forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39 import java.util.SortedSet;
  40
  41 import org.forester.application.support_transfer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  43 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  44 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  47 import org.forester.go.TestGo;
  48 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  57 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  58 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  59 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  60 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  61 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  62 import org.forester.msa.BasicMsa;
  63 import org.forester.msa.Mafft;
  64 import org.forester.msa.Msa;
  65 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  66 import org.forester.msa.MsaMethods;
  67 import org.forester.pccx.TestPccx;
  68 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  79 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  82 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  88 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  90 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  93 import org.forester.protein.BasicDomain;
  94 import org.forester.protein.BasicProtein;
  95 import org.forester.protein.Domain;
  96 import org.forester.protein.Protein;
  97 import org.forester.protein.ProteinId;
  98 import org.forester.rio.TestRIO;
  99 import org.forester.sdi.SDI;
 100 import org.forester.sdi.SDIR;
 101 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 102 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 103 import org.forester.sequence.Sequence;
 104 import org.forester.species.BasicSpecies;
 105 import org.forester.species.Species;
 106 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 107 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 108 import org.forester.tools.SupportCount;
 109 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 110 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 111 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 112 import org.forester.util.BasicTable;
 113 import org.forester.util.BasicTableParser;
 114 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 115 import org.forester.util.ForesterConstants;
 116 import org.forester.util.ForesterUtil;
 117 import org.forester.util.GeneralTable;
 118 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 119 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 122 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 126
 127 @SuppressWarnings( "unused")
 128 public final class Test {
 129
 130     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 131     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 132     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 139     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 142     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 145
 146     public static boolean testOverlapRemoval() {
 147         try {
 148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 149             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 154             covered.add( true ); // 0
 155             covered.add( false ); // 1
 156             covered.add( true ); // 2
 157             covered.add( false ); // 3
 158             covered.add( true ); // 4
 159             covered.add( true ); // 5
 160             covered.add( false ); // 6
 161             covered.add( true ); // 7
 162             covered.add( true ); // 8
 163             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 179             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 180             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 181             ab.addProteinDomain( a );
 182             ab.addProteinDomain( b );
 183             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 184             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 194             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 201             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 202                                               ( short ) 10000,
 203                                               ( short ) 10500,
 204                                               ( short ) 1,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               0.0000001,
 207                                               1 );
 208             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 209             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 210             cde.addProteinDomain( c );
 211             cde.addProteinDomain( d );
 212             cde.addProteinDomain( e );
 213             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 214             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 221             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 222             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 223             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 224             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 225             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 226             fghi.addProteinDomain( f );
 227             fghi.addProteinDomain( g );
 228             fghi.addProteinDomain( h );
 229             fghi.addProteinDomain( i );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i2 );
 233             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 234             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 244             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 251             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 252             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 253             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 254             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 257             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 258             jklm.addProteinDomain( j );
 259             jklm.addProteinDomain( k );
 260             jklm.addProteinDomain( l );
 261             jklm.addProteinDomain( m );
 262             jklm.addProteinDomain( m0 );
 263             jklm.addProteinDomain( m1 );
 264             jklm.addProteinDomain( m2 );
 265             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 266             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 276             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 283             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 284             od.addProteinDomain( only );
 285             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 286             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 290                 return false;
 291             }
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             e.printStackTrace( System.out );
 295             return false;
 296         }
 297         return true;
 298     }
 299
 300     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 301         try {
 302             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 303             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 310             covered.add( true ); // 0
 311             covered.add( false ); // 1
 312             covered.add( true ); // 2
 313             covered.add( false ); // 3
 314             covered.add( true ); // 4
 315             covered.add( true ); // 5
 316             covered.add( false ); // 6
 317             covered.add( true ); // 7
 318             covered.add( true ); // 8
 319             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 341             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 342             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 343             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 344             abc.addProteinDomain( a );
 345             abc.addProteinDomain( b );
 346             abc.addProteinDomain( c );
 347             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 348             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 349             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 365             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 366             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 367             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 368             def.addProteinDomain( d );
 369             def.addProteinDomain( e );
 370             def.addProteinDomain( f );
 371             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 372             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 373             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 389                 return false;
 390             }
 391         }
 392         catch ( final Exception e ) {
 393             e.printStackTrace( System.out );
 394             return false;
 395         }
 396         return true;
 397     }
 398
 399     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 400         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 401     }
 402
 403     public static void main( final String[] args ) {
 404         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 405         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 406                 + "]" );
 407         Locale.setDefault( Locale.US );
 408         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 409         int failed = 0;
 410         int succeeded = 0;
 411         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 412         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 413             System.out.println( "OK.]" );
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 417             System.out.println( "Testing aborted." );
 418             System.exit( -1 );
 419         }
 420         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 421         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 422             System.out.println( "OK.]" );
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 426             System.out.println( "Testing aborted." );
 427             System.exit( -1 );
 428         }
 429         final long start_time = new Date().getTime();
 430         System.out.print( "Basic node methods: " );
 431         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Protein id: " );
 440         if ( !testProteinId() ) {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         else {
 445             succeeded++;
 446         }
 447         System.out.println( "OK." );
 448         System.out.print( "Species: " );
 449         if ( !testSpecies() ) {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         else {
 454             succeeded++;
 455         }
 456         System.out.println( "OK." );
 457         System.out.print( "Basic domain: " );
 458         if ( !testBasicDomain() ) {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         else {
 463             succeeded++;
 464         }
 465         System.out.println( "OK." );
 466         System.out.print( "Basic protein: " );
 467         if ( !testBasicProtein() ) {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         else {
 472             succeeded++;
 473         }
 474         System.out.println( "OK." );
 475         System.out.print( "Sequence writer: " );
 476         if ( testSequenceWriter() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 485         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 494             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 495             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 496                 System.out.println( "OK." );
 497                 succeeded++;
 498             }
 499             else {
 500                 System.out.println( "failed." );
 501                 failed++;
 502             }
 503         }
 504         ///////////////////////////////////////// System.exit( 0 );
 505         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 506         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 515         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 524             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 525             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 526                 System.out.println( "OK." );
 527                 succeeded++;
 528             }
 529             else {
 530                 System.out.println( "failed." );
 531                 failed++;
 532                 System.exit( -1 );
 533             }
 534         }
 535         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 536         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         //
 545         System.out.print( "Overlap removal: " );
 546         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         else {
 551             succeeded++;
 552         }
 553         System.out.println( "OK." );
 554         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 555         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         else {
 560             succeeded++;
 561         }
 562         System.out.println( "OK." );
 563         //
 564         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 565         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "SN extraction: " );
 574         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 583         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 592         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 601         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 610         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "NH parsing: " );
 619         if ( Test.testNHParsing() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 628         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "NHX parsing: " );
 637         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 646         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 655         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 664         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 673         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 682         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 691         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 700         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 709         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 718         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 727         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 736         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 745         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Copying of node data: " );
 754         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762         System.out.print( "Tree copy: " );
 763         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 764             System.out.println( "OK." );
 765             succeeded++;
 766         }
 767         else {
 768             System.out.println( "failed." );
 769             failed++;
 770         }
 771         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 772         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 773             System.out.println( "OK." );
 774             succeeded++;
 775         }
 776         else {
 777             System.out.println( "failed." );
 778             failed++;
 779         }
 780         System.out.print( "Tree methods: " );
 781         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 782             System.out.println( "OK." );
 783             succeeded++;
 784         }
 785         else {
 786             System.out.println( "failed." );
 787             failed++;
 788         }
 789         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 790         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 791             System.out.println( "OK." );
 792             succeeded++;
 793         }
 794         else {
 795             System.out.println( "failed." );
 796             failed++;
 797         }
 798         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 799         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 800             System.out.println( "OK." );
 801             succeeded++;
 802         }
 803         else {
 804             System.out.println( "failed." );
 805             failed++;
 806         }
 807         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 808         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 809             System.out.println( "OK." );
 810             succeeded++;
 811         }
 812         else {
 813             System.out.println( "failed." );
 814             failed++;
 815         }
 816         System.out.print( "Re-id methods: " );
 817         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 818             System.out.println( "OK." );
 819             succeeded++;
 820         }
 821         else {
 822             System.out.println( "failed." );
 823             failed++;
 824         }
 825         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 826         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 827             System.out.println( "OK." );
 828             succeeded++;
 829         }
 830         else {
 831             System.out.println( "failed." );
 832             failed++;
 833         }
 834         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 835         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 836             System.out.println( "OK." );
 837             succeeded++;
 838         }
 839         else {
 840             System.out.println( "failed." );
 841             failed++;
 842         }
 843         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 844         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 845             System.out.println( "OK." );
 846             succeeded++;
 847         }
 848         else {
 849             System.out.println( "failed." );
 850             failed++;
 851         }
 852         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 853         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 854             System.out.println( "OK." );
 855             succeeded++;
 856         }
 857         else {
 858             System.out.println( "failed." );
 859             failed++;
 860         }
 861         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 862         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 863             System.out.println( "OK." );
 864             succeeded++;
 865         }
 866         else {
 867             System.out.println( "failed." );
 868             failed++;
 869         }
 870         System.out.print( "Rerooting: " );
 871         if ( Test.testRerooting() ) {
 872             System.out.println( "OK." );
 873             succeeded++;
 874         }
 875         else {
 876             System.out.println( "failed." );
 877             failed++;
 878         }
 879         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 880         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 881             System.out.println( "OK." );
 882             succeeded++;
 883         }
 884         else {
 885             System.out.println( "failed." );
 886             failed++;
 887         }
 888         System.out.print( "Node removal: " );
 889         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 890             System.out.println( "OK." );
 891             succeeded++;
 892         }
 893         else {
 894             System.out.println( "failed." );
 895             failed++;
 896         }
 897         System.out.print( "Support count: " );
 898         if ( Test.testSupportCount() ) {
 899             System.out.println( "OK." );
 900             succeeded++;
 901         }
 902         else {
 903             System.out.println( "failed." );
 904             failed++;
 905         }
 906         System.out.print( "Support transfer: " );
 907         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 908             System.out.println( "OK." );
 909             succeeded++;
 910         }
 911         else {
 912             System.out.println( "failed." );
 913             failed++;
 914         }
 915         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 916         if ( Test.testGetLCA() ) {
 917             System.out.println( "OK." );
 918             succeeded++;
 919         }
 920         else {
 921             System.out.println( "failed." );
 922             failed++;
 923         }
 924         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 925         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 926             System.out.println( "OK." );
 927             succeeded++;
 928         }
 929         else {
 930             System.out.println( "failed." );
 931             failed++;
 932         }
 933         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 934         if ( Test.testGetDistance() ) {
 935             System.out.println( "OK." );
 936             succeeded++;
 937         }
 938         else {
 939             System.out.println( "failed." );
 940             failed++;
 941         }
 942         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 943         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 944             System.out.println( "OK." );
 945             succeeded++;
 946         }
 947         else {
 948             System.out.println( "failed." );
 949             failed++;
 950         }
 951         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 952         if ( Test.testDataObjects() ) {
 953             System.out.println( "OK." );
 954             succeeded++;
 955         }
 956         else {
 957             System.out.println( "failed." );
 958             failed++;
 959         }
 960         System.out.print( "Properties map: " );
 961         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 962             System.out.println( "OK." );
 963             succeeded++;
 964         }
 965         else {
 966             System.out.println( "failed." );
 967             failed++;
 968         }
 969         System.out.print( "SDIse: " );
 970         if ( Test.testSDIse() ) {
 971             System.out.println( "OK." );
 972             succeeded++;
 973         }
 974         else {
 975             System.out.println( "failed." );
 976             failed++;
 977         }
 978         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 979         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 980             System.out.println( "OK." );
 981             succeeded++;
 982         }
 983         else {
 984             System.out.println( "failed." );
 985             failed++;
 986         }
 987         System.out.print( "GSDI: " );
 988         if ( TestGSDI.test() ) {
 989             System.out.println( "OK." );
 990             succeeded++;
 991         }
 992         else {
 993             System.out.println( "failed." );
 994             failed++;
 995         }
 996         System.out.print( "RIO: " );
 997         if ( TestRIO.test() ) {
 998             System.out.println( "OK." );
 999             succeeded++;
1000         }
1001         else {
1002             System.out.println( "failed." );
1003             failed++;
1004         }
1005         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1006         System.out.println();
1007         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1008             System.out.println( "OK." );
1009             succeeded++;
1010         }
1011         else {
1012             System.out.println( "failed." );
1013             failed++;
1014         }
1015         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1016         System.out.println();
1017         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1018             System.out.println( "OK." );
1019             succeeded++;
1020         }
1021         else {
1022             System.out.println( "failed." );
1023             failed++;
1024         }
1025         System.out.print( "GO: " );
1026         System.out.println();
1027         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1028             System.out.println( "OK." );
1029             succeeded++;
1030         }
1031         else {
1032             System.out.println( "failed." );
1033             failed++;
1034         }
1035         System.out.print( "Modeling tools: " );
1036         if ( TestPccx.test() ) {
1037             System.out.println( "OK." );
1038             succeeded++;
1039         }
1040         else {
1041             System.out.println( "failed." );
1042             failed++;
1043         }
1044         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1045         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1046             System.out.println( "OK." );
1047             succeeded++;
1048         }
1049         else {
1050             System.out.println( "failed." );
1051             failed++;
1052         }
1053         System.out.print( "Split Matrix: " );
1054         if ( Test.testSplit() ) {
1055             System.out.println( "OK." );
1056             succeeded++;
1057         }
1058         else {
1059             System.out.println( "failed." );
1060             failed++;
1061         }
1062         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1063         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1064             System.out.println( "OK." );
1065             succeeded++;
1066         }
1067         else {
1068             System.out.println( "failed." );
1069             failed++;
1070         }
1071         System.out.print( "Basic table: " );
1072         if ( Test.testBasicTable() ) {
1073             System.out.println( "OK." );
1074             succeeded++;
1075         }
1076         else {
1077             System.out.println( "failed." );
1078             failed++;
1079         }
1080         System.out.print( "General table: " );
1081         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1082             System.out.println( "OK." );
1083             succeeded++;
1084         }
1085         else {
1086             System.out.println( "failed." );
1087             failed++;
1088         }
1089         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1090         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1091             System.out.println( "OK." );
1092             succeeded++;
1093         }
1094         else {
1095             System.out.println( "failed." );
1096             failed++;
1097         }
1098         System.out.print( "General MSA parser: " );
1099         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1100             System.out.println( "OK." );
1101             succeeded++;
1102         }
1103         else {
1104             System.out.println( "failed." );
1105             failed++;
1106         }
1107         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1108         if ( Test.testFastaParser() ) {
1109             System.out.println( "OK." );
1110             succeeded++;
1111         }
1112         else {
1113             System.out.println( "failed." );
1114             failed++;
1115         }
1116         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1117         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1118             System.out.println( "OK." );
1119             succeeded++;
1120         }
1121         else {
1122             System.out.println( "failed." );
1123             failed++;
1124         }
1125         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1126         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1127             System.out.println( "OK." );
1128             succeeded++;
1129         }
1130         else {
1131             System.out.println( "failed." );
1132             failed++;
1133         }
1134         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1135             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1136             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1137                 System.out.println( "OK." );
1138                 succeeded++;
1139             }
1140             else {
1141                 System.out.println( "failed." );
1142                 failed++;
1143             }
1144         }
1145         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1146             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1147             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1148                 System.out.println( "OK." );
1149                 succeeded++;
1150             }
1151             else {
1152                 System.out.println( "failed." );
1153                 failed++;
1154             }
1155         }
1156         //----
1157         String path = "";
1158         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1159         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1160             path = "/usr/local/bin/mafft";
1161         }
1162         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1163             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1164         }
1165         else {
1166             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1167         }
1168         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1169             path = "mafft";
1170         }
1171         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1172             path = "/usr/local/bin/mafft";
1173         }
1174         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1175             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1176             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1177                 System.out.println( "OK." );
1178                 succeeded++;
1179             }
1180             else {
1181                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1182             }
1183         }
1184         //----
1185         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1186         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1187             System.out.println( "OK." );
1188             succeeded++;
1189         }
1190         else {
1191             System.out.println( "failed." );
1192             failed++;
1193         }
1194         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1195         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1196             System.out.println( "OK." );
1197             succeeded++;
1198         }
1199         else {
1200             System.out.println( "failed." );
1201             failed++;
1202         }
1203         System.out.println();
1204         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1205         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1206         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1207         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1208                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1209         System.out.println();
1210         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1211         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1212         System.out.println();
1213         if ( failed < 1 ) {
1214             System.out.println( "OK." );
1215         }
1216         else {
1217             System.out.println( "Not OK." );
1218         }
1219     }
1220
1221     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1222         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1223         return p;
1224     }
1225
1226     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1227         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1228     }
1229
1230     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1231         try {
1232             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1233             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1246             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1250             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1254             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257         }
1258         catch ( final Exception e ) {
1259             e.printStackTrace();
1260             return false;
1261         }
1262         return true;
1263     }
1264
1265     private static boolean testBasicDomain() {
1266         try {
1267             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1268             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1281             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1282             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1283             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1284             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1285             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315         }
1316         catch ( final Exception e ) {
1317             e.printStackTrace( System.out );
1318             return false;
1319         }
1320         return true;
1321     }
1322
1323     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1324         try {
1325             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1329             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1330                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1331             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1332                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1333             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1334                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1335             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !n3.isExternal() ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( !n3.isRoot() ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356         }
1357         catch ( final Exception e ) {
1358             e.printStackTrace( System.out );
1359             return false;
1360         }
1361         return true;
1362     }
1363
1364     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1365         try {
1366             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1367             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1368             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1369                                                               xml_parser );
1370             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1371                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1378             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1379             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1380             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1381             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t1.isRooted() ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( t1.isRerootable() ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1415                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1419                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1447                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1451                 return false;
1452             }
1453             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1460                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1464                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1468                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1469                 return false;
1470             }
1471             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1472                     .equals( "experimental" ) ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1476                     .equals( "function" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1480                     .getValue() != 1 ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1484                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1488                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1492                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1496                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1497                 return false;
1498             }
1499             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1500                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1504                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1508                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1512                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1516                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1520                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1527                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1534             if ( x.size() != 4 ) {
1535                 return false;
1536             }
1537             int c = 0;
1538             for( final Accession acc : x ) {
1539                 if ( c == 0 ) {
1540                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1541                         return false;
1542                     }
1543                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1544                         return false;
1545                     }
1546                 }
1547                 c++;
1548             }
1549         }
1550         catch ( final Exception e ) {
1551             e.printStackTrace( System.out );
1552             return false;
1553         }
1554         return true;
1555     }
1556
1557     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1558         try {
1559             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1560             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1561             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1562                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1563             }
1564             else {
1565                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1566             }
1567             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1568                                                               xml_parser );
1569             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1570                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1577             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1578             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1582             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1595             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1596             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1597             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1604                 return false;
1605             }
