forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 103 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 110
 111 @SuppressWarnings( "unused")
 112 public final class Test {
 113
 114     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 115     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 118     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 122     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 125     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128
 129     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 130         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 131         return p;
 132     }
 133
 134     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 135         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 136         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 137     }
 138
 139     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 140         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 145         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 146                 + "]" );
 147         Locale.setDefault( Locale.US );
 148         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 149         int failed = 0;
 150         int succeeded = 0;
 151         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 152         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 153             System.out.println( "OK.]" );
 154         }
 155         else {
 156             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 157             System.out.println( "Testing aborted." );
 158             System.exit( -1 );
 159         }
 160         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 161         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 162             System.out.println( "OK.]" );
 163         }
 164         else {
 165             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 166             System.out.println( "Testing aborted." );
 167             System.exit( -1 );
 168         }
 169         final long start_time = new Date().getTime();
 170         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 171         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 172             System.out.println( "OK." );
 173             succeeded++;
 174         }
 175         else {
 176             System.out.println( "failed." );
 177             failed++;
 178         }
 179         System.out.print( "Basic node methods: " );
 180         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 181             System.out.println( "OK." );
 182             succeeded++;
 183         }
 184         else {
 185             System.out.println( "failed." );
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 189         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "NH parsing: " );
 198         if ( Test.testNHParsing() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NHX parsing: " );
 216         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 225         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 234         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 243         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 252         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 261         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 270         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 279         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 288         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 297         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 306         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Copying of node data: " );
 315         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 324         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 333         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 342         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 351         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Re-id methods: " );
 360         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 369         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 378         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 387         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 396         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 405         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Rerooting: " );
 414         if ( Test.testRerooting() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 423         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Support count: " );
 432         if ( Test.testSupportCount() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Support transfer: " );
 441         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 450         if ( Test.testGetLCA() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 459         if ( Test.testGetDistance() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "SDIse: " );
 468         if ( Test.testSDIse() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 477         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 486         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "GSDI: " );
 495         if ( TestGSDI.test() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 504         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 513         if ( Test.testDataObjects() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Properties map: " );
 522         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 531         System.out.println();
 532         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 533             System.out.println( "OK." );
 534             succeeded++;
 535         }
 536         else {
 537             System.out.println( "failed." );
 538             failed++;
 539         }
 540         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 541         System.out.println();
 542         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "GO: " );
 551         System.out.println();
 552         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 553             System.out.println( "OK." );
 554             succeeded++;
 555         }
 556         else {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         System.out.print( "Modeling tools: " );
 561         if ( TestPccx.test() ) {
 562             System.out.println( "OK." );
 563             succeeded++;
 564         }
 565         else {
 566             System.out.println( "failed." );
 567             failed++;
 568         }
 569         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 570         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 571             System.out.println( "OK." );
 572             succeeded++;
 573         }
 574         else {
 575             System.out.println( "failed." );
 576             failed++;
 577         }
 578         System.out.print( "Split Matrix: " );
 579         if ( Test.testSplit() ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 588         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Basic table: " );
 597         if ( Test.testBasicTable() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "General table: " );
 606         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 615         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "General MSA parser: " );
 624         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 633         if ( Test.testFastaParser() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 642         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 651         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 660         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 669         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 678             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 679             if ( Test.testMafft() ) {
 680                 System.out.println( "OK." );
 681                 succeeded++;
 682             }
 683             else {
 684                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 685             }
 686         }
 687         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 688         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 689             System.out.println( "OK." );
 690             succeeded++;
 691         }
 692         else {
 693             System.out.println( "failed." );
 694             failed++;
 695         }
 696         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 697         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 698         //            System.out.println( "OK." );
 699         //            succeeded++;
 700         //        }
 701         //        else {
 702         //            System.out
 703         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 704         //        }
 705         System.out.println();
 706         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 707         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 708         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 709         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 710                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 711         System.out.println();
 712         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 713         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 714         System.out.println();
 715         if ( failed < 1 ) {
 716             System.out.println( "OK." );
 717         }
 718         else {
 719             System.out.println( "Not OK." );
 720         }
 721         // System.out.println();
 722         // Development.setTime( true );
 723         //try {
 724         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 725         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 726         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 727         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 728         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 729         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 730         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 731         // NHXParser() )[ 0 ];
 732         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 733         // }
 734         // catch ( final Exception e ) {
 735         //     e.printStackTrace();
 736         // }
 737         // t1.getRoot().preorderPrint();
 738         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 739         // .getInstance();
 740         // try {
 741         //
 742         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 743         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 744         // factory.create(
 745         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 746         // new NHXParser() );
 747         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 748         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 749         // factory.create(
 750         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 751         // new NHXParser() );
 752         //
 753         //
 754         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 755         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 756         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 757         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 758         // factory.create(
 759         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 760         // new NHXParser() );
 761         // factory.create(
 762         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 763         // new NHXParser() );
 764         //
 765         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 766         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 767         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 768         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 769         //
 770         // factory.create(
 771         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 772         // new NHXParser() );
 773         // factory.create(
 774         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 775         // new NHXParser() );
 776         //
 777         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 778         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 779         // factory.create(
 780         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 781         // new NHXParser() );
 782         //
 783         // }
 784         // catch ( IOException e ) {
 785         // // TODO Auto-generated catch block
 786         // e.printStackTrace();
 787         // }
 788     }
 789
 790     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 791         try {
 792             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 796             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 797                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 798             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 799                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 800             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 801                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 802             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 806                 return false;
 807             }
 808             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 809                 return false;
 810             }
 811             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( !n3.isExternal() ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( !n3.isRoot() ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823         }
 824         catch ( final Exception e ) {
 825             e.printStackTrace( System.out );
 826             return false;
 827         }
 828         return true;
 829     }
 830
 831     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 832         try {
 833             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 834             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 835             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 836                                                               xml_parser );
 837             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 838                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 845             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 846             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 847             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 848             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !t1.isRooted() ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( t1.isRerootable() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 882                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 886                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 914                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 927                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 931                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 935                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 939                     .equals( "experimental" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 943                     .equals( "function" ) ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 947                     .getValue() != 1 ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 951                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 955                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 959                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 963                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 967                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 971                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 975                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 979                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 983                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 987                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 994                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1001             //     return false;
1002             //}
1003             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1004             //                return false;
1005             //            }
1006             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1007             //                return false;
1008             //            }
1009             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1010             //                return false;
1011             //            }
1012             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1013             //                return false;
1014             //            }
1015             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1016             //                return false;
1017             //            }
1018             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1019             //                return false;
1020             //            }
1021             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1022             //                return false;
1023             //            }
1024             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1025             //                return false;
1026             //            }
1027             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1028             //                    .equals( "B" ) ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1035             //                return false;
1036             //            }
1037             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1038             //                return false;
1039             //            }
1040             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1041             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1045             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1055             //                return false;
1056             //            }
1057             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1061             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1062             //                ;
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1069             //                return false;
1070             //            }
1071             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1072             //                return false;
1073             //            }
1074             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1087             //                                                              xml_parser );
1088             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1089             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1096             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1097             //                return false;
1098             //            }
1099             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1100             //                return false;
1101             //            }
1102             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1103             //                return false;
1104             //            }
1105             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1106             //                return false;
1107             //            }
1108         }
1109         catch ( final Exception e ) {
1110             e.printStackTrace( System.out );
1111             return false;
1112         }
1113         return true;
1114     }
1115
1116     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1117         try {
1118             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1119             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1120             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1121                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1122             }
1123             else {
1124                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1125             }
1126             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1127                                                               xml_parser );
1128             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1129                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1130                 return false;
1131             }
1132             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1136             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1137             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1141             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1145                 return false;
1146             }
1147             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1154             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1155             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1156             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1169                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1173                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1177             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1178             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1179             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1180             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1184             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1200                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1210                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1214                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1218                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1222                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1226                     .equals( "experimental" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1230                     .equals( "function" ) ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1234                     .getValue() != 1 ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1238                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1242                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1246                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1250                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1254                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1258                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1262                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1266                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1270                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1274                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1281                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1291                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1307                     .equals( "ncbi" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1314                     .getName().equals( "B" ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1318                     .getFrom() != 21 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1325                     .getLength() != 24 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1329                     .getConfidence() != 2144 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1333                     .equals( "pfam" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1349             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1377                 return false;
