forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NH parsing: " );
 229         if ( Test.testNHParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237
 238         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 239         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing: " );
 248         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 257         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 266         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 275         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 284         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 285             System.out.println( "OK." );
 286             succeeded++;
 287         }
 288         else {
 289             System.out.println( "failed." );
 290             failed++;
 291         }
 292         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 293         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 294             System.out.println( "OK." );
 295             succeeded++;
 296         }
 297         else {
 298             System.out.println( "failed." );
 299             failed++;
 300         }
 301         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 302         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 303             System.out.println( "OK." );
 304             succeeded++;
 305         }
 306         else {
 307             System.out.println( "failed." );
 308             failed++;
 309         }
 310         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 311         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 312             System.out.println( "OK." );
 313             succeeded++;
 314         }
 315         else {
 316             System.out.println( "failed." );
 317             failed++;
 318         }
 319         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 320         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 321             System.out.println( "OK." );
 322             succeeded++;
 323         }
 324         else {
 325             System.out.println( "failed." );
 326             failed++;
 327         }
 328         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 329         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 330             System.out.println( "OK." );
 331             succeeded++;
 332         }
 333         else {
 334             System.out.println( "failed." );
 335             failed++;
 336         }
 337         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 338         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 339             System.out.println( "OK." );
 340             succeeded++;
 341         }
 342         else {
 343             System.out.println( "failed." );
 344             failed++;
 345         }
 346         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 347         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 348             System.out.println( "OK." );
 349             succeeded++;
 350         }
 351         else {
 352             System.out.println( "failed." );
 353             failed++;
 354         }
 355         System.out.print( "Copying of node data: " );
 356         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 357             System.out.println( "OK." );
 358             succeeded++;
 359         }
 360         else {
 361             System.out.println( "failed." );
 362             failed++;
 363         }
 364         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 365         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 366             System.out.println( "OK." );
 367             succeeded++;
 368         }
 369         else {
 370             System.out.println( "failed." );
 371             failed++;
 372         }
 373         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 374         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 375             System.out.println( "OK." );
 376             succeeded++;
 377         }
 378         else {
 379             System.out.println( "failed." );
 380             failed++;
 381         }
 382         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 383         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 384             System.out.println( "OK." );
 385             succeeded++;
 386         }
 387         else {
 388             System.out.println( "failed." );
 389             failed++;
 390         }
 391         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 392         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 393             System.out.println( "OK." );
 394             succeeded++;
 395         }
 396         else {
 397             System.out.println( "failed." );
 398             failed++;
 399         }
 400         System.out.print( "Re-id methods: " );
 401         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 402             System.out.println( "OK." );
 403             succeeded++;
 404         }
 405         else {
 406             System.out.println( "failed." );
 407             failed++;
 408         }
 409         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 410         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 411             System.out.println( "OK." );
 412             succeeded++;
 413         }
 414         else {
 415             System.out.println( "failed." );
 416             failed++;
 417         }
 418         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 419         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 420             System.out.println( "OK." );
 421             succeeded++;
 422         }
 423         else {
 424             System.out.println( "failed." );
 425             failed++;
 426         }
 427         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 428         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 429             System.out.println( "OK." );
 430             succeeded++;
 431         }
 432         else {
 433             System.out.println( "failed." );
 434             failed++;
 435         }
 436         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 437         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 438             System.out.println( "OK." );
 439             succeeded++;
 440         }
 441         else {
 442             System.out.println( "failed." );
 443             failed++;
 444         }
 445         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 446         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 447             System.out.println( "OK." );
 448             succeeded++;
 449         }
 450         else {
 451             System.out.println( "failed." );
 452             failed++;
 453         }
 454         System.out.print( "Rerooting: " );
 455         if ( Test.testRerooting() ) {
 456             System.out.println( "OK." );
 457             succeeded++;
 458         }
 459         else {
 460             System.out.println( "failed." );
 461             failed++;
 462         }
 463         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 464         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 465             System.out.println( "OK." );
 466             succeeded++;
 467         }
 468         else {
 469             System.out.println( "failed." );
 470             failed++;
 471         }
 472         System.out.print( "Node removal: " );
 473         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 474             System.out.println( "OK." );
 475             succeeded++;
 476         }
 477         else {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         System.out.print( "Support count: " );
 482         if ( Test.testSupportCount() ) {
 483             System.out.println( "OK." );
 484             succeeded++;
 485         }
 486         else {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         System.out.print( "Support transfer: " );
 491         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 492             System.out.println( "OK." );
 493             succeeded++;
 494         }
 495         else {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 500         if ( Test.testGetLCA() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 509         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 518         if ( Test.testGetDistance() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 527         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 536         if ( Test.testDataObjects() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "Properties map: " );
 545         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "SDIse: " );
 554         if ( Test.testSDIse() ) {
 555             System.out.println( "OK." );
 556             succeeded++;
 557         }
 558         else {
 559             System.out.println( "failed." );
 560             failed++;
 561         }
 562         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 563         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 564             System.out.println( "OK." );
 565             succeeded++;
 566         }
 567         else {
 568             System.out.println( "failed." );
 569             failed++;
 570         }
 571         System.out.print( "GSDI: " );
 572         if ( TestGSDI.test() ) {
 573             System.out.println( "OK." );
 574             succeeded++;
 575         }
 576         else {
 577             System.out.println( "failed." );
 578             failed++;
 579         }
 580         System.out.print( "RIO: " );
 581         if ( TestRIO.test() ) {
 582             System.out.println( "OK." );
 583             succeeded++;
 584         }
 585         else {
 586             System.out.println( "failed." );
 587             failed++;
 588         }
 589         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 590         System.out.println();
 591         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 592             System.out.println( "OK." );
 593             succeeded++;
 594         }
 595         else {
 596             System.out.println( "failed." );
 597             failed++;
 598         }
 599         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 600         System.out.println();
 601         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "GO: " );
 610         System.out.println();
 611         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Modeling tools: " );
 620         if ( TestPccx.test() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 629         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Split Matrix: " );
 638         if ( Test.testSplit() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 647         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Basic table: " );
 656         if ( Test.testBasicTable() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "General table: " );
 665         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 674         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "General MSA parser: " );
 683         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 692         if ( Test.testFastaParser() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 701         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 710         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 719         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 720             System.out.println( "OK." );
 721             succeeded++;
 722         }
 723         else {
 724             System.out.println( "failed." );
 725             failed++;
 726         }
 727         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 728         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 729             System.out.println( "OK." );
 730             succeeded++;
 731         }
 732         else {
 733             System.out.println( "failed." );
 734             failed++;
 735         }
 736         //----
 737         String path = "";
 738         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 739         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 740             path = "/usr/local/bin/mafft";
 741         }
 742         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 743             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 744         }
 745         else {
 746             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 747         }
 748         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 749             path = "mafft";
 750         }
 751         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 752             path = "/usr/local/bin/mafft";
 753         }
 754         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 755             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 756             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 757                 System.out.println( "OK." );
 758                 succeeded++;
 759             }
 760             else {
 761                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 762             }
 763         }
 764         //----
 765         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 766         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 767             System.out.println( "OK." );
 768             succeeded++;
 769         }
 770         else {
 771             System.out.println( "failed." );
 772             failed++;
 773         }
 774         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 775         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 776             System.out.println( "OK." );
 777             succeeded++;
 778         }
 779         else {
 780             System.out.println( "failed." );
 781             failed++;
 782         }
 783         System.out.println();
 784         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 785         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 786         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 787         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 788                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 789         System.out.println();
 790         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 791         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 792         System.out.println();
 793         if ( failed < 1 ) {
 794             System.out.println( "OK." );
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "Not OK." );
 798         }
 799     }
 800
 801     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 802         try {
 803             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 813                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 817                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 821                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 831                     .equals( "RAT" ) ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 835                     .equals( "RAT" ) ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 839                     .equals( "RAT" ) ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 852                     .equals( "PIG" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 856                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 860                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 861                 return false;
 862             }
 863         }
 864         catch ( final Exception e ) {
 865             e.printStackTrace( System.out );
 866             return false;
 867         }
 868         return true;
 869     }
 870
 871     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 872         try {
 873             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 877             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 878                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 879             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 880                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 881             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 882                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 883             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !n3.isExternal() ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !n3.isRoot() ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904         }
 905         catch ( final Exception e ) {
 906             e.printStackTrace( System.out );
 907             return false;
 908         }
 909         return true;
 910     }
 911
 912     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 913         try {
 914             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 915             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 916             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 917                                                               xml_parser );
 918             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 919                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 923                 return false;
 924             }
 925             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 926             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 927             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 928             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 929             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !t1.isRooted() ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( t1.isRerootable() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 963                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 967                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 995                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1008                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1012                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1016                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1020                     .equals( "experimental" ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1024                     .equals( "function" ) ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1028                     .getValue() != 1 ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1032                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1036                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1037                 return false;
1038             }
1039             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1040                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1044                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1045                 return false;
1046             }
1047             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1048                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1049                 return false;
1050             }
1051             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1052                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1056                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1060                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1064                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1068                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1072                 return false;
1073             }
1074             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1075                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1076                 return false;
1077             }
1078             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1079                 return false;
1080             }
1081         }
1082         catch ( final Exception e ) {
1083             e.printStackTrace( System.out );
1084             return false;
1085         }
1086         return true;
1087     }
1088
1089     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1090         try {
1091             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1092             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1093             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1094                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1095             }
1096             else {
1097                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1098             }
1099             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1100                                                               xml_parser );
1101             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1102                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1109             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1110             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1111                 return false;
1112             }
1113             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1114             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1127             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1128             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1129             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1130                 return false;
1131             }
1132             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1136                 return false;
1137             }
1138             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1142                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1146                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1150             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1151             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1152             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1153             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1157             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1173                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1183                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1187                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1191                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1195                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1199                     .equals( "experimental" ) ) {
1200                 return false;
1201             }
1202             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1203                     .equals( "function" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1207                     .getValue() != 1 ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1211                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1215                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1219                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1223                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1227                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1231                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1235                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1239                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1243                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1247                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1254                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1264                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1280                     .equals( "ncbi" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1287                     .getName().equals( "B" ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1291                     .getFrom() != 21 ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1298                     .getLength() != 24 ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1302                     .getConfidence() != 2144 ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1306                     .equals( "pfam" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1322             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1359                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1360                 ;
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             //
1385             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1389                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1396                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1406                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409         }
1410         catch ( final Exception e ) {
1411             e.printStackTrace( System.out );
1412             return false;
1413         }
1414         return true;
1415     }
1416
1417     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1418         try {
1419             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1420             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1421             try {
1422                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1423             }
1424             catch ( final Exception e ) {
1425                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1426             }
1427             if ( xml_parser == null ) {
1428                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1429                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1430                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1431                 }
1432                 else {
1433                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1434                 }
1435             }
1436             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1437                                                               xml_parser );