1606             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1610                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1614                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1618             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1619             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1620             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1621             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1625             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1641                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1651                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1655                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1659                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1663                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1667                     .equals( "experimental" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1671                     .equals( "function" ) ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1675                     .getValue() != 1 ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1679                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1683                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1687                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1691                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1695                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1699                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1703                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1707                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1711                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1715                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1722                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1732                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1748                     .equals( "ncbi" ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1755                     .getName().equals( "B" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1759                     .getFrom() != 21 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1766                     .getLength() != 24 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1770                     .getConfidence() != 2144 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1774                     .equals( "pfam" ) ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1790             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1827                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             //
1852             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1856                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1863                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1873                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1877                     .getCrossReferences();
1878             if ( x.size() != 4 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             int c = 0;
1882             for( final Accession acc : x ) {
1883                 if ( c == 0 ) {
1884                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1885                         return false;
1886                     }
1887                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1888                         return false;
1889                     }
1890                 }
1891                 c++;
1892             }
1893         }
1894         catch ( final Exception e ) {
1895             e.printStackTrace( System.out );
1896             return false;
1897         }
1898         return true;
1899     }
1900
1901     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1902         try {
1903             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1904             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1905             try {
1906                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1907             }
1908             catch ( final Exception e ) {
1909                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1910             }
1911             if ( xml_parser == null ) {
1912                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1913                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1914                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1915                 }
1916                 else {
1917                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1918                 }
1919             }
1920             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1921                                                               xml_parser );
1922             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1923                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1924                 return false;
1925             }
1926             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1930             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1931             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1932             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1933             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1955             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1956             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1957                 System.out.println( "errors:" );
1958                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1959                 return false;
1960             }
1961             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1965                                                               xml_parser );
1966             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1967                 System.out.println( "errors:" );
1968                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1978                                                               xml_parser );
1979             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1980                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1987             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2000                                                               xml_parser );
2001             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2002                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2003                 return false;
2004             }
2005             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2009             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             s.getNode( "first" );
2013             s.getNode( "<>" );
2014             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2015             s.getNode( "'''\"" );
2016             s.getNode( "\"\"\"" );
2017             s.getNode( "dick & doof" );
2018         }
2019         catch ( final Exception e ) {
2020             e.printStackTrace( System.out );
2021             return false;
2022         }
2023         return true;
2024     }
2025
2026     private static boolean testBasicProtein() {
2027         try {
2028             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2029             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2030             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2031             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2032             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2033             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2034             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2035             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2036             p0.addProteinDomain( y );
2037             p0.addProteinDomain( e );
2038             p0.addProteinDomain( b );
2039             p0.addProteinDomain( c );
2040             p0.addProteinDomain( d );
2041             p0.addProteinDomain( a );
2042             p0.addProteinDomain( x );
2043             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2044                 return false;
2045             }
2046             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             //
2050             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2051             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2052             aa0.addProteinDomain( a1 );
2053             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             //
2060             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2061             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2062             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2063             aa1.addProteinDomain( a11 );
2064             aa1.addProteinDomain( a12 );
2065             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2072             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2082             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2095             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2108             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             //
2121             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2122             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2123             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2124             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2125             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2126             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2127             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2128             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2129             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2130             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2131             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2134             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2135             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2136             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2137             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2138             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2139             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2140             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2141             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2142             p00.addProteinDomain( y0 );
2143             p00.addProteinDomain( e0 );
2144             p00.addProteinDomain( b0 );
2145             p00.addProteinDomain( c0 );
2146             p00.addProteinDomain( d0 );
2147             p00.addProteinDomain( a0 );
2148             p00.addProteinDomain( x0 );
2149             p00.addProteinDomain( y1 );
2150             p00.addProteinDomain( y2 );
2151             p00.addProteinDomain( y3 );
2152             p00.addProteinDomain( e1 );
2153             p00.addProteinDomain( e2 );
2154             p00.addProteinDomain( e3 );
2155             p00.addProteinDomain( e4 );
2156             p00.addProteinDomain( e5 );
2157             p00.addProteinDomain( z0 );
2158             p00.addProteinDomain( z1 );
2159             p00.addProteinDomain( z2 );
2160             p00.addProteinDomain( zz0 );
2161             p00.addProteinDomain( zz1 );
2162             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2178             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2179             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2180             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2181             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2182             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2183             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2184             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2185             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2186             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2187             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2188             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2189             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2190             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2191             p.addProteinDomain( B15 );
2192             p.addProteinDomain( C50 );
2193             p.addProteinDomain( A60 );
2194             p.addProteinDomain( A30 );
2195             p.addProteinDomain( C70 );
2196             p.addProteinDomain( B35 );
2197             p.addProteinDomain( B40 );
2198             p.addProteinDomain( A0 );
2199             p.addProteinDomain( A10 );
2200             p.addProteinDomain( A20 );
2201             p.addProteinDomain( B25 );
2202             p.addProteinDomain( D80 );
2203             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2204             domains_ids.add( "A" );
2205             domains_ids.add( "B" );
2206             domains_ids.add( "C" );
2207             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             domains_ids.add( "X" );
2214             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             domains_ids = new ArrayList<String>();
2221             domains_ids.add( "A" );
2222             domains_ids.add( "C" );
2223             domains_ids.add( "D" );
2224             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             domains_ids = new ArrayList<String>();
2231             domains_ids.add( "A" );
2232             domains_ids.add( "D" );
2233             domains_ids.add( "C" );
2234             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2235                 return false;
2236             }
2237             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             domains_ids = new ArrayList<String>();
2241             domains_ids.add( "A" );
2242             domains_ids.add( "A" );
2243             domains_ids.add( "B" );
2244             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             domains_ids = new ArrayList<String>();
2251             domains_ids.add( "A" );
2252             domains_ids.add( "A" );
2253             domains_ids.add( "A" );
2254             domains_ids.add( "B" );
2255             domains_ids.add( "B" );
2256             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             domains_ids = new ArrayList<String>();
2263             domains_ids.add( "A" );
2264             domains_ids.add( "A" );
2265             domains_ids.add( "B" );
2266             domains_ids.add( "A" );
2267             domains_ids.add( "B" );
2268             domains_ids.add( "B" );
2269             domains_ids.add( "A" );
2270             domains_ids.add( "B" );
2271             domains_ids.add( "C" );
2272             domains_ids.add( "A" );
2273             domains_ids.add( "C" );
2274             domains_ids.add( "D" );
2275             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281         }
2282         catch ( final Exception e ) {
2283             e.printStackTrace( System.out );
2284             return false;
2285         }
2286         return true;
2287     }
2288
2289     private static boolean testBasicTable() {
2290         try {
2291             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2292             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2299             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2300             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2301             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2302             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2303             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2304             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2305             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2306             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2337             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2338             source.append( "" + l );
2339             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2340             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2341             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2342             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2343             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2344             source.append( "40 41 42 43" + l );
2345             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2346             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2347             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2348             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2367             source1.append( "" + l );
2368             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2369             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2370             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2371             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2372             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2373             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2374             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2375             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2376             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2377             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2402             source2.append( "" + l );
2403             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2404             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2405             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2406             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2407             source2.append( "                     " + l );
2408             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2409             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2410             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2411             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2412             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2413                                                                         ';',
2414                                                                         false,
2415                                                                         false,
2416                                                                         "comment:",
2417                                                                         false );
2418             if ( tl.size() != 2 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2422             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2423             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441         }
2442         catch ( final Exception e ) {
2443             e.printStackTrace( System.out );
2444             return false;
2445         }
2446         return true;
2447     }
2448
2449     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2450         try {
2451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2452             final TolParser parser = new TolParser();
2453             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2454             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2455                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2456                 return false;
2457             }
2458             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2462             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             if ( !t1.isRooted() ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2481             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2482                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2483                 return false;
2484             }
2485             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2489             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             if ( !t2.isRooted() ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2511                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2515             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2516                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2517                 return false;
2518             }
2519             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2523             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2536             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2537                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2538                 return false;
2539             }
2540             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2544             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2557             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2558                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2559                 return false;
2560             }
2561             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2565             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577         }
2578         catch ( final Exception e ) {
2579             e.printStackTrace( System.out );
2580             return false;
2581         }
2582         return true;
2583     }
2584
2585     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2586         try {
2587             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2588             final Phylogeny t1 = factory.create();
2589             if ( !t1.isEmpty() ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2593             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             if ( t2.isEmpty() ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2606             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2616             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2617             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2627             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2628             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2635             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2636             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2640             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2641             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2645             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2646             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2653             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2654             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2658             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2659             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662         }
2663         catch ( final Exception e ) {
2664             e.printStackTrace( System.out );
2665             return false;
2666         }
2667         return true;
2668     }
2669
2670     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2671         try {
2672             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2673             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2674             final Phylogeny[] ev0 = factory
2675                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2676                              new NHXParser() );
2677             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2678             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2685             final Phylogeny[] ev1 = factory
2686                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2687                              new NHXParser() );
2688             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2689             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2696             final Phylogeny[] ev_b = factory
2697                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2698                              new NHXParser() );
2699             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2700             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             //
2707             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2708             final Phylogeny[] ev1x = factory
2709                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2710                              new NHXParser() );
2711             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2712             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2719             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2720                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2721                              new NHXParser() );
2722             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2723             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             //
2730             final Phylogeny[] t2 = factory
2731                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2732                              new NHXParser() );
2733             final Phylogeny[] ev2 = factory
2734                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2735                              new NHXParser() );
2736             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2737                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2738             }
2739             //
2740             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2741                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2742             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2743             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2744             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2751                 return false;
2752             }
2753         }
2754         catch ( final Exception e ) {
2755             e.printStackTrace();
2756             return false;
2757         }
2758         return true;
2759     }
2760
2761     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2762         try {
2763             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2764                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2765             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2766             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2767                 return false;
2768             }
2769         }
2770         catch ( final Exception e ) {
2771             e.printStackTrace();
2772             return false;
2773         }
2774         return true;
2775     }
2776
2777     private static boolean testTreeCopy() {
2778         try {
2779             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])";
2780             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2781             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2782             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2789             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2790             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2791             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "(b,d)[&&NHX:S=lizards]" ) ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "b" ), true );
2798             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2799             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2800                 return false;
2801             }
2802         }
2803         catch ( final Exception e ) {
2804             e.printStackTrace();
2805             return false;
2806         }
2807         return true;
2808     }
2809
2810     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2811         try {
2812             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2813             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2820             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826         }
2827         catch ( final Exception e ) {
2828             e.printStackTrace();
2829             return false;
2830         }
2831         return true;
2832     }
2833
2834     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2835         try {
2836             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2837             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2838             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2842             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2843                 return false;
2844             }
2845             n.setName( "NP_001025424" );
2846             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             n.setName( "_NM_001030253-" );
2850             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n.setName( "XM_002122186" );
2854             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2858             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             n.setName( "AAA34956" );
2862             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2863                 return false;
2864             }
2865             n.setName( "GI:394892" );
2866             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2867                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2868                 return false;
2869             }
2870             n.setName( "gi_394892" );
2871             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2872                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2873                 return false;
2874             }
2875             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2876             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2877                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2878                 return false;
2879             }
2880             n.setName( "P12345" );
2881             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2882                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2883                 return false;
2884             }
2885             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2886             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2887                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2888                 return false;
2889             }
2890         }
2891         catch ( final Exception e ) {
2892             e.printStackTrace( System.out );
2893             return false;
2894         }
2895         return true;
2896     }
2897
2898     private static boolean testDataObjects() {
2899         try {
2900             final Confidence s0 = new Confidence();
2901             final Confidence s1 = new Confidence();
2902             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2906             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2907             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2914             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             s3.asSimpleText();
2918             s3.asText();
2919             // Taxonomy
2920             // ----------
2921             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2922             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2923             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2924             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2925             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2926             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2927             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2928             t1.setScientificName( "E. coli" );
2929             t1.setCommonName( "coli" );
2930             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2931             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2935             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2936             t2.setScientificName( "what" );
2937             t2.setCommonName( "something" );
2938             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2942             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2943                 return false;
2944             }
2945             t1.setIdentifier( null );
2946             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2947             t3.setScientificName( "what" );
2948             t3.setCommonName( "something" );
2949             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             t1.setIdentifier( null );
2953             t1.setTaxonomyCode( "" );
2954             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2955             t4.setCommonName( "something" );
2956             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2960             t4.setCommonName( "something" );
2961             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             t1.setIdentifier( null );
2965             t1.setTaxonomyCode( "" );
2966             t1.setScientificName( "" );
2967             t5.setCommonName( "COLI" );
2968             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             t5.setCommonName( "vibrio" );
2972             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975             // Identifier
2976             // ----------
2977             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2978             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2979             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             id1.asSimpleText();
2989             id1.asText();
2990             // ProteinDomain
2991             // ---------------
2992             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2993             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2994             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             pd1.asSimpleText();
3001             pd1.asText();
3002             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3003             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3004             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             pd3.asSimpleText();
3014             pd3.asText();
3015             // DomainArchitecture
3016             // ------------------
3017             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3018             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3019             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3020             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3021             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3022             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3023             domains0.add( d2 );
3024             domains0.add( d0 );
3025             domains0.add( d3 );
3026             domains0.add( d1 );
3027             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3028             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3032             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3042             domains1.add( d1 );
3043             domains1.add( d2 );
3044             domains1.add( d4 );
3045             domains1.add( d0 );
3046             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3047             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             ds1.asSimpleText();
3051             ds1.asText();
3052             ds1.toNHX();
3053             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3054             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3055                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             // Event
3062             // -----
3063             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3064             if ( e1.isDuplication() ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( !e1.isFusion() ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3077             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3084             if ( e2.isDuplication() ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3103             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3107             if ( e3.isDuplication() ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( e3.isSpeciation() ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3120             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3121             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             e3 = null;
3125             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3129             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3136             e4 = null;
3137             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3138             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             final Event e5 = new Event();
3145             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3155             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3162             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3169             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175         }
3176         catch ( final Exception e ) {
3177             e.printStackTrace( System.out );
3178             return false;
3179         }
3180         return true;
3181     }
3182
3183     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3184         try {
3185             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3186             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3187             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3188             if ( t0.isEmpty() ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3195             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             if ( !t0.isEmpty() ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3202             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3206             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3213             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3217             if ( !t1.isEmpty() ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3221             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3225             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             t2.toNewHampshireX();
3229             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3230             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3234             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3238             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3242             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3246             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             n = t3.getNode( "A" );
3250             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             n = n.getNextExternalNode();
3254             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3258             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             n = t3.getNode( "C" );
3262             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3266             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3270             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3274             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3278             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3282             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3286             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3290             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             n = t4.getNode( "A" );
3294             n = n.getNextExternalNode();
3295             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             n = n.getNextExternalNode();