1378             }
1379             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1386                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1387                 ;
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             //
1412             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1416                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1423                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1433                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436         }
1437         catch ( final Exception e ) {
1438             e.printStackTrace( System.out );
1439             return false;
1440         }
1441         return true;
1442     }
1443
1444     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1445         try {
1446             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1447             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1448             try {
1449                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1450             }
1451             catch ( final Exception e ) {
1452                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1453             }
1454             if ( xml_parser == null ) {
1455                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1456                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1457                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1458                 }
1459                 else {
1460                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1461                 }
1462             }
1463             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1464                                                               xml_parser );
1465             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1466                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1473             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1474             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1475             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1476             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1498             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1499             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1500                 System.out.println( "errors:" );
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1508                                                               xml_parser );
1509             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1510                 System.out.println( "errors:" );
1511                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1521                                                               xml_parser );
1522             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1523                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1530             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1543                                                               xml_parser );
1544             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1545                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1552             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             s.getNode( "first" );
1556             s.getNode( "<>" );
1557             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1558             s.getNode( "'''\"" );
1559             s.getNode( "\"\"\"" );
1560             s.getNode( "dick & doof" );
1561         }
1562         catch ( final Exception e ) {
1563             e.printStackTrace( System.out );
1564             return false;
1565         }
1566         return true;
1567     }
1568
1569     private static boolean testBasicTable() {
1570         try {
1571             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1572             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1573                 return false;
1574             }
1575             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1579             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1580             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1581             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1582             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1583             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1584             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1585             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1586             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1617             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1618             source.append( "" + l );
1619             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1620             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1621             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1622             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1623             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1624             source.append( "40 41 42 43" + l );
1625             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1626             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1627             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1628             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1647             source1.append( "" + l );
1648             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1649             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1650             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1651             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1652             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1653             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1654             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1655             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1656             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1657             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1682             source2.append( "" + l );
1683             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1684             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1685             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1686             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1687             source2.append( "                     " + l );
1688             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1689             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1690             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1691             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1692             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1693                                                                         ";",
1694                                                                         false,
1695                                                                         "comment:",
1696                                                                         false );
1697             if ( tl.size() != 2 ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1701             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1702             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1715                 return false;
1716             }
1717             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1718                 return false;
1719             }
1720         }
1721         catch ( final Exception e ) {
1722             e.printStackTrace( System.out );
1723             return false;
1724         }
1725         return true;
1726     }
1727
1728     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1729         try {
1730             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1731             final TolParser parser = new TolParser();
1732             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1733             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1734                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1741             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t1.isRooted() ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1760             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1761                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1768             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !t2.isRooted() ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1790                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1794             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1795                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1802             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1815             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1816                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1823             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1836             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1837                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1844             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856         }
1857         catch ( final Exception e ) {
1858             e.printStackTrace( System.out );
1859             return false;
1860         }
1861         return true;
1862     }
1863
1864     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1865         try {
1866             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1867             final Phylogeny t1 = factory.create();
1868             if ( !t1.isEmpty() ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1872             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t2.isEmpty() ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1885             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1895             PhylogenyNodeIterator it;
1896             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1897                 it.next();
1898             }
1899             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1900                 it.next();
1901             }
1902             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1903             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( it2.hasNext() ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1916             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1926             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1927             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1934             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1935             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1939             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1940             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1944             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1945             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             final char[] a9 = new char[] {};
1952             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1953             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1957             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1958             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1959                 return false;
1960             }
1961         }
1962         catch ( final Exception e ) {
1963             e.printStackTrace( System.out );
1964             return false;
1965         }
1966         return true;
1967     }
1968
1969     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1970         try {
1971             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1972             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1973             final Phylogeny[] ev0 = factory
1974                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1975                              new NHXParser() );
1976             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1977             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1978                 return false;
1979             }
1980             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1984             final Phylogeny[] ev1 = factory
1985                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1986                              new NHXParser() );
1987             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1988             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1995             final Phylogeny[] ev_b = factory
1996                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1997                              new NHXParser() );
1998             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1999             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2000             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             //
2007             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2008             final Phylogeny[] ev1x = factory
2009                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2010                              new NHXParser() );
2011             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2012             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2019             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2020                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2021                              new NHXParser() );
2022             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2023             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             //
2030             final Phylogeny[] t2 = factory
2031                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2032                              new NHXParser() );
2033             final Phylogeny[] ev2 = factory
2034                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2035                              new NHXParser() );
2036             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2037                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2038             }
2039             //
2040             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2041                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2042             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2043             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2044             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053         }
2054         catch ( final Exception e ) {
2055             e.printStackTrace();
2056             return false;
2057         }
2058         return true;
2059     }
2060
2061     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2062         try {
2063             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2064                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2065             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2066             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069         }
2070         catch ( final Exception e ) {
2071             e.printStackTrace();
2072             return false;
2073         }
2074         return true;
2075     }
2076
2077     private static boolean testDataObjects() {
2078         try {
2079             final Confidence s0 = new Confidence();
2080             final Confidence s1 = new Confidence();
2081             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2085             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2086             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2093             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             s3.asSimpleText();
2097             s3.asText();
2098             // Taxonomy
2099             // ----------
2100             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2101             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2102             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2103             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2104             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2105             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2106             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2107             t1.setScientificName( "E. coli" );
2108             t1.setCommonName( "coli" );
2109             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2110             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2114             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2115             t2.setScientificName( "what" );
2116             t2.setCommonName( "something" );
2117             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2121             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             t1.setIdentifier( null );
2125             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2126             t3.setScientificName( "what" );
2127             t3.setCommonName( "something" );
2128             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             t1.setIdentifier( null );
2132             t1.setTaxonomyCode( "" );
2133             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2134             t4.setCommonName( "something" );
2135             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2139             t4.setCommonName( "something" );
2140             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             t1.setIdentifier( null );
2144             t1.setTaxonomyCode( "" );
2145             t1.setScientificName( "" );
2146             t5.setCommonName( "COLI" );
2147             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             t5.setCommonName( "vibrio" );
2151             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2152                 return false;
2153             }
2154             // Identifier
2155             // ----------
2156             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2157             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2158             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             id1.asSimpleText();
2168             id1.asText();
2169             // ProteinDomain
2170             // ---------------
2171             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2172             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2173             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             pd1.asSimpleText();
2180             pd1.asText();
2181             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2182             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2183             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             pd3.asSimpleText();
2193             pd3.asText();
2194             // DomainArchitecture
2195             // ------------------
2196             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2197             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2198             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2199             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2200             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2201             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2202             domains0.add( d2 );
2203             domains0.add( d0 );
2204             domains0.add( d3 );
2205             domains0.add( d1 );
2206             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2207             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2211             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2212                 return false;
2213             }
2214             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2221             domains1.add( d1 );
2222             domains1.add( d2 );
2223             domains1.add( d4 );
2224             domains1.add( d0 );
2225             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2226             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             ds1.asSimpleText();
2230             ds1.asText();
2231             ds1.toNHX();
2232             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2233             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2234                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2235                 return false;
2236             }
2237             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             // Event
2241             // -----
2242             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2243             if ( e1.isDuplication() ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( !e1.isFusion() ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2256             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2263             if ( e2.isDuplication() ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2282             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2286             if ( e3.isDuplication() ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( e3.isSpeciation() ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2299             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2300             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             e3 = null;
2304             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2308             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2315             e4 = null;
2316             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2317             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2318                 return false;
2319             }
