forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39 import java.util.SortedSet;
  40
  41 import org.forester.application.support_transfer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  43 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  44 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  47 import org.forester.go.TestGo;
  48 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  57 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  58 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  59 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  60 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  61 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  62 import org.forester.msa.BasicMsa;
  63 import org.forester.msa.Mafft;
  64 import org.forester.msa.Msa;
  65 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  66 import org.forester.msa.MsaMethods;
  67 import org.forester.pccx.TestPccx;
  68 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  79 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  82 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  88 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  90 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  93 import org.forester.protein.BasicDomain;
  94 import org.forester.protein.BasicProtein;
  95 import org.forester.protein.Domain;
  96 import org.forester.protein.Protein;
  97 import org.forester.protein.ProteinId;
  98 import org.forester.rio.TestRIO;
  99 import org.forester.sdi.SDI;
 100 import org.forester.sdi.SDIR;
 101 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 102 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 103 import org.forester.sequence.Sequence;
 104 import org.forester.species.BasicSpecies;
 105 import org.forester.species.Species;
 106 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 107 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 108 import org.forester.tools.SupportCount;
 109 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 110 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 111 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 112 import org.forester.util.BasicTable;
 113 import org.forester.util.BasicTableParser;
 114 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 115 import org.forester.util.ForesterConstants;
 116 import org.forester.util.ForesterUtil;
 117 import org.forester.util.GeneralTable;
 118 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 119 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 122 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 126
 127 @SuppressWarnings( "unused")
 128 public final class Test {
 129
 130     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 131     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 132     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 139     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 142     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 145
 146     public static boolean testOverlapRemoval() {
 147         try {
 148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 149             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 154             covered.add( true ); // 0
 155             covered.add( false ); // 1
 156             covered.add( true ); // 2
 157             covered.add( false ); // 3
 158             covered.add( true ); // 4
 159             covered.add( true ); // 5
 160             covered.add( false ); // 6
 161             covered.add( true ); // 7
 162             covered.add( true ); // 8
 163             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 179             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 180             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 181             ab.addProteinDomain( a );
 182             ab.addProteinDomain( b );
 183             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 184             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 194             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 201             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 202                                               ( short ) 10000,
 203                                               ( short ) 10500,
 204                                               ( short ) 1,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               0.0000001,
 207                                               1 );
 208             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 209             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 210             cde.addProteinDomain( c );
 211             cde.addProteinDomain( d );
 212             cde.addProteinDomain( e );
 213             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 214             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 221             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 222             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 223             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 224             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 225             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 226             fghi.addProteinDomain( f );
 227             fghi.addProteinDomain( g );
 228             fghi.addProteinDomain( h );
 229             fghi.addProteinDomain( i );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i2 );
 233             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 234             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 244             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 251             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 252             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 253             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 254             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 257             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 258             jklm.addProteinDomain( j );
 259             jklm.addProteinDomain( k );
 260             jklm.addProteinDomain( l );
 261             jklm.addProteinDomain( m );
 262             jklm.addProteinDomain( m0 );
 263             jklm.addProteinDomain( m1 );
 264             jklm.addProteinDomain( m2 );
 265             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 266             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 276             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 283             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 284             od.addProteinDomain( only );
 285             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 286             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 290                 return false;
 291             }
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             e.printStackTrace( System.out );
 295             return false;
 296         }
 297         return true;
 298     }
 299
 300     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 301         try {
 302             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 303             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 310             covered.add( true ); // 0
 311             covered.add( false ); // 1
 312             covered.add( true ); // 2
 313             covered.add( false ); // 3
 314             covered.add( true ); // 4
 315             covered.add( true ); // 5
 316             covered.add( false ); // 6
 317             covered.add( true ); // 7
 318             covered.add( true ); // 8
 319             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 341             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 342             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 343             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 344             abc.addProteinDomain( a );
 345             abc.addProteinDomain( b );
 346             abc.addProteinDomain( c );
 347             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 348             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 349             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 365             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 366             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 367             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 368             def.addProteinDomain( d );
 369             def.addProteinDomain( e );
 370             def.addProteinDomain( f );
 371             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 372             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 373             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 389                 return false;
 390             }
 391         }
 392         catch ( final Exception e ) {
 393             e.printStackTrace( System.out );
 394             return false;
 395         }
 396         return true;
 397     }
 398
 399     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 400         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 401     }
 402
 403     public static void main( final String[] args ) {
 404         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 405         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 406                 + "]" );
 407         Locale.setDefault( Locale.US );
 408         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 409         int failed = 0;
 410         int succeeded = 0;
 411         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 412         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 413             System.out.println( "OK.]" );
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 417             System.out.println( "Testing aborted." );
 418             System.exit( -1 );
 419         }
 420         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 421         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 422             System.out.println( "OK.]" );
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 426             System.out.println( "Testing aborted." );
 427             System.exit( -1 );
 428         }
 429         final long start_time = new Date().getTime();
 430         System.out.print( "Basic node methods: " );
 431         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Protein id: " );
 440         if ( !testProteinId() ) {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         else {
 445             succeeded++;
 446         }
 447         System.out.println( "OK." );
 448         System.out.print( "Species: " );
 449         if ( !testSpecies() ) {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         else {
 454             succeeded++;
 455         }
 456         System.out.println( "OK." );
 457         System.out.print( "Basic domain: " );
 458         if ( !testBasicDomain() ) {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         else {
 463             succeeded++;
 464         }
 465         System.out.println( "OK." );
 466         System.out.print( "Basic protein: " );
 467         if ( !testBasicProtein() ) {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         else {
 472             succeeded++;
 473         }
 474         System.out.println( "OK." );
 475         System.out.print( "Sequence writer: " );
 476         if ( testSequenceWriter() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 485         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 494             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 495             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 496                 System.out.println( "OK." );
 497                 succeeded++;
 498             }
 499             else {
 500                 System.out.println( "failed." );
 501                 failed++;
 502             }
 503         }
 504         ///////////////////////////////////////// System.exit( 0 );
 505         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 506         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 515         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 524             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 525             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 526                 System.out.println( "OK." );
 527                 succeeded++;
 528             }
 529             else {
 530                 System.out.println( "failed." );
 531                 failed++;
 532                 System.exit( -1 );
 533             }
 534         }
 535         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 536         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         //
 545         System.out.print( "Overlap removal: " );
 546         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         else {
 551             succeeded++;
 552         }
 553         System.out.println( "OK." );
 554         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 555         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         else {
 560             succeeded++;
 561         }
 562         System.out.println( "OK." );
 563         //
 564         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 565         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "SN extraction: " );
 574         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 583         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 592         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 601         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 610         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "NH parsing: " );
 619         if ( Test.testNHParsing() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 628         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "NHX parsing: " );
 637         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 646         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 655         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 664         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 673         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 682         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 691         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 700         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 709         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 718         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 727         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 736         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 745         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Copying of node data: " );
 754         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762
 763
 764
 765         System.out.print( "Tree copy: " );
 766         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 767             System.out.println( "OK." );
 768             succeeded++;
 769         }
 770         else {
 771             System.out.println( "failed." );
 772             failed++;
 773         }
 774
 775
 776
 777
 778
 779
 780         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 781         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 782             System.out.println( "OK." );
 783             succeeded++;
 784         }
 785         else {
 786             System.out.println( "failed." );
 787             failed++;
 788         }
 789         System.out.print( "Tree methods: " );
 790         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 791             System.out.println( "OK." );
 792             succeeded++;
 793         }
 794         else {
 795             System.out.println( "failed." );
 796             failed++;
 797         }
 798         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 799         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 800             System.out.println( "OK." );
 801             succeeded++;
 802         }
 803         else {
 804             System.out.println( "failed." );
 805             failed++;
 806         }
 807         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 808         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 809             System.out.println( "OK." );
 810             succeeded++;
 811         }
 812         else {
 813             System.out.println( "failed." );
 814             failed++;
 815         }
 816         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 817         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 818             System.out.println( "OK." );
 819             succeeded++;
 820         }
 821         else {
 822             System.out.println( "failed." );
 823             failed++;
 824         }
 825         System.out.print( "Re-id methods: " );
 826         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 827             System.out.println( "OK." );
 828             succeeded++;
 829         }
 830         else {
 831             System.out.println( "failed." );
 832             failed++;
 833         }
 834         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 835         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 836             System.out.println( "OK." );
 837             succeeded++;
 838         }
 839         else {
 840             System.out.println( "failed." );
 841             failed++;
 842         }
 843         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 844         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 845             System.out.println( "OK." );
 846             succeeded++;
 847         }
 848         else {
 849             System.out.println( "failed." );
 850             failed++;
 851         }
 852         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 853         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 854             System.out.println( "OK." );
 855             succeeded++;
 856         }
 857         else {
 858             System.out.println( "failed." );
 859             failed++;
 860         }
 861         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 862         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 863             System.out.println( "OK." );
 864             succeeded++;
 865         }
 866         else {
 867             System.out.println( "failed." );
 868             failed++;
 869         }
 870         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 871         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 872             System.out.println( "OK." );
 873             succeeded++;
 874         }
 875         else {
 876             System.out.println( "failed." );
 877             failed++;
 878         }
 879         System.out.print( "Rerooting: " );
 880         if ( Test.testRerooting() ) {
 881             System.out.println( "OK." );
 882             succeeded++;
 883         }
 884         else {
 885             System.out.println( "failed." );
 886             failed++;
 887         }
 888         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 889         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 890             System.out.println( "OK." );
 891             succeeded++;
 892         }
 893         else {
 894             System.out.println( "failed." );
 895             failed++;
 896         }
 897         System.out.print( "Node removal: " );
 898         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 899             System.out.println( "OK." );
 900             succeeded++;
 901         }
 902         else {
 903             System.out.println( "failed." );
 904             failed++;
 905         }
 906         System.out.print( "Support count: " );
 907         if ( Test.testSupportCount() ) {
 908             System.out.println( "OK." );
 909             succeeded++;
 910         }
 911         else {
 912             System.out.println( "failed." );
 913             failed++;
 914         }
 915         System.out.print( "Support transfer: " );
 916         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 917             System.out.println( "OK." );
 918             succeeded++;
 919         }
 920         else {
 921             System.out.println( "failed." );
 922             failed++;
 923         }
 924         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 925         if ( Test.testGetLCA() ) {
 926             System.out.println( "OK." );
 927             succeeded++;
 928         }
 929         else {
 930             System.out.println( "failed." );
 931             failed++;
 932         }
 933         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 934         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 935             System.out.println( "OK." );
 936             succeeded++;
 937         }
 938         else {
 939             System.out.println( "failed." );
 940             failed++;
 941         }
 942         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 943         if ( Test.testGetDistance() ) {
 944             System.out.println( "OK." );
 945             succeeded++;
 946         }
 947         else {
 948             System.out.println( "failed." );
 949             failed++;
 950         }
 951         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 952         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 953             System.out.println( "OK." );
 954             succeeded++;
 955         }
 956         else {
 957             System.out.println( "failed." );
 958             failed++;
 959         }
 960         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 961         if ( Test.testDataObjects() ) {
 962             System.out.println( "OK." );
 963             succeeded++;
 964         }
 965         else {
 966             System.out.println( "failed." );
 967             failed++;
 968         }
 969         System.out.print( "Properties map: " );
 970         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 971             System.out.println( "OK." );
 972             succeeded++;
 973         }
 974         else {
 975             System.out.println( "failed." );
 976             failed++;
 977         }
 978         System.out.print( "SDIse: " );
 979         if ( Test.testSDIse() ) {
 980             System.out.println( "OK." );
 981             succeeded++;
 982         }
 983         else {
 984             System.out.println( "failed." );
 985             failed++;
 986         }
 987         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 988         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 989             System.out.println( "OK." );
 990             succeeded++;
 991         }
 992         else {
 993             System.out.println( "failed." );
 994             failed++;
 995         }
 996         System.out.print( "GSDI: " );
 997         if ( TestGSDI.test() ) {
 998             System.out.println( "OK." );
 999             succeeded++;
1000         }
1001         else {
1002             System.out.println( "failed." );
1003             failed++;
1004         }
1005         System.out.print( "RIO: " );
1006         if ( TestRIO.test() ) {
1007             System.out.println( "OK." );
1008             succeeded++;
1009         }
1010         else {
1011             System.out.println( "failed." );
1012             failed++;
1013         }
1014         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1015         System.out.println();
1016         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1017             System.out.println( "OK." );
1018             succeeded++;
1019         }
1020         else {
1021             System.out.println( "failed." );
1022             failed++;
1023         }
1024         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1025         System.out.println();
1026         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1027             System.out.println( "OK." );
1028             succeeded++;
1029         }
1030         else {
1031             System.out.println( "failed." );
1032             failed++;
1033         }
1034         System.out.print( "GO: " );
1035         System.out.println();
1036         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1037             System.out.println( "OK." );
1038             succeeded++;
1039         }
1040         else {
1041             System.out.println( "failed." );
1042             failed++;
1043         }
1044         System.out.print( "Modeling tools: " );
1045         if ( TestPccx.test() ) {
1046             System.out.println( "OK." );
1047             succeeded++;
1048         }
1049         else {
1050             System.out.println( "failed." );
1051             failed++;
1052         }
1053         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1054         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1055             System.out.println( "OK." );
1056             succeeded++;
1057         }
1058         else {
1059             System.out.println( "failed." );
1060             failed++;
1061         }
1062         System.out.print( "Split Matrix: " );
1063         if ( Test.testSplit() ) {
1064             System.out.println( "OK." );
1065             succeeded++;
1066         }
1067         else {
1068             System.out.println( "failed." );
1069             failed++;
1070         }
1071         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1072         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1073             System.out.println( "OK." );
1074             succeeded++;
1075         }
1076         else {
1077             System.out.println( "failed." );
1078             failed++;
1079         }
1080         System.out.print( "Basic table: " );
1081         if ( Test.testBasicTable() ) {
1082             System.out.println( "OK." );
1083             succeeded++;
1084         }
1085         else {
1086             System.out.println( "failed." );
1087             failed++;
1088         }
1089         System.out.print( "General table: " );
1090         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1091             System.out.println( "OK." );
1092             succeeded++;
1093         }
1094         else {
1095             System.out.println( "failed." );
1096             failed++;
1097         }
1098         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1099         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1100             System.out.println( "OK." );
1101             succeeded++;
1102         }
1103         else {
1104             System.out.println( "failed." );
1105             failed++;
1106         }
1107         System.out.print( "General MSA parser: " );
1108         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1109             System.out.println( "OK." );
1110             succeeded++;
1111         }
1112         else {
1113             System.out.println( "failed." );
1114             failed++;
1115         }
1116         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1117         if ( Test.testFastaParser() ) {
1118             System.out.println( "OK." );
1119             succeeded++;
1120         }
1121         else {
1122             System.out.println( "failed." );
1123             failed++;
1124         }
1125         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1126         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1127             System.out.println( "OK." );
1128             succeeded++;
1129         }
1130         else {
1131             System.out.println( "failed." );
1132             failed++;
1133         }
1134         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1135         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1136             System.out.println( "OK." );
1137             succeeded++;
1138         }
1139         else {
1140             System.out.println( "failed." );
1141             failed++;
1142         }
1143         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1144             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1145             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1146                 System.out.println( "OK." );
1147                 succeeded++;
1148             }
1149             else {
1150                 System.out.println( "failed." );
1151                 failed++;
1152             }
1153         }
1154         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1155             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1156             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1157                 System.out.println( "OK." );
1158                 succeeded++;
1159             }
1160             else {
1161                 System.out.println( "failed." );
1162                 failed++;
1163             }
1164         }
1165         //----
1166         String path = "";
1167         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1168         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1169             path = "/usr/local/bin/mafft";
1170         }
1171         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1172             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1173         }
1174         else {
1175             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1176         }
1177         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1178             path = "mafft";
1179         }
1180         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1181             path = "/usr/local/bin/mafft";
1182         }
1183         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1184             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1185             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1186                 System.out.println( "OK." );
1187                 succeeded++;
1188             }
1189             else {
1190                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1191             }
1192         }
1193         //----
1194         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1195         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1196             System.out.println( "OK." );
1197             succeeded++;
1198         }
1199         else {
1200             System.out.println( "failed." );
1201             failed++;
1202         }
1203         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1204         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1205             System.out.println( "OK." );
1206             succeeded++;
1207         }
1208         else {
1209             System.out.println( "failed." );
1210             failed++;
1211         }
1212         System.out.println();
1213         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1214         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1215         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1216         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1217                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1218         System.out.println();
1219         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1220         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1221         System.out.println();
1222         if ( failed < 1 ) {
1223             System.out.println( "OK." );
1224         }
1225         else {
1226             System.out.println( "Not OK." );
1227         }
1228     }
1229
1230     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1231         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1232         return p;
1233     }
1234
1235     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1236         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1237     }
1238
1239     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1240         try {
1241             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1242             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1255             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1259             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1263             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266         }
1267         catch ( final Exception e ) {
1268             e.printStackTrace();
1269             return false;
1270         }
1271         return true;
1272     }
1273
1274     private static boolean testBasicDomain() {
1275         try {
1276             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1277             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1290             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1291             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1292             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1293             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1294             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324         }
1325         catch ( final Exception e ) {
1326             e.printStackTrace( System.out );
1327             return false;
1328         }
1329         return true;
1330     }
1331
1332     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1333         try {
1334             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1338             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1339                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1340             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1341                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1342             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1343                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !n3.isExternal() ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( !n3.isRoot() ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365         }
1366         catch ( final Exception e ) {
1367             e.printStackTrace( System.out );
1368             return false;
1369         }
1370         return true;
1371     }
1372
1373     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1374         try {
1375             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1376             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1377             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1378                                                               xml_parser );
1379             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1380                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1387             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1388             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1389             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1390             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !t1.isRooted() ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( t1.isRerootable() ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1424                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1428                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1456                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1469                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1473                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1477                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1481                     .equals( "experimental" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1485                     .equals( "function" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1489                     .getValue() != 1 ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1493                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1494                 return false;
1495             }
1496             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1497                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1501                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1505                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1509                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1513                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1517                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1521                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1525                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1526                 return false;
1527             }
1528             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1529                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1536                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1543             if ( x.size() != 4 ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             int c = 0;
1547             for( final Accession acc : x ) {
1548                 if ( c == 0 ) {
1549                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1550                         return false;
1551                     }
1552                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1553                         return false;
1554                     }
1555                 }
1556                 c++;
1557             }
1558         }
1559         catch ( final Exception e ) {
1560             e.printStackTrace( System.out );
1561             return false;
1562         }
1563         return true;
1564     }
1565
1566     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1567         try {
1568             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1569             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1570             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1571                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1572             }
1573             else {
1574                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1575             }
1576             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1577                                                               xml_parser );
1578             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1579                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1586             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1587             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1591             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1604             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1605             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1606             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1619                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1620                 return false;
1621             }
1622             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1623                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1627             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1628             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1629             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1630             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1634             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1650                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1660                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1664                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1668                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1672                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1676                     .equals( "experimental" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1680                     .equals( "function" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1684                     .getValue() != 1 ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1688                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1692                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1696                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1700                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1704                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1708                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1712                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1716                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1720                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1721                 return false;
1722             }
