forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 103 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 110
 111 @SuppressWarnings( "unused")
 112 public final class Test {
 113
 114     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 115     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 118     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 122     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 125     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128
 129     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 130         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 131         return p;
 132     }
 133
 134     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 135         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 136         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 137     }
 138
 139     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 140         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 145         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 146                 + "]" );
 147         Locale.setDefault( Locale.US );
 148         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 149         int failed = 0;
 150         int succeeded = 0;
 151         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 152         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 153             System.out.println( "OK.]" );
 154         }
 155         else {
 156             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 157             System.out.println( "Testing aborted." );
 158             System.exit( -1 );
 159         }
 160         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 161         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 162             System.out.println( "OK.]" );
 163         }
 164         else {
 165             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 166             System.out.println( "Testing aborted." );
 167             System.exit( -1 );
 168         }
 169         final long start_time = new Date().getTime();
 170         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 171         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 172             System.out.println( "OK." );
 173             succeeded++;
 174         }
 175         else {
 176             System.out.println( "failed." );
 177             failed++;
 178         }
 179         System.out.print( "Basic node methods: " );
 180         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 181             System.out.println( "OK." );
 182             succeeded++;
 183         }
 184         else {
 185             System.out.println( "failed." );
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 189         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "NH parsing: " );
 198         if ( Test.testNHParsing() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NHX parsing: " );
 216         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 225         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 234         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 243         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 252         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 261         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 270         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 279         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 288         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 297         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 306         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Copying of node data: " );
 315         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 324         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 333         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 342         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 351         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Re-id methods: " );
 360         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 369         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 378         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 387         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 396         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 405         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Rerooting: " );
 414         if ( Test.testRerooting() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 423         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Support count: " );
 432         if ( Test.testSupportCount() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Support transfer: " );
 441         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 450         if ( Test.testGetLCA() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 459         if ( Test.testGetDistance() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "SDIse: " );
 468         if ( Test.testSDIse() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 477         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 486         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "GSDI: " );
 495         if ( TestGSDI.test() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 504         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 513         if ( Test.testDataObjects() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Properties map: " );
 522         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 531         System.out.println();
 532         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 533             System.out.println( "OK." );
 534             succeeded++;
 535         }
 536         else {
 537             System.out.println( "failed." );
 538             failed++;
 539         }
 540         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 541         System.out.println();
 542         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "GO: " );
 551         System.out.println();
 552         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 553             System.out.println( "OK." );
 554             succeeded++;
 555         }
 556         else {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         System.out.print( "Modeling tools: " );
 561         if ( TestPccx.test() ) {
 562             System.out.println( "OK." );
 563             succeeded++;
 564         }
 565         else {
 566             System.out.println( "failed." );
 567             failed++;
 568         }
 569         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 570         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 571             System.out.println( "OK." );
 572             succeeded++;
 573         }
 574         else {
 575             System.out.println( "failed." );
 576             failed++;
 577         }
 578         System.out.print( "Split Matrix: " );
 579         if ( Test.testSplit() ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 588         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Basic table: " );
 597         if ( Test.testBasicTable() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "General table: " );
 606         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 615         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "General MSA parser: " );
 624         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 633         if ( Test.testFastaParser() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 642         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 651         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 660         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 669         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 678             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 679             if ( Test.testMafft() ) {
 680                 System.out.println( "OK." );
 681                 succeeded++;
 682             }
 683             else {
 684                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 685             }
 686         }
 687         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 688         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 689             System.out.println( "OK." );
 690             succeeded++;
 691         }
 692         else {
 693             System.out.println( "failed." );
 694             failed++;
 695         }
 696         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 697         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 698         //            System.out.println( "OK." );
 699         //            succeeded++;
 700         //        }
 701         //        else {
 702         //            System.out
 703         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 704         //        }
 705         System.out.println();
 706         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 707         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 708         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 709         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 710                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 711         System.out.println();
 712         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 713         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 714         System.out.println();
 715         if ( failed < 1 ) {
 716             System.out.println( "OK." );
 717         }
 718         else {
 719             System.out.println( "Not OK." );
 720         }
 721         // System.out.println();
 722         // Development.setTime( true );
 723         //try {
 724         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 725         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 726         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 727         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 728         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 729         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 730         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 731         // NHXParser() )[ 0 ];
 732         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 733         // }
 734         // catch ( final Exception e ) {
 735         //     e.printStackTrace();
 736         // }
 737         // t1.getRoot().preorderPrint();
 738         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 739         // .getInstance();
 740         // try {
 741         //
 742         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 743         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 744         // factory.create(
 745         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 746         // new NHXParser() );
 747         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 748         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 749         // factory.create(
 750         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 751         // new NHXParser() );
 752         //
 753         //
 754         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 755         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 756         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 757         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 758         // factory.create(
 759         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 760         // new NHXParser() );
 761         // factory.create(
 762         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 763         // new NHXParser() );
 764         //
 765         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 766         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 767         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 768         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 769         //
 770         // factory.create(
 771         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 772         // new NHXParser() );
 773         // factory.create(
 774         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 775         // new NHXParser() );
 776         //
 777         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 778         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 779         // factory.create(
 780         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 781         // new NHXParser() );
 782         //
 783         // }
 784         // catch ( IOException e ) {
 785         // // TODO Auto-generated catch block
 786         // e.printStackTrace();
 787         // }
 788     }
 789
 790     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 791         try {
 792             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 796             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 797                     .createInstanceFromNhxString( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 798             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 799                     .createInstanceFromNhxString( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 800             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 801                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 802             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 806                 return false;
 807             }
 808             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 809                 return false;
 810             }
 811             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( !n3.isExternal() ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( !n3.isRoot() ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823         }
 824         catch ( final Exception e ) {
 825             e.printStackTrace( System.out );
 826             return false;
 827         }
 828         return true;
 829     }
 830
 831     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 832         try {
 833             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 834             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 835             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 836                                                               xml_parser );
 837             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 838                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 845             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 846             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 847             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 848             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !t1.isRooted() ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( t1.isRerootable() ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 882                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 886                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 914                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 927                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 931                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 935                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 939                     .equals( "experimental" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 943                     .equals( "function" ) ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 947                     .getValue() != 1 ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 951                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 955                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 959                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 963                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 967                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 971                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 975                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 979                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 983                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 987                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 994                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1001             //     return false;
1002             //}
1003             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1004             //                return false;
1005             //            }
1006             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1007             //                return false;
1008             //            }
1009             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1010             //                return false;
1011             //            }
1012             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1013             //                return false;
1014             //            }
1015             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1016             //                return false;
1017             //            }
1018             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1019             //                return false;
1020             //            }
1021             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1022             //                return false;
1023             //            }
1024             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1025             //                return false;
1026             //            }
1027             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1028             //                    .equals( "B" ) ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1035             //                return false;
1036             //            }
1037             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1038             //                return false;
1039             //            }
1040             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1041             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1045             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1055             //                return false;
1056             //            }
1057             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1061             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1062             //                ;
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1069             //                return false;
1070             //            }
1071             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1072             //                return false;
1073             //            }
1074             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1087             //                                                              xml_parser );
1088             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1089             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1096             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1097             //                return false;
1098             //            }
1099             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1100             //                return false;
1101             //            }
1102             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1103             //                return false;
1104             //            }
1105             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1106             //                return false;
1107             //            }
1108         }
1109         catch ( final Exception e ) {
1110             e.printStackTrace( System.out );
1111             return false;
1112         }
1113         return true;
1114     }
1115
1116     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1117         try {
1118             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1119             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1120             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1121                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1122             }
1123             else {
1124                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1125             }
1126             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1127                                                               xml_parser );
1128             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1129                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1130                 return false;
1131             }
1132             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1133                 return false;
1134             }
1135             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1136             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1137             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1141             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1145                 return false;
1146             }
1147             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1154             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1155             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1156             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1169                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1173                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1177             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1178             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1179             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1180             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1184             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1200                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1210                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1214                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1218                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1222                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1226                     .equals( "experimental" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1230                     .equals( "function" ) ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1234                     .getValue() != 1 ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1238                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1242                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1246                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1250                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1254                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1258                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1262                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1266                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1270                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1274                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1281                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1291                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1307                     .equals( "ncbi" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1314                     .getName().equals( "B" ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1318                     .getFrom() != 21 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1325                     .getLength() != 24 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1329                     .getConfidence() != 2144 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1333                     .equals( "pfam" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1349             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1377                 return false;
