forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 103 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 110
 111 @SuppressWarnings( "unused")
 112 public final class Test {
 113
 114     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 115     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 118     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 122     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 125     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128
 129     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 130         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 131         return p;
 132     }
 133
 134     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 135         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 136         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 137     }
 138
 139     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 140         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 145         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 146                 + "]" );
 147         Locale.setDefault( Locale.US );
 148         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 149         int failed = 0;
 150         int succeeded = 0;
 151         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 152         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 153             System.out.println( "OK.]" );
 154         }
 155         else {
 156             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 157             System.out.println( "Testing aborted." );
 158             System.exit( -1 );
 159         }
 160         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 161         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 162             System.out.println( "OK.]" );
 163         }
 164         else {
 165             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 166             System.out.println( "Testing aborted." );
 167             System.exit( -1 );
 168         }
 169         final long start_time = new Date().getTime();
 170         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 171         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 172             System.out.println( "OK." );
 173             succeeded++;
 174         }
 175         else {
 176             System.out.println( "failed." );
 177             failed++;
 178         }
 179         System.out.print( "Basic node methods: " );
 180         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 181             System.out.println( "OK." );
 182             succeeded++;
 183         }
 184         else {
 185             System.out.println( "failed." );
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 189         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "NH parsing: " );
 198         if ( Test.testNHParsing() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NHX parsing: " );
 216         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 225         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 234         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 243         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 252         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 261         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 270         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 279         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 288         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 297         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 306         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Copying of node data: " );
 315         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 324         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 333         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 342         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 351         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Re-id methods: " );
 360         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 369         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 378         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 387         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 396         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 405         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Rerooting: " );
 414         if ( Test.testRerooting() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 423         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Support count: " );
 432         if ( Test.testSupportCount() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Support transfer: " );
 441         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 450         if ( Test.testGetLCA() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 459         if ( Test.testGetDistance() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "SDIse: " );
 468         if ( Test.testSDIse() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 477         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 486         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "GSDI: " );
 495         if ( TestGSDI.test() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 504         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 513         if ( Test.testDataObjects() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Properties map: " );
 522         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 531         System.out.println();
 532         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 533             System.out.println( "OK." );
 534             succeeded++;
 535         }
 536         else {
 537             System.out.println( "failed." );
 538             failed++;
 539         }
 540         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 541         System.out.println();
 542         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "GO: " );
 551         System.out.println();
 552         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 553             System.out.println( "OK." );
 554             succeeded++;
 555         }
 556         else {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         System.out.print( "Modeling tools: " );
 561         if ( TestPccx.test() ) {
 562             System.out.println( "OK." );
 563             succeeded++;
 564         }
 565         else {
 566             System.out.println( "failed." );
 567             failed++;
 568         }
 569         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 570         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 571             System.out.println( "OK." );
 572             succeeded++;
 573         }
 574         else {
 575             System.out.println( "failed." );
 576             failed++;
 577         }
 578         System.out.print( "Split Matrix: " );
 579         if ( Test.testSplit() ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 588         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Basic table: " );
 597         if ( Test.testBasicTable() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "General table: " );
 606         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 615         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "General MSA parser: " );
 624         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 633         if ( Test.testFastaParser() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 642         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 651         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 660         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 669         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 678             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 679             if ( Test.testMafft() ) {
 680                 System.out.println( "OK." );
 681                 succeeded++;
 682             }
 683             else {
 684                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 685             }
 686         }
 687         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 688         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 689         //            System.out.println( "OK." );
 690         //            succeeded++;
 691         //        }
 692         //        else {
 693         //            System.out
 694         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 695         //        }
 696         System.out.println();
 697         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 698         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 699         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 700         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 701                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 702         System.out.println();
 703         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 704         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 705         System.out.println();
 706         if ( failed < 1 ) {
 707             System.out.println( "OK." );
 708         }
 709         else {
 710             System.out.println( "Not OK." );
 711         }
 712         // System.out.println();
 713         // Development.setTime( true );
 714         //try {
 715         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 716         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 717         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 718         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 719         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 720         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 721         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 722         // NHXParser() )[ 0 ];
 723         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 724         // }
 725         // catch ( final Exception e ) {
 726         //     e.printStackTrace();
 727         // }
 728         // t1.getRoot().preorderPrint();
 729         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 730         // .getInstance();
 731         // try {
 732         //
 733         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 734         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 735         // factory.create(
 736         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 737         // new NHXParser() );
 738         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 739         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 740         // factory.create(
 741         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 742         // new NHXParser() );
 743         //
 744         //
 745         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 746         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 747         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 748         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 749         // factory.create(
 750         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 751         // new NHXParser() );
 752         // factory.create(
 753         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 754         // new NHXParser() );
 755         //
 756         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 757         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 758         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 759         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 760         //
 761         // factory.create(
 762         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 763         // new NHXParser() );
 764         // factory.create(
 765         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 766         // new NHXParser() );
 767         //
 768         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 769         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 770         // factory.create(
 771         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 772         // new NHXParser() );
 773         //
 774         // }
 775         // catch ( IOException e ) {
 776         // // TODO Auto-generated catch block
 777         // e.printStackTrace();
 778         // }
 779     }
 780
 781     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 782         try {
 783             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 784                 return false;
 785             }
 786             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 787             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 788                     .createInstanceFromNhxString( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 789             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 790                     .createInstanceFromNhxString( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 791             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 792                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 793             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 794                 return false;
 795             }
 796             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 797                 return false;
 798             }
 799             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 800                 return false;
 801             }
 802             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( !n3.isExternal() ) {
 806                 return false;
 807             }
 808             if ( !n3.isRoot() ) {
 809                 return false;
 810             }
 811             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 812                 return false;
 813             }
 814         }
 815         catch ( final Exception e ) {
 816             e.printStackTrace( System.out );
 817             return false;
 818         }
 819         return true;
 820     }
 821
 822     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 823         try {
 824             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 825             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 826             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 827                                                               xml_parser );
 828             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 829                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 830                 return false;
 831             }
 832             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 836             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 837             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 838             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 839             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( !t1.isRooted() ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( t1.isRerootable() ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 873                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 877                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 905                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 918                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 922                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 923                 return false;
 924             }
 925             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 926                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 930                     .equals( "experimental" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 934                     .equals( "function" ) ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 938                     .getValue() != 1 ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 942                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 946                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 950                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 954                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 958                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 962                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 966                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 970                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 974                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 978                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 985                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
 992             //     return false;
 993             //}
 994             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
 995             //                return false;
 996             //            }
 997             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
 998             //                return false;
 999             //            }
1000             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1001             //                return false;
1002             //            }
1003             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1004             //                return false;
1005             //            }
1006             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1007             //                return false;
1008             //            }
1009             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1010             //                return false;
1011             //            }
1012             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1013             //                return false;
1014             //            }
1015             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1016             //                return false;
1017             //            }
1018             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1019             //                    .equals( "B" ) ) {
1020             //                return false;
1021             //            }
1022             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1023             //                return false;
1024             //            }
1025             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1032             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1033             //                return false;
1034             //            }
1035             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1036             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1037             //                return false;
1038             //            }
1039             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1040             //                return false;
1041             //            }
1042             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1043             //                return false;
1044             //            }
1045             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1052             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1053             //                ;
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1069             //                return false;
1070             //            }
1071             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1072             //                return false;
1073             //            }
1074             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1078             //                                                              xml_parser );
1079             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1080             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1087             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1088             //                return false;
1089             //            }
1090             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1097             //                return false;
1098             //            }
1099         }
1100         catch ( final Exception e ) {
1101             e.printStackTrace( System.out );
1102             return false;
1103         }
1104         return true;
1105     }
1106
1107     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1108         try {
1109             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1110             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1111             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1112                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1113             }
1114             else {
1115                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1116             }
1117             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1118                                                               xml_parser );