2320             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             final Event e5 = new Event();
2324             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2334             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2341             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2348             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354         }
2355         catch ( final Exception e ) {
2356             e.printStackTrace( System.out );
2357             return false;
2358         }
2359         return true;
2360     }
2361
2362     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2363         try {
2364             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2365             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2366             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2367             if ( t0.isEmpty() ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2374             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !t0.isEmpty() ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2381             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2385             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2396             if ( !t1.isEmpty() ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2400             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2404             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t2.toNewHampshireX();
2408             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2409             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2413             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2417             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2421             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2425             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             n = t3.getNode( "A" );
2429             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             n = n.getNextExternalNode();
2433             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2437             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             n = t3.getNode( "C" );
2441             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2445             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2449             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2453             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2457             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2461             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2465             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2469             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             n = t4.getNode( "A" );
2473             n = n.getNextExternalNode();
2474             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             n = n.getNextExternalNode();
2478             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2482             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2486             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2487             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2491             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2496             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2504             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2505             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2509             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2513             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2514             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2523             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2527             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2532             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2536             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2540             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2541             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2549             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2553             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2557             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2558             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2562             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2566             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2570             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2574             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2578             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2582             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2586             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2590             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2594             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2598             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2602             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2606             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2610             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2614             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2615             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2619             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2623             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2624             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2628             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2632             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2633             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2637             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2641             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2645             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2649             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2653             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656         }
2657         catch ( final Exception e ) {
2658             e.printStackTrace( System.out );
2659             return false;
2660         }
2661         return true;
2662     }
2663
2664     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2665         try {
2666             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2667             dss1.addValue( 82 );
2668             dss1.addValue( 78 );
2669             dss1.addValue( 70 );
2670             dss1.addValue( 58 );
2671             dss1.addValue( 42 );
2672             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             dss1.addValue( 123 );
2709             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2719             dss2.addValue( -1.85 );
2720             dss2.addValue( 57.5 );
2721             dss2.addValue( 92.78 );
2722             dss2.addValue( 57.78 );
2723             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2730             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             dss2.addValue( -100 );
2734             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             final double[] ds = new double[ 14 ];
2741             ds[ 0 ] = 34;
2742             ds[ 1 ] = 23;
2743             ds[ 2 ] = 1;
2744             ds[ 3 ] = 32;
2745             ds[ 4 ] = 11;
2746             ds[ 5 ] = 2;
2747             ds[ 6 ] = 12;
2748             ds[ 7 ] = 33;
2749             ds[ 8 ] = 13;
2750             ds[ 9 ] = 22;
2751             ds[ 10 ] = 21;
2752             ds[ 11 ] = 35;
2753             ds[ 12 ] = 24;
2754             ds[ 13 ] = 31;
2755             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2756             if ( bins.length != 4 ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2772             ds1[ 0 ] = 10.0;
2773             ds1[ 1 ] = 19.0;
2774             ds1[ 2 ] = 9.999;
2775             ds1[ 3 ] = 0.0;
2776             ds1[ 4 ] = 39.9;
2777             ds1[ 5 ] = 39.999;
2778             ds1[ 6 ] = 30.0;
2779             ds1[ 7 ] = 19.999;
2780             ds1[ 8 ] = 30.1;
2781             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2782             if ( bins1.length != 4 ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2798             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2811             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2824             dss3.addValue( 1 );
2825             dss3.addValue( 1 );
2826             dss3.addValue( 1 );
2827             dss3.addValue( 2 );
2828             dss3.addValue( 3 );
2829             dss3.addValue( 4 );
2830             dss3.addValue( 5 );
2831             dss3.addValue( 5 );
2832             dss3.addValue( 5 );
2833             dss3.addValue( 6 );
2834             dss3.addValue( 7 );
2835             dss3.addValue( 8 );
2836             dss3.addValue( 9 );
2837             dss3.addValue( 10 );
2838             dss3.addValue( 10 );
2839             dss3.addValue( 10 );
2840             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2841             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2842             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2843         }
2844         catch ( final Exception e ) {
2845             e.printStackTrace( System.out );
2846             return false;
2847         }
2848         return true;
2849     }
2850
2851     private static boolean testDir( final String file ) {
2852         try {
2853             final File f = new File( file );
2854             if ( !f.exists() ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             if ( !f.isDirectory() ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             if ( !f.canRead() ) {
2861                 return false;
2862             }
2863         }
2864         catch ( final Exception e ) {
2865             return false;
2866         }
2867         return true;
2868     }
2869
2870     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2871         try {
2872             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2873             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2874             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2875             n = n.getNextExternalNode();
2876             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2877                 return false;
2878             }
2879             n = n.getNextExternalNode();
2880             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2881                 return false;
2882             }
2883             n = n.getNextExternalNode();
2884             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2885                 return false;
2886             }
2887             n = t1.getNode( "B" );
2888             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2889                 n = n.getNextExternalNode();
2890             }
2891             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2892             n = t2.getNode( "A" );
2893             n = n.getNextExternalNode();
2894             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n = n.getNextExternalNode();
2898             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n = n.getNextExternalNode();
2902             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n = t2.getNode( "B" );
2906             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2907                 n = n.getNextExternalNode();
2908             }
2909             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2910             n = t3.getNode( "A" );
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = n.getNextExternalNode();
2920             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             n = n.getNextExternalNode();
2924             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             n = n.getNextExternalNode();
2928             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             n = n.getNextExternalNode();
2932             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             n = n.getNextExternalNode();
2936             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2937                 return false;
2938             }
2939             n = t3.getNode( "B" );
2940             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2941                 n = n.getNextExternalNode();
2942             }
2943             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2944             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2945                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2946             }
2947             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2948             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2949                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2950             }
2951         }
2952         catch ( final Exception e ) {
2953             e.printStackTrace( System.out );
2954             return false;
2955         }
2956         return true;
2957     }
2958
2959     private static boolean testGeneralTable() {
2960         try {
2961             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2962             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2963             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2964             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2965             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2966             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2967             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2968             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2969             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2970             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2977                 return false;
2978             }
2979             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2998             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2999             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3000             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3001             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3002             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3003             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3004             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3005             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3006             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3007             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037         }
3038         catch ( final Exception e ) {
3039             e.printStackTrace( System.out );
3040             return false;
3041         }
3042         return true;
3043     }
3044
3045     private static boolean testGetDistance() {
3046         try {
3047             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3048             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3049                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3050             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3145                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3146             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179         }
3180         catch ( final Exception e ) {
3181             e.printStackTrace( System.out );
3182             return false;
3183         }
3184         return true;
3185     }
3186
3187     private static boolean testGetLCA() {
3188         try {
3189             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3190             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3191                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3192             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3193             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3194             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3198             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3202             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3206             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3210             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3214             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3218             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3222             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3226             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3230             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3234             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3238             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3242             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3246             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3250             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3254             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3258             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3262             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3266             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3270             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3274             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3278             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3282             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3286             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3287             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3291             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3295             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3299             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3303             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3307             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3311             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3315             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final Phylogeny p3 = factory
3319                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3320                              new NHXParser() )[ 0 ];
3321             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3322             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3326             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3330             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3334             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3338             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3345             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !al_3.isRoot() ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3352             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3359             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3366             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3370             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3371             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3372                 return false;
3373             }
3374             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3375             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3376             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3380             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3381             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3385             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3386             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389         }
3390         catch ( final Exception e ) {
3391             e.printStackTrace( System.out );
3392             return false;
3393         }
3394         return true;
3395     }
3396
3397     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3398         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3399         try {
3400             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3401                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3402             parser1.parse();
3403             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3404                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3405             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3406             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             if ( proteins.size() != 4 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3422             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3426             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3430             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3434             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464         }
3465         catch ( final Exception e ) {
3466             e.printStackTrace( System.out );
3467             return false;
3468         }
3469         return true;
3470     }
3471
3472     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3473         try {
3474             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3475             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3476             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3477             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3478             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3482             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3486             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3490             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3491                 return false;
3492             }
3493         }
3494         catch ( final Exception e ) {
3495             e.printStackTrace( System.out );
3496             return false;
3497         }
3498         return true;
3499     }
3500
3501     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3502         try {
3503             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3504             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3505             PhylogenyNodeIterator it0;
3506             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3507                 it0.next();
3508             }
3509             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3510                 it0.next();
3511             }
3512             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3513             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3520                 return false;
3521             }
3522             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( it.hasNext() ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3538                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3539             PhylogenyNodeIterator it2;