1378             }
1379             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1386                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1387                 ;
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             //
1412             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1416                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1423                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1433                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436         }
1437         catch ( final Exception e ) {
1438             e.printStackTrace( System.out );
1439             return false;
1440         }
1441         return true;
1442     }
1443
1444     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1445         try {
1446             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1447             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1448             try {
1449                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1450             }
1451             catch ( final Exception e ) {
1452                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1453             }
1454             if ( xml_parser == null ) {
1455                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1456                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1457                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1458                 }
1459                 else {
1460                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1461                 }
1462             }
1463             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1464                                                               xml_parser );
1465             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1466                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1473             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1474             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1475             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1476             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1498             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1499             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1500                 System.out.println( "errors:" );
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1508                                                               xml_parser );
1509             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1510                 System.out.println( "errors:" );
1511                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1521                                                               xml_parser );
1522             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1523                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1530             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1543                                                               xml_parser );
1544             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1545                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1552             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             s.getNode( "first" );
1556             s.getNode( "<>" );
1557             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1558             s.getNode( "'''\"" );
1559             s.getNode( "\"\"\"" );
1560             s.getNode( "dick & doof" );
1561         }
1562         catch ( final Exception e ) {
1563             e.printStackTrace( System.out );
1564             return false;
1565         }
1566         return true;
1567     }
1568
1569     private static boolean testBasicTable() {
1570         try {
1571             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1572             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1573                 return false;
1574             }
1575             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1579             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1580             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1581             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1582             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1583             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1584             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1585             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1586             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1617             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1618             source.append( "" + l );
1619             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1620             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1621             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1622             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1623             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1624             source.append( "40 41 42 43" + l );
1625             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1626             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1627             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1628             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1647             source1.append( "" + l );
1648             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1649             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1650             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1651             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1652             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1653             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1654             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1655             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1656             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1657             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1682             source2.append( "" + l );
1683             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1684             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1685             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1686             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1687             source2.append( "                     " + l );
1688             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1689             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1690             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1691             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1692             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1693                                                                         ";",
1694                                                                         false,
1695                                                                         "comment:",
1696                                                                         false );
1697             if ( tl.size() != 2 ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1701             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1702             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1715                 return false;
1716             }
1717             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1718                 return false;
1719             }
1720         }
1721         catch ( final Exception e ) {
1722             e.printStackTrace( System.out );
1723             return false;
1724         }
1725         return true;
1726     }
1727
1728     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1729         try {
1730             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1731             final TolParser parser = new TolParser();
1732             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1733             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1734                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1741             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t1.isRooted() ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1760             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1761                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1768             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !t2.isRooted() ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1790                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1794             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1795                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1802             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1815             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1816                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1823             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1836             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1837                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1844             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856         }
1857         catch ( final Exception e ) {
1858             e.printStackTrace( System.out );
1859             return false;
1860         }
1861         return true;
1862     }
1863
1864     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1865         try {
1866             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1867             final Phylogeny t1 = factory.create();
1868             if ( !t1.isEmpty() ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1872             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t2.isEmpty() ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1885             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1895             PhylogenyNodeIterator it;
1896             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1897                 it.next();
1898             }
1899             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1900                 it.next();
1901             }
1902             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1903             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( it2.hasNext() ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1916             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1926             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1927             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1934             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1935             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1939             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1940             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1944             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1945             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             final char[] a9 = new char[] {};
1952             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1953             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1957             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1958             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1959                 return false;
1960             }
1961         }
1962         catch ( final Exception e ) {
1963             e.printStackTrace( System.out );
1964             return false;
1965         }
1966         return true;
1967     }
1968
1969     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1970         try {
1971             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1972             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1973             final Phylogeny[] ev0 = factory
1974                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1975                              new NHXParser() );
1976             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1977             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1978                 return false;
1979             }
1980             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1984             final Phylogeny[] ev1 = factory
1985                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1986                              new NHXParser() );
1987             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1988             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1995             final Phylogeny[] ev_b = factory
1996                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1997                              new NHXParser() );
1998             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1999             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2000             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             //
2007             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2008             final Phylogeny[] ev1x = factory
2009                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2010                              new NHXParser() );
2011             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2012             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2019             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2020                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2021                              new NHXParser() );
2022             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2023             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             //
2030             final Phylogeny[] t2 = factory
2031                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2032                              new NHXParser() );
2033             final Phylogeny[] ev2 = factory
2034                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2035                              new NHXParser() );
2036             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2037                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2038             }
2039             //
2040             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2041                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2042             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2043             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2044             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053         }
2054         catch ( final Exception e ) {
2055             e.printStackTrace();
2056             return false;
2057         }
2058         return true;
2059     }
2060
2061     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2062         try {
2063             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2064                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2065             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2066             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069         }
2070         catch ( final Exception e ) {
2071             e.printStackTrace();
2072             return false;
2073         }
2074         return true;
2075     }
2076
2077     private static boolean testDataObjects() {
2078         try {
2079             final Confidence s0 = new Confidence();
2080             final Confidence s1 = new Confidence();
2081             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2085             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2086             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2093             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             s3.asSimpleText();
2097             s3.asText();
2098             // Taxonomy
2099             // ----------
2100             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2101             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2102             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2103             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2104             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2105             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2106             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2107             t1.setScientificName( "E. coli" );
2108             t1.setCommonName( "coli" );
2109             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2110             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2114             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2115             t2.setScientificName( "what" );
2116             t2.setCommonName( "something" );
2117             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2121             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             t1.setIdentifier( null );
2125             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2126             t3.setScientificName( "what" );
2127             t3.setCommonName( "something" );
2128             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             t1.setIdentifier( null );
2132             t1.setTaxonomyCode( "" );
2133             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2134             t4.setCommonName( "something" );
2135             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2139             t4.setCommonName( "something" );
2140             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             t1.setIdentifier( null );
2144             t1.setTaxonomyCode( "" );
2145             t1.setScientificName( "" );
2146             t5.setCommonName( "COLI" );
2147             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             t5.setCommonName( "vibrio" );
2151             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2152                 return false;
2153             }
2154             // Identifier
2155             // ----------
2156             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2157             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2158             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             id1.asSimpleText();
2168             id1.asText();
2169             // ProteinDomain
2170             // ---------------
2171             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2172             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2173             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             pd1.asSimpleText();
2180             pd1.asText();
2181             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2182             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2183             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             pd3.asSimpleText();
2193             pd3.asText();
2194             // DomainArchitecture
2195             // ------------------
2196             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2197             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2198             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2199             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2200             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2201             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2202             domains0.add( d2 );
2203             domains0.add( d0 );
2204             domains0.add( d3 );
2205             domains0.add( d1 );
2206             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2207             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2211             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2212                 return false;
2213             }
2214             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2221             domains1.add( d1 );
2222             domains1.add( d2 );
2223             domains1.add( d4 );
2224             domains1.add( d0 );
2225             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2226             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             ds1.asSimpleText();
2230             ds1.asText();
2231             ds1.toNHX();
2232             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2233             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2234                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2235                 return false;
2236             }
2237             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             // Event
2241             // -----
2242             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2243             if ( e1.isDuplication() ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( !e1.isFusion() ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2256             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2263             if ( e2.isDuplication() ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2282             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2286             if ( e3.isDuplication() ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( e3.isSpeciation() ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2299             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2300             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             e3 = null;