1723             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1724                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1731                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1741                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1757                     .equals( "ncbi" ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1764                     .getName().equals( "B" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1768                     .getFrom() != 21 ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1775                     .getLength() != 24 ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1779                     .getConfidence() != 2144 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1783                     .equals( "pfam" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1799             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1836                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             //
1861             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1865                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1872                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1882                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1886                     .getCrossReferences();
1887             if ( x.size() != 4 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             int c = 0;
1891             for( final Accession acc : x ) {
1892                 if ( c == 0 ) {
1893                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1894                         return false;
1895                     }
1896                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1897                         return false;
1898                     }
1899                 }
1900                 c++;
1901             }
1902         }
1903         catch ( final Exception e ) {
1904             e.printStackTrace( System.out );
1905             return false;
1906         }
1907         return true;
1908     }
1909
1910     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1911         try {
1912             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1913             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1914             try {
1915                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1916             }
1917             catch ( final Exception e ) {
1918                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1919             }
1920             if ( xml_parser == null ) {
1921                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1922                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1923                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1924                 }
1925                 else {
1926                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1927                 }
1928             }
1929             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1930                                                               xml_parser );
1931             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1932                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1933                 return false;
1934             }
1935             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1939             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1940             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1941             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1942             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1955                 return false;
1956             }
1957             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1964             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1965             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1966                 System.out.println( "errors:" );
1967                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1968                 return false;
1969             }
1970             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1974                                                               xml_parser );
1975             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1976                 System.out.println( "errors:" );
1977                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1978                 return false;
1979             }
1980             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1987                                                               xml_parser );
1988             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1989                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1996             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2000                 return false;
2001             }
2002             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2009                                                               xml_parser );
2010             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2011                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2012                 return false;
2013             }
2014             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2018             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2019                 return false;
2020             }
2021             s.getNode( "first" );
2022             s.getNode( "<>" );
2023             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2024             s.getNode( "'''\"" );
2025             s.getNode( "\"\"\"" );
2026             s.getNode( "dick & doof" );
2027         }
2028         catch ( final Exception e ) {
2029             e.printStackTrace( System.out );
2030             return false;
2031         }
2032         return true;
2033     }
2034
2035     private static boolean testBasicProtein() {
2036         try {
2037             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2038             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2039             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2040             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2041             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2042             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2043             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2044             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2045             p0.addProteinDomain( y );
2046             p0.addProteinDomain( e );
2047             p0.addProteinDomain( b );
2048             p0.addProteinDomain( c );
2049             p0.addProteinDomain( d );
2050             p0.addProteinDomain( a );
2051             p0.addProteinDomain( x );
2052             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2053                 return false;
2054             }
2055             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             //
2059             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2060             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2061             aa0.addProteinDomain( a1 );
2062             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             //
2069             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2070             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2071             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2072             aa1.addProteinDomain( a11 );
2073             aa1.addProteinDomain( a12 );
2074             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2075                 return false;
2076             }
2077             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2081             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2091             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2095                 return false;
2096             }
2097             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2098                 return false;
2099             }
2100             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2104             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2114                 return false;
2115             }
2116             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2117             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2121                 return false;
2122             }
2123             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2124                 return false;
2125             }
2126             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2127                 return false;
2128             }
2129             //
2130             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2131             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2134             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2135             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2136             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2137             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2138             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2139             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2140             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2141             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2142             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2143             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2144             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2145             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2146             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2147             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2148             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2149             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2150             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2151             p00.addProteinDomain( y0 );
2152             p00.addProteinDomain( e0 );
2153             p00.addProteinDomain( b0 );
2154             p00.addProteinDomain( c0 );
2155             p00.addProteinDomain( d0 );
2156             p00.addProteinDomain( a0 );
2157             p00.addProteinDomain( x0 );
2158             p00.addProteinDomain( y1 );
2159             p00.addProteinDomain( y2 );
2160             p00.addProteinDomain( y3 );
2161             p00.addProteinDomain( e1 );
2162             p00.addProteinDomain( e2 );
2163             p00.addProteinDomain( e3 );
2164             p00.addProteinDomain( e4 );
2165             p00.addProteinDomain( e5 );
2166             p00.addProteinDomain( z0 );
2167             p00.addProteinDomain( z1 );
2168             p00.addProteinDomain( z2 );
2169             p00.addProteinDomain( zz0 );
2170             p00.addProteinDomain( zz1 );
2171             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2187             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2188             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2189             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2190             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2191             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2192             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2193             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2194             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2195             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2196             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2197             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2198             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2199             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2200             p.addProteinDomain( B15 );
2201             p.addProteinDomain( C50 );
2202             p.addProteinDomain( A60 );
2203             p.addProteinDomain( A30 );
2204             p.addProteinDomain( C70 );
2205             p.addProteinDomain( B35 );
2206             p.addProteinDomain( B40 );
2207             p.addProteinDomain( A0 );
2208             p.addProteinDomain( A10 );
2209             p.addProteinDomain( A20 );
2210             p.addProteinDomain( B25 );
2211             p.addProteinDomain( D80 );
2212             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2213             domains_ids.add( "A" );
2214             domains_ids.add( "B" );
2215             domains_ids.add( "C" );
2216             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             domains_ids.add( "X" );
2223             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             domains_ids = new ArrayList<String>();
2230             domains_ids.add( "A" );
2231             domains_ids.add( "C" );
2232             domains_ids.add( "D" );
2233             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             domains_ids = new ArrayList<String>();
2240             domains_ids.add( "A" );
2241             domains_ids.add( "D" );
2242             domains_ids.add( "C" );
2243             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             domains_ids = new ArrayList<String>();
2250             domains_ids.add( "A" );
2251             domains_ids.add( "A" );
2252             domains_ids.add( "B" );
2253             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             domains_ids = new ArrayList<String>();
2260             domains_ids.add( "A" );
2261             domains_ids.add( "A" );
2262             domains_ids.add( "A" );
2263             domains_ids.add( "B" );
2264             domains_ids.add( "B" );
2265             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             domains_ids = new ArrayList<String>();
2272             domains_ids.add( "A" );
2273             domains_ids.add( "A" );
2274             domains_ids.add( "B" );
2275             domains_ids.add( "A" );
2276             domains_ids.add( "B" );
2277             domains_ids.add( "B" );
2278             domains_ids.add( "A" );
2279             domains_ids.add( "B" );
2280             domains_ids.add( "C" );
2281             domains_ids.add( "A" );
2282             domains_ids.add( "C" );
2283             domains_ids.add( "D" );
2284             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290         }
2291         catch ( final Exception e ) {
2292             e.printStackTrace( System.out );
2293             return false;
2294         }
2295         return true;
2296     }
2297
2298     private static boolean testBasicTable() {
2299         try {
2300             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2301             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2308             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2309             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2310             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2311             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2312             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2313             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2314             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2315             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2346             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2347             source.append( "" + l );
2348             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2349             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2350             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2351             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2352             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2353             source.append( "40 41 42 43" + l );
2354             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2355             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2356             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2357             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2376             source1.append( "" + l );
2377             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2378             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2379             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2380             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2381             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2382             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2383             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2384             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2385             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2386             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2411             source2.append( "" + l );
2412             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2413             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2414             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2415             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2416             source2.append( "                     " + l );
2417             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2418             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2419             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2420             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2421             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2422                                                                         ';',
2423                                                                         false,
2424                                                                         false,
2425                                                                         "comment:",
2426                                                                         false );
2427             if ( tl.size() != 2 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2431             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2432             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2448                 return false;
2449             }
2450         }
2451         catch ( final Exception e ) {
2452             e.printStackTrace( System.out );
2453             return false;
2454         }
2455         return true;
2456     }
2457
2458     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2459         try {
2460             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2461             final TolParser parser = new TolParser();
2462             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2463             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2464                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2465                 return false;
2466             }
2467             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2471             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !t1.isRooted() ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2490             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2491                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2492                 return false;
2493             }
2494             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2498             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             if ( !t2.isRooted() ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2520                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2524             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2525                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2526                 return false;
2527             }
2528             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2532             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2545             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2546                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2547                 return false;
2548             }
2549             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2553             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2566             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2567                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2568                 return false;
2569             }
2570             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2574             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586         }
2587         catch ( final Exception e ) {
2588             e.printStackTrace( System.out );
2589             return false;
2590         }
2591         return true;
2592     }
2593
2594     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2595         try {
2596             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2597             final Phylogeny t1 = factory.create();
2598             if ( !t1.isEmpty() ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2602             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             if ( t2.isEmpty() ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2615             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2625             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2626             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2636             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2637             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2644             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2645             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2649             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2650             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2654             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2655             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2662             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2663             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2667             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2668             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2669                 return false;
2670             }
2671         }
2672         catch ( final Exception e ) {
2673             e.printStackTrace( System.out );
2674             return false;
2675         }
2676         return true;
2677     }
2678
2679     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2680         try {
2681             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2682             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2683             final Phylogeny[] ev0 = factory
2684                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2685                              new NHXParser() );
2686             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2687             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2694             final Phylogeny[] ev1 = factory
2695                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2696                              new NHXParser() );
2697             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2698             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2705             final Phylogeny[] ev_b = factory
2706                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2707                              new NHXParser() );
2708             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2709             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             //
2716             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2717             final Phylogeny[] ev1x = factory
2718                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2719                              new NHXParser() );
2720             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2721             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2728             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2729                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2730                              new NHXParser() );
2731             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2732             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             //
2739             final Phylogeny[] t2 = factory
2740                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2741                              new NHXParser() );
2742             final Phylogeny[] ev2 = factory
2743                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2744                              new NHXParser() );
2745             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2746                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2747             }
2748             //
2749             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2750                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2751             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2752             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2753             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2760                 return false;
2761             }
2762         }
2763         catch ( final Exception e ) {
2764             e.printStackTrace();
2765             return false;
2766         }
2767         return true;
2768     }
2769
2770     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2771         try {
2772             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2773                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2774             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2775             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2776                 return false;
2777             }
2778         }
2779         catch ( final Exception e ) {
2780             e.printStackTrace();
2781             return false;
2782         }
2783         return true;
2784     }
2785
2786
2787     private static boolean testTreeCopy() {
2788         try {
2789             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])";
2790             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2791             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2792             if ( !t1.toNewHampshireX().equals(  t0.toNewHampshireX() ) ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 )) {
2796                 return false;
2797             }
2798             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2799             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2800             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2801             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "(b,d)[&&NHX:S=lizards]" )) {
2802                 return false;
2803             }
2804
2805             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 )) {
2806                 return false;
2807             }
2808             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "b" ), true );
2809             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2810             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 )) {
2811                 return false;
2812             }
2813
2814         }
2815         catch ( final Exception e ) {
2816             e.printStackTrace();
2817             return false;
2818         }
2819         return true;
2820     }
2821
2822
2823     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2824         try {
2825             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2826             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2833             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2834                 return false;
2835             }
2836             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2837                 return false;
2838             }
2839         }
2840         catch ( final Exception e ) {
2841             e.printStackTrace();
2842             return false;
2843         }
2844         return true;
2845     }
2846
2847     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2848         try {
2849             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2850             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2851             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2855             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2856                 return false;
2857             }
2858             n.setName( "NP_001025424" );
2859             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             n.setName( "_NM_001030253-" );
2863             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2864                 return false;
2865             }
2866             n.setName( "XM_002122186" );
2867             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2868                 return false;
2869             }
2870             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2871             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             n.setName( "AAA34956" );
2875             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n.setName( "GI:394892" );
2879             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2880                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2881                 return false;
2882             }
2883             n.setName( "gi_394892" );
2884             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2885                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2886                 return false;
2887             }
2888             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2889             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2890                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2891                 return false;
2892             }
2893             n.setName( "P12345" );
2894             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2895                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2896                 return false;
2897             }
2898             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2899             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2900                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2901                 return false;
2902             }
2903         }
2904         catch ( final Exception e ) {
2905             e.printStackTrace( System.out );
2906             return false;
2907         }
2908         return true;
2909     }
2910
2911     private static boolean testDataObjects() {
2912         try {
2913             final Confidence s0 = new Confidence();
2914             final Confidence s1 = new Confidence();
2915             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2919             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2920             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2927             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             s3.asSimpleText();
2931             s3.asText();
2932             // Taxonomy
2933             // ----------
2934             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2935             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2936             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2937             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2938             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2939             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2940             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2941             t1.setScientificName( "E. coli" );
2942             t1.setCommonName( "coli" );
2943             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2944             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2948             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2949             t2.setScientificName( "what" );
2950             t2.setCommonName( "something" );
2951             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2955             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             t1.setIdentifier( null );
2959             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2960             t3.setScientificName( "what" );
2961             t3.setCommonName( "something" );
2962             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             t1.setIdentifier( null );
2966             t1.setTaxonomyCode( "" );
2967             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2968             t4.setCommonName( "something" );
2969             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2973             t4.setCommonName( "something" );
2974             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             t1.setIdentifier( null );
2978             t1.setTaxonomyCode( "" );
2979             t1.setScientificName( "" );
2980             t5.setCommonName( "COLI" );
2981             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2982                 return false;
2983             }
2984             t5.setCommonName( "vibrio" );
2985             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             // Identifier
2989             // ----------
2990             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2991             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2992             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             id1.asSimpleText();
3002             id1.asText();
3003             // ProteinDomain
3004             // ---------------
3005             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3006             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3007             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             pd1.asSimpleText();
3014             pd1.asText();
3015             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3016             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3017             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             pd3.asSimpleText();
3027             pd3.asText();
3028             // DomainArchitecture
3029             // ------------------
3030             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3031             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3032             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3033             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3034             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3035             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3036             domains0.add( d2 );
3037             domains0.add( d0 );
3038             domains0.add( d3 );
3039             domains0.add( d1 );
3040             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3041             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3045             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3055             domains1.add( d1 );
3056             domains1.add( d2 );
3057             domains1.add( d4 );
3058             domains1.add( d0 );
3059             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3060             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             ds1.asSimpleText();
3064             ds1.asText();
3065             ds1.toNHX();
3066             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3067             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3068                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             // Event
3075             // -----
3076             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3077             if ( e1.isDuplication() ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( !e1.isFusion() ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3090             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3097             if ( e2.isDuplication() ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3116             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3120             if ( e3.isDuplication() ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( e3.isSpeciation() ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3133             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3134             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             e3 = null;
3138             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3142             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3149             e4 = null;
3150             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3151             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             final Event e5 = new Event();
3158             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3168             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3175             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3182             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188         }
3189         catch ( final Exception e ) {
3190             e.printStackTrace( System.out );
3191             return false;
3192         }
3193         return true;
3194     }
3195
3196     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3197         try {
3198             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3199             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3200             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3201             if ( t0.isEmpty() ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3208             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             if ( !t0.isEmpty() ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3215             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3219             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3226             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3230             if ( !t1.isEmpty() ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3234             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3238             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             t2.toNewHampshireX();
3242             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3243             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3247             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3251             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3255             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3259             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             n = t3.getNode( "A" );
3263             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             n = n.getNextExternalNode();
3267             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3271             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             n = t3.getNode( "C" );
3275             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3279             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3283             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3287             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3291             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3295             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3299             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3303             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             n = t4.getNode( "A" );
3307             n = n.getNextExternalNode();
3308             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             n = n.getNextExternalNode();