1119             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1120                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1127             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1128             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1132             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1136                 return false;
1137             }
1138             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1145             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1146             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1147             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1160                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1164                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1168             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1169             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1170             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1171             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1175             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1191                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1201                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1205                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1209                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1213                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1217                     .equals( "experimental" ) ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1221                     .equals( "function" ) ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1225                     .getValue() != 1 ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1229                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1233                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1237                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1241                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1245                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1249                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1253                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1257                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1261                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1265                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1272                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1282                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1298                     .equals( "ncbi" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1305                     .getName().equals( "B" ) ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1309                     .getFrom() != 21 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1316                     .getLength() != 24 ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1320                     .getConfidence() != 2144 ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1324                     .equals( "pfam" ) ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1340             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1377                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1378                 ;
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             //
1403             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1407                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1414                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1424                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1425                 return false;
1426             }
1427         }
1428         catch ( final Exception e ) {
1429             e.printStackTrace( System.out );
1430             return false;
1431         }
1432         return true;
1433     }
1434
1435     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1436         try {
1437             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1438             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1439             try {
1440                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1441             }
1442             catch ( final Exception e ) {
1443                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1444             }
1445             if ( xml_parser == null ) {
1446                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1447                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1448                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1449                 }
1450                 else {
1451                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1452                 }
1453             }
1454             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1455                                                               xml_parser );
1456             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1457                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1464             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1465             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1466             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1467             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1489             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1490             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1491                 System.out.println( "errors:" );
1492                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1499                                                               xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( "errors:" );
1502                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1512                                                               xml_parser );
1513             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1514                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1521             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1534                                                               xml_parser );
1535             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1536                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1543             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             s.getNode( "first" );
1547             s.getNode( "<>" );
1548             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1549             s.getNode( "'''\"" );
1550             s.getNode( "\"\"\"" );
1551             s.getNode( "dick & doof" );
1552         }
1553         catch ( final Exception e ) {
1554             e.printStackTrace( System.out );
1555             return false;
1556         }
1557         return true;
1558     }
1559
1560     private static boolean testBasicTable() {
1561         try {
1562             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1563             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1564                 return false;
1565             }
1566             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1567                 return false;
1568             }
1569             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1570             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1571             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1572             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1573             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1574             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1575             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1576             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1577             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1608             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1609             source.append( "" + l );
1610             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1611             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1612             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1613             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1614             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1615             source.append( "40 41 42 43" + l );
1616             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1617             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1618             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1619             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1620                 return false;
1621             }
1622             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1638             source1.append( "" + l );
1639             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1640             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1641             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1642             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1643             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1644             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1645             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1646             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1647             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1648             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1673             source2.append( "" + l );
1674             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1675             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1676             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1677             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1678             source2.append( "                     " + l );
1679             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1680             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1681             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1682             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1683             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1684                                                                         ";",
1685                                                                         false,
1686                                                                         "comment:",
1687                                                                         false );
1688             if ( tl.size() != 2 ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1692             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1693             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711         }
1712         catch ( final Exception e ) {
1713             e.printStackTrace( System.out );
1714             return false;
1715         }
1716         return true;
1717     }
1718
1719     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1720         try {
1721             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1722             final TolParser parser = new TolParser();
1723             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1724             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1725                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1732             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t1.isRooted() ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1751             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1752                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1759             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t2.isRooted() ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1781                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1785             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1786                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1793             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1806             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1807                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1814             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1827             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1828                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1835             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847         }
1848         catch ( final Exception e ) {
1849             e.printStackTrace( System.out );
1850             return false;
1851         }
1852         return true;
1853     }
1854
1855     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1856         try {
1857             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1858             final Phylogeny t1 = factory.create();
1859             if ( !t1.isEmpty() ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1863             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( t2.isEmpty() ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1876             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1886             PhylogenyNodeIterator it;
1887             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1888                 it.next();
1889             }
1890             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1891                 it.next();
1892             }
1893             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1894             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             if ( it2.hasNext() ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1917             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1918             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1925             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1930             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1931             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1935             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1936             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             final char[] a9 = new char[] {};
1943             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1944             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1948             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1949             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952         }
1953         catch ( final Exception e ) {
1954             e.printStackTrace( System.out );
1955             return false;
1956         }
1957         return true;
1958     }
1959
1960     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1961         try {
1962             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1963             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1964             final Phylogeny[] ev0 = factory
1965                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1966                              new NHXParser() );
1967             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1968             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1975             final Phylogeny[] ev1 = factory
1976                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1977                              new NHXParser() );
1978             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1979             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1980                 return false;
1981             }
1982             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1986             final Phylogeny[] ev_b = factory
1987                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1988                              new NHXParser() );
1989             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1990             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
1991             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             //
1998             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1999             final Phylogeny[] ev1x = factory
2000                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2001                              new NHXParser() );
2002             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2003             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2010             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2011                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2012                              new NHXParser() );
2013             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2014             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             //
2021             final Phylogeny[] t2 = factory
2022                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2023                              new NHXParser() );
2024             final Phylogeny[] ev2 = factory
2025                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2026                              new NHXParser() );
2027             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2028                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2029             }
2030             //
2031             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2032                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2033             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2034             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2035             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044         }
2045         catch ( final Exception e ) {
2046             e.printStackTrace();
2047             return false;
2048         }
2049         return true;
2050     }
2051
2052     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2053         try {
2054             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2055                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2056             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2057             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2058                 return false;
2059             }
2060         }
2061         catch ( final Exception e ) {
2062             e.printStackTrace();
2063             return false;
2064         }
2065         return true;
2066     }
2067
2068     private static boolean testDataObjects() {
2069         try {
2070             final Confidence s0 = new Confidence();
2071             final Confidence s1 = new Confidence();
2072             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2076             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2077             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2084             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             s3.asSimpleText();
2088             s3.asText();
2089             // Taxonomy
2090             // ----------
2091             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2092             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2093             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2094             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2095             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2096             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2097             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2098             t1.setScientificName( "E. coli" );
2099             t1.setCommonName( "coli" );
2100             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2101             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2105             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2106             t2.setScientificName( "what" );
2107             t2.setCommonName( "something" );
2108             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2112             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             t1.setIdentifier( null );
2116             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2117             t3.setScientificName( "what" );
2118             t3.setCommonName( "something" );
2119             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             t1.setIdentifier( null );
2123             t1.setTaxonomyCode( "" );
2124             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2125             t4.setCommonName( "something" );
2126             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2127                 return false;
2128             }
2129             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2130             t4.setCommonName( "something" );
2131             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             t1.setIdentifier( null );
2135             t1.setTaxonomyCode( "" );
2136             t1.setScientificName( "" );
2137             t5.setCommonName( "COLI" );
2138             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             t5.setCommonName( "vibrio" );