1438             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1439                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1443                 return false;
1444             }
1445             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1446             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1447             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1448             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1449             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1471             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1472             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1473                 System.out.println( "errors:" );
1474                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1475                 return false;
1476             }
1477             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1481                                                               xml_parser );
1482             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1483                 System.out.println( "errors:" );
1484                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1491                 return false;
1492             }
1493             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1494                                                               xml_parser );
1495             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1496                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1497                 return false;
1498             }
1499             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1500                 return false;
1501             }
1502             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1503             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1516                                                               xml_parser );
1517             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1518                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1525             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1526                 return false;
1527             }
1528             s.getNode( "first" );
1529             s.getNode( "<>" );
1530             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1531             s.getNode( "'''\"" );
1532             s.getNode( "\"\"\"" );
1533             s.getNode( "dick & doof" );
1534         }
1535         catch ( final Exception e ) {
1536             e.printStackTrace( System.out );
1537             return false;
1538         }
1539         return true;
1540     }
1541
1542     private static boolean testBasicTable() {
1543         try {
1544             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1545             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1552             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1553             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1554             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1555             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1556             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1557             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1558             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1559             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1590             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1591             source.append( "" + l );
1592             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1593             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1594             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1595             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1596             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1597             source.append( "40 41 42 43" + l );
1598             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1599             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1600             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1601             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1620             source1.append( "" + l );
1621             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1622             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1623             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1624             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1625             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1626             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1627             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1628             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1629             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1630             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1655             source2.append( "" + l );
1656             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1657             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1658             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1659             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1660             source2.append( "                     " + l );
1661             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1662             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1663             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1664             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1665             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1666                                                                         ";",
1667                                                                         false,
1668                                                                         false,
1669                                                                         "comment:",
1670                                                                         false );
1671             if ( tl.size() != 2 ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1675             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1676             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694         }
1695         catch ( final Exception e ) {
1696             e.printStackTrace( System.out );
1697             return false;
1698         }
1699         return true;
1700     }
1701
1702     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1703         try {
1704             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1705             final TolParser parser = new TolParser();
1706             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1707             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1708                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1715             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !t1.isRooted() ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1734             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1735                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1742             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.isRooted() ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1764                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1768             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1769                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1776             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1789             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1790                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1797             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1810             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1811                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1818             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1828                 return false;
1829             }
1830         }
1831         catch ( final Exception e ) {
1832             e.printStackTrace( System.out );
1833             return false;
1834         }
1835         return true;
1836     }
1837
1838     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1839         try {
1840             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1841             final Phylogeny t1 = factory.create();
1842             if ( !t1.isEmpty() ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1846             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t2.isEmpty() ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1859             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1869             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1870             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1880             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1881             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1888             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1889             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1893             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1898             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1899             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1900                 return false;
1901             }
1902             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             final char[] a9 = new char[] {};
1906             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1911             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1912             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1913                 return false;
1914             }
1915         }
1916         catch ( final Exception e ) {
1917             e.printStackTrace( System.out );
1918             return false;
1919         }
1920         return true;
1921     }
1922
1923     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1924         try {
1925             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1926             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1927             final Phylogeny[] ev0 = factory
1928                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1929                              new NHXParser() );
1930             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1931             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1938             final Phylogeny[] ev1 = factory
1939                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1940                              new NHXParser() );
1941             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1942             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1949             final Phylogeny[] ev_b = factory
1950                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1951                              new NHXParser() );
1952             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1953             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             //
1960             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1961             final Phylogeny[] ev1x = factory
1962                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1963                              new NHXParser() );
1964             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1965             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1972             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1973                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1974                              new NHXParser() );
1975             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1976             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1977                 return false;
1978             }
1979             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1980                 return false;
1981             }
1982             //
1983             final Phylogeny[] t2 = factory
1984                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1985                              new NHXParser() );
1986             final Phylogeny[] ev2 = factory
1987                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1988                              new NHXParser() );
1989             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1990                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1991             }
1992             //
1993             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1994                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1995             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1996             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1997             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006         }
2007         catch ( final Exception e ) {
2008             e.printStackTrace();
2009             return false;
2010         }
2011         return true;
2012     }
2013
2014     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2015         try {
2016             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2017                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2018             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2019             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022         }
2023         catch ( final Exception e ) {
2024             e.printStackTrace();
2025             return false;
2026         }
2027         return true;
2028     }
2029
2030     private static boolean testDataObjects() {
2031         try {
2032             final Confidence s0 = new Confidence();
2033             final Confidence s1 = new Confidence();
2034             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2038             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2039             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2040                 return false;
2041             }
2042             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2043                 return false;
2044             }
2045             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2046             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             s3.asSimpleText();
2050             s3.asText();
2051             // Taxonomy
2052             // ----------
2053             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2054             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2055             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2056             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2057             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2058             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2059             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2060             t1.setScientificName( "E. coli" );
2061             t1.setCommonName( "coli" );
2062             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2063             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2067             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2068             t2.setScientificName( "what" );
2069             t2.setCommonName( "something" );
2070             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2074             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2075                 return false;
2076             }
2077             t1.setIdentifier( null );
2078             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2079             t3.setScientificName( "what" );
2080             t3.setCommonName( "something" );
2081             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084             t1.setIdentifier( null );
2085             t1.setTaxonomyCode( "" );
2086             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2087             t4.setCommonName( "something" );
2088             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2092             t4.setCommonName( "something" );
2093             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             t1.setIdentifier( null );
2097             t1.setTaxonomyCode( "" );
2098             t1.setScientificName( "" );
2099             t5.setCommonName( "COLI" );
2100             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             t5.setCommonName( "vibrio" );
2104             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             // Identifier
2108             // ----------
2109             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2110             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2111             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             id1.asSimpleText();
2121             id1.asText();
2122             // ProteinDomain
2123             // ---------------
2124             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2125             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2126             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2127                 return false;
2128             }
2129             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             pd1.asSimpleText();
2133             pd1.asText();
2134             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2135             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2136             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             pd3.asSimpleText();
2146             pd3.asText();
2147             // DomainArchitecture
2148             // ------------------
2149             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2150             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2151             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2152             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2153             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2154             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2155             domains0.add( d2 );
2156             domains0.add( d0 );
2157             domains0.add( d3 );
2158             domains0.add( d1 );
2159             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2160             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2164             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2174             domains1.add( d1 );
2175             domains1.add( d2 );
2176             domains1.add( d4 );
2177             domains1.add( d0 );
2178             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2179             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             ds1.asSimpleText();
2183             ds1.asText();
2184             ds1.toNHX();
2185             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2186             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2187                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2188                 return false;
2189             }
2190             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             // Event
2194             // -----
2195             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2196             if ( e1.isDuplication() ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             if ( !e1.isFusion() ) {
2200                 return false;
2201             }
2202             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2203                 return false;
2204             }
2205             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2209             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2216             if ( e2.isDuplication() ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2232                 return false;
2233             }
2234             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2235             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2239             if ( e3.isDuplication() ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             if ( e3.isSpeciation() ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2252             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2253             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             e3 = null;
2257             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2261             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2268             e4 = null;
2269             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2270             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             final Event e5 = new Event();
2277             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2287             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2294             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2301             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307         }
2308         catch ( final Exception e ) {
2309             e.printStackTrace( System.out );
2310             return false;
2311         }
2312         return true;
2313     }
2314
2315     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2316         try {
2317             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2318             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2319             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2320             if ( t0.isEmpty() ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2327             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !t0.isEmpty() ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2334             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2338             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2345             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2349             if ( !t1.isEmpty() ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2353             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2357             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             t2.toNewHampshireX();
2361             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2362             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2366             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2370             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2374             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2378             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             n = t3.getNode( "A" );
2382             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             n = n.getNextExternalNode();
2386             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2390             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             n = t3.getNode( "C" );
2394             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2398             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2402             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2406             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2410             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2414             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2418             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2422             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             n = t4.getNode( "A" );
2426             n = n.getNextExternalNode();
2427             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             n = n.getNextExternalNode();
2431             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2435             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2439             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2440             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2444             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2448             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2449             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2453             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2457             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2458             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2462             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2466             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2467             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2471             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2475             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2476             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2480             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2484             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2485             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2489             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2493             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2494             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2498             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2502             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2506             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2510             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2511             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2515             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2519             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2523             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2527             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2531             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2532                 return false;