3540             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3541                 it2.next();
3542             }
3543             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3544                 it2.next();
3545             }
3546             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3547             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3554                 return false;
3555             }
3556             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( it3.hasNext() ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3626             PhylogenyNodeIterator it4;
3627             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3628                 it4.next();
3629             }
3630             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3631                 it4.next();
3632             }
3633             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3634             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3650             PhylogenyNodeIterator it6;
3651             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3652                 it6.next();
3653             }
3654             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3655                 it6.next();
3656             }
3657             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3658             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( it.hasNext() ) {
3662                 return false;
3663             }
3664         }
3665         catch ( final Exception e ) {
3666             e.printStackTrace( System.out );
3667             return false;
3668         }
3669         return true;
3670     }
3671
3672     private static boolean testMidpointrooting() {
3673         try {
3674             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3675             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3676                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3677             if ( !t1.isRooted() ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3681             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3700             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3701             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719         }
3720         catch ( final Exception e ) {
3721             e.printStackTrace( System.out );
3722             return false;
3723         }
3724         return true;
3725     }
3726
3727     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3728         try {
3729             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3730             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3731             parser.parse();
3732             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3733             if ( labels.length != 7 ) {
3734                 return false;
3735             }
3736             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3737                 return false;
3738             }
3739             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3758             parser.parse();
3759             labels = parser.getCharStateLabels();
3760             if ( labels.length != 7 ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784         }
3785         catch ( final Exception e ) {
3786             e.printStackTrace( System.out );
3787             return false;
3788         }
3789         return true;
3790     }
3791
3792     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3793         try {
3794             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3795             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3796             parser.parse();
3797             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3798             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3802                 return false;
3803             }
3804             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             //            if ( labels.length != 7 ) {
3826             //                return false;
3827             //            }
3828             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3829             //                return false;
3830             //            }
3831             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3832             //                return false;
3833             //            }
3834             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3835             //                return false;
3836             //            }
3837             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3838             //                return false;
3839             //            }
3840             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3841             //                return false;
3842             //            }
3843             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3844             //                return false;
3845             //            }
3846             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3850             //            parser.parse();
3851             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3852             //            if ( labels.length != 7 ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3859             //                return false;
3860             //            }
3861             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876         }
3877         catch ( final Exception e ) {
3878             e.printStackTrace( System.out );
3879             return false;
3880         }
3881         return true;
3882     }
3883
3884     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3885         try {
3886             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3887             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3888             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3889             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             phylogenies = null;
3899             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3900             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             phylogenies = null;
3910             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3911             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             phylogenies = null;
3924             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3925             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048         }
4049         catch ( final Exception e ) {
4050             e.printStackTrace( System.out );
4051             return false;
4052         }
4053         return true;
4054     }
4055
4056     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4057         try {
4058             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4059             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4060             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4061             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4077                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             phylogenies = null;
4081             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4082             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4101                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4120                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4139                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             phylogenies = null;
4143             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4144             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4163                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4182                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4201                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204         }
4205         catch ( final Exception e ) {
4206             e.printStackTrace( System.out );
4207             return false;
4208         }
4209         return true;
4210     }
4211
4212     private static boolean testNHParsing() {
4213         try {
4214             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4215             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4216             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4220             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4221             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4222             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4223             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             final Phylogeny p1b = factory
4230                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4231                              new NHXParser() )[ 0 ];
4232             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4239             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4240             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4241             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4242             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4243             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4244             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4245             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4246             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4247             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4248             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4249                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4250                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4251                                                     new NHXParser() );
4252             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4265             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4266             final String p16_S = "((A,B),C)";
4267             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4268             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4272             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4273             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4277             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4278             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4282             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4283             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4287             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4288             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4292             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4293             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4297             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4298             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4302             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4303             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4307             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4308             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4312             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4313             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4314             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4321                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4322                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4323                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4324                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4325                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4326                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4327                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4328             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4329             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             final String p26_S = "(A,B)ab";
4333             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4334             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4338             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4339                                                     new NHXParser() );
4340             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4344             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4345             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4346             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4347             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4348                                                     new NHXParser() );
4349             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4362             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4363             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4367             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4368             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4372             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4373             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             final String p33_S = "A";
4377             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4378             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             final String p34_S = "B;";
4382             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4383             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             final String p35_S = "B:0.2";
4387             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4388             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             final String p36_S = "(A)";
4392             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4393             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             final String p37_S = "((A))";
4397             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4398             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4402             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4403             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4407             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4408             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             final String p40_S = "(A,B,C)";
4412             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4413             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4414                 return false;
4415             }
4416             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4417             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4418             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4422             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4423             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4424                 return false;
4425             }
4426             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4427             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4428             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4432             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4433             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4437             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4438             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             final String p46_S = "";
4442             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4443             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4444                 return false;
4445             }
4446         }
4447         catch ( final Exception e ) {
4448             e.printStackTrace( System.out );
4449             return false;
4450         }
4451         return true;
4452     }
4453
4454     private static boolean testNHXconversion() {
4455         try {
4456             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4457             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4458             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4459             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4460             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4461                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4462             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4463                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4464             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( !n5.toNewHampshireX()
4477                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( !n6.toNewHampshireX()
4481                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4482                 return false;
4483             }
4484         }
4485         catch ( final Exception e ) {
4486             e.printStackTrace( System.out );
4487             return false;
4488         }
4489         return true;
4490     }
4491
4492     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4493         try {
4494             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4495             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4496             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4497             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4498             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4499                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4500             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( n3.isDuplication() ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !n5.isDuplication() ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4546                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4547                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4548             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4555                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4556                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4557             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4564                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4565             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4569                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4570             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4577                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4578             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4585                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4586             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4593                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4594             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4601                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4602             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4609                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4610             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4617                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4618             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4625                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4626             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4633                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4641                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4642                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4643                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4644                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4645                     return false;
4646                 }
4647                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4648                     return false;
4649                 }
4650                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4651                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4652                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4653                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4654                     return false;
4655                 }
4656                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4657                     return false;
4658                 }
4659                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4660                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4661                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4662                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4663                     return false;
4664                 }
4665                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4666                     return false;
4667                 }
4668                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4669                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4670                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4671                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4672                     return false;
4673                 }
4674                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4675                     return false;
4676                 }
4677                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4678                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4679                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4680                     return false;
4681                 }
4682                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4683                     return false;
4684                 }
4685             }