3312             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3316             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3320             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3321             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3325             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3329             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3330             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3334             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3338             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3339             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3343             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3347             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3348             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3352             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3356             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3357             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3361             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3365             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3366             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3370             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3374             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3375             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3376                 return false;
3377             }
3378             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3379             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3383             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3387             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3391             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3392             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3396             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3400             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3401                 return false;
3402             }
3403             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3404             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3405                 return false;
3406             }
3407             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3408             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3412             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3416             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3420             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3424             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3428             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3432             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3436             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3440             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3444             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3448             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3449             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3453             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3457             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3458             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3462             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3466             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3467             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3471             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3475             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3479             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3483             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3484                 return false;
3485             }
3486             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3487             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3488                 return false;
3489             }
3490         }
3491         catch ( final Exception e ) {
3492             e.printStackTrace( System.out );
3493             return false;
3494         }
3495         return true;
3496     }
3497
3498     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3499         try {
3500             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3501             dss1.addValue( 82 );
3502             dss1.addValue( 78 );
3503             dss1.addValue( 70 );
3504             dss1.addValue( 58 );
3505             dss1.addValue( 42 );
3506             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             dss1.addValue( 123 );
3543             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3553             dss2.addValue( -1.85 );
3554             dss2.addValue( 57.5 );
3555             dss2.addValue( 92.78 );
3556             dss2.addValue( 57.78 );
3557             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3564             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             dss2.addValue( -100 );
3568             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             final double[] ds = new double[ 14 ];
3575             ds[ 0 ] = 34;
3576             ds[ 1 ] = 23;
3577             ds[ 2 ] = 1;
3578             ds[ 3 ] = 32;
3579             ds[ 4 ] = 11;
3580             ds[ 5 ] = 2;
3581             ds[ 6 ] = 12;
3582             ds[ 7 ] = 33;
3583             ds[ 8 ] = 13;
3584             ds[ 9 ] = 22;
3585             ds[ 10 ] = 21;
3586             ds[ 11 ] = 35;
3587             ds[ 12 ] = 24;
3588             ds[ 13 ] = 31;
3589             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3590             if ( bins.length != 4 ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3606             ds1[ 0 ] = 10.0;
3607             ds1[ 1 ] = 19.0;
3608             ds1[ 2 ] = 9.999;
3609             ds1[ 3 ] = 0.0;
3610             ds1[ 4 ] = 39.9;
3611             ds1[ 5 ] = 39.999;
3612             ds1[ 6 ] = 30.0;
3613             ds1[ 7 ] = 19.999;
3614             ds1[ 8 ] = 30.1;
3615             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3616             if ( bins1.length != 4 ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3632             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3645             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3658             dss3.addValue( 1 );
3659             dss3.addValue( 1 );
3660             dss3.addValue( 1 );
3661             dss3.addValue( 2 );
3662             dss3.addValue( 3 );
3663             dss3.addValue( 4 );
3664             dss3.addValue( 5 );
3665             dss3.addValue( 5 );
3666             dss3.addValue( 5 );
3667             dss3.addValue( 6 );
3668             dss3.addValue( 7 );
3669             dss3.addValue( 8 );
3670             dss3.addValue( 9 );
3671             dss3.addValue( 10 );
3672             dss3.addValue( 10 );
3673             dss3.addValue( 10 );
3674             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3675             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3676             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3677         }
3678         catch ( final Exception e ) {
3679             e.printStackTrace( System.out );
3680             return false;
3681         }
3682         return true;
3683     }
3684
3685     private static boolean testDir( final String file ) {
3686         try {
3687             final File f = new File( file );
3688             if ( !f.exists() ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             if ( !f.isDirectory() ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             if ( !f.canRead() ) {
3695                 return false;
3696             }
3697         }
3698         catch ( final Exception e ) {
3699             return false;
3700         }
3701         return true;
3702     }
3703
3704     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3705         //The format for GenBank Accession numbers are:
3706         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3707         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3708         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3709         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3710             return false;
3711         }
3712         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3713             return false;
3714         }
3715         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3716             return false;
3717         }
3718         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3719             return false;
3720         }
3721         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3722             return false;
3723         }
3724         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3725             return false;
3726         }
3727         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3728             return false;
3729         }
3730         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3731             return false;
3732         }
3733         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3734             return false;
3735         }
3736         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3737             return false;
3738         }
3739         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3740             return false;
3741         }
3742         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3743             return false;
3744         }
3745         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3746             return false;
3747         }
3748         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3749             return false;
3750         }
3751         return true;
3752     }
3753
3754     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3755         try {
3756             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3757             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3758             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3759             n = n.getNextExternalNode();
3760             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             n = n.getNextExternalNode();
3764             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             n = n.getNextExternalNode();
3768             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             n = t1.getNode( "B" );
3772             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3773                 n = n.getNextExternalNode();
3774             }
3775             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3776             n = t2.getNode( "A" );
3777             n = n.getNextExternalNode();
3778             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             n = n.getNextExternalNode();
3782             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             n = n.getNextExternalNode();
3786             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             n = t2.getNode( "B" );
3790             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3791                 n = n.getNextExternalNode();
3792             }
3793             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3794             n = t3.getNode( "A" );
3795             n = n.getNextExternalNode();
3796             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             n = n.getNextExternalNode();
3800             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             n = n.getNextExternalNode();
3804             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             n = n.getNextExternalNode();
3808             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             n = n.getNextExternalNode();
3812             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             n = n.getNextExternalNode();
3816             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             n = n.getNextExternalNode();
3820             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             n = t3.getNode( "B" );
3824             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3825                 n = n.getNextExternalNode();
3826             }
3827             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3828             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3829                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3830             }
3831             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3832             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3833                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3834             }
3835             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3836             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3837             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( iter.hasNext() ) {
3856                 return false;
3857             }
3858         }
3859         catch ( final Exception e ) {
3860             e.printStackTrace( System.out );
3861             return false;
3862         }
3863         return true;
3864     }
3865
3866     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3867         try {
3868             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3872                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3876                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3880                 return false;
3881             }
3882             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3883                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3884                 return false;
3885             }
3886         }
3887         catch ( final Exception e ) {
3888             e.printStackTrace( System.out );
3889             return false;
3890         }
3891         return true;
3892     }
3893
3894     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3895         try {
3896             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3897                 return false;
3898             }
3899             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3900                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3904                     .equals( "ARATH" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3908                     .equals( "ARATH" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3921                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3925                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3929                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3933                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3937                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3941                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3945                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3949                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3956                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3960                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3964                     .equals( "9YX45" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3968                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3969                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3973                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3974                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3978                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3979                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3983                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3987                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3991                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3995                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
3999                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4003                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4007                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4011                     .equals( "RAT" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4015                     .equals( "PIG" ) ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( !ParserUtils
4019                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4020                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4024                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4028                 return false;
4029             }
4030         }
4031         catch ( final Exception e ) {
4032             e.printStackTrace( System.out );
4033             return false;
4034         }
4035         return true;
4036     }
4037
4038     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4039         try {
4040             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4041             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4042             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4046             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4050             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4054             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4058             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4062             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4066             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4070             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4074             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4078             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4082             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4086             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             n.setName( "B3RJ64" );
4090             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4094             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4098             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             n.setName( "sp B3RJ64" );
4102             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4106             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4110             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4114             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4118             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4122             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4126             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4130             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4134             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4138             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4142             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4146             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4150             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4154             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             n = new PhylogenyNode();
4158             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4159             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4160             n.getNodeData().addSequence( seq );
4161             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4165             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             n = new PhylogenyNode();
4169             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4170             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4171             n.getNodeData().addSequence( seq );
4172             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4176             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             n = new PhylogenyNode();
4180             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4181             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4182             n.getNodeData().addSequence( seq );
4183             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             n = new PhylogenyNode();
4187             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4188             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4189             n.getNodeData().addSequence( seq );
4190             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             //
4194             n = new PhylogenyNode();
4195             n.setName( "ACP19736" );
4196             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             n = new PhylogenyNode();
4200             n.setName( "|ACP19736|" );
4201             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204         }
4205         catch ( final Exception e ) {
4206             e.printStackTrace( System.out );
4207             return false;
4208         }
4209         return true;
4210     }
4211
4212     private static boolean testFastaParser() {
4213         try {
4214             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4221             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239         }
4240         catch ( final Exception e ) {
4241             e.printStackTrace();
4242             return false;
4243         }
4244         return true;
4245     }
4246
4247     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4248         try {
4249             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4250             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4251             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4252             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4253             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4254             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4255             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4256             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4257             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4294             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4304             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4314             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4321                 return false;
4322             }
4323         }
4324         catch ( final Exception e ) {
4325             e.printStackTrace();
4326             return false;
4327         }
4328         return true;
4329     }
4330
4331     private static boolean testGeneralTable() {
4332         try {
4333             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4334             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4335             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4336             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4337             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4338             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4339             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4340             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4341             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4342             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4370             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4371             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4372             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4373             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4374             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4375             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4376             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4377             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4378             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4379             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409         }
4410         catch ( final Exception e ) {
4411             e.printStackTrace( System.out );
4412             return false;
4413         }
4414         return true;
4415     }
4416
4417     private static boolean testGetDistance() {
4418         try {
4419             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4420             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4421                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4422             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4516                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4517             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4548                 return false;
4549             }
4550         }
4551         catch ( final Exception e ) {
4552             e.printStackTrace( System.out );
4553             return false;
4554         }
4555         return true;
4556     }
4557
4558     private static boolean testGetLCA() {
4559         try {
4560             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4561             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4562                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4563             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4564             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4568             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4572             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4576             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4580             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4584             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4588             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4592             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4596             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4600             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4604             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4608             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4612             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4616             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4620             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4624             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4628             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4632             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4636             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4640             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4644             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4648             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4652             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4656             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4657             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4661             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4665             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4669             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4673             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4677             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4681             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4685             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final Phylogeny p3 = factory
4689                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4690                              new NHXParser() )[ 0 ];
4691             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4692             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4696             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4700             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4704             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4708             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4715             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( !al_3.isRoot() ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4722             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4729             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4736             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4740             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4741             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4745             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4746             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4750             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4751             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4755             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4756             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759         }
4760         catch ( final Exception e ) {
4761             e.printStackTrace( System.out );
4762             return false;
4763         }
4764         return true;
4765     }
4766
4767     private static boolean testGetLCA2() {
4768         try {
4769             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4770             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4771             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4772             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4773                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4774             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4778             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4779             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4780                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4781             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4785                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4786             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4790             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4791             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4792                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4793             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4797                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4798             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4799                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4800                 System.exit( -1 );
4801                 return false;
4802             }
4803             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4804                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4805             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4809                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4810             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4814                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4815             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4816             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4817                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4818             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4822                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4823             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4827                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4828             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4832                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4833             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4837                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4838             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4842                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4843             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4847                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4848             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4852                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4853             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4857                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4858             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4862                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4863             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4867                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4868             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4872                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4873             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4877                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4878             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4882                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4883             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4887                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4888             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4892                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4893             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4897                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4898             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4902                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4903             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4907                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4908             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4912                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4913             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4917                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4918             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4922                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4923             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4927                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4928             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4932             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4933             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4934                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4935             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4939                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4940             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4944                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4945             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4949                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4950             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4954                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4955             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4959                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4960             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4964                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4965             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4969                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4970             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             final Phylogeny p3 = factory
4974                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4975                              new NHXParser() )[ 0 ];
4976             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4977             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4978                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4979             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4983                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4984             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4988                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4989             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4993                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
4994             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4998                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
4999             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5006                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5007             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             if ( !al_3.isRoot() ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5014                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5015             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5022                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5023             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5030                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5031             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5035             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5036             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5037                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5038             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5042             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5043             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5044                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5045             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5049             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5050             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5051                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5052             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5056             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5057             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5058                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5059             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5063                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5064             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5068                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5069             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5073                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5074             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5078                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5079             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5083                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5084             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087         }
5088         catch ( final Exception e ) {
5089             e.printStackTrace( System.out );
5090             return false;
5091         }
5092         return true;
5093     }
5094
5095     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5096         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5097         try {
5098             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5099                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5100             parser1.parse();
5101             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5102                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5103             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5104             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( proteins.size() != 4 ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5120             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5127             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5134             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5138             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168         }
5169         catch ( final Exception e ) {
5170             e.printStackTrace( System.out );
5171             return false;
5172         }
5173         return true;
5174     }
5175
5176     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5177         try {
5178             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5179             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5180             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5181             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5182             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5186             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5190             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5194             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5195                 return false;
5196             }
5197         }
5198         catch ( final Exception e ) {
