( true );
6101             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6102             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6121             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6122             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6123             final Phylogeny species6 = factory
6124                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6125                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6126                              new NHXParser() )[ 0 ];
6127             final Phylogeny gene6 = factory
6128                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6129                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6130                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6131                              new NHXParser() )[ 0 ];
6132             species6.setRooted( true );
6133             gene6.setRooted( true );
6134             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6135             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             sdi6.computeMappingCostL();
6163             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6173                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6174                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6175                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6176                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6177             species7.setRooted( true );
6178             final Phylogeny gene7_1 = Test
6179                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6180             gene7_1.setRooted( true );
6181             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6182             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             final Phylogeny gene7_2 = Test
6210                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6211             gene7_2.setRooted( true );
6212             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6213             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6241                 return false;
6242             }
6243         }
6244         catch ( final Exception e ) {
6245             return false;
6246         }
6247         return true;
6248     }
6249
6250     private static boolean testSDIunrooted() {
6251         try {
6252             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6253             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6254             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6255             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6256             PhylogenyBranch br = iter.next();
6257             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             br = iter.next();
6264             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             br = iter.next();
6271             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             br = iter.next();
6278             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             br = iter.next();
6285             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             br = iter.next();
6292             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             br = iter.next();
6299             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             br = iter.next();
6306             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             br = iter.next();
6313             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             br = iter.next();
6320             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             br = iter.next();
6327             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             br = iter.next();
6334             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             br = iter.next();
6341             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             br = iter.next();
6348             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             br = iter.next();
6355             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( iter.hasNext() ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6365             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6366             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6367             br = iter1.next();
6368             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             br = iter1.next();
6375             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             br = iter1.next();
6382             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( iter1.hasNext() ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6392             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6393             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6394             br = iter2.next();
6395             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6396                 return false;
6397             }
6398             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             br = iter2.next();
6402             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             br = iter2.next();
6409             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( iter2.hasNext() ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             final Phylogeny species0 = factory
6419                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6420                              new NHXParser() )[ 0 ];
6421             final Phylogeny gene1 = factory
6422                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6423                              new NHXParser() )[ 0 ];
6424             species0.setRooted( true );
6425             gene1.setRooted( true );
6426             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6427             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6428             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             final Phylogeny gene2 = factory
6444                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6445                              new NHXParser() )[ 0 ];
6446             gene2.setRooted( true );
6447             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6448             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             final Phylogeny species6 = factory
6464                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6465                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6466                              new NHXParser() )[ 0 ];
6467             final Phylogeny gene6 = factory
6468                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6469                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6470                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6471                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6472                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6473                              new NHXParser() )[ 0 ];
6474             species6.setRooted( true );
6475             gene6.setRooted( true );
6476             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6477             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             p6 = null;
6517             final Phylogeny species7 = factory
6518                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6519                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6520                              new NHXParser() )[ 0 ];
6521             final Phylogeny gene7 = factory
6522                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6523                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6524                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6525                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6526                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6527                              new NHXParser() )[ 0 ];
6528             species7.setRooted( true );
6529             gene7.setRooted( true );
6530             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6531             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             p7 = null;
6571             final Phylogeny species8 = factory
6572                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6573                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6574                              new NHXParser() )[ 0 ];
6575             final Phylogeny gene8 = factory
6576                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6577                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6578                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6579                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6580                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6581                              new NHXParser() )[ 0 ];
6582             species8.setRooted( true );
6583             gene8.setRooted( true );
6584             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6585             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             p8 = null;
6625         }
6626         catch ( final Exception e ) {
6627             e.printStackTrace( System.out );
6628             return false;
6629         }
6630         return true;
6631     }
6632
6633     private static boolean testSplit() {
6634         try {
6635             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6636             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6637             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6638             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6639             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6640             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6641             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6642             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6643             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6644             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6645             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6646             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6647             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6648             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6649             // System.out.println( s0.toString() );
6650             //
6651             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6654             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6665             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             //
6669             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6673             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             //
6677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6682             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             //
6686             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6691             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             //
6695             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6699             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             //
6703             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6706             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             //
6710             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6715             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6716             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             //
6720             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6724             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6733             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             //
6737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6740             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             //