2304             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2308             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2315             e4 = null;
2316             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2317             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2318                 return false;
2319             }
2320             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             final Event e5 = new Event();
2324             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2334             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2341             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2348             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354         }
2355         catch ( final Exception e ) {
2356             e.printStackTrace( System.out );
2357             return false;
2358         }
2359         return true;
2360     }
2361
2362     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2363         try {
2364             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2365             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2366             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2367             if ( t0.isEmpty() ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2374             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !t0.isEmpty() ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2381             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2385             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2396             if ( !t1.isEmpty() ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2400             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2404             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t2.toNewHampshireX();
2408             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2409             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2413             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2417             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2421             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2425             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             n = t3.getNode( "A" );
2429             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             n = n.getNextExternalNode();
2433             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2437             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             n = t3.getNode( "C" );
2441             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2445             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2449             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2453             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2457             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2461             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2465             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2469             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             n = t4.getNode( "A" );
2473             n = n.getNextExternalNode();
2474             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             n = n.getNextExternalNode();
2478             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2482             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2486             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2487             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2491             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2496             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2504             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2505             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2509             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2513             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2514             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2523             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2527             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2532             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2536             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2540             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2541             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2549             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2553             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2557             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2558             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2562             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2566             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2570             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2574             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2578             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2582             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2586             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2590             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2594             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2598             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2602             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2606             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2610             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2614             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2615             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2619             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2623             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2624             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2628             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2632             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2633             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2637             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2641             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2645             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2649             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2653             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656         }
2657         catch ( final Exception e ) {
2658             e.printStackTrace( System.out );
2659             return false;
2660         }
2661         return true;
2662     }
2663
2664     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2665         try {
2666             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2667             dss1.addValue( 82 );
2668             dss1.addValue( 78 );
2669             dss1.addValue( 70 );
2670             dss1.addValue( 58 );
2671             dss1.addValue( 42 );
2672             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             dss1.addValue( 123 );
2709             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2719             dss2.addValue( -1.85 );
2720             dss2.addValue( 57.5 );
2721             dss2.addValue( 92.78 );
2722             dss2.addValue( 57.78 );
2723             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2730             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             dss2.addValue( -100 );
2734             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             final double[] ds = new double[ 14 ];
2741             ds[ 0 ] = 34;
2742             ds[ 1 ] = 23;
2743             ds[ 2 ] = 1;
2744             ds[ 3 ] = 32;
2745             ds[ 4 ] = 11;
2746             ds[ 5 ] = 2;
2747             ds[ 6 ] = 12;
2748             ds[ 7 ] = 33;
2749             ds[ 8 ] = 13;
2750             ds[ 9 ] = 22;
2751             ds[ 10 ] = 21;
2752             ds[ 11 ] = 35;
2753             ds[ 12 ] = 24;
2754             ds[ 13 ] = 31;
2755             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2756             if ( bins.length != 4 ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2772             ds1[ 0 ] = 10.0;
2773             ds1[ 1 ] = 19.0;
2774             ds1[ 2 ] = 9.999;
2775             ds1[ 3 ] = 0.0;
2776             ds1[ 4 ] = 39.9;
2777             ds1[ 5 ] = 39.999;
2778             ds1[ 6 ] = 30.0;
2779             ds1[ 7 ] = 19.999;
2780             ds1[ 8 ] = 30.1;
2781             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2782             if ( bins1.length != 4 ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2798             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2811             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2824             dss3.addValue( 1 );
2825             dss3.addValue( 1 );
2826             dss3.addValue( 1 );
2827             dss3.addValue( 2 );
2828             dss3.addValue( 3 );
2829             dss3.addValue( 4 );
2830             dss3.addValue( 5 );
2831             dss3.addValue( 5 );
2832             dss3.addValue( 5 );
2833             dss3.addValue( 6 );
2834             dss3.addValue( 7 );
2835             dss3.addValue( 8 );
2836             dss3.addValue( 9 );
2837             dss3.addValue( 10 );
2838             dss3.addValue( 10 );
2839             dss3.addValue( 10 );
2840             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2841             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2842             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2843         }
2844         catch ( final Exception e ) {
2845             e.printStackTrace( System.out );
2846             return false;
2847         }
2848         return true;
2849     }
2850
2851     private static boolean testDir( final String file ) {
2852         try {
2853             final File f = new File( file );
2854             if ( !f.exists() ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             if ( !f.isDirectory() ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             if ( !f.canRead() ) {
2861                 return false;
2862             }
2863         }
2864         catch ( final Exception e ) {
2865             return false;
2866         }
2867         return true;
2868     }
2869
2870     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2871         try {
2872             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2873             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2874             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2875             n = n.getNextExternalNode();
2876             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2877                 return false;
2878             }
2879             n = n.getNextExternalNode();
2880             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2881                 return false;
2882             }
2883             n = n.getNextExternalNode();
2884             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2885                 return false;
2886             }
2887             n = t1.getNode( "B" );
2888             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2889                 n = n.getNextExternalNode();
2890             }
2891             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2892             n = t2.getNode( "A" );
2893             n = n.getNextExternalNode();
2894             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n = n.getNextExternalNode();
2898             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n = n.getNextExternalNode();
2902             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n = t2.getNode( "B" );
2906             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2907                 n = n.getNextExternalNode();
2908             }
2909             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2910             n = t3.getNode( "A" );
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = n.getNextExternalNode();
2920             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             n = n.getNextExternalNode();
2924             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             n = n.getNextExternalNode();
2928             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             n = n.getNextExternalNode();
2932             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             n = n.getNextExternalNode();
2936             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2937                 return false;
2938             }
2939             n = t3.getNode( "B" );
2940             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2941                 n = n.getNextExternalNode();
2942             }
2943             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2944             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2945                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2946             }
2947             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2948             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2949                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2950             }
2951         }
2952         catch ( final Exception e ) {
2953             e.printStackTrace( System.out );
2954             return false;
2955         }
2956         return true;
2957     }
2958
2959     private static boolean testGeneralTable() {
2960         try {
2961             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2962             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2963             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2964             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2965             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2966             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2967             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2968             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2969             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2970             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2977                 return false;
2978             }
2979             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2998             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2999             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3000             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3001             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3002             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3003             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3004             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3005             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3006             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3007             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037         }
3038         catch ( final Exception e ) {
3039             e.printStackTrace( System.out );
3040             return false;
3041         }
3042         return true;
3043     }
3044
3045     private static boolean testGetDistance() {
3046         try {
3047             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3048             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3049                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3050             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3145                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3146             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179         }
3180         catch ( final Exception e ) {
3181             e.printStackTrace( System.out );
3182             return false;
3183         }
3184         return true;
3185     }
3186
3187     private static boolean testGetLCA() {
3188         try {
3189             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3190             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3191                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3192             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3193             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3194             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3198             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3202             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3206             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3210             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3214             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3218             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3222             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3226             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3230             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3234             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3238             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3242             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3246             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3250             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3254             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3258             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3262             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3266             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3270             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3274             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3278             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3282             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3286             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3287             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3291             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3295             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3299             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3303             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3307             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3311             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3315             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final Phylogeny p3 = factory
3319                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3320                              new NHXParser() )[ 0 ];
3321             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3322             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3326             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3330             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3334             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3338             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3345             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !al_3.isRoot() ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3352             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3359             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3366             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3370             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3371             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3372                 return false;
3373             }
3374             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3375             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3376             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3380             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3381             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3385             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3386             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389         }
3390         catch ( final Exception e ) {
3391             e.printStackTrace( System.out );
3392             return false;
3393         }
3394         return true;
3395     }
3396
3397     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3398         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3399         try {
3400             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3401                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3402             parser1.parse();
3403             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3404                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3405             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3406             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3422             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3426             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3454                 return false;
3455             }
3456         }
3457         catch ( final Exception e ) {
3458             e.printStackTrace( System.out );
3459             return false;
3460         }
3461         return true;
3462     }
3463
3464     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3465         try {
3466             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3467             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3468             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3469             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3470             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3474             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3478             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3482             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3483                 return false;
3484             }
3485         }
3486         catch ( final Exception e ) {
3487             e.printStackTrace( System.out );
3488             return false;
3489         }
3490         return true;
3491     }
3492
3493     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3494         try {
3495             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3496             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3497             PhylogenyNodeIterator it0;
3498             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3499                 it0.next();
3500             }