2533             }
2534             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2535             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2543             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2547             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2551             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2555             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2559             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2567             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2568             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2572             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2576             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2577             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2581             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2585             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2586             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2590             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2594             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2598             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2602             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2606             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609         }
2610         catch ( final Exception e ) {
2611             e.printStackTrace( System.out );
2612             return false;
2613         }
2614         return true;
2615     }
2616
2617     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2618         try {
2619             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2620             dss1.addValue( 82 );
2621             dss1.addValue( 78 );
2622             dss1.addValue( 70 );
2623             dss1.addValue( 58 );
2624             dss1.addValue( 42 );
2625             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             dss1.addValue( 123 );
2662             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2672             dss2.addValue( -1.85 );
2673             dss2.addValue( 57.5 );
2674             dss2.addValue( 92.78 );
2675             dss2.addValue( 57.78 );
2676             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2683             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2684                 return false;
2685             }
2686             dss2.addValue( -100 );
2687             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             final double[] ds = new double[ 14 ];
2694             ds[ 0 ] = 34;
2695             ds[ 1 ] = 23;
2696             ds[ 2 ] = 1;
2697             ds[ 3 ] = 32;
2698             ds[ 4 ] = 11;
2699             ds[ 5 ] = 2;
2700             ds[ 6 ] = 12;
2701             ds[ 7 ] = 33;
2702             ds[ 8 ] = 13;
2703             ds[ 9 ] = 22;
2704             ds[ 10 ] = 21;
2705             ds[ 11 ] = 35;
2706             ds[ 12 ] = 24;
2707             ds[ 13 ] = 31;
2708             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2709             if ( bins.length != 4 ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2725             ds1[ 0 ] = 10.0;
2726             ds1[ 1 ] = 19.0;
2727             ds1[ 2 ] = 9.999;
2728             ds1[ 3 ] = 0.0;
2729             ds1[ 4 ] = 39.9;
2730             ds1[ 5 ] = 39.999;
2731             ds1[ 6 ] = 30.0;
2732             ds1[ 7 ] = 19.999;
2733             ds1[ 8 ] = 30.1;
2734             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2735             if ( bins1.length != 4 ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2751             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2755                 return false;
2756             }
2757             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2758                 return false;
2759             }
2760             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2761                 return false;
2762             }
2763             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2764             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2777             dss3.addValue( 1 );
2778             dss3.addValue( 1 );
2779             dss3.addValue( 1 );
2780             dss3.addValue( 2 );
2781             dss3.addValue( 3 );
2782             dss3.addValue( 4 );
2783             dss3.addValue( 5 );
2784             dss3.addValue( 5 );
2785             dss3.addValue( 5 );
2786             dss3.addValue( 6 );
2787             dss3.addValue( 7 );
2788             dss3.addValue( 8 );
2789             dss3.addValue( 9 );
2790             dss3.addValue( 10 );
2791             dss3.addValue( 10 );
2792             dss3.addValue( 10 );
2793             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2794             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2795             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2796         }
2797         catch ( final Exception e ) {
2798             e.printStackTrace( System.out );
2799             return false;
2800         }
2801         return true;
2802     }
2803
2804     private static boolean testDir( final String file ) {
2805         try {
2806             final File f = new File( file );
2807             if ( !f.exists() ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             if ( !f.isDirectory() ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             if ( !f.canRead() ) {
2814                 return false;
2815             }
2816         }
2817         catch ( final Exception e ) {
2818             return false;
2819         }
2820         return true;
2821     }
2822
2823     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2824         try {
2825             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2826             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2827             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2828             n = n.getNextExternalNode();
2829             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             n = n.getNextExternalNode();
2833             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2834                 return false;
2835             }
2836             n = n.getNextExternalNode();
2837             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             n = t1.getNode( "B" );
2841             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2842                 n = n.getNextExternalNode();
2843             }
2844             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2845             n = t2.getNode( "A" );
2846             n = n.getNextExternalNode();
2847             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             n = n.getNextExternalNode();
2851             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             n = n.getNextExternalNode();
2855             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2856                 return false;
2857             }
2858             n = t2.getNode( "B" );
2859             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2860                 n = n.getNextExternalNode();
2861             }
2862             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2863             n = t3.getNode( "A" );
2864             n = n.getNextExternalNode();
2865             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n = n.getNextExternalNode();
2869             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             n = n.getNextExternalNode();
2873             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2874                 return false;
2875             }
2876             n = n.getNextExternalNode();
2877             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             n = n.getNextExternalNode();
2881             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2882                 return false;
2883             }
2884             n = n.getNextExternalNode();
2885             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2886                 return false;
2887             }
2888             n = n.getNextExternalNode();
2889             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             n = t3.getNode( "B" );
2893             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2894                 n = n.getNextExternalNode();
2895             }
2896             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2897             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2898                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2899             }
2900             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2901             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2902                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2903             }
2904             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2905             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2906             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2919                 return false;
2920             }
2921             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2922                 return false;
2923             }
2924             if ( iter.hasNext() ) {
2925                 return false;
2926             }
2927         }
2928         catch ( final Exception e ) {
2929             e.printStackTrace( System.out );
2930             return false;
2931         }
2932         return true;
2933     }
2934
2935     private static boolean testGeneralTable() {
2936         try {
2937             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2938             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2939             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2940             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2941             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2942             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2943             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2944             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2945             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2946             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2974             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2975             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2976             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2977             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2978             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2979             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2980             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2981             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2982             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2983             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013         }
3014         catch ( final Exception e ) {
3015             e.printStackTrace( System.out );
3016             return false;
3017         }
3018         return true;
3019     }
3020
3021     private static boolean testGetDistance() {
3022         try {
3023             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3024             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3025                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3026             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3054                 return false;
3055             }
3056             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3057                 return false;
3058             }
3059             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3060                 return false;
3061             }
3062             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3063                 return false;
3064             }
3065             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3066                 return false;
3067             }
3068             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3120                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3121             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154         }
3155         catch ( final Exception e ) {
3156             e.printStackTrace( System.out );
3157             return false;
3158         }
3159         return true;
3160     }
3161
3162     private static boolean testGetLCA() {
3163         try {
3164             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3165             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3166                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3167             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3168             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3172             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3176             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3180             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3184             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3188             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3192             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3193                 return false;
3194             }
3195             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3196             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3200             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3204             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3208             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3212             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3216             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3220             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3224             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3228             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3232             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3236             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3240             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3244             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3248             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3252             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3256             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3260             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3261             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3265             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3269             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3273             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3277             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3281             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3285             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3289             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final Phylogeny p3 = factory
3293                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3294                              new NHXParser() )[ 0 ];
3295             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3296             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3300             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3304             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3308             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3312             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3319             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             if ( !al_3.isRoot() ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3326             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3333             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3340             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3341                 return false;
3342             }
3343             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3344             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3345             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3349             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3350             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3354             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3355             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3359             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3360             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363         }
3364         catch ( final Exception e ) {
3365             e.printStackTrace( System.out );
3366             return false;
3367         }
3368         return true;
3369     }
3370
3371     private static boolean testGetLCA2() {
3372         try {
3373             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3374             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3375             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3376             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3377                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3378             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3383             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3384                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3385             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3389                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3390             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3394             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3395             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3396                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3397             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3401                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3402             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3403                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3404                 System.exit( -1 );
3405                 return false;
3406             }
3407             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3408                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3409             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3413                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3414             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3418                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3419             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3420             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3421                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3422             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3426                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3427             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3431                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3432             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3436                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3437             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3441                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3442             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3446                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3447             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3451                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3452             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3456                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3457             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3461                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3462             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3466                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3467             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3471                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3472             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3476                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3477             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3478                 return false;
3479             }
3480             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3481                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3482             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3486                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3487             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3491                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3492             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3493                 return false;
3494             }
3495             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3496                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3497             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3501                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3502             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3506                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3507             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3511                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3512             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3516                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3517             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3521                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3522             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3526                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3527             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3531                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3532             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3536             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3537             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3538                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3539             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3543                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3544             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3548                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3549             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3553                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3554             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3558                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3559             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3563                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3564             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3568                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3569             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3573                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3574             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             final Phylogeny p3 = factory
3578                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3579                              new NHXParser() )[ 0 ];
3580             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3581             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3582                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3583             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3587                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3588             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3592                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3593             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3597                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3598             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3602                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3603             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3610                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3611             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( !al_3.isRoot() ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3618                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3619             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3626                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3627             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3634                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3635             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3639             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3640             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3641                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3642             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3646             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3647             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3648                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3649             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3653             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3654             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3655                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3656             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3660             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3661             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3662                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3663             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3667                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3668             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3672                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3673             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3677                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3678             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3682                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3683             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3687                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3688             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3689                 return false;