6744             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6749             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             //
6753             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6759             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             //
6763             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6767             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             //
6771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6774             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //
6778             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6781             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             //
6785             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6788             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             //
6792             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6795             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             //
6799             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6802             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             //
6806             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6809             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             //
6813             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6817             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             //
6821             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6825             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             //
6829             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6833             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             //
6837             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6839             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6840             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6841             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6842             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6843                 return false;
6844             }
6845             /////////
6846             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6847             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6848             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6849             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6850             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6856             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6857             //                return false;
6858             //            }
6859             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6865             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6866             //                return false;
6867             //            }
6868             //            //
6869             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6870             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6871             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6872             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6876             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6877             //                return false;
6878             //            }
6879             //            //
6880             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6881             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6882             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6883             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6887             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6888             //                return false;
6889             //            }
6890             //            //
6891             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6892             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6893             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6896             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6897             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6898             //                return false;
6899             //            }
6900             //            //
6901             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6903             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6904             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6905             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6906             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6907             //                return false;
6908             //            }
6909             //
6910             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6915             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             //
6919             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6924             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             ///////////////////////////
6928             //
6929             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6934             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6943             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6961             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             //
6965             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6978             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             //
6982             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6988             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             //
6992             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6998             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             //
7002             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7008             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             //
7012             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7019             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022         }
7023         catch ( final Exception e ) {
7024             e.printStackTrace();
7025             return false;
7026         }
7027         return true;
7028     }
7029
7030     private static boolean testSplitStrict() {
7031         try {
7032             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7033             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7034             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7035             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7036             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7037             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7038             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7039             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7040             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7041             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7042             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7043             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7046             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7057             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             //
7061             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7065             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             //
7069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7074             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             //
7078             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7083             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             //
7087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7091             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             //
7095             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7098             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             //
7102             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7108             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             //
7112             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7116             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             //
7120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7125             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7126                 return false;
7127             }
7128             //
7129             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7132             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7133                 return false;
7134             }
7135             //
7136             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             //
7145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7151             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7152                 return false;
7153             }
7154             //
7155             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7166             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             //
7170             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7173             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             //
7177             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7180             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             //
7184             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7187             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             //
7191             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7194             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7195                 return false;
7196             }
7197             //
7198             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7201             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             //
7205             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             //
7213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             //
7221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7225             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             //
7229             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7234             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7235                 return false;
7236             }
7237         }
7238         catch ( final Exception e ) {
7239             e.printStackTrace();
7240             return false;
7241         }
7242         return true;
7243     }
7244
7245     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7246         try {
7247             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7248             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7249             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7250             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             t1.toNewHampshireX();
7254             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7255             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             t1.toNewHampshireX();
7259             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7260             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7261                 return false;
7262             }
7263             t1.toNewHampshireX();
7264             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7265             t1.toNewHampshireX();
7266             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7270             t1.toNewHampshireX();
7271             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7275             t1.toNewHampshireX();
7276             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7280             t1.toNewHampshireX();