3501             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3502                 it0.next();
3503             }
3504             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3505             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( it.hasNext() ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3530                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3531             PhylogenyNodeIterator it2;
3532             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3533                 it2.next();
3534             }
3535             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3536                 it2.next();
3537             }
3538             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3539             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3549                 return false;
3550             }
3551             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( it3.hasNext() ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3618             PhylogenyNodeIterator it4;
3619             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3620                 it4.next();
3621             }
3622             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3623                 it4.next();
3624             }
3625             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3626             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3642             PhylogenyNodeIterator it6;
3643             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3644                 it6.next();
3645             }
3646             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3647                 it6.next();
3648             }
3649             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3650             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             if ( it.hasNext() ) {
3654                 return false;
3655             }
3656         }
3657         catch ( final Exception e ) {
3658             e.printStackTrace( System.out );
3659             return false;
3660         }
3661         return true;
3662     }
3663
3664     private static boolean testMidpointrooting() {
3665         try {
3666             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3667             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3668                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3669             if ( !t1.isRooted() ) {
3670                 return false;
3671             }
3672             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3673             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3692             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3693             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711         }
3712         catch ( final Exception e ) {
3713             e.printStackTrace( System.out );
3714             return false;
3715         }
3716         return true;
3717     }
3718
3719     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3720         try {
3721             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3722             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3723             parser.parse();
3724             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3725             if ( labels.length != 7 ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3741                 return false;
3742             }
3743             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3750             parser.parse();
3751             labels = parser.getCharStateLabels();
3752             if ( labels.length != 7 ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776         }
3777         catch ( final Exception e ) {
3778             e.printStackTrace( System.out );
3779             return false;
3780         }
3781         return true;
3782     }
3783
3784     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3785         try {
3786             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3787             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3788             parser.parse();
3789             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3790             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             //            if ( labels.length != 7 ) {
3818             //                return false;
3819             //            }
3820             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3821             //                return false;
3822             //            }
3823             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3824             //                return false;
3825             //            }
3826             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3827             //                return false;
3828             //            }
3829             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3830             //                return false;
3831             //            }
3832             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3833             //                return false;
3834             //            }
3835             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3836             //                return false;
3837             //            }
3838             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3839             //                return false;
3840             //            }
3841             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3842             //            parser.parse();
3843             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3844             //            if ( labels.length != 7 ) {
3845             //                return false;
3846             //            }
3847             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3848             //                return false;
3849             //            }
3850             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3851             //                return false;
3852             //            }
3853             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3854             //                return false;
3855             //            }
3856             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3857             //                return false;
3858             //            }
3859             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3860             //                return false;
3861             //            }
3862             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3863             //                return false;
3864             //            }
3865             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3866             //                return false;
3867             //            }
3868         }
3869         catch ( final Exception e ) {
3870             e.printStackTrace( System.out );
3871             return false;
3872         }
3873         return true;
3874     }
3875
3876     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3877         try {
3878             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3879             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3880             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3881             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             phylogenies = null;
3891             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3892             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             phylogenies = null;
3902             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3903             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             phylogenies = null;
3916             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3917             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4038                 return false;
4039             }
4040         }
4041         catch ( final Exception e ) {
4042             e.printStackTrace( System.out );
4043             return false;
4044         }
4045         return true;
4046     }
4047
4048     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4049         try {
4050             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4051             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4052             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4053             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4069                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             phylogenies = null;
4073             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4074             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4093                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4112                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4131                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             phylogenies = null;
4135             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4136             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4155                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4174                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4193                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196         }
4197         catch ( final Exception e ) {
4198             e.printStackTrace( System.out );
4199             return false;
4200         }
4201         return true;
4202     }
4203
4204     private static boolean testNHParsing() {
4205         try {
4206             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4207             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4208             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4212             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4213             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4214             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4215             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             final Phylogeny p1b = factory
4222                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4223                              new NHXParser() )[ 0 ];
4224             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4231             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4232             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4233             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4234             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4235             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4236             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4237             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4238             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4239             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4240             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4241                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4242                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4243                                                     new NHXParser() );
4244             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4257             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4258             final String p16_S = "((A,B),C)";
4259             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4260             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4264             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4265             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4269             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4270             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4274             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4275             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4279             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4280             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4284             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4285             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4289             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4290             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4294             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4295             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4299             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4300             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4304             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4305             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4306             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4313                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4314                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4315                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4316                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4317                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4318                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4319                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4320             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4321             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p26_S = "(A,B)ab";
4325             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4326             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4330             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4331                                                     new NHXParser() );
4332             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4336             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4337             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4338             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4339             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4340                                                     new NHXParser() );
4341             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4354             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4355             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4359             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4360             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4364             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4365             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             final String p33_S = "A";
4369             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4370             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             final String p34_S = "B;";
4374             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4375             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             final String p35_S = "B:0.2";
4379             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4380             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             final String p36_S = "(A)";
4384             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4385             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             final String p37_S = "((A))";
4389             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4390             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4394             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4395             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4399             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4400             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             final String p40_S = "(A,B,C)";
4404             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4405             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4409             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4410             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4414             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4415             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4419             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4420             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4424             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4425             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4429             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4430             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             final String p46_S = "";
4434             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4435             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4436                 return false;
4437             }
4438         }
4439         catch ( final Exception e ) {
4440             e.printStackTrace( System.out );
4441             return false;
4442         }
4443         return true;
4444     }
4445
4446     private static boolean testNHXconversion() {
4447         try {
4448             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4449             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4450             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4451             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4452             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4453                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4454             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4455                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4456             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( !n5.toNewHampshireX()
4469                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( !n6.toNewHampshireX()
4473                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476         }
4477         catch ( final Exception e ) {
4478             e.printStackTrace( System.out );
4479             return false;
4480         }
4481         return true;
4482     }
4483
4484     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4485         try {
4486             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4487             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4488             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4489             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4490             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4491                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4492             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( n3.isDuplication() ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( !n5.isDuplication() ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4538                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4539             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4546                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4547                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4548             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4555                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4556             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4557                 return false;
4558             }
4559             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4560                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4561             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4568                                                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4569             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4576                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4577             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4584                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4585             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4592                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4593             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4600                                                                                  ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4601             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4608                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4609             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4616                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4617             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4624                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4625             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4632                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4633                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4635                     return false;
4636                 }
4637                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4638                     return false;
4639                 }
4640                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4641                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4642                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4643                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4644                     return false;
4645                 }
4646                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4647                     return false;
4648                 }
4649                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4650                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4651                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4652                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4653                     return false;
4654                 }
4655                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4656                     return false;
4657                 }
4658                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4659                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4660                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4661                     return false;
4662                 }
4663                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4664                     return false;
4665                 }
4666                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4667                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4668                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4669                     return false;
