forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.archaeopteryx.webservices.WebserviceUtil;
  45 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  46 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  48 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  49 import org.forester.go.TestGo;
  50 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  53 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  58 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  59 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  60 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  61 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  62 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  63 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  64 import org.forester.msa.BasicMsa;
  65 import org.forester.msa.Mafft;
  66 import org.forester.msa.Msa;
  67 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  68 import org.forester.msa.MsaMethods;
  69 import org.forester.pccx.TestPccx;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  78 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  81 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  87 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  90 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  91 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  94 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  95 import org.forester.protein.BasicDomain;
  96 import org.forester.protein.BasicProtein;
  97 import org.forester.protein.Domain;
  98 import org.forester.protein.Protein;
  99 import org.forester.protein.ProteinId;
 100 import org.forester.rio.TestRIO;
 101 import org.forester.sdi.SDI;
 102 import org.forester.sdi.SDIR;
 103 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 104 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 105 import org.forester.sequence.Sequence;
 106 import org.forester.species.BasicSpecies;
 107 import org.forester.species.Species;
 108 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 109 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 110 import org.forester.tools.SupportCount;
 111 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 112 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 113 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 114 import org.forester.util.BasicTable;
 115 import org.forester.util.BasicTableParser;
 116 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 117 import org.forester.util.ForesterConstants;
 118 import org.forester.util.ForesterUtil;
 119 import org.forester.util.GeneralTable;
 120 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 122 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 123 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 127 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 128
 129 @SuppressWarnings( "unused")
 130 public final class Test {
 131
 132     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 139     private static final boolean PERFORM_WEB_TREE_ACCESS   = true;
 140     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 143     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 146     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 147     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 148
 149     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 150         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 151     }
 152
 153     public static void main( final String[] args ) {
 154         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 155         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 156                 + "]" );
 157         Locale.setDefault( Locale.US );
 158         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 159         int failed = 0;
 160         int succeeded = 0;
 161         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 162         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 163             System.out.println( "OK.]" );
 164         }
 165         else {
 166             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 167             System.out.println( "Testing aborted." );
 168             System.exit( -1 );
 169         }
 170         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 171         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 172             System.out.println( "OK.]" );
 173         }
 174         else {
 175             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 176             System.out.println( "Testing aborted." );
 177             System.exit( -1 );
 178         }
 179         final long start_time = new Date().getTime();
 180         System.out.print( "Basic node methods: " );
 181         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 182             System.out.println( "OK." );
 183             succeeded++;
 184         }
 185         else {
 186             System.out.println( "failed." );
 187             failed++;
 188         }
 189         System.out.print( "Protein id: " );
 190         if ( !testProteinId() ) {
 191             System.out.println( "failed." );
 192             failed++;
 193         }
 194         else {
 195             succeeded++;
 196         }
 197         System.out.println( "OK." );
 198         System.out.print( "Species: " );
 199         if ( !testSpecies() ) {
 200             System.out.println( "failed." );
 201             failed++;
 202         }
 203         else {
 204             succeeded++;
 205         }
 206         System.out.println( "OK." );
 207         System.out.print( "Basic domain: " );
 208         if ( !testBasicDomain() ) {
 209             System.out.println( "failed." );
 210             failed++;
 211         }
 212         else {
 213             succeeded++;
 214         }
 215         System.out.println( "OK." );
 216         System.out.print( "Basic protein: " );
 217         if ( !testBasicProtein() ) {
 218             System.out.println( "failed." );
 219             failed++;
 220         }
 221         else {
 222             succeeded++;
 223         }
 224         System.out.println( "OK." );
 225         System.out.print( "Sequence writer: " );
 226         if ( testSequenceWriter() ) {
 227             System.out.println( "OK." );
 228             succeeded++;
 229         }
 230         else {
 231             System.out.println( "failed." );
 232             failed++;
 233         }
 234         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 235         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 236             System.out.println( "OK." );
 237             succeeded++;
 238         }
 239         else {
 240             System.out.println( "failed." );
 241             failed++;
 242         }
 243         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 244         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 245             System.out.println( "OK." );
 246             succeeded++;
 247         }
 248         else {
 249             System.out.println( "failed." );
 250             failed++;
 251         }
 252         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 253         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 254             System.out.println( "OK." );
 255             succeeded++;
 256         }
 257         else {
 258             System.out.println( "failed." );
 259             failed++;
 260         }
 261         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 262         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 263             System.out.println( "OK." );
 264             succeeded++;
 265         }
 266         else {
 267             System.out.println( "failed." );
 268             failed++;
 269         }
 270         System.out.print( "Overlap removal: " );
 271         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 272             System.out.println( "failed." );
 273             failed++;
 274         }
 275         else {
 276             succeeded++;
 277         }
 278         System.out.println( "OK." );
 279         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 280         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 281             System.out.println( "failed." );
 282             failed++;
 283         }
 284         else {
 285             succeeded++;
 286         }
 287         System.out.println( "OK." );
 288         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 289         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 290             System.out.println( "OK." );
 291             succeeded++;
 292         }
 293         else {
 294             System.out.println( "failed." );
 295             failed++;
 296         }
 297         System.out.print( "SN extraction: " );
 298         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 299             System.out.println( "OK." );
 300             succeeded++;
 301         }
 302         else {
 303             System.out.println( "failed." );
 304             failed++;
 305         }
 306         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 307         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 308             System.out.println( "OK." );
 309             succeeded++;
 310         }
 311         else {
 312             System.out.println( "failed." );
 313             failed++;
 314         }
 315         System.exit( -1 );
 316         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 317         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 318             System.out.println( "OK." );
 319             succeeded++;
 320         }
 321         else {
 322             System.out.println( "failed." );
 323             failed++;
 324         }
 325         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 326         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 327             System.out.println( "OK." );
 328             succeeded++;
 329         }
 330         else {
 331             System.out.println( "failed." );
 332             failed++;
 333         }
 334         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 335         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 336             System.out.println( "OK." );
 337             succeeded++;
 338         }
 339         else {
 340             System.out.println( "failed." );
 341             failed++;
 342         }
 343         System.out.print( "NH parsing: " );
 344         if ( Test.testNHParsing() ) {
 345             System.out.println( "OK." );
 346             succeeded++;
 347         }
 348         else {
 349             System.out.println( "failed." );
 350             failed++;
 351         }
 352         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 353         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 354             System.out.println( "OK." );
 355             succeeded++;
 356         }
 357         else {
 358             System.out.println( "failed." );
 359             failed++;
 360         }
 361         System.out.print( "NHX parsing: " );
 362         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 363             System.out.println( "OK." );
 364             succeeded++;
 365         }
 366         else {
 367             System.out.println( "failed." );
 368             failed++;
 369         }
 370         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 371         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 372             System.out.println( "OK." );
 373             succeeded++;
 374         }
 375         else {
 376             System.out.println( "failed." );
 377             failed++;
 378         }
 379         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 380         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 381             System.out.println( "OK." );
 382             succeeded++;
 383         }
 384         else {
 385             System.out.println( "failed." );
 386             failed++;
 387         }
 388         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 389         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 390             System.out.println( "OK." );
 391             succeeded++;
 392         }
 393         else {
 394             System.out.println( "failed." );
 395             failed++;
 396         }
 397         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 398         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 399             System.out.println( "OK." );
 400             succeeded++;
 401         }
 402         else {
 403             System.out.println( "failed." );
 404             failed++;
 405         }
 406         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 407         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 408             System.out.println( "OK." );
 409             succeeded++;
 410         }
 411         else {
 412             System.out.println( "failed." );
 413             failed++;
 414         }
 415         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 416         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 417             System.out.println( "OK." );
 418             succeeded++;
 419         }
 420         else {
 421             System.out.println( "failed." );
 422             failed++;
 423         }
 424         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 425         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 426             System.out.println( "OK." );
 427             succeeded++;
 428         }
 429         else {
 430             System.out.println( "failed." );
 431             failed++;
 432         }
 433         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 434         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 435             System.out.println( "OK." );
 436             succeeded++;
 437         }
 438         else {
 439             System.out.println( "failed." );
 440             failed++;
 441         }
 442         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 443         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 444             System.out.println( "OK." );
 445             succeeded++;
 446         }
 447         else {
 448             System.out.println( "failed." );
 449             failed++;
 450         }
 451         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 452         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 453             System.out.println( "OK." );
 454             succeeded++;
 455         }
 456         else {
 457             System.out.println( "failed." );
 458             failed++;
 459         }
 460         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 461         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 462             System.out.println( "OK." );
 463             succeeded++;
 464         }
 465         else {
 466             System.out.println( "failed." );
 467             failed++;
 468         }
 469         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 470         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 471             System.out.println( "OK." );
 472             succeeded++;
 473         }
 474         else {
 475             System.out.println( "failed." );
 476             failed++;
 477         }
 478         System.out.print( "Copying of node data: " );
 479         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 480             System.out.println( "OK." );
 481             succeeded++;
 482         }
 483         else {
 484             System.out.println( "failed." );
 485             failed++;
 486         }
 487         System.out.print( "Tree copy: " );
 488         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 489             System.out.println( "OK." );
 490             succeeded++;
 491         }
 492         else {
 493             System.out.println( "failed." );
 494             failed++;
 495         }
 496         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 497         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 498             System.out.println( "OK." );
 499             succeeded++;
 500         }
 501         else {
 502             System.out.println( "failed." );
 503             failed++;
 504         }
 505         System.out.print( "Tree methods: " );
 506         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 515         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 524         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 525             System.out.println( "OK." );
 526             succeeded++;
 527         }
 528         else {
 529             System.out.println( "failed." );
 530             failed++;
 531         }
 532         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 533         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 534             System.out.println( "OK." );
 535             succeeded++;
 536         }
 537         else {
 538             System.out.println( "failed." );
 539             failed++;
 540         }
 541         System.out.print( "Re-id methods: " );
 542         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 551         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 552             System.out.println( "OK." );
 553             succeeded++;
 554         }
 555         else {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 560         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 561             System.out.println( "OK." );
 562             succeeded++;
 563         }
 564         else {
 565             System.out.println( "failed." );
 566             failed++;
 567         }
 568         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 569         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 570             System.out.println( "OK." );
 571             succeeded++;
 572         }
 573         else {
 574             System.out.println( "failed." );
 575             failed++;
 576         }
 577         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 578         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 579             System.out.println( "OK." );
 580             succeeded++;
 581         }
 582         else {
 583             System.out.println( "failed." );
 584             failed++;
 585         }
 586         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 587         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 588             System.out.println( "OK." );
 589             succeeded++;
 590         }
 591         else {
 592             System.out.println( "failed." );
 593             failed++;
 594         }
 595         System.out.print( "Rerooting: " );
 596         if ( Test.testRerooting() ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 605         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Node removal: " );
 614         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Support count: " );
 623         if ( Test.testSupportCount() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Support transfer: " );
 632         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 641         if ( Test.testGetLCA() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 650         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 659         if ( Test.testGetDistance() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 668         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 677         if ( Test.testDataObjects() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Properties map: " );
 686         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "SDIse: " );
 695         if ( Test.testSDIse() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 704         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "GSDI: " );
 713         if ( TestGSDI.test() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         System.out.print( "RIO: " );
 722         if ( TestRIO.test() ) {
 723             System.out.println( "OK." );
 724             succeeded++;
 725         }
 726         else {
 727             System.out.println( "failed." );
 728             failed++;
 729         }
 730         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 731         System.out.println();
 732         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 733             System.out.println( "OK." );
 734             succeeded++;
 735         }
 736         else {
 737             System.out.println( "failed." );
 738             failed++;
 739         }
 740         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 741         System.out.println();
 742         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 743             System.out.println( "OK." );
 744             succeeded++;
 745         }
 746         else {
 747             System.out.println( "failed." );
 748             failed++;
 749         }
 750         System.out.print( "GO: " );
 751         System.out.println();
 752         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 753             System.out.println( "OK." );
 754             succeeded++;
 755         }
 756         else {
 757             System.out.println( "failed." );
 758             failed++;
 759         }
 760         System.out.print( "Modeling tools: " );
 761         if ( TestPccx.test() ) {
 762             System.out.println( "OK." );
 763             succeeded++;
 764         }
 765         else {
 766             System.out.println( "failed." );
 767             failed++;
 768         }
 769         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 770         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 771             System.out.println( "OK." );
 772             succeeded++;
 773         }
 774         else {
 775             System.out.println( "failed." );
 776             failed++;
 777         }
 778         System.out.print( "Split Matrix: " );
 779         if ( Test.testSplit() ) {
 780             System.out.println( "OK." );
 781             succeeded++;
 782         }
 783         else {
 784             System.out.println( "failed." );
 785             failed++;
 786         }
 787         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 788         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 789             System.out.println( "OK." );
 790             succeeded++;
 791         }
 792         else {
 793             System.out.println( "failed." );
 794             failed++;
 795         }
 796         System.out.print( "Basic table: " );
 797         if ( Test.testBasicTable() ) {
 798             System.out.println( "OK." );
 799             succeeded++;
 800         }
 801         else {
 802             System.out.println( "failed." );
 803             failed++;
 804         }
 805         System.out.print( "General table: " );
 806         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 807             System.out.println( "OK." );
 808             succeeded++;
 809         }
 810         else {
 811             System.out.println( "failed." );
 812             failed++;
 813         }
 814         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 815         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 816             System.out.println( "OK." );
 817             succeeded++;
 818         }
 819         else {
 820             System.out.println( "failed." );
 821             failed++;
 822         }
 823         System.out.print( "General MSA parser: " );
 824         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 825             System.out.println( "OK." );
 826             succeeded++;
 827         }
 828         else {
 829             System.out.println( "failed." );
 830             failed++;
 831         }
 832         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 833         if ( Test.testFastaParser() ) {
 834             System.out.println( "OK." );
 835             succeeded++;
 836         }
 837         else {
 838             System.out.println( "failed." );
 839             failed++;
 840         }
 841         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 842         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 843             System.out.println( "OK." );
 844             succeeded++;
 845         }
 846         else {
 847             System.out.println( "failed." );
 848             failed++;
 849         }
 850         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
 851         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
 852             System.out.println( "OK." );
 853             succeeded++;
 854         }
 855         else {
 856             System.out.println( "failed." );
 857             failed++;
 858         }
 859         String path = "";
 860         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 861         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 862             path = "/usr/local/bin/mafft";
 863         }
 864         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 865             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 866         }
 867         else {
 868             path = "mafft";
 869             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 870                 path = "/usr/bin/mafft";
 871             }
 872             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 873                 path = "/usr/local/bin/mafft";
 874             }
 875         }
 876         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 877             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 878             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 879                 System.out.println( "OK." );
 880                 succeeded++;
 881             }
 882             else {
 883                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 884             }
 885         }
 886         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 887         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 888             System.out.println( "OK." );
 889             succeeded++;
 890         }
 891         else {
 892             System.out.println( "failed." );
 893             failed++;
 894         }
 895         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 896         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 897             System.out.println( "OK." );
 898             succeeded++;
 899         }
 900         else {
 901             System.out.println( "failed." );
 902             failed++;
 903         }
 904         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 905             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 906             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 907                 System.out.println( "OK." );
 908                 succeeded++;
 909             }
 910             else {
 911                 System.out.println( "failed." );
 912                 failed++;
 913             }
 914             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 915             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 916                 System.out.println( "OK." );
 917                 succeeded++;
 918             }
 919             else {
 920                 System.out.println( "failed." );
 921                 failed++;
 922             }
 923             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 924             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 925                 System.out.println( "OK." );
 926                 succeeded++;
 927             }
 928             else {
 929                 System.out.println( "failed." );
 930                 failed++;
 931                 System.exit( -1 );
 932             }
 933             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 934             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 935                 System.out.println( "OK." );
 936                 succeeded++;
 937             }
 938             else {
 939                 System.out.println( "failed." );
 940                 failed++;
 941             }
 942         }
 943         if ( PERFORM_WEB_TREE_ACCESS ) {
 944             System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
 945             if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
 946                 System.out.println( "OK." );
 947                 succeeded++;
 948             }
 949             else {
 950                 System.out.println( "failed." );
 951                 failed++;
 952             }
 953             System.out.print( "phyloXML parsing from URL: " );
 954             if ( Test.testPhyloXMLparsingFromURL() ) {
 955                 System.out.println( "OK." );
 956                 succeeded++;
 957             }
 958             else {
 959                 System.out.println( "failed." );
 960                 failed++;
 961             }
 962             System.out.print( "TreeBase acccess: " );
 963             if ( Test.testTreeBaseReading() ) {
 964                 System.out.println( "OK." );
 965                 succeeded++;
 966             }
 967             else {
 968                 System.out.println( "failed." );
 969                 failed++;
 970             }
 971             //
 972             System.out.print( "ToL access: " );
 973             if ( Test.testToLReading() ) {
 974                 System.out.println( "OK." );
 975                 succeeded++;
 976             }
 977             else {
 978                 System.out.println( "failed." );
 979                 failed++;
 980             }
 981             //
 982             System.out.print( "TreeFam access: " );
 983             if ( Test.testTreeFamReading() ) {
 984                 System.out.println( "OK." );
 985                 succeeded++;
 986             }
 987             else {
 988                 System.out.println( "failed." );
 989                 failed++;
 990             }
 991             //
 992             //
 993             System.out.print( "Pfam tree access: " );
 994             if ( Test.testPfamTreeReading() ) {
 995                 System.out.println( "OK." );
 996                 succeeded++;
 997             }
 998             else {
 999                 System.out.println( "failed." );
1000                 failed++;
1001             }
1002         }
1003         System.out.println();
1004         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1005         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1006         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1007         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1008                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1009         System.out.println();
1010         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1011         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1012         System.out.println();
1013         if ( failed < 1 ) {
1014             System.out.println( "OK." );
1015         }
1016         else {
1017             System.out.println( "Not OK." );
1018         }
1019     }
1020
1021     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
1022         try {
1023             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1024             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1025             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1026             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1027             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1028             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1029             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1030             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1031             covered.add( true ); // 0
1032             covered.add( false ); // 1
1033             covered.add( true ); // 2
1034             covered.add( false ); // 3
1035             covered.add( true ); // 4
1036             covered.add( true ); // 5
1037             covered.add( false ); // 6
1038             covered.add( true ); // 7
1039             covered.add( true ); // 8
1040             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1062             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1063             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1064             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
1065             abc.addProteinDomain( a );
1066             abc.addProteinDomain( b );
1067             abc.addProteinDomain( c );
1068             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
1069             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
1070             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1086             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1087             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1088             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
1089             def.addProteinDomain( d );
1090             def.addProteinDomain( e );
1091             def.addProteinDomain( f );
1092             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
1093             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
1094             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
1110                 return false;
1111             }
1112         }
1113         catch ( final Exception e ) {
1114             e.printStackTrace( System.out );
1115             return false;
1116         }
1117         return true;
1118     }
1119
1120     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
1121         try {
1122             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
1123             final URL u = new URL( s );
1124             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1125             final Phylogeny[] phys = factory.create( u, new NHXParser() );
1126             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 5 ) ) {
1127                 return false;
1128             }
1129             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1130                 System.out.println( phys[ 0 ].toNewHampshire() );
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( !phys[ 1 ].toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1134                 System.out.println( phys[ 1 ].toNewHampshire() );
1135                 return false;
1136             }
1137             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
1138             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 5 ) ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1142                 System.out.println( phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
1143                 return false;
1144             }
1145             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1146             final NHXParser p = new NHXParser();
1147             final URL u2 = new URL( s );
1148             p.setSource( u2 );
1149             if ( !p.hasNext() ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !p.hasNext() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             p.reset();
1159             if ( !p.hasNext() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             p.reset();
1169             if ( !p.hasNext() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178         }
1179         catch ( final Exception e ) {
1180             e.printStackTrace();
1181         }
1182         return true;
1183     }
1184
1185     public static boolean testOverlapRemoval() {
1186         try {
1187             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1188             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1189             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1190             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1191             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1192             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1193             covered.add( true ); // 0
1194             covered.add( false ); // 1
1195             covered.add( true ); // 2
1196             covered.add( false ); // 3
1197             covered.add( true ); // 4
1198             covered.add( true ); // 5
1199             covered.add( false ); // 6
1200             covered.add( true ); // 7
1201             covered.add( true ); // 8
1202             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
1218             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
1219             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
1220             ab.addProteinDomain( a );
1221             ab.addProteinDomain( b );
1222             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
1223             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
1233             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1240             final Domain d = new BasicDomain( "d",
1241                                               ( short ) 10000,
1242                                               ( short ) 10500,
1243                                               ( short ) 1,
1244                                               ( short ) 1,
1245                                               0.0000001,
1246                                               1 );
1247             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1248             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
1249             cde.addProteinDomain( c );
1250             cde.addProteinDomain( d );
1251             cde.addProteinDomain( e );
1252             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
1253             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1260             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1261             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1262             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
1263             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
1264             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
1265             fghi.addProteinDomain( f );
1266             fghi.addProteinDomain( g );
1267             fghi.addProteinDomain( h );
1268             fghi.addProteinDomain( i );
1269             fghi.addProteinDomain( i );
1270             fghi.addProteinDomain( i );
1271             fghi.addProteinDomain( i2 );
1272             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
1273             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
1283             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1290             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1291             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1292             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1293             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1294             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1295             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1296             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
1297             jklm.addProteinDomain( j );
1298             jklm.addProteinDomain( k );
1299             jklm.addProteinDomain( l );
1300             jklm.addProteinDomain( m );
1301             jklm.addProteinDomain( m0 );
1302             jklm.addProteinDomain( m1 );
1303             jklm.addProteinDomain( m2 );
1304             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
1305             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
1315             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1322             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
1323             od.addProteinDomain( only );
1324             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
1325             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331         }
1332         catch ( final Exception e ) {
1333             e.printStackTrace( System.out );
1334             return false;
1335         }
1336         return true;
1337     }
1338
1339     public static final boolean testPfamTreeReading() {
1340         try {
1341             final URL u = new URL( WebserviceUtil.PFAM_SERVER + "/family/PF" + "01849" + "/tree/download" );
1342             final NHXParser parser = new NHXParser();
1343             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             parser.setReplaceUnderscores( false );
1345             parser.setGuessRootedness( true );
1346             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1347             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1348             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354         }
1355         catch ( final Exception e ) {
1356             e.printStackTrace();
1357         }
1358         return true;
1359     }
1360
1361     public static final boolean testPhyloXMLparsingFromURL() {
1362         try {
1363             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/archaeopteryx_a/apaf_bcl2.xml";
1364             final URL u = new URL( s );
1365             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1366             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser() );
1367             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 2 ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370         }
1371         catch ( final Exception e ) {
1372             e.printStackTrace();
1373         }
1374         return true;
1375     }
1376
1377     public static final boolean testToLReading() {
1378         try {
1379             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TOL_URL_BASE + "15079" );
1380             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1381             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), new TolParser() );
1382             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "15079" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Protacanthopterygii" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 5 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace();
1397         }
1398         return true;
1399     }
1400
1401     public static final boolean testTreeBaseReading() {
1402         try {
1403             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_TREE_URL_BASE + "825?format=nexus" );
1404             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
1405             parser.setReplaceUnderscores( true );
1406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1407             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1408             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             final URL u2 = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_STUDY_URL_BASE + "15613?format=nexus" );
1412             final NexusPhylogeniesParser parser2 = new NexusPhylogeniesParser();
1413             parser2.setReplaceUnderscores( true );
1414             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1415             final Phylogeny[] phys2 = factory2.create( u2.openStream(), parser2 );
1416             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 9 ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419         }
1420         catch ( final Exception e ) {
1421             e.printStackTrace();
1422         }
1423         return true;
1424     }
1425
1426     public static final boolean testTreeFamReading() {
1427         try {
1428             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREE_FAM_URL_BASE + "101004" + "/tree/newick" );
1429             final NHXParser parser = new NHXParser();
1430             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1431             parser.setReplaceUnderscores( false );
1432             parser.setGuessRootedness( true );
1433             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1434             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1435             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1439                 return false;
1440             }
1441         }
1442         catch ( final Exception e ) {
1443             e.printStackTrace();
1444         }
1445         return true;
1446     }
1447
1448     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1449         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1450         return p;
1451     }
1452
1453     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1454         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1455     }
1456
1457     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1458         try {
1459             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1460             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1473             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1477             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1481             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484         }
1485         catch ( final Exception e ) {
1486             e.printStackTrace();
1487             return false;
1488         }
1489         return true;
1490     }
1491
1492     private static boolean testBasicDomain() {