7281             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7285             t1.toNewHampshireX();
7286             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7290             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             if ( !t1.isEmpty() ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7297             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7298             t2.toNewHampshireX();
7299             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7303             t2.toNewHampshireX();
7304             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7308             t2.toNewHampshireX();
7309             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7310                 return false;
7311             }
7312         }
7313         catch ( final Exception e ) {
7314             e.printStackTrace( System.out );
7315             return false;
7316         }
7317         return true;
7318     }
7319
7320     private static boolean testSupportCount() {
7321         try {
7322             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7323             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7324             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7325                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7326                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7327                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7328                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7329                                                               new NHXParser() );
7330             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7331             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7332             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7333                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7334                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7335                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7336                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7337                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7338                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7339                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7340                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7341                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7342                                                               new NHXParser() );
7343             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7344             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7345             while ( it.hasNext() ) {
7346                 final PhylogenyNode n = it.next();
7347                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7348                     return false;
7349                 }
7350             }
7351             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7352             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7353                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7354             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7355             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7356             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7387             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7388                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7389             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7390             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7391             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7422             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7423             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7424             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7428             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7429             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7430             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7434             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7435             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7436             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7440             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7441             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7442             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7443                 return false;
7444             }
7445         }
7446         catch ( final Exception e ) {
7447             e.printStackTrace( System.out );
7448             return false;
7449         }
7450         return true;
7451     }
7452
7453     private static boolean testSupportTransfer() {
7454         try {
7455             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7456             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7457                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7458             final Phylogeny p2 = factory
7459                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7460             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7467             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7468             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7484                 return false;
7485             }
7486             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7490                 return false;
7491             }
7492         }
7493         catch ( final Exception e ) {
7494             e.printStackTrace( System.out );
7495             return false;
7496         }
7497         return true;
7498     }
7499
7500     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7501         try {
7502             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7503             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7504             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7505             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7506             s0.setRooted( true );
7507             g0.setRooted( true );
7508             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7509             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7519             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7520             g0.setRooted( true );
7521             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7522             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7532             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7533             g0.setRooted( true );
7534             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7535             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7545             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7546             g0.setRooted( true );
7547             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7548             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7558             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7559             g0.setRooted( true );
7560             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7561             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7562                 return false;
7563             }
7564             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7571             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7572             g0.setRooted( true );
7573             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7574             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7584             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7585             g0.setRooted( true );
7586             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7587             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7597                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7598                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7599                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7600             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7601             s0.setRooted( true );
7602             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7603                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7604                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7605                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7606             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7607             g0.setRooted( true );
7608             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7609             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7625                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7626                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7627                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7628             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7629             g0.setRooted( true );
7630             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7631             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7647                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7648                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7649                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7650             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7651             g0.setRooted( true );
7652             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7653             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7669                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7670                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7671                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7672             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7673             g0.setRooted( true );
7674             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7675             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7691             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7692             g0.setRooted( true );
7693             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7694             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7704             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7705             g0.setRooted( true );
7706             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7707             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7717                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7718                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7719                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7720             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7721             g0.setRooted( true );
7722             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7723             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7745                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7746                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7747                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7748             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7749             g0.setRooted( true );
7750             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7751             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7773                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7774                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7775                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7776             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7777             g0.setRooted( true );