5199             e.printStackTrace( System.out );
5200             return false;
5201         }
5202         return true;
5203     }
5204
5205     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5206         try {
5207             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5208             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5209             PhylogenyNodeIterator it0;
5210             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5211                 it0.next();
5212             }
5213             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5214                 it0.next();
5215             }
5216             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5217             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( it.hasNext() ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5242                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5243             PhylogenyNodeIterator it2;
5244             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5245                 it2.next();
5246             }
5247             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5248                 it2.next();
5249             }
5250             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5251             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( it3.hasNext() ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5330             PhylogenyNodeIterator it4;
5331             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5332                 it4.next();
5333             }
5334             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5335                 it4.next();
5336             }
5337             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5338             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5354             PhylogenyNodeIterator it6;
5355             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5356                 it6.next();
5357             }
5358             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5359                 it6.next();
5360             }
5361             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5362             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( it.hasNext() ) {
5366                 return false;
5367             }
5368         }
5369         catch ( final Exception e ) {
5370             e.printStackTrace( System.out );
5371             return false;
5372         }
5373         return true;
5374     }
5375
5376     private static boolean testMafft( final String path ) {
5377         try {
5378             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5379             opts.add( "--maxiterate" );
5380             opts.add( "1000" );
5381             opts.add( "--localpair" );
5382             opts.add( "--quiet" );
5383             Msa msa = null;
5384             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5385             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5386             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392         }
5393         catch ( final Exception e ) {
5394             e.printStackTrace( System.out );
5395             return false;
5396         }
5397         return true;
5398     }
5399
5400     private static boolean testMidpointrooting() {
5401         try {
5402             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5403             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5404             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5405             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5412                            1 ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5416                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5417             if ( !t1.isRooted() ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5421             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5440             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5441             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5454                 System.exit( -1 );
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460         }
5461         catch ( final Exception e ) {
5462             e.printStackTrace( System.out );
5463             return false;
5464         }
5465         return true;
5466     }
5467
5468     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5469         try {
5470             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5471             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5472             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5473             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5474             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5475             l.add( s0 );
5476             l.add( s1 );
5477             l.add( s2 );
5478             l.add( s3 );
5479             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5480             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492         }
5493         catch ( final Exception e ) {
5494             e.printStackTrace( System.out );
5495             return false;
5496         }
5497         return true;
5498     }
5499
5500     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5501         try {
5502             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5503             PhylogenyNode n;
5504             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5505             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5506             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5507             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5508             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5509             n = t0.getFirstExternalNode();
5510             while ( n != null ) {
5511                 ext.add( n );
5512                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5513             }
5514             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             ext.clear();
5533             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5534             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5535             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5536             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5537             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5538             n = t1.getNode( "ab" );
5539             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5540             while ( n != null ) {
5541                 ext.add( n );
5542                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5543             }
5544             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5545                 return false;
5546             }
5547             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5548                 return false;
5549             }
5550             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             //
5560             //
5561             ext.clear();
5562             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5563             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5564             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5565             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5566             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5567             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5568             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5569             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5570             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5571             n = t2.getNode( "ab" );
5572             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5573             while ( n != null ) {
5574                 ext.add( n );
5575                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5576             }
5577             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             //
5590             //
5591             ext.clear();
5592             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5593             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5594             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5595             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5596             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5597             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5598             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5599             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5600             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5601             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5602             n = t3.getNode( "ab" );
5603             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5604             while ( n != null ) {
5605                 ext.add( n );
5606                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5607             }
5608             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             //
5618             //
5619             ext.clear();
5620             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5621             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5622             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5623             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5624             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5625             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5626             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5627             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5628             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5629             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5630             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5631             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5632             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             //
5636             //
5637             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5638             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5639             ext.clear();
5640             n = t5.getFirstExternalNode();
5641             while ( n != null ) {
5642                 ext.add( n );
5643                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5644             }
5645             if ( ext.size() != 8 ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             //
5673             //
5674             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5675             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5676             ext.clear();
5677             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5678             n = t6.getNode( "ab" );
5679             while ( n != null ) {
5680                 ext.add( n );
5681                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5682             }
5683             if ( ext.size() != 7 ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             //
5708             //
5709             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5710             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5711             ext.clear();
5712             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5713             n = t7.getNode( "a" );
5714             while ( n != null ) {
5715                 ext.add( n );
5716                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5717             }
5718             if ( ext.size() != 7 ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             //
5743             //
5744             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5745             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5746             ext.clear();
5747             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5748             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5749             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5750             n = t8.getNode( "a" );
5751             while ( n != null ) {
5752                 ext.add( n );
5753                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5754             }
5755             if ( ext.size() != 7 ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5765                 System.out.println( "2 fail" );
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             //
5781             //
5782             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5783             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5784             ext.clear();
5785             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5786             n = t9.getNode( "a" );
5787             while ( n != null ) {
5788                 ext.add( n );
5789                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5790             }
5791             if ( ext.size() != 7 ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             //
5816             //
5817             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5818             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5819             ext.clear();
5820             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5821             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5822             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5823             n = t10.getNode( "a" );
5824             while ( n != null ) {
5825                 ext.add( n );
5826                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5827             }
5828             if ( ext.size() != 7 ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5832                 return false;
5833             }
5834             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             //
5853             //
5854             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5855             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5856             ext.clear();
5857             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5858             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5859             n = t11.getNode( "a" );
5860             while ( n != null ) {
5861                 ext.add( n );
5862                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5863             }
5864             if ( ext.size() != 6 ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             //
5886             //
5887             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5888             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5889             ext.clear();
5890             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5891             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5892             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5893             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5894             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5895             n = t12.getNode( "a" );
5896             while ( n != null ) {
5897                 ext.add( n );
5898                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5899             }
5900             if ( ext.size() != 6 ) {
5901                 return false;
5902             }
5903             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5904                 return false;
5905             }
5906             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             //
5922             //
5923             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5924             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5925             ext.clear();
5926             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5927             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5928             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5929             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5930             n = t13.getNode( "ab" );
5931             while ( n != null ) {
5932                 ext.add( n );
5933                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5934             }
5935             if ( ext.size() != 5 ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             //
5954             //
5955             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5956             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5957             ext.clear();
5958             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5959             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5960             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5961             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5962             n = t14.getNode( "ab" );
5963             while ( n != null ) {
5964                 ext.add( n );
5965                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5966             }
5967             if ( ext.size() != 5 ) {
5968                 return false;
5969             }
5970             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             //
5986             //
5987             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5988             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5989             ext.clear();
5990             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5991             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5992             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5993             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5994             n = t15.getNode( "ab" );
5995             while ( n != null ) {
5996                 ext.add( n );
5997                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5998             }
5999             if ( ext.size() != 6 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             //
6021             //
6022             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6023             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6024             ext.clear();
6025             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6026             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6027             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6028             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6029             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6030             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6031             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6032             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6033             n = t16.getNode( "ab" );
6034             while ( n != null ) {
6035                 ext.add( n );
6036                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6037             }
6038             if ( ext.size() != 4 ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6051                 return false;
6052             }
6053         }
6054         catch ( final Exception e ) {
6055             e.printStackTrace( System.out );
6056             return false;
6057         }
6058         return true;
6059     }
6060
6061     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6062         try {
6063             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6064             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6065             parser.parse();
6066             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6067             if ( labels.length != 7 ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6086                 return false;
6087             }
6088             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6092             parser.parse();
6093             labels = parser.getCharStateLabels();
6094             if ( labels.length != 7 ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6116                 return false;
6117             }
6118         }
6119         catch ( final Exception e ) {
6120             e.printStackTrace( System.out );
6121             return false;
6122         }
6123         return true;
6124     }
6125
6126     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6127         try {
6128             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6129             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6130             parser.parse();
6131             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6132             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             //            if ( labels.length != 7 ) {
6160             //                return false;
6161             //            }
6162             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6163             //                return false;
6164             //            }
6165             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6166             //                return false;
6167             //            }
6168             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6169             //                return false;
6170             //            }
6171             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6172             //                return false;
6173             //            }
6174             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6175             //                return false;
6176             //            }
6177             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6178             //                return false;
6179             //            }
6180             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6181             //                return false;
6182             //            }
6183             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6184             //            parser.parse();
6185             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6186             //            if ( labels.length != 7 ) {
6187             //                return false;
6188             //            }
6189             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6190             //                return false;
6191             //            }
6192             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6193             //                return false;
6194             //            }
6195             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6196             //                return false;
6197             //            }
6198             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6199             //                return false;
6200             //            }
6201             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6202             //                return false;
6203             //            }
6204             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6205             //                return false;
6206             //            }
6207             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6208             //                return false;
6209             //            }
6210         }
6211         catch ( final Exception e ) {
6212             e.printStackTrace( System.out );
6213             return false;
6214         }
6215         return true;
6216     }
6217
6218     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6219         try {
6220             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6221             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6222             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6223             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             phylogenies = null;
6233             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6234             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             phylogenies = null;
6244             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6245             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             phylogenies = null;
6258             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6259             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6380                 return false;
6381             }
6382         }
6383         catch ( final Exception e ) {
6384             e.printStackTrace( System.out );
6385             return false;
6386         }
6387         return true;
6388     }
6389
6390     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6391         try {
6392             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6393             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6394             if ( !p.hasNext() ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             Phylogeny phy = p.next();
6398             if ( phy == null ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( p.hasNext() ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             phy = p.next();
6411             if ( phy != null ) {
6412                 return false;
6413             }
6414             //
6415             p.reset();
6416             if ( !p.hasNext() ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             phy = p.next();
6420             if ( phy == null ) {
6421                 return false;
6422             }
6423             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6424                 return false;
6425             }
6426             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             if ( p.hasNext() ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             phy = p.next();
6433             if ( phy != null ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             ////
6437             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6438             if ( !p.hasNext() ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             phy = p.next();
6442             if ( phy == null ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( p.hasNext() ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             phy = p.next();
6455             if ( phy != null ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             //
6459             p.reset();
6460             if ( !p.hasNext() ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             phy = p.next();
6464             if ( phy == null ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( p.hasNext() ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             phy = p.next();
6477             if ( phy != null ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             ////
6481             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6482             if ( !p.hasNext() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             phy = p.next();
6486             if ( phy == null ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( phy.isRooted() ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( p.hasNext() ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             phy = p.next();
6502             if ( phy != null ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             //
6506             p.reset();
6507             if ( !p.hasNext() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             phy = p.next();
6511             if ( phy == null ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( p.hasNext() ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             phy = p.next();
6524             if ( phy != null ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             ////
6528             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6529             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6530             //                return false;
6531             //            }
6532             //0
6533             if ( !p.hasNext() ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             phy = p.next();
6537             if ( phy == null ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             //1
6547             if ( !p.hasNext() ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             phy = p.next();
6551             if ( phy == null ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             //2
6561             if ( !p.hasNext() ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             phy = p.next();
6565             if ( phy == null ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( phy.isRooted() ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             //3
6578             if ( !p.hasNext() ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             phy = p.next();
6582             if ( phy == null ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( !phy.isRooted() ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             //4
6595             if ( !p.hasNext() ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             phy = p.next();
6599             if ( phy == null ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6603                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( !phy.isRooted() ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             //5
6613             if ( !p.hasNext() ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             phy = p.next();
6617             if ( phy == null ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( phy.isRooted() ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             //6
6630             if ( !p.hasNext() ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             phy = p.next();
6634             if ( phy == null ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6638                 return false;
6639             }
6640             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6641                 return false;
6642             }
6643             if ( !phy.isRooted() ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             //7
6647             if ( !p.hasNext() ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             phy = p.next();
6651             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( !phy.isRooted() ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             //8
6661             if ( !p.hasNext() ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             phy = p.next();
6665             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             //9
6675             if ( !p.hasNext() ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             phy = p.next();
6679             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             //10
6689             if ( !p.hasNext() ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             phy = p.next();
6693             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6694                 return false;
6695             }
6696             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             if ( !phy.isRooted() ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             //11
6706             if ( !p.hasNext() ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             phy = p.next();
6710             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             if ( phy.isRooted() ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             //12
6723             if ( !p.hasNext() ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             phy = p.next();
6727             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !phy.isRooted() ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             //13
6740             if ( !p.hasNext() ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             phy = p.next();
6744             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6748                 return false;
6749             }
6750             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             if ( !phy.isRooted() ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //14
6757             if ( !p.hasNext() ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             phy = p.next();
6761             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6762                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6763                 return false;
6764             }
6765             if ( !phy
6766                     .toNewHampshire()
6767                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6768                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6769                 return false;
6770             }
6771             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             if ( !phy.isRooted() ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //15
6778             if ( !p.hasNext() ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             phy = p.next();
6782             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6783                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6784                 return false;
6785             }
6786             if ( !phy
6787                     .toNewHampshire()
6788                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6789                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             if ( phy.isRooted() ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             //16
6799             if ( !p.hasNext() ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             phy = p.next();
6803             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6804                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( !phy
6808                     .toNewHampshire()
6809                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6810                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( !phy.isRooted() ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             //17
6820             if ( !p.hasNext() ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             phy = p.next();
6824             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6825                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6826                 return false;
6827             }
6828             if ( !phy
6829                     .toNewHampshire()
6830                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6831                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( phy.isRooted() ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             //
6841             if ( p.hasNext() ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             phy = p.next();
6845             if ( phy != null ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             p.reset();
6849             //0
6850             if ( !p.hasNext() ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             phy = p.next();
6854             if ( phy == null ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             //1
6864             if ( !p.hasNext() ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             phy = p.next();
6868             if ( phy == null ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             //2
6878             if ( !p.hasNext() ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             phy = p.next();
6882             if ( phy == null ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( phy.isRooted() ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             //3
6895             if ( !p.hasNext() ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             phy = p.next();
6899             if ( phy == null ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             if ( !phy.isRooted() ) {
6909                 return false;
6910             }
6911             //4
6912             if ( !p.hasNext() ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             phy = p.next();
6916             if ( phy == null ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6920                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6921                 return false;
6922             }
6923             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             if ( !phy.isRooted() ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //5
6930             if ( !p.hasNext() ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             phy = p.next();
6934             if ( phy == null ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( phy.isRooted() ) {
6944                 return false;
6945             }
6946         }
6947         catch ( final Exception e ) {
6948             e.printStackTrace( System.out );
6949             return false;
6950         }
6951         return true;
6952     }
6953
6954     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6955         try {
6956             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6957             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6958             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6959             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6972                 return false;
6973             }
6974             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6975                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             phylogenies = null;
6979             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6980             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6984                 return false;
6985             }
6986             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6987                 return false;
6988             }
6989             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6996                 return false;
6997             }
6998             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6999                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7018                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7022                 return false;
7023             }
7024             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7037                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             phylogenies = null;
7041             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7042             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7046                 return false;
7047             }
7048             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7061                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7080                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7099                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102         }
7103         catch ( final Exception e ) {
7104             e.printStackTrace( System.out );
7105             return false;
7106         }
7107         return true;
7108     }
7109
7110     private static boolean testNHParsing() {
7111         try {
7112             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7113             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7114             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7118             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7119             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7120             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7121             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             final Phylogeny p1b = factory
7128                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7129                              new NHXParser() )[ 0 ];
7130             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7137             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7138             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7139             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7140             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7141             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7142             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7143             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7144             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7145             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7146             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7147                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7148                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7149                                                     new NHXParser() );