3690             }
3691         }
3692         catch ( final Exception e ) {
3693             e.printStackTrace( System.out );
3694             return false;
3695         }
3696         return true;
3697     }
3698
3699     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3700         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3701         try {
3702             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3703                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3704             parser1.parse();
3705             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3706                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3707             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3708             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( proteins.size() != 4 ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3724             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3731             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3738             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3742             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772         }
3773         catch ( final Exception e ) {
3774             e.printStackTrace( System.out );
3775             return false;
3776         }
3777         return true;
3778     }
3779
3780     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3781         try {
3782             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3783             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3784             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3785             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3786             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3790             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3794             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3798             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3799                 return false;
3800             }
3801         }
3802         catch ( final Exception e ) {
3803             e.printStackTrace( System.out );
3804             return false;
3805         }
3806         return true;
3807     }
3808
3809     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3810         try {
3811             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3812             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3813             PhylogenyNodeIterator it0;
3814             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3815                 it0.next();
3816             }
3817             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3818                 it0.next();
3819             }
3820             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3821             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( it.hasNext() ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3846                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3847             PhylogenyNodeIterator it2;
3848             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3849                 it2.next();
3850             }
3851             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3852                 it2.next();
3853             }
3854             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3855             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3880                 return false;
3881             }
3882             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3889                 return false;
3890             }
3891             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3892                 return false;
3893             }
3894             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( it3.hasNext() ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3934             PhylogenyNodeIterator it4;
3935             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3936                 it4.next();
3937             }
3938             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3939                 it4.next();
3940             }
3941             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3942             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3958             PhylogenyNodeIterator it6;
3959             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3960                 it6.next();
3961             }
3962             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3963                 it6.next();
3964             }
3965             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3966             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( it.hasNext() ) {
3970                 return false;
3971             }
3972         }
3973         catch ( final Exception e ) {
3974             e.printStackTrace( System.out );
3975             return false;
3976         }
3977         return true;
3978     }
3979
3980     private static boolean testNodeRemoval() {
3981         try {
3982             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3983             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3984             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
3985             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
3989             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
3990             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3994             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
3995             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998         }
3999         catch ( final Exception e ) {
4000             e.printStackTrace( System.out );
4001             return false;
4002         }
4003         return true;
4004     }
4005
4006     private static boolean testMidpointrooting() {
4007         try {
4008             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4009             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4010             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4011             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4018                            1 ) ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4022                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4023             if ( !t1.isRooted() ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4027             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4046             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4047             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4060                 System.exit( -1 );
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066         }
4067         catch ( final Exception e ) {
4068             e.printStackTrace( System.out );
4069             return false;
4070         }
4071         return true;
4072     }
4073
4074     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4075         try {
4076             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4077             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4078             parser.parse();
4079             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4080             if ( labels.length != 7 ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4105             parser.parse();
4106             labels = parser.getCharStateLabels();
4107             if ( labels.length != 7 ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131         }
4132         catch ( final Exception e ) {
4133             e.printStackTrace( System.out );
4134             return false;
4135         }
4136         return true;
4137     }
4138
4139     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4140         try {
4141             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4142             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4143             parser.parse();
4144             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4145             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             //            if ( labels.length != 7 ) {
4173             //                return false;
4174             //            }
4175             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4176             //                return false;
4177             //            }
4178             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4179             //                return false;
4180             //            }
4181             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4182             //                return false;
4183             //            }
4184             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4185             //                return false;
4186             //            }
4187             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4188             //                return false;
4189             //            }
4190             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4191             //                return false;
4192             //            }
4193             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4194             //                return false;
4195             //            }
4196             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4197             //            parser.parse();
4198             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4199             //            if ( labels.length != 7 ) {
4200             //                return false;
4201             //            }
4202             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4203             //                return false;
4204             //            }
4205             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4206             //                return false;
4207             //            }
4208             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4209             //                return false;
4210             //            }
4211             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4212             //                return false;
4213             //            }
4214             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4215             //                return false;
4216             //            }
4217             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4218             //                return false;
4219             //            }
4220             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4221             //                return false;
4222             //            }
4223         }
4224         catch ( final Exception e ) {
4225             e.printStackTrace( System.out );
4226             return false;
4227         }
4228         return true;
4229     }
4230
4231     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4232         try {
4233             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4234             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4235             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4236             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             phylogenies = null;
4246             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4247             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             phylogenies = null;
4257             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4258             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             phylogenies = null;
4271             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4272             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4321                 return false;
4322             }
4323             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4393                 return false;
4394             }
4395         }
4396         catch ( final Exception e ) {
4397             e.printStackTrace( System.out );
4398             return false;
4399         }
4400         return true;
4401     }
4402
4403     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4404         try {
4405             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4406             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4407             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4408             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4424                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             phylogenies = null;
4428             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4429             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4448                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4467                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4486                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             phylogenies = null;
4490             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4491             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4510                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4529                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4548                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551         }
4552         catch ( final Exception e ) {
4553             e.printStackTrace( System.out );
4554             return false;
4555         }
4556         return true;
4557     }
4558
4559     private static boolean testNHParsing() {
4560         try {
4561             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4562             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4563             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4567             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4568             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4569             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4570             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final Phylogeny p1b = factory
4577                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4578                              new NHXParser() )[ 0 ];
4579             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4586             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4587             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4588             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4589             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4590             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4591             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4592             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4593             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4594             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4595             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4596                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4597                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4598                                                     new NHXParser() );
4599             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4612             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4613             final String p16_S = "((A,B),C)";
4614             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4615             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4619             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4620             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4624             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4625             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4629             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4630             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4634             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4635             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4639             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4640             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4644             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4645             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4649             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4650             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4654             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4655             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4659             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4660             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4661             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4668                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4669                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4670                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4671                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4672                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4673                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4674                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4675             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4676             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4677                 return false;
4678             }
4679             final String p26_S = "(A,B)ab";
4680             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4681             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4685             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4686                                                     new NHXParser() );
4687             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4691             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4692             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4693             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4694             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4695                                                     new NHXParser() );
4696             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4709             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4710             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4714             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4715             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4719             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4720             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             final String p33_S = "A";
4724             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4725             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             final String p34_S = "B;";
4729             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4730             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             final String p35_S = "B:0.2";
4734             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4735             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final String p36_S = "(A)";
4739             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4740             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final String p37_S = "((A))";
4744             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4745             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4749             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4750             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4754             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4755             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final String p40_S = "(A,B,C)";
4759             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4760             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4764             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4765             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4769             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4770             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4774             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4775             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4779             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4780             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4784             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4785             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final String p46_S = "";
4789             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4790             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4794             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4798             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             final Phylogeny p49 = factory
4802                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4803                              new NHXParser() )[ 0 ];
4804             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4808             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4812                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4819                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4823             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4827             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             final Phylogeny p53 = factory
4831                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4832                              new NHXParser() )[ 0 ];
4833             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             //
4837             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4838             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4842                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845         }
4846         catch ( final Exception e ) {
4847             e.printStackTrace( System.out );
4848             return false;
4849         }
4850         return true;
4851     }
4852
4853     private static boolean testNHXconversion() {
4854         try {
4855             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4856             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4857             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4858             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4859             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4860                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4861             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4862                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4863             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( !n5.toNewHampshireX()
4876                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4880                 return false;
4881             }
4882         }
4883         catch ( final Exception e ) {
4884             e.printStackTrace( System.out );
4885             return false;
4886         }
4887         return true;
4888     }
4889
4890     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
4891         try {
4892             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
4893                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4894             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345x",
4898                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4899             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4900                 System.out.println( n1.toString() );
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
4904                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4905             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
4906                 System.out.println( n2.toString() );
4907                 return false;
4908             }
4909             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345",
4910                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4911             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
4912                 System.out.println( n3.toString() );
4913                 return false;
4914             }
4915             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345",
4916                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4917             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4918                 System.out.println( n4.toString() );