3299             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3303             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3307             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3308             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3312             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3316             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3317             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3321             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3325             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3326             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3330             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3334             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3335             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3339             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3343             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3344             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3348             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3352             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3353             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3357             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3361             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3362             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3366             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3370             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3374             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3378             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3379             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3383             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3387             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3391             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3395             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3399             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3403             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3407             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3411             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3415             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3419             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3420                 return false;
3421             }
3422             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3423             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3427             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3431             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3435             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3436             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3440             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3444             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3445             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3449             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3453             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3454             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3458             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3462             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3466             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3470             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3474             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3475                 return false;
3476             }
3477         }
3478         catch ( final Exception e ) {
3479             e.printStackTrace( System.out );
3480             return false;
3481         }
3482         return true;
3483     }
3484
3485     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3486         try {
3487             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3488             dss1.addValue( 82 );
3489             dss1.addValue( 78 );
3490             dss1.addValue( 70 );
3491             dss1.addValue( 58 );
3492             dss1.addValue( 42 );
3493             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             dss1.addValue( 123 );
3530             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3540             dss2.addValue( -1.85 );
3541             dss2.addValue( 57.5 );
3542             dss2.addValue( 92.78 );
3543             dss2.addValue( 57.78 );
3544             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3551             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             dss2.addValue( -100 );
3555             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             final double[] ds = new double[ 14 ];
3562             ds[ 0 ] = 34;
3563             ds[ 1 ] = 23;
3564             ds[ 2 ] = 1;
3565             ds[ 3 ] = 32;
3566             ds[ 4 ] = 11;
3567             ds[ 5 ] = 2;
3568             ds[ 6 ] = 12;
3569             ds[ 7 ] = 33;
3570             ds[ 8 ] = 13;
3571             ds[ 9 ] = 22;
3572             ds[ 10 ] = 21;
3573             ds[ 11 ] = 35;
3574             ds[ 12 ] = 24;
3575             ds[ 13 ] = 31;
3576             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3577             if ( bins.length != 4 ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3593             ds1[ 0 ] = 10.0;
3594             ds1[ 1 ] = 19.0;
3595             ds1[ 2 ] = 9.999;
3596             ds1[ 3 ] = 0.0;
3597             ds1[ 4 ] = 39.9;
3598             ds1[ 5 ] = 39.999;
3599             ds1[ 6 ] = 30.0;
3600             ds1[ 7 ] = 19.999;
3601             ds1[ 8 ] = 30.1;
3602             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3603             if ( bins1.length != 4 ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3619             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3632             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3645             dss3.addValue( 1 );
3646             dss3.addValue( 1 );
3647             dss3.addValue( 1 );
3648             dss3.addValue( 2 );
3649             dss3.addValue( 3 );
3650             dss3.addValue( 4 );
3651             dss3.addValue( 5 );
3652             dss3.addValue( 5 );
3653             dss3.addValue( 5 );
3654             dss3.addValue( 6 );
3655             dss3.addValue( 7 );
3656             dss3.addValue( 8 );
3657             dss3.addValue( 9 );
3658             dss3.addValue( 10 );
3659             dss3.addValue( 10 );
3660             dss3.addValue( 10 );
3661             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3662             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3663             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3664         }
3665         catch ( final Exception e ) {
3666             e.printStackTrace( System.out );
3667             return false;
3668         }
3669         return true;
3670     }
3671
3672     private static boolean testDir( final String file ) {
3673         try {
3674             final File f = new File( file );
3675             if ( !f.exists() ) {
3676                 return false;
3677             }
3678             if ( !f.isDirectory() ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             if ( !f.canRead() ) {
3682                 return false;
3683             }
3684         }
3685         catch ( final Exception e ) {
3686             return false;
3687         }
3688         return true;
3689     }
3690
3691     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3692         //The format for GenBank Accession numbers are:
3693         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3694         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3695         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3696         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3697             return false;
3698         }
3699         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3700             return false;
3701         }
3702         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3703             return false;
3704         }
3705         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3706             return false;
3707         }
3708         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3709             return false;
3710         }
3711         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3712             return false;
3713         }
3714         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3715             return false;
3716         }
3717         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3718             return false;
3719         }
3720         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3721             return false;
3722         }
3723         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3724             return false;
3725         }
3726         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3727             return false;
3728         }
3729         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3730             return false;
3731         }
3732         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3733             return false;
3734         }
3735         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3736             return false;
3737         }
3738         return true;
3739     }
3740
3741     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3742         try {
3743             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3744             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3745             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3746             n = n.getNextExternalNode();
3747             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             n = n.getNextExternalNode();
3751             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             n = n.getNextExternalNode();
3755             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             n = t1.getNode( "B" );
3759             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3760                 n = n.getNextExternalNode();
3761             }
3762             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3763             n = t2.getNode( "A" );
3764             n = n.getNextExternalNode();
3765             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             n = n.getNextExternalNode();
3769             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             n = n.getNextExternalNode();
3773             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             n = t2.getNode( "B" );
3777             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3778                 n = n.getNextExternalNode();
3779             }
3780             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3781             n = t3.getNode( "A" );
3782             n = n.getNextExternalNode();
3783             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             n = n.getNextExternalNode();
3787             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             n = n.getNextExternalNode();
3791             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             n = n.getNextExternalNode();
3795             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3796                 return false;
3797             }
3798             n = n.getNextExternalNode();
3799             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             n = n.getNextExternalNode();
3803             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             n = n.getNextExternalNode();
3807             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             n = t3.getNode( "B" );
3811             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3812                 n = n.getNextExternalNode();
3813             }
3814             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3815             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3816                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3817             }
3818             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3819             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3820                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3821             }
3822             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3823             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3824             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( iter.hasNext() ) {
3843                 return false;
3844             }
3845         }
3846         catch ( final Exception e ) {
3847             e.printStackTrace( System.out );
3848             return false;
3849         }
3850         return true;
3851     }
3852
3853     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3854         try {
3855             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3859                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3863                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3864                 return false;
3865             }
3866             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3870                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873         }
3874         catch ( final Exception e ) {
3875             e.printStackTrace( System.out );
3876             return false;
3877         }
3878         return true;
3879     }
3880
3881     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3882         try {
3883             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3887                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3891                     .equals( "ARATH" ) ) {
3892                 return false;
3893             }
3894             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3895                     .equals( "ARATH" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3908                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3912                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3916                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3920                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3924                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3928                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3932                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3936                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3943                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3947                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3951                     .equals( "9YX45" ) ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3955                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3956                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3960                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3961                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3965                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3966                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3970                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3974                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3978                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3982                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
3986                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
3990                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
3994                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3998                     .equals( "RAT" ) ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4002                     .equals( "PIG" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !ParserUtils
4006                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4007                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4011                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4015                 return false;
4016             }
4017         }
4018         catch ( final Exception e ) {
4019             e.printStackTrace( System.out );
4020             return false;
4021         }
4022         return true;
4023     }
4024
4025     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4026         try {
4027             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4028             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4029             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4033             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4037             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4041             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4045             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4049             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4053             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4057             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4061             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4065             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4069             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4073             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             n.setName( "B3RJ64" );
4077             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4081             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4085             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             n.setName( "sp B3RJ64" );
4089             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4093             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4097             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4101             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4105             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4109             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4113             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4117             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4121             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4125             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4129             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4133             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4137             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4141             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             n = new PhylogenyNode();
4145             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4146             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4147             n.getNodeData().addSequence( seq );
4148             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4152             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             n = new PhylogenyNode();
4156             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4157             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4158             n.getNodeData().addSequence( seq );
4159             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4163             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             n = new PhylogenyNode();
4167             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4168             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4169             n.getNodeData().addSequence( seq );
4170             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             n = new PhylogenyNode();
4174             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4175             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4176             n.getNodeData().addSequence( seq );
4177             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             //
4181             n = new PhylogenyNode();
4182             n.setName( "ACP19736" );
4183             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             n = new PhylogenyNode();
4187             n.setName( "|ACP19736|" );
4188             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191         }
4192         catch ( final Exception e ) {
4193             e.printStackTrace( System.out );
4194             return false;
4195         }
4196         return true;
4197     }
4198
4199     private static boolean testFastaParser() {
4200         try {
4201             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4208             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226         }
4227         catch ( final Exception e ) {
4228             e.printStackTrace();
4229             return false;
4230         }
4231         return true;
4232     }
4233
4234     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4235         try {
4236             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4237             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4238             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4239             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4240             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4241             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4242             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4243             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4244             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4281             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4291             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4301             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310         }
4311         catch ( final Exception e ) {
4312             e.printStackTrace();
4313             return false;
4314         }
4315         return true;
4316     }
4317
4318     private static boolean testGeneralTable() {
4319         try {
4320             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4321             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4322             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4323             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4324             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4325             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4326             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4327             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4328             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4329             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4357             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4358             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4359             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4360             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4361             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4362             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4363             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4364             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4365             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4366             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396         }
4397         catch ( final Exception e ) {
4398             e.printStackTrace( System.out );
4399             return false;
4400         }
4401         return true;
4402     }
4403
4404     private static boolean testGetDistance() {
4405         try {
4406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4407             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4408                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4409             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4503                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4504             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4535                 return false;
4536             }
4537         }
4538         catch ( final Exception e ) {
4539             e.printStackTrace( System.out );
4540             return false;
4541         }
4542         return true;
4543     }
4544
4545     private static boolean testGetLCA() {
4546         try {
4547             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4548             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4549                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4550             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4551             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4555             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4559             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4563             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4567             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4571             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4575             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4579             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4583             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4587             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4591             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4592                 return false;
4593             }
4594             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4595             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4599             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4603             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4607             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4611             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4615             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4619             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4623             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4627             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4631             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4635             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4639             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4643             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4644             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4648             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4652             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4656             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4660             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4664             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4668             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4669                 return false;
4670             }
4671             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4672             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             final Phylogeny p3 = factory
4676                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4677                              new NHXParser() )[ 0 ];
4678             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4679             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4683             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4687             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4691             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4695             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4702             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( !al_3.isRoot() ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4709             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4716             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4723             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4727             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4728             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4732             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4733             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4737             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4738             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4742             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4743             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746         }
4747         catch ( final Exception e ) {
4748             e.printStackTrace( System.out );
4749             return false;
4750         }
4751         return true;
4752     }
4753
4754     private static boolean testGetLCA2() {
4755         try {
4756             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4757             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4758             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4759             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4760                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4761             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4765             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4766             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4767                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4768             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4772                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4773             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4777             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4778             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4779                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4780             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4784                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4785             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4786                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4787                 System.exit( -1 );
4788                 return false;
4789             }
4790             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4791                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4792             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4793                 return false;
4794             }
4795             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4796                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4797             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4801                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4802             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4803             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4804                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4805             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4809                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4810             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4814                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4815             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4819                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4820             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4824                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4825             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4829                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4830             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4834                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4835             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4839                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4840             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4844                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4845             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4849                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4850             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4854                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4855             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4859                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4860             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4864                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4865             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4869                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4870             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4874                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4875             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4879                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4880             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4884                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4885             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4889                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4890             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4894                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4895             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4899                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4900             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4904                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4905             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4909                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4910             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4914                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4915             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4919             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4920             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4921                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4922             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4926                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4927             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4931                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4932             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4936                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4937             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4941                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4942             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4946                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4947             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4951                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4952             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4956                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4957             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             final Phylogeny p3 = factory
4961                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4962                              new NHXParser() )[ 0 ];
4963             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4964             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4965                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4966             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4970                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4971             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4975                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4976             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4980                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
4981             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4985                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
4986             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4993                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4994             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( !al_3.isRoot() ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5001                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5002             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5009                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5010             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5017                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5018             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5022             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5023             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5024                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5025             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5029             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5030             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5031                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5032             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5036             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5037             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5038                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5039             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5043             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5044             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5045                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5046             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5050                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5051             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5055                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5056             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5060                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5061             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5065                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5066             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5070                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5071             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5072                 return false;
5073             }
5074         }
5075         catch ( final Exception e ) {
5076             e.printStackTrace( System.out );
5077             return false;
5078         }
5079         return true;
5080     }
5081
5082     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5083         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5084         try {
5085             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5086                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5087             parser1.parse();