4670                 }
4671                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4672                     return false;
4673                 }
4674             }
4675             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4676                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4677                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4678             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4688                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4689                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4690             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4700             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4701             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4744                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4745             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4770             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4774             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4778                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4779             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4786                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4787             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4794                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4795                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4796             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4806                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4807                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4808             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4818                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4819                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4820             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4827                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4828             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837         }
4838         catch ( final Exception e ) {
4839             e.printStackTrace( System.out );
4840             return false;
4841         }
4842         return true;
4843     }
4844
4845     private static boolean testNHXParsing() {
4846         try {
4847             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4848             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4849             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4853             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4854             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4858             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4859             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             final Phylogeny[] p3 = factory
4863                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4864                              new NHXParser() );
4865             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final Phylogeny[] p4 = factory
4869                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4870                              new NHXParser() );
4871             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             final Phylogeny[] p5 = factory
4875                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4876                              new NHXParser() );
4877             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4881             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4882             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4883             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4887             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4888             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4889             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4893             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4894             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4895             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4899             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             final Phylogeny p10 = factory
4903                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4904                              new NHXParser() )[ 0 ];
4905             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908         }
4909         catch ( final Exception e ) {
4910             e.printStackTrace( System.out );
4911             return false;
4912         }
4913         return true;
4914     }
4915
4916     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4917         try {
4918             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4919             final NHXParser p = new NHXParser();
4920             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4921             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4925             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4935                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4954             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4955             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4956             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4960             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4961             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4962             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4966             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4967             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4968             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4972             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4973             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4974             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final Phylogeny p10 = factory
4978                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4979                              new NHXParser() )[ 0 ];
4980             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4981             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4985             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             //
4989             final Phylogeny p12 = factory
4990                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4991                              new NHXParser() )[ 0 ];
4992             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4993             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4997             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5001             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5005             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008         }
5009         catch ( final Exception e ) {
5010             e.printStackTrace( System.out );
5011             return false;
5012         }
5013         return true;
5014     }
5015
5016     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5017         try {
5018             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5019             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5020             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5021             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5022             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5032             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5033             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5034             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5041             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5048                 return false;
5049             }
5050         }
5051         catch ( final Exception e ) {
5052             e.printStackTrace( System.out );
5053             return false;
5054         }
5055         return true;
5056     }
5057
5058     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5059         try {
5060             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5061             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5062             try {
5063                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5064             }
5065             catch ( final Exception e ) {
5066                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5067             }
5068             if ( xml_parser == null ) {
5069                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5070                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5071                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5072                 }
5073                 else {
5074                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5075                 }
5076             }
5077             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5078                                                               xml_parser );
5079             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5080                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5087             PhylogenyNode n = null;
5088             Distribution d = null;
5089             n = t1.getNode( "root node" );
5090             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             d = n.getNodeData().getDistribution();
5097             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( d.getPolygons() != null ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             n = t1.getNode( "node a" );
5122             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5129             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             if ( d.getPolygons() != null ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             n = t1.getNode( "node bb" );
5154             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5161             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5186             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             p = d.getPolygons().get( 1 );
5208             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             // Roundtrip:
5221             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5222             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5223             if ( rt.length != 1 ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5227             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5228             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             d = n.getNodeData().getDistribution();
5235             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( d.getPolygons() != null ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5260             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5267             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( d.getPolygons() != null ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5292             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5299             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             p = d.getPolygons().get( 0 );
5324             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             p = d.getPolygons().get( 1 );
5346             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358         }
5359         catch ( final Exception e ) {
5360             e.printStackTrace( System.out );
5361             return false;
5362         }
5363         return true;
5364     }
5365
5366     private static boolean testPostOrderIterator() {
5367         try {
5368             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5369             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5370             PhylogenyNodeIterator it0;
5371             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5372                 it0.next();
5373             }
5374             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5375                 it0.next();
5376             }
5377             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5378             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5379             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( it.hasNext() ) {
5425                 return false;
5426             }
5427         }
5428         catch ( final Exception e ) {
5429             e.printStackTrace( System.out );
5430             return false;
5431         }
5432         return true;
5433     }
5434
5435     private static boolean testPreOrderIterator() {
5436         try {
5437             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5438             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5439             PhylogenyNodeIterator it0;
5440             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5441                 it0.next();
5442             }
5443             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5444                 it0.next();
5445             }
5446             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5447             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( it.hasNext() ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5472             it = t1.iteratorPreorder();
5473             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( it.hasNext() ) {
5519                 return false;
5520             }
5521         }
5522         catch ( final Exception e ) {
5523             e.printStackTrace( System.out );
5524             return false;
5525         }
5526         return true;
5527     }
5528
5529     private static boolean testPropertiesMap() {
5530         try {
5531             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5532             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5533             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5534             final Property p2 = new Property( "something:else",
5535                                               "?",
5536                                               "improbable:research",
5537                                               "xsd:decimal",
5538                                               AppliesTo.NODE );
5539             pm.addProperty( p0 );
5540             pm.addProperty( p1 );
5541             pm.addProperty( p2 );
5542             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5561             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570         }
5571         catch ( final Exception e ) {
5572             e.printStackTrace( System.out );
5573             return false;
5574         }
5575         return true;
5576     }
5577
5578     private static boolean testReIdMethods() {
5579         try {
5580             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5581             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5582             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5583             p.levelOrderReID();
5584             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5627                 return false;
5628             }
5629         }
5630         catch ( final Exception e ) {
5631             e.printStackTrace( System.out );
5632             return false;
5633         }
5634         return true;
5635     }
5636
5637     private static boolean testRerooting() {
5638         try {
5639             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5640             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5641                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5642             if ( !t1.isRooted() ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5646             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5647             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5648             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5649             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5650             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5651             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5652             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5653             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5654             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5655             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5656             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5657             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5658             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5659             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5660             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5661             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5662             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5663             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5664             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5665             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5666             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5667             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5668             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5669             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5670             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5671             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5672             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5673             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5692                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5693             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5694             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5695             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5696             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5697             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5698             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5699             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5700             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5701             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5702             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5703             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5704             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5705             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5706             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5707             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5709             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5710             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5711             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5712             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5713             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5714             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5715             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5716             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5717             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5719             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5720             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5721             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5722             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5723             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5724             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5725             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5726             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5727             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5728             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5729             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5730             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5731             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5732             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5733             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5734             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5735             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5736             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5737             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5738             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5745             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5752             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5762             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5772             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5779             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5786                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5787             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5788             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5798             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5808             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5815                 return false;
5816             }
5817         }
5818         catch ( final Exception e ) {
5819             e.printStackTrace( System.out );
5820             return false;
5821         }
5822         return true;
5823     }
5824
5825     private static boolean testSDIse() {
5826         try {
5827             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5828             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5829             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5830             gene1.setRooted( true );
5831             species1.setRooted( true );
5832             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5833             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             final Phylogeny species2 = factory
5837                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5838                              new NHXParser() )[ 0 ];
5839             final Phylogeny gene2 = factory
5840                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5841                              new NHXParser() )[ 0 ];
5842             species2.setRooted( true );
5843             gene2.setRooted( true );