4686             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4687                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4688                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4689             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4699                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4700                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4701             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4711             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4712             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4755                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4756             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4781             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4785             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4789                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4790                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4791             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4798                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4799                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4800             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4807                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4808                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4809             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4819                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4820                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4821             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4831                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4832                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4833             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4840                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4841             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850         }
4851         catch ( final Exception e ) {
4852             e.printStackTrace( System.out );
4853             return false;
4854         }
4855         return true;
4856     }
4857
4858     private static boolean testNHXParsing() {
4859         try {
4860             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4861             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4862             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4866             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4867             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4871             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4872             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final Phylogeny[] p3 = factory
4876                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4877                              new NHXParser() );
4878             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final Phylogeny[] p4 = factory
4882                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4883                              new NHXParser() );
4884             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final Phylogeny[] p5 = factory
4888                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4889                              new NHXParser() );
4890             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4894             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4895             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4896             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4900             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4901             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4902             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4906             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4907             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4908             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4912             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final Phylogeny p10 = factory
4916                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4917                              new NHXParser() )[ 0 ];
4918             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921         }
4922         catch ( final Exception e ) {
4923             e.printStackTrace( System.out );
4924             return false;
4925         }
4926         return true;
4927     }
4928
4929     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4930         try {
4931             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4932             final NHXParser p = new NHXParser();
4933             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4934             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4938             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4948                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4967             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4968             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4969             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4973             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4974             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4975             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4979             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4980             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4981             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4985             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4986             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4987             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4988                 return false;
4989             }
4990             final Phylogeny p10 = factory
4991                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4992                              new NHXParser() )[ 0 ];
4993             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4994             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4998             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             //
5002             final Phylogeny p12 = factory
5003                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5004                              new NHXParser() )[ 0 ];
5005             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
5006             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5010             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5014             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5018             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021         }
5022         catch ( final Exception e ) {
5023             e.printStackTrace( System.out );
5024             return false;
5025         }
5026         return true;
5027     }
5028
5029     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5030         try {
5031             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5032             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5033             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5034             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5035             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5045             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5046             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5047             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5054             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5061                 return false;
5062             }
5063         }
5064         catch ( final Exception e ) {
5065             e.printStackTrace( System.out );
5066             return false;
5067         }
5068         return true;
5069     }
5070
5071     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5072         try {
5073             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5074             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5075             try {
5076                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5077             }
5078             catch ( final Exception e ) {
5079                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5080             }
5081             if ( xml_parser == null ) {
5082                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5083                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5084                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5085                 }
5086                 else {
5087                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5088                 }
5089             }
5090             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5091                                                               xml_parser );
5092             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5093                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5100             PhylogenyNode n = null;
5101             Distribution d = null;
5102             n = t1.getNode( "root node" );
5103             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             d = n.getNodeData().getDistribution();
5110             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( d.getPolygons() != null ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             n = t1.getNode( "node a" );
5135             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5142             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( d.getPolygons() != null ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             n = t1.getNode( "node bb" );
5167             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5174             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5199             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             p = d.getPolygons().get( 1 );
5221             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             // Roundtrip:
5234             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5235             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5236             if ( rt.length != 1 ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5240             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5241             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             d = n.getNodeData().getDistribution();
5248             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( d.getPolygons() != null ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5273             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5280             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( d.getPolygons() != null ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5305             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5312             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             p = d.getPolygons().get( 0 );
5337             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             p = d.getPolygons().get( 1 );
5359             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371         }
5372         catch ( final Exception e ) {
5373             e.printStackTrace( System.out );
5374             return false;
5375         }
5376         return true;
5377     }
5378
5379     private static boolean testPostOrderIterator() {
5380         try {
5381             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5382             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5383             PhylogenyNodeIterator it0;
5384             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5385                 it0.next();
5386             }
5387             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5388                 it0.next();
5389             }
5390             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5391             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5392             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5399                 return false;
5400             }
5401             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( it.hasNext() ) {
5438                 return false;
5439             }
5440         }
5441         catch ( final Exception e ) {
5442             e.printStackTrace( System.out );
5443             return false;
5444         }
5445         return true;
5446     }
5447
5448     private static boolean testPreOrderIterator() {
5449         try {
5450             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5451             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5452             PhylogenyNodeIterator it0;
5453             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5454                 it0.next();
5455             }
5456             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5457                 it0.next();
5458             }
5459             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5460             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( it.hasNext() ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5485             it = t1.iteratorPreorder();
5486             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( it.hasNext() ) {
5532                 return false;
5533             }
5534         }
5535         catch ( final Exception e ) {
5536             e.printStackTrace( System.out );
5537             return false;
5538         }
5539         return true;
5540     }
5541
5542     private static boolean testPropertiesMap() {
5543         try {
5544             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5545             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5546             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5547             final Property p2 = new Property( "something:else",
5548                                               "?",
5549                                               "improbable:research",
5550                                               "xsd:decimal",
5551                                               AppliesTo.NODE );
5552             pm.addProperty( p0 );
5553             pm.addProperty( p1 );
5554             pm.addProperty( p2 );
5555             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5574             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5581                 return false;
5582             }
5583         }
5584         catch ( final Exception e ) {
5585             e.printStackTrace( System.out );
5586             return false;
5587         }
5588         return true;
5589     }
5590
5591     private static boolean testReIdMethods() {
5592         try {
5593             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5594             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5595             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5596             p.levelOrderReID();
5597             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5640                 return false;
5641             }
5642         }
5643         catch ( final Exception e ) {
5644             e.printStackTrace( System.out );
5645             return false;
5646         }
5647         return true;
5648     }
5649
5650     private static boolean testRerooting() {
5651         try {
5652             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5653             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5654                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5655             if ( !t1.isRooted() ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5659             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5660             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5661             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5662             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5663             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5664             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5665             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5666             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5667             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5668             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5669             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5670             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5671             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5672             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5673             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5674             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5675             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5676             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5677             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5678             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5679             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5680             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5681             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5682             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5683             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5684             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5685             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5686             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5705                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5706             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5707             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5709             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5710             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5711             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5712             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5713             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5714             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5715             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5716             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5717             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5719             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5720             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5721             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5722             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5723             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5724             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5725             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5726             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5727             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5728             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5729             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5730             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5731             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5732             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5733             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5734             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5735             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5736             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5737             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5738             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5739             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5740             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5741             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5742             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5743             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5744             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5745             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5746             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5747             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5748             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5749             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5750             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5751             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5758             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5765             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5775             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5785             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5792             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5799                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5800             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5801             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5811             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5821             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5828                 return false;
5829             }
5830         }
5831         catch ( final Exception e ) {
5832             e.printStackTrace( System.out );
5833             return false;
5834         }
5835         return true;
5836     }
5837
5838     private static boolean testSDIse() {
5839         try {
5840             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5841             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5842             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5843             gene1.setRooted( true );
5844             species1.setRooted( true );
5845             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5846             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             final Phylogeny species2 = factory
5850                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5851                              new NHXParser() )[ 0 ];
5852             final Phylogeny gene2 = factory
5853                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5854                              new NHXParser() )[ 0 ];
5855             species2.setRooted( true );
5856             gene2.setRooted( true );
5857             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5858             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             final Phylogeny species3 = factory
5880                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5881                              new NHXParser() )[ 0 ];
5882             final Phylogeny gene3 = factory
5883                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5884                              new NHXParser() )[ 0 ];
5885             species3.setRooted( true );
5886             gene3.setRooted( true );
5887             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5888             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             final Phylogeny species4 = factory
5898                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5899                              new NHXParser() )[ 0 ];
5900             final Phylogeny gene4 = factory