1493         try {
1494             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1495             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1508             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1509             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1510             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1511             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1512             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542         }
1543         catch ( final Exception e ) {
1544             e.printStackTrace( System.out );
1545             return false;
1546         }
1547         return true;
1548     }
1549
1550     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1551         try {
1552             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1556             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1557                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1558             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1559                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1560             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1561                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1562             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !n3.isExternal() ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !n3.isRoot() ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583         }
1584         catch ( final Exception e ) {
1585             e.printStackTrace( System.out );
1586             return false;
1587         }
1588         return true;
1589     }
1590
1591     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1592         try {
1593             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1594             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1595             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1596                                                               xml_parser );
1597             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1598                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1605             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1606             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1607             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1608             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t1.isRooted() ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t1.isRerootable() ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1642                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1646                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1674                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1678                 return false;
1679             }
1680             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1687                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1691                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1695                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1699                     .equals( "experimental" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1703                     .equals( "function" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1707                     .getValue() != 1 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1711                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1715                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1719                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1723                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1727                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1731                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1735                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1739                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1743                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1747                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1754                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1761             if ( x.size() != 4 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             int c = 0;
1765             for( final Accession acc : x ) {
1766                 if ( c == 0 ) {
1767                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1768                         return false;
1769                     }
1770                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1771                         return false;
1772                     }
1773                 }
1774                 c++;
1775             }
1776         }
1777         catch ( final Exception e ) {
1778             e.printStackTrace( System.out );
1779             return false;
1780         }
1781         return true;
1782     }
1783
1784     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1785         try {
1786             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1787             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1788             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1789                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1790             }
1791             else {
1792                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1795                                                               xml_parser );
1796             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1797                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1804             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1805             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1809             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1822             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1823             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1824             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1837                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1841                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1845             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1846             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1847             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1848             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1852             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1868                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1878                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1882                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1886                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1890                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1894                     .equals( "experimental" ) ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1898                     .equals( "function" ) ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1902                     .getValue() != 1 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1906                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1910                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1914                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1918                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1922                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1926                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1930                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1934                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1938                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1942                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1949                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1959                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1975                     .equals( "ncbi" ) ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1982                     .getName().equals( "B" ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1986                     .getFrom() != 21 ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1993                     .getLength() != 24 ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1997                     .getConfidence() != 2144 ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
2001                     .equals( "pfam" ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
2017             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
2054                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
2061                 return false;
2062             }
2063             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             //
2079             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2083                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
2090                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
2091                 return false;
2092             }
2093             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2100                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
2104                     .getCrossReferences();
2105             if ( x.size() != 4 ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             int c = 0;
2109             for( final Accession acc : x ) {
2110                 if ( c == 0 ) {
2111                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
2112                         return false;
2113                     }
2114                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
2115                         return false;
2116                     }
2117                 }
2118                 c++;
2119             }
2120         }
2121         catch ( final Exception e ) {
2122             e.printStackTrace( System.out );
2123             return false;
2124         }
2125         return true;
2126     }
2127
2128     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
2129         try {
2130             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2131             PhyloXmlParser xml_parser = null;
2132             try {
2133                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
2134             }
2135             catch ( final Exception e ) {
2136                 // Do nothing -- means were not running from jar.
2137             }
2138             if ( xml_parser == null ) {
2139                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
2140                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
2141                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
2142                 }
2143                 else {
2144                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
2145                 }
2146             }
2147             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
2148                                                               xml_parser );
2149             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2150                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2157             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
2158             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
2159             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
2160             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2182             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2183             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2184                 System.out.println( "errors:" );
2185                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2192                                                               xml_parser );
2193             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2194                 System.out.println( "errors:" );
2195                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2205                                                               xml_parser );
2206             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2207                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2214             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2227                                                               xml_parser );
2228             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2229                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2236             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             s.getNode( "first" );
2240             s.getNode( "<>" );
2241             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2242             s.getNode( "'''\"" );
2243             s.getNode( "\"\"\"" );
2244             s.getNode( "dick & doof" );
2245         }
2246         catch ( final Exception e ) {
2247             e.printStackTrace( System.out );
2248             return false;
2249         }
2250         return true;
2251     }
2252
2253     private static boolean testBasicProtein() {
2254         try {
2255             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2256             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2257             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2258             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2259             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2260             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2261             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2262             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2263             p0.addProteinDomain( y );
2264             p0.addProteinDomain( e );
2265             p0.addProteinDomain( b );
2266             p0.addProteinDomain( c );
2267             p0.addProteinDomain( d );
2268             p0.addProteinDomain( a );
2269             p0.addProteinDomain( x );
2270             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             //
2277             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2278             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2279             aa0.addProteinDomain( a1 );
2280             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             //
2287             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2288             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2289             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2290             aa1.addProteinDomain( a11 );
2291             aa1.addProteinDomain( a12 );
2292             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2299             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2309             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2322             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2335             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             //
2348             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2349             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2350             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2351             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2352             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2353             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2354             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2355             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2356             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2357             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2358             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2359             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2360             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2361             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2362             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2363             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2364             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2365             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2366             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2367             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2368             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2369             p00.addProteinDomain( y0 );
2370             p00.addProteinDomain( e0 );
2371             p00.addProteinDomain( b0 );
2372             p00.addProteinDomain( c0 );
2373             p00.addProteinDomain( d0 );
2374             p00.addProteinDomain( a0 );
2375             p00.addProteinDomain( x0 );
2376             p00.addProteinDomain( y1 );
2377             p00.addProteinDomain( y2 );
2378             p00.addProteinDomain( y3 );
2379             p00.addProteinDomain( e1 );
2380             p00.addProteinDomain( e2 );
2381             p00.addProteinDomain( e3 );
2382             p00.addProteinDomain( e4 );
2383             p00.addProteinDomain( e5 );
2384             p00.addProteinDomain( z0 );
2385             p00.addProteinDomain( z1 );
2386             p00.addProteinDomain( z2 );
2387             p00.addProteinDomain( zz0 );
2388             p00.addProteinDomain( zz1 );
2389             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2405             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2406             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2407             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2408             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2409             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2410             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2411             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2412             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2413             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2414             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2415             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2416             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2417             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2418             p.addProteinDomain( B15 );
2419             p.addProteinDomain( C50 );
2420             p.addProteinDomain( A60 );
2421             p.addProteinDomain( A30 );
2422             p.addProteinDomain( C70 );
2423             p.addProteinDomain( B35 );
2424             p.addProteinDomain( B40 );
2425             p.addProteinDomain( A0 );
2426             p.addProteinDomain( A10 );
2427             p.addProteinDomain( A20 );
2428             p.addProteinDomain( B25 );
2429             p.addProteinDomain( D80 );
2430             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2431             domains_ids.add( "A" );
2432             domains_ids.add( "B" );
2433             domains_ids.add( "C" );
2434             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             domains_ids.add( "X" );
2441             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             domains_ids = new ArrayList<String>();
2448             domains_ids.add( "A" );
2449             domains_ids.add( "C" );
2450             domains_ids.add( "D" );
2451             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             domains_ids = new ArrayList<String>();
2458             domains_ids.add( "A" );
2459             domains_ids.add( "D" );
2460             domains_ids.add( "C" );
2461             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             domains_ids = new ArrayList<String>();
2468             domains_ids.add( "A" );
2469             domains_ids.add( "A" );
2470             domains_ids.add( "B" );
2471             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             domains_ids = new ArrayList<String>();
2478             domains_ids.add( "A" );
2479             domains_ids.add( "A" );
2480             domains_ids.add( "A" );
2481             domains_ids.add( "B" );
2482             domains_ids.add( "B" );
2483             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             domains_ids = new ArrayList<String>();
2490             domains_ids.add( "A" );
2491             domains_ids.add( "A" );
2492             domains_ids.add( "B" );
2493             domains_ids.add( "A" );
2494             domains_ids.add( "B" );
2495             domains_ids.add( "B" );
2496             domains_ids.add( "A" );
2497             domains_ids.add( "B" );
2498             domains_ids.add( "C" );
2499             domains_ids.add( "A" );
2500             domains_ids.add( "C" );
2501             domains_ids.add( "D" );
2502             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2506                 return false;
2507             }
2508         }
2509         catch ( final Exception e ) {
2510             e.printStackTrace( System.out );
2511             return false;
2512         }
2513         return true;
2514     }
2515
2516     private static boolean testBasicTable() {
2517         try {
2518             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2519             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2526             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2527             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2528             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2529             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2530             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2531             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2532             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2533             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2564             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2565             source.append( "" + l );
2566             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2567             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2568             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2569             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2570             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2571             source.append( "40 41 42 43" + l );
2572             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2573             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2574             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2575             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2594             source1.append( "" + l );
2595             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2596             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2597             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2598             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2599             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2600             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2601             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2602             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2603             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2604             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2629             source2.append( "" + l );
2630             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2631             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2632             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2633             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2634             source2.append( "                     " + l );
2635             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2636             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2637             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2638             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2639             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2640                                                                         ';',
2641                                                                         false,
2642                                                                         false,
2643                                                                         "comment:",
2644                                                                         false );
2645             if ( tl.size() != 2 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2649             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2650             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668         }
2669         catch ( final Exception e ) {
2670             e.printStackTrace( System.out );
2671             return false;
2672         }
2673         return true;
2674     }
2675
2676     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2677         try {
2678             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2679             final TolParser parser = new TolParser();
2680             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2681             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2682                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2689             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !t1.isRooted() ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2708             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2709                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2716             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             if ( !t2.isRooted() ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2738                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2742             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2743                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2750             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2751                 return false;
2752             }
2753             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2763             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2764                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2771             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2784             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2785                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2792             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804         }
2805         catch ( final Exception e ) {
2806             e.printStackTrace( System.out );
2807             return false;
2808         }
2809         return true;
2810     }
2811
2812     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2813         try {
2814             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2815             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2816             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( t2.isEmpty() ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2829             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2839             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2840             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2850             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2851             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2858             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2859             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2863             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2864             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2868             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2869             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2876             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2877             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2881             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2882             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2883                 return false;
2884             }
2885         }
2886         catch ( final Exception e ) {
2887             e.printStackTrace( System.out );
2888             return false;
2889         }
2890         return true;
2891     }
2892
2893     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2894         try {
2895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2896             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2897             final Phylogeny[] ev0 = factory
2898                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2899                              new NHXParser() );
2900             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2901             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2908             final Phylogeny[] ev1 = factory
2909                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2910                              new NHXParser() );
2911             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2912             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2919             final Phylogeny[] ev_b = factory
2920                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2921                              new NHXParser() );
2922             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2923             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             //
2930             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2931             final Phylogeny[] ev1x = factory
2932                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2933                              new NHXParser() );
2934             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2935             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2942             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2943                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2944                              new NHXParser() );
2945             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2946             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             //
2953             final Phylogeny[] t2 = factory
2954                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2955                              new NHXParser() );
2956             final Phylogeny[] ev2 = factory
2957                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2958                              new NHXParser() );
2959             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2960                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2961             }
2962             //
2963             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2964                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2965             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2966             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2967             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976         }
2977         catch ( final Exception e ) {
2978             e.printStackTrace();
2979             return false;
2980         }
2981         return true;
2982     }
2983
2984     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2985         try {
2986             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2987                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2988             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2989             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992         }
2993         catch ( final Exception e ) {
2994             e.printStackTrace();
2995             return false;
2996         }
2997         return true;
2998     }
2999
3000     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
3001         try {
3002             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
3003             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
3010             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016         }
3017         catch ( final Exception e ) {
3018             e.printStackTrace();
3019             return false;
3020         }
3021         return true;
3022     }
3023
3024     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
3025         try {
3026             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
3027             n.setName( "tr|B3RJ64" );
3028             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
3032             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             n.setName( "NP_001025424" );
3036             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             n.setName( "_NM_001030253-" );
3040             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             n.setName( "XM_002122186" );
3044             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
3048             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             n.setName( "AAA34956" );
3052             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             n.setName( "GI:394892" );
3056             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3057                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3058                 return false;
3059             }
3060             n.setName( "gi_394892" );
3061             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3062                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3063                 return false;
3064             }
3065             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
3066             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3067                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3068                 return false;
3069             }
3070             n.setName( "P12345" );
3071             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3072                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3073                 return false;
3074             }
3075             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
3076             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3077                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3078                 return false;
3079             }
3080         }
3081         catch ( final Exception e ) {
3082             e.printStackTrace( System.out );
3083             return false;
3084         }
3085         return true;
3086     }
3087
3088     private static boolean testDataObjects() {
3089         try {
3090             final Confidence s0 = new Confidence();
3091             final Confidence s1 = new Confidence();
3092             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3096             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3097             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
3104             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             s3.asSimpleText();
3108             s3.asText();
3109             // Taxonomy
3110             // ----------
3111             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
3112             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
3113             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
3114             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
3115             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
3116             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3117             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3118             t1.setScientificName( "E. coli" );
3119             t1.setCommonName( "coli" );
3120             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
3121             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3125             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
3126             t2.setScientificName( "what" );
3127             t2.setCommonName( "something" );
3128             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
3132             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             t1.setIdentifier( null );
3136             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3137             t3.setScientificName( "what" );
3138             t3.setCommonName( "something" );
3139             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             t1.setIdentifier( null );
3143             t1.setTaxonomyCode( "" );
3144             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3145             t4.setCommonName( "something" );
3146             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3150             t4.setCommonName( "something" );
3151             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             t1.setIdentifier( null );
3155             t1.setTaxonomyCode( "" );
3156             t1.setScientificName( "" );
3157             t5.setCommonName( "COLI" );
3158             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             t5.setCommonName( "vibrio" );
3162             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             // Identifier
3166             // ----------
3167             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3168             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3169             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             id1.asSimpleText();
3179             id1.asText();
3180             // ProteinDomain
3181             // ---------------
3182             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3183             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3184             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             pd1.asSimpleText();
3191             pd1.asText();
3192             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3193             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3194             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             pd3.asSimpleText();
3204             pd3.asText();
3205             // DomainArchitecture
3206             // ------------------
3207             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3208             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3209             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3210             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3211             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3212             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3213             domains0.add( d2 );
3214             domains0.add( d0 );
3215             domains0.add( d3 );
3216             domains0.add( d1 );
3217             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3218             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3222             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3232             domains1.add( d1 );
3233             domains1.add( d2 );
3234             domains1.add( d4 );
3235             domains1.add( d0 );
3236             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3237             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             ds1.asSimpleText();
3241             ds1.asText();
3242             ds1.toNHX();
3243             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3244             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3245                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3246                 return false;
3247             }
3248             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             // Event
3252             // -----
3253             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3254             if ( e1.isDuplication() ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             if ( !e1.isFusion() ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3267             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3274             if ( e2.isDuplication() ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3293             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3297             if ( e3.isDuplication() ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             if ( e3.isSpeciation() ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3310             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3311             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             e3 = null;
3315             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3319             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3326             e4 = null;
3327             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3328             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final Event e5 = new Event();
3335             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3345             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3352             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3359             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365         }
3366         catch ( final Exception e ) {
3367             e.printStackTrace( System.out );
3368             return false;
3369         }
3370         return true;
3371     }
3372
3373     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3374         try {
3375             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3376             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3378             if ( t0.isEmpty() ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3385             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             if ( !t0.isEmpty() ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3396             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3407             if ( !t1.isEmpty() ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             t2.toNewHampshireX();
3419             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3420             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3424             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3428             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3432             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             n = t3.getNode( "A" );
3440             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             n = n.getNextExternalNode();
3444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             n = t3.getNode( "C" );
3452             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3456             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3460             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3464             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3472             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3476             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3480             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             n = t4.getNode( "A" );
3484             n = n.getNextExternalNode();
3485             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             n = n.getNextExternalNode();
3489             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3493             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3497             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3498             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3499                 return false;
3500             }