7150             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7154                 return false;
7155             }
7156             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7163             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7164             final String p16_S = "((A,B),C)";
7165             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7166             if ( p16.length != 1 ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7173             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7174             if ( p17.length != 1 ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7181             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7182             if ( p18.length != 1 ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7189             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7190             if ( p19.length != 1 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7197             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7198             if ( p20.length != 1 ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7205             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7206             if ( p21.length != 1 ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7213             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7214             if ( p22.length != 1 ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7221             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7222             if ( p23.length != 1 ) {
7223                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7224                 System.exit( -1 );
7225                 return false;
7226             }
7227             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7231             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7232             if ( p24.length != 1 ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7236                 return false;
7237             }
7238             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7239             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7240             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7241             if ( p241.length != 2 ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7251                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7252                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7253                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7254                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7255                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7256                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7257                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7258             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7259             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             final String p26_S = "(A,B)ab";
7263             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7264             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7268             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7269             if ( p27s.length != 1 ) {
7270                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7271                 System.exit( -1 );
7272                 return false;
7273             }
7274             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7275                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7276                 System.exit( -1 );
7277                 return false;
7278             }
7279             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7280                                                     new NHXParser() );
7281             if ( p27.length != 1 ) {
7282                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7283                 System.exit( -1 );
7284                 return false;
7285             }
7286             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7287                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7288                 System.exit( -1 );
7289                 return false;
7290             }
7291             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7292             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7293             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7294             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7295             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7296                                                     new NHXParser() );
7297             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7298                 return false;
7299             }
7300             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             if ( p28.length != 4 ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7313             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7314             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7318             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7319             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7323             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7324             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             final String p33_S = "A";
7328             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7329             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             final String p34_S = "B;";
7333             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7334             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             final String p35_S = "B:0.2";
7338             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7339             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             final String p36_S = "(A)";
7343             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7344             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             final String p37_S = "((A))";
7348             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7349             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7353             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7354             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7358             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7359             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             final String p40_S = "(A,B,C)";
7363             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7364             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7368             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7369             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7373             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7374             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7378             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7379             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7383             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7384             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7388             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7389             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             final String p46_S = "";
7393             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7394             if ( p46.length != 0 ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7398             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7402             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             final Phylogeny p49 = factory
7406                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7407                              new NHXParser() )[ 0 ];
7408             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7412             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7416                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7423                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7427             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7431             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             final Phylogeny p53 = factory
7435                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7436                              new NHXParser() )[ 0 ];
7437             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             //
7441             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7442             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7446                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449         }
7450         catch ( final Exception e ) {
7451             e.printStackTrace( System.out );
7452             return false;
7453         }
7454         return true;
7455     }
7456
7457     private static boolean testNHParsingIter() {
7458         try {
7459             final String p0_str = "(A,B);";
7460             final NHXParser p = new NHXParser();
7461             p.setSource( p0_str );
7462             if ( !p.hasNext() ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             final Phylogeny p0 = p.next();
7466             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7467                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7468                 return false;
7469             }
7470             if ( p.hasNext() ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             if ( p.next() != null ) {
7474                 return false;
7475             }
7476             //
7477             final String p00_str = "(A,B)root;";
7478             p.setSource( p00_str );
7479             final Phylogeny p00 = p.next();
7480             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7481                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7482                 return false;
7483             }
7484             //
7485             final String p000_str = "A;";
7486             p.setSource( p000_str );
7487             final Phylogeny p000 = p.next();
7488             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7489                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7490                 return false;
7491             }
7492             //
7493             final String p0000_str = "A";
7494             p.setSource( p0000_str );
7495             final Phylogeny p0000 = p.next();
7496             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7497                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7498                 return false;
7499             }
7500             //
7501             p.setSource( "(A)" );
7502             final Phylogeny p00000 = p.next();
7503             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7504                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7505                 return false;
7506             }
7507             //
7508             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7509             p.setSource( p1_str );
7510             if ( !p.hasNext() ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7514             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7515                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !p.hasNext() ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7522             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7523                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( !p.hasNext() ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7530             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7531                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !p.hasNext() ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7538             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7539                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7540                 return false;
7541             }
7542             if ( p.hasNext() ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( p.next() != null ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             //
7549             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7550             p.setSource( p2_str );
7551             if ( !p.hasNext() ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             Phylogeny p2_0 = p.next();
7555             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7556                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !p.hasNext() ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             Phylogeny p2_1 = p.next();
7563             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7564                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7565                 return false;
7566             }
7567             if ( !p.hasNext() ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             Phylogeny p2_2 = p.next();
7571             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7572                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !p.hasNext() ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             Phylogeny p2_3 = p.next();
7579             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7580                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( !p.hasNext() ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             Phylogeny p2_4 = p.next();
7587             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7588                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( p.hasNext() ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( p.next() != null ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             ////
7598             p.reset();
7599             if ( !p.hasNext() ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             p2_0 = p.next();
7603             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7604                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !p.hasNext() ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             p2_1 = p.next();
7611             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7612                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !p.hasNext() ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             p2_2 = p.next();
7619             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7620                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7621                 return false;
7622             }
7623             if ( !p.hasNext() ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             p2_3 = p.next();
7627             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7628                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !p.hasNext() ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             p2_4 = p.next();
7635             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7636                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( p.hasNext() ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             if ( p.next() != null ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             //
7646             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7647             p.setSource( p3_str );
7648             if ( !p.hasNext() ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7652             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( p.hasNext() ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( p.next() != null ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             //
7662             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7663             p.setSource( p4_str );
7664             if ( !p.hasNext() ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7668             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( p.hasNext() ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( p.next() != null ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             //
7678             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7679             p.setSource( p5_str );
7680             if ( !p.hasNext() ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7684             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( p.hasNext() ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( p.next() != null ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             //
7694             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7695             p.setSource( p6_str );
7696             if ( !p.hasNext() ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             Phylogeny p6_0 = p.next();
7700             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( p.hasNext() ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( p.next() != null ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             p.reset();
7710             if ( !p.hasNext() ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             p6_0 = p.next();
7714             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             if ( p.hasNext() ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( p.next() != null ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             //
7724             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7725             p.setSource( p7_str );
7726             if ( !p.hasNext() ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             Phylogeny p7_0 = p.next();
7730             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( p.hasNext() ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( p.next() != null ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             p.reset();
7740             if ( !p.hasNext() ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             p7_0 = p.next();
7744             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             if ( p.hasNext() ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             if ( p.next() != null ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             //
7754             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7755             p.setSource( p8_str );
7756             if ( !p.hasNext() ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             Phylogeny p8_0 = p.next();
7760             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !p.hasNext() ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             if ( !p.hasNext() ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             Phylogeny p8_1 = p.next();
7770             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             if ( p.hasNext() ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( p.next() != null ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             p.reset();
7780             if ( !p.hasNext() ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             p8_0 = p.next();
7784             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( !p.hasNext() ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             p8_1 = p.next();
7791             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( p.hasNext() ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( p.next() != null ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             p.reset();
7801             //
7802             p.setSource( "" );
7803             if ( p.hasNext() ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             //
7807             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7808             if ( !p.hasNext() ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             Phylogeny p_27 = p.next();
7812             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7813                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7814                 System.exit( -1 );
7815                 return false;
7816             }
7817             if ( p.hasNext() ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( p.next() != null ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             p.reset();
7824             if ( !p.hasNext() ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             p_27 = p.next();
7828             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7829                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7830                 System.exit( -1 );
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( p.hasNext() ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( p.next() != null ) {
7837                 return false;
7838             }
7839         }
7840         catch ( final Exception e ) {
7841             e.printStackTrace( System.out );
7842             return false;
7843         }
7844         return true;
7845     }
7846
7847     private static boolean testNHXconversion() {
7848         try {
7849             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7850             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7851             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7852             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7853             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7854                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7855             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7856                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7857             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7861                 return false;
7862             }
7863             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7870                 return false;
7871             }
7872             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7873                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7874                 return false;
7875             }
7876         }
7877         catch ( final Exception e ) {
7878             e.printStackTrace( System.out );
7879             return false;
7880         }
7881         return true;
7882     }
7883
7884     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7885         try {
7886             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7887             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7888             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7889             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7890             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7891                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7892             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( n3.isDuplication() ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !n5.isDuplication() ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7932                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7933                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7934             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7938                 return false;
7939             }
7940             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7941                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7942                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7943             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7944                 return false;
7945             }
7946             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7950                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7951             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7955                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7956             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7963                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7964             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7971                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7972             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7979                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7980             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7987                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7988             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
7995                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7996             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8003                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8004             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8011                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8012             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8019                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8020             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8024                 return false;
8025             }
8026             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8027                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8028             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8035                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8036                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8037             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8038                 return false;
8039             }
8040             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8041                 return false;
8042             }
8043             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8044                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8045                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8046             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8053                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8054             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8061                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8062                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8063             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8073                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8074                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8075             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8085                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8086             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8090                 return false;
8091             }
8092             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8102                 return false;
8103             }
8104             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8111                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8112             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8119             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8123                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8124             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8137                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8138             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8145                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8146                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8147             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8151                 return false;
8152             }
8153             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8157                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8158                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8159             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8160                 return false;
8161             }
8162             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8163                 return false;
8164             }
8165             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8169                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8170                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8171             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8175                 return false;
8176             }
8177             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8178                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8179             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8189                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8190             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8197                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8198                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8199             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8206                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8207                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8208             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8212                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8213             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8217                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8218             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8219                 return false;
8220             }
8221             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8222                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8223             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8227                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8228             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8232                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8233             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8234                 return false;
8235             }
8236             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8237                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8238             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8239                 return false;
8240             }
8241         }
8242         catch ( final Exception e ) {
8243             e.printStackTrace( System.out );
8244             return false;
8245         }
8246         return true;
8247     }
8248
8249     private static boolean testNHXParsing() {
8250         try {
8251             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8252             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8253             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8257             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8258             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8262             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8263             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             final Phylogeny[] p3 = factory
8267                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8268                              new NHXParser() );
8269             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             final Phylogeny[] p4 = factory
8273                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8274                              new NHXParser() );
8275             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             final Phylogeny[] p5 = factory
8279                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8280                              new NHXParser() );
8281             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8285             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8286             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8287             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8291             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8292             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8293             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8297             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8298             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8299             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8303             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             final Phylogeny p10 = factory
8307                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8308                              new NHXParser() )[ 0 ];
8309             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8310                 return false;
8311             }
8312         }
8313         catch ( final Exception e ) {
8314             e.printStackTrace( System.out );
8315             return false;
8316         }
8317         return true;
8318     }
8319
8320     private static boolean testNHXParsingMB() {
8321         try {
8322             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8323             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8324                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8325                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8326                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8327                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8328                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8329                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8330                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8331                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8332             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8339                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             final Phylogeny p2 = factory
8349                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8350                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8351                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8352                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8353                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8354                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8355                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8356                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8357                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8358                              new NHXParser() )[ 0 ];
8359             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8363                 return false;
8364             }
8365         }
8366         catch ( final Exception e ) {
8367             e.printStackTrace( System.out );
8368             System.exit( -1 );
8369             return false;
8370         }
8371         return true;
8372     }
8373
8374     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8375         try {
8376             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8377             final NHXParser p = new NHXParser();
8378             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8379             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8380                 return false;
8381             }
8382             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8383             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8393                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8394                 return false;
8395             }
8396             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8412             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8413             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8414             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8418             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8419             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8420             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8424             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8425             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8426             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8430             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8431             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8432             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             final Phylogeny p10 = factory
8436                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8437                              new NHXParser() )[ 0 ];
8438             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8439             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8443             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             //
8447             final Phylogeny p12 = factory
8448                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8449                              new NHXParser() )[ 0 ];
8450             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8451             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8455             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8456                 return false;
8457             }
8458             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8459             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8460                 return false;
8461             }
8462             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8463             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466         }
8467         catch ( final Exception e ) {
8468             e.printStackTrace( System.out );
8469             return false;
8470         }
8471         return true;
8472     }
8473
8474     private static boolean testNodeRemoval() {
8475         try {
8476             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8477             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8478             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8479             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8483             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8484             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8485                 return false;
8486             }
8487             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8488             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8489             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492         }
8493         catch ( final Exception e ) {
8494             e.printStackTrace( System.out );
8495             return false;
8496         }
8497         return true;
8498     }
8499
8500     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8501         try {
8502             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8503             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8504             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8505             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8506             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8516             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8517             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8518             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8525             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534         }
8535         catch ( final Exception e ) {
8536             e.printStackTrace( System.out );
8537             return false;
8538         }
8539         return true;
8540     }
8541
8542     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8543         try {
8544             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8545             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8546             try {
8547                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8548             }
8549             catch ( final Exception e ) {
8550                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8551             }
8552             if ( xml_parser == null ) {
8553                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
8554                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8555                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8556                 }
8557                 else {
8558                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8559                 }
8560             }
8561             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8562                                                               xml_parser );