5088             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5089                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5090             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5091             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( proteins.size() != 4 ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5107             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5114             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5121             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5125             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155         }
5156         catch ( final Exception e ) {
5157             e.printStackTrace( System.out );
5158             return false;
5159         }
5160         return true;
5161     }
5162
5163     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5164         try {
5165             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5166             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5167             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5168             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5169             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5173             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5177             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5181             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5182                 return false;
5183             }
5184         }
5185         catch ( final Exception e ) {
5186             e.printStackTrace( System.out );
5187             return false;
5188         }
5189         return true;
5190     }
5191
5192     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5193         try {
5194             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5195             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5196             PhylogenyNodeIterator it0;
5197             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5198                 it0.next();
5199             }
5200             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5201                 it0.next();
5202             }
5203             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5204             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( it.hasNext() ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5229                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5230             PhylogenyNodeIterator it2;
5231             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5232                 it2.next();
5233             }
5234             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5235                 it2.next();
5236             }
5237             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5238             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( it3.hasNext() ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5317             PhylogenyNodeIterator it4;
5318             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5319                 it4.next();
5320             }
5321             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5322                 it4.next();
5323             }
5324             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5325             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5341             PhylogenyNodeIterator it6;
5342             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5343                 it6.next();
5344             }
5345             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5346                 it6.next();
5347             }
5348             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5349             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( it.hasNext() ) {
5353                 return false;
5354             }
5355         }
5356         catch ( final Exception e ) {
5357             e.printStackTrace( System.out );
5358             return false;
5359         }
5360         return true;
5361     }
5362
5363     private static boolean testMafft( final String path ) {
5364         try {
5365             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5366             opts.add( "--maxiterate" );
5367             opts.add( "1000" );
5368             opts.add( "--localpair" );
5369             opts.add( "--quiet" );
5370             Msa msa = null;
5371             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5372             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5373             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379         }
5380         catch ( final Exception e ) {
5381             e.printStackTrace( System.out );
5382             return false;
5383         }
5384         return true;
5385     }
5386
5387     private static boolean testMidpointrooting() {
5388         try {
5389             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5390             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5391             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5392             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5399                            1 ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5403                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5404             if ( !t1.isRooted() ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5408             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5427             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5428             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5441                 System.exit( -1 );
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447         }
5448         catch ( final Exception e ) {
5449             e.printStackTrace( System.out );
5450             return false;
5451         }
5452         return true;
5453     }
5454
5455     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5456         try {
5457             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5458             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5459             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5460             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5461             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5462             l.add( s0 );
5463             l.add( s1 );
5464             l.add( s2 );
5465             l.add( s3 );
5466             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5467             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479         }
5480         catch ( final Exception e ) {
5481             e.printStackTrace( System.out );
5482             return false;
5483         }
5484         return true;
5485     }
5486
5487     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5488         try {
5489             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5490             PhylogenyNode n;
5491             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5492             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5493             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5494             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5495             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5496             n = t0.getFirstExternalNode();
5497             while ( n != null ) {
5498                 ext.add( n );
5499                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5500             }
5501             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             ext.clear();
5520             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5521             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5522             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5523             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5524             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5525             n = t1.getNode( "ab" );
5526             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5527             while ( n != null ) {
5528                 ext.add( n );
5529                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5530             }
5531             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             //
5547             //
5548             ext.clear();
5549             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5550             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5551             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5552             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5553             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5554             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5555             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5556             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5557             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5558             n = t2.getNode( "ab" );
5559             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5560             while ( n != null ) {
5561                 ext.add( n );
5562                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5563             }
5564             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             //
5577             //
5578             ext.clear();
5579             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5580             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5581             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5582             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5583             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5584             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5585             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5586             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5587             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5588             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5589             n = t3.getNode( "ab" );
5590             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5591             while ( n != null ) {
5592                 ext.add( n );
5593                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5594             }
5595             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5602                 return false;
5603             }
5604             //
5605             //
5606             ext.clear();
5607             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5608             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5609             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5610             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5611             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5612             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5613             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5614             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5615             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5616             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5617             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5618             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5619             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             //
5623             //
5624             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5625             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5626             ext.clear();
5627             n = t5.getFirstExternalNode();
5628             while ( n != null ) {
5629                 ext.add( n );
5630                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5631             }
5632             if ( ext.size() != 8 ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             //
5660             //
5661             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5662             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5663             ext.clear();
5664             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5665             n = t6.getNode( "ab" );
5666             while ( n != null ) {
5667                 ext.add( n );
5668                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5669             }
5670             if ( ext.size() != 7 ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             //
5695             //
5696             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5697             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5698             ext.clear();
5699             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5700             n = t7.getNode( "a" );
5701             while ( n != null ) {
5702                 ext.add( n );
5703                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5704             }
5705             if ( ext.size() != 7 ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             //
5730             //
5731             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5732             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5733             ext.clear();
5734             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5735             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5736             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5737             n = t8.getNode( "a" );
5738             while ( n != null ) {
5739                 ext.add( n );
5740                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5741             }
5742             if ( ext.size() != 7 ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5752                 System.out.println( "2 fail" );
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             //
5768             //
5769             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5770             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5771             ext.clear();
5772             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5773             n = t9.getNode( "a" );
5774             while ( n != null ) {
5775                 ext.add( n );
5776                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5777             }
5778             if ( ext.size() != 7 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             //
5803             //
5804             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5805             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5806             ext.clear();
5807             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5808             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5809             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5810             n = t10.getNode( "a" );
5811             while ( n != null ) {
5812                 ext.add( n );
5813                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5814             }
5815             if ( ext.size() != 7 ) {
5816                 return false;
5817             }
5818             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5819                 return false;
5820             }
5821             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             //
5840             //
5841             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5842             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5843             ext.clear();
5844             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5845             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5846             n = t11.getNode( "a" );
5847             while ( n != null ) {
5848                 ext.add( n );
5849                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5850             }
5851             if ( ext.size() != 6 ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             //
5873             //
5874             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5875             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5876             ext.clear();
5877             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5878             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5879             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5880             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5881             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5882             n = t12.getNode( "a" );
5883             while ( n != null ) {
5884                 ext.add( n );
5885                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5886             }
5887             if ( ext.size() != 6 ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             //
5909             //
5910             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5911             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5912             ext.clear();
5913             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5914             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5915             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5916             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5917             n = t13.getNode( "ab" );
5918             while ( n != null ) {
5919                 ext.add( n );
5920                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5921             }
5922             if ( ext.size() != 5 ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             //
5941             //
5942             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5943             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5944             ext.clear();
5945             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5946             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5947             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5948             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5949             n = t14.getNode( "ab" );
5950             while ( n != null ) {
5951                 ext.add( n );
5952                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5953             }
5954             if ( ext.size() != 5 ) {
5955                 return false;
5956             }
5957             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             //
5973             //
5974             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5975             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5976             ext.clear();
5977             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5978             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5979             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5980             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5981             n = t15.getNode( "ab" );
5982             while ( n != null ) {
5983                 ext.add( n );
5984                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5985             }
5986             if ( ext.size() != 6 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             //
6008             //
6009             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6010             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6011             ext.clear();
6012             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6013             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6014             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6015             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6016             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6017             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6018             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6019             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6020             n = t16.getNode( "ab" );
6021             while ( n != null ) {
6022                 ext.add( n );
6023                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6024             }
6025             if ( ext.size() != 4 ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040         }
6041         catch ( final Exception e ) {
6042             e.printStackTrace( System.out );
6043             return false;
6044         }
6045         return true;
6046     }
6047
6048     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6049         try {
6050             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6051             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6052             parser.parse();
6053             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6054             if ( labels.length != 7 ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6079             parser.parse();
6080             labels = parser.getCharStateLabels();
6081             if ( labels.length != 7 ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105         }
6106         catch ( final Exception e ) {
6107             e.printStackTrace( System.out );
6108             return false;
6109         }
6110         return true;
6111     }
6112
6113     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6114         try {
6115             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6116             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6117             parser.parse();
6118             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6119             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             //            if ( labels.length != 7 ) {
6147             //                return false;
6148             //            }
6149             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6150             //                return false;
6151             //            }
6152             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6153             //                return false;
6154             //            }
6155             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6156             //                return false;
6157             //            }
6158             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6159             //                return false;
6160             //            }
6161             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6162             //                return false;
6163             //            }
6164             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6165             //                return false;
6166             //            }
6167             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6168             //                return false;
6169             //            }
6170             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6171             //            parser.parse();
6172             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6173             //            if ( labels.length != 7 ) {
6174             //                return false;
6175             //            }
6176             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6177             //                return false;
6178             //            }
6179             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6180             //                return false;
6181             //            }
6182             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6183             //                return false;
6184             //            }
6185             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6186             //                return false;
6187             //            }
6188             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6189             //                return false;
6190             //            }
6191             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6192             //                return false;
6193             //            }
6194             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6195             //                return false;
6196             //            }
6197         }
6198         catch ( final Exception e ) {
6199             e.printStackTrace( System.out );
6200             return false;
6201         }
6202         return true;
6203     }
6204
6205     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6206         try {
6207             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6208             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6209             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6210             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             phylogenies = null;
6220             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6221             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             phylogenies = null;
6231             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6232             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             phylogenies = null;
6245             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6246             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369         }
6370         catch ( final Exception e ) {
6371             e.printStackTrace( System.out );
6372             return false;
6373         }
6374         return true;
6375     }
6376
6377     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6378         try {
6379             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6380             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6381             if ( !p.hasNext() ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             Phylogeny phy = p.next();
6385             if ( phy == null ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( p.hasNext() ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             phy = p.next();
6398             if ( phy != null ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             //
6402             p.reset();
6403             if ( !p.hasNext() ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             phy = p.next();
6407             if ( phy == null ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( p.hasNext() ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             phy = p.next();
6420             if ( phy != null ) {
6421                 return false;
6422             }
6423             ////
6424             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6425             if ( !p.hasNext() ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             phy = p.next();
6429             if ( phy == null ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             if ( p.hasNext() ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             phy = p.next();
6442             if ( phy != null ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             //
6446             p.reset();
6447             if ( !p.hasNext() ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             phy = p.next();
6451             if ( phy == null ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( p.hasNext() ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             phy = p.next();
6464             if ( phy != null ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             ////
6468             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6469             if ( !p.hasNext() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             phy = p.next();
6473             if ( phy == null ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( phy.isRooted() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( p.hasNext() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             phy = p.next();
6489             if ( phy != null ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             //
6493             p.reset();
6494             if ( !p.hasNext() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             phy = p.next();
6498             if ( phy == null ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( p.hasNext() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             phy = p.next();
6511             if ( phy != null ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             ////
6515             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6516             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6517             //                return false;
6518             //            }
6519             //0
6520             if ( !p.hasNext() ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             phy = p.next();
6524             if ( phy == null ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             //1
6534             if ( !p.hasNext() ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             phy = p.next();
6538             if ( phy == null ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6542                 return false;
6543             }
6544             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             //2
6548             if ( !p.hasNext() ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             phy = p.next();
6552             if ( phy == null ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( phy.isRooted() ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             //3
6565             if ( !p.hasNext() ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             phy = p.next();
6569             if ( phy == null ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !phy.isRooted() ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             //4
6582             if ( !p.hasNext() ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             phy = p.next();
6586             if ( phy == null ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6590                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !phy.isRooted() ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             //5
6600             if ( !p.hasNext() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             phy = p.next();
6604             if ( phy == null ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( phy.isRooted() ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             //6
6617             if ( !p.hasNext() ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             phy = p.next();
6621             if ( phy == null ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( !phy.isRooted() ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             //7
6634             if ( !p.hasNext() ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             phy = p.next();
6638             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !phy.isRooted() ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             //8
6648             if ( !p.hasNext() ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             phy = p.next();
6652             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             //9
6662             if ( !p.hasNext() ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             phy = p.next();
6666             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             //10
6676             if ( !p.hasNext() ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             phy = p.next();
6680             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( !phy.isRooted() ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             //11
6693             if ( !p.hasNext() ) {
6694                 return false;
6695             }
6696             phy = p.next();
6697             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( phy.isRooted() ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             //12
6710             if ( !p.hasNext() ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             phy = p.next();
6714             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( !phy.isRooted() ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             //13
6727             if ( !p.hasNext() ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             phy = p.next();
6731             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( !phy.isRooted() ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             //14
6744             if ( !p.hasNext() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             phy = p.next();
6748             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6749                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( !phy
6753                     .toNewHampshire()
6754                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6755                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( !phy.isRooted() ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             //15
6765             if ( !p.hasNext() ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             phy = p.next();
6769             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6770                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !phy
6774                     .toNewHampshire()
6775                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6776                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( phy.isRooted() ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             //16
6786             if ( !p.hasNext() ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             phy = p.next();
6790             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6791                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6792                 return false;
6793             }
6794             if ( !phy
6795                     .toNewHampshire()
6796                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6797                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !phy.isRooted() ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             //17
6807             if ( !p.hasNext() ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             phy = p.next();
6811             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6812                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6813                 return false;
6814             }
6815             if ( !phy
6816                     .toNewHampshire()
6817                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6818                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6819                 return false;
6820             }
6821             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( phy.isRooted() ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             //
6828             if ( p.hasNext() ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             phy = p.next();
6832             if ( phy != null ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             p.reset();
6836             //0
6837             if ( !p.hasNext() ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             phy = p.next();
6841             if ( phy == null ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             //1
6851             if ( !p.hasNext() ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             phy = p.next();
6855             if ( phy == null ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6859                 return false;
6860             }
6861             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             //2
6865             if ( !p.hasNext() ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             phy = p.next();
6869             if ( phy == null ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( phy.isRooted() ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             //3
6882             if ( !p.hasNext() ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             phy = p.next();
6886             if ( phy == null ) {
6887                 return false;
6888             }
6889             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             if ( !phy.isRooted() ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             //4
6899             if ( !p.hasNext() ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             phy = p.next();
6903             if ( phy == null ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6907                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.isRooted() ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             //5
6917             if ( !p.hasNext() ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             phy = p.next();
6921             if ( phy == null ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( phy.isRooted() ) {
6931                 return false;
6932             }
6933         }
6934         catch ( final Exception e ) {
6935             e.printStackTrace( System.out );
6936             return false;
6937         }
6938         return true;
6939     }
6940
6941     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6942         try {
6943             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6944             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6945             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6946             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6962                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             phylogenies = null;
6966             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6967             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6986                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6987                 return false;
6988             }
6989             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
6996                 return false;
6997             }
6998             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7005                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7024                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             phylogenies = null;
7028             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7029             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7048                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7061                 return false;
7062             }
7063             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7067                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7086                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089         }
7090         catch ( final Exception e ) {
7091             e.printStackTrace( System.out );
7092             return false;
7093         }
7094         return true;
7095     }
7096
7097     private static boolean testNHParsing() {
7098         try {
7099             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7100             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7101             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7105             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7106             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7107             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7108             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             final Phylogeny p1b = factory