3501             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3502             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3506             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3507             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3511             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3515             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3516             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3520             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3524             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3525             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3529             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3533             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3534             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3538             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3542             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3543             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3547             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3551             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3552             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3556             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3560             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3564             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3573             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3577             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3581             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3585             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3589             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3593             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3597             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3601             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3605             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3609             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3613             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3617             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3621             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3625             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3626             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3630             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3634             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3635             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3639             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3660             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3664             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3665                 return false;
3666             }
3667         }
3668         catch ( final Exception e ) {
3669             e.printStackTrace( System.out );
3670             return false;
3671         }
3672         return true;
3673     }
3674
3675     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3676         try {
3677             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3678             dss1.addValue( 82 );
3679             dss1.addValue( 78 );
3680             dss1.addValue( 70 );
3681             dss1.addValue( 58 );
3682             dss1.addValue( 42 );
3683             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             dss1.addValue( 123 );
3720             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3730             dss2.addValue( -1.85 );
3731             dss2.addValue( 57.5 );
3732             dss2.addValue( 92.78 );
3733             dss2.addValue( 57.78 );
3734             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3741             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             dss2.addValue( -100 );
3745             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final double[] ds = new double[ 14 ];
3752             ds[ 0 ] = 34;
3753             ds[ 1 ] = 23;
3754             ds[ 2 ] = 1;
3755             ds[ 3 ] = 32;
3756             ds[ 4 ] = 11;
3757             ds[ 5 ] = 2;
3758             ds[ 6 ] = 12;
3759             ds[ 7 ] = 33;
3760             ds[ 8 ] = 13;
3761             ds[ 9 ] = 22;
3762             ds[ 10 ] = 21;
3763             ds[ 11 ] = 35;
3764             ds[ 12 ] = 24;
3765             ds[ 13 ] = 31;
3766             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3767             if ( bins.length != 4 ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3783             ds1[ 0 ] = 10.0;
3784             ds1[ 1 ] = 19.0;
3785             ds1[ 2 ] = 9.999;
3786             ds1[ 3 ] = 0.0;
3787             ds1[ 4 ] = 39.9;
3788             ds1[ 5 ] = 39.999;
3789             ds1[ 6 ] = 30.0;
3790             ds1[ 7 ] = 19.999;
3791             ds1[ 8 ] = 30.1;
3792             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3793             if ( bins1.length != 4 ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3809             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3822             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3835             dss3.addValue( 1 );
3836             dss3.addValue( 1 );
3837             dss3.addValue( 1 );
3838             dss3.addValue( 2 );
3839             dss3.addValue( 3 );
3840             dss3.addValue( 4 );
3841             dss3.addValue( 5 );
3842             dss3.addValue( 5 );
3843             dss3.addValue( 5 );
3844             dss3.addValue( 6 );
3845             dss3.addValue( 7 );
3846             dss3.addValue( 8 );
3847             dss3.addValue( 9 );
3848             dss3.addValue( 10 );
3849             dss3.addValue( 10 );
3850             dss3.addValue( 10 );
3851             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3852             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3853             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3854         }
3855         catch ( final Exception e ) {
3856             e.printStackTrace( System.out );
3857             return false;
3858         }
3859         return true;
3860     }
3861
3862     private static boolean testDir( final String file ) {
3863         try {
3864             final File f = new File( file );
3865             if ( !f.exists() ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !f.isDirectory() ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !f.canRead() ) {
3872                 return false;
3873             }
3874         }
3875         catch ( final Exception e ) {
3876             return false;
3877         }
3878         return true;
3879     }
3880
3881     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
3882         try {
3883             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
3884             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
3885                 System.out.println( entry.getAccession() );
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
3889                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !entry.getSequenceName()
3893                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
3894                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
3895                 return false;
3896             }
3897             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
3898             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
3899             //     return false;
3900             // }
3901             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
3902                 System.out.println( entry.getGeneName() );
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
3906                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
3910                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
3914                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             //
3921             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
3922             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
3926                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
3930                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
3934                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
3938                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             //
3945             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
3946             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3950                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !entry2.getSequenceName()
3954                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
3955                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3959                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
3963                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             //
3970             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
3971             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
3975                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
3979                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
3983                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
3987                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             //
3997             //
3998             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
3999             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
4003                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
4007                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
4011                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
4015                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
4016                 return false;
4017             }
4018             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
4019             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
4020             //     return false;
4021             // }
4022             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
4023             //     System.out.println( entry4.getMap() );
4024             //     return false;
4025             // }
4026             //TODO FIXME gi...
4027             //
4028             //TODO fails:
4029             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
4030             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
4031             //                return false;
4032             //            }
4033             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
4034             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
4038                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
4042                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
4046                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
4047                 return false;
4048             }
4049         }
4050         catch ( final IOException e ) {
4051             System.out.println();
4052             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
4053             e.printStackTrace( System.out );
4054             return true;
4055         }
4056         catch ( final Exception e ) {
4057             e.printStackTrace();
4058             return false;
4059         }
4060         return true;
4061     }
4062
4063     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
4064         try {
4065             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4066             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4067             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
4068             n = n.getNextExternalNode();
4069             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             n = n.getNextExternalNode();
4073             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             n = n.getNextExternalNode();
4077             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             n = t1.getNode( "B" );
4081             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4082                 n = n.getNextExternalNode();
4083             }
4084             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
4085             n = t2.getNode( "A" );
4086             n = n.getNextExternalNode();
4087             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n = n.getNextExternalNode();
4091             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n = n.getNextExternalNode();
4095             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n = t2.getNode( "B" );
4099             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4100                 n = n.getNextExternalNode();
4101             }
4102             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4103             n = t3.getNode( "A" );
4104             n = n.getNextExternalNode();
4105             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             n = n.getNextExternalNode();
4109             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             n = n.getNextExternalNode();
4113             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             n = n.getNextExternalNode();
4117             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             n = n.getNextExternalNode();
4121             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n = n.getNextExternalNode();
4125             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             n = n.getNextExternalNode();
4129             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             n = t3.getNode( "B" );
4133             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4134                 n = n.getNextExternalNode();
4135             }
4136             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4137             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4138                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4139             }
4140             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4141             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4142                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4143             }
4144             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4145             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
4146             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( iter.hasNext() ) {
4165                 return false;
4166             }
4167         }
4168         catch ( final Exception e ) {
4169             e.printStackTrace( System.out );
4170             return false;
4171         }
4172         return true;
4173     }
4174
4175     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
4176         try {
4177             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
4181                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
4185                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
4192                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus" )
4199                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus_bcl2" )
4203                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_123" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_strain_K12/DH10B" )
4210                     .equals( "Escherichia coli strain K12/DH10B" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_str_K12/DH10B" )
4214                     .equals( "Escherichia coli str K12/DH10B" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli str. K12/DH10B" )
4218                     .equals( "Escherichia coli str. K12/DH10B" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis_lyrata_subsp_lyrata" )
4222                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" )
4226                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata 395" )
4230                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata bcl2" )
4234                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata bcl2" )
4238                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4239                 return false;
4240             }
4241             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata bcl2" )
4242                     .equals( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum bcl2" )
4246                     .equals( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum" ) ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12)" )
4250                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12) bcl2" )
4254                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12)" )
4258                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12) bcl2" )
4262                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265         }
4266         catch ( final Exception e ) {
4267             e.printStackTrace( System.out );
4268             return false;
4269         }
4270         return true;
4271     }
4272
4273     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
4274         try {
4275             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4279                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4283                     .equals( "ARATH" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4287                     .equals( "ARATH" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4300                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4304                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4308                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4312                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4316                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4320                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4321                 return false;
4322             }
4323             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4324                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4328                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4329                 return false;
4330             }
4331             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4335                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
4339                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4343                     .equals( "9YX45" ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4347                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4348                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4352                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4353                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4357                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4358                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4362                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4366                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4370                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4374                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4378                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4382                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4386                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4390                     .equals( "RAT" ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4394                     .equals( "PIG" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !ParserUtils
4398                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4399                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4403                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4407                 return false;
4408             }
4409         }
4410         catch ( final Exception e ) {
4411             e.printStackTrace( System.out );
4412             return false;
4413         }
4414         return true;
4415     }
4416
4417     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4418         try {
4419             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4420             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4421             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4425             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4429             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4433             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4437             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4441             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4445             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4449             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4453             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4457             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4461             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4465             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             n.setName( "B3RJ64" );
4469             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4473             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4477             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             n.setName( "sp B3RJ64" );
4481             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4485             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4489             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4493             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4497             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4501             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4505             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4509             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4513             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4517             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4521             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4525             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4529             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4533             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             n = new PhylogenyNode();
4537             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4538             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4539             n.getNodeData().addSequence( seq );
4540             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4544             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             n = new PhylogenyNode();
4548             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4549             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4550             n.getNodeData().addSequence( seq );
4551             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4555             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             n = new PhylogenyNode();
4559             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4560             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4561             n.getNodeData().addSequence( seq );
4562             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             n = new PhylogenyNode();
4566             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4567             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4568             n.getNodeData().addSequence( seq );
4569             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             //
4573             n = new PhylogenyNode();
4574             n.setName( "ACP19736" );
4575             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             n = new PhylogenyNode();
4579             n.setName( "|ACP19736|" );
4580             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583         }
4584         catch ( final Exception e ) {
4585             e.printStackTrace( System.out );
4586             return false;
4587         }
4588         return true;
4589     }
4590
4591     private static boolean testFastaParser() {
4592         try {
4593             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4600             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618         }
4619         catch ( final Exception e ) {
4620             e.printStackTrace();
4621             return false;
4622         }
4623         return true;
4624     }
4625
4626     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
4627         //The format for GenBank Accession numbers are:
4628         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
4629         //Protein:    3 letters + 5 numerals
4630         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
4631         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
4632             return false;
4633         }
4634         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
4635             return false;
4636         }
4637         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
4638             return false;
4639         }
4640         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
4641             return false;
4642         }
4643         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
4644             return false;
4645         }
4646         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
4647             return false;
4648         }
4649         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
4650             return false;
4651         }
4652         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
4653             return false;
4654         }
4655         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
4656             return false;
4657         }
4658         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
4659             return false;
4660         }
4661         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
4662             return false;
4663         }
4664         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4665             return false;
4666         }
4667         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4668             return false;
4669         }
4670         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
4671             return false;
4672         }
4673         return true;
4674     }
4675
4676     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4677         try {
4678             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4679             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4680             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4681             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4682             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4683             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4684             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4685             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4686             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4723             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4733             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4743             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752         }
4753         catch ( final Exception e ) {
4754             e.printStackTrace();
4755             return false;
4756         }
4757         return true;
4758     }
4759
4760     private static boolean testGeneralTable() {
4761         try {
4762             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4763             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4764             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4765             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4766             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4767             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4768             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4769             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4770             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4771             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4790                 return false;
4791             }
4792             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4793                 return false;
4794             }
4795             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4799             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4800             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4801             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4802             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4803             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4804             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4805             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4806             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4807             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4808             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838         }
4839         catch ( final Exception e ) {
4840             e.printStackTrace( System.out );
4841             return false;
4842         }
4843         return true;
4844     }
4845
4846     private static boolean testGetDistance() {
4847         try {
4848             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4849             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4850                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4851             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4945                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4946             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4962                 return false;
4963             }
4964             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4977                 return false;
4978             }
4979         }
4980         catch ( final Exception e ) {
4981             e.printStackTrace( System.out );
4982             return false;
4983         }
4984         return true;
4985     }
4986
4987     private static boolean testGetLCA() {
4988         try {
4989             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4990             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4991                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4992             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4993             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4997             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
5001             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
5005             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
5009             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
5013             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
5017             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
5021             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
5025             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
5029             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
5033             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
5037             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
5041             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
5045             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
5049             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
5053             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5057             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
5061             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
5065             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
5069             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
5073             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
5077             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
5081             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5085             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
5086             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
5090             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
5094             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
5098             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
5102             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
5106             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
5110             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
5114             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             final Phylogeny p3 = factory
5118                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5119                              new NHXParser() )[ 0 ];
5120             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
5121             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
5125             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
5129             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
5133             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
5137             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
5144             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( !al_3.isRoot() ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
5151             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
5158             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
5165             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5169             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
5170             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5174             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
5175             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5179             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
5180             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5184             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
5185             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5186                 return false;
5187             }
5188         }
5189         catch ( final Exception e ) {
5190             e.printStackTrace( System.out );
5191             return false;
5192         }
5193         return true;
5194     }
5195
5196     private static boolean testGetLCA2() {
5197         try {
5198             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5199             // final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
5200             final Phylogeny p_a = NHXParser.parse( "(a)" )[ 0 ];
5201             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
5202             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
5203                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
5204             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             final Phylogeny p_b = NHXParser.parse( "((a)b)" )[ 0 ];
5208             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
5209             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
5210                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
5211             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
5215                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
5216             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
5220             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
5221             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
5222                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5223             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5227                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
5228             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
5229                 System.out.println( p_c_2.getName() );
5230                 System.exit( -1 );
5231                 return false;
5232             }
5233             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5234                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
5235             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
5239                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5240             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5244                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5245             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
5246             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5247                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
5248             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
5252                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
5253             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5257                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
5258             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5262                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5263             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5267                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
5268             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
5272                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
5273             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
5277                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5278             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5282                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
5283             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5287                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
5288             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
5292                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
5293             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5297                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
5298             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5302                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
5303             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5307                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
5308             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5312                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
5313             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5317                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
5318             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5322                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
5323             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
5327                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5328             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5332                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
5333             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5337                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
5338             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5342                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
5343             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
5347                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
5348             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5352                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
5353             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5357                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
5358             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5362             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
5363             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5364                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
5365             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5369                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
5370             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5374                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
5375             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
5379                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
5380             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5384                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
5385             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5389                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
5390             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
5394                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5395             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5399                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5400             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             final Phylogeny p3 = factory
5404                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5405                              new NHXParser() )[ 0 ];
5406             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5407             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5408                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5409             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5413                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5414             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5418                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5419             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5423                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5424             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5428                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5429             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5436                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5437             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !al_3.isRoot() ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5444                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5445             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5452                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5453             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5460                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5461             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5465             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5466             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5467                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5468             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5472             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5473             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5474                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5475             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5479             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5480             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5481                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5482             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5486             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5487             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5488                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5489             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5493                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5494             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5498                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5499             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5503                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5504             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5508                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5509             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5513                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5514             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517         }
5518         catch ( final Exception e ) {
5519             e.printStackTrace( System.out );
5520             return false;
5521         }
5522         return true;
5523     }
5524
5525     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5526         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5527         try {
5528             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5529                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5530             parser1.parse();
5531             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5532                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5533             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5534             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( proteins.size() != 4 ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5553             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5560             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5567             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5571             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595         }