5844             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5845             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             final Phylogeny species3 = factory
5867                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5868                              new NHXParser() )[ 0 ];
5869             final Phylogeny gene3 = factory
5870                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5871                              new NHXParser() )[ 0 ];
5872             species3.setRooted( true );
5873             gene3.setRooted( true );
5874             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5875             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             final Phylogeny species4 = factory
5885                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5886                              new NHXParser() )[ 0 ];
5887             final Phylogeny gene4 = factory
5888                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5889                              new NHXParser() )[ 0 ];
5890             species4.setRooted( true );
5891             gene4.setRooted( true );
5892             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5893             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             final Phylogeny species5 = factory
5912                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5913                              new NHXParser() )[ 0 ];
5914             final Phylogeny gene5 = factory
5915                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5916                              new NHXParser() )[ 0 ];
5917             species5.setRooted( true );
5918             gene5.setRooted( true );
5919             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5920             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5939             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5940             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5941             final Phylogeny species6 = factory
5942                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5943                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5944                              new NHXParser() )[ 0 ];
5945             final Phylogeny gene6 = factory
5946                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5947                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5948                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5949                              new NHXParser() )[ 0 ];
5950             species6.setRooted( true );
5951             gene6.setRooted( true );
5952             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5953             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             sdi6.computeMappingCostL();
5981             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5991                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5992                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5993                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5994                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5995             species7.setRooted( true );
5996             final Phylogeny gene7_1 = Test
5997                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5998             gene7_1.setRooted( true );
5999             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6000             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6004                 return false;
6005             }
6006             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             final Phylogeny gene7_2 = Test
6028                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6029             gene7_2.setRooted( true );
6030             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6031             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6056                 return false;
6057             }
6058             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6059                 return false;
6060             }
6061         }
6062         catch ( final Exception e ) {
6063             return false;
6064         }
6065         return true;
6066     }
6067
6068     private static boolean testSDIunrooted() {
6069         try {
6070             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6071             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6072             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6073             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6074             PhylogenyBranch br = iter.next();
6075             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             br = iter.next();
6082             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6086                 return false;
6087             }
6088             br = iter.next();
6089             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             br = iter.next();
6096             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             br = iter.next();
6103             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             br = iter.next();
6110             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             br = iter.next();
6117             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             br = iter.next();
6124             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             br = iter.next();
6131             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             br = iter.next();
6138             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             br = iter.next();
6145             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6149                 return false;
6150             }
6151             br = iter.next();
6152             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             br = iter.next();
6159             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             br = iter.next();
6166             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             br = iter.next();
6173             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( iter.hasNext() ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6183             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6184             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6185             br = iter1.next();
6186             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             br = iter1.next();
6193             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             br = iter1.next();
6200             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( iter1.hasNext() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6210             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6211             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6212             br = iter2.next();
6213             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             br = iter2.next();
6220             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             br = iter2.next();
6227             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( iter2.hasNext() ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             final Phylogeny species0 = factory
6237                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6238                              new NHXParser() )[ 0 ];
6239             final Phylogeny gene1 = factory
6240                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6241                              new NHXParser() )[ 0 ];
6242             species0.setRooted( true );
6243             gene1.setRooted( true );
6244             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6245             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6246             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             final Phylogeny gene2 = factory
6262                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6263                              new NHXParser() )[ 0 ];
6264             gene2.setRooted( true );
6265             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6266             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             final Phylogeny species6 = factory
6282                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6283                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6284                              new NHXParser() )[ 0 ];
6285             final Phylogeny gene6 = factory
6286                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6287                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6288                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6289                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6290                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6291                              new NHXParser() )[ 0 ];
6292             species6.setRooted( true );
6293             gene6.setRooted( true );
6294             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6295             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             p6 = null;
6335             final Phylogeny species7 = factory
6336                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6337                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6338                              new NHXParser() )[ 0 ];
6339             final Phylogeny gene7 = factory
6340                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6341                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6342                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6343                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6344                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6345                              new NHXParser() )[ 0 ];
6346             species7.setRooted( true );
6347             gene7.setRooted( true );
6348             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6349             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             p7 = null;
6389             final Phylogeny species8 = factory
6390                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6391                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6392                              new NHXParser() )[ 0 ];
6393             final Phylogeny gene8 = factory
6394                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6395                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6396                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6397                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6398                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6399                              new NHXParser() )[ 0 ];
6400             species8.setRooted( true );
6401             gene8.setRooted( true );
6402             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6403             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             p8 = null;
6443         }
6444         catch ( final Exception e ) {
6445             e.printStackTrace( System.out );
6446             return false;
6447         }
6448         return true;
6449     }
6450
6451     private static boolean testSplit() {
6452         try {
6453             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6454             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6455             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6456             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6457             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6458             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6459             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6460             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6461             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6462             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6463             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6464             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6465             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6466             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6467             // System.out.println( s0.toString() );
6468             //
6469             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6470             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6472             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6478             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6483             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             //
6487             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6491             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             //
6495             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6500             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             //
6504             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6508             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6509             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             //
6513             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6517             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             //
6521             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6524             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             //
6528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6534             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             //
6538             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6542             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             //
6546             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6551             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             //
6555             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6558             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             //
6562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6567             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             //
6571             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6577             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             //
6581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6585             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             //
6589             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6592             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             //
6596             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6599             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             //
6603             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6606             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             //
6610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6613             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             //
6617             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6620             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             //
6624             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6627             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             //
6631             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6635             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             //
6639             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6643             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             //
6647             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6651             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             //
6655             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6660             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             /////////
6664             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6665             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6666             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6667             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6668             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6671             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6672             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6673             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6674             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6675             //                return false;
6676             //            }
6677             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6681             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6682             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6683             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6684             //                return false;
6685             //            }
6686             //            //
6687             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6688             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6689             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6690             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6691             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6692             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6693             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6694             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6695             //                return false;
6696             //            }
6697             //            //
6698             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6699             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6700             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6701             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6702             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6703             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6704             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6705             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6706             //                return false;
6707             //            }
6708             //            //
6709             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6710             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6711             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6712             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6713             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6714             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6715             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6716             //                return false;
6717             //            }
6718             //            //
6719             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6720             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6721             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6722             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6723             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6724             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6725             //                return false;
6726             //            }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6733             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             //
6737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6742             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             ///////////////////////////
6746             //
6747             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6752             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             //
6756             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6761             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             //
6765             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             //
6774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6779             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             //
6783             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6788             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             //
6792             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6796             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             //
6800             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6806             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             //
6810             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6816             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             //
6820             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6821             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6826             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             //
6830             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6837             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6838                 return false;
6839             }
6840         }
6841         catch ( final Exception e ) {
6842             e.printStackTrace();
6843             return false;
6844         }
6845         return true;
6846     }
6847
6848     private static boolean testSplitStrict() {
6849         try {
6850             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6851             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6852             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6853             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6854             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6855             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6856             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6857             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6858             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6859             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6860             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6861             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6862             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6864             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6868             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6869             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6870             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6871             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6875             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             //