8563             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8564                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8571             PhylogenyNode n = null;
8572             Distribution d = null;
8573             n = t1.getNode( "root node" );
8574             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8578                 return false;
8579             }
8580             d = n.getNodeData().getDistribution();
8581             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             if ( d.getPolygons() != null ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             n = t1.getNode( "node a" );
8606             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8613             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( d.getPolygons() != null ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             n = t1.getNode( "node bb" );
8638             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8645             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8670             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8671                 return false;
8672             }
8673             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             p = d.getPolygons().get( 1 );
8692             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             // Roundtrip:
8705             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8706             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8707             if ( rt.length != 1 ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8711             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8712             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8716                 return false;
8717             }
8718             d = n.getNodeData().getDistribution();
8719             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8723                 return false;
8724             }
8725             if ( d.getPolygons() != null ) {
8726                 return false;
8727             }
8728             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8744             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8751             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8755                 return false;
8756             }
8757             if ( d.getPolygons() != null ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8776             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8783             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8790                 return false;
8791             }
8792             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             p = d.getPolygons().get( 0 );
8808             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8812                 return false;
8813             }
8814             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8815                 return false;
8816             }
8817             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             p = d.getPolygons().get( 1 );
8830             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8831                 return false;
8832             }
8833             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8834                 return false;
8835             }
8836             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8840                 return false;
8841             }
8842         }
8843         catch ( final Exception e ) {
8844             e.printStackTrace( System.out );
8845             return false;
8846         }
8847         return true;
8848     }
8849
8850     private static boolean testPostOrderIterator() {
8851         try {
8852             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8853             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8854             PhylogenyNodeIterator it0;
8855             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8856                 it0.next();
8857             }
8858             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8859                 it0.next();
8860             }
8861             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8862             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8863             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8864                 return false;
8865             }
8866             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8870                 return false;
8871             }
8872             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8873                 return false;
8874             }
8875             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8876                 return false;
8877             }
8878             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8879                 return false;
8880             }
8881             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8882                 return false;
8883             }
8884             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8885                 return false;
8886             }
8887             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8888                 return false;
8889             }
8890             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8891                 return false;
8892             }
8893             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8894                 return false;
8895             }
8896             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8897                 return false;
8898             }
8899             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8900                 return false;
8901             }
8902             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8903                 return false;
8904             }
8905             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             if ( it.hasNext() ) {
8909                 return false;
8910             }
8911         }
8912         catch ( final Exception e ) {
8913             e.printStackTrace( System.out );
8914             return false;
8915         }
8916         return true;
8917     }
8918
8919     private static boolean testPreOrderIterator() {
8920         try {
8921             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8922             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8923             PhylogenyNodeIterator it0;
8924             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8925                 it0.next();
8926             }
8927             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8928                 it0.next();
8929             }
8930             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8931             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8932                 return false;
8933             }
8934             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8935                 return false;
8936             }
8937             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8938                 return false;
8939             }
8940             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8941                 return false;
8942             }
8943             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8944                 return false;
8945             }
8946             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8947                 return false;
8948             }
8949             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8950                 return false;
8951             }
8952             if ( it.hasNext() ) {
8953                 return false;
8954             }
8955             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8956             it = t1.iteratorPreorder();
8957             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8958                 return false;
8959             }
8960             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8961                 return false;
8962             }
8963             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8964                 return false;
8965             }
8966             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8982                 return false;
8983             }
8984             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8988                 return false;
8989             }
8990             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8991                 return false;
8992             }
8993             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8997                 return false;
8998             }
8999             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9000                 return false;
9001             }
9002             if ( it.hasNext() ) {
9003                 return false;
9004             }
9005         }
9006         catch ( final Exception e ) {
9007             e.printStackTrace( System.out );
9008             return false;
9009         }
9010         return true;
9011     }
9012
9013     private static boolean testPropertiesMap() {
9014         try {
9015             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9016             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9017             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9018             final Property p2 = new Property( "something:else",
9019                                               "?",
9020                                               "improbable:research",
9021                                               "xsd:decimal",
9022                                               AppliesTo.NODE );
9023             pm.addProperty( p0 );
9024             pm.addProperty( p1 );
9025             pm.addProperty( p2 );
9026             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9027                 return false;
9028             }
9029             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9030                 return false;
9031             }
9032             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9039                 return false;
9040             }
9041             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9042                 return false;
9043             }
9044             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9045             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9046                 return false;
9047             }
9048             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9049                 return false;
9050             }
9051             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9052                 return false;
9053             }
9054         }
9055         catch ( final Exception e ) {
9056             e.printStackTrace( System.out );
9057             return false;
9058         }
9059         return true;
9060     }
9061
9062     private static boolean testProteinId() {
9063         try {
9064             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9065             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9066             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9067             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9068             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9069                 return false;
9070             }
9071             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9072                 return false;
9073             }
9074             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9075                 return false;
9076             }
9077             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9078                 return false;
9079             }
9080             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9081                 return false;
9082             }
9083             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9084                 return false;
9085             }
9086             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9087                 return false;
9088             }
9089             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9090                 return false;
9091             }
9092             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9093                 return false;
9094             }
9095             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9096                 return false;
9097             }
9098             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9099                 return false;
9100             }
9101             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9102                 return false;
9103             }
9104             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9105                 return false;
9106             }
9107             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9108                 return false;
9109             }
9110             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9111             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9112                 return false;
9113             }
9114             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9115                 return false;
9116             }
9117         }
9118         catch ( final Exception e ) {
9119             e.printStackTrace( System.out );
9120             return false;
9121         }
9122         return true;
9123     }
9124
9125     private static boolean testReIdMethods() {
9126         try {
9127             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9128             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9129             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9130             p.levelOrderReID();
9131             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9132                 return false;
9133             }
9134             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9135                 return false;
9136             }
9137             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9138                 return false;
9139             }
9140             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9141                 return false;
9142             }
9143             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9144                 return false;
9145             }
9146             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9147                 return false;
9148             }
9149             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9150                 return false;
9151             }
9152             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9153                 return false;
9154             }
9155             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9156                 return false;
9157             }
9158             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9159                 return false;
9160             }
9161             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9162                 return false;
9163             }
9164             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9165                 return false;
9166             }
9167             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9168                 return false;
9169             }
9170             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9171                 return false;
9172             }
9173             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9174                 return false;
9175             }
9176         }
9177         catch ( final Exception e ) {
9178             e.printStackTrace( System.out );
9179             return false;
9180         }
9181         return true;
9182     }
9183
9184     private static boolean testRerooting() {
9185         try {
9186             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9187             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9188                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9189             if ( !t1.isRooted() ) {
9190                 return false;
9191             }
9192             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9193             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9194             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9195             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9196             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9197             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9207             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9208             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9209             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9210             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9211             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9212             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9213             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9214             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9215             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9216             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9217             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9218             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9219             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9220             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9221                 return false;
9222             }
9223             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9224                 return false;
9225             }
9226             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9227                 return false;
9228             }
9229             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9230                 return false;
9231             }
9232             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9233                 return false;
9234             }
9235             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9236                 return false;
9237             }
9238             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9239                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9240             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9241             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9242             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9243             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9244             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9245             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9274             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9275             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9276             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9277             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9278             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9279             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9280             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9281             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9282             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9283             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9284             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9285             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9286                 return false;
9287             }
9288             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9289                 return false;
9290             }
9291             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9292             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9296                 return false;
9297             }
9298             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9299             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9303                 return false;
9304             }
9305             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9306                 return false;
9307             }
9308             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9309             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9310                 return false;
9311             }
9312             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9313                 return false;
9314             }
9315             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9319             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9320                 return false;
9321             }
9322             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9323                 return false;
9324             }
9325             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9326             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9327                 return false;
9328             }
9329             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9330                 return false;
9331             }
9332             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9333                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9334             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9335             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9339                 return false;
9340             }
9341             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9345             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9349                 return false;
9350             }
9351             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9352                 return false;
9353             }
9354             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9355             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9356                 return false;
9357             }
9358             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9359                 return false;
9360             }
9361             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9362                 return false;
9363             }
9364         }
9365         catch ( final Exception e ) {
9366             e.printStackTrace( System.out );
9367             return false;
9368         }
9369         return true;
9370     }
9371
9372     private static boolean testSDIse() {
9373         try {
9374             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9375             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9376             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9377             gene1.setRooted( true );
9378             species1.setRooted( true );
9379             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9380             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             final Phylogeny species2 = factory
9384                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9385                              new NHXParser() )[ 0 ];
9386             final Phylogeny gene2 = factory
9387                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9388                              new NHXParser() )[ 0 ];
9389             species2.setRooted( true );
9390             gene2.setRooted( true );
9391             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9392             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9393                 return false;
9394             }
9395             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9396                 return false;
9397             }
9398             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9399                 return false;
9400             }
9401             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9402                 return false;
9403             }
9404             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9405                 return false;
9406             }
9407             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9408                 return false;
9409             }
9410             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9411                 return false;
9412             }
9413             final Phylogeny species3 = factory
9414                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9415                              new NHXParser() )[ 0 ];
9416             final Phylogeny gene3 = factory
9417                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9418                              new NHXParser() )[ 0 ];
9419             species3.setRooted( true );
9420             gene3.setRooted( true );
9421             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9422             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9423                 return false;
9424             }
9425             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9426                 return false;
9427             }
9428             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9429                 return false;
9430             }
9431             final Phylogeny species4 = factory
9432                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9433                              new NHXParser() )[ 0 ];
9434             final Phylogeny gene4 = factory
9435                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9436                              new NHXParser() )[ 0 ];
9437             species4.setRooted( true );
9438             gene4.setRooted( true );
9439             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9440             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9441                 return false;
9442             }
9443             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9444                 return false;
9445             }
9446             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9447                 return false;
9448             }
9449             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9450                 return false;
9451             }
9452             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9453                 return false;
9454             }
9455             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9456                 return false;
9457             }
9458             final Phylogeny species5 = factory
9459                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9460                              new NHXParser() )[ 0 ];
9461             final Phylogeny gene5 = factory
9462                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9463                              new NHXParser() )[ 0 ];
9464             species5.setRooted( true );
9465             gene5.setRooted( true );
9466             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9467             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9468                 return false;
9469             }
9470             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9471                 return false;
9472             }
9473             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9474                 return false;
9475             }
9476             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9477                 return false;
9478             }
9479             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9480                 return false;
9481             }
9482             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9483                 return false;
9484             }
9485             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9486             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9487             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9488             final Phylogeny species6 = factory
9489                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9490                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9491                              new NHXParser() )[ 0 ];
9492             final Phylogeny gene6 = factory
9493                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9494                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9495                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9496                              new NHXParser() )[ 0 ];
9497             species6.setRooted( true );
9498             gene6.setRooted( true );
9499             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9500             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9501                 return false;
9502             }
9503             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9504                 return false;
9505             }
9506             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9507                 return false;
9508             }
9509             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9510                 return false;
9511             }
9512             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9513                 return false;
9514             }
9515             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             sdi6.computeMappingCostL();
9528             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9529                 return false;
9530             }
9531             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9532                 return false;
9533             }
9534             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9535                 return false;
9536             }
9537             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9538                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9539                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9540                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9541                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9542             species7.setRooted( true );
9543             final Phylogeny gene7_1 = Test
9544                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9545             gene7_1.setRooted( true );
9546             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9547             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9548                 return false;
9549             }
9550             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9551                 return false;
9552             }
9553             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9554                 return false;
9555             }
9556             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9557                 return false;
9558             }
9559             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9560                 return false;
9561             }
9562             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9563                 return false;
9564             }
9565             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9566                 return false;
9567             }
9568             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             final Phylogeny gene7_2 = Test
9575                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9576             gene7_2.setRooted( true );
9577             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9578             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9579                 return false;
9580             }
9581             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9594                 return false;
9595             }
9596             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9597                 return false;
9598             }
9599             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9600                 return false;
9601             }
9602             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9603                 return false;
9604             }
9605             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9606                 return false;
9607             }
9608         }
9609         catch ( final Exception e ) {
9610             return false;
9611         }
9612         return true;
9613     }
9614
9615     private static boolean testSDIunrooted() {
9616         try {
9617             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9618             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9619             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9620             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9621             PhylogenyBranch br = iter.next();
9622             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9623                 return false;
9624             }
9625             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9626                 return false;
9627             }
9628             br = iter.next();
9629             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9630                 return false;
9631             }
9632             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9633                 return false;
9634             }
9635             br = iter.next();
9636             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9637                 return false;
9638             }
9639             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9640                 return false;
9641             }
9642             br = iter.next();
9643             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9647                 return false;
9648             }
9649             br = iter.next();
9650             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9651                 return false;
9652             }
9653             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9654                 return false;
9655             }
9656             br = iter.next();
9657             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9658                 return false;
9659             }
9660             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9661                 return false;
9662             }
9663             br = iter.next();
9664             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             br = iter.next();
9671             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9672                 return false;
9673             }
9674             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9675                 return false;
9676             }
9677             br = iter.next();
9678             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             br = iter.next();
9685             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9686                 return false;
9687             }
9688             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9689                 return false;
9690             }
9691             br = iter.next();
9692             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9693                 return false;
9694             }
9695             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9696                 return false;
9697             }
9698             br = iter.next();
9699             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9703                 return false;
9704             }
9705             br = iter.next();
9706             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9707                 return false;
9708             }
9709             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9710                 return false;
9711             }
9712             br = iter.next();
9713             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9714                 return false;
9715             }
9716             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9717                 return false;
9718             }
9719             br = iter.next();
9720             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9721                 return false;
9722             }
9723             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9724                 return false;
9725             }
9726             if ( iter.hasNext() ) {
9727                 return false;
9728             }
9729             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9730             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9731             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9732             br = iter1.next();
9733             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9734                 return false;
9735             }
9736             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9737                 return false;
9738             }
9739             br = iter1.next();
9740             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9744                 return false;
9745             }
9746             br = iter1.next();
9747             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9748                 return false;
9749             }
9750             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9751                 return false;
9752             }
9753             if ( iter1.hasNext() ) {
9754                 return false;
9755             }
9756             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9757             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9758             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9759             br = iter2.next();
9760             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             br = iter2.next();
9767             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             br = iter2.next();
9774             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9775                 return false;
9776             }
9777             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9778                 return false;
9779             }
9780             if ( iter2.hasNext() ) {
9781                 return false;
9782             }
9783             final Phylogeny species0 = factory
9784                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9785                              new NHXParser() )[ 0 ];
9786             final Phylogeny gene1 = factory
9787                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9788                              new NHXParser() )[ 0 ];
9789             species0.setRooted( true );
9790             gene1.setRooted( true );
9791             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9792             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9793             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9794                 return false;
9795             }
9796             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9797                 return false;
9798             }
9799             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             final Phylogeny gene2 = factory
9809                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9810                              new NHXParser() )[ 0 ];
9811             gene2.setRooted( true );
9812             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9813             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9814                 return false;
9815             }
9816             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9817                 return false;
9818             }
9819             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9820                 return false;
9821             }
9822             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9823                 return false;
9824             }
9825             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9826                 return false;
9827             }
9828             final Phylogeny species6 = factory
9829                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9830                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9831                              new NHXParser() )[ 0 ];
9832             final Phylogeny gene6 = factory