5596         catch ( final Exception e ) {
5597             e.printStackTrace( System.out );
5598             return false;
5599         }
5600         return true;
5601     }
5602
5603     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5604         try {
5605             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5606             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5607             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5608             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5609             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5613             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5617             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5621             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5622                 return false;
5623             }
5624         }
5625         catch ( final Exception e ) {
5626             e.printStackTrace( System.out );
5627             return false;
5628         }
5629         return true;
5630     }
5631
5632     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5633         try {
5634             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5635             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5636             PhylogenyNodeIterator it0;
5637             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5638                 it0.next();
5639             }
5640             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5641                 it0.next();
5642             }
5643             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5644             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( it.hasNext() ) {
5666                 return false;
5667             }
5668             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5669                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5670             PhylogenyNodeIterator it2;
5671             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5672                 it2.next();
5673             }
5674             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5675                 it2.next();
5676             }
5677             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5678             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( it3.hasNext() ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5757             PhylogenyNodeIterator it4;
5758             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5759                 it4.next();
5760             }
5761             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5762                 it4.next();
5763             }
5764             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5765             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5781             PhylogenyNodeIterator it6;
5782             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5783                 it6.next();
5784             }
5785             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5786                 it6.next();
5787             }
5788             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5789             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( it.hasNext() ) {
5793                 return false;
5794             }
5795         }
5796         catch ( final Exception e ) {
5797             e.printStackTrace( System.out );
5798             return false;
5799         }
5800         return true;
5801     }
5802
5803     private static boolean testMafft( final String path ) {
5804         try {
5805             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5806             opts.add( "--maxiterate" );
5807             opts.add( "1000" );
5808             opts.add( "--localpair" );
5809             opts.add( "--quiet" );
5810             Msa msa = null;
5811             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5812             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5813             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5814                 return false;
5815             }
5816             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5817                 return false;
5818             }
5819         }
5820         catch ( final Exception e ) {
5821             e.printStackTrace( System.out );
5822             return false;
5823         }
5824         return true;
5825     }
5826
5827     private static boolean testMidpointrooting() {
5828         try {
5829             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5830             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5831             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5832             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5839                            1 ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5843                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5844             if ( !t1.isRooted() ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5848             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5867             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5868             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5869                 return false;
5870             }
5871             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5872                 return false;
5873             }
5874             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5875                 return false;
5876             }
5877             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5878                 return false;
5879             }
5880             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5881                 System.exit( -1 );
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887         }
5888         catch ( final Exception e ) {
5889             e.printStackTrace( System.out );
5890             return false;
5891         }
5892         return true;
5893     }
5894
5895     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5896         try {
5897             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJJE-" );
5898             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJJBB" );
5899             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJJ--" );
5900             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ---" );
5901             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5902             l.add( s0 );
5903             l.add( s1 );
5904             l.add( s2 );
5905             l.add( s3 );
5906             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5907             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 10 ) ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 11 ) ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 12 ) ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928         }
5929         catch ( final Exception e ) {
5930             e.printStackTrace( System.out );
5931             return false;
5932         }
5933         return true;
5934     }
5935
5936     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5937         try {
5938             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5939             PhylogenyNode n;
5940             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5941             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5942             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5943             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5944             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5945             n = t0.getFirstExternalNode();
5946             while ( n != null ) {
5947                 ext.add( n );
5948                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5949             }
5950             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             ext.clear();
5969             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5970             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5971             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5972             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5973             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5974             n = t1.getNode( "ab" );
5975             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5976             while ( n != null ) {
5977                 ext.add( n );
5978                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5979             }
5980             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             //
5996             //
5997             ext.clear();
5998             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5999             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
6000             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6001             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6002             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6003             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6004             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6005             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6006             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6007             n = t2.getNode( "ab" );
6008             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6009             while ( n != null ) {
6010                 ext.add( n );
6011                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6012             }
6013             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             //
6026             //
6027             ext.clear();
6028             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6029             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
6030             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6031             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6032             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6033             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6034             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6035             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6036             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6037             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6038             n = t3.getNode( "ab" );
6039             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6040             while ( n != null ) {
6041                 ext.add( n );
6042                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6043             }
6044             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             //
6054             //
6055             ext.clear();
6056             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6057             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
6058             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6059             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6060             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6061             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6062             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6063             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6064             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6065             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6066             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
6067             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
6068             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             //
6072             //
6073             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6074             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
6075             ext.clear();
6076             n = t5.getFirstExternalNode();
6077             while ( n != null ) {
6078                 ext.add( n );
6079                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6080             }
6081             if ( ext.size() != 8 ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             //
6109             //
6110             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6111             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
6112             ext.clear();
6113             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6114             n = t6.getNode( "ab" );
6115             while ( n != null ) {
6116                 ext.add( n );
6117                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6118             }
6119             if ( ext.size() != 7 ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             //
6144             //
6145             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6146             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
6147             ext.clear();
6148             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6149             n = t7.getNode( "a" );
6150             while ( n != null ) {
6151                 ext.add( n );
6152                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6153             }
6154             if ( ext.size() != 7 ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             //
6179             //
6180             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6181             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
6182             ext.clear();
6183             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6184             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6185             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6186             n = t8.getNode( "a" );
6187             while ( n != null ) {
6188                 ext.add( n );
6189                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6190             }
6191             if ( ext.size() != 7 ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6201                 System.out.println( "2 fail" );
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             //
6217             //
6218             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6219             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
6220             ext.clear();
6221             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6222             n = t9.getNode( "a" );
6223             while ( n != null ) {
6224                 ext.add( n );
6225                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6226             }
6227             if ( ext.size() != 7 ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             //
6252             //
6253             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6254             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
6255             ext.clear();
6256             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6257             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6258             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6259             n = t10.getNode( "a" );
6260             while ( n != null ) {
6261                 ext.add( n );
6262                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6263             }
6264             if ( ext.size() != 7 ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             //
6289             //
6290             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6291             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
6292             ext.clear();
6293             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6294             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6295             n = t11.getNode( "a" );
6296             while ( n != null ) {
6297                 ext.add( n );
6298                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6299             }
6300             if ( ext.size() != 6 ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             //
6322             //
6323             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6324             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
6325             ext.clear();
6326             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6327             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6328             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6329             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6330             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
6331             n = t12.getNode( "a" );
6332             while ( n != null ) {
6333                 ext.add( n );
6334                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6335             }
6336             if ( ext.size() != 6 ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             //
6358             //
6359             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6360             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
6361             ext.clear();
6362             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6363             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
6364             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6365             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6366             n = t13.getNode( "ab" );
6367             while ( n != null ) {
6368                 ext.add( n );
6369                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6370             }
6371             if ( ext.size() != 5 ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             //
6390             //
6391             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6392             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
6393             ext.clear();
6394             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6395             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6396             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6397             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6398             n = t14.getNode( "ab" );
6399             while ( n != null ) {
6400                 ext.add( n );
6401                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6402             }
6403             if ( ext.size() != 5 ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             //
6422             //
6423             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6424             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6425             ext.clear();
6426             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6427             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6428             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6429             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6430             n = t15.getNode( "ab" );
6431             while ( n != null ) {
6432                 ext.add( n );
6433                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6434             }
6435             if ( ext.size() != 6 ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             //
6457             //
6458             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6459             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6460             ext.clear();
6461             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6462             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6463             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6464             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6465             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6466             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6467             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6468             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6469             n = t16.getNode( "ab" );
6470             while ( n != null ) {
6471                 ext.add( n );
6472                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6473             }
6474             if ( ext.size() != 4 ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6487                 return false;
6488             }
6489         }
6490         catch ( final Exception e ) {
6491             e.printStackTrace( System.out );
6492             return false;
6493         }
6494         return true;
6495     }
6496
6497     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6498         try {
6499             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6500             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6501             parser.parse();
6502             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6503             if ( labels.length != 7 ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6528             parser.parse();
6529             labels = parser.getCharStateLabels();
6530             if ( labels.length != 7 ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554         }
6555         catch ( final Exception e ) {
6556             e.printStackTrace( System.out );
6557             return false;
6558         }
6559         return true;
6560     }
6561
6562     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6563         try {
6564             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6565             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6566             parser.parse();
6567             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6568             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             //            if ( labels.length != 7 ) {
6596             //                return false;
6597             //            }
6598             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6599             //                return false;
6600             //            }
6601             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6602             //                return false;
6603             //            }
6604             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6605             //                return false;
6606             //            }
6607             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6608             //                return false;
6609             //            }
6610             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6611             //                return false;
6612             //            }
6613             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6614             //                return false;
6615             //            }
6616             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6617             //                return false;
6618             //            }
6619             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6620             //            parser.parse();
6621             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6622             //            if ( labels.length != 7 ) {
6623             //                return false;
6624             //            }
6625             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6626             //                return false;
6627             //            }
6628             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6629             //                return false;
6630             //            }
6631             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6632             //                return false;
6633             //            }
6634             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6635             //                return false;
6636             //            }
6637             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6638             //                return false;
6639             //            }
6640             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6641             //                return false;
6642             //            }
6643             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6644             //                return false;
6645             //            }
6646         }
6647         catch ( final Exception e ) {
6648             e.printStackTrace( System.out );
6649             return false;
6650         }
6651         return true;
6652     }
6653
6654     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6655         try {
6656             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6657             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6658             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6659             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             phylogenies = null;
6669             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6670             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6671                 return false;
6672             }
6673             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             phylogenies = null;
6680             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6681             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6685                 return false;
6686             }
6687             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             phylogenies = null;
6694             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6695             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
6819             phylogenies = null;
6820             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex", p2 );
6821             if ( phylogenies.length != 9 ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_spinosula" )
6825                     .getDistanceToParent() ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_stanfordensis" )
6829                     .getDistanceToParent() ) ) {
6830                 return false;
6831             }
6832             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae MLT (Imported_tree_0)" ) ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 7 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 8 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6845                 return false;
6846             }
6847         }
6848         catch ( final Exception e ) {
6849             e.printStackTrace( System.out );
6850             return false;
6851         }
6852         return true;
6853     }
6854
6855     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6856         try {
6857             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6858             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6859             if ( !p.hasNext() ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             Phylogeny phy = p.next();
6863             if ( phy == null ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( p.hasNext() ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             phy = p.next();
6876             if ( phy != null ) {
6877                 return false;
6878             }
6879             //
6880             p.reset();
6881             if ( !p.hasNext() ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             phy = p.next();
6885             if ( phy == null ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( p.hasNext() ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             phy = p.next();
6898             if ( phy != null ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             ////
6902             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6903             if ( !p.hasNext() ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             phy = p.next();
6907             if ( phy == null ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( p.hasNext() ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             phy = p.next();
6920             if ( phy != null ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             //
6924             p.reset();
6925             if ( !p.hasNext() ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             phy = p.next();
6929             if ( phy == null ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6933                 return false;
6934             }
6935             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             if ( p.hasNext() ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             phy = p.next();
6942             if ( phy != null ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             //
6946             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6947             if ( !p.hasNext() ) {
6948                 return false;
6949             }
6950             phy = p.next();
6951             if ( phy == null ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             if ( phy.isRooted() ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( p.hasNext() ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             phy = p.next();
6967             if ( phy != null ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //
6971             p.reset();
6972             if ( !p.hasNext() ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             phy = p.next();
6976             if ( phy == null ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             if ( p.hasNext() ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             phy = p.next();
6989             if ( phy != null ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             //
6993             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6994             if ( !p.hasNext() ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             //0
6998             phy = p.next();
6999             if ( phy == null ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             //1
7009             if ( !p.hasNext() ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             phy = p.next();
7013             if ( phy == null ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             //2
7023             if ( !p.hasNext() ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             phy = p.next();
7027             if ( phy == null ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7031                 System.out.println( phy.toString() );
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( phy.isRooted() ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             //3
7041             if ( !p.hasNext() ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             phy = p.next();
7045             if ( phy == null ) {
7046                 return false;
7047             }
7048             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !phy.isRooted() ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             //4
7058             if ( !p.hasNext() ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             phy = p.next();
7062             if ( phy == null ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7066                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             if ( !phy.isRooted() ) {
7073                 return false;
7074             }
7075             //5
7076             if ( !p.hasNext() ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             phy = p.next();
7080             if ( phy == null ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( phy.isRooted() ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             //6
7093             if ( !p.hasNext() ) {
7094                 return false;
7095             }
7096             phy = p.next();
7097             if ( phy == null ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7104                 return false;
7105             }
7106             if ( !phy.isRooted() ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             //7
7110             if ( !p.hasNext() ) {
7111                 return false;
7112             }
7113             phy = p.next();
7114             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !phy.isRooted() ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             //8
7124             if ( !p.hasNext() ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             phy = p.next();
7128             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             //9
7138             if ( !p.hasNext() ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             phy = p.next();
7142             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
7149                 return false;
7150             }
7151             //10
7152             if ( !p.hasNext() ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             phy = p.next();
7156             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             if ( !phy.isRooted() ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             //11
7169             if ( !p.hasNext() ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             phy = p.next();
7173             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             if ( phy.isRooted() ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             //12
7186             if ( !p.hasNext() ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             phy = p.next();
7190             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !phy.isRooted() ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             //13
7203             if ( !p.hasNext() ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             phy = p.next();
7207             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7211                 return false;
7212             }
7213             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
7214                 return false;
7215             }
7216             if ( !phy.isRooted() ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             //14
7220             if ( !p.hasNext() ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             phy = p.next();
7224             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7225                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( !phy
7229                     .toNewHampshire()
7230                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7231                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             if ( !phy.isRooted() ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             //15
7241             if ( !p.hasNext() ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             phy = p.next();
7245             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7246                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( !phy
7250                     .toNewHampshire()
7251                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7252                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7253                 return false;
7254             }
7255             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( phy.isRooted() ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             //16
7262             if ( !p.hasNext() ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             phy = p.next();
7266             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7267                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7268                 return false;
7269             }
7270             if ( !phy
7271                     .toNewHampshire()
7272                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7273                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7274                 return false;
7275             }
7276             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !phy.isRooted() ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             //17
7283             if ( !p.hasNext() ) {
7284                 return false;
7285             }
7286             phy = p.next();
7287             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7288                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7289                 return false;
7290             }
7291             if ( !phy
7292                     .toNewHampshire()
7293                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7294                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7295                 return false;
7296             }
7297             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
7298                 return false;
7299             }
7300             if ( phy.isRooted() ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             //
7304             if ( p.hasNext() ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             phy = p.next();
7308             if ( phy != null ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             p.reset();
7312             //0
7313             if ( !p.hasNext() ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             phy = p.next();
7317             if ( phy == null ) {
7318                 return false;
7319             }
7320             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7321                 return false;
7322             }
7323             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             //1
7327             if ( !p.hasNext() ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             phy = p.next();
7331             if ( phy == null ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             //2
7341             if ( !p.hasNext() ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             phy = p.next();
7345             if ( phy == null ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             if ( phy.isRooted() ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             //3
7358             if ( !p.hasNext() ) {
7359                 return false;
7360             }
7361             phy = p.next();
7362             if ( phy == null ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( !phy.isRooted() ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             //4
7375             if ( !p.hasNext() ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             phy = p.next();
7379             if ( phy == null ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7383                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             if ( !phy.isRooted() ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             //5
7393             if ( !p.hasNext() ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             phy = p.next();
7397             if ( phy == null ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( phy.isRooted() ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             //
7410             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
7411             p2.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex" );
7412             // 0
7413             if ( !p2.hasNext() ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             phy = p2.next();
7417             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             // 1
7424             if ( !p2.hasNext() ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             phy = p2.next();
7428             // 2
7429             if ( !p2.hasNext() ) {
7430                 return false;
7431             }
7432             phy = p2.next();
7433             // 3
7434             if ( !p2.hasNext() ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             phy = p2.next();
7438             // 4
7439             if ( !p2.hasNext() ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             phy = p2.next();
7443             // 5
7444             if ( !p2.hasNext() ) {
7445                 return false;
7446             }
7447             phy = p2.next();
7448             // 6
7449             if ( !p2.hasNext() ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             phy = p2.next();
7453             // 7
7454             if ( !p2.hasNext() ) {
7455                 return false;
7456             }
7457             phy = p2.next();
7458             // 8
7459             if ( !p2.hasNext() ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             phy = p2.next();
7463             if ( !isEqual( 0.065284, phy.getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             if ( p2.hasNext() ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             phy = p2.next();
7470             if ( phy != null ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             // 0
7474             p2.reset();
7475             if ( !p2.hasNext() ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             phy = p2.next();
7479             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7483                 return false;
7484             }
7485         }
7486         catch ( final Exception e ) {
7487             e.printStackTrace( System.out );
7488             return false;
7489         }
7490         return true;
7491     }
7492
7493     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
7494         try {
7495             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7496             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
7497             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
7498             if ( phylogenies.length != 1 ) {
7499                 return false;
7500             }
7501             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7502                 return false;
7503             }
7504             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7514                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7515                 return false;
7516             }
7517             phylogenies = null;
7518             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7519             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7538                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7557                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7576                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             phylogenies = null;
7580             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7581             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7600                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7619                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7638                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S14117.nex", parser );
7642             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( !isEqual( phylogenies[ 2 ].getNode( "Aloysia lycioides 251-76-02169" ).getDistanceToParent(),
7646                            0.00100049 ) ) {
7647                 return false;
7648             }
7649         }
7650         catch ( final Exception e ) {
7651             e.printStackTrace( System.out );
7652             return false;
7653         }
7654         return true;
7655     }
7656
7657     private static boolean testNHParsing() {
7658         try {
7659             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7660             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7661             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7665             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7666             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7667             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7668             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             final Phylogeny p1b = factory
7675                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7676                              new NHXParser() )[ 0 ];
7677             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7684             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7685             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7686             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7687             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7688             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7689             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7690             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7691             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7692             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7693             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7694                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7695                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7696                                                     new NHXParser() );