7115                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7116                              new NHXParser() )[ 0 ];
7117             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7124             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7125             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7126             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7127             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7128             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7129             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7130             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7131             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7132             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7133             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7134                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7135                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7136                                                     new NHXParser() );
7137             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7150             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7151             final String p16_S = "((A,B),C)";
7152             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7153             if ( p16.length != 1 ) {
7154                 return false;
7155             }
7156             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7160             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7161             if ( p17.length != 1 ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7168             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7169             if ( p18.length != 1 ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7176             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7177             if ( p19.length != 1 ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7184             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7185             if ( p20.length != 1 ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7192             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7193             if ( p21.length != 1 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7200             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7201             if ( p22.length != 1 ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7208             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7209             if ( p23.length != 1 ) {
7210                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7211                 System.exit( -1 );
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7218             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7219             if ( p24.length != 1 ) {
7220                 return false;
7221             }
7222             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7226             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7227             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7228             if ( p241.length != 2 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7238                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7239                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7240                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7241                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7242                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7243                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7244                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7245             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7246             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             final String p26_S = "(A,B)ab";
7250             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7251             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7255             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7256             if ( p27s.length != 1 ) {
7257                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7258                 System.exit( -1 );
7259                 return false;
7260             }
7261             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7262                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7263                 System.exit( -1 );
7264                 return false;
7265             }
7266             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7267                                                     new NHXParser() );
7268             if ( p27.length != 1 ) {
7269                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7270                 System.exit( -1 );
7271                 return false;
7272             }
7273             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7274                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7275                 System.exit( -1 );
7276                 return false;
7277             }
7278             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7279             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7280             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7281             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7282             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7283                                                     new NHXParser() );
7284             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             if ( p28.length != 4 ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7300             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7301             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7305             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7306             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7310             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7311             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7312                 return false;
7313             }
7314             final String p33_S = "A";
7315             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7316             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             final String p34_S = "B;";
7320             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7321             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7322                 return false;
7323             }
7324             final String p35_S = "B:0.2";
7325             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7326             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7327                 return false;
7328             }
7329             final String p36_S = "(A)";
7330             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7331             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             final String p37_S = "((A))";
7335             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7336             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7337                 return false;
7338             }
7339             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7340             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7341             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7345             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7346             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             final String p40_S = "(A,B,C)";
7350             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7351             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7355             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7356             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7360             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7361             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7365             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7366             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7370             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7371             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7375             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7376             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             final String p46_S = "";
7380             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7381             if ( p46.length != 0 ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7385             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7389             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             final Phylogeny p49 = factory
7393                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7394                              new NHXParser() )[ 0 ];
7395             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7399             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7403                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7410                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7414             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7418             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             final Phylogeny p53 = factory
7422                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7423                              new NHXParser() )[ 0 ];
7424             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             //
7428             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7429             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7430                 return false;
7431             }
7432             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7433                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436         }
7437         catch ( final Exception e ) {
7438             e.printStackTrace( System.out );
7439             return false;
7440         }
7441         return true;
7442     }
7443
7444     private static boolean testNHParsingIter() {
7445         try {
7446             final String p0_str = "(A,B);";
7447             final NHXParser p = new NHXParser();
7448             p.setSource( p0_str );
7449             if ( !p.hasNext() ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             final Phylogeny p0 = p.next();
7453             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7454                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7455                 return false;
7456             }
7457             if ( p.hasNext() ) {
7458                 return false;
7459             }
7460             if ( p.next() != null ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             //
7464             final String p00_str = "(A,B)root;";
7465             p.setSource( p00_str );
7466             final Phylogeny p00 = p.next();
7467             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7468                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7469                 return false;
7470             }
7471             //
7472             final String p000_str = "A;";
7473             p.setSource( p000_str );
7474             final Phylogeny p000 = p.next();
7475             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7476                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7477                 return false;
7478             }
7479             //
7480             final String p0000_str = "A";
7481             p.setSource( p0000_str );
7482             final Phylogeny p0000 = p.next();
7483             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7484                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7485                 return false;
7486             }
7487             //
7488             p.setSource( "(A)" );
7489             final Phylogeny p00000 = p.next();
7490             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7491                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7492                 return false;
7493             }
7494             //
7495             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7496             p.setSource( p1_str );
7497             if ( !p.hasNext() ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7501             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7502                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( !p.hasNext() ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7509             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7510                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !p.hasNext() ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7517             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7518                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7519                 return false;
7520             }
7521             if ( !p.hasNext() ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7525             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7526                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( p.hasNext() ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( p.next() != null ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             //
7536             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7537             p.setSource( p2_str );
7538             if ( !p.hasNext() ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             Phylogeny p2_0 = p.next();
7542             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7543                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7544                 return false;
7545             }
7546             if ( !p.hasNext() ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             Phylogeny p2_1 = p.next();
7550             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7551                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7552                 return false;
7553             }
7554             if ( !p.hasNext() ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             Phylogeny p2_2 = p.next();
7558             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7559                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !p.hasNext() ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             Phylogeny p2_3 = p.next();
7566             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7567                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7568                 return false;
7569             }
7570             if ( !p.hasNext() ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             Phylogeny p2_4 = p.next();
7574             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7575                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( p.hasNext() ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( p.next() != null ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             ////
7585             p.reset();
7586             if ( !p.hasNext() ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             p2_0 = p.next();
7590             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7591                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !p.hasNext() ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             p2_1 = p.next();
7598             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7599                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7600                 return false;
7601             }
7602             if ( !p.hasNext() ) {
7603                 return false;
7604             }
7605             p2_2 = p.next();
7606             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7607                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7608                 return false;
7609             }
7610             if ( !p.hasNext() ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             p2_3 = p.next();
7614             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7615                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( !p.hasNext() ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             p2_4 = p.next();
7622             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7623                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( p.hasNext() ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( p.next() != null ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             //
7633             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7634             p.setSource( p3_str );
7635             if ( !p.hasNext() ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7639             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             if ( p.hasNext() ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( p.next() != null ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             //
7649             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7650             p.setSource( p4_str );
7651             if ( !p.hasNext() ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7655             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( p.hasNext() ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( p.next() != null ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             //
7665             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7666             p.setSource( p5_str );
7667             if ( !p.hasNext() ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7671             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( p.hasNext() ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( p.next() != null ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             //
7681             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7682             p.setSource( p6_str );
7683             if ( !p.hasNext() ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             Phylogeny p6_0 = p.next();
7687             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( p.hasNext() ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( p.next() != null ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             p.reset();
7697             if ( !p.hasNext() ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             p6_0 = p.next();
7701             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( p.hasNext() ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( p.next() != null ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             //
7711             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7712             p.setSource( p7_str );
7713             if ( !p.hasNext() ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             Phylogeny p7_0 = p.next();
7717             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( p.hasNext() ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( p.next() != null ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             p.reset();
7727             if ( !p.hasNext() ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             p7_0 = p.next();
7731             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( p.hasNext() ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( p.next() != null ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             //
7741             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7742             p.setSource( p8_str );
7743             if ( !p.hasNext() ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             Phylogeny p8_0 = p.next();
7747             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             if ( !p.hasNext() ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !p.hasNext() ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             Phylogeny p8_1 = p.next();
7757             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( p.hasNext() ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( p.next() != null ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             p.reset();
7767             if ( !p.hasNext() ) {
7768                 return false;
7769             }
7770             p8_0 = p.next();
7771             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !p.hasNext() ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             p8_1 = p.next();
7778             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( p.hasNext() ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( p.next() != null ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             p.reset();
7788             //
7789             p.setSource( "" );
7790             if ( p.hasNext() ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             //
7794             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7795             if ( !p.hasNext() ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             Phylogeny p_27 = p.next();
7799             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7800                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7801                 System.exit( -1 );
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( p.hasNext() ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( p.next() != null ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             p.reset();
7811             if ( !p.hasNext() ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             p_27 = p.next();
7815             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7816                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7817                 System.exit( -1 );
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( p.hasNext() ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( p.next() != null ) {
7824                 return false;
7825             }
7826         }
7827         catch ( final Exception e ) {
7828             e.printStackTrace( System.out );
7829             return false;
7830         }
7831         return true;
7832     }
7833
7834     private static boolean testNHXconversion() {
7835         try {
7836             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7837             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7838             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7839             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7840             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7841                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7842             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7843                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7844             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7860                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7861                 return false;
7862             }
7863         }
7864         catch ( final Exception e ) {
7865             e.printStackTrace( System.out );
7866             return false;
7867         }
7868         return true;
7869     }
7870
7871     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7872         try {
7873             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7874             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7875             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7876             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7877             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7878                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7879             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( n3.isDuplication() ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !n5.isDuplication() ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7919                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7920                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7921             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7928                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7929                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7930             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7937                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7938             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7939                 return false;
7940             }
7941             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7942                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7943             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7944                 return false;
7945             }
7946             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7950                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7951             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7958                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7959             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7966                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7967             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7974                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7975             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
7982                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7983             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
7990                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7991             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
7998                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7999             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8006                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8007             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8014                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8015             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8022                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8023                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8024             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8031                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8032                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8033             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8040                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8041             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8042                 return false;
8043             }
8044             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8045                 return false;
8046             }
8047             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8048                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8049                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8050             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8051                 return false;
8052             }
8053             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8054                 return false;
8055             }
8056             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8060                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8061                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8062             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8063                 return false;
8064             }
8065             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8072                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8073             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8089                 return false;
8090             }
8091             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8098                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8099             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8100                 return false;
8101             }
8102             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8103                 return false;
8104             }
8105             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8106             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8110                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8111             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8124                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8125             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8132                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8133                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8134             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8144                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8145                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8146             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8156                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8157                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8158             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8165                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8166             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8176                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8177             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8184                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8185                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8186             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8193                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8194                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8195             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8199                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8200             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8201                 return false;
8202             }
8203             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8204                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8205             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8209                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8210             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8214                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8215             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8216                 return false;
8217             }
8218             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8219                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8220             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8224                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8225             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8226                 return false;
8227             }
8228         }
8229         catch ( final Exception e ) {
8230             e.printStackTrace( System.out );
8231             return false;
8232         }
8233         return true;
8234     }
8235
8236     private static boolean testNHXParsing() {
8237         try {
8238             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8239             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8240             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8241                 return false;
8242             }
8243             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8244             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8245             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8249             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8250             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             final Phylogeny[] p3 = factory
8254                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8255                              new NHXParser() );
8256             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             final Phylogeny[] p4 = factory
8260                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8261                              new NHXParser() );
8262             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             final Phylogeny[] p5 = factory
8266                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8267                              new NHXParser() );
8268             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8272             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8273             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8274             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8278             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8279             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8280             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8284             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8285             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8286             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8290             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8291                 return false;
8292             }
8293             final Phylogeny p10 = factory
8294                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8295                              new NHXParser() )[ 0 ];
8296             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8297                 return false;
8298             }
8299         }
8300         catch ( final Exception e ) {
8301             e.printStackTrace( System.out );
8302             return false;
8303         }
8304         return true;
8305     }
8306
8307     private static boolean testNHXParsingMB() {
8308         try {
8309             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8310             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8311                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8312                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8313                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8314                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8315                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8316                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8317                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8318                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8319             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8320                 return false;
8321             }
8322             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8323                 return false;
8324             }
8325             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8326                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             final Phylogeny p2 = factory
8336                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8337                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8338                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8339                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8340                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8341                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8342                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8343                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8344                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8345                              new NHXParser() )[ 0 ];
8346             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8347                 return false;
8348             }
8349             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8350                 return false;
8351             }
8352         }
8353         catch ( final Exception e ) {
8354             e.printStackTrace( System.out );
8355             System.exit( -1 );
8356             return false;
8357         }
8358         return true;
8359     }
8360
8361     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8362         try {
8363             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8364             final NHXParser p = new NHXParser();
8365             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8366             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8367                 return false;
8368             }
8369             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8370             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8380                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8399             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8400             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8401             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8405             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8406             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8407             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8411             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8412             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8413             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8417             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8418             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8419             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             final Phylogeny p10 = factory
8423                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8424                              new NHXParser() )[ 0 ];
8425             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8426             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8430             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             //
8434             final Phylogeny p12 = factory
8435                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8436                              new NHXParser() )[ 0 ];
8437             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8438             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8442             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8446             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8450             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453         }
8454         catch ( final Exception e ) {
8455             e.printStackTrace( System.out );
8456             return false;
8457         }
8458         return true;
8459     }
8460
8461     private static boolean testNodeRemoval() {
8462         try {