9833                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9834                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9835                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9836                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9837                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9838                              new NHXParser() )[ 0 ];
9839             species6.setRooted( true );
9840             gene6.setRooted( true );
9841             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9842             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9843                 return false;
9844             }
9845             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9846                 return false;
9847             }
9848             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9849                 return false;
9850             }
9851             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9852                 return false;
9853             }
9854             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9855                 return false;
9856             }
9857             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9858                 return false;
9859             }
9860             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9861                 return false;
9862             }
9863             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9864                 return false;
9865             }
9866             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9867                 return false;
9868             }
9869             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9870                 return false;
9871             }
9872             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9873                 return false;
9874             }
9875             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9876                 return false;
9877             }
9878             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9879                 return false;
9880             }
9881             p6 = null;
9882             final Phylogeny species7 = factory
9883                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9884                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9885                              new NHXParser() )[ 0 ];
9886             final Phylogeny gene7 = factory
9887                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9888                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9889                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9890                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9891                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9892                              new NHXParser() )[ 0 ];
9893             species7.setRooted( true );
9894             gene7.setRooted( true );
9895             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9896             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9897                 return false;
9898             }
9899             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9900                 return false;
9901             }
9902             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9903                 return false;
9904             }
9905             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9906                 return false;
9907             }
9908             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9909                 return false;
9910             }
9911             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9912                 return false;
9913             }
9914             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9915                 return false;
9916             }
9917             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9918                 return false;
9919             }
9920             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9921                 return false;
9922             }
9923             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9927                 return false;
9928             }
9929             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9930                 return false;
9931             }
9932             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9933                 return false;
9934             }
9935             p7 = null;
9936             final Phylogeny species8 = factory
9937                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9938                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9939                              new NHXParser() )[ 0 ];
9940             final Phylogeny gene8 = factory
9941                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9942                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9943                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9944                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9945                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9946                              new NHXParser() )[ 0 ];
9947             species8.setRooted( true );
9948             gene8.setRooted( true );
9949             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9950             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9951                 return false;
9952             }
9953             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9954                 return false;
9955             }
9956             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9957                 return false;
9958             }
9959             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9972                 return false;
9973             }
9974             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9975                 return false;
9976             }
9977             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9978                 return false;
9979             }
9980             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9981                 return false;
9982             }
9983             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9984                 return false;
9985             }
9986             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9987                 return false;
9988             }
9989             p8 = null;
9990         }
9991         catch ( final Exception e ) {
9992             e.printStackTrace( System.out );
9993             return false;
9994         }
9995         return true;
9996     }
9997
9998     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9999         try {
10000             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10001             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10002                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10003                 if ( id != null ) {
10004                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10005                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10006                 }
10007                 return false;
10008             }
10009             //
10010             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10011             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10012                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10013                 if ( id != null ) {
10014                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10015                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10016                 }
10017                 return false;
10018             }
10019             //
10020             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10021             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10022                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10023                 if ( id != null ) {
10024                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10025                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10026                 }
10027                 return false;
10028             }
10029             //
10030             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10031             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10032                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10033                 if ( id != null ) {
10034                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10035                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10036                 }
10037                 return false;
10038             }
10039             //
10040             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10041             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10042                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10043                 if ( id != null ) {
10044                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10045                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10046                 }
10047                 return false;
10048             }
10049             //
10050             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10051             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10052                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10053                 if ( id != null ) {
10054                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10055                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10056                 }
10057                 return false;
10058             }
10059             //
10060             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10061             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10062                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10063                 if ( id != null ) {
10064                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10065                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10066                 }
10067                 return false;
10068             }
10069             //
10070             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10071             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10072                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10073                 if ( id != null ) {
10074                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10075                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10076                 }
10077                 return false;
10078             }
10079             //
10080             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10081             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10082                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10083                 if ( id != null ) {
10084                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10085                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10086                 }
10087                 return false;
10088             }
10089             //
10090             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10091             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10092                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10093                 if ( id != null ) {
10094                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10095                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10096                 }
10097                 return false;
10098             }
10099             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10100             if ( id != null ) {
10101                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10102                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10103                 return false;
10104             }
10105         }
10106         catch ( final Exception e ) {
10107             e.printStackTrace( System.out );
10108             return false;
10109         }
10110         return true;
10111     }
10112
10113     private static boolean testSequenceWriter() {
10114         try {
10115             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10116             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10117                 return false;
10118             }
10119             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10120                 return false;
10121             }
10122             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10123                 return false;
10124             }
10125             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10126                 return false;
10127             }
10128             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10129                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10130                 return false;
10131             }
10132             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10133                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10134                 return false;
10135             }
10136         }
10137         catch ( final Exception e ) {
10138             e.printStackTrace();
10139             return false;
10140         }
10141         return true;
10142     }
10143
10144     private static boolean testSpecies() {
10145         try {
10146             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10147             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10148             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10149             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10150             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10151                 return false;
10152             }
10153             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10154                 return false;
10155             }
10156             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10157                 return false;
10158             }
10159             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10160                 return false;
10161             }
10162             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10163                 return false;
10164             }
10165             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10166                 return false;
10167             }
10168             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10169                 return false;
10170             }
10171             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10172                 return false;
10173             }
10174             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10175                 return false;
10176             }
10177             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10178                 return false;
10179             }
10180             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10181                 return false;
10182             }
10183             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10184                 return false;
10185             }
10186             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10187                 return false;
10188             }
10189             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10190                 return false;
10191             }
10192             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10193             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10194                 return false;
10195             }
10196             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10197                 return false;
10198             }
10199         }
10200         catch ( final Exception e ) {
10201             e.printStackTrace( System.out );
10202             return false;
10203         }
10204         return true;
10205     }
10206
10207     private static boolean testSplit() {
10208         try {
10209             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10210             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10211             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10212             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10213             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10214             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10215             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10216             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10217             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10218             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10219             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10220             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10221             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10222             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10223             // System.out.println( s0.toString() );
10224             //
10225             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10228             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10229                 return false;
10230             }
10231             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10239             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10240                 return false;
10241             }
10242             //
10243             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10246             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10247             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10248                 return false;
10249             }
10250             //
10251             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10256             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10257                 return false;
10258             }
10259             //
10260             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10265             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10266                 return false;
10267             }
10268             //
10269             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10273             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10274                 return false;
10275             }
10276             //
10277             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10280             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10281                 return false;
10282             }
10283             //
10284             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10290             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10291                 return false;
10292             }
10293             //
10294             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10298             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10299                 return false;
10300             }
10301             //
10302             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10307             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10308                 return false;
10309             }
10310             //
10311             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10314             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10315                 return false;
10316             }
10317             //
10318             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10323             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10324                 return false;
10325             }
10326             //
10327             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10333             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10334                 return false;
10335             }
10336             //
10337             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10341             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10342                 return false;
10343             }
10344             //
10345             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10348             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10349                 return false;
10350             }
10351             //
10352             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10355             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10356                 return false;
10357             }
10358             //
10359             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10362             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10363                 return false;
10364             }
10365             //
10366             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10367             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10369             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10370                 return false;
10371             }
10372             //
10373             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10376             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10377                 return false;
10378             }
10379             //
10380             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10383             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10384                 return false;
10385             }
10386             //
10387             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10391             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10392                 return false;
10393             }
10394             //
10395             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10398             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10399             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10400                 return false;
10401             }
10402             //
10403             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10407             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10408                 return false;
10409             }
10410             //
10411             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10416             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10417                 return false;
10418             }
10419             /////////
10420             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10421             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10422             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10423             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10425             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10426             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10428             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10429             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10430             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10431             //                return false;
10432             //            }
10433             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10437             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10438             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10439             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10440             //                return false;
10441             //            }
10442             //            //
10443             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10444             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10445             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10446             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10447             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10448             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10449             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10450             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10451             //                return false;
10452             //            }
10453             //            //
10454             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10458             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10459             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10460             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10461             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10462             //                return false;
10463             //            }
10464             //            //
10465             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10467             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10468             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10469             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10470             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10471             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10472             //                return false;
10473             //            }
10474             //            //
10475             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10476             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10477             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10478             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10479             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10480             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10481             //                return false;
10482             //            }
10483             //
10484             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10489             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10490                 return false;
10491             }
10492             //
10493             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10498             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10499                 return false;
10500             }
10501             ///////////////////////////
10502             //
10503             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10508             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10509                 return false;
10510             }
10511             //
10512             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10517             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10518                 return false;
10519             }
10520             //
10521             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10526             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10527                 return false;
10528             }
10529             //
10530             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10535             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10536                 return false;
10537             }
10538             //
10539             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10544             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10545                 return false;
10546             }
10547             //
10548             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10552             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10553                 return false;
10554             }
10555             //
10556             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10562             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10563                 return false;
10564             }
10565             //
10566             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10572             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10573                 return false;
10574             }
10575             //
10576             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10582             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10583                 return false;
10584             }
10585             //
10586             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10593             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10594                 return false;
10595             }
10596         }
10597         catch ( final Exception e ) {
10598             e.printStackTrace();
10599             return false;
10600         }
10601         return true;
10602     }
10603
10604     private static boolean testSplitStrict() {
10605         try {
10606             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10607             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10608             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10609             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10610             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10611             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10612             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10613             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10614             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10615             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10616             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10617             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10620             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10621                 return false;
10622             }
10623             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10631             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10632                 return false;
10633             }
10634             //
10635             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10639             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10640                 return false;
10641             }
10642             //
10643             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10648             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10649                 return false;
10650             }
10651             //
10652             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10657             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10658                 return false;
10659             }
10660             //
10661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10665             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10666                 return false;
10667             }
10668             //
10669             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10672             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10673                 return false;
10674             }
10675             //
10676             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10682             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10683                 return false;
10684             }
10685             //
10686             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10690             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10691                 return false;
10692             }
10693             //
10694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10699             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10700                 return false;
10701             }
10702             //
10703             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10706             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10707                 return false;
10708             }
10709             //
10710             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10715             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10716                 return false;
10717             }
10718             //
10719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10725             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10726                 return false;
10727             }
10728             //
10729             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10733             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10734                 return false;
10735             }
10736             //
10737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10740             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10741                 return false;
10742             }
10743             //
10744             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10747             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10748                 return false;
10749             }
10750             //
10751             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10754             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10755                 return false;
10756             }
10757             //
10758             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10761             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10762                 return false;
10763             }
10764             //
10765             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10768             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10769                 return false;
10770             }
10771             //
10772             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10774             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10775             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10776                 return false;
10777             }
10778             //
10779             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10783             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10784                 return false;
10785             }
10786             //
10787             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10792                 return false;
10793             }
10794             //
10795             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10799             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10800                 return false;
10801             }
10802             //
10803             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10808             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10809                 return false;
10810             }
10811         }
10812         catch ( final Exception e ) {
10813             e.printStackTrace();
10814             return false;
10815         }
10816         return true;
10817     }
10818
10819     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10820         try {
10821             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10822             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10823             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10824             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10825                 return false;
10826             }
10827             t1.toNewHampshireX();
10828             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10829             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10830                 return false;
10831             }
10832             t1.toNewHampshireX();
10833             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10834             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10835                 return false;
10836             }
10837             t1.toNewHampshireX();
10838             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10839             t1.toNewHampshireX();
10840             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10841                 return false;
10842             }
10843             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10844             t1.toNewHampshireX();
10845             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10846                 return false;
10847             }
10848             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10849             t1.toNewHampshireX();
10850             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10851                 return false;
10852             }
10853             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10854             t1.toNewHampshireX();
10855             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10856                 return false;
10857             }
10858             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10859             t1.toNewHampshireX();
10860             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10861                 return false;
10862             }
10863             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10864             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10865                 return false;
10866             }
10867             if ( !t1.isEmpty() ) {
10868                 return false;
10869             }
10870             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10871             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10872             t2.toNewHampshireX();
10873             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10874                 return false;
10875             }
10876             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10877             t2.toNewHampshireX();
10878             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10879                 return false;
10880             }
10881             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10882             t2.toNewHampshireX();
10883             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10884                 return false;
10885             }
10886         }
10887         catch ( final Exception e ) {
10888             e.printStackTrace( System.out );
10889             return false;
10890         }
10891         return true;
10892     }
10893
10894     private static boolean testSupportCount() {
10895         try {
10896             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10897             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10898             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10899                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10900                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10901                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10902                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10903                                                               new NHXParser() );
10904             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10905             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10906             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10907                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10908                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10909                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10910                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10911                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10912                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10913                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10914                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10915                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10916                                                               new NHXParser() );
10917             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10918             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10919             while ( it.hasNext() ) {
10920                 final PhylogenyNode n = it.next();
10921                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10922                     return false;
10923                 }
10924             }
10925             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10926             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10927                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10928             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10929             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10930             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10931                 return false;
10932             }
10933             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10934                 return false;