6879             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6880             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6883             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6884                 return false;
6885             }
6886             //
6887             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6888             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6892             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             //
6896             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6898             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6899             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6900             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6901             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             //
6905             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6907             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6909             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             //
6913             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6916             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6926             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6934             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6943             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6950             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6959             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             //
6963             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6969             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             //
6973             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6977             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             //
6981             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6991             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             //
6995             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6998             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             //
7002             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7005             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             //
7009             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7012             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             //
7016             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7019             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             //
7023             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7027             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             //
7031             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7035             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             //
7039             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7043             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             //
7047             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7052             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7053                 return false;
7054             }
7055         }
7056         catch ( final Exception e ) {
7057             e.printStackTrace();
7058             return false;
7059         }
7060         return true;
7061     }
7062
7063     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7064         try {
7065             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7066             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7067             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7068             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             t1.toNewHampshireX();
7072             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7073             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             t1.toNewHampshireX();
7077             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7078             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             t1.toNewHampshireX();
7082             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7083             t1.toNewHampshireX();
7084             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7088             t1.toNewHampshireX();
7089             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7093             t1.toNewHampshireX();
7094             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7098             t1.toNewHampshireX();
7099             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7103             t1.toNewHampshireX();
7104             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7108             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !t1.isEmpty() ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7115             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7116             t2.toNewHampshireX();
7117             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7121             t2.toNewHampshireX();
7122             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7126             t2.toNewHampshireX();
7127             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7128                 return false;
7129             }
7130         }
7131         catch ( final Exception e ) {
7132             e.printStackTrace( System.out );
7133             return false;
7134         }
7135         return true;
7136     }
7137
7138     private static boolean testSupportCount() {
7139         try {
7140             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7141             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7142             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7143                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7144                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7145                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7146                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7147                                                               new NHXParser() );
7148             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7149             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7150             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7151                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7152                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7153                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7154                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7155                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7156                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7157                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7158                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7159                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7160                                                               new NHXParser() );
7161             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7162             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7163             while ( it.hasNext() ) {
7164                 final PhylogenyNode n = it.next();
7165                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7166                     return false;
7167                 }
7168             }
7169             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7170             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7171                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7172             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7173             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7174             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7205             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7206                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7207             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7208             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7209             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7240             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7241             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7242             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7246             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7247             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7248             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7252             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7253             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7254             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7258             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7259             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7260             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7261                 return false;
7262             }
7263         }
7264         catch ( final Exception e ) {
7265             e.printStackTrace( System.out );
7266             return false;
7267         }
7268         return true;
7269     }
7270
7271     private static boolean testSupportTransfer() {
7272         try {
7273             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7274             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7275                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7276             final Phylogeny p2 = factory
7277                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7278             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7285             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7286             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7308                 return false;
7309             }
7310         }
7311         catch ( final Exception e ) {
7312             e.printStackTrace( System.out );
7313             return false;
7314         }
7315         return true;
7316     }
7317
7318     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7319         try {
7320             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7321             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7322             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7323             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7324             s0.setRooted( true );
7325             g0.setRooted( true );
7326             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7327             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7331                 return false;
7332             }
7333             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7337             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7338             g0.setRooted( true );
7339             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7340             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7350             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7351             g0.setRooted( true );
7352             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7353             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7363             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7364             g0.setRooted( true );
7365             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7366             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7376             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7377             g0.setRooted( true );
7378             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7379             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7389             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7390             g0.setRooted( true );
7391             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7392             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7402             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7403             g0.setRooted( true );
7404             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7405             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7415                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7416                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7417                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7418             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7419             s0.setRooted( true );
7420             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7421                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7422                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7423                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7424             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7425             g0.setRooted( true );
7426             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7427             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7443                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7444                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7445                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7446             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7447             g0.setRooted( true );
7448             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7449             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7465                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7466                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7467                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7468             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7469             g0.setRooted( true );
7470             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7471             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7484                 return false;
7485             }
7486             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7487                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7488                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7489                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7490             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7491             g0.setRooted( true );
7492             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7493             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7500                 return false;
7501             }
7502             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7509             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7510             g0.setRooted( true );
7511             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7512             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7522             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7523             g0.setRooted( true );
7524             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7525             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7535                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7536                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7537                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7538             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7539             g0.setRooted( true );
7540             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7541             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7563                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7564                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7565                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7566             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7567             g0.setRooted( true );
7568             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7569             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7591                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7592                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7593                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7594             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7595             g0.setRooted( true );
7596             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7597             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7619                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7620                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7621                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7622             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7623             g0.setRooted( true );
7624             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7625             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7647                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7648                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7649                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7650             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7651             s0.setRooted( true );
7652             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7653                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7654                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7655                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7656             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7657             g0.setRooted( true );
7658             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7659             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7663                 return false;
7664             }
7665         }
7666         catch ( final Exception e ) {
7667             e.printStackTrace( System.out );
7668             return false;
7669         }
7670         return true;
7671     }
7672
7673     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7674         try {
7675             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7676                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7677             if ( results.size() != 1 ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             results = null;
7696             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7697             if ( results.size() != 1 ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             results = null;
7716             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7717             if ( results.size() != 1 ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             results = null;
7736             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7737             if ( results.size() != 1 ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7762                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7763                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7764                 return false;
7765             }
7766         }
7767         catch ( final IOException e ) {
7768             System.out.println();
7769             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7770             e.printStackTrace( System.out );
7771             return true;
7772         }
7773         catch ( final Exception e ) {
7774             return false;
7775         }
7776         return true;
7777     }
7778
7779     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7780         //The format for GenBank Accession numbers are:
7781         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7782         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7783         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7784         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7785             return false;
7786         }
7787         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7788             return false;
7789         }
7790         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7791             return false;
7792         }
7793         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7794             return false;
7795         }
7796         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7797             return false;
7798         }
7799         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7800             return false;
7801         }
7802         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7803             return false;
7804         }
7805         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7806             return false;
7807         }
7808         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7809             return false;
7810         }
7811         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7812             return false;
7813         }
7814         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7815             return false;
7816         }
7817         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7818             return false;
7819         }
7820         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7821             return false;
7822         }
7823         return true;
7824     }
7825
7826     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7827         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7828             return false;
7829         }
7830         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7831             return false;
7832         }
7833         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7834             return false;
7835         }
7836         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7837             return false;
7838         }
7839         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7840             return false;
7841         }