5901                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5902                              new NHXParser() )[ 0 ];
5903             species4.setRooted( true );
5904             gene4.setRooted( true );
5905             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5906             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             final Phylogeny species5 = factory
5925                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5926                              new NHXParser() )[ 0 ];
5927             final Phylogeny gene5 = factory
5928                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5929                              new NHXParser() )[ 0 ];
5930             species5.setRooted( true );
5931             gene5.setRooted( true );
5932             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5933             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5952             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5953             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5954             final Phylogeny species6 = factory
5955                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5956                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5957                              new NHXParser() )[ 0 ];
5958             final Phylogeny gene6 = factory
5959                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5960                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5961                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5962                              new NHXParser() )[ 0 ];
5963             species6.setRooted( true );
5964             gene6.setRooted( true );
5965             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5966             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             sdi6.computeMappingCostL();
5994             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5995                 return false;
5996             }
5997             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5998                 return false;
5999             }
6000             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6004                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6005                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6006                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6007                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6008             species7.setRooted( true );
6009             final Phylogeny gene7_1 = Test
6010                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6011             gene7_1.setRooted( true );
6012             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6013             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             final Phylogeny gene7_2 = Test
6041                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6042             gene7_2.setRooted( true );
6043             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6044             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074         }
6075         catch ( final Exception e ) {
6076             return false;
6077         }
6078         return true;
6079     }
6080
6081     private static boolean testSDIunrooted() {
6082         try {
6083             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6084             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6085             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6086             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6087             PhylogenyBranch br = iter.next();
6088             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6092                 return false;
6093             }
6094             br = iter.next();
6095             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             br = iter.next();
6102             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             br = iter.next();
6109             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             br = iter.next();
6116             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             br = iter.next();
6123             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             br = iter.next();
6130             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             br = iter.next();
6137             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             br = iter.next();
6144             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             br = iter.next();
6151             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             br = iter.next();
6158             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             br = iter.next();
6165             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             br = iter.next();
6172             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             br = iter.next();
6179             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             br = iter.next();
6186             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( iter.hasNext() ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6196             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6197             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6198             br = iter1.next();
6199             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             br = iter1.next();
6206             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             br = iter1.next();
6213             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( iter1.hasNext() ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6223             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6224             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6225             br = iter2.next();
6226             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             br = iter2.next();
6233             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             br = iter2.next();
6240             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( iter2.hasNext() ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             final Phylogeny species0 = factory
6250                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6251                              new NHXParser() )[ 0 ];
6252             final Phylogeny gene1 = factory
6253                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6254                              new NHXParser() )[ 0 ];
6255             species0.setRooted( true );
6256             gene1.setRooted( true );
6257             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6258             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6259             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             final Phylogeny gene2 = factory
6275                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6276                              new NHXParser() )[ 0 ];
6277             gene2.setRooted( true );
6278             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6279             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             final Phylogeny species6 = factory
6295                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6296                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6297                              new NHXParser() )[ 0 ];
6298             final Phylogeny gene6 = factory
6299                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6300                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6301                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6302                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6303                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6304                              new NHXParser() )[ 0 ];
6305             species6.setRooted( true );
6306             gene6.setRooted( true );
6307             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6308             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             p6 = null;
6348             final Phylogeny species7 = factory
6349                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6350                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6351                              new NHXParser() )[ 0 ];
6352             final Phylogeny gene7 = factory
6353                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6354                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6355                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6356                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6357                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6358                              new NHXParser() )[ 0 ];
6359             species7.setRooted( true );
6360             gene7.setRooted( true );
6361             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6362             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6390                 return false;
6391             }
6392             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6393                 return false;
6394             }
6395             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6396                 return false;
6397             }
6398             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             p7 = null;
6402             final Phylogeny species8 = factory
6403                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6404                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6405                              new NHXParser() )[ 0 ];
6406             final Phylogeny gene8 = factory
6407                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6408                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6409                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6410                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6411                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6412                              new NHXParser() )[ 0 ];
6413             species8.setRooted( true );
6414             gene8.setRooted( true );
6415             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6416             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             p8 = null;
6456         }
6457         catch ( final Exception e ) {
6458             e.printStackTrace( System.out );
6459             return false;
6460         }
6461         return true;
6462     }
6463
6464     private static boolean testSplit() {
6465         try {
6466             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6467             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6468             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6469             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6470             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6471             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6472             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6473             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6474             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6475             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6476             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6477             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6478             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6479             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6480             // System.out.println( s0.toString() );
6481             //
6482             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6485             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6496             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             //
6500             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6504             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             //
6508             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6513             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             //
6517             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6522             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             //
6526             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6530             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             //
6534             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6537             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             //
6541             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6547             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             //
6551             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6552             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6555             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             //
6559             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6564             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             //
6568             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6571             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             //
6575             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6580             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             //
6584             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6590             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             //
6594             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6598             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             //
6602             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6605             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             //
6609             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6610             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6612             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             //
6616             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6619             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             //
6623             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             //
6630             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6633             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6634                 return false;
6635             }
6636             //
6637             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6640             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6641                 return false;
6642             }
6643             //
6644             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6648             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             //
6652             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6656             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             //
6660             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6664             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //
6668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6673             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             /////////
6677             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6681             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6682             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6683             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6684             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6685             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6686             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6687             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6688             //                return false;
6689             //            }
6690             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6691             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6692             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6693             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6694             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6695             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6696             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6697             //                return false;
6698             //            }
6699             //            //
6700             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6701             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6702             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6703             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6704             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6705             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6706             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6707             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6708             //                return false;
6709             //            }
6710             //            //
6711             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6712             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6713             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6714             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6715             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6716             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6717             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6718             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6719             //                return false;
6720             //            }
6721             //            //
6722             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6723             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6724             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6725             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6726             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6727             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6728             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6729             //                return false;
6730             //            }
6731             //            //
6732             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6733             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6734             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6735             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6736             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6737             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6738             //                return false;
6739             //            }
6740             //
6741             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6746             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             //
6750             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6755             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             ///////////////////////////
6759             //
6760             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             //
6769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6774             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //
6778             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6783             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             //
6787             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6792             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             //
6796             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6801             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             //
6805             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6809             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             //
6813             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6819             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             //
6823             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6828             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6829             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6830                 return false;
6831             }
6832             //
6833             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6839             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             //
6843             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6845             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6846             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6847             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6848             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6849             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6850             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853         }
6854         catch ( final Exception e ) {
6855             e.printStackTrace();
6856             return false;
6857         }
6858         return true;
6859     }
6860
6861     private static boolean testSplitStrict() {
6862         try {
6863             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6864             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6865             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6866             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6867             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6868             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6869             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6870             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6871             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6872             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6873             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6874             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6875             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6876             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6877             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6886             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6887             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6888             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             //