7778             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7779             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7801                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7802                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7803                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7804             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7805             g0.setRooted( true );
7806             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7807             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7829                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7830                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7831                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7832             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7833             s0.setRooted( true );
7834             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7835                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7836                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7837                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7838             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7839             g0.setRooted( true );
7840             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7841             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847         }
7848         catch ( final Exception e ) {
7849             e.printStackTrace( System.out );
7850             return false;
7851         }
7852         return true;
7853     }
7854
7855     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7856         try {
7857             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7858                                                                                                  10 );
7859             if ( results.size() != 1 ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             results = null;
7878             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7879             if ( results.size() != 1 ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             results = null;
7898             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7899             if ( results.size() != 1 ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7909                 return false;
7910             }
7911             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             results = null;
7918             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7919             if ( results.size() != 1 ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7938                 return false;
7939             }
7940             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7941                 return false;
7942             }
7943             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7944                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7945                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7946                 return false;
7947             }
7948         }
7949         catch ( final IOException e ) {
7950             System.out.println();
7951             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7952             e.printStackTrace( System.out );
7953             return true;
7954         }
7955         catch ( final Exception e ) {
7956             return false;
7957         }
7958         return true;
7959     }
7960
7961     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7962         //The format for GenBank Accession numbers are:
7963         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7964         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7965         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7966         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7967             return false;
7968         }
7969         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7970             return false;
7971         }
7972         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7973             return false;
7974         }
7975         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7976             return false;
7977         }
7978         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7979             return false;
7980         }
7981         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7982             return false;
7983         }
7984         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7985             return false;
7986         }
7987         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7988             return false;
7989         }
7990         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7991             return false;
7992         }
7993         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7994             return false;
7995         }
7996         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7997             return false;
7998         }
7999         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8000             return false;
8001         }
8002         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
8003             return false;
8004         }
8005         return true;
8006     }
8007
8008     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8009         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8010             return false;
8011         }
8012         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8013             return false;
8014         }
8015         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8016             return false;
8017         }
8018         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8019             return false;
8020         }
8021         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8022             return false;
8023         }
8024         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8025             return false;
8026         }
8027         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8028             return false;
8029         }
8030         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8031             return false;
8032         }
8033         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8034             return false;
8035         }
8036         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8037             return false;
8038         }
8039         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8040             return false;
8041         }
8042         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8043             return false;
8044         }
8045         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8046             return false;
8047         }
8048         try {
8049             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8050             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8051                 return false;
8052             }
8053             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8054                 return false;
8055             }
8056             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8063                 return false;
8064             }
8065         }
8066         catch ( final IOException e ) {
8067             System.out.println();
8068             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8069             e.printStackTrace( System.out );
8070             return true;
8071         }
8072         catch ( final Exception e ) {
8073             return false;
8074         }
8075         return true;
8076     }
8077
8078     private static boolean testWabiTxSearch() {
8079         try {
8080             String result = "";
8081             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8082             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8083             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8087             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8091             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8095             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8099             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8100                 return false;
8101             }
8102             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8103             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8107             queries.add( "Campylobacter coli" );
8108             queries.add( "Escherichia coli" );
8109             queries.add( "Arabidopsis" );
8110             queries.add( "Trichoplax" );
8111             queries.add( "Samanea saman" );
8112             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8113             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8114             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8115             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8116             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8117             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8118             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8119             ranks.add( RANKS.GENUS );
8120             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8121             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8122             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8123             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8124         }
8125         catch ( final Exception e ) {
8126             System.out.println();
8127             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8128             e.printStackTrace( System.out );
8129             return false;
8130         }
8131         return true;
8132     }
8133
8134     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8135         try {
8136             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8137             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8150             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8151                 return false;
8152             }
8153             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8154             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8158             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161         }
8162         catch ( final Exception e ) {
8163             e.printStackTrace();
8164             return false;
8165         }
8166         return true;
8167     }
8168
8169     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8170         try {
8171             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8172             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8179             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8183                 return false;
8184             }
8185         }
8186         catch ( final Exception e ) {
8187             e.printStackTrace();
8188             return false;
8189         }
8190         return true;
8191     }
8192
8193     private static boolean testFastaParser() {
8194         try {
8195             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8202             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8218                 return false;
8219             }
8220         }
8221         catch ( final Exception e ) {
8222             e.printStackTrace();
8223             return false;
8224         }
8225         return true;
8226     }
8227
8228     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8229         try {
8230             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8231             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8232             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8233             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8234             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8235             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8236             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8237             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8238             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8242                 return false;
8243             }