7697             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7710             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7711             final String p16_S = "((A,B),C)";
7712             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7713             if ( p16.length != 1 ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7720             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7721             if ( p17.length != 1 ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7728             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7729             if ( p18.length != 1 ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7736             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7737             if ( p19.length != 1 ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7744             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7745             if ( p20.length != 1 ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7752             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7753             if ( p21.length != 1 ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7760             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7761             if ( p22.length != 1 ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7768             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7769             if ( p23.length != 1 ) {
7770                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7771                 System.exit( -1 );
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7778             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7779             if ( p24.length != 1 ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7786             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7787             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7788             if ( p241.length != 2 ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7798                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7799                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7800                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7801                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7802                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7803                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7804                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7805             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7806             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             final String p26_S = "(A,B)ab";
7810             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7811             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7815             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7816             if ( p27s.length != 1 ) {
7817                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7818                 System.exit( -1 );
7819                 return false;
7820             }
7821             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7822                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7823                 System.exit( -1 );
7824                 return false;
7825             }
7826             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7827                                                     new NHXParser() );
7828             if ( p27.length != 1 ) {
7829                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7830                 System.exit( -1 );
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7834                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7835                 System.exit( -1 );
7836                 return false;
7837             }
7838             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7839             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7840             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7841             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7842             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7843                                                     new NHXParser() );
7844             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( p28.length != 4 ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7860             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7861             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7865             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7866             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7870             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7871             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             final String p33_S = "A";
7875             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7876             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             final String p34_S = "B;";
7880             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7881             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             final String p35_S = "B:0.2";
7885             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7886             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             final String p36_S = "(A)";
7890             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7891             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             final String p37_S = "((A))";
7895             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7896             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7900             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7901             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7905             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7906             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             final String p40_S = "(A,B,C)";
7910             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7911             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7915             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7916             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7920             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7921             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7925             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7926             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7930             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7931             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7935             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7936             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             final String p46_S = "";
7940             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7941             if ( p46.length != 0 ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7945             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7949             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             final Phylogeny p49 = factory
7953                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7954                              new NHXParser() )[ 0 ];
7955             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7956                 return false;
7957             }
7958             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7959             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7963                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7964                 return false;
7965             }
7966             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7970                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7974             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7978             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             final Phylogeny p53 = factory
7982                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7983                              new NHXParser() )[ 0 ];
7984             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7985                 return false;
7986             }
7987             //
7988             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7989             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7993                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7994                 return false;
7995             }
7996         }
7997         catch ( final Exception e ) {
7998             e.printStackTrace( System.out );
7999             return false;
8000         }
8001         return true;
8002     }
8003
8004     private static boolean testNHParsingIter() {
8005         try {
8006             final String p0_str = "(A,B);";
8007             final NHXParser p = new NHXParser();
8008             p.setSource( p0_str );
8009             if ( !p.hasNext() ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             final Phylogeny p0 = p.next();
8013             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
8014                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
8015                 return false;
8016             }
8017             if ( p.hasNext() ) {
8018                 return false;
8019             }
8020             if ( p.next() != null ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             //
8024             final String p00_str = "(A,B)root;";
8025             p.setSource( p00_str );
8026             final Phylogeny p00 = p.next();
8027             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
8028                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
8029                 return false;
8030             }
8031             //
8032             final String p000_str = "A;";
8033             p.setSource( p000_str );
8034             final Phylogeny p000 = p.next();
8035             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
8036                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
8037                 return false;
8038             }
8039             //
8040             final String p0000_str = "A";
8041             p.setSource( p0000_str );
8042             final Phylogeny p0000 = p.next();
8043             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
8044                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
8045                 return false;
8046             }
8047             //
8048             p.setSource( "(A)" );
8049             final Phylogeny p00000 = p.next();
8050             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
8051                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
8052                 return false;
8053             }
8054             //
8055             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
8056             p.setSource( p1_str );
8057             if ( !p.hasNext() ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             final Phylogeny p1_0 = p.next();
8061             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8062                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
8063                 return false;
8064             }
8065             if ( !p.hasNext() ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             final Phylogeny p1_1 = p.next();
8069             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8070                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
8071                 return false;
8072             }
8073             if ( !p.hasNext() ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             final Phylogeny p1_2 = p.next();
8077             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
8078                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( !p.hasNext() ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             final Phylogeny p1_3 = p.next();
8085             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8086                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
8087                 return false;
8088             }
8089             if ( p.hasNext() ) {
8090                 return false;
8091             }
8092             if ( p.next() != null ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             //
8096             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
8097             p.setSource( p2_str );
8098             if ( !p.hasNext() ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             Phylogeny p2_0 = p.next();
8102             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8103                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( !p.hasNext() ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             Phylogeny p2_1 = p.next();
8110             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8111                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( !p.hasNext() ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             Phylogeny p2_2 = p.next();
8118             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8119                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !p.hasNext() ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             Phylogeny p2_3 = p.next();
8126             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8127                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !p.hasNext() ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             Phylogeny p2_4 = p.next();
8134             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8135                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( p.hasNext() ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( p.next() != null ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             ////
8145             p.reset();
8146             if ( !p.hasNext() ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             p2_0 = p.next();
8150             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8151                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !p.hasNext() ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             p2_1 = p.next();
8158             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8159                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8160                 return false;
8161             }
8162             if ( !p.hasNext() ) {
8163                 return false;
8164             }
8165             p2_2 = p.next();
8166             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8167                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !p.hasNext() ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             p2_3 = p.next();
8174             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8175                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !p.hasNext() ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             p2_4 = p.next();
8182             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8183                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8184                 return false;
8185             }
8186             if ( p.hasNext() ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             if ( p.next() != null ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             //
8193             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
8194             p.setSource( p3_str );
8195             if ( !p.hasNext() ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             final Phylogeny p3_0 = p.next();
8199             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             if ( p.hasNext() ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             if ( p.next() != null ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             //
8209             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
8210             p.setSource( p4_str );
8211             if ( !p.hasNext() ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             final Phylogeny p4_0 = p.next();
8215             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
8216                 return false;
8217             }
8218             if ( p.hasNext() ) {
8219                 return false;
8220             }
8221             if ( p.next() != null ) {
8222                 return false;
8223             }
8224             //
8225             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
8226             p.setSource( p5_str );
8227             if ( !p.hasNext() ) {
8228                 return false;
8229             }
8230             final Phylogeny p5_0 = p.next();
8231             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             if ( p.hasNext() ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             if ( p.next() != null ) {
8238                 return false;
8239             }
8240             //
8241             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
8242             p.setSource( p6_str );
8243             if ( !p.hasNext() ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             Phylogeny p6_0 = p.next();
8247             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( p.hasNext() ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( p.next() != null ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             p.reset();
8257             if ( !p.hasNext() ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             p6_0 = p.next();
8261             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8262                 return false;
8263             }
8264             if ( p.hasNext() ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( p.next() != null ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             //
8271             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
8272             p.setSource( p7_str );
8273             if ( !p.hasNext() ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             Phylogeny p7_0 = p.next();
8277             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( p.hasNext() ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( p.next() != null ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             p.reset();
8287             if ( !p.hasNext() ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             p7_0 = p.next();
8291             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             if ( p.hasNext() ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( p.next() != null ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             //
8301             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
8302             p.setSource( p8_str );
8303             if ( !p.hasNext() ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             Phylogeny p8_0 = p.next();
8307             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             if ( !p.hasNext() ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( !p.hasNext() ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             Phylogeny p8_1 = p.next();
8317             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( p.hasNext() ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( p.next() != null ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             p.reset();
8327             if ( !p.hasNext() ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             p8_0 = p.next();
8331             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8332                 return false;
8333             }
8334             if ( !p.hasNext() ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             p8_1 = p.next();
8338             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( p.hasNext() ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( p.next() != null ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             p.reset();
8348             //
8349             p.setSource( "" );
8350             if ( p.hasNext() ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             //
8354             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
8355             if ( !p.hasNext() ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             Phylogeny p_27 = p.next();
8359             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8360                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8361                 System.exit( -1 );
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( p.hasNext() ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             if ( p.next() != null ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             p.reset();
8371             if ( !p.hasNext() ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             p_27 = p.next();
8375             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8376                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8377                 System.exit( -1 );
8378                 return false;
8379             }
8380             if ( p.hasNext() ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( p.next() != null ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             //
8387             final String p30_str = "(A,B);(C,D)";
8388             final NHXParser p30 = new NHXParser();
8389             p30.setSource( p30_str );
8390             if ( !p30.hasNext() ) {
8391                 return false;
8392             }
8393             Phylogeny phy30 = p30.next();
8394             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8395                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !p30.hasNext() ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             Phylogeny phy301 = p30.next();
8402             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8403                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8404                 return false;
8405             }
8406             if ( p30.hasNext() ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             if ( p30.hasNext() ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( p30.next() != null ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( p30.next() != null ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             p30.reset();
8419             if ( !p30.hasNext() ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             phy30 = p30.next();
8423             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8424                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !p30.hasNext() ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             phy301 = p30.next();
8431             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8432                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8433                 return false;
8434             }
8435             if ( p30.hasNext() ) {
8436                 return false;
8437             }
8438             if ( p30.hasNext() ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             if ( p30.next() != null ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             if ( p30.next() != null ) {
8445                 return false;
8446             }
8447         }
8448         catch ( final Exception e ) {
8449             e.printStackTrace( System.out );
8450             return false;
8451         }
8452         return true;
8453     }
8454
8455     private static boolean testNHXconversion() {
8456         try {
8457             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8458             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8459             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8460             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8461             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8462                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
8463             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
8464                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8465             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
8481                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
8482                 return false;
8483             }
8484         }
8485         catch ( final Exception e ) {
8486             e.printStackTrace( System.out );
8487             return false;
8488         }
8489         return true;
8490     }
8491
8492     private static boolean testNHXNodeParsing() {
8493         try {
8494             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8495             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8496             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8497             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8498             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8499                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
8500             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( n3.isDuplication() ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !n5.isDuplication() ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
8540                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
8541                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8542             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
8549                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
8550                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8551             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
8552                 return false;
8553             }
8554             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8555                 return false;
8556             }
8557             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
8558                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8559             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
8563                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8564             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
8571                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8572             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8579                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8580             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8587                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8588             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8595                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8596             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8603                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8604             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8611                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8612             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8619                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8620             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8627                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8628             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8635                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8636             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8643                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8644                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8645             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8652                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8653                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8654             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8661                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8662             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8669                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8670                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8671             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8681                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8682                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8683             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8684                 return false;
8685             }
8686             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8687                 return false;
8688             }
8689             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8690                 return false;
8691             }
8692             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8693                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8694             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8704                 return false;
8705             }
8706             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8716                 return false;
8717             }
8718             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8719                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8720             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8727             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8731                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8732             if ( !n13.getName().equals( "BLAH_12345/1-2" ) ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8745                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8746             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8753                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8754                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8755             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8765                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8766                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8767             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8771                 return false;
8772             }
8773             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8777                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8778                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8779             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8786                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8787             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8797                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8798             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8805                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1234567-roejojoej",
8806                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8807             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8814                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345678-roejojoej",
8815                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8816             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8820                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8821             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8822                 return false;
8823             }
8824             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8825                     .createInstanceFromNhxString( "BCL2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8826             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8830                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8831             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8835                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8836             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8840                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8841             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8845                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8846             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8847                 return false;
8848             }
8849         }
8850         catch ( final Exception e ) {
8851             e.printStackTrace( System.out );
8852             return false;
8853         }
8854         return true;
8855     }
8856
8857     private static boolean testNHXParsing() {
8858         try {
8859             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8860             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8861             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8862                 return false;
8863             }
8864             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8865             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8866             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8870             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8871             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             final Phylogeny[] p3 = factory
8875                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8876                              new NHXParser() );
8877             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             final Phylogeny[] p4 = factory
8881                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8882                              new NHXParser() );
8883             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             final Phylogeny[] p5 = factory
8887                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8888                              new NHXParser() );
8889             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8890                 return false;
8891             }
8892             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8893             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8894             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8895             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8896                 return false;
8897             }
8898             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8899             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8900             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8901             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8905             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8906             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8907             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8908                 return false;
8909             }
8910             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8911             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             final Phylogeny p10 = factory
8915                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8916                              new NHXParser() )[ 0 ];
8917             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8918                 return false;
8919             }
8920         }
8921         catch ( final Exception e ) {
8922             e.printStackTrace( System.out );
8923             return false;
8924         }
8925         return true;
8926     }
8927
8928     private static boolean testNHXParsingMB() {
8929         try {
8930             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8931             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8932                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8933                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8934                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8935                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8936                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8937                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8938                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8939                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8940             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8941                 return false;
8942             }
8943             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8944                 return false;
8945             }
8946             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8947                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             final Phylogeny p2 = factory
8957                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8958                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8959                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8960                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8961                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8962                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8963                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8964                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8965                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8966                              new NHXParser() )[ 0 ];
8967             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8968                 return false;
8969             }
8970             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8971                 return false;
8972             }
8973         }
8974         catch ( final Exception e ) {
8975             e.printStackTrace( System.out );
8976             System.exit( -1 );
8977             return false;
8978         }
8979         return true;
8980     }
8981
8982     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8983         try {
8984             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8985             final NHXParser p = new NHXParser();
8986             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8987             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8988                 return false;
8989             }
8990             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8991             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8992                 return false;
8993             }
8994             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8995                 return false;
8996             }
8997             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8998                 return false;
8999             }
9000             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
9001                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
9002                 return false;
9003             }
9004             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
9008                 return false;
9009             }
9010             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
9011                 return false;
9012             }
9013             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             final NHXParser p1p = new NHXParser();
9020             p1p.setIgnoreQuotes( true );
9021             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
9022             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             final NHXParser p2p = new NHXParser();
9026             p1p.setIgnoreQuotes( false );
9027             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
9028             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             final NHXParser p3p = new NHXParser();
9032             p3p.setIgnoreQuotes( false );
9033             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
9034             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             final NHXParser p4p = new NHXParser();
9038             p4p.setIgnoreQuotes( false );
9039             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
9040             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             final Phylogeny p10 = factory
9044                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
9045                              new NHXParser() )[ 0 ];
9046             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9047             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9048                 return false;
9049             }
9050             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9051             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9052                 return false;
9053             }
9054             //
9055             final Phylogeny p12 = factory
9056                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
9057                              new NHXParser() )[ 0 ];
9058             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9059             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9060                 return false;
9061             }
9062             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9063             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9064                 return false;
9065             }
9066             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
9067             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9068                 return false;
9069             }
9070             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
9071             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9072                 return false;
9073             }
9074         }
9075         catch ( final Exception e ) {
9076             e.printStackTrace( System.out );
9077             return false;
9078         }
9079         return true;
9080     }
9081
9082     private static boolean testNodeRemoval() {
9083         try {
9084             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9085             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
9086             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
9087             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
9088                 return false;
9089             }
9090             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
9091             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
9092             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
9093                 return false;
9094             }
9095             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
9096             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
9097             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
9098                 return false;
9099             }
9100         }
9101         catch ( final Exception e ) {
9102             e.printStackTrace( System.out );
9103             return false;
9104         }
9105         return true;
9106     }
9107
9108     private static boolean testPhylogenyBranch() {
9109         try {
9110             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
9111             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
9112             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
9113             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
9114             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
9115                 return false;
9116             }
9117             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
9121                 return false;
9122             }
9123             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
9124             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
9125             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
9126             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
9127                 return false;
9128             }
9129             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
9130                 return false;
9131             }
9132             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
9133             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
9134                 return false;
9135             }
9136             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142         }
9143         catch ( final Exception e ) {
9144             e.printStackTrace( System.out );
9145             return false;
9146         }
9147         return true;
9148     }
9149
9150     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
9151         try {
9152             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9153             PhyloXmlParser xml_parser = null;
9154             try {
9155                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
9156             }
9157             catch ( final Exception e ) {
9158                 // Do nothing -- means were not running from jar.