2142             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             // Identifier
2146             // ----------
2147             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2148             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2149             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             id1.asSimpleText();
2159             id1.asText();
2160             // ProteinDomain
2161             // ---------------
2162             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2163             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2164             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             pd1.asSimpleText();
2171             pd1.asText();
2172             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2173             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2174             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             pd3.asSimpleText();
2184             pd3.asText();
2185             // DomainArchitecture
2186             // ------------------
2187             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2188             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2189             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2190             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2191             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2192             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2193             domains0.add( d2 );
2194             domains0.add( d0 );
2195             domains0.add( d3 );
2196             domains0.add( d1 );
2197             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2198             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2202             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2203                 return false;
2204             }
2205             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2212             domains1.add( d1 );
2213             domains1.add( d2 );
2214             domains1.add( d4 );
2215             domains1.add( d0 );
2216             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2217             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             ds1.asSimpleText();
2221             ds1.asText();
2222             ds1.toNHX();
2223             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2224             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2225                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             // Event
2232             // -----
2233             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2234             if ( e1.isDuplication() ) {
2235                 return false;
2236             }
2237             if ( !e1.isFusion() ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2247             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2254             if ( e2.isDuplication() ) {
2255                 return false;
2256             }
2257             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2273             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2277             if ( e3.isDuplication() ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( e3.isSpeciation() ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2290             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2291             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             e3 = null;
2295             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2299             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2306             e4 = null;
2307             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2308             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e5 = new Event();
2315             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2325             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2332             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2339             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345         }
2346         catch ( final Exception e ) {
2347             e.printStackTrace( System.out );
2348             return false;
2349         }
2350         return true;
2351     }
2352
2353     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2354         try {
2355             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2356             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2357             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2358             if ( t0.isEmpty() ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2362                 return false;
2363             }
2364             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2365             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             if ( !t0.isEmpty() ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2372             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2376             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2383             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2387             if ( !t1.isEmpty() ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2395             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             t2.toNewHampshireX();
2399             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2400             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2404             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2408             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2412             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2416             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             n = t3.getNode( "A" );
2420             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             n = n.getNextExternalNode();
2424             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2428             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             n = t3.getNode( "C" );
2432             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2440             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2444             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2448             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2452             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2456             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2460             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2461                 return false;
2462             }
2463             n = t4.getNode( "A" );
2464             n = n.getNextExternalNode();
2465             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             n = n.getNextExternalNode();
2469             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2473             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2477             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2478             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2482             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2486             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2487             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2491             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2496             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2504             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2505             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2509             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2513             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2514             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2523             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2527             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2532             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2536             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2540             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2544             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2548             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2549             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2553             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2557             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2561             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2565             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2569             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2573             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2577             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2581             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2585             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2589             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2593             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2597             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2601             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2602                 return false;
2603             }
2604             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2605             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2606             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2610             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2614             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2615             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2619             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2623             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2624             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2628             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2632             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2636             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2640             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2645                 return false;
2646             }
2647         }
2648         catch ( final Exception e ) {
2649             e.printStackTrace( System.out );
2650             return false;
2651         }
2652         return true;
2653     }
2654
2655     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2656         try {
2657             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2658             dss1.addValue( 82 );
2659             dss1.addValue( 78 );
2660             dss1.addValue( 70 );
2661             dss1.addValue( 58 );
2662             dss1.addValue( 42 );
2663             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             dss1.addValue( 123 );
2700             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2710             dss2.addValue( -1.85 );
2711             dss2.addValue( 57.5 );
2712             dss2.addValue( 92.78 );
2713             dss2.addValue( 57.78 );
2714             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2721             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             dss2.addValue( -100 );
2725             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             final double[] ds = new double[ 14 ];
2732             ds[ 0 ] = 34;
2733             ds[ 1 ] = 23;
2734             ds[ 2 ] = 1;
2735             ds[ 3 ] = 32;
2736             ds[ 4 ] = 11;
2737             ds[ 5 ] = 2;
2738             ds[ 6 ] = 12;
2739             ds[ 7 ] = 33;
2740             ds[ 8 ] = 13;
2741             ds[ 9 ] = 22;
2742             ds[ 10 ] = 21;
2743             ds[ 11 ] = 35;
2744             ds[ 12 ] = 24;
2745             ds[ 13 ] = 31;
2746             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2747             if ( bins.length != 4 ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2751                 return false;
2752             }
2753             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2763             ds1[ 0 ] = 10.0;
2764             ds1[ 1 ] = 19.0;
2765             ds1[ 2 ] = 9.999;
2766             ds1[ 3 ] = 0.0;
2767             ds1[ 4 ] = 39.9;
2768             ds1[ 5 ] = 39.999;
2769             ds1[ 6 ] = 30.0;
2770             ds1[ 7 ] = 19.999;
2771             ds1[ 8 ] = 30.1;
2772             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2773             if ( bins1.length != 4 ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2777                 return false;
2778             }
2779             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2780                 return false;
2781             }
2782             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2789             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2802             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2803                 return false;
2804             }
2805             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2806                 return false;
2807             }
2808             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2809                 return false;
2810             }
2811             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2815             dss3.addValue( 1 );
2816             dss3.addValue( 1 );
2817             dss3.addValue( 1 );
2818             dss3.addValue( 2 );
2819             dss3.addValue( 3 );
2820             dss3.addValue( 4 );
2821             dss3.addValue( 5 );
2822             dss3.addValue( 5 );
2823             dss3.addValue( 5 );
2824             dss3.addValue( 6 );
2825             dss3.addValue( 7 );
2826             dss3.addValue( 8 );
2827             dss3.addValue( 9 );
2828             dss3.addValue( 10 );
2829             dss3.addValue( 10 );
2830             dss3.addValue( 10 );
2831             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2832             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2833             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2834         }
2835         catch ( final Exception e ) {
2836             e.printStackTrace( System.out );
2837             return false;
2838         }
2839         return true;
2840     }
2841
2842     private static boolean testDir( final String file ) {
2843         try {
2844             final File f = new File( file );
2845             if ( !f.exists() ) {
2846                 return false;
2847             }
2848             if ( !f.isDirectory() ) {
2849                 return false;
2850             }
2851             if ( !f.canRead() ) {
2852                 return false;
2853             }
2854         }
2855         catch ( final Exception e ) {
2856             return false;
2857         }
2858         return true;
2859     }
2860
2861     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2862         try {
2863             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2864             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2865             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2866             n = n.getNextExternalNode();
2867             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2868                 return false;
2869             }
2870             n = n.getNextExternalNode();
2871             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             n = n.getNextExternalNode();
2875             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n = t1.getNode( "B" );
2879             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2880                 n = n.getNextExternalNode();
2881             }
2882             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2883             n = t2.getNode( "A" );
2884             n = n.getNextExternalNode();
2885             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2886                 return false;
2887             }
2888             n = n.getNextExternalNode();
2889             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             n = n.getNextExternalNode();
2893             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             n = t2.getNode( "B" );
2897             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2898                 n = n.getNextExternalNode();
2899             }
2900             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2901             n = t3.getNode( "A" );
2902             n = n.getNextExternalNode();
2903             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2904                 return false;
2905             }
2906             n = n.getNextExternalNode();
2907             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             n = n.getNextExternalNode();
2911             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             n = n.getNextExternalNode();
2915             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             n = n.getNextExternalNode();
2919             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             n = n.getNextExternalNode();
2923             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             n = n.getNextExternalNode();
2927             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             n = t3.getNode( "B" );
2931             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2932                 n = n.getNextExternalNode();
2933             }
2934             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2935             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2936                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2937             }
2938             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2939             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2940                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2941             }
2942         }
2943         catch ( final Exception e ) {
2944             e.printStackTrace( System.out );
2945             return false;
2946         }
2947         return true;
2948     }
2949
2950     private static boolean testGeneralTable() {
2951         try {
2952             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2953             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2954             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2955             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2956             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2957             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2958             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2959             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2960             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2961             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2977                 return false;
2978             }
2979             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2989             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2990             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2991             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2992             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2993             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2994             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2995             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2996             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2997             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2998             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028         }
3029         catch ( final Exception e ) {
3030             e.printStackTrace( System.out );
3031             return false;
3032         }
3033         return true;
3034     }
3035
3036     private static boolean testGetDistance() {
3037         try {
3038             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3039             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3040                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3041             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3042             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3136                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3137             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170         }
3171         catch ( final Exception e ) {
3172             e.printStackTrace( System.out );
3173             return false;
3174         }
3175         return true;
3176     }
3177
3178     private static boolean testGetLCA() {
3179         try {