8463             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8464             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8465             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8466             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8470             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8471             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8475             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8476             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479         }
8480         catch ( final Exception e ) {
8481             e.printStackTrace( System.out );
8482             return false;
8483         }
8484         return true;
8485     }
8486
8487     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8488         try {
8489             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8490             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8491             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8492             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8493             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8503             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8504             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8505             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8512             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521         }
8522         catch ( final Exception e ) {
8523             e.printStackTrace( System.out );
8524             return false;
8525         }
8526         return true;
8527     }
8528
8529     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8530         try {
8531             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8532             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8533             try {
8534                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8535             }
8536             catch ( final Exception e ) {
8537                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8538             }
8539             if ( xml_parser == null ) {
8540                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
8541                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8542                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8543                 }
8544                 else {
8545                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8546                 }
8547             }
8548             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8549                                                               xml_parser );
8550             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8551                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8552                 return false;
8553             }
8554             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8555                 return false;
8556             }
8557             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8558             PhylogenyNode n = null;
8559             Distribution d = null;
8560             n = t1.getNode( "root node" );
8561             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             d = n.getNodeData().getDistribution();
8568             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( d.getPolygons() != null ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8578                 return false;
8579             }
8580             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             n = t1.getNode( "node a" );
8593             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8600             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             if ( d.getPolygons() != null ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             n = t1.getNode( "node bb" );
8625             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8632             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8636                 return false;
8637             }
8638             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8648                 return false;
8649             }
8650             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8657             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             p = d.getPolygons().get( 1 );
8679             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             // Roundtrip:
8692             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8693             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8694             if ( rt.length != 1 ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8698             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8699             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             d = n.getNodeData().getDistribution();
8706             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( d.getPolygons() != null ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8716                 return false;
8717             }
8718             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8722                 return false;
8723             }
8724             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8731             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8738             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( d.getPolygons() != null ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8763             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8770             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8771                 return false;
8772             }
8773             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             p = d.getPolygons().get( 0 );
8795             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             p = d.getPolygons().get( 1 );
8817             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829         }
8830         catch ( final Exception e ) {
8831             e.printStackTrace( System.out );
8832             return false;
8833         }
8834         return true;
8835     }
8836
8837     private static boolean testPostOrderIterator() {
8838         try {
8839             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8840             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8841             PhylogenyNodeIterator it0;
8842             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8843                 it0.next();
8844             }
8845             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8846                 it0.next();
8847             }
8848             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8849             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8850             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8851                 return false;
8852             }
8853             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8854                 return false;
8855             }
8856             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8857                 return false;
8858             }
8859             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8860                 return false;
8861             }
8862             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8863                 return false;
8864             }
8865             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8866                 return false;
8867             }
8868             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8869                 return false;
8870             }
8871             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8875                 return false;
8876             }
8877             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8890                 return false;
8891             }
8892             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             if ( it.hasNext() ) {
8896                 return false;
8897             }
8898         }
8899         catch ( final Exception e ) {
8900             e.printStackTrace( System.out );
8901             return false;
8902         }
8903         return true;
8904     }
8905
8906     private static boolean testPreOrderIterator() {
8907         try {
8908             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8909             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8910             PhylogenyNodeIterator it0;
8911             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8912                 it0.next();
8913             }
8914             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8915                 it0.next();
8916             }
8917             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8918             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8919                 return false;
8920             }
8921             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8922                 return false;
8923             }
8924             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8925                 return false;
8926             }
8927             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8928                 return false;
8929             }
8930             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8931                 return false;
8932             }
8933             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8934                 return false;
8935             }
8936             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8937                 return false;
8938             }
8939             if ( it.hasNext() ) {
8940                 return false;
8941             }
8942             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8943             it = t1.iteratorPreorder();
8944             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8945                 return false;
8946             }
8947             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8972                 return false;
8973             }
8974             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( it.hasNext() ) {
8990                 return false;
8991             }
8992         }
8993         catch ( final Exception e ) {
8994             e.printStackTrace( System.out );
8995             return false;
8996         }
8997         return true;
8998     }
8999
9000     private static boolean testPropertiesMap() {
9001         try {
9002             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9003             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9004             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9005             final Property p2 = new Property( "something:else",
9006                                               "?",
9007                                               "improbable:research",
9008                                               "xsd:decimal",
9009                                               AppliesTo.NODE );
9010             pm.addProperty( p0 );
9011             pm.addProperty( p1 );
9012             pm.addProperty( p2 );
9013             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9032             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9039                 return false;
9040             }
9041         }
9042         catch ( final Exception e ) {
9043             e.printStackTrace( System.out );
9044             return false;
9045         }
9046         return true;
9047     }
9048
9049     private static boolean testProteinId() {
9050         try {
9051             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9052             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9053             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9054             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9055             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9056                 return false;
9057             }
9058             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9068                 return false;
9069             }
9070             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9071                 return false;
9072             }
9073             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9074                 return false;
9075             }
9076             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9086                 return false;
9087             }
9088             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9092                 return false;
9093             }
9094             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9095                 return false;
9096             }
9097             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9098             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9099                 return false;
9100             }
9101             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9102                 return false;
9103             }
9104         }
9105         catch ( final Exception e ) {
9106             e.printStackTrace( System.out );
9107             return false;
9108         }
9109         return true;
9110     }
9111
9112     private static boolean testReIdMethods() {
9113         try {
9114             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9115             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9116             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9117             p.levelOrderReID();
9118             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9119                 return false;
9120             }
9121             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9122                 return false;
9123             }
9124             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9125                 return false;
9126             }
9127             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9128                 return false;
9129             }
9130             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9131                 return false;
9132             }
9133             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9134                 return false;
9135             }
9136             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9149                 return false;
9150             }
9151             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9152                 return false;
9153             }
9154             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9155                 return false;
9156             }
9157             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9158                 return false;
9159             }
9160             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9161                 return false;
9162             }
9163         }
9164         catch ( final Exception e ) {
9165             e.printStackTrace( System.out );
9166             return false;
9167         }
9168         return true;
9169     }
9170
9171     private static boolean testRerooting() {
9172         try {
9173             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9174             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9175                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9176             if ( !t1.isRooted() ) {
9177                 return false;
9178             }
9179             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9180             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9181             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9182             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9183             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9184             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9185             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9186             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9187             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9188             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9189             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9190             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9191             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9192             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9193             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9194             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9195             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9196             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9197             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9207             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9208                 return false;
9209             }
9210             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9211                 return false;
9212             }
9213             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9214                 return false;
9215             }
9216             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9217                 return false;
9218             }
9219             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9220                 return false;
9221             }
9222             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9223                 return false;
9224             }
9225             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9226                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9227             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9228             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9229             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9230             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9231             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9232             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9233             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9234             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9235             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9236             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9237             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9238             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9239             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9240             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9241             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9242             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9243             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9244             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9245             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9272             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9273                 return false;
9274             }
9275             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9276                 return false;
9277             }
9278             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9279             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9280                 return false;
9281             }
9282             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9283                 return false;
9284             }
9285             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9286             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9287                 return false;
9288             }
9289             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9290                 return false;
9291             }
9292             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9296             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9303                 return false;
9304             }
9305             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9306             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9307                 return false;
9308             }
9309             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9310                 return false;
9311             }
9312             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9313             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9314                 return false;
9315             }
9316             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9317                 return false;
9318             }
9319             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9320                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9321             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9322             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9323                 return false;
9324             }
9325             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9332             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9333                 return false;
9334             }
9335             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9339                 return false;
9340             }
9341             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9342             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9343                 return false;
9344             }
9345             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9349                 return false;
9350             }
9351         }
9352         catch ( final Exception e ) {
9353             e.printStackTrace( System.out );
9354             return false;
9355         }
9356         return true;
9357     }
9358
9359     private static boolean testSDIse() {
9360         try {
9361             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9362             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9363             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9364             gene1.setRooted( true );
9365             species1.setRooted( true );
9366             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9367             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9368                 return false;
9369             }
9370             final Phylogeny species2 = factory
9371                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9372                              new NHXParser() )[ 0 ];
9373             final Phylogeny gene2 = factory
9374                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9375                              new NHXParser() )[ 0 ];
9376             species2.setRooted( true );
9377             gene2.setRooted( true );
9378             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9379             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9380                 return false;
9381             }
9382             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9383                 return false;
9384             }
9385             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9389                 return false;
9390             }
9391             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9392                 return false;
9393             }
9394             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9395                 return false;
9396             }
9397             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9398                 return false;
9399             }
9400             final Phylogeny species3 = factory
9401                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9402                              new NHXParser() )[ 0 ];
9403             final Phylogeny gene3 = factory
9404                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9405                              new NHXParser() )[ 0 ];
9406             species3.setRooted( true );
9407             gene3.setRooted( true );
9408             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9409             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             final Phylogeny species4 = factory
9419                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9420                              new NHXParser() )[ 0 ];
9421             final Phylogeny gene4 = factory
9422                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9423                              new NHXParser() )[ 0 ];
9424             species4.setRooted( true );
9425             gene4.setRooted( true );
9426             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9427             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9437                 return false;
9438             }
9439             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9440                 return false;
9441             }
9442             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9443                 return false;
9444             }
9445             final Phylogeny species5 = factory
9446                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9447                              new NHXParser() )[ 0 ];
9448             final Phylogeny gene5 = factory
9449                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9450                              new NHXParser() )[ 0 ];
9451             species5.setRooted( true );
9452             gene5.setRooted( true );
9453             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9454             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9455                 return false;
9456             }
9457             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9464                 return false;
9465             }
9466             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9467                 return false;
9468             }
9469             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9470                 return false;
9471             }
9472             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9473             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9474             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9475             final Phylogeny species6 = factory
9476                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9477                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9478                              new NHXParser() )[ 0 ];
9479             final Phylogeny gene6 = factory
9480                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9481                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9482                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9483                              new NHXParser() )[ 0 ];
9484             species6.setRooted( true );
9485             gene6.setRooted( true );
9486             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9487             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9488                 return false;
9489             }
9490             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9491                 return false;
9492             }
9493             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9494                 return false;
9495             }
9496             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9497                 return false;
9498             }
9499             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9500                 return false;
9501             }
9502             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9503                 return false;
9504             }
9505             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9506                 return false;
9507             }
9508             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9509                 return false;
9510             }
9511             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9512                 return false;
9513             }
9514             sdi6.computeMappingCostL();
9515             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9525                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9526                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9527                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9528                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9529             species7.setRooted( true );
9530             final Phylogeny gene7_1 = Test
9531                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9532             gene7_1.setRooted( true );
9533             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9534             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9535                 return false;
9536             }
9537             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9541                 return false;
9542             }
9543             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9544                 return false;
9545             }
9546             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9547                 return false;
9548             }
9549             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9550                 return false;
9551             }
9552             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9553                 return false;
9554             }
9555             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9556                 return false;
9557             }
9558             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9559                 return false;
9560             }
9561             final Phylogeny gene7_2 = Test
9562                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9563             gene7_2.setRooted( true );
9564             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9565             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9566                 return false;
9567             }
9568             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9581                 return false;
9582             }
9583             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9584                 return false;
9585             }
9586             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9587                 return false;
9588             }
9589             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9590                 return false;
9591             }
9592             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9593                 return false;
9594             }
9595         }
9596         catch ( final Exception e ) {
9597             return false;
9598         }
9599         return true;
9600     }
9601
9602     private static boolean testSDIunrooted() {
9603         try {
9604             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9605             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9606             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9607             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9608             PhylogenyBranch br = iter.next();
9609             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9610                 return false;
9611             }
9612             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9613                 return false;
9614             }
9615             br = iter.next();
9616             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9617                 return false;
9618             }
9619             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             br = iter.next();
9623             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9624                 return false;
9625             }
9626             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9627                 return false;
9628             }
9629             br = iter.next();
9630             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9634                 return false;
9635             }
9636             br = iter.next();
9637             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9641                 return false;
9642             }
9643             br = iter.next();
9644             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9645                 return false;
9646             }
9647             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9648                 return false;
9649             }
9650             br = iter.next();
9651             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9652                 return false;
9653             }
9654             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9655                 return false;
9656             }
9657             br = iter.next();
9658             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             br = iter.next();
9665             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9666                 return false;
9667             }
9668             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9669                 return false;
9670             }
9671             br = iter.next();
9672             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9673                 return false;
9674             }
9675             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9676                 return false;
9677             }
9678             br = iter.next();
9679             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             br = iter.next();
9686             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9687                 return false;
9688             }
9689             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9690                 return false;
9691             }
9692             br = iter.next();
9693             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9694                 return false;
9695             }
9696             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             br = iter.next();
9700             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9701                 return false;
9702             }
9703             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9704                 return false;
9705             }
9706             br = iter.next();
9707             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9708                 return false;
9709             }
9710             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9711                 return false;
9712             }
9713             if ( iter.hasNext() ) {
9714                 return false;
9715             }
9716             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9717             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9718             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9719             br = iter1.next();
9720             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9721                 return false;
9722             }
9723             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9724                 return false;
9725             }
9726             br = iter1.next();
9727             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9728                 return false;
9729             }
9730             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9731                 return false;
9732             }
9733             br = iter1.next();
9734             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             if ( iter1.hasNext() ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9744             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9745             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9746             br = iter2.next();
9747             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9748                 return false;
9749             }
9750             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9751                 return false;
9752             }
9753             br = iter2.next();
9754             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9755                 return false;
9756             }
9757             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9758                 return false;
9759             }
9760             br = iter2.next();
9761             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9762                 return false;
9763             }
9764             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9765                 return false;
9766             }
9767             if ( iter2.hasNext() ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             final Phylogeny species0 = factory
9771                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9772                              new NHXParser() )[ 0 ];
9773             final Phylogeny gene1 = factory
9774                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9775                              new NHXParser() )[ 0 ];
9776             species0.setRooted( true );
9777             gene1.setRooted( true );
9778             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9779             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9780             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9781                 return false;
9782             }
9783             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9784                 return false;
9785             }
9786             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9787                 return false;
9788             }
9789             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9790                 return false;
9791             }
9792             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             final Phylogeny gene2 = factory
9796                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9797                              new NHXParser() )[ 0 ];
9798             gene2.setRooted( true );
9799             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9800             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9801                 return false;
9802             }
9803             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9804                 return false;
9805             }
9806             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9807                 return false;
9808             }
9809             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9810                 return false;
9811             }
9812             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9813                 return false;
9814             }
9815             final Phylogeny species6 = factory
9816                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9817                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9818                              new NHXParser() )[ 0 ];
9819             final Phylogeny gene6 = factory
9820                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9821                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9822                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9823                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9824                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9825                              new NHXParser() )[ 0 ];
9826             species6.setRooted( true );