9159             }
9160             if ( xml_parser == null ) {
9161                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
9162                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
9163                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
9164                 }
9165                 else {
9166                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
9167                 }
9168             }
9169             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
9170                                                               xml_parser );
9171             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
9172                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
9173                 return false;
9174             }
9175             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
9176                 return false;
9177             }
9178             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
9179             PhylogenyNode n = null;
9180             Distribution d = null;
9181             n = t1.getNode( "root node" );
9182             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9183                 return false;
9184             }
9185             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9186                 return false;
9187             }
9188             d = n.getNodeData().getDistribution();
9189             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9190                 return false;
9191             }
9192             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9193                 return false;
9194             }
9195             if ( d.getPolygons() != null ) {
9196                 return false;
9197             }
9198             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9199                 return false;
9200             }
9201             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9202                 return false;
9203             }
9204             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9205                 return false;
9206             }
9207             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9208                 return false;
9209             }
9210             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9211                 return false;
9212             }
9213             n = t1.getNode( "node a" );
9214             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9215                 return false;
9216             }
9217             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9218                 return false;
9219             }
9220             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9221             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9222                 return false;
9223             }
9224             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9225                 return false;
9226             }
9227             if ( d.getPolygons() != null ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9234                 return false;
9235             }
9236             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9237                 return false;
9238             }
9239             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9240                 return false;
9241             }
9242             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9243                 return false;
9244             }
9245             n = t1.getNode( "node bb" );
9246             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9247                 return false;
9248             }
9249             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9250                 return false;
9251             }
9252             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9253             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9254                 return false;
9255             }
9256             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9257                 return false;
9258             }
9259             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9260                 return false;
9261             }
9262             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9263                 return false;
9264             }
9265             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9266                 return false;
9267             }
9268             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9269                 return false;
9270             }
9271             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9272                 return false;
9273             }
9274             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
9278             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9279                 return false;
9280             }
9281             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9282                 return false;
9283             }
9284             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9285                 return false;
9286             }
9287             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9288                 return false;
9289             }
9290             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9291                 return false;
9292             }
9293             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9294                 return false;
9295             }
9296             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             p = d.getPolygons().get( 1 );
9300             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9301                 return false;
9302             }
9303             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9304                 return false;
9305             }
9306             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9307                 return false;
9308             }
9309             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9310                 return false;
9311             }
9312             // Roundtrip:
9313             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
9314             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
9315             if ( rt.length != 1 ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
9319             n = t1_rt.getNode( "root node" );
9320             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9321                 return false;
9322             }
9323             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9324                 return false;
9325             }
9326             d = n.getNodeData().getDistribution();
9327             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9331                 return false;
9332             }
9333             if ( d.getPolygons() != null ) {
9334                 return false;
9335             }
9336             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9337                 return false;
9338             }
9339             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9340                 return false;
9341             }
9342             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9343                 return false;
9344             }
9345             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9349                 return false;
9350             }
9351             n = t1_rt.getNode( "node a" );
9352             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9353                 return false;
9354             }
9355             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9356                 return false;
9357             }
9358             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9359             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9360                 return false;
9361             }
9362             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9363                 return false;
9364             }
9365             if ( d.getPolygons() != null ) {
9366                 return false;
9367             }
9368             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9369                 return false;
9370             }
9371             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9372                 return false;
9373             }
9374             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9375                 return false;
9376             }
9377             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9378                 return false;
9379             }
9380             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
9384             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9385                 return false;
9386             }
9387             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9391             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9392                 return false;
9393             }
9394             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9395                 return false;
9396             }
9397             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9398                 return false;
9399             }
9400             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9401                 return false;
9402             }
9403             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9404                 return false;
9405             }
9406             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9407                 return false;
9408             }
9409             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             p = d.getPolygons().get( 0 );
9416             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9417                 return false;
9418             }
9419             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9420                 return false;
9421             }
9422             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9423                 return false;
9424             }
9425             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9426                 return false;
9427             }
9428             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9429                 return false;
9430             }
9431             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9432                 return false;
9433             }
9434             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9435                 return false;
9436             }
9437             p = d.getPolygons().get( 1 );
9438             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9439                 return false;
9440             }
9441             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9442                 return false;
9443             }
9444             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9445                 return false;
9446             }
9447             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9448                 return false;
9449             }
9450         }
9451         catch ( final Exception e ) {
9452             e.printStackTrace( System.out );
9453             return false;
9454         }
9455         return true;
9456     }
9457
9458     private static boolean testPostOrderIterator() {
9459         try {
9460             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9461             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9462             PhylogenyNodeIterator it0;
9463             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
9464                 it0.next();
9465             }
9466             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9467                 it0.next();
9468             }
9469             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9470             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
9471             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9472                 return false;
9473             }
9474             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9475                 return false;
9476             }
9477             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9478                 return false;
9479             }
9480             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9481                 return false;
9482             }
9483             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9484                 return false;
9485             }
9486             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9487                 return false;
9488             }
9489             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9490                 return false;
9491             }
9492             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9493                 return false;
9494             }
9495             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9496                 return false;
9497             }
9498             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9499                 return false;
9500             }
9501             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9502                 return false;
9503             }
9504             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9511                 return false;
9512             }
9513             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9514                 return false;
9515             }
9516             if ( it.hasNext() ) {
9517                 return false;
9518             }
9519         }
9520         catch ( final Exception e ) {
9521             e.printStackTrace( System.out );
9522             return false;
9523         }
9524         return true;
9525     }
9526
9527     private static boolean testPreOrderIterator() {
9528         try {
9529             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9530             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9531             PhylogenyNodeIterator it0;
9532             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
9533                 it0.next();
9534             }
9535             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9536                 it0.next();
9537             }
9538             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
9539             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9540                 return false;
9541             }
9542             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9543                 return false;
9544             }
9545             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9546                 return false;
9547             }
9548             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9549                 return false;
9550             }
9551             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9552                 return false;
9553             }
9554             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9555                 return false;
9556             }
9557             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9558                 return false;
9559             }
9560             if ( it.hasNext() ) {
9561                 return false;
9562             }
9563             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9564             it = t1.iteratorPreorder();
9565             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9566                 return false;
9567             }
9568             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9581                 return false;
9582             }
9583             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9584                 return false;
9585             }
9586             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9587                 return false;
9588             }
9589             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9590                 return false;
9591             }
9592             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9593                 return false;
9594             }
9595             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9596                 return false;
9597             }
9598             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9599                 return false;
9600             }
9601             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9602                 return false;
9603             }
9604             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9605                 return false;
9606             }
9607             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9608                 return false;
9609             }
9610             if ( it.hasNext() ) {
9611                 return false;
9612             }
9613         }
9614         catch ( final Exception e ) {
9615             e.printStackTrace( System.out );
9616             return false;
9617         }
9618         return true;
9619     }
9620
9621     private static boolean testPropertiesMap() {
9622         try {
9623             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9624             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9625             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9626             final Property p2 = new Property( "something:else",
9627                                               "?",
9628                                               "improbable:research",
9629                                               "xsd:decimal",
9630                                               AppliesTo.NODE );
9631             pm.addProperty( p0 );
9632             pm.addProperty( p1 );
9633             pm.addProperty( p2 );
9634             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9635                 return false;
9636             }
9637             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9641                 return false;
9642             }
9643             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9647                 return false;
9648             }
9649             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9650                 return false;
9651             }
9652             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9653             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9654                 return false;
9655             }
9656             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9657                 return false;
9658             }
9659             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9660                 return false;
9661             }
9662         }
9663         catch ( final Exception e ) {
9664             e.printStackTrace( System.out );
9665             return false;
9666         }
9667         return true;
9668     }
9669
9670     private static boolean testProteinId() {
9671         try {
9672             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9673             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9674             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9675             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9676             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9686                 return false;
9687             }
9688             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9689                 return false;
9690             }
9691             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9692                 return false;
9693             }
9694             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9695                 return false;
9696             }
9697             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9698                 return false;
9699             }
9700             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9701                 return false;
9702             }
9703             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9704                 return false;
9705             }
9706             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9707                 return false;
9708             }
9709             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9710                 return false;
9711             }
9712             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9719             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9720                 return false;
9721             }
9722             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9723                 return false;
9724             }
9725         }
9726         catch ( final Exception e ) {
9727             e.printStackTrace( System.out );
9728             return false;
9729         }
9730         return true;
9731     }
9732
9733     private static boolean testReIdMethods() {
9734         try {
9735             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9736             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9737             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9738             p.levelOrderReID();
9739             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9740                 return false;
9741             }
9742             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9743                 return false;
9744             }
9745             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9746                 return false;
9747             }
9748             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9749                 return false;
9750             }
9751             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9752                 return false;
9753             }
9754             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9755                 return false;
9756             }
9757             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9758                 return false;
9759             }
9760             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9776                 return false;
9777             }
9778             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9779                 return false;
9780             }
9781             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9782                 return false;
9783             }
9784         }
9785         catch ( final Exception e ) {
9786             e.printStackTrace( System.out );
9787             return false;
9788         }
9789         return true;
9790     }
9791
9792     private static boolean testRerooting() {
9793         try {
9794             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9795             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9796                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9797             if ( !t1.isRooted() ) {
9798                 return false;
9799             }
9800             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9801             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9802             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9803             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9804             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9805             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9806             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9807             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9808             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9809             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9810             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9811             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9812             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9813             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9814             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9815             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9816             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9817             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9818             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9819             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9820             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9821             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9822             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9823             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9824             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9825             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9826             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9827             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9828             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9829                 return false;
9830             }
9831             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9832                 return false;
9833             }
9834             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9835                 return false;
9836             }
9837             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9838                 return false;
9839             }
9840             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9841                 return false;
9842             }
9843             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9844                 return false;
9845             }
9846             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9847                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9848             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9849             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9850             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9851             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9852             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9853             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9854             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9855             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9856             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9857             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9858             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9859             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9860             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9861             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9862             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9863             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9864             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9865             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9866             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9867             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9868             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9869             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9870             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9871             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9872             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9873             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9874             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9875             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9876             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9877             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9878             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9879             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9880             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9881             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9882             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9884             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9885             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9886             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9888             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9889             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9890             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9891             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9892             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9893             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9894                 return false;
9895             }
9896             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9897                 return false;
9898             }
9899             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9900             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9901                 return false;
9902             }
9903             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9904                 return false;
9905             }
9906             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9907             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9917             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9918                 return false;
9919             }
9920             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9921                 return false;
9922             }
9923             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9927             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9928                 return false;
9929             }
9930             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9931                 return false;
9932             }
9933             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9934             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9935                 return false;
9936             }
9937             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9941                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9942             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9943             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9944                 return false;
9945             }
9946             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9947                 return false;
9948             }
9949             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9950                 return false;
9951             }
9952             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9953             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9954                 return false;
9955             }
9956             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9957                 return false;
9958             }
9959             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9963             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9964                 return false;
9965             }
9966             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9967                 return false;
9968             }
9969             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9970                 return false;
9971             }
9972         }
9973         catch ( final Exception e ) {
9974             e.printStackTrace( System.out );
9975             return false;
9976         }
9977         return true;
9978     }
9979
9980     private static boolean testSDIse() {
9981         try {
9982             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9983             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9984             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9985             gene1.setRooted( true );
9986             species1.setRooted( true );
9987             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9988             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9989                 return false;
9990             }
9991             final Phylogeny species2 = factory
9992                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9993                              new NHXParser() )[ 0 ];
9994             final Phylogeny gene2 = factory
9995                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9996                              new NHXParser() )[ 0 ];
9997             species2.setRooted( true );
9998             gene2.setRooted( true );
9999             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
10000             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10001                 return false;
10002             }
10003             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
10004                 return false;
10005             }
10006             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
10007                 return false;
10008             }
10009             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
10010                 return false;
10011             }
10012             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
10016                 return false;
10017             }
10018             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
10019                 return false;
10020             }
10021             final Phylogeny species3 = factory
10022                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10023                              new NHXParser() )[ 0 ];
10024             final Phylogeny gene3 = factory
10025                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10026                              new NHXParser() )[ 0 ];
10027             species3.setRooted( true );
10028             gene3.setRooted( true );
10029             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
10030             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10031                 return false;
10032             }
10033             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
10034                 return false;
10035             }
10036             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
10037                 return false;
10038             }
10039             final Phylogeny species4 = factory
10040                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10041                              new NHXParser() )[ 0 ];
10042             final Phylogeny gene4 = factory
10043                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10044                              new NHXParser() )[ 0 ];
10045             species4.setRooted( true );
10046             gene4.setRooted( true );
10047             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
10048             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10049                 return false;
10050             }
10051             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
10052                 return false;
10053             }
10054             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
10055                 return false;
10056             }
10057             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10058                 return false;
10059             }
10060             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10061                 return false;
10062             }
10063             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10064                 return false;
10065             }
10066             final Phylogeny species5 = factory
10067                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10068                              new NHXParser() )[ 0 ];
10069             final Phylogeny gene5 = factory
10070                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10071                              new NHXParser() )[ 0 ];
10072             species5.setRooted( true );
10073             gene5.setRooted( true );
10074             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
10075             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
10076                 return false;
10077             }
10078             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
10079                 return false;
10080             }
10081             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
10082                 return false;
10083             }
10084             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10085                 return false;
10086             }
10087             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10088                 return false;
10089             }
10090             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10091                 return false;
10092             }
10093             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
10094             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
10095             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
10096             final Phylogeny species6 = factory
10097                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10098                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10099                              new NHXParser() )[ 0 ];
10100             final Phylogeny gene6 = factory
10101                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
10102                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
10103                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
10104                              new NHXParser() )[ 0 ];
10105             species6.setRooted( true );
10106             gene6.setRooted( true );
10107             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
10108             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
10109                 return false;
10110             }
10111             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
10112                 return false;
10113             }
10114             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10115                 return false;
10116             }
10117             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10118                 return false;
10119             }
10120             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
10121                 return false;
10122             }
10123             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
10124                 return false;
10125             }
10126             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
10127                 return false;
10128             }
10129             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
10130                 return false;
10131             }
10132             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
10133                 return false;
10134             }
10135             sdi6.computeMappingCostL();
10136             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
10137                 return false;
10138             }
10139             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10140                 return false;
10141             }
10142             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10143                 return false;
10144             }
10145             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
10146                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
10147                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
10148                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
10149                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
10150             species7.setRooted( true );
10151             final Phylogeny gene7_1 = Test
10152                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10153             gene7_1.setRooted( true );
10154             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
10155             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10156                 return false;
10157             }
10158             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10159                 return false;
10160             }
10161             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10171                 return false;
10172             }
10173             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10174                 return false;
10175             }
10176             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10177                 return false;
10178             }
10179             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10180                 return false;
10181             }
10182             final Phylogeny gene7_2 = Test
10183                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10184             gene7_2.setRooted( true );
10185             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
10186             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10187                 return false;
10188             }
10189             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10190                 return false;
10191             }
10192             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10193                 return false;
10194             }
10195             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10196                 return false;
10197             }
10198             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10199                 return false;
10200             }
10201             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10202                 return false;
10203             }
10204             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
10205                 return false;
10206             }
10207             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10208                 return false;
10209             }
10210             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10211                 return false;
10212             }
10213             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10214                 return false;
10215             }
10216         }
10217         catch ( final Exception e ) {
10218             return false;
10219         }
10220         return true;
10221     }
10222
10223     private static boolean testSDIunrooted() {
10224         try {
10225             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10226             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
10227             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
10228             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
10229             PhylogenyBranch br = iter.next();
10230             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10231                 return false;
10232             }
10233             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10234                 return false;
10235             }
10236             br = iter.next();
10237             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10238                 return false;
10239             }
10240             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10241                 return false;
10242             }
10243             br = iter.next();
10244             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10245                 return false;
10246             }
10247             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10248                 return false;
10249             }
10250             br = iter.next();
10251             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10252                 return false;
10253             }
10254             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10255                 return false;
10256             }
10257             br = iter.next();
10258             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10259                 return false;
10260             }