6892             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6893             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6894             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6895             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6896             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             //
6900             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6901             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6905             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             //
6909             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6910             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6914             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             //
6918             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6922             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             //
6926             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6929             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             //
6933             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6935             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6939             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             //
6943             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6944             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6945             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6947             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6948                 return false;
6949             }
6950             //
6951             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6952             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6953             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6956             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6957                 return false;
6958             }
6959             //
6960             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6961             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6963             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             //
6967             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6972             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             //
6976             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6982             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             //
6986             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6990             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6997             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             //
7001             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7004             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             //
7008             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7011             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             //
7015             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             //
7022             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7025             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             //
7029             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7032             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             //
7036             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7040             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             //
7044             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7048             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             //
7052             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7056             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7065             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068         }
7069         catch ( final Exception e ) {
7070             e.printStackTrace();
7071             return false;
7072         }
7073         return true;
7074     }
7075
7076     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7077         try {
7078             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7079             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7080             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7081             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             t1.toNewHampshireX();
7085             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7086             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             t1.toNewHampshireX();
7090             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7091             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             t1.toNewHampshireX();
7095             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7096             t1.toNewHampshireX();
7097             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7101             t1.toNewHampshireX();
7102             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7106             t1.toNewHampshireX();
7107             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7108                 return false;
7109             }
7110             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7111             t1.toNewHampshireX();
7112             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7113                 return false;
7114             }
7115             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7116             t1.toNewHampshireX();
7117             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7121             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             if ( !t1.isEmpty() ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7128             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7129             t2.toNewHampshireX();
7130             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7134             t2.toNewHampshireX();
7135             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7139             t2.toNewHampshireX();
7140             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7141                 return false;
7142             }
7143         }
7144         catch ( final Exception e ) {
7145             e.printStackTrace( System.out );
7146             return false;
7147         }
7148         return true;
7149     }
7150
7151     private static boolean testSupportCount() {
7152         try {
7153             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7154             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7155             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7156                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7157                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7158                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7159                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7160                                                               new NHXParser() );
7161             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7162             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7163             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7164                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7165                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7166                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7167                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7168                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7169                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7170                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7171                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7172                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7173                                                               new NHXParser() );
7174             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7175             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7176             while ( it.hasNext() ) {
7177                 final PhylogenyNode n = it.next();
7178                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7179                     return false;
7180                 }
7181             }
7182             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7183             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7184                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7185             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7186             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7187             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7218             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7219                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7220             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7221             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7222             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7241                 return false;
7242             }
7243             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7253             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7254             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7255             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7259             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7260             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7261             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7265             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7266             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7267             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7271             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7272             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7273             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7274                 return false;
7275             }
7276         }
7277         catch ( final Exception e ) {
7278             e.printStackTrace( System.out );
7279             return false;
7280         }
7281         return true;
7282     }
7283
7284     private static boolean testSupportTransfer() {
7285         try {
7286             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7287             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7288                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7289             final Phylogeny p2 = factory
7290                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7291             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7292                 return false;
7293             }
7294             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7295                 return false;
7296             }
7297             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7298             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7299             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7306                 return false;
7307             }
7308             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7312                 return false;
7313             }
7314             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7318                 return false;
7319             }
7320             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7321                 return false;
7322             }
7323         }
7324         catch ( final Exception e ) {
7325             e.printStackTrace( System.out );
7326             return false;
7327         }
7328         return true;
7329     }
7330
7331     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7332         try {
7333             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7334             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7335             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7336             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7337             s0.setRooted( true );
7338             g0.setRooted( true );
7339             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7340             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7350             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7351             g0.setRooted( true );
7352             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7353             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7363             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7364             g0.setRooted( true );
7365             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7366             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7376             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7377             g0.setRooted( true );
7378             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7379             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7389             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7390             g0.setRooted( true );
7391             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7392             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7402             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7403             g0.setRooted( true );
7404             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7405             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7415             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7416             g0.setRooted( true );
7417             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7418             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7428                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7429                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7430                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7431             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7432             s0.setRooted( true );
7433             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7434                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7435                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7436                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7437             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7438             g0.setRooted( true );
7439             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7440             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7456                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7457                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7458                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7459             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7460             g0.setRooted( true );
7461             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7462             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7478                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7479                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7480                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7481             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7482             g0.setRooted( true );
7483             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7484             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7500                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7501                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7502                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7503             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7504             g0.setRooted( true );
7505             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7506             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7522             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7523             g0.setRooted( true );
7524             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7525             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7535             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7536             g0.setRooted( true );
7537             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7538             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7548                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7549                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7550                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7551             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7552             g0.setRooted( true );
7553             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7554             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7576                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7577                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7578                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7579             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7580             g0.setRooted( true );
7581             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7582             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7604                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7605                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7606                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7607             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7608             g0.setRooted( true );
7609             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7610             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7632                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7633                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7634                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7635             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7636             g0.setRooted( true );
7637             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7638             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7660                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7661                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7662                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7663             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7664             s0.setRooted( true );
7665             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7666                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7667                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7668                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7669             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7670             g0.setRooted( true );
7671             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7672             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7676                 return false;
7677             }
7678         }
7679         catch ( final Exception e ) {
7680             e.printStackTrace( System.out );
7681             return false;
7682         }
7683         return true;
7684     }
7685
7686     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7687         try {
7688             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7689                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7690             if ( results.size() != 1 ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             results = null;
7709             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7710             if ( results.size() != 1 ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             results = null;
7729             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7730             if ( results.size() != 1 ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             results = null;
7749             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7750             if ( results.size() != 1 ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7775                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7776                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7777                 return false;
7778             }
7779         }
7780         catch ( final IOException e ) {
7781             System.out.println();
7782             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7783             e.printStackTrace( System.out );
7784             return true;
7785         }
7786         catch ( final Exception e ) {
7787             return false;
7788         }
7789         return true;
7790     }
7791
7792     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7793         //The format for GenBank Accession numbers are:
7794         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7795         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7796         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7797         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7798             return false;
7799         }
7800         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7801             return false;
7802         }
7803         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7804             return false;
7805         }
7806         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7807             return false;
7808         }
7809         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7810             return false;
7811         }
7812         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7813             return false;
7814         }
7815         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7816             return false;
7817         }
7818         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7819             return false;
7820         }
7821         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7822             return false;
7823         }
7824         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7825             return false;
7826         }
7827         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7828             return false;
7829         }