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345-blag",
4922                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4923             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4924                 System.out.println( n5.toString() );
4925                 return false;
4926             }
4927             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag",
4928                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4929             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4930                 System.out.println( n6.toString() );
4931                 return false;
4932             }
4933             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag",
4934                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4935             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4936                 System.out.println( n7.toString() );
4937                 return false;
4938             }
4939             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag",
4940                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4941             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
4942                 System.out.println( n8.toString() );
4943                 return false;
4944             }
4945             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag",
4946                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4947             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
4948                 System.out.println( n9.toString() );
4949                 return false;
4950             }
4951             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag",
4952                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4953             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "12X45" ) ) {
4954                 System.out.println( n10.toString() );
4955                 return false;
4956             }
4957         }
4958         catch ( final Exception e ) {
4959             e.printStackTrace( System.out );
4960             return false;
4961         }
4962         return true;
4963     }
4964
4965     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4966         try {
4967             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4968             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4969             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4970             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4971             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4972                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4973             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             if ( n3.isDuplication() ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( !n5.isDuplication() ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
5013                 return false;
5014             }
5015             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
5019                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5020             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
5027                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5028             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
5035                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5036             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
5040                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5041             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
5048                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5049             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
5056                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5057             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
5064                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5065             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
5072                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5073             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
5080                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5081             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
5088                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5089             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
5096                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5097             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
5104                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5105             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
5112                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5113             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
5120                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5121             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
5128                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
5129                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5130             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
5137                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
5138                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5139             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
5146                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
5147                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5148             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5155                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5156             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5163                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5164             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5171                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5172             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5179                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5180             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5187                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5188                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5189             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5199                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5200                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5201             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5211                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5212             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5219                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5220             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5227             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5228             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5271                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5272             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5297             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5301             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5305                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5306             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5319                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5320             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5327                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5328                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5329             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5339                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5340             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5350                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5351             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5358                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5359             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej",
5369                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5370             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
5377                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5378             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
5385                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5386             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5390                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5391             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5392                 return false;
5393             }
5394         }
5395         catch ( final Exception e ) {
5396             e.printStackTrace( System.out );
5397             return false;
5398         }
5399         return true;
5400     }
5401
5402     private static boolean testNHXParsing() {
5403         try {
5404             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5405             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5406             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5410             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5411             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5415             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5416             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             final Phylogeny[] p3 = factory
5420                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5421                              new NHXParser() );
5422             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             final Phylogeny[] p4 = factory
5426                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5427                              new NHXParser() );
5428             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             final Phylogeny[] p5 = factory
5432                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5433                              new NHXParser() );
5434             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5438             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5439             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5440             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5444             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5445             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5446             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5450             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5451             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5452             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5456             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             final Phylogeny p10 = factory
5460                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5461                              new NHXParser() )[ 0 ];
5462             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465         }
5466         catch ( final Exception e ) {
5467             e.printStackTrace( System.out );
5468             return false;
5469         }
5470         return true;
5471     }
5472
5473     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5474         try {
5475             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5476             final NHXParser p = new NHXParser();
5477             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5478             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5482             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5492                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5511             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5512             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5513             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5517             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5518             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5519             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5523             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5524             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5525             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5529             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5530             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5531             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             final Phylogeny p10 = factory
5535                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5536                              new NHXParser() )[ 0 ];
5537             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5538             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5542             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             //
5546             final Phylogeny p12 = factory
5547                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5548                              new NHXParser() )[ 0 ];
5549             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5550             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5554             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5558             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5562             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565         }
5566         catch ( final Exception e ) {
5567             e.printStackTrace( System.out );
5568             return false;
5569         }
5570         return true;
5571     }
5572
5573     private static boolean testNHXParsingMB() {
5574         try {
5575             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5576             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5577                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5578                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5579                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5580                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5581                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5582                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5583                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5584                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5585             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5592                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             final Phylogeny p2 = factory
5602                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5603                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5604                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5605                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5606                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5607                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5608                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5609                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5610                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5611                              new NHXParser() )[ 0 ];
5612             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5616                 return false;
5617             }
5618         }
5619         catch ( final Exception e ) {
5620             e.printStackTrace( System.out );
5621             System.exit( -1 );
5622             return false;
5623         }
5624         return true;
5625     }
5626
5627     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5628         try {
5629             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5630             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5631             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5632             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5633             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5643             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5644             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5645             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5652             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661         }
5662         catch ( final Exception e ) {
5663             e.printStackTrace( System.out );
5664             return false;
5665         }
5666         return true;
5667     }
5668
5669     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5670         try {
5671             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5672             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5673             try {
5674                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5675             }
5676             catch ( final Exception e ) {
5677                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5678             }
5679             if ( xml_parser == null ) {
5680                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5681                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5682                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5683                 }
5684                 else {
5685                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5686                 }
5687             }
5688             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5689                                                               xml_parser );
5690             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5691                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5698             PhylogenyNode n = null;
5699             Distribution d = null;
5700             n = t1.getNode( "root node" );
5701             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             d = n.getNodeData().getDistribution();
5708             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( d.getPolygons() != null ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             n = t1.getNode( "node a" );
5733             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5740             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( d.getPolygons() != null ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             n = t1.getNode( "node bb" );
5765             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5772             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5797             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5816                 return false;
5817             }
5818             p = d.getPolygons().get( 1 );
5819             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5823                 return false;
5824             }
5825             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5826                 return false;
5827             }
5828             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             // Roundtrip:
5832             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5833             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5834             if ( rt.length != 1 ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5838             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5839             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             d = n.getNodeData().getDistribution();
5846             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( d.getPolygons() != null ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5871             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5872                 return false;
5873             }
5874             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5875                 return false;
5876             }
5877             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5878             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( d.getPolygons() != null ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5903             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5904                 return false;
5905             }
5906             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5910             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             p = d.getPolygons().get( 0 );
5935             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             p = d.getPolygons().get( 1 );
5957             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5967                 return false;
5968             }
5969         }
5970         catch ( final Exception e ) {
5971             e.printStackTrace( System.out );
5972             return false;
5973         }
5974         return true;
5975     }
5976
5977     private static boolean testPostOrderIterator() {
5978         try {
5979             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5980             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5981             PhylogenyNodeIterator it0;
5982             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5983                 it0.next();
5984             }
5985             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5986                 it0.next();
5987             }
5988             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5989             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5990             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6021                 return false;
6022             }
6023             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6027                 return false;
6028             }
6029             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6030                 return false;
6031             }
6032             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( it.hasNext() ) {
6036                 return false;
6037             }
6038         }
6039         catch ( final Exception e ) {
6040             e.printStackTrace( System.out );
6041             return false;
6042         }
6043         return true;
6044     }
6045
6046     private static boolean testPreOrderIterator() {
6047         try {
6048             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6049             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6050             PhylogenyNodeIterator it0;
6051             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
6052                 it0.next();
6053             }
6054             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6055                 it0.next();
6056             }
6057             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
6058             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6059                 return false;
6060             }
6061             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6062                 return false;
6063             }
6064             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6065                 return false;
6066             }
6067             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( it.hasNext() ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6083             it = t1.iteratorPreorder();
6084             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( it.hasNext() ) {
6130                 return false;
6131             }
6132         }
6133         catch ( final Exception e ) {
6134             e.printStackTrace( System.out );
6135             return false;
6136         }
6137         return true;
6138     }
6139
6140     private static boolean testPropertiesMap() {
6141         try {
6142             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
6143             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6144             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6145             final Property p2 = new Property( "something:else",
6146                                               "?",
6147                                               "improbable:research",
6148                                               "xsd:decimal",
6149                                               AppliesTo.NODE );
6150             pm.addProperty( p0 );
6151             pm.addProperty( p1 );
6152             pm.addProperty( p2 );
6153             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
6172             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6179                 return false;
6180             }
6181         }
6182         catch ( final Exception e ) {
6183             e.printStackTrace( System.out );
6184             return false;
6185         }
6186         return true;
6187     }
6188
6189     private static boolean testReIdMethods() {
6190         try {
6191             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6192             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6193             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6194             p.levelOrderReID();
6195             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6196                 return false;
6197             }
6198             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6238                 return false;
6239             }
6240         }
6241         catch ( final Exception e ) {
6242             e.printStackTrace( System.out );
6243             return false;
6244         }
6245         return true;
6246     }
6247
6248     private static boolean testRerooting() {
6249         try {