10261             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10262                 return false;
10263             }
10264             br = iter.next();
10265             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10266                 return false;
10267             }
10268             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10269                 return false;
10270             }
10271             br = iter.next();
10272             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10273                 return false;
10274             }
10275             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10276                 return false;
10277             }
10278             br = iter.next();
10279             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10280                 return false;
10281             }
10282             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10283                 return false;
10284             }
10285             br = iter.next();
10286             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10287                 return false;
10288             }
10289             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10290                 return false;
10291             }
10292             br = iter.next();
10293             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10294                 return false;
10295             }
10296             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10297                 return false;
10298             }
10299             br = iter.next();
10300             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10301                 return false;
10302             }
10303             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10304                 return false;
10305             }
10306             br = iter.next();
10307             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
10308                 return false;
10309             }
10310             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
10311                 return false;
10312             }
10313             br = iter.next();
10314             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10315                 return false;
10316             }
10317             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10318                 return false;
10319             }
10320             br = iter.next();
10321             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
10322                 return false;
10323             }
10324             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
10325                 return false;
10326             }
10327             br = iter.next();
10328             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
10329                 return false;
10330             }
10331             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
10332                 return false;
10333             }
10334             if ( iter.hasNext() ) {
10335                 return false;
10336             }
10337             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10338             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
10339             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
10340             br = iter1.next();
10341             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10342                 return false;
10343             }
10344             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10345                 return false;
10346             }
10347             br = iter1.next();
10348             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10349                 return false;
10350             }
10351             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10352                 return false;
10353             }
10354             br = iter1.next();
10355             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10356                 return false;
10357             }
10358             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10359                 return false;
10360             }
10361             if ( iter1.hasNext() ) {
10362                 return false;
10363             }
10364             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10365             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
10366             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
10367             br = iter2.next();
10368             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10369                 return false;
10370             }
10371             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10372                 return false;
10373             }
10374             br = iter2.next();
10375             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10376                 return false;
10377             }
10378             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10379                 return false;
10380             }
10381             br = iter2.next();
10382             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10383                 return false;
10384             }
10385             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10386                 return false;
10387             }
10388             if ( iter2.hasNext() ) {
10389                 return false;
10390             }
10391             final Phylogeny species0 = factory
10392                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10393                              new NHXParser() )[ 0 ];
10394             final Phylogeny gene1 = factory
10395                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10396                              new NHXParser() )[ 0 ];
10397             species0.setRooted( true );
10398             gene1.setRooted( true );
10399             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
10400             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
10401             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10402                 return false;
10403             }
10404             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
10405                 return false;
10406             }
10407             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
10408                 return false;
10409             }
10410             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
10411                 return false;
10412             }
10413             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10414                 return false;
10415             }
10416             final Phylogeny gene2 = factory
10417                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10418                              new NHXParser() )[ 0 ];
10419             gene2.setRooted( true );
10420             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
10421             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10422                 return false;
10423             }
10424             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10425                 return false;
10426             }
10427             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10428                 return false;
10429             }
10430             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
10431                 return false;
10432             }
10433             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10434                 return false;
10435             }
10436             final Phylogeny species6 = factory
10437                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10438                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10439                              new NHXParser() )[ 0 ];
10440             final Phylogeny gene6 = factory
10441                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10442                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10443                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10444                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10445                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10446                              new NHXParser() )[ 0 ];
10447             species6.setRooted( true );
10448             gene6.setRooted( true );
10449             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
10450             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10451                 return false;
10452             }
10453             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10454                 return false;
10455             }
10456             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10457                 return false;
10458             }
10459             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10460                 return false;
10461             }
10462             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10463                 return false;
10464             }
10465             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10466                 return false;
10467             }
10468             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10469                 return false;
10470             }
10471             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10472                 return false;
10473             }
10474             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10475                 return false;
10476             }
10477             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10478                 return false;
10479             }
10480             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10481                 return false;
10482             }
10483             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10484                 return false;
10485             }
10486             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10487                 return false;
10488             }
10489             p6 = null;
10490             final Phylogeny species7 = factory
10491                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10492                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10493                              new NHXParser() )[ 0 ];
10494             final Phylogeny gene7 = factory
10495                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10496                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10497                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10498                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10499                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10500                              new NHXParser() )[ 0 ];
10501             species7.setRooted( true );
10502             gene7.setRooted( true );
10503             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
10504             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10505                 return false;
10506             }
10507             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10508                 return false;
10509             }
10510             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10511                 return false;
10512             }
10513             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10514                 return false;
10515             }
10516             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
10517                 return false;
10518             }
10519             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10520                 return false;
10521             }
10522             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10523                 return false;
10524             }
10525             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10526                 return false;
10527             }
10528             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10529                 return false;
10530             }
10531             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10532                 return false;
10533             }
10534             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10535                 return false;
10536             }
10537             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10538                 return false;
10539             }
10540             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10541                 return false;
10542             }
10543             p7 = null;
10544             final Phylogeny species8 = factory
10545                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10546                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10547                              new NHXParser() )[ 0 ];
10548             final Phylogeny gene8 = factory
10549                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10550                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10551                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10552                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10553                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10554                              new NHXParser() )[ 0 ];
10555             species8.setRooted( true );
10556             gene8.setRooted( true );
10557             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
10558             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10559                 return false;
10560             }
10561             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10562                 return false;
10563             }
10564             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10565                 return false;
10566             }
10567             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10568                 return false;
10569             }
10570             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10571                 return false;
10572             }
10573             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10574                 return false;
10575             }
10576             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10577                 return false;
10578             }
10579             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10580                 return false;
10581             }
10582             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10583                 return false;
10584             }
10585             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10586                 return false;
10587             }
10588             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10589                 return false;
10590             }
10591             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10592                 return false;
10593             }
10594             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10595                 return false;
10596             }
10597             p8 = null;
10598         }
10599         catch ( final Exception e ) {
10600             e.printStackTrace( System.out );
10601             return false;
10602         }
10603         return true;
10604     }
10605
10606     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
10607         try {
10608             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
10609             n.setName( "NP_001025424" );
10610             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10611             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10612                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10613                 return false;
10614             }
10615             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
10616             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10617             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10618                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10619                 return false;
10620             }
10621             n.setName( "NP_001025424.1" );
10622             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10623             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10624                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10625                 return false;
10626             }
10627             n.setName( "NM_001030253" );
10628             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10629             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10630                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10631                 return false;
10632             }
10633             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
10634             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10635             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10636                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
10637                 System.out.println( acc.toString() );
10638                 return false;
10639             }
10640             n.setName( "P10415" );
10641             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10642             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10643                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10644                 System.out.println( acc.toString() );
10645                 return false;
10646             }
10647             n.setName( " P10415 " );
10648             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10649             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10650                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10651                 System.out.println( acc.toString() );
10652                 return false;
10653             }
10654             n.setName( "_P10415|" );
10655             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10656             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10657                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10658                 System.out.println( acc.toString() );
10659                 return false;
10660             }
10661             n.setName( "AY695820" );
10662             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10663             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10664                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10665                 System.out.println( acc.toString() );
10666                 return false;
10667             }
10668             n.setName( "_AY695820_" );
10669             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10670             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10671                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10672                 System.out.println( acc.toString() );
10673                 return false;
10674             }
10675             n.setName( "AAA59452" );
10676             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10677             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10678                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10679                 System.out.println( acc.toString() );
10680                 return false;
10681             }
10682             n.setName( "_AAA59452_" );
10683             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10684             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10685                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10686                 System.out.println( acc.toString() );
10687                 return false;
10688             }
10689             n.setName( "AAA59452.1" );
10690             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10691             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10692                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10693                 System.out.println( acc.toString() );
10694                 return false;
10695             }
10696             n.setName( "_AAA59452.1_" );
10697             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10698             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10699                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10700                 System.out.println( acc.toString() );
10701                 return false;
10702             }
10703             n.setName( "GI:94894583" );
10704             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10705             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10706                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
10707                 System.out.println( acc.toString() );
10708                 return false;
10709             }
10710             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10711             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10712             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10713                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
10714                 System.out.println( acc.toString() );
10715                 return false;
10716             }
10717             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10718             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10719             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10720                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
10721                 System.out.println( acc.toString() );
10722                 return false;
10723             }
10724         }
10725         catch ( final Exception e ) {
10726             return false;
10727         }
10728         return true;
10729     }
10730
10731     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
10732         try {
10733             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
10734             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
10735             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
10736                 return false;
10737             }
10738             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10739                 return false;
10740             }
10741             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10742                 return false;
10743             }
10744             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10745                 return false;
10746             }
10747             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
10748             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
10749             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
10750                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
10751                 return false;
10752             }
10753             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10754                 return false;
10755             }
10756             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10757                 return false;
10758             }
10759             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10760                 return false;
10761             }
10762             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
10763             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
10764             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
10765                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
10766                 return false;
10767             }
10768             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
10769                 return false;
10770             }
10771             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10772                 return false;
10773             }
10774             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
10775                 return false;
10776             }
10777         }
10778         catch ( final IOException e ) {
10779             System.out.println();
10780             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
10781             e.printStackTrace( System.out );
10782             return true;
10783         }
10784         catch ( final Exception e ) {
10785             e.printStackTrace();
10786             return false;
10787         }
10788         return true;
10789     }
10790
10791     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10792         try {
10793             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10794             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10795                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10796                 if ( id != null ) {
10797                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10798                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10799                 }
10800                 return false;
10801             }
10802             //
10803             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10804             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10805                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10806                 if ( id != null ) {
10807                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10808                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10809                 }
10810                 return false;
10811             }
10812             //
10813             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10814             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10815                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10816                 if ( id != null ) {
10817                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10818                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10819                 }
10820                 return false;
10821             }
10822             //
10823             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10824             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10825                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10826                 if ( id != null ) {
10827                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10828                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10829                 }
10830                 return false;
10831             }
10832             //
10833             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10834             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10835                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10836                 if ( id != null ) {
10837                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10838                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10839                 }
10840                 return false;
10841             }
10842             //
10843             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10844             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10845                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10846                 if ( id != null ) {
10847                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10848                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10849                 }
10850                 return false;
10851             }
10852             //
10853             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10854             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10855                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10856                 if ( id != null ) {
10857                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10858                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10859                 }
10860                 return false;
10861             }
10862             //
10863             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10864             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10865                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10866                 if ( id != null ) {
10867                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10868                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10869                 }
10870                 return false;
10871             }
10872             //
10873             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10874             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10875                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10876                 if ( id != null ) {
10877                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10878                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10879                 }
10880                 return false;
10881             }
10882             //
10883             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10884             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10885                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10886                 if ( id != null ) {
10887                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10888                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10889                 }
10890                 return false;
10891             }
10892             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10893             if ( id != null ) {
10894                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10895                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10896                 return false;
10897             }
10898         }
10899         catch ( final Exception e ) {
10900             e.printStackTrace( System.out );
10901             return false;
10902         }
10903         return true;
10904     }
10905
10906     private static boolean testSequenceWriter() {
10907         try {
10908             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10909             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10910                 return false;
10911             }
10912             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10913                 return false;
10914             }
10915             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10916                 return false;
10917             }
10918             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10919                 return false;
10920             }
10921             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10922                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10923                 return false;
10924             }
10925             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10926                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10927                 return false;
10928             }
10929         }
10930         catch ( final Exception e ) {
10931             e.printStackTrace();
10932             return false;
10933         }
10934         return true;
10935     }
10936
10937     private static boolean testSpecies() {
10938         try {
10939             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10940             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10941             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10942             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10943             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10944                 return false;
10945             }
10946             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10947                 return false;
10948             }
10949             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10950                 return false;
10951             }
10952             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10953                 return false;
10954             }
10955             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10956                 return false;
10957             }
10958             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10959                 return false;
10960             }
10961             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10962                 return false;
10963             }
10964             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10965                 return false;
10966             }
10967             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10968                 return false;
10969             }
10970             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10971                 return false;
10972             }
10973             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10974                 return false;
10975             }
10976             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10977                 return false;
10978             }
10979             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10983                 return false;
10984             }
10985             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10986             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10987                 return false;
10988             }
10989             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10990                 return false;
10991             }
10992         }
10993         catch ( final Exception e ) {
10994             e.printStackTrace( System.out );
10995             return false;
10996         }
10997         return true;
10998     }
10999
11000     private static boolean testSplit() {
11001         try {
11002             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11003             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11004             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
11005             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11006             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11007             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11008             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11009             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11010             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11011             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11012             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11013             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11014             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11015             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
11016             // System.out.println( s0.toString() );
11017             //
11018             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11020             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11021             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11022                 return false;
11023             }
11024             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11028             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11029             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11032             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11033                 return false;
11034             }
11035             //
11036             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11040             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11041                 return false;
11042             }
11043             //
11044             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11049             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11050                 return false;
11051             }
11052             //
11053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11058             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11059                 return false;
11060             }
11061             //
11062             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11066             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11067                 return false;
11068             }
11069             //
11070             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11073             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11074                 return false;
11075             }
11076             //
11077             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11083             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11084                 return false;
11085             }
11086             //
11087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11091             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11092                 return false;
11093             }
11094             //
11095             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11100             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11101                 return false;
11102             }
11103             //
11104             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11107             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11108                 return false;
11109             }
11110             //
11111             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11116             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11117                 return false;
11118             }
11119             //
11120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11125             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11126             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11127                 return false;
11128             }
11129             //
11130             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11134             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11135                 return false;
11136             }
11137             //
11138             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11142                 return false;
11143             }
11144             //
11145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11148             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11149                 return false;
11150             }
11151             //
11152             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11155             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11156                 return false;
11157             }
11158             //
11159             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11162             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11163                 return false;
11164             }
11165             //
11166             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11169             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11170                 return false;
11171             }
11172             //
11173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11176             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11177                 return false;
11178             }
11179             //
11180             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11184             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11185                 return false;
11186             }
11187             //
11188             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11192             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11193                 return false;
11194             }
11195             //
11196             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11200             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11201                 return false;
11202             }
11203             //
11204             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11210                 return false;
11211             }
11212             /////////
11213             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11214             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11215             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11216             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11217             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11218             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11219             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11220             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11221             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11222             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11223             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11224             //                return false;
11225             //            }
11226             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11227             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11228             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11229             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11230             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11231             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11232             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11233             //                return false;
11234             //            }
11235             //            //
11236             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11237             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11238             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11239             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11240             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11241             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11242             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11243             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11244             //                return false;
11245             //            }
11246             //            //
11247             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11248             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11249             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11250             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11251             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11252             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11253             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11254             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11255             //                return false;
11256             //            }
11257             //            //
11258             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11259             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11260             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11261             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11262             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11263             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11264             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11265             //                return false;
11266             //            }
11267             //            //
11268             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11269             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11270             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11271             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11272             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11273             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11274             //                return false;
11275             //            }
11276             //
11277             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11282             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11283                 return false;
