forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  91 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  92 import org.forester.sequence.Sequence;
  93 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  94 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  95 import org.forester.tools.SupportCount;
  96 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  97 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  98 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.BasicTable;
 100 import org.forester.util.BasicTableParser;
 101 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.ForesterConstants;
 103 import org.forester.util.ForesterUtil;
 104 import org.forester.util.GeneralTable;
 105 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 106 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 108 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 113
 114 @SuppressWarnings( "unused")
 115 public final class Test {
 116
 117     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 118     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 125     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131
 132     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 133         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 134         return p;
 135     }
 136
 137     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 138         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 139         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 140     }
 141
 142     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 143         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 144     }
 145
 146     public static void main( final String[] args ) {
 147         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 148         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 149                 + "]" );
 150         Locale.setDefault( Locale.US );
 151         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 152         int failed = 0;
 153         int succeeded = 0;
 154         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 155         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 156             System.out.println( "OK.]" );
 157         }
 158         else {
 159             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 160             System.out.println( "Testing aborted." );
 161             System.exit( -1 );
 162         }
 163         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 164         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 165             System.out.println( "OK.]" );
 166         }
 167         else {
 168             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 169             System.out.println( "Testing aborted." );
 170             System.exit( -1 );
 171         }
 172         final long start_time = new Date().getTime();
 173         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 174         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 175             System.out.println( "OK." );
 176             succeeded++;
 177         }
 178         else {
 179             System.out.println( "failed." );
 180             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 202         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "NH parsing: " );
 211         if ( Test.testNHParsing() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing: " );
 229         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 238         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 247         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 274         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 292         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 310         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 319         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Copying of node data: " );
 337         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 346         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 373         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Re-id methods: " );
 382         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 391         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 400         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 409         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 418         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 427         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Rerooting: " );
 436         if ( Test.testRerooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 445         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support count: " );
 454         if ( Test.testSupportCount() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Support transfer: " );
 463         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 472         if ( Test.testGetLCA() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 481         if ( Test.testGetDistance() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "SDIse: " );
 490         if ( Test.testSDIse() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 499         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "GSDI: " );
 508         if ( TestGSDI.test() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 517         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 526         if ( Test.testDataObjects() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Properties map: " );
 535         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 544         System.out.println();
 545         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "GO: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "Modeling tools: " );
 574         if ( TestPccx.test() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 583         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Split Matrix: " );
 592         if ( Test.testSplit() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 601         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Basic table: " );
 610         if ( Test.testBasicTable() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "General table: " );
 619         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 628         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "General MSA parser: " );
 637         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 646         if ( Test.testFastaParser() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 655         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 664         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 673         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 682         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         //----
 691         String path = "";
 692         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 693         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 694             path = "/usr/local/bin/mafft";
 695         }
 696         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 697             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 698         }
 699         else {
 700             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 701         }
 702         if ( Mafft.isInstalled( path ) ) {
 703             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 704             if ( Test.testMafft() ) {
 705                 System.out.println( "OK." );
 706                 succeeded++;
 707             }
 708             else {
 709                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 710             }
 711         }
 712         //----
 713         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 714         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 715             System.out.println( "OK." );
 716             succeeded++;
 717         }
 718         else {
 719             System.out.println( "failed." );
 720             failed++;
 721         }
 722         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 723         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 724             System.out.println( "OK." );
 725             succeeded++;
 726         }
 727         else {
 728             System.out.println( "failed." );
 729             failed++;
 730         }
 731         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 732         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 733         //            System.out.println( "OK." );
 734         //            succeeded++;
 735         //        }
 736         //        else {
 737         //            System.out
 738         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 739         //        }
 740         System.out.println();
 741         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 742         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 743         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 744         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 745                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 746         System.out.println();
 747         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 748         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 749         System.out.println();
 750         if ( failed < 1 ) {
 751             System.out.println( "OK." );
 752         }
 753         else {
 754             System.out.println( "Not OK." );
 755         }
 756         // System.out.println();
 757         // Development.setTime( true );
 758         //try {
 759         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 760         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 761         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 762         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 763         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 764         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 765         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 766         // NHXParser() )[ 0 ];
 767         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 768         // }
 769         // catch ( final Exception e ) {
 770         //     e.printStackTrace();
 771         // }
 772         // t1.getRoot().preorderPrint();
 773         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 774         // .getInstance();
 775         // try {
 776         //
 777         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 778         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 779         // factory.create(
 780         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 781         // new NHXParser() );
 782         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 783         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 784         // factory.create(
 785         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 786         // new NHXParser() );
 787         //
 788         //
 789         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 790         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 791         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 792         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 793         // factory.create(
 794         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 795         // new NHXParser() );
 796         // factory.create(
 797         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 798         // new NHXParser() );
 799         //
 800         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 801         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 802         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 803         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 804         //
 805         // factory.create(
 806         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 807         // new NHXParser() );
 808         // factory.create(
 809         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 810         // new NHXParser() );
 811         //
 812         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 813         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 814         // factory.create(
 815         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 816         // new NHXParser() );
 817         //
 818         // }
 819         // catch ( IOException e ) {
 820         // // TODO Auto-generated catch block
 821         // e.printStackTrace();
 822         // }
 823     }
 824
 825     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 826         try {
 827             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 831             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 832                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 833             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 834                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 835             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 836                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 837             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !n3.isExternal() ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( !n3.isRoot() ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 856                 return false;
 857             }
 858         }
 859         catch ( final Exception e ) {
 860             e.printStackTrace( System.out );
 861             return false;
 862         }
 863         return true;
 864     }
 865
 866     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 867         try {
 868             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 869             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 870             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 871                                                               xml_parser );
 872             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 873                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 880             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 881             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 882             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 883             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !t1.isRooted() ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( t1.isRerootable() ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 917                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 921                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 949                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 962                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 966                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 970                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 974                     .equals( "experimental" ) ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 978                     .equals( "function" ) ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 982                     .getValue() != 1 ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 986                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 990                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 994                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 998                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1002                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1006                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1010                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1014                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1018                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1022                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1029                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1036             //     return false;
1037             //}
1038             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1063             //                    .equals( "B" ) ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1073             //                return false;
1074             //            }
1075             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1076             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1077             //                return false;
1078             //            }
1079             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1080             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1096             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1097             //                ;
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1119             //                return false;