3180             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3181             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3182                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3183             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3184             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3185             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3189             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3193             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3197             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3201             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3205             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3209             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3213             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3217             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3221             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3225             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3229             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3233             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3237             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3241             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3245             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3249             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3253             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3257             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3261             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3265             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3269             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3273             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3277             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3278             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3282             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3286             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3290             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3294             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3298             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3302             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3306             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Phylogeny p3 = factory
3310                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3311                              new NHXParser() )[ 0 ];
3312             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3313             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3317             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3321             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3325             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3329             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3336             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             if ( !al_3.isRoot() ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3343             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3350             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3357             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3361             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3362             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3366             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3367             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3371             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3372             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3376             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3377             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380         }
3381         catch ( final Exception e ) {
3382             e.printStackTrace( System.out );
3383             return false;
3384         }
3385         return true;
3386     }
3387
3388     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3389         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3390         try {
3391             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3392                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3393             parser1.parse();
3394             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3395                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3396             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3397             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3401                 return false;
3402             }
3403             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3413             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3417             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447         }
3448         catch ( final Exception e ) {
3449             e.printStackTrace( System.out );
3450             return false;
3451         }
3452         return true;
3453     }
3454
3455     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3456         try {
3457             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3458             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3459             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3460             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3461             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3465             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3469             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3473             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3474                 return false;
3475             }
3476         }
3477         catch ( final Exception e ) {
3478             e.printStackTrace( System.out );
3479             return false;
3480         }
3481         return true;
3482     }
3483
3484     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3485         try {
3486             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3487             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3488             PhylogenyNodeIterator it0;
3489             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3490                 it0.next();
3491             }
3492             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3493                 it0.next();
3494             }
3495             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3496             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             if ( it.hasNext() ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3521                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3522             PhylogenyNodeIterator it2;
3523             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3524                 it2.next();
3525             }
3526             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3527                 it2.next();
3528             }
3529             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3530             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3549                 return false;
3550             }
3551             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( it3.hasNext() ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3609             PhylogenyNodeIterator it4;
3610             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3611                 it4.next();
3612             }
3613             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3614                 it4.next();
3615             }
3616             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3617             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3621                 return false;
3622             }
3623             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3624                 return false;
3625             }
3626             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3633             PhylogenyNodeIterator it6;
3634             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3635                 it6.next();
3636             }
3637             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3638                 it6.next();
3639             }
3640             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3641             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             if ( it.hasNext() ) {
3645                 return false;
3646             }
3647         }
3648         catch ( final Exception e ) {
3649             e.printStackTrace( System.out );
3650             return false;
3651         }
3652         return true;
3653     }
3654
3655     private static boolean testMidpointrooting() {
3656         try {
3657             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3658             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3659                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3660             if ( !t1.isRooted() ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3664             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3683             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3684             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702         }
3703         catch ( final Exception e ) {
3704             e.printStackTrace( System.out );
3705             return false;
3706         }
3707         return true;
3708     }
3709
3710     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3711         try {
3712             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3713             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3714             parser.parse();
3715             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3716             if ( labels.length != 7 ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3741             parser.parse();
3742             labels = parser.getCharStateLabels();
3743             if ( labels.length != 7 ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767         }
3768         catch ( final Exception e ) {
3769             e.printStackTrace( System.out );
3770             return false;
3771         }
3772         return true;
3773     }
3774
3775     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3776         try {
3777             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3778             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3779             parser.parse();
3780             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3781             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             //            if ( labels.length != 7 ) {
3809             //                return false;
3810             //            }
3811             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3812             //                return false;
3813             //            }
3814             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3815             //                return false;
3816             //            }
3817             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3818             //                return false;
3819             //            }
3820             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3821             //                return false;
3822             //            }
3823             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3824             //                return false;
3825             //            }
3826             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3827             //                return false;
3828             //            }
3829             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3830             //                return false;
3831             //            }
3832             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3833             //            parser.parse();
3834             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3835             //            if ( labels.length != 7 ) {
3836             //                return false;
3837             //            }
3838             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3839             //                return false;
3840             //            }
3841             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3842             //                return false;
3843             //            }
3844             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3845             //                return false;
3846             //            }
3847             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3848             //                return false;
3849             //            }
3850             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3851             //                return false;
3852             //            }
3853             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3854             //                return false;
3855             //            }
3856             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3857             //                return false;
3858             //            }
3859         }
3860         catch ( final Exception e ) {
3861             e.printStackTrace( System.out );
3862             return false;
3863         }
3864         return true;
3865     }
3866
3867     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3868         try {
3869             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3870             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3871             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3872             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             phylogenies = null;
3882             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3883             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             phylogenies = null;
3893             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3894             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             phylogenies = null;
3907             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3908             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4029                 return false;
4030             }
4031         }
4032         catch ( final Exception e ) {
4033             e.printStackTrace( System.out );
4034             return false;
4035         }
4036         return true;
4037     }
4038
4039     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4040         try {
4041             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4042             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4043             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4044             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4060                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             phylogenies = null;
4064             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4065             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4069                 return false;
4070             }
4071             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4084                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4103                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4122                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             phylogenies = null;
4126             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4127             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4146                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4165                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4184                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187         }
4188         catch ( final Exception e ) {
4189             e.printStackTrace( System.out );
4190             return false;
4191         }
4192         return true;
4193     }
4194
4195     private static boolean testNHParsing() {
4196         try {
4197             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4198             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4199             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4203             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4204             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4205             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4206             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             final Phylogeny p1b = factory
4213                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4214                              new NHXParser() )[ 0 ];
4215             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4222             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4223             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4224             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4225             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4226             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4227             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4228             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4229             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4230             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4231             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4232                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4233                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4234                                                     new NHXParser() );
4235             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4239                 return false;
4240             }
4241             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4248             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4249             final String p16_S = "((A,B),C)";
4250             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4251             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4255             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4256             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4260             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4261             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4265             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4266             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4270             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4271             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4275             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4276             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4280             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4281             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4285             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4286             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4290             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4291             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4295             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4296             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4297             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4304                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4305                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4306                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4307                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4308                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4309                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4310                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4311             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4312             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             final String p26_S = "(A,B)ab";
4316             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4317             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4321             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4322                                                     new NHXParser() );
4323             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4327             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4328             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4329             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4330             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4331                                                     new NHXParser() );
4332             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4345             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4346             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4350             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4351             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4355             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4356             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             final String p33_S = "A";