6250             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6251             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6252                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6253             if ( !t1.isRooted() ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6257             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6258             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6259             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6260             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6261             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6262             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6263             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6264             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6265             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6266             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6267             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6268             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6269             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6270             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6271             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6272             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6273             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6274             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6275             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6276             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6277             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6278             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6279             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6280             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6281             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6282             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6283             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6284             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6303                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6304             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6305             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6306             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6307             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6308             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6309             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6310             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6311             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6312             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6313             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6314             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6315             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6316             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6317             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6318             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6319             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6320             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6321             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6322             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6323             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6324             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6325             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6326             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6327             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6328             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6329             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6330             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6331             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6332             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6333             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6334             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6335             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6336             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6337             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6338             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6339             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6340             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6341             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6342             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6343             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6344             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6345             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6346             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6347             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6348             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6349             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6356             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6363             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6373             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6383             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6390             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6397                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6398             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6399             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6409             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6419             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6426                 return false;
6427             }
6428         }
6429         catch ( final Exception e ) {
6430             e.printStackTrace( System.out );
6431             return false;
6432         }
6433         return true;
6434     }
6435
6436     private static boolean testSDIse() {
6437         try {
6438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6439             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6440             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6441             gene1.setRooted( true );
6442             species1.setRooted( true );
6443             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
6444             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             final Phylogeny species2 = factory
6448                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6449                              new NHXParser() )[ 0 ];
6450             final Phylogeny gene2 = factory
6451                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6452                              new NHXParser() )[ 0 ];
6453             species2.setRooted( true );
6454             gene2.setRooted( true );
6455             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
6456             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             final Phylogeny species3 = factory
6478                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6479                              new NHXParser() )[ 0 ];
6480             final Phylogeny gene3 = factory
6481                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6482                              new NHXParser() )[ 0 ];
6483             species3.setRooted( true );
6484             gene3.setRooted( true );
6485             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
6486             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             final Phylogeny species4 = factory
6496                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6497                              new NHXParser() )[ 0 ];
6498             final Phylogeny gene4 = factory
6499                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6500                              new NHXParser() )[ 0 ];
6501             species4.setRooted( true );
6502             gene4.setRooted( true );
6503             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
6504             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             final Phylogeny species5 = factory
6523                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6524                              new NHXParser() )[ 0 ];
6525             final Phylogeny gene5 = factory
6526                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6527                              new NHXParser() )[ 0 ];
6528             species5.setRooted( true );
6529             gene5.setRooted( true );
6530             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
6531             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6550             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6551             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6552             final Phylogeny species6 = factory
6553                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6554                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6555                              new NHXParser() )[ 0 ];
6556             final Phylogeny gene6 = factory
6557                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6558                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6559                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6560                              new NHXParser() )[ 0 ];
6561             species6.setRooted( true );
6562             gene6.setRooted( true );
6563             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
6564             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             sdi6.computeMappingCostL();
6592             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6602                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6603                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6604                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6605                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6606             species7.setRooted( true );
6607             final Phylogeny gene7_1 = Test
6608                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6609             gene7_1.setRooted( true );
6610             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
6611             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             final Phylogeny gene7_2 = Test
6639                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6640             gene7_2.setRooted( true );
6641             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
6642             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6670                 return false;
6671             }
6672         }
6673         catch ( final Exception e ) {
6674             return false;
6675         }
6676         return true;
6677     }
6678
6679     private static boolean testSDIunrooted() {
6680         try {
6681             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6682             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6683             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6684             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6685             PhylogenyBranch br = iter.next();
6686             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             br = iter.next();
6693             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6694                 return false;
6695             }
6696             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             br = iter.next();
6700             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             br = iter.next();
6707             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             br = iter.next();
6714             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             br = iter.next();
6721             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             br = iter.next();
6728             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             br = iter.next();
6735             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             br = iter.next();
6742             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             br = iter.next();
6749             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             br = iter.next();
6756             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             br = iter.next();
6763             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             br = iter.next();
6770             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             br = iter.next();
6777             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             br = iter.next();
6784             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             if ( iter.hasNext() ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6794             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6795             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6796             br = iter1.next();
6797             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             br = iter1.next();
6804             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             br = iter1.next();
6811             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( iter1.hasNext() ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6821             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6822             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6823             br = iter2.next();
6824             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             br = iter2.next();
6831             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             br = iter2.next();
6838             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             if ( iter2.hasNext() ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             final Phylogeny species0 = factory
6848                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6849                              new NHXParser() )[ 0 ];
6850             final Phylogeny gene1 = factory
6851                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6852                              new NHXParser() )[ 0 ];
6853             species0.setRooted( true );
6854             gene1.setRooted( true );
6855             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6856             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6857             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             final Phylogeny gene2 = factory
6873                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6874                              new NHXParser() )[ 0 ];
6875             gene2.setRooted( true );
6876             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6877             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6884                 return false;
6885             }
6886             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6887                 return false;
6888             }
6889             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             final Phylogeny species6 = factory
6893                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6894                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6895                              new NHXParser() )[ 0 ];
6896             final Phylogeny gene6 = factory
6897                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6898                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6899                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6900                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6901                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6902                              new NHXParser() )[ 0 ];
6903             species6.setRooted( true );
6904             gene6.setRooted( true );
6905             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6906             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6919                 return false;
6920             }
6921             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6937                 return false;
6938             }
6939             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             p6 = null;
6946             final Phylogeny species7 = factory
6947                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6948                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6949                              new NHXParser() )[ 0 ];
6950             final Phylogeny gene7 = factory
6951                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6952                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6953                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6954                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6955                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6956                              new NHXParser() )[ 0 ];
6957             species7.setRooted( true );
6958             gene7.setRooted( true );
6959             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6960             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             p7 = null;
7000             final Phylogeny species8 = factory
7001                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7002                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7003                              new NHXParser() )[ 0 ];
7004             final Phylogeny gene8 = factory
7005                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7006                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7007                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7008                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7009                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7010                              new NHXParser() )[ 0 ];
7011             species8.setRooted( true );
7012             gene8.setRooted( true );
7013             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
7014             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             p8 = null;
7054         }
7055         catch ( final Exception e ) {
7056             e.printStackTrace( System.out );
7057             return false;
7058         }
7059         return true;
7060     }
7061
7062     private static boolean testSplit() {
7063         try {
7064             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7065             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7066             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
7067             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7069             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7070             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7071             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7072             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7073             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7074             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7075             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7076             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7077             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
7078             // System.out.println( s0.toString() );
7079             //
7080             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7083             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7094             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             //
7098             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7102             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             //
7106             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7108             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7111             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             //
7115             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7116             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7117             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7120             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             //
7124             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7125             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7126             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7128             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             //
7132             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7134             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7135             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             //
7139             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7145             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             //
7149             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7153             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7154                 return false;
7155             }
7156             //
7157             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7159             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7162             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             //
7166             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7169             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             //
7173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7178             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             //
7182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7188             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             //
7192             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7196             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             //
7200             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7203             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             //
7207             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7210             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7211                 return false;
7212             }
7213             //
7214             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             //
7221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7224             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             //
7228             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7231             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             //
7235             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7238             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             //
7242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7246             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             //
7250             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7254             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             //
7258             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7262             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             //
7266             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7271             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             /////////
7275             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7276             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7277             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7278             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7279             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7280             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7281             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7282             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7283             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7284             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7285             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7286             //                return false;
7287             //            }
7288             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7289             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7290             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7291             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7292             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7293             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7294             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7295             //                return false;
7296             //            }
7297             //            //
7298             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7299             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7300             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7301             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7302             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7303             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7304             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7305             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7306             //                return false;