11284             }
11285             //
11286             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11291             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11292                 return false;
11293             }
11294             ///////////////////////////
11295             //
11296             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11299             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11301             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11302                 return false;
11303             }
11304             //
11305             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11310             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11311                 return false;
11312             }
11313             //
11314             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11316             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11319             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11320                 return false;
11321             }
11322             //
11323             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11328             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11329                 return false;
11330             }
11331             //
11332             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11337             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11338                 return false;
11339             }
11340             //
11341             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11345             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11346                 return false;
11347             }
11348             //
11349             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11355             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11356                 return false;
11357             }
11358             //
11359             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11365             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11366                 return false;
11367             }
11368             //
11369             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11375             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11376                 return false;
11377             }
11378             //
11379             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11386             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11387                 return false;
11388             }
11389         }
11390         catch ( final Exception e ) {
11391             e.printStackTrace();
11392             return false;
11393         }
11394         return true;
11395     }
11396
11397     private static boolean testSplitStrict() {
11398         try {
11399             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11400             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11401             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11402             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11403             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11404             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11405             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11406             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11407             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11408             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11409             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
11410             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11413             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11414                 return false;
11415             }
11416             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11421             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11424             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11425                 return false;
11426             }
11427             //
11428             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11432             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11433                 return false;
11434             }
11435             //
11436             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11441             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11442                 return false;
11443             }
11444             //
11445             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11450             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11451                 return false;
11452             }
11453             //
11454             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11457             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11458             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11459                 return false;
11460             }
11461             //
11462             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11463             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11464             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11465             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11466                 return false;
11467             }
11468             //
11469             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11470             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11475             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11476                 return false;
11477             }
11478             //
11479             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11483             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11484                 return false;
11485             }
11486             //
11487             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11492             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11493                 return false;
11494             }
11495             //
11496             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11499             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11500                 return false;
11501             }
11502             //
11503             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11508             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11509                 return false;
11510             }
11511             //
11512             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11518             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11519                 return false;
11520             }
11521             //
11522             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11526             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11527                 return false;
11528             }
11529             //
11530             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11533             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11534                 return false;
11535             }
11536             //
11537             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11540             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11541                 return false;
11542             }
11543             //
11544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11547             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11548                 return false;
11549             }
11550             //
11551             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11552             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11554             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11555                 return false;
11556             }
11557             //
11558             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11561             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11562                 return false;
11563             }
11564             //
11565             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11568             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11569                 return false;
11570             }
11571             //
11572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11576             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11577                 return false;
11578             }
11579             //
11580             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11584             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11585                 return false;
11586             }
11587             //
11588             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11592             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11593                 return false;
11594             }
11595             //
11596             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11601             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11602                 return false;
11603             }
11604         }
11605         catch ( final Exception e ) {
11606             e.printStackTrace();
11607             return false;
11608         }
11609         return true;
11610     }
11611
11612     private static boolean testSubtreeDeletion() {
11613         try {
11614             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11615             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11616             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
11617             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11618                 return false;
11619             }
11620             t1.toNewHampshireX();
11621             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
11622             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
11623                 return false;
11624             }
11625             t1.toNewHampshireX();
11626             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
11627             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11628                 return false;
11629             }
11630             t1.toNewHampshireX();
11631             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
11632             t1.toNewHampshireX();
11633             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11634                 return false;
11635             }
11636             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
11637             t1.toNewHampshireX();
11638             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
11639                 return false;
11640             }
11641             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
11642             t1.toNewHampshireX();
11643             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11644                 return false;
11645             }
11646             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
11647             t1.toNewHampshireX();
11648             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11649                 return false;
11650             }
11651             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
11652             t1.toNewHampshireX();
11653             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11654                 return false;
11655             }
11656             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
11657             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
11658                 return false;
11659             }
11660             if ( !t1.isEmpty() ) {
11661                 return false;
11662             }
11663             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11664             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
11665             t2.toNewHampshireX();
11666             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11667                 return false;
11668             }
11669             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
11670             t2.toNewHampshireX();
11671             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
11675             t2.toNewHampshireX();
11676             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11677                 return false;
11678             }
11679         }
11680         catch ( final Exception e ) {
11681             e.printStackTrace( System.out );
11682             return false;
11683         }
11684         return true;
11685     }
11686
11687     private static boolean testSupportCount() {
11688         try {
11689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11690             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
11691             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
11692                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
11693                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11694                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11695                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
11696                                                               new NHXParser() );
11697             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
11698             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
11699             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11700                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
11701                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
11702                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11703                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11704                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11705                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
11706                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11707                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
11708                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
11709                                                               new NHXParser() );
11710             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
11711             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
11712             while ( it.hasNext() ) {
11713                 final PhylogenyNode n = it.next();
11714                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
11715                     return false;
11716                 }
11717             }
11718             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
11719             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
11720                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
11721             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
11722             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
11723             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
11724                 return false;
11725             }
11726             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
11727                 return false;
11728             }
11729             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
11730                 return false;
11731             }
11732             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
11733                 return false;
11734             }
11735             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
11736                 return false;
11737             }
11738             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
11739                 return false;
11740             }
11741             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
11742                 return false;
11743             }
11744             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
11745                 return false;
11746             }
11747             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
11748                 return false;
11749             }
11750             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
11751                 return false;
11752             }
11753             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11754             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
11755                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
11756             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
11757             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
11758             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
11759                 return false;
11760             }
11761             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11762                 return false;
11763             }
11764             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11765                 return false;
11766             }
11767             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11768                 return false;
11769             }
11770             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11771                 return false;
11772             }
11773             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11774                 return false;
11775             }
11776             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11777                 return false;
11778             }
11779             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11780                 return false;
11781             }
11782             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11783                 return false;
11784             }
11785             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11786                 return false;
11787             }
11788             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11789             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11790             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11791             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11792                 return false;
11793             }
11794             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11795             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11796             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11797             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11798                 return false;
11799             }
11800             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11801             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11802             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11803             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11807             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11808             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11809             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11810                 return false;
11811             }
11812         }
11813         catch ( final Exception e ) {
11814             e.printStackTrace( System.out );
11815             return false;
11816         }
11817         return true;
11818     }
11819
11820     private static boolean testSupportTransfer() {
11821         try {
11822             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11823             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11824                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11825             final Phylogeny p2 = factory
11826                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11827             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11828                 return false;
11829             }
11830             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11831                 return false;
11832             }
11833             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11834             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11835             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11836                 return false;
11837             }
11838             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11839                 return false;
11840             }
11841             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11842                 return false;
11843             }
11844             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11845                 return false;
11846             }
11847             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11848                 return false;
11849             }
11850             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11851                 return false;
11852             }
11853             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11854                 return false;
11855             }
11856             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11857                 return false;
11858             }
11859         }
11860         catch ( final Exception e ) {
11861             e.printStackTrace( System.out );
11862             return false;
11863         }
11864         return true;
11865     }
11866
11867     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11868         try {
11869             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11870                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11871             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11872                 return false;
11873             }
11874             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11875                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11876             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11877                 System.out.println( n1.toString() );
11878                 return false;
11879             }
11880             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11881                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11882             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11883                 return false;
11884             }
11885             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11886                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11887             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11888                 System.out.println( n3.toString() );
11889                 return false;
11890             }
11891             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11892                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11893             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11894                 System.out.println( n4.toString() );
11895                 return false;
11896             }
11897             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11898                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11899             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11900                 System.out.println( n5.toString() );
11901                 return false;
11902             }
11903             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11904                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11905             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11906                 System.out.println( n6.toString() );
11907                 return false;
11908             }
11909             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11910                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11911             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11912                 System.out.println( n7.toString() );
11913                 return false;
11914             }
11915             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11916                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11917             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11918                 System.out.println( n8.toString() );
11919                 return false;
11920             }
11921             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11922                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11923             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11924                 System.out.println( n9.toString() );
11925                 return false;
11926             }
11927             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11928                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11929             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11930                 System.out.println( n10x.toString() );
11931                 return false;
11932             }
11933             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11934                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11935             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11936                 System.out.println( n10xx.toString() );
11937                 return false;
11938             }
11939             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11940                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11941             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11942                 System.out.println( n10.toString() );
11943                 return false;
11944             }
11945             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11946                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11947             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11948                 System.out.println( n11.toString() );
11949                 return false;
11950             }
11951             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11952                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11953                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11954             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11955                 System.out.println( n12.toString() );
11956                 return false;
11957             }
11958             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11959                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11960             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11961                 System.out.println( n13.toString() );
11962                 return false;
11963             }
11964             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
11965                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11966             if ( !n14.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11967                 System.out.println( n14.toString() );
11968                 return false;
11969             }
11970             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
11971                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11972             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11973                 System.out.println( n15.toString() );
11974                 return false;
11975             }
11976             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
11977                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11978             if ( !n16.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11979                 System.out.println( n16.toString() );
11980                 return false;
11981             }
11982             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
11983                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11984             if ( !n17.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11985                 System.out.println( n17.toString() );
11986                 return false;
11987             }
11988             //
11989             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
11990                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11991             if ( !n18.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11992                 System.out.println( n18.toString() );
11993                 return false;
11994             }
11995             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
11996                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_K392",
11997                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11998             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11999                 System.out.println( n19.toString() );
12000                 return false;
12001             }
12002             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
12003                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12004             if ( !n20.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12005                 System.out.println( n20.toString() );
12006                 return false;
12007             }
12008             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
12009                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus K392",
12010                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12011             if ( !n21.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12012                 System.out.println( n21.toString() );
12013                 return false;
12014             }
12015         }
12016         catch ( final Exception e ) {
12017             e.printStackTrace( System.out );
12018             return false;
12019         }
12020         return true;
12021     }
12022
12023     private static boolean testTreeCopy() {
12024         try {
12025             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
12026             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
12027             final Phylogeny t1 = t0.copy();
12028             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
12029                 return false;
12030             }
12031             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12032                 return false;
12033             }
12034             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
12035             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
12036             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
12037             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
12038             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
12039                 return false;
12040             }
12041             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12042                 return false;
12043             }
12044             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
12045             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
12046             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
12047             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12048                 return false;
12049             }
12050         }
12051         catch ( final Exception e ) {
12052             e.printStackTrace();
12053             return false;
12054         }
12055         return true;
12056     }
12057
12058     private static boolean testTreeMethods() {
12059         try {
12060             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
12061             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12062             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
12063             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
12064                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
12065                 return false;
12066             }
12067             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12068             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
12069             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
12070                 return false;
12071             }
12072             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
12073                 return false;
12074             }
12075             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
12076                 return false;
12077             }
12078         }
12079         catch ( final Exception e ) {
12080             e.printStackTrace( System.out );
12081             return false;
12082         }
12083         return true;
12084     }
12085
12086     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
12087         try {
12088             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
12089             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
12090                 return false;
12091             }
12092             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
12093                 return false;
12094             }
12095             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
12096                 return false;
12097             }
12098             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
12099                 return false;
12100             }
12101             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
12102                 return false;
12103             }
12104             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
12105                 return false;
12106             }
12107         }
12108         catch ( final IOException e ) {
12109             System.out.println();
12110             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12111             e.printStackTrace( System.out );
12112             return true;
12113         }
12114         catch ( final Exception e ) {
12115             return false;
12116         }
12117         return true;
12118     }
12119
12120     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
12121         try {
12122             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
12123                                                                                                  10 );
12124             if ( results.size() != 1 ) {
12125                 return false;
12126             }
12127             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12128                 return false;
12129             }
12130             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12131                 return false;
12132             }
12133             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12134                 return false;
12135             }
12136             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12137                 return false;
12138             }
12139             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12140                 return false;
12141             }
12142             results = null;
12143             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
12144             if ( results.size() != 1 ) {
12145                 return false;
12146             }
12147             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12148                 return false;
12149             }
12150             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12151                 return false;
12152             }
12153             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12154                 return false;
12155             }
12156             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12157                 return false;
12158             }
12159             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12160                 return false;
12161             }
12162             results = null;
12163             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
12164             if ( results.size() != 1 ) {
12165                 return false;
12166             }
12167             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12168                 return false;
12169             }
12170             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12171                 return false;
12172             }
12173             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12174                 return false;
12175             }
12176             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12177                 return false;
12178             }
12179             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12180                 return false;
12181             }
12182             results = null;
12183             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
12184             if ( results.size() != 1 ) {
12185                 return false;
12186             }
12187             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12188                 return false;
12189             }
12190             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12191                 return false;
12192             }
12193             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12194                 return false;
12195             }
12196             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12197                 return false;
12198             }
12199             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12200                 return false;
12201             }
12202             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
12203                 return false;
12204             }
12205             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
12206                 return false;
12207             }
12208             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12209                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12210                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12211                 return false;
12212             }
12213             //
12214             results = null;
12215             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
12216             if ( results.size() != 1 ) {
12217                 return false;
12218             }
12219             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12220                 return false;
12221             }
12222             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12223                 return false;
12224             }
12225             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12226                 return false;
12227             }
12228             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12229                 return false;
12230             }
12231             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12232                 return false;
12233             }
12234             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12235                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12236                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12237                 return false;
12238             }
12239             //
12240             results = null;
12241             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
12242             if ( results.size() != 1 ) {
12243                 return false;
12244             }
12245             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12246                 return false;
12247             }
12248             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12249                 return false;
12250             }
12251             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12252                 return false;
12253             }
12254             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12255                 return false;
12256             }
12257             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12258                 return false;
12259             }
12260             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12261                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12262                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12263                 return false;
12264             }
12265             //
12266             results = null;
12267             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
12268             if ( results.size() != 1 ) {
12269                 return false;
12270             }
12271             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12272                 return false;
12273             }
12274             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12275                 return false;
12276             }
12277             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12278                 return false;
12279             }
12280             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12281                 return false;
12282             }
12283             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12284                 return false;
12285             }
12286             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12287                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12288                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12289                 return false;
12290             }
12291         }
12292         catch ( final IOException e ) {
12293             System.out.println();
12294             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12295             e.printStackTrace( System.out );
12296             return true;
12297         }
12298         catch ( final Exception e ) {
12299             return false;
12300         }
12301         return true;
12302     }
12303
12304     private static boolean testWabiTxSearch() {
12305         try {
12306             String result = "";
12307             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
12308             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
12309             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
12310                 return false;
12311             }
12312             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
12313             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
12314                 return false;
12315             }
12316             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
12317             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
12318                 return false;
12319             }
12320             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
12321             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12322                 return false;
12323             }
12324             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12325             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
12326                 return false;
12327             }
12328             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
12329             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
12330                 return false;
12331             }
12332             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
12333             queries.add( "Campylobacter coli" );
12334             queries.add( "Escherichia coli" );
12335             queries.add( "Arabidopsis" );
12336             queries.add( "Trichoplax" );
12337             queries.add( "Samanea saman" );
12338             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
12339             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12340             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
12341             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
12342             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
12343             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
12344             ranks.add( RANKS.FAMILY );
12345             ranks.add( RANKS.GENUS );
12346             ranks.add( RANKS.TRIBE );
12347             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
12348             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
12349             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
12350         }
12351         catch ( final Exception e ) {
12352             System.out.println();
12353             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12354             e.printStackTrace( System.out );
12355             return false;
12356         }
12357         return true;
12358     }
12359 }