4360             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4361             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             final String p34_S = "B;";
4365             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4366             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             final String p35_S = "B:0.2";
4370             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4371             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             final String p36_S = "(A)";
4375             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4376             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p37_S = "((A))";
4380             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4381             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4385             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4386             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4390             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4391             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p40_S = "(A,B,C)";
4395             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4400             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4405             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4410             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4415             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4420             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p46_S = "";
4425             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4426             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4427                 return false;
4428             }
4429         }
4430         catch ( final Exception e ) {
4431             e.printStackTrace( System.out );
4432             return false;
4433         }
4434         return true;
4435     }
4436
4437     private static boolean testNHXconversion() {
4438         try {
4439             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4440             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4441             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4442             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4443             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4444                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4445             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4446                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4447             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( !n5.toNewHampshireX()
4460                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !n6.toNewHampshireX()
4464                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4465                 return false;
4466             }
4467         }
4468         catch ( final Exception e ) {
4469             e.printStackTrace( System.out );
4470             return false;
4471         }
4472         return true;
4473     }
4474
4475     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4476         try {
4477             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4478             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4479             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4480             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4481             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4482                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4483             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( n3.isDuplication() ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( !n5.isDuplication() ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4529                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4530             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4537                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4538                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4539             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4546                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4547             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4551                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4552             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4559                                                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4560             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4567                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4568             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4575                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4576             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4583                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4584             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4591                                                                                  ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4592             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4599                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4600             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4607                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4608             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4615                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4616             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4623                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4624                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4625                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4626                     return false;
4627                 }
4628                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4629                     return false;
4630                 }
4631                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4632                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4633                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4635                     return false;
4636                 }
4637                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4638                     return false;
4639                 }
4640                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4641                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4642                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4643                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4644                     return false;
4645                 }
4646                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4647                     return false;
4648                 }
4649                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4650                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4651                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4652                     return false;
4653                 }
4654                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4655                     return false;
4656                 }
4657                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4658                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4659                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4660                     return false;
4661                 }
4662                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4663                     return false;
4664                 }
4665             }
4666             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4667                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4668                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4669             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4679                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4680                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4681             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4691             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4692             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4735                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4736             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4761             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4765             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4769                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4770             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4777                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4778             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4785                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4786                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4787             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4797                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4798                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4799             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4809                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4810                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4811             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4818                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4819             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828         }
4829         catch ( final Exception e ) {
4830             e.printStackTrace( System.out );
4831             return false;
4832         }
4833         return true;
4834     }
4835
4836     private static boolean testNHXParsing() {
4837         try {
4838             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4839             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4840             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4844             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4845             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4849             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4850             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             final Phylogeny[] p3 = factory
4854                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4855                              new NHXParser() );
4856             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             final Phylogeny[] p4 = factory
4860                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4861                              new NHXParser() );
4862             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final Phylogeny[] p5 = factory
4866                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4867                              new NHXParser() );
4868             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4872             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4873             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4874             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4878             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4879             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4880             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4884             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4885             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4886             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4890             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final Phylogeny p10 = factory
4894                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4895                              new NHXParser() )[ 0 ];
4896             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899         }
4900         catch ( final Exception e ) {
4901             e.printStackTrace( System.out );
4902             return false;
4903         }
4904         return true;
4905     }
4906
4907     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4908         try {
4909             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4910             final NHXParser p = new NHXParser();
4911             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4912             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4916             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4917                 return false;
4918             }
4919             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4926                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4945             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4946             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4947             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4951             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4952             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4953             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4957             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4958             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4959             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4963             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4964             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4965             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final Phylogeny p10 = factory
4969                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4970                              new NHXParser() )[ 0 ];
4971             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4972             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4973                 return false;
4974             }
4975             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4976             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             //
4980             final Phylogeny p12 = factory
4981                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4982                              new NHXParser() )[ 0 ];
4983             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4984             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4988             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
4992             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
4996             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999         }
5000         catch ( final Exception e ) {
5001             e.printStackTrace( System.out );
5002             return false;
5003         }
5004         return true;
5005     }
5006
5007     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5008         try {
5009             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5010             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5011             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5012             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5013             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5023             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5024             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5025             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5032             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041         }
5042         catch ( final Exception e ) {
5043             e.printStackTrace( System.out );
5044             return false;
5045         }
5046         return true;
5047     }
5048
5049     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5050         try {
5051             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5052             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5053             try {
5054                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5055             }
5056             catch ( final Exception e ) {
5057                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5058             }
5059             if ( xml_parser == null ) {
5060                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5061                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5062                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5063                 }
5064                 else {
5065                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5066                 }
5067             }
5068             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5069                                                               xml_parser );
5070             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5071                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5072                 return false;
5073             }
5074             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5078             PhylogenyNode n = null;
5079             Distribution d = null;
5080             n = t1.getNode( "root node" );
5081             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             d = n.getNodeData().getDistribution();
5088             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( d.getPolygons() != null ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             n = t1.getNode( "node a" );
5113             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5120             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( d.getPolygons() != null ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             n = t1.getNode( "node bb" );
5145             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5152             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5177             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             p = d.getPolygons().get( 1 );
5199             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             // Roundtrip:
5212             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5213             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5214             if ( rt.length != 1 ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5218             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5219             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             d = n.getNodeData().getDistribution();
5226             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( d.getPolygons() != null ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5251             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5258             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( d.getPolygons() != null ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5283             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5290             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             p = d.getPolygons().get( 0 );
5315             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             p = d.getPolygons().get( 1 );
5337             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349         }
5350         catch ( final Exception e ) {
5351             e.printStackTrace( System.out );
5352             return false;
5353         }
5354         return true;
5355     }
5356
5357     private static boolean testPostOrderIterator() {
5358         try {
5359             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5360             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5361             PhylogenyNodeIterator it0;
5362             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5363                 it0.next();
5364             }
5365             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5366                 it0.next();
5367             }
5368             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5369             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5370             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( it.hasNext() ) {
5416                 return false;
5417             }
5418         }
5419         catch ( final Exception e ) {
5420             e.printStackTrace( System.out );
5421             return false;
5422         }
5423         return true;
5424     }
5425
5426     private static boolean testPreOrderIterator() {
5427         try {
5428             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5429             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5430             PhylogenyNodeIterator it0;
5431             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5432                 it0.next();
5433             }