7842         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7843             return false;
7844         }
7845         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7846             return false;
7847         }
7848         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7849             return false;
7850         }
7851         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7852             return false;
7853         }
7854         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7855             return false;
7856         }
7857         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7858             return false;
7859         }
7860         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7861             return false;
7862         }
7863         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7864             return false;
7865         }
7866         try {
7867             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7868             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7881                 return false;
7882             }
7883         }
7884         catch ( final IOException e ) {
7885             System.out.println();
7886             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7887             e.printStackTrace( System.out );
7888             return true;
7889         }
7890         catch ( final Exception e ) {
7891             return false;
7892         }
7893         return true;
7894     }
7895
7896     private static boolean testWabiTxSearch() {
7897         try {
7898             String result = "";
7899             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7900             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7901             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7905             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7909             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7913             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7917             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7921             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7925             queries.add( "Campylobacter coli" );
7926             queries.add( "Escherichia coli" );
7927             queries.add( "Arabidopsis" );
7928             queries.add( "Trichoplax" );
7929             queries.add( "Samanea saman" );
7930             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7931             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7932             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7933             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7934             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7935             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7936             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7937             ranks.add( RANKS.GENUS );
7938             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7939             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7940             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7941             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7942         }
7943         catch ( final Exception e ) {
7944             System.out.println();
7945             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7946             e.printStackTrace( System.out );
7947             return false;
7948         }
7949         return true;
7950     }
7951
7952     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7953         try {
7954             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7955             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7956                 return false;
7957             }
7958             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7959                 return false;
7960             }
7961             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7968             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7972             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7976             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979         }
7980         catch ( final Exception e ) {
7981             e.printStackTrace();
7982             return false;
7983         }
7984         return true;
7985     }
7986
7987     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7988         try {
7989             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7990             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7991                 return false;
7992             }
7993             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7994                 return false;
7995             }
7996             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7997             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8001                 return false;
8002             }
8003         }
8004         catch ( final Exception e ) {
8005             e.printStackTrace();
8006             return false;
8007         }
8008         return true;
8009     }
8010
8011     private static boolean testFastaParser() {
8012         try {
8013             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8020             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8024                 return false;
8025             }
8026             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8030                 return false;
8031             }
8032             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8033                 return false;
8034             }
8035             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8036                 return false;
8037             }
8038         }
8039         catch ( final Exception e ) {
8040             e.printStackTrace();
8041             return false;
8042         }
8043         return true;
8044     }
8045
8046     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8047         try {
8048             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8049             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8050             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8051             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8052             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8053             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8054             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8055             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8056             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8057             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8067             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8077             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8078                 return false;
8079             }
8080             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086         }
8087         catch ( final Exception e ) {
8088             e.printStackTrace();
8089             return false;
8090         }
8091         return true;
8092     }
8093
8094     private static boolean testMafft() {
8095         try {
8096             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8097             opts.add( "--maxiterate" );
8098             opts.add( "1000" );
8099             opts.add( "--localpair" );
8100             opts.add( "--quiet" );
8101             Msa msa = null;
8102             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8103             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8104             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8105                 return false;
8106             }
8107         }
8108         catch ( final Exception e ) {
8109             e.printStackTrace( System.out );
8110             return false;
8111         }
8112         return true;
8113     }
8114
8115     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8116         try {
8117             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8118             PhylogenyNode n;
8119             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8120             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8121             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8122             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8123             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8124             n = t0.getFirstExternalNode();
8125             while ( n != null ) {
8126                 ext.add( n );
8127                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8128             }
8129             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             ext.clear();
8148             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8149             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8150             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8151             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8152             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8153             n = t1.getNode( "ab" );
8154             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8155             while ( n != null ) {
8156                 ext.add( n );
8157                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8158             }
8159             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8160                 return false;
8161             }
8162             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8163                 return false;
8164             }
8165             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             //
8175             //
8176             ext.clear();
8177             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8178             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8179             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8180             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8181             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8182             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8183             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8184             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8185             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8186             n = t2.getNode( "ab" );
8187             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8188             while ( n != null ) {
8189                 ext.add( n );
8190                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8191             }
8192             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             //
8205             //
8206             ext.clear();
8207             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8208             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8209             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8210             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8211             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8212             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8213             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8214             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8215             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8216             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8217             n = t3.getNode( "ab" );
8218             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8219             while ( n != null ) {
8220                 ext.add( n );
8221                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8222             }
8223             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             //
8233             //
8234             ext.clear();
8235             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8236             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8237             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8238             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8239             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8240             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8241             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8242             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8243             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8244             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8245             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8246             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8247             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             //
8251             //
8252             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8253             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8254             ext.clear();
8255             n = t5.getFirstExternalNode();
8256             while ( n != null ) {
8257                 ext.add( n );
8258                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8259             }
8260             if ( ext.size() != 8 ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8279                 return false;
8280             }
8281             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8285                 return false;
8286             }
8287             //
8288             //
8289             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8290             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8291             ext.clear();
8292             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8293             n = t6.getNode( "ab" );
8294             while ( n != null ) {
8295                 ext.add( n );
8296                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8297             }
8298             if ( ext.size() != 7 ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8317                 return false;
8318             }
8319             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8320                 return false;
8321             }
8322             //
8323             //
8324             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8325             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8326             ext.clear();
8327             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8328             n = t7.getNode( "a" );
8329             while ( n != null ) {
8330                 ext.add( n );
8331                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8332             }
8333             if ( ext.size() != 7 ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8337                 return false;
8338             }
8339             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8352                 return false;
8353             }
8354             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8355                 return false;
8356             }
8357             //
8358             //
8359             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8360             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8361             ext.clear();
8362             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8363             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8364             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8365             n = t8.getNode( "a" );
8366             while ( n != null ) {
8367                 ext.add( n );
8368                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8369             }
8370             if ( ext.size() != 7 ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8380                 System.out.println( "2 fail" );
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             //
8396             //
8397             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8398             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8399             ext.clear();
8400             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8401             n = t9.getNode( "a" );
8402             while ( n != null ) {
8403                 ext.add( n );
8404                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8405             }
8406             if ( ext.size() != 7 ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             //
8431             //
8432             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8433             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8434             ext.clear();
8435             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8436             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8437             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8438             n = t10.getNode( "a" );
8439             while ( n != null ) {
8440                 ext.add( n );
8441                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8442             }
8443             if ( ext.size() != 7 ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8453                 return false;
8454             }
8455             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8456                 return false;
8457             }
8458             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8459                 return false;
8460             }
8461             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8462                 return false;
8463             }
8464             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             //
8468             //
8469             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8470             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8471             ext.clear();
8472             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8473             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8474             n = t11.getNode( "a" );
8475             while ( n != null ) {
8476                 ext.add( n );
8477                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8478             }
8479             if ( ext.size() != 6 ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             //
8501             //
8502             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8503             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8504             ext.clear();
8505             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8506             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8507             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8508             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8509             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8510             n = t12.getNode( "a" );
8511             while ( n != null ) {
8512                 ext.add( n );
8513                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8514             }
8515             if ( ext.size() != 6 ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             //
8537             //
8538             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8539             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8540             ext.clear();
8541             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8542             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8543             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8544             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8545             n = t13.getNode( "ab" );
8546             while ( n != null ) {
8547                 ext.add( n );
8548                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8549             }
8550             if ( ext.size() != 5 ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             //
8569             //
8570             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8571             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8572             ext.clear();
8573             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8574             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8575             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8576             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8577             n = t14.getNode( "ab" );
8578             while ( n != null ) {
8579                 ext.add( n );
8580                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8581             }
8582             if ( ext.size() != 5 ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8595                 return false;
8596             }
8597             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             //
8601             //
8602             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8603             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8604             ext.clear();
8605             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8606             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8607             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8608             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8609             n = t15.getNode( "ab" );
8610             while ( n != null ) {
8611                 ext.add( n );
8612                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8613             }
8614             if ( ext.size() != 6 ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             //
8636             //
8637             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8638             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8639             ext.clear();
8640             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8641             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8642             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8643             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8644             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8645             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8646             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8647             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8648             n = t16.getNode( "ab" );
8649             while ( n != null ) {
8650                 ext.add( n );
8651                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8652             }
8653             if ( ext.size() != 4 ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668         }
8669         catch ( final Exception e ) {
8670             e.printStackTrace( System.out );
8671             return false;
8672         }
8673         return true;
8674     }
8675 }