7307             //            }
7308             //            //
7309             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7310             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7311             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7312             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7313             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7314             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7315             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7316             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7317             //                return false;
7318             //            }
7319             //            //
7320             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7321             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7322             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7323             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7324             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7325             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7326             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7327             //                return false;
7328             //            }
7329             //            //
7330             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7331             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7332             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7333             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7334             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7335             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7336             //                return false;
7337             //            }
7338             //
7339             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7344             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             //
7348             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7353             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             ///////////////////////////
7357             //
7358             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7363             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             //
7367             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7369             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7372             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             //
7376             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7377             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7381             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             //
7385             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7390             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             //
7394             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7398             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7399             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             //
7403             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7407             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             //
7411             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7417             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             //
7421             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7427             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             //
7431             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7432             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7434             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7435             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7437             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             //
7441             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7442             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7448             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7449                 return false;
7450             }
7451         }
7452         catch ( final Exception e ) {
7453             e.printStackTrace();
7454             return false;
7455         }
7456         return true;
7457     }
7458
7459     private static boolean testSplitStrict() {
7460         try {
7461             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7462             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7463             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7464             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7465             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7466             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7467             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7468             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7469             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7470             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7471             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7472             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7475             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7486             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             //
7490             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7494             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             //
7498             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7503             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             //
7507             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7508             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7512             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             //
7516             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7520             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             //
7524             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7527             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7528                 return false;
7529             }
7530             //
7531             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7537             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             //
7541             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7545             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             //
7549             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7552             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7554             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             //
7558             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7561             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7562                 return false;
7563             }
7564             //
7565             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7570             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             //
7574             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7580             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             //
7584             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7588             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             //
7592             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7595             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             //
7599             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7602             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7603                 return false;
7604             }
7605             //
7606             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7609             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             //
7613             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7616             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             //
7620             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7623             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             //
7627             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7630             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             //
7634             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7638             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             //
7642             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7646             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             //
7650             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7654             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             //
7658             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7663             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666         }
7667         catch ( final Exception e ) {
7668             e.printStackTrace();
7669             return false;
7670         }
7671         return true;
7672     }
7673
7674     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7675         try {
7676             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7677             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7678             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7679             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             t1.toNewHampshireX();
7683             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7684             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             t1.toNewHampshireX();
7688             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7689             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             t1.toNewHampshireX();
7693             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7694             t1.toNewHampshireX();
7695             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7699             t1.toNewHampshireX();
7700             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7704             t1.toNewHampshireX();
7705             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7709             t1.toNewHampshireX();
7710             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7714             t1.toNewHampshireX();
7715             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7719             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( !t1.isEmpty() ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7726             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7727             t2.toNewHampshireX();
7728             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7732             t2.toNewHampshireX();
7733             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7737             t2.toNewHampshireX();
7738             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7739                 return false;
7740             }
7741         }
7742         catch ( final Exception e ) {
7743             e.printStackTrace( System.out );
7744             return false;
7745         }
7746         return true;
7747     }
7748
7749     private static boolean testSupportCount() {
7750         try {
7751             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7752             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7753             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7754                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7755                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7756                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7757                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7758                                                               new NHXParser() );
7759             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7760             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7761             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7762                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7763                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7764                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7765                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7766                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7767                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7768                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7769                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7770                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7771                                                               new NHXParser() );
7772             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7773             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7774             while ( it.hasNext() ) {
7775                 final PhylogenyNode n = it.next();
7776                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7777                     return false;
7778                 }
7779             }
7780             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7781             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7782                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7783             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7784             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7785             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7816             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7817                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7818             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7819             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7820             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7830                 return false;
7831             }
7832             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7833                 return false;
7834             }
7835             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7851             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7852             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7853             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7857             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7858             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7859             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7863             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7864             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7865             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7869             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7870             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7871             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874         }
7875         catch ( final Exception e ) {
7876             e.printStackTrace( System.out );
7877             return false;
7878         }
7879         return true;
7880     }
7881
7882     private static boolean testSupportTransfer() {
7883         try {
7884             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7885             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7886                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7887             final Phylogeny p2 = factory
7888                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7889             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7890                 return false;
7891             }
7892             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7896             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7897             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7919                 return false;
7920             }
7921         }
7922         catch ( final Exception e ) {
7923             e.printStackTrace( System.out );
7924             return false;
7925         }
7926         return true;
7927     }
7928
7929     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7930         try {
7931             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7932                                                                                                  10 );
7933             if ( results.size() != 1 ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             results = null;
7952             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7953             if ( results.size() != 1 ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             results = null;
7972             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7973             if ( results.size() != 1 ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7983                 return false;
7984             }
7985             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             results = null;
7992             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7993             if ( results.size() != 1 ) {
7994                 return false;
7995             }
7996             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8006                 return false;
8007             }
8008             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8009                 return false;
8010             }
8011             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
8012                 return false;
8013             }
8014             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
8015                 return false;
8016             }
8017             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
8018                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8019                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
8020                 return false;
8021             }
8022         }
8023         catch ( final IOException e ) {
8024             System.out.println();
8025             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8026             e.printStackTrace( System.out );
8027             return true;
8028         }
8029         catch ( final Exception e ) {
8030             return false;
8031         }
8032         return true;
8033     }
8034
8035     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
8036         //The format for GenBank Accession numbers are:
8037         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
8038         //Protein:    3 letters + 5 numerals
8039         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
8040         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
8041             return false;
8042         }
8043         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
8044             return false;
8045         }
8046         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
8047             return false;
8048         }
8049         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
8050             return false;
8051         }
8052         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
8053             return false;
8054         }
8055         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
8056             return false;
8057         }
8058         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
8059             return false;
8060         }
8061         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
8062             return false;
8063         }
8064         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
8065             return false;
8066         }
8067         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
8068             return false;
8069         }
8070         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8071             return false;
8072         }
8073         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8074             return false;
8075         }
8076         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
8077             return false;
8078         }
8079         return true;
8080     }
8081
8082     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8083         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8084             return false;
8085         }
8086         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8087             return false;
8088         }
8089         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8090             return false;
8091         }
8092         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8093             return false;
8094         }
8095         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8096             return false;
8097         }
8098         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8099             return false;
8100         }
8101         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8102             return false;
8103         }
8104         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8105             return false;
8106         }
8107         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8108             return false;
8109         }
8110         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8111             return false;
8112         }
8113         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8114             return false;
8115         }
8116         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8117             return false;
8118         }
8119         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8120             return false;
8121         }
8122         try {
8123             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8124             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8137                 return false;
8138             }
8139         }
8140         catch ( final IOException e ) {
8141             System.out.println();
8142             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8143             e.printStackTrace( System.out );
8144             return true;
8145         }
8146         catch ( final Exception e ) {
8147             return false;
8148         }
8149         return true;
8150     }
8151
8152     private static boolean testWabiTxSearch() {
8153         try {
8154             String result = "";
8155             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8156             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8157             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8161             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8165             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8169             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8173             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8177             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8181             queries.add( "Campylobacter coli" );
8182             queries.add( "Escherichia coli" );
8183             queries.add( "Arabidopsis" );
8184             queries.add( "Trichoplax" );
8185             queries.add( "Samanea saman" );
8186             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8187             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8188             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8189             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8190             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8191             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8192             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8193             ranks.add( RANKS.GENUS );
8194             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8195             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8196             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8197             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8198         }
8199         catch ( final Exception e ) {
8200             System.out.println();
8201             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8202             e.printStackTrace( System.out );
8203             return false;
8204         }
8205         return true;
8206     }
8207
8208     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8209         try {
8210             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8211             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8218                 return false;
8219             }
8220             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8224             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8225                 return false;
8226             }
8227             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8228             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8232             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8233                 return false;
8234             }
8235         }
8236         catch ( final Exception e ) {
8237             e.printStackTrace();
8238             return false;
8239         }
8240         return true;
8241     }
8242
8243     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8244         try {
8245             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8246             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8250                 return false;
8251             }
8252             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8253             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8257                 return false;