5434             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5435                 it0.next();
5436             }
5437             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5438             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( it.hasNext() ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5463             it = t1.iteratorPreorder();
5464             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( it.hasNext() ) {
5510                 return false;
5511             }
5512         }
5513         catch ( final Exception e ) {
5514             e.printStackTrace( System.out );
5515             return false;
5516         }
5517         return true;
5518     }
5519
5520     private static boolean testPropertiesMap() {
5521         try {
5522             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5523             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5524             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5525             final Property p2 = new Property( "something:else",
5526                                               "?",
5527                                               "improbable:research",
5528                                               "xsd:decimal",
5529                                               AppliesTo.NODE );
5530             pm.addProperty( p0 );
5531             pm.addProperty( p1 );
5532             pm.addProperty( p2 );
5533             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5552             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5559                 return false;
5560             }
5561         }
5562         catch ( final Exception e ) {
5563             e.printStackTrace( System.out );
5564             return false;
5565         }
5566         return true;
5567     }
5568
5569     private static boolean testReIdMethods() {
5570         try {
5571             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5572             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5573             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5574             p.levelOrderReID();
5575             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5618                 return false;
5619             }
5620         }
5621         catch ( final Exception e ) {
5622             e.printStackTrace( System.out );
5623             return false;
5624         }
5625         return true;
5626     }
5627
5628     private static boolean testRerooting() {
5629         try {
5630             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5631             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5632                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5633             if ( !t1.isRooted() ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5637             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5638             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5639             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5640             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5641             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5642             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5643             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5644             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5645             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5646             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5647             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5648             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5649             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5650             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5651             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5652             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5653             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5654             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5655             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5656             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5657             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5658             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5659             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5660             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5661             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5662             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5663             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5664             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5683                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5684             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5685             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5686             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5687             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5688             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5689             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5690             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5691             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5692             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5693             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5694             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5695             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5696             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5697             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5698             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5699             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5700             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5701             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5702             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5703             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5704             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5705             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5706             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5707             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5709             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5710             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5711             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5712             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5713             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5714             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5715             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5716             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5717             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5719             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5720             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5721             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5722             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5723             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5724             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5725             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5726             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5727             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5728             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5729             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5736             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5743             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5753             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5763             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5770             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5777                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5778             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5779             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5789             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5799             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5806                 return false;
5807             }
5808         }
5809         catch ( final Exception e ) {
5810             e.printStackTrace( System.out );
5811             return false;
5812         }
5813         return true;
5814     }
5815
5816     private static boolean testSDIse() {
5817         try {
5818             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5819             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5820             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5821             gene1.setRooted( true );
5822             species1.setRooted( true );
5823             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5824             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             final Phylogeny species2 = factory
5828                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5829                              new NHXParser() )[ 0 ];
5830             final Phylogeny gene2 = factory
5831                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5832                              new NHXParser() )[ 0 ];
5833             species2.setRooted( true );
5834             gene2.setRooted( true );
5835             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5836             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             final Phylogeny species3 = factory
5858                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5859                              new NHXParser() )[ 0 ];
5860             final Phylogeny gene3 = factory
5861                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5862                              new NHXParser() )[ 0 ];
5863             species3.setRooted( true );
5864             gene3.setRooted( true );
5865             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5866             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             final Phylogeny species4 = factory
5876                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5877                              new NHXParser() )[ 0 ];
5878             final Phylogeny gene4 = factory
5879                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5880                              new NHXParser() )[ 0 ];
5881             species4.setRooted( true );
5882             gene4.setRooted( true );
5883             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5884             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             final Phylogeny species5 = factory
5903                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5904                              new NHXParser() )[ 0 ];
5905             final Phylogeny gene5 = factory
5906                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5907                              new NHXParser() )[ 0 ];
5908             species5.setRooted( true );
5909             gene5.setRooted( true );
5910             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5911             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5930             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5931             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5932             final Phylogeny species6 = factory
5933                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5934                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5935                              new NHXParser() )[ 0 ];
5936             final Phylogeny gene6 = factory
5937                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5938                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5939                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5940                              new NHXParser() )[ 0 ];
5941             species6.setRooted( true );
5942             gene6.setRooted( true );
5943             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5944             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             sdi6.computeMappingCostL();
5972             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5982                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5983                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5984                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5985                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5986             species7.setRooted( true );
5987             final Phylogeny gene7_1 = Test
5988                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5989             gene7_1.setRooted( true );
5990             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
5991             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5992                 return false;
5993             }
5994             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5995                 return false;
5996             }
5997             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5998                 return false;
5999             }
6000             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6004                 return false;
6005             }
6006             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             final Phylogeny gene7_2 = Test
6019                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6020             gene7_2.setRooted( true );
6021             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6022             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6050                 return false;
6051             }
6052         }
6053         catch ( final Exception e ) {
6054             return false;
6055         }
6056         return true;
6057     }
6058
6059     private static boolean testSDIunrooted() {
6060         try {
6061             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6062             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6063             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6064             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6065             PhylogenyBranch br = iter.next();
6066             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             br = iter.next();
6073             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             br = iter.next();
6080             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             br = iter.next();
6087             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             br = iter.next();
6094             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             br = iter.next();
6101             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             br = iter.next();
6108             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             br = iter.next();
6115             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6116                 return false;
6117             }
6118             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             br = iter.next();
6122             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             br = iter.next();
6129             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             br = iter.next();
6136             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             br = iter.next();
6143             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             br = iter.next();
6150             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             br = iter.next();
6157             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             br = iter.next();
6164             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( iter.hasNext() ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6174             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6175             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6176             br = iter1.next();
6177             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             br = iter1.next();
6184             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             br = iter1.next();
6191             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( iter1.hasNext() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6201             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6202             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6203             br = iter2.next();
6204             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             br = iter2.next();
6211             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6212                 return false;
6213             }
6214             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             br = iter2.next();
6218             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( iter2.hasNext() ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             final Phylogeny species0 = factory
6228                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6229                              new NHXParser() )[ 0 ];
6230             final Phylogeny gene1 = factory
6231                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6232                              new NHXParser() )[ 0 ];
6233             species0.setRooted( true );
6234             gene1.setRooted( true );
6235             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6236             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6237             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             final Phylogeny gene2 = factory
6253                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6254                              new NHXParser() )[ 0 ];
6255             gene2.setRooted( true );
6256             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6257             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             final Phylogeny species6 = factory
6273                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6274                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6275                              new NHXParser() )[ 0 ];
6276             final Phylogeny gene6 = factory
6277                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6278                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6279                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6280                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6281                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6282                              new NHXParser() )[ 0 ];
6283             species6.setRooted( true );
6284             gene6.setRooted( true );
6285             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6286             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             p6 = null;
6326             final Phylogeny species7 = factory
6327                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6328                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6329                              new NHXParser() )[ 0 ];
6330             final Phylogeny gene7 = factory
6331                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6332                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6333                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6334                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6335                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6336                              new NHXParser() )[ 0 ];
6337             species7.setRooted( true );
6338             gene7.setRooted( true );
6339             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6340             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             p7 = null;
6380             final Phylogeny species8 = factory
6381                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6382                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6383                              new NHXParser() )[ 0 ];
6384             final Phylogeny gene8 = factory
6385                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6386                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6387                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6388                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6389                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6390                              new NHXParser() )[ 0 ];
6391             species8.setRooted( true );