8244             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8275             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8279                 return false;
8280             }
8281             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8285             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8295             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8296                 return false;
8297             }
8298             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304         }
8305         catch ( final Exception e ) {
8306             e.printStackTrace();
8307             return false;
8308         }
8309         return true;
8310     }
8311
8312     private static boolean testMafft() {
8313         try {
8314             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8315             opts.add( "--maxiterate" );
8316             opts.add( "1000" );
8317             opts.add( "--localpair" );
8318             opts.add( "--quiet" );
8319             Msa msa = null;
8320             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8321             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8322             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8323                 return false;
8324             }
8325             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8326                 return false;
8327             }
8328         }
8329         catch ( final Exception e ) {
8330             e.printStackTrace( System.out );
8331             return false;
8332         }
8333         return true;
8334     }
8335
8336     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8337         try {
8338             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8339             PhylogenyNode n;
8340             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8341             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8342             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8343             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8344             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8345             n = t0.getFirstExternalNode();
8346             while ( n != null ) {
8347                 ext.add( n );
8348                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8349             }
8350             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             ext.clear();
8369             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8370             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8371             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8372             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8373             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8374             n = t1.getNode( "ab" );
8375             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8376             while ( n != null ) {
8377                 ext.add( n );
8378                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8379             }
8380             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             //
8396             //
8397             ext.clear();
8398             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8399             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8400             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8401             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8402             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8403             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8404             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8405             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8406             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8407             n = t2.getNode( "ab" );
8408             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8409             while ( n != null ) {
8410                 ext.add( n );
8411                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8412             }
8413             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             //
8426             //
8427             ext.clear();
8428             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8429             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8430             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8431             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8432             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8433             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8434             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8435             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8436             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8437             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8438             n = t3.getNode( "ab" );
8439             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8440             while ( n != null ) {
8441                 ext.add( n );
8442                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8443             }
8444             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453             //
8454             //
8455             ext.clear();
8456             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8457             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8458             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8459             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8460             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8461             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8462             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8463             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8464             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8465             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8466             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8467             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8468             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             //
8472             //
8473             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8474             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8475             ext.clear();
8476             n = t5.getFirstExternalNode();
8477             while ( n != null ) {
8478                 ext.add( n );
8479                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8480             }
8481             if ( ext.size() != 8 ) {
8482                 return false;
8483             }
8484             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8485                 return false;
8486             }
8487             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             //
8509             //
8510             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8511             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8512             ext.clear();
8513             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8514             n = t6.getNode( "ab" );
8515             while ( n != null ) {
8516                 ext.add( n );
8517                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8518             }
8519             if ( ext.size() != 7 ) {
8520                 return false;
8521             }
8522             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8523                 return false;
8524             }
8525             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             //
8544             //
8545             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8546             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8547             ext.clear();
8548             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8549             n = t7.getNode( "a" );
8550             while ( n != null ) {
8551                 ext.add( n );
8552                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8553             }
8554             if ( ext.size() != 7 ) {
8555                 return false;
8556             }
8557             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8558                 return false;
8559             }
8560             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8561                 return false;
8562             }
8563             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             //
8579             //
8580             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8581             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8582             ext.clear();
8583             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8584             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8585             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8586             n = t8.getNode( "a" );
8587             while ( n != null ) {
8588                 ext.add( n );
8589                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8590             }
8591             if ( ext.size() != 7 ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8595                 return false;
8596             }
8597             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8601                 System.out.println( "2 fail" );
8602                 return false;
8603             }
8604             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             //
8617             //
8618             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8619             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8620             ext.clear();
8621             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8622             n = t9.getNode( "a" );
8623             while ( n != null ) {
8624                 ext.add( n );
8625                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8626             }
8627             if ( ext.size() != 7 ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             //
8652             //
8653             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8654             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8655             ext.clear();
8656             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8657             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8658             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8659             n = t10.getNode( "a" );
8660             while ( n != null ) {
8661                 ext.add( n );
8662                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8663             }
8664             if ( ext.size() != 7 ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8668                 return false;
8669             }
8670             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8671                 return false;
8672             }
8673             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             //
8689             //
8690             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8691             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8692             ext.clear();
8693             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8694             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8695             n = t11.getNode( "a" );
8696             while ( n != null ) {
8697                 ext.add( n );
8698                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8699             }
8700             if ( ext.size() != 6 ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8704                 return false;
8705             }
8706             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8716                 return false;
8717             }
8718             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             //
8722             //
8723             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8724             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8725             ext.clear();