10935             }
10936             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10937                 return false;
10938             }
10939             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10940                 return false;
10941             }
10942             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10943                 return false;
10944             }
10945             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10946                 return false;
10947             }
10948             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10949                 return false;
10950             }
10951             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10952                 return false;
10953             }
10954             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10955                 return false;
10956             }
10957             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10958                 return false;
10959             }
10960             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10961             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10962                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10963             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10964             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10965             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10966                 return false;
10967             }
10968             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10969                 return false;
10970             }
10971             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10972                 return false;
10973             }
10974             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10975                 return false;
10976             }
10977             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10978                 return false;
10979             }
10980             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10981                 return false;
10982             }
10983             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10984                 return false;
10985             }
10986             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10987                 return false;
10988             }
10989             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10990                 return false;
10991             }
10992             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10993                 return false;
10994             }
10995             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10996             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10997             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
10998             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
10999                 return false;
11000             }
11001             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11002             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11003             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11004             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11005                 return false;
11006             }
11007             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11008             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11009             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11010             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11011                 return false;
11012             }
11013             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11014             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11015             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11016             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11017                 return false;
11018             }
11019         }
11020         catch ( final Exception e ) {
11021             e.printStackTrace( System.out );
11022             return false;
11023         }
11024         return true;
11025     }
11026
11027     private static boolean testSupportTransfer() {
11028         try {
11029             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11030             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11031                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11032             final Phylogeny p2 = factory
11033                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11034             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11035                 return false;
11036             }
11037             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11038                 return false;
11039             }
11040             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11041             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11042             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11043                 return false;
11044             }
11045             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11046                 return false;
11047             }
11048             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11049                 return false;
11050             }
11051             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11052                 return false;
11053             }
11054             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11055                 return false;
11056             }
11057             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11058                 return false;
11059             }
11060             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11061                 return false;
11062             }
11063             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11064                 return false;
11065             }
11066         }
11067         catch ( final Exception e ) {
11068             e.printStackTrace( System.out );
11069             return false;
11070         }
11071         return true;
11072     }
11073
11074     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11075         try {
11076             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11077                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11078             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11079                 return false;
11080             }
11081             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11082                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11083             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11084                 System.out.println( n1.toString() );
11085                 return false;
11086             }
11087             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11088                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11089             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11090                 return false;
11091             }
11092             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11093                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11094             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11095                 System.out.println( n3.toString() );
11096                 return false;
11097             }
11098             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11099                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11100             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11101                 System.out.println( n4.toString() );
11102                 return false;
11103             }
11104             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11105                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11106             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11107                 System.out.println( n5.toString() );
11108                 return false;
11109             }
11110             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11111                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11112             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11113                 System.out.println( n6.toString() );
11114                 return false;
11115             }
11116             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11117                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11118             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11119                 System.out.println( n7.toString() );
11120                 return false;
11121             }
11122             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11123                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11124             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11125                 System.out.println( n8.toString() );
11126                 return false;
11127             }
11128             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11129                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11130             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11131                 System.out.println( n9.toString() );
11132                 return false;
11133             }
11134             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11135                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11136             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11137                 System.out.println( n10x.toString() );
11138                 return false;
11139             }
11140             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11141                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11142             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11143                 System.out.println( n10xx.toString() );
11144                 return false;
11145             }
11146             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11147                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11148             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11149                 System.out.println( n10.toString() );
11150                 return false;
11151             }
11152             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11153                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11154             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11155                 System.out.println( n11.toString() );
11156                 return false;
11157             }
11158             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11159                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11160                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11161             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11162                 System.out.println( n12.toString() );
11163                 return false;
11164             }
11165             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11166                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11167             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11168                 System.out.println( n13.toString() );
11169                 return false;
11170             }
11171         }
11172         catch ( final Exception e ) {
11173             e.printStackTrace( System.out );
11174             return false;
11175         }
11176         return true;
11177     }
11178
11179     private static boolean testTreeMethods() {
11180         try {
11181             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11182             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11183             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11184             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11185                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11186                 return false;
11187             }
11188             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11189             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11190             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11191                 return false;
11192             }
11193             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11194                 return false;
11195             }
11196             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11197                 return false;
11198             }
11199         }
11200         catch ( final Exception e ) {
11201             e.printStackTrace( System.out );
11202             return false;
11203         }
11204         return true;
11205     }
11206
11207     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11208         try {
11209             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11210             n.setName( "NP_001025424" );
11211             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11212             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11213                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11214                 return false;
11215             }
11216             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11217             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11218             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11219                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11220                 return false;
11221             }
11222             n.setName( "NP_001025424.1" );
11223             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11224             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11225                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11226                 return false;
11227             }
11228             n.setName( "NM_001030253" );
11229             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11230             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11231                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11232                 return false;
11233             }
11234             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11235             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11236             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11237                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11238                 System.out.println( acc.toString() );
11239                 return false;
11240             }
11241             n.setName( "P10415" );
11242             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11243             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11244                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11245                 System.out.println( acc.toString() );
11246                 return false;
11247             }
11248             n.setName( " P10415 " );
11249             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11250             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11251                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11252                 System.out.println( acc.toString() );
11253                 return false;
11254             }
11255             n.setName( "_P10415|" );
11256             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11257             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11258                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11259                 System.out.println( acc.toString() );
11260                 return false;
11261             }
11262             n.setName( "AY695820" );
11263             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11264             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11265                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11266                 System.out.println( acc.toString() );
11267                 return false;
11268             }
11269             n.setName( "_AY695820_" );
11270             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11271             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11272                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11273                 System.out.println( acc.toString() );
11274                 return false;
11275             }
11276             n.setName( "AAA59452" );
11277             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11278             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11279                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11280                 System.out.println( acc.toString() );
11281                 return false;
11282             }
11283             n.setName( "_AAA59452_" );
11284             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11285             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11286                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11287                 System.out.println( acc.toString() );
11288                 return false;
11289             }
11290             n.setName( "AAA59452.1" );
11291             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11292             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11293                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11294                 System.out.println( acc.toString() );
11295                 return false;
11296             }
11297             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11298             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11299             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11300                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11301                 System.out.println( acc.toString() );
11302                 return false;
11303             }
11304             n.setName( "GI:94894583" );
11305             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11306             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11307                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11308                 System.out.println( acc.toString() );
11309                 return false;
11310             }
11311         }
11312         catch ( final Exception e ) {
11313             return false;
11314         }
11315         return true;
11316     }
11317
11318     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11319         try {
11320             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11321             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11322             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11323                 return false;
11324             }
11325             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11326                 return false;
11327             }
11328             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11329                 return false;
11330             }
11331             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11332                 return false;
11333             }
11334             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11335             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11336             System.out.println( n2.toString() );
11337             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11338                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11339                 return false;
11340             }
11341             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11348                 return false;
11349             }
11350             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11351             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11352             System.out.println( "n=" + n3.toString() );
11353             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11354                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11355                 return false;
11356             }
11357             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11358                 return false;
11359             }
11360             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11361                 return false;
11362             }
11363             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11364                 return false;
11365             }
11366         }
11367         catch ( final IOException e ) {
11368             System.out.println();
11369             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11370             e.printStackTrace( System.out );
11371             return true;
11372         }
11373         catch ( final Exception e ) {
11374             e.printStackTrace();
11375             return false;
11376         }
11377         return true;
11378     }
11379
11380     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11381         try {
11382             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11383             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11384                 System.out.println( entry.getAccession() );
11385                 return false;
11386             }
11387             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11388                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11389                 return false;
11390             }
11391             if ( !entry.getSequenceName()
11392                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11393                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11394                 return false;
11395             }
11396             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11397             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11398             //     return false;
11399             // }
11400             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11401                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11402                 return false;
11403             }
11404             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11405                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11406                 return false;
11407             }
11408             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11409                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11410                 return false;
11411             }
11412             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11413                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11414                 return false;
11415             }
11416             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11417                 return false;
11418             }
11419             //
11420             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11421             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11422                 return false;
11423             }
11424             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11425                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11426                 return false;
11427             }
11428             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11429                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11430                 return false;
11431             }
11432             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11433                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11434                 return false;
11435             }
11436             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11437                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11438                 return false;
11439             }
11440             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11441                 return false;
11442             }
11443             //
11444             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11445             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11446                 return false;
11447             }
11448             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11449                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11450                 return false;
11451             }
11452             if ( !entry2.getSequenceName()
11453                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11454                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11455                 return false;
11456             }
11457             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11458                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11459                 return false;
11460             }
11461             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11462                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11463                 return false;
11464             }
11465             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11466                 return false;
11467             }
11468             //
11469             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11470             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11471                 return false;
11472             }
11473             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11474                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11475                 return false;
11476             }
11477             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11478                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11479                 return false;
11480             }
11481             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11482                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11483                 return false;
11484             }
11485             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11486                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11487                 return false;
11488             }
11489             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11490                 return false;
11491             }
11492             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11493                 return false;
11494             }
11495             //
11496             //
11497             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11498             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11499                 return false;
11500             }
11501             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11502                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11503                 return false;
11504             }
11505             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11506                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11507                 return false;
11508             }
11509             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11510                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11511                 return false;
11512             }
11513             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11514                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11515                 return false;
11516             }
11517             //            if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11518             //                System.out.println( entry4.getChromosome() );
11519             //                return false;
11520             //            }
11521             //            if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11522             //                System.out.println( entry4.getMap() );
11523             //                return false;
11524             //            }
11525             //
11526             //TODO fails:
11527             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11528             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11529             //                return false;
11530             //            }
11531         }
11532         catch ( final IOException e ) {
11533             System.out.println();
11534             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11535             e.printStackTrace( System.out );
11536             return true;
11537         }
11538         catch ( final Exception e ) {
11539             e.printStackTrace();
11540             return false;
11541         }
11542         return true;
11543     }
11544
11545     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11546         try {
11547             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11548             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11549                 return false;
11550             }
11551             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11552                 return false;
11553             }
11554             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11555                 return false;
11556             }
11557             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11558                 return false;
11559             }
11560             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11561                 return false;
11562             }
11563             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11564                 return false;
11565             }
11566         }
11567         catch ( final IOException e ) {
11568             System.out.println();
11569             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11570             e.printStackTrace( System.out );
11571             return true;
11572         }
11573         catch ( final Exception e ) {
11574             return false;
11575         }
11576         return true;
11577     }
11578
11579     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11580         try {
11581             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11582                                                                                                  10 );
11583             if ( results.size() != 1 ) {
11584                 return false;
11585             }
11586             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11587                 return false;
11588             }
11589             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11590                 return false;
11591             }
11592             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11593                 return false;
11594             }
11595             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11596                 return false;
11597             }
11598             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11599                 return false;
11600             }
11601             results = null;
11602             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11603             if ( results.size() != 1 ) {
11604                 return false;
11605             }
11606             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11607                 return false;
11608             }
11609             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11610                 return false;
11611             }
11612             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11613                 return false;
11614             }
11615             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11616                 return false;
11617             }
11618             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11619                 return false;
11620             }
11621             results = null;
11622             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11623             if ( results.size() != 1 ) {
11624                 return false;
11625             }
11626             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11627                 return false;
11628             }
11629             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11630                 return false;
11631             }
11632             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11633                 return false;
11634             }
11635             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11636                 return false;
11637             }
11638             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11639                 return false;
11640             }
11641             results = null;
11642             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11643             if ( results.size() != 1 ) {
11644                 return false;
11645             }
11646             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11647                 return false;
11648             }
11649             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11650                 return false;
11651             }
11652             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11653                 return false;
11654             }
11655             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11656                 return false;
11657             }
11658             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11659                 return false;
11660             }
11661             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11662                 return false;
11663             }
11664             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11665                 return false;
11666             }
11667             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11668                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11669                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11670                 return false;
11671             }
11672             //
11673             results = null;
11674             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11675             if ( results.size() != 1 ) {
11676                 return false;
11677             }
11678             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11679                 return false;
11680             }
11681             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11682                 return false;
11683             }
11684             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11685                 return false;
11686             }
11687             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11688                 return false;
11689             }
11690             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11691                 return false;
11692             }
11693             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11694                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11695                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11696                 return false;
11697             }
11698             //
11699             results = null;
11700             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11701             if ( results.size() != 1 ) {
11702                 return false;
11703             }
11704             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11705                 return false;
11706             }
11707             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11708                 return false;
11709             }
11710             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11711                 return false;
11712             }
11713             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11714                 return false;
11715             }
11716             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11717                 return false;
11718             }
11719             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11720                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11721                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11722                 return false;
11723             }
11724             //
11725             results = null;
11726             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11727             if ( results.size() != 1 ) {
11728                 return false;
11729             }
11730             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11731                 return false;
11732             }
11733             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11734                 return false;
11735             }
11736             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11737                 return false;
11738             }
11739             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11740                 return false;
11741             }
11742             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11743                 return false;
11744             }
11745             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11746                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11747                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11748                 return false;
11749             }
11750         }
11751         catch ( final IOException e ) {
11752             System.out.println();
11753             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11754             e.printStackTrace( System.out );
11755             return true;
11756         }
11757         catch ( final Exception e ) {
11758             return false;
11759         }
11760         return true;
11761     }
11762
11763     private static boolean testWabiTxSearch() {
11764         try {
11765             String result = "";
11766             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11767             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11768             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11769                 return false;
11770             }
11771             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11772             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11773                 return false;
11774             }
11775             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11776             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11777                 return false;
11778             }
11779             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11780             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11781                 return false;
11782             }
11783             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11784             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11785                 return false;
11786             }
11787             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11788             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11789                 return false;
11790             }
11791             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11792             queries.add( "Campylobacter coli" );
11793             queries.add( "Escherichia coli" );
11794             queries.add( "Arabidopsis" );
11795             queries.add( "Trichoplax" );
11796             queries.add( "Samanea saman" );
11797             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11798             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11799             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11800             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11801             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11802             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11803             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11804             ranks.add( RANKS.GENUS );
11805             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11806             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11807             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11808             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11809         }
11810         catch ( final Exception e ) {
11811             System.out.println();
11812             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11813             e.printStackTrace( System.out );
11814             return false;
11815         }
11816         return true;
11817     }
11818 }