6392             gene8.setRooted( true );
6393             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6394             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             p8 = null;
6434         }
6435         catch ( final Exception e ) {
6436             e.printStackTrace( System.out );
6437             return false;
6438         }
6439         return true;
6440     }
6441
6442     private static boolean testSplit() {
6443         try {
6444             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6445             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6446             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6447             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6448             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6449             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6450             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6451             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6452             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6453             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6454             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6455             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6456             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6457             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6458             // System.out.println( s0.toString() );
6459             //
6460             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6461             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6462             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6463             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6469             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6470             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6474             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             //
6478             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6482             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             //
6486             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6491             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             //
6495             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6500             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             //
6504             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6508             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             //
6512             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6515             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             //
6519             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6525             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             //
6529             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6533             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             //
6537             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6542             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             //
6546             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6549             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             //
6553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6558             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             //
6562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6568             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             //
6572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6576             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             //
6580             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6583             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             //
6587             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6590             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             //
6594             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6597             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             //
6601             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6602             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6604             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             //
6608             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6609             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6610             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6611             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             //
6615             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6618             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             //
6622             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             //
6630             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6634             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             //
6638             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6642             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             //
6646             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6651             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             /////////
6655             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6656             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6657             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6658             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6659             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6660             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6661             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6662             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6663             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6664             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6665             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6666             //                return false;
6667             //            }
6668             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6671             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6672             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6673             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6674             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6675             //                return false;
6676             //            }
6677             //            //
6678             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6681             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6682             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6683             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6684             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6685             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6686             //                return false;
6687             //            }
6688             //            //
6689             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6690             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6691             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6692             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6693             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6694             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6695             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6696             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6697             //                return false;
6698             //            }
6699             //            //
6700             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6701             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6702             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6703             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6704             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6705             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6706             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6707             //                return false;
6708             //            }
6709             //            //
6710             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6711             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6712             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6713             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6714             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6715             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6716             //                return false;
6717             //            }
6718             //
6719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6724             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6733             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             ///////////////////////////
6737             //
6738             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6743             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             //
6747             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6752             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             //
6756             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6761             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             //
6765             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             //
6774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6779             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             //
6783             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6787             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             //
6791             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             //
6801             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             //
6811             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6817             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             //
6821             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6828             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831         }
6832         catch ( final Exception e ) {
6833             e.printStackTrace();
6834             return false;
6835         }
6836         return true;
6837     }
6838
6839     private static boolean testSplitStrict() {
6840         try {
6841             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6842             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6843             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6844             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6845             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6846             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6847             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6848             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6849             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6850             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6851             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6852             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6853             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6854             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6855             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6859             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6860             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6861             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6862             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6865             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6866             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             //
6870             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6871             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6874             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             //
6878             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6879             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6880             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6883             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6884                 return false;
6885             }
6886             //
6887             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6888             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6892             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             //
6896             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6898             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6899             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6900             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             //
6904             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6907             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             //
6911             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6917             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             //
6921             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6925             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             //
6929             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6934             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             //
6945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6950             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6968             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             //
6972             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6975             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             //
6979             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6982             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             //
6986             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6989             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             //
6993             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6996             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             //
7000             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7003             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             //
7007             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7010             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             //
7014             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             //
7022             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7026             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             //
7030             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7034             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             //
7038             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7043             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046         }
7047         catch ( final Exception e ) {
7048             e.printStackTrace();
7049             return false;
7050         }
7051         return true;
7052     }
7053
7054     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7055         try {
7056             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7057             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7058             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7059             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             t1.toNewHampshireX();
7063             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7064             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             t1.toNewHampshireX();
7068             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7069             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             t1.toNewHampshireX();
7073             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7074             t1.toNewHampshireX();
7075             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7079             t1.toNewHampshireX();
7080             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7084             t1.toNewHampshireX();
7085             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7089             t1.toNewHampshireX();
7090             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7094             t1.toNewHampshireX();
7095             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7099             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( !t1.isEmpty() ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7106             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7107             t2.toNewHampshireX();
7108             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7112             t2.toNewHampshireX();
7113             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7117             t2.toNewHampshireX();
7118             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7119                 return false;
7120             }
7121         }
7122         catch ( final Exception e ) {
7123             e.printStackTrace( System.out );
7124             return false;
7125         }
7126         return true;
7127     }
7128
7129     private static boolean testSupportCount() {
7130         try {
7131             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7132             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7133             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7134                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7135                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7136                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7137                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7138                                                               new NHXParser() );
7139             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7140             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7141             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7142                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7143                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7144                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7145                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7146                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7147                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7148                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7149                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7150                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7151                                                               new NHXParser() );
7152             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7153             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7154             while ( it.hasNext() ) {
7155                 final PhylogenyNode n = it.next();
7156                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7157                     return false;
7158                 }
7159             }
7160             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7161             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7162                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7163             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7164             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7165             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7196             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7197                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7198             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7199             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7200             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7201                 return false;
7202             }