9827             gene6.setRooted( true );
9828             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9829             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9830                 return false;
9831             }
9832             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9833                 return false;
9834             }
9835             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9836                 return false;
9837             }
9838             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9839                 return false;
9840             }
9841             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9845                 return false;
9846             }
9847             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9851                 return false;
9852             }
9853             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             p6 = null;
9869             final Phylogeny species7 = factory
9870                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9871                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9872                              new NHXParser() )[ 0 ];
9873             final Phylogeny gene7 = factory
9874                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9875                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9876                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9877                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9878                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9879                              new NHXParser() )[ 0 ];
9880             species7.setRooted( true );
9881             gene7.setRooted( true );
9882             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9883             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9884                 return false;
9885             }
9886             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9887                 return false;
9888             }
9889             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9890                 return false;
9891             }
9892             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9893                 return false;
9894             }
9895             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9920                 return false;
9921             }
9922             p7 = null;
9923             final Phylogeny species8 = factory
9924                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9925                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9926                              new NHXParser() )[ 0 ];
9927             final Phylogeny gene8 = factory
9928                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9929                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9930                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9931                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9932                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9933                              new NHXParser() )[ 0 ];
9934             species8.setRooted( true );
9935             gene8.setRooted( true );
9936             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9937             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9941                 return false;
9942             }
9943             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9944                 return false;
9945             }
9946             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9947                 return false;
9948             }
9949             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9950                 return false;
9951             }
9952             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9953                 return false;
9954             }
9955             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9956                 return false;
9957             }
9958             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9959                 return false;
9960             }
9961             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9962                 return false;
9963             }
9964             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9968                 return false;
9969             }
9970             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9971                 return false;
9972             }
9973             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9974                 return false;
9975             }
9976             p8 = null;
9977         }
9978         catch ( final Exception e ) {
9979             e.printStackTrace( System.out );
9980             return false;
9981         }
9982         return true;
9983     }
9984
9985     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9986         try {
9987             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9988             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9989                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9990                 if ( id != null ) {
9991                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9992                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9993                 }
9994                 return false;
9995             }
9996             //
9997             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
9998             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9999                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10000                 if ( id != null ) {
10001                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10002                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10003                 }
10004                 return false;
10005             }
10006             //
10007             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10008             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10009                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10010                 if ( id != null ) {
10011                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10012                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10013                 }
10014                 return false;
10015             }
10016             //
10017             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10018             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10019                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10020                 if ( id != null ) {
10021                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10022                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10023                 }
10024                 return false;
10025             }
10026             //
10027             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10028             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10029                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10030                 if ( id != null ) {
10031                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10032                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10033                 }
10034                 return false;
10035             }
10036             //
10037             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10038             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10039                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10040                 if ( id != null ) {
10041                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10042                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10043                 }
10044                 return false;
10045             }
10046             //
10047             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10048             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10049                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10050                 if ( id != null ) {
10051                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10052                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10053                 }
10054                 return false;
10055             }
10056             //
10057             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10058             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10059                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10060                 if ( id != null ) {
10061                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10062                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10063                 }
10064                 return false;
10065             }
10066             //
10067             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10068             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10069                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10070                 if ( id != null ) {
10071                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10072                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10073                 }
10074                 return false;
10075             }
10076             //
10077             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10078             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10079                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10080                 if ( id != null ) {
10081                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10082                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10083                 }
10084                 return false;
10085             }
10086             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10087             if ( id != null ) {
10088                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10089                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10090                 return false;
10091             }
10092         }
10093         catch ( final Exception e ) {
10094             e.printStackTrace( System.out );
10095             return false;
10096         }
10097         return true;
10098     }
10099
10100     private static boolean testSequenceWriter() {
10101         try {
10102             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10103             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10104                 return false;
10105             }
10106             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10107                 return false;
10108             }
10109             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10110                 return false;
10111             }
10112             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10113                 return false;
10114             }
10115             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10116                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10117                 return false;
10118             }
10119             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10120                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10121                 return false;
10122             }
10123         }
10124         catch ( final Exception e ) {
10125             e.printStackTrace();
10126             return false;
10127         }
10128         return true;
10129     }
10130
10131     private static boolean testSpecies() {
10132         try {
10133             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10134             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10135             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10136             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10137             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10138                 return false;
10139             }
10140             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10141                 return false;
10142             }
10143             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10144                 return false;
10145             }
10146             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10147                 return false;
10148             }
10149             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10150                 return false;
10151             }
10152             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10153                 return false;
10154             }
10155             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10156                 return false;
10157             }
10158             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10159                 return false;
10160             }
10161             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10171                 return false;
10172             }
10173             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10174                 return false;
10175             }
10176             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10177                 return false;
10178             }
10179             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10180             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10181                 return false;
10182             }
10183             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10184                 return false;
10185             }
10186         }
10187         catch ( final Exception e ) {
10188             e.printStackTrace( System.out );
10189             return false;
10190         }
10191         return true;
10192     }
10193
10194     private static boolean testSplit() {
10195         try {
10196             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10197             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10198             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10199             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10200             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10201             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10202             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10203             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10204             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10205             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10206             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10207             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10208             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10209             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10210             // System.out.println( s0.toString() );
10211             //
10212             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10215             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10216                 return false;
10217             }
10218             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10226             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10227                 return false;
10228             }
10229             //
10230             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10234             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10235                 return false;
10236             }
10237             //
10238             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10243             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10244                 return false;
10245             }
10246             //
10247             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10252             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10253                 return false;
10254             }
10255             //
10256             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10260             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10261                 return false;
10262             }
10263             //
10264             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10267             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10268                 return false;
10269             }
10270             //
10271             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10277             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10278                 return false;
10279             }
10280             //
10281             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10285             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10286                 return false;
10287             }
10288             //
10289             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10291             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10294             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10295                 return false;
10296             }
10297             //
10298             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10299             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10301             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10302                 return false;
10303             }
10304             //
10305             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10310             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10311                 return false;
10312             }
10313             //
10314             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10316             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10320             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10321                 return false;
10322             }
10323             //
10324             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10328             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10329                 return false;
10330             }
10331             //
10332             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10335             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10336                 return false;
10337             }
10338             //
10339             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10342             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10343                 return false;
10344             }
10345             //
10346             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10349             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10350                 return false;
10351             }
10352             //
10353             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10356             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10357                 return false;
10358             }
10359             //
10360             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10363             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10364                 return false;
10365             }
10366             //
10367             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10369             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10370             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10371                 return false;
10372             }
10373             //
10374             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10376             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10377             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10378             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10379                 return false;
10380             }
10381             //
10382             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10386             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10387                 return false;
10388             }
10389             //
10390             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10395                 return false;
10396             }
10397             //
10398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10403             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10404                 return false;
10405             }
10406             /////////
10407             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10408             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10409             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10410             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10411             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10412             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10414             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10415             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10416             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10417             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10418             //                return false;
10419             //            }
10420             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10421             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10422             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10423             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10425             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10426             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10427             //                return false;
10428             //            }
10429             //            //
10430             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10431             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10432             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10433             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10437             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10438             //                return false;
10439             //            }
10440             //            //
10441             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10442             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10443             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10444             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10445             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10446             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10447             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10448             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10449             //                return false;
10450             //            }
10451             //            //
10452             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10453             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10454             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10458             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10459             //                return false;
10460             //            }
10461             //            //
10462             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10463             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10464             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10465             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10467             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10468             //                return false;
10469             //            }
10470             //
10471             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10476             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10477                 return false;
10478             }
10479             //
10480             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10485             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10486                 return false;
10487             }
10488             ///////////////////////////
10489             //
10490             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10495             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10496                 return false;
10497             }
10498             //
10499             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10504             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10505                 return false;
10506             }
10507             //
10508             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10513             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10514                 return false;
10515             }
10516             //
10517             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10522             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10523                 return false;
10524             }
10525             //
10526             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10531             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10532                 return false;
10533             }
10534             //
10535             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10539             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10540                 return false;
10541             }
10542             //
10543             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10549             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10550                 return false;
10551             }
10552             //
10553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10559             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10560                 return false;
10561             }
10562             //
10563             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10569             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10570                 return false;
10571             }
10572             //
10573             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10580             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10581                 return false;
10582             }
10583         }
10584         catch ( final Exception e ) {
10585             e.printStackTrace();
10586             return false;
10587         }
10588         return true;
10589     }
10590
10591     private static boolean testSplitStrict() {
10592         try {
10593             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10594             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10595             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10596             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10597             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10598             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10599             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10600             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10601             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10602             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10603             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10604             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10607             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10608                 return false;
10609             }
10610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10618             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10619                 return false;
10620             }
10621             //
10622             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10626             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10627                 return false;
10628             }
10629             //
10630             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10635             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10636                 return false;
10637             }
10638             //
10639             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10644             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10645                 return false;
10646             }
10647             //
10648             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10652             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10653                 return false;
10654             }
10655             //
10656             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10659             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10660                 return false;
10661             }
10662             //
10663             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10669             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10670                 return false;
10671             }
10672             //
10673             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10677             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10678                 return false;
10679             }
10680             //
10681             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10686             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10687                 return false;
10688             }
10689             //
10690             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10693             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10694                 return false;
10695             }
10696             //
10697             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10702             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10703                 return false;
10704             }
10705             //
10706             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10712             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10713                 return false;
10714             }
10715             //
10716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10720             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10721                 return false;
10722             }
10723             //
10724             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10727             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10728                 return false;
10729             }
10730             //
10731             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10734             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10735                 return false;
10736             }
10737             //
10738             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10741             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10742                 return false;
10743             }
10744             //
10745             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10748             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10749                 return false;
10750             }
10751             //
10752             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10755             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10756                 return false;
10757             }
10758             //
10759             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10762             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10763                 return false;
10764             }
10765             //
10766             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10771                 return false;
10772             }
10773             //
10774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10778             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10779                 return false;
10780             }
10781             //
10782             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10786             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10787                 return false;
10788             }
10789             //
10790             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10795             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10796                 return false;
10797             }
10798         }
10799         catch ( final Exception e ) {
10800             e.printStackTrace();
10801             return false;
10802         }
10803         return true;
10804     }
10805
10806     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10807         try {
10808             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10809             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10810             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10811             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10812                 return false;
10813             }
10814             t1.toNewHampshireX();
10815             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10816             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10817                 return false;
10818             }
10819             t1.toNewHampshireX();
10820             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10821             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10822                 return false;
10823             }
10824             t1.toNewHampshireX();
10825             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10826             t1.toNewHampshireX();
10827             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10828                 return false;
10829             }
10830             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10831             t1.toNewHampshireX();
10832             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10833                 return false;
10834             }
10835             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10836             t1.toNewHampshireX();
10837             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10838                 return false;
10839             }
10840             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10841             t1.toNewHampshireX();
10842             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10843                 return false;
10844             }
10845             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10846             t1.toNewHampshireX();
10847             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10848                 return false;
10849             }
10850             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10851             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10852                 return false;
10853             }
10854             if ( !t1.isEmpty() ) {
10855                 return false;
10856             }
10857             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10858             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10859             t2.toNewHampshireX();
10860             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10861                 return false;
10862             }
10863             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10864             t2.toNewHampshireX();
10865             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10866                 return false;
10867             }
10868             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10869             t2.toNewHampshireX();
10870             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10871                 return false;
10872             }
10873         }
10874         catch ( final Exception e ) {
10875             e.printStackTrace( System.out );
10876             return false;
10877         }
10878         return true;
10879     }
10880
10881     private static boolean testSupportCount() {
10882         try {
10883             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10884             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10885             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10886                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10887                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10888                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10889                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10890                                                               new NHXParser() );
10891             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10892             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10893             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10894                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10895                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10896                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10897                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10898                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10899                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10900                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10901                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10902                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10903                                                               new NHXParser() );
10904             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10905             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10906             while ( it.hasNext() ) {
10907                 final PhylogenyNode n = it.next();
10908                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10909                     return false;
10910                 }
10911             }
10912             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10913             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10914                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10915             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10916             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10917             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10918                 return false;
10919             }
10920             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10921                 return false;
10922             }
10923             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10924                 return false;
10925             }
10926             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10927                 return false;
10928             }
10929             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10930                 return false;
10931             }
10932             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10933                 return false;
10934             }
10935             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10936                 return false;
10937             }
10938             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10939                 return false;
10940             }