8726             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8727             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8728             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8729             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8730             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8731             n = t12.getNode( "a" );
8732             while ( n != null ) {
8733                 ext.add( n );
8734                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8735             }
8736             if ( ext.size() != 6 ) {
8737                 return false;
8738             }
8739             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8743                 return false;
8744             }
8745             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8746                 return false;
8747             }
8748             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8749                 return false;
8750             }
8751             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8755                 return false;
8756             }
8757             //
8758             //
8759             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8760             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8761             ext.clear();
8762             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8763             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8764             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8765             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8766             n = t13.getNode( "ab" );
8767             while ( n != null ) {
8768                 ext.add( n );
8769                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8770             }
8771             if ( ext.size() != 5 ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             //
8790             //
8791             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8792             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8793             ext.clear();
8794             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8795             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8796             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8797             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8798             n = t14.getNode( "ab" );
8799             while ( n != null ) {
8800                 ext.add( n );
8801                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8802             }
8803             if ( ext.size() != 5 ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8807                 return false;
8808             }
8809             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8810                 return false;
8811             }
8812             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8813                 return false;
8814             }
8815             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8816                 return false;
8817             }
8818             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8819                 return false;
8820             }
8821             //
8822             //
8823             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8824             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8825             ext.clear();
8826             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8827             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8828             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8829             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8830             n = t15.getNode( "ab" );
8831             while ( n != null ) {
8832                 ext.add( n );
8833                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8834             }
8835             if ( ext.size() != 6 ) {
8836                 return false;
8837             }
8838             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8839                 return false;
8840             }
8841             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8845                 return false;
8846             }
8847             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8848                 return false;
8849             }
8850             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8851                 return false;
8852             }
8853             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8854                 return false;
8855             }
8856             //
8857             //
8858             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8859             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8860             ext.clear();
8861             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8862             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8863             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8864             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8865             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8866             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8867             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8868             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8869             n = t16.getNode( "ab" );
8870             while ( n != null ) {
8871                 ext.add( n );
8872                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8873             }
8874             if ( ext.size() != 4 ) {
8875                 return false;
8876             }
8877             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889         }
8890         catch ( final Exception e ) {
8891             e.printStackTrace( System.out );
8892             return false;
8893         }
8894         return true;
8895     }
8896
8897     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8898         try {
8899             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8900             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8901             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8902             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8903             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8904             l.add( s0 );
8905             l.add( s1 );
8906             l.add( s2 );
8907             l.add( s3 );
8908             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8909             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8910                 return false;
8911             }
8912             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8913                 return false;
8914             }
8915             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8916                 return false;
8917             }
8918             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8919                 return false;
8920             }
8921         }
8922         catch ( final Exception e ) {
8923             e.printStackTrace( System.out );
8924             return false;
8925         }
8926         return true;
8927     }
8928
8929     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8930         try {
8931             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8932             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8933                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8934                 if ( id != null ) {
8935                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8936                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8937                 }
8938                 return false;
8939             }
8940             //
8941             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8942             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8943                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8944                 if ( id != null ) {
8945                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8946                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8947                 }
8948                 return false;
8949             }
8950             //
8951             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8952             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8953                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8954                 if ( id != null ) {
8955                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8956                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8957                 }
8958                 return false;
8959             }
8960             //
8961             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8962             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8963                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8964                 if ( id != null ) {
8965                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8966                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8967                 }
8968                 return false;
8969             }
8970             //
8971             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8972             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8973                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8974                 if ( id != null ) {
8975                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8976                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8977                 }
8978                 return false;
8979             }
8980             //
8981             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8982             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8983                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8984                 if ( id != null ) {
8985                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8986                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8987                 }
8988                 return false;
8989             }
8990             //
8991             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8992             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8993                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8994                 if ( id != null ) {
8995                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8996                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8997                 }
8998                 return false;
8999             }
9000             //
9001             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
9002             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9003                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9004                 if ( id != null ) {
9005                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9006                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9007                 }
9008                 return false;
9009             }
9010             //
9011             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
9012             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9013                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9014                 if ( id != null ) {
9015                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9016                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9017                 }
9018                 return false;
9019             }
9020             //
9021             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
9022             if ( id != null ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             // lcl_91970_unknown_
9026         }
9027         catch ( final Exception e ) {
9028             e.printStackTrace( System.out );
9029             return false;
9030         }
9031         return true;
9032     }
9033 }