7203             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7231             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7232             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7233             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7237             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7238             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7239             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7243             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7244             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7245             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7249             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7250             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7251             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7252                 return false;
7253             }
7254         }
7255         catch ( final Exception e ) {
7256             e.printStackTrace( System.out );
7257             return false;
7258         }
7259         return true;
7260     }
7261
7262     private static boolean testSupportTransfer() {
7263         try {
7264             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7265             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7266                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7267             final Phylogeny p2 = factory
7268                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7269             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7276             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7277             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7278                 return false;
7279             }
7280             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7284                 return false;
7285             }
7286             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301         }
7302         catch ( final Exception e ) {
7303             e.printStackTrace( System.out );
7304             return false;
7305         }
7306         return true;
7307     }
7308
7309     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7310         try {
7311             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7312             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7313             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7314             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7315             s0.setRooted( true );
7316             g0.setRooted( true );
7317             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7318             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7319                 return false;
7320             }
7321             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7322                 return false;
7323             }
7324             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7328             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7329             g0.setRooted( true );
7330             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7331             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7341             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7342             g0.setRooted( true );
7343             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7344             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7354             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7355             g0.setRooted( true );
7356             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7357             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7367             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7368             g0.setRooted( true );
7369             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7370             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7380             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7381             g0.setRooted( true );
7382             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7383             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7393             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7394             g0.setRooted( true );
7395             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7396             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7406                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7407                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7408                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7409             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7410             s0.setRooted( true );
7411             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7412                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7413                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7414                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7415             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7416             g0.setRooted( true );
7417             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7418             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7434                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7435                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7436                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7437             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7438             g0.setRooted( true );
7439             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7440             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7456                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7457                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7458                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7459             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7460             g0.setRooted( true );
7461             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7462             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7478                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7479                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7480                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7481             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7482             g0.setRooted( true );
7483             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7484             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7500             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7501             g0.setRooted( true );
7502             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7503             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7513             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7514             g0.setRooted( true );
7515             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7516             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7526                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7527                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7528                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7529             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7530             g0.setRooted( true );
7531             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7532             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7554                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7555                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7556                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7557             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7558             g0.setRooted( true );
7559             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7560             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7582                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7583                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7584                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7585             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7586             g0.setRooted( true );
7587             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7588             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7610                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7611                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7612                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7613             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7614             g0.setRooted( true );
7615             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7616             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7638                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7639                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7640                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7641             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7642             s0.setRooted( true );
7643             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7644                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7645                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7646                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7647             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7648             g0.setRooted( true );
7649             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7650             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7654                 return false;
7655             }
7656         }
7657         catch ( final Exception e ) {
7658             e.printStackTrace( System.out );
7659             return false;
7660         }
7661         return true;
7662     }
7663
7664     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7665         try {
7666             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7667                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7668             if ( results.size() != 1 ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             results = null;
7687             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7688             if ( results.size() != 1 ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             results = null;
7707             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7708             if ( results.size() != 1 ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             results = null;
7727             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7728             if ( results.size() != 1 ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755         }
7756         catch ( final IOException e ) {
7757             System.out.println();
7758             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7759             e.printStackTrace( System.out );
7760             return true;
7761         }
7762         catch ( final Exception e ) {
7763             return false;
7764         }
7765         return true;
7766     }
7767
7768     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7769         //The format for GenBank Accession numbers are:
7770         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7771         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7772         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7773         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7774             return false;
7775         }
7776         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7777             return false;
7778         }
7779         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7780             return false;
7781         }
7782         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7783             return false;
7784         }
7785         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7786             return false;
7787         }
7788         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7789             return false;
7790         }
7791         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7792             return false;
7793         }
7794         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7795             return false;
7796         }
7797         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7798             return false;
7799         }
7800         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7801             return false;
7802         }
7803         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7804             return false;
7805         }
7806         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7807             return false;
7808         }
7809         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7810             return false;
7811         }
7812         return true;
7813     }
7814
7815     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7816         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7817             return false;
7818         }
7819         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7820             return false;
7821         }
7822         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7823             return false;
7824         }
7825         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7826             return false;
7827         }
7828         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7829             return false;
7830         }
7831         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7832             return false;
7833         }
7834         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7835             return false;
7836         }
7837         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7838             return false;
7839         }
7840         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7841             return false;
7842         }
7843         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7844             return false;
7845         }
7846         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7847             return false;
7848         }
7849         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7850             return false;
7851         }
7852         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7853             return false;
7854         }
7855         try {
7856             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7857             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7861                 return false;
7862             }
7863             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7870                 return false;
7871             }
7872         }
7873         catch ( final IOException e ) {
7874             System.out.println();
7875             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7876             e.printStackTrace( System.out );
7877             return true;
7878         }
7879         catch ( final Exception e ) {
7880             return false;
7881         }
7882         return true;
7883     }
7884
7885     private static boolean testWabiTxSearch() {
7886         try {
7887             String result = "";
7888             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7889             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7890             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7894             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7898             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7902             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7906             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7910             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7914             queries.add( "Campylobacter coli" );
7915             queries.add( "Escherichia coli" );
7916             queries.add( "Arabidopsis" );
7917             queries.add( "Trichoplax" );
7918             queries.add( "Samanea saman" );
7919             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7920             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7921             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7922             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7923             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7924             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7925             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7926             ranks.add( RANKS.GENUS );
7927             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7928             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7929             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7930             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7931         }
7932         catch ( final Exception e ) {
7933             System.out.println();
7934             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7935             e.printStackTrace( System.out );
7936             return false;
7937         }
7938         return true;
7939     }
7940
7941     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7942         try {
7943             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7944             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7951                 return false;
7952             }
7953             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7957             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7961             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7965             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968         }
7969         catch ( final Exception e ) {
7970             e.printStackTrace();
7971             return false;
7972         }
7973         return true;
7974     }
7975
7976     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7977         try {
7978             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7979             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7983                 return false;
7984             }
7985             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7986             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7990                 return false;
7991             }
7992         }
7993         catch ( final Exception e ) {
7994             e.printStackTrace();
7995             return false;
7996         }
7997         return true;
7998     }
7999
8000     private static boolean testFastaParser() {
8001         try {
8002             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8006                 return false;
8007             }
8008             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8009             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027         }
8028         catch ( final Exception e ) {
8029             e.printStackTrace();
8030             return false;
8031         }
8032         return true;
8033     }
8034
8035     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8036         try {
8037             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8038             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8039             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8040             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8041             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8042             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8043             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8044             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8045             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8046             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8056             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8063                 return false;
8064             }
8065             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8066             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075         }
8076         catch ( final Exception e ) {
8077             e.printStackTrace();
8078             return false;
8079         }
8080         return true;
8081     }
8082
8083     private static boolean testMafft() {
8084         try {
8085             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8086             opts.add( "--maxiterate" );
8087             opts.add( "1000" );
8088             opts.add( "--localpair" );
8089             opts.add( "--quiet" );
8090             Msa msa = null;
8091             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8092             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8093             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8094                 return false;
8095             }
8096         }
8097         catch ( final Exception e ) {
8098             e.printStackTrace( System.out );
8099             return false;
8100         }
8101         return true;
8102     }
8103 }