7830         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7831             return false;
7832         }
7833         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7834             return false;
7835         }
7836         return true;
7837     }
7838
7839     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7840         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7841             return false;
7842         }
7843         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7844             return false;
7845         }
7846         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7847             return false;
7848         }
7849         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7850             return false;
7851         }
7852         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7853             return false;
7854         }
7855         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7856             return false;
7857         }
7858         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7859             return false;
7860         }
7861         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7862             return false;
7863         }
7864         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7865             return false;
7866         }
7867         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7868             return false;
7869         }
7870         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7871             return false;
7872         }
7873         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7874             return false;
7875         }
7876         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7877             return false;
7878         }
7879         try {
7880             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7881             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7894                 return false;
7895             }
7896         }
7897         catch ( final IOException e ) {
7898             System.out.println();
7899             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7900             e.printStackTrace( System.out );
7901             return true;
7902         }
7903         catch ( final Exception e ) {
7904             return false;
7905         }
7906         return true;
7907     }
7908
7909     private static boolean testWabiTxSearch() {
7910         try {
7911             String result = "";
7912             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7913             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7914             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7918             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7922             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7926             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7930             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7934             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7938             queries.add( "Campylobacter coli" );
7939             queries.add( "Escherichia coli" );
7940             queries.add( "Arabidopsis" );
7941             queries.add( "Trichoplax" );
7942             queries.add( "Samanea saman" );
7943             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7944             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7945             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7946             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7947             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7948             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7949             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7950             ranks.add( RANKS.GENUS );
7951             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7952             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7953             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7954             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7955         }
7956         catch ( final Exception e ) {
7957             System.out.println();
7958             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7959             e.printStackTrace( System.out );
7960             return false;
7961         }
7962         return true;
7963     }
7964
7965     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7966         try {
7967             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7968             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7981             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7982                 return false;
7983             }
7984             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7985             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7989             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7990                 return false;
7991             }
7992         }
7993         catch ( final Exception e ) {
7994             e.printStackTrace();
7995             return false;
7996         }
7997         return true;
7998     }
7999
8000     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8001         try {
8002             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8003             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8010             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8014                 return false;
8015             }
8016         }
8017         catch ( final Exception e ) {
8018             e.printStackTrace();
8019             return false;
8020         }
8021         return true;
8022     }
8023
8024     private static boolean testFastaParser() {
8025         try {
8026             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8030                 return false;
8031             }
8032             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8033             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051         }
8052         catch ( final Exception e ) {
8053             e.printStackTrace();
8054             return false;
8055         }
8056         return true;
8057     }
8058
8059     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8060         try {
8061             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8062             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8063             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8064             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8065             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8066             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8067             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8068             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8069             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8070             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8080             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8090             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8094                 return false;
8095             }
8096             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8097                 return false;
8098             }
8099         }
8100         catch ( final Exception e ) {
8101             e.printStackTrace();
8102             return false;
8103         }
8104         return true;
8105     }
8106
8107     private static boolean testMafft() {
8108         try {
8109             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8110             opts.add( "--maxiterate" );
8111             opts.add( "1000" );
8112             opts.add( "--localpair" );
8113             opts.add( "--quiet" );
8114             Msa msa = null;
8115             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8116             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8117             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8118                 return false;
8119             }
8120         }
8121         catch ( final Exception e ) {
8122             e.printStackTrace( System.out );
8123             return false;
8124         }
8125         return true;
8126     }
8127
8128     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8129         try {
8130             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8131             PhylogenyNode n;
8132             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8133             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8134             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8135             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8136             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8137             n = t0.getFirstExternalNode();
8138             while ( n != null ) {
8139                 ext.add( n );
8140                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8141             }
8142             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8143                 return false;
8144             }
8145             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8146                 return false;
8147             }
8148             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             ext.clear();
8161             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8162             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8163             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8164             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8165             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8166             n = t1.getNode( "ab" );
8167             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8168             while ( n != null ) {
8169                 ext.add( n );
8170                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8171             }
8172             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             //
8188             //
8189             ext.clear();
8190             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8191             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8192             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8193             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8194             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8195             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8196             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8197             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8198             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8199             n = t2.getNode( "ab" );
8200             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8201             while ( n != null ) {
8202                 ext.add( n );
8203                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8204             }
8205             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             //
8218             //
8219             ext.clear();
8220             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8221             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8222             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8223             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8224             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8225             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8226             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8227             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8228             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8229             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8230             n = t3.getNode( "ab" );
8231             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8232             while ( n != null ) {
8233                 ext.add( n );
8234                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8235             }
8236             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8237                 return false;
8238             }
8239             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             //
8246             //
8247             ext.clear();
8248             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8249             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8250             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8251             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8252             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8253             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8254             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8255             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8256             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8257             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8258             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8259             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8260             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             //
8264             //
8265             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8266             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8267             ext.clear();
8268             n = t5.getFirstExternalNode();
8269             while ( n != null ) {
8270                 ext.add( n );
8271                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8272             }
8273             if ( ext.size() != 8 ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             //
8301             //
8302             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8303             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8304             ext.clear();
8305             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8306             n = t6.getNode( "ab" );
8307             while ( n != null ) {
8308                 ext.add( n );
8309                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8310             }
8311             if ( ext.size() != 7 ) {
8312                 return false;
8313             }
8314             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             //
8336             //
8337             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8338             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8339             ext.clear();
8340             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8341             n = t7.getNode( "a" );
8342             while ( n != null ) {
8343                 ext.add( n );
8344                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8345             }
8346             if ( ext.size() != 7 ) {
8347                 return false;
8348             }
8349             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             //
8371             //
8372             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8373             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8374             ext.clear();
8375             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8376             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8377             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8378             n = t8.getNode( "a" );
8379             while ( n != null ) {
8380                 ext.add( n );
8381                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8382             }
8383             if ( ext.size() != 7 ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8393                 System.out.println( "2 fail" );
8394                 return false;
8395             }
8396             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             //
8409             //
8410             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8411             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8412             ext.clear();
8413             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8414             n = t9.getNode( "a" );
8415             while ( n != null ) {
8416                 ext.add( n );
8417                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8418             }
8419             if ( ext.size() != 7 ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             //
8444             //
8445             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8446             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8447             ext.clear();
8448             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8449             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8450             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8451             n = t10.getNode( "a" );
8452             while ( n != null ) {
8453                 ext.add( n );
8454                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8455             }
8456             if ( ext.size() != 7 ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8460                 return false;
8461             }
8462             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             //
8481             //
8482             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8483             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8484             ext.clear();
8485             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8486             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8487             n = t11.getNode( "a" );
8488             while ( n != null ) {
8489                 ext.add( n );
8490                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8491             }
8492             if ( ext.size() != 6 ) {
8493                 return false;
8494             }
8495             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8505                 return false;
8506             }
8507             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             //
8514             //
8515             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8516             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8517             ext.clear();
8518             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8519             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8520             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8521             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8522             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8523             n = t12.getNode( "a" );
8524             while ( n != null ) {
8525                 ext.add( n );
8526                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8527             }
8528             if ( ext.size() != 6 ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8544                 return false;
8545             }
8546             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8547                 return false;
8548             }
8549             //
8550             //
8551             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8552             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8553             ext.clear();
8554             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8555             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8556             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8557             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8558             n = t13.getNode( "ab" );
8559             while ( n != null ) {
8560                 ext.add( n );
8561                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8562             }
8563             if ( ext.size() != 5 ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             //
8582             //
8583             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8584             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8585             ext.clear();
8586             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8587             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8588             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8589             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8590             n = t14.getNode( "ab" );
8591             while ( n != null ) {
8592                 ext.add( n );
8593                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8594             }
8595             if ( ext.size() != 5 ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8599                 return false;
8600             }
8601             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8602                 return false;
8603             }
8604             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             //
8614             //
8615             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8616             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8617             ext.clear();
8618             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8619             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8620             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8621             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8622             n = t15.getNode( "ab" );
8623             while ( n != null ) {
8624                 ext.add( n );
8625                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8626             }
8627             if ( ext.size() != 6 ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             //
8649             //
8650             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8651             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8652             ext.clear();
8653             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8654             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8655             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8656             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8657             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8658             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8659             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8660             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8661             n = t16.getNode( "ab" );
8662             while ( n != null ) {
8663                 ext.add( n );
8664                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8665             }
8666             if ( ext.size() != 4 ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681         }
8682         catch ( final Exception e ) {
8683             e.printStackTrace( System.out );
8684             return false;
8685         }
8686         return true;
8687     }
8688 }