1120             //            }
1121             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1122             //                                                              xml_parser );
1123             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1124             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1128             //                return false;
1129             //            }
1130             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1131             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1132             //                return false;
1133             //            }
1134             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1135             //                return false;
1136             //            }
1137             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1141             //                return false;
1142             //            }
1143         }
1144         catch ( final Exception e ) {
1145             e.printStackTrace( System.out );
1146             return false;
1147         }
1148         return true;
1149     }
1150
1151     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1152         try {
1153             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1154             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1155             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1156                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1157             }
1158             else {
1159                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1160             }
1161             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1162                                                               xml_parser );
1163             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1164                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1168                 return false;
1169             }
1170             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1171             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1172             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1176             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1189             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1190             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1191             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1204                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1208                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1212             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1213             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1214             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1215             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1219             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1235                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1245                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1249                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1253                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1257                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1261                     .equals( "experimental" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1265                     .equals( "function" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1269                     .getValue() != 1 ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1273                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1277                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1281                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1285                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1289                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1293                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1297                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1301                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1305                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1309                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1316                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1326                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1342                     .equals( "ncbi" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1349                     .getName().equals( "B" ) ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1353                     .getFrom() != 21 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1360                     .getLength() != 24 ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1364                     .getConfidence() != 2144 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1368                     .equals( "pfam" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1384             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1421                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1422                 ;
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             //
1447             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1451                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1458                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1468                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1469                 return false;
1470             }
1471         }
1472         catch ( final Exception e ) {
1473             e.printStackTrace( System.out );
1474             return false;
1475         }
1476         return true;
1477     }
1478
1479     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1480         try {
1481             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1482             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1483             try {
1484                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1485             }
1486             catch ( final Exception e ) {
1487                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1488             }
1489             if ( xml_parser == null ) {
1490                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1491                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1492                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1493                 }
1494                 else {
1495                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1496                 }
1497             }
1498             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1499                                                               xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1508             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1509             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1510             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1511             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1533             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1534             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1535                 System.out.println( "errors:" );
1536                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1543                                                               xml_parser );
1544             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1545                 System.out.println( "errors:" );
1546                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1556                                                               xml_parser );
1557             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1558                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1565             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1578                                                               xml_parser );
1579             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1580                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1581                 return false;
1582             }
1583             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1587             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             s.getNode( "first" );
1591             s.getNode( "<>" );
1592             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1593             s.getNode( "'''\"" );
1594             s.getNode( "\"\"\"" );
1595             s.getNode( "dick & doof" );
1596         }
1597         catch ( final Exception e ) {
1598             e.printStackTrace( System.out );
1599             return false;
1600         }
1601         return true;
1602     }
1603
1604     private static boolean testBasicTable() {
1605         try {
1606             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1607             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1614             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1615             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1616             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1617             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1618             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1619             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1620             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1621             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1652             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1653             source.append( "" + l );
1654             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1655             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1656             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1657             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1658             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1659             source.append( "40 41 42 43" + l );
1660             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1661             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1662             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1663             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1682             source1.append( "" + l );
1683             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1684             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1685             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1686             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1687             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1688             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1689             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1690             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1691             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1692             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1717             source2.append( "" + l );
1718             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1719             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1720             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1721             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1722             source2.append( "                     " + l );
1723             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1724             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1725             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1726             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1727             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1728                                                                         ";",
1729                                                                         false,
1730                                                                         "comment:",
1731                                                                         false );
1732             if ( tl.size() != 2 ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1736             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1737             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1753                 return false;
1754             }
1755         }
1756         catch ( final Exception e ) {
1757             e.printStackTrace( System.out );
1758             return false;
1759         }
1760         return true;
1761     }
1762
1763     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1764         try {
1765             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1766             final TolParser parser = new TolParser();
1767             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1768             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1769                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1776             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t1.isRooted() ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1795             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1796                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1803             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t2.isRooted() ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1825                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1829             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1830                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1837             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1850             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1851                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1858             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1871             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1872                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1879             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1889                 return false;
1890             }
1891         }
1892         catch ( final Exception e ) {
1893             e.printStackTrace( System.out );
1894             return false;
1895         }
1896         return true;
1897     }
1898
1899     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1900         try {
1901             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1902             final Phylogeny t1 = factory.create();
1903             if ( !t1.isEmpty() ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( t2.isEmpty() ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1920             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1930             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1931             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1941             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1942             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1949             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1950             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1954             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1955             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1959             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1960             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1964                 return false;
1965             }
1966             final char[] a9 = new char[] {};
1967             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1968             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1972             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1973             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1974                 return false;
1975             }
1976         }
1977         catch ( final Exception e ) {
1978             e.printStackTrace( System.out );
1979             return false;
1980         }
1981         return true;
1982     }
1983
1984     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1985         try {
1986             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1987             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1988             final Phylogeny[] ev0 = factory
1989                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1990                              new NHXParser() );
1991             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1992             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1996                 return false;
1997             }
1998             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1999             final Phylogeny[] ev1