8258             }
8259         }
8260         catch ( final Exception e ) {
8261             e.printStackTrace();
8262             return false;
8263         }
8264         return true;
8265     }
8266
8267     private static boolean testFastaParser() {
8268         try {
8269             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8276             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294         }
8295         catch ( final Exception e ) {
8296             e.printStackTrace();
8297             return false;
8298         }
8299         return true;
8300     }
8301
8302     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8303         try {
8304             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8305             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8306             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8307             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8308             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8309             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8310             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8311             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8312             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8316                 return false;
8317             }
8318             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8319                 return false;
8320             }
8321             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8325                 return false;
8326             }
8327             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8331                 return false;
8332             }
8333             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8337                 return false;
8338             }
8339             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8349             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8359             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8369             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8373                 return false;
8374             }
8375             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8376                 return false;
8377             }
8378         }
8379         catch ( final Exception e ) {
8380             e.printStackTrace();
8381             return false;
8382         }
8383         return true;
8384     }
8385
8386     private static boolean testMafft( final String path ) {
8387         try {
8388             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8389             opts.add( "--maxiterate" );
8390             opts.add( "1000" );
8391             opts.add( "--localpair" );
8392             opts.add( "--quiet" );
8393             Msa msa = null;
8394             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8395             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8396             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8400                 return false;
8401             }
8402         }
8403         catch ( final Exception e ) {
8404             e.printStackTrace( System.out );
8405             return false;
8406         }
8407         return true;
8408     }
8409
8410     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8411         try {
8412             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8413             PhylogenyNode n;
8414             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8415             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8416             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8417             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8418             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8419             n = t0.getFirstExternalNode();
8420             while ( n != null ) {
8421                 ext.add( n );
8422                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8423             }
8424             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             ext.clear();
8443             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8444             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8445             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8446             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8447             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8448             n = t1.getNode( "ab" );
8449             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8450             while ( n != null ) {
8451                 ext.add( n );
8452                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8453             }
8454             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             //
8470             //
8471             ext.clear();
8472             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8473             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8474             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8475             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8476             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8477             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8478             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8479             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8480             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8481             n = t2.getNode( "ab" );
8482             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8483             while ( n != null ) {
8484                 ext.add( n );
8485                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8486             }
8487             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             //
8500             //
8501             ext.clear();
8502             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8503             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8504             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8505             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8506             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8507             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8508             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8509             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8510             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8511             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8512             n = t3.getNode( "ab" );
8513             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8514             while ( n != null ) {
8515                 ext.add( n );
8516                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8517             }
8518             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             //
8528             //
8529             ext.clear();
8530             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8531             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8532             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8533             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8534             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8535             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8536             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8537             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8538             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8539             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8540             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8541             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8542             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             //
8546             //
8547             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8548             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8549             ext.clear();
8550             n = t5.getFirstExternalNode();
8551             while ( n != null ) {
8552                 ext.add( n );
8553                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8554             }
8555             if ( ext.size() != 8 ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             //
8583             //
8584             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8585             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8586             ext.clear();
8587             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8588             n = t6.getNode( "ab" );
8589             while ( n != null ) {
8590                 ext.add( n );
8591                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8592             }
8593             if ( ext.size() != 7 ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             //
8618             //
8619             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8620             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8621             ext.clear();
8622             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8623             n = t7.getNode( "a" );
8624             while ( n != null ) {
8625                 ext.add( n );
8626                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8627             }
8628             if ( ext.size() != 7 ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             //
8653             //
8654             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8655             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8656             ext.clear();
8657             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8658             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8659             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8660             n = t8.getNode( "a" );
8661             while ( n != null ) {
8662                 ext.add( n );
8663                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8664             }
8665             if ( ext.size() != 7 ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8675                 System.out.println( "2 fail" );
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             //
8691             //
8692             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8693             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8694             ext.clear();
8695             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8696             n = t9.getNode( "a" );
8697             while ( n != null ) {
8698                 ext.add( n );
8699                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8700             }
8701             if ( ext.size() != 7 ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8723                 return false;
8724             }
8725             //
8726             //
8727             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8728             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8729             ext.clear();
8730             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8731             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8732             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8733             n = t10.getNode( "a" );
8734             while ( n != null ) {
8735                 ext.add( n );
8736                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8737             }
8738             if ( ext.size() != 7 ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             //
8763             //
8764             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8765             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8766             ext.clear();
8767             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8768             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8769             n = t11.getNode( "a" );
8770             while ( n != null ) {
8771                 ext.add( n );
8772                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8773             }
8774             if ( ext.size() != 6 ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8790                 return false;
8791             }
8792             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             //
8796             //
8797             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8798             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8799             ext.clear();
8800             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8801             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8802             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8803             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8804             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8805             n = t12.getNode( "a" );
8806             while ( n != null ) {
8807                 ext.add( n );
8808                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8809             }
8810             if ( ext.size() != 6 ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8820                 return false;
8821             }
8822             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8829                 return false;
8830             }
8831             //
8832             //
8833             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8834             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8835             ext.clear();
8836             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8837             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8838             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8839             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8840             n = t13.getNode( "ab" );
8841             while ( n != null ) {
8842                 ext.add( n );
8843                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8844             }
8845             if ( ext.size() != 5 ) {
8846                 return false;
8847             }
8848             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8849                 return false;
8850             }
8851             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8852                 return false;
8853             }
8854             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8855                 return false;
8856             }
8857             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8858                 return false;
8859             }
8860             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8861                 return false;
8862             }
8863             //
8864             //
8865             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8866             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8867             ext.clear();
8868             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8869             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8870             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8871             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8872             n = t14.getNode( "ab" );
8873             while ( n != null ) {
8874                 ext.add( n );
8875                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8876             }
8877             if ( ext.size() != 5 ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8890                 return false;
8891             }
8892             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             //
8896             //
8897             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8898             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8899             ext.clear();
8900             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8901             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8902             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8903             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8904             n = t15.getNode( "ab" );
8905             while ( n != null ) {
8906                 ext.add( n );
8907                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8908             }
8909             if ( ext.size() != 6 ) {
8910                 return false;
8911             }
8912             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8913                 return false;
8914             }
8915             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8916                 return false;
8917             }
8918             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8919                 return false;
8920             }
8921             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8922                 return false;
8923             }
8924             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8925                 return false;
8926             }
8927             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8928                 return false;
8929             }
8930             //
8931             //
8932             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8933             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8934             ext.clear();
8935             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8936             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8937             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8938             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8939             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8940             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8941             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8942             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8943             n = t16.getNode( "ab" );
8944             while ( n != null ) {
8945                 ext.add( n );
8946                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8947             }
8948             if ( ext.size() != 4 ) {
8949                 return false;
8950             }
8951             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8952                 return false;
8953             }
8954             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8955                 return false;
8956             }
8957             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8958                 return false;
8959             }
8960             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8961                 return false;
8962             }
8963         }
8964         catch ( final Exception e ) {
8965             e.printStackTrace( System.out );
8966             return false;
8967         }
8968         return true;
8969     }
8970
8971     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8972         try {
8973             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8974             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8975             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8976             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8977             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8978             l.add( s0 );
8979             l.add( s1 );
8980             l.add( s2 );
8981             l.add( s3 );
8982             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8983             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8993                 return false;
8994             }
8995         }
8996         catch ( final Exception e ) {
8997             e.printStackTrace( System.out );
8998             return false;
8999         }
9000         return true;
9001     }
9002
9003     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9004         try {
9005             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9006             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9007                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9008                 if ( id != null ) {
9009                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9010                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9011                 }
9012                 return false;
9013             }
9014             //
9015             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
9016             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9017                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9018                 if ( id != null ) {
9019                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9020                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9021                 }
9022                 return false;
9023             }
9024             //
9025             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
9026             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9027                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9028                 if ( id != null ) {
9029                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9030                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9031                 }
9032                 return false;
9033             }
9034             //
9035             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
9036             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9037                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9038                 if ( id != null ) {
9039                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9040                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9041                 }
9042                 return false;
9043             }
9044             //
9045             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
9046             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9047                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9048                 if ( id != null ) {
9049                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9050                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9051                 }
9052                 return false;
9053             }
9054             //
9055             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
9056             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9057                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9058                 if ( id != null ) {
9059                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9060                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9061                 }
9062                 return false;
9063             }
9064             //
9065             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
9066             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9067                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9068                 if ( id != null ) {
9069                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9070                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9071                 }
9072                 return false;
9073             }
9074             //
9075             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
9076             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9077                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9078                 if ( id != null ) {
9079                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9080                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9081                 }
9082                 return false;
9083             }
9084             //
9085             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
9086             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9087                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9088                 if ( id != null ) {
9089                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9090                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9091                 }
9092                 return false;
9093             }
9094             //
9095             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
9096             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9097                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9098                 if ( id != null ) {
9099                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9100                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9101                 }
9102                 return false;
9103             }
9104             //
9105             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
9106             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9107                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9108                 if ( id != null ) {
9109                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9110                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9111                 }
9112                 return false;
9113             }
9114             //
9115             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
9116             if ( id != null ) {
9117                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9118                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9119                 return false;
9120             }
9121             // lcl_91970_unknown_
9122         }
9123         catch ( final Exception e ) {
9124             e.printStackTrace( System.out );
9125             return false;
9126         }
9127         return true;
9128     }
9129 }