10941             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10942                 return false;
10943             }
10944             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10945                 return false;
10946             }
10947             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10948             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10949                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10950             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10951             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10952             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10953                 return false;
10954             }
10955             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10956                 return false;
10957             }
10958             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10959                 return false;
10960             }
10961             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10962                 return false;
10963             }
10964             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10965                 return false;
10966             }
10967             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10968                 return false;
10969             }
10970             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10971                 return false;
10972             }
10973             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10974                 return false;
10975             }
10976             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10977                 return false;
10978             }
10979             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10983             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10984             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
10985             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
10986                 return false;
10987             }
10988             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10989             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10990             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
10991             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
10992                 return false;
10993             }
10994             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10995             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
10996             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
10997             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
10998                 return false;
10999             }
11000             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11001             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11002             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11003             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11004                 return false;
11005             }
11006         }
11007         catch ( final Exception e ) {
11008             e.printStackTrace( System.out );
11009             return false;
11010         }
11011         return true;
11012     }
11013
11014     private static boolean testSupportTransfer() {
11015         try {
11016             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11017             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11018                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11019             final Phylogeny p2 = factory
11020                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11021             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11022                 return false;
11023             }
11024             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11025                 return false;
11026             }
11027             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11028             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11029             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11030                 return false;
11031             }
11032             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11033                 return false;
11034             }
11035             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11036                 return false;
11037             }
11038             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11039                 return false;
11040             }
11041             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11042                 return false;
11043             }
11044             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11045                 return false;
11046             }
11047             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11048                 return false;
11049             }
11050             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11051                 return false;
11052             }
11053         }
11054         catch ( final Exception e ) {
11055             e.printStackTrace( System.out );
11056             return false;
11057         }
11058         return true;
11059     }
11060
11061     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11062         try {
11063             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11064                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11065             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11066                 return false;
11067             }
11068             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11069                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11070             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11071                 System.out.println( n1.toString() );
11072                 return false;
11073             }
11074             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11075                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11076             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11077                 return false;
11078             }
11079             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11080                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11081             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11082                 System.out.println( n3.toString() );
11083                 return false;
11084             }
11085             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11086                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11087             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11088                 System.out.println( n4.toString() );
11089                 return false;
11090             }
11091             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11092                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11093             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11094                 System.out.println( n5.toString() );
11095                 return false;
11096             }
11097             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11098                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11099             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11100                 System.out.println( n6.toString() );
11101                 return false;
11102             }
11103             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11104                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11105             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11106                 System.out.println( n7.toString() );
11107                 return false;
11108             }
11109             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11110                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11111             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11112                 System.out.println( n8.toString() );
11113                 return false;
11114             }
11115             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11116                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11117             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11118                 System.out.println( n9.toString() );
11119                 return false;
11120             }
11121             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11122                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11123             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11124                 System.out.println( n10x.toString() );
11125                 return false;
11126             }
11127             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11128                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11129             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11130                 System.out.println( n10xx.toString() );
11131                 return false;
11132             }
11133             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11134                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11135             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11136                 System.out.println( n10.toString() );
11137                 return false;
11138             }
11139             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11140                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11141             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11142                 System.out.println( n11.toString() );
11143                 return false;
11144             }
11145             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11146                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11147                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11148             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11149                 System.out.println( n12.toString() );
11150                 return false;
11151             }
11152             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11153                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11154             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11155                 System.out.println( n13.toString() );
11156                 return false;
11157             }
11158         }
11159         catch ( final Exception e ) {
11160             e.printStackTrace( System.out );
11161             return false;
11162         }
11163         return true;
11164     }
11165
11166     private static boolean testTreeMethods() {
11167         try {
11168             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11169             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11170             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11171             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11172                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11173                 return false;
11174             }
11175             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11176             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11177             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11178                 return false;
11179             }
11180             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11181                 return false;
11182             }
11183             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11184                 return false;
11185             }
11186         }
11187         catch ( final Exception e ) {
11188             e.printStackTrace( System.out );
11189             return false;
11190         }
11191         return true;
11192     }
11193
11194     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11195         try {
11196             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11197             n.setName( "NP_001025424" );
11198             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11199             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11200                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11201                 return false;
11202             }
11203             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11204             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11205             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11206                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11207                 return false;
11208             }
11209             n.setName( "NP_001025424.1" );
11210             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11211             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11212                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11213                 return false;
11214             }
11215             n.setName( "NM_001030253" );
11216             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11217             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11218                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11219                 return false;
11220             }
11221             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11222             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11223             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11224                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11225                 System.out.println( acc.toString() );
11226                 return false;
11227             }
11228             n.setName( "P10415" );
11229             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11230             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11231                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11232                 System.out.println( acc.toString() );
11233                 return false;
11234             }
11235             n.setName( " P10415 " );
11236             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11237             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11238                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11239                 System.out.println( acc.toString() );
11240                 return false;
11241             }
11242             n.setName( "_P10415|" );
11243             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11244             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11245                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11246                 System.out.println( acc.toString() );
11247                 return false;
11248             }
11249             n.setName( "AY695820" );
11250             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11251             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11252                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11253                 System.out.println( acc.toString() );
11254                 return false;
11255             }
11256             n.setName( "_AY695820_" );
11257             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11258             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11259                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11260                 System.out.println( acc.toString() );
11261                 return false;
11262             }
11263             n.setName( "AAA59452" );
11264             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11265             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11266                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11267                 System.out.println( acc.toString() );
11268                 return false;
11269             }
11270             n.setName( "_AAA59452_" );
11271             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11272             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11273                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11274                 System.out.println( acc.toString() );
11275                 return false;
11276             }
11277             n.setName( "AAA59452.1" );
11278             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11279             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11280                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11281                 System.out.println( acc.toString() );
11282                 return false;
11283             }
11284             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11285             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11286             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11287                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11288                 System.out.println( acc.toString() );
11289                 return false;
11290             }
11291             n.setName( "GI:94894583" );
11292             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11293             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11294                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11295                 System.out.println( acc.toString() );
11296                 return false;
11297             }
11298         }
11299         catch ( final Exception e ) {
11300             return false;
11301         }
11302         return true;
11303     }
11304
11305     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11306         try {
11307             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11308             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11309             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11310                 return false;
11311             }
11312             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11313                 return false;
11314             }
11315             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11316                 return false;
11317             }
11318             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11319                 return false;
11320             }
11321             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11322             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11323             System.out.println( n2.toString() );
11324             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11325                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11326                 return false;
11327             }
11328             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11329                 return false;
11330             }
11331             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11332                 return false;
11333             }
11334             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11335                 return false;
11336             }
11337             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11338             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11339             System.out.println( "n=" + n3.toString() );
11340             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11341                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11348                 return false;
11349             }
11350             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11351                 return false;
11352             }
11353         }
11354         catch ( final IOException e ) {
11355             System.out.println();
11356             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11357             e.printStackTrace( System.out );
11358             return true;
11359         }
11360         catch ( final Exception e ) {
11361             e.printStackTrace();
11362             return false;
11363         }
11364         return true;
11365     }
11366
11367     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11368         try {
11369             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11370             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11371                 System.out.println( entry.getAccession() );
11372                 return false;
11373             }
11374             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11375                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11376                 return false;
11377             }
11378             if ( !entry.getSequenceName()
11379                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11380                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11381                 return false;
11382             }
11383             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11384             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11385             //     return false;
11386             // }
11387             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11388                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11389                 return false;
11390             }
11391             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11392                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11393                 return false;
11394             }
11395             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11396                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11397                 return false;
11398             }
11399             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11400                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11401                 return false;
11402             }
11403             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11404                 return false;
11405             }
11406             //
11407             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11408             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11409                 return false;
11410             }
11411             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11412                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11413                 return false;
11414             }
11415             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11416                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11417                 return false;
11418             }
11419             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11420                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11421                 return false;
11422             }
11423             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11424                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11425                 return false;
11426             }
11427             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11428                 return false;
11429             }
11430             //
11431             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11432             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11433                 return false;
11434             }
11435             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11436                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11437                 return false;
11438             }
11439             if ( !entry2.getSequenceName()
11440                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11441                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11442                 return false;
11443             }
11444             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11445                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11446                 return false;
11447             }
11448             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11449                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11450                 return false;
11451             }
11452             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11453                 return false;
11454             }
11455             //
11456             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11457             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11458                 return false;
11459             }
11460             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11461                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11462                 return false;
11463             }
11464             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11465                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11466                 return false;
11467             }
11468             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11469                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11470                 return false;
11471             }
11472             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11473                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11474                 return false;
11475             }
11476             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11477                 return false;
11478             }
11479             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11480                 return false;
11481             }
11482             //
11483             //
11484             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11485             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11486                 return false;
11487             }
11488             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11489                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11490                 return false;
11491             }
11492             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11493                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11494                 return false;
11495             }
11496             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11497                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11498                 return false;
11499             }
11500             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11501                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11502                 return false;
11503             }
11504             //            if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11505             //                System.out.println( entry4.getChromosome() );
11506             //                return false;
11507             //            }
11508             //            if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11509             //                System.out.println( entry4.getMap() );
11510             //                return false;
11511             //            }
11512             //
11513             //TODO fails:
11514             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11515             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11516             //                return false;
11517             //            }
11518         }
11519         catch ( final IOException e ) {
11520             System.out.println();
11521             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11522             e.printStackTrace( System.out );
11523             return true;
11524         }
11525         catch ( final Exception e ) {
11526             e.printStackTrace();
11527             return false;
11528         }
11529         return true;
11530     }
11531
11532     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11533         try {
11534             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11535             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11536                 return false;
11537             }
11538             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11539                 return false;
11540             }
11541             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11542                 return false;
11543             }
11544             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11545                 return false;
11546             }
11547             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11548                 return false;
11549             }
11550             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11551                 return false;
11552             }
11553         }
11554         catch ( final IOException e ) {
11555             System.out.println();
11556             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11557             e.printStackTrace( System.out );
11558             return true;
11559         }
11560         catch ( final Exception e ) {
11561             return false;
11562         }
11563         return true;
11564     }
11565
11566     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11567         try {
11568             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11569                                                                                                  10 );
11570             if ( results.size() != 1 ) {
11571                 return false;
11572             }
11573             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11574                 return false;
11575             }
11576             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11577                 return false;
11578             }
11579             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11580                 return false;
11581             }
11582             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11583                 return false;
11584             }
11585             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11586                 return false;
11587             }
11588             results = null;
11589             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11590             if ( results.size() != 1 ) {
11591                 return false;
11592             }
11593             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11594                 return false;
11595             }
11596             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11597                 return false;
11598             }
11599             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11600                 return false;
11601             }
11602             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11603                 return false;
11604             }
11605             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11606                 return false;
11607             }
11608             results = null;
11609             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11610             if ( results.size() != 1 ) {
11611                 return false;
11612             }
11613             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11614                 return false;
11615             }
11616             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11617                 return false;
11618             }
11619             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11620                 return false;
11621             }
11622             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11623                 return false;
11624             }
11625             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11626                 return false;
11627             }
11628             results = null;
11629             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11630             if ( results.size() != 1 ) {
11631                 return false;
11632             }
11633             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11634                 return false;
11635             }
11636             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11637                 return false;
11638             }
11639             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11640                 return false;
11641             }
11642             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11643                 return false;
11644             }
11645             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11646                 return false;
11647             }
11648             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11649                 return false;
11650             }
11651             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11652                 return false;
11653             }
11654             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11655                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11656                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11657                 return false;
11658             }
11659             //
11660             results = null;
11661             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11662             if ( results.size() != 1 ) {
11663                 return false;
11664             }
11665             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11666                 return false;
11667             }
11668             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11675                 return false;
11676             }
11677             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11678                 return false;
11679             }
11680             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11681                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11682                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11683                 return false;
11684             }
11685             //
11686             results = null;
11687             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11688             if ( results.size() != 1 ) {
11689                 return false;
11690             }
11691             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11692                 return false;
11693             }
11694             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11695                 return false;
11696             }
11697             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11698                 return false;
11699             }
11700             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11701                 return false;
11702             }
11703             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11704                 return false;
11705             }
11706             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11707                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11708                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11709                 return false;
11710             }
11711             //
11712             results = null;
11713             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11714             if ( results.size() != 1 ) {
11715                 return false;
11716             }
11717             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11718                 return false;
11719             }
11720             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11721                 return false;
11722             }
11723             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11724                 return false;
11725             }
11726             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11727                 return false;
11728             }
11729             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11730                 return false;
11731             }
11732             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11733                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11734                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11735                 return false;
11736             }
11737         }
11738         catch ( final IOException e ) {
11739             System.out.println();
11740             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11741             e.printStackTrace( System.out );
11742             return true;
11743         }
11744         catch ( final Exception e ) {
11745             return false;
11746         }
11747         return true;
11748     }
11749
11750     private static boolean testWabiTxSearch() {
11751         try {
11752             String result = "";
11753             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11754             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11755             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11756                 return false;
11757             }
11758             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11759             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11760                 return false;
11761             }
11762             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11763             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11764                 return false;
11765             }
11766             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11767             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11768                 return false;
11769             }
11770             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11771             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11772                 return false;
11773             }
11774             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11775             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11776                 return false;
11777             }
11778             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11779             queries.add( "Campylobacter coli" );
11780             queries.add( "Escherichia coli" );
11781             queries.add( "Arabidopsis" );
11782             queries.add( "Trichoplax" );
11783             queries.add( "Samanea saman" );
11784             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11785             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11786             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11787             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11788             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11789             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11790             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11791             ranks.add( RANKS.GENUS );
11792             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11793             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11794             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11795             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11796         }
11797         catch ( final Exception e ) {
11798             System.out.println();
11799             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11800             e.printStackTrace( System.out );
11801             return false;
11802         }
11803         return true;
11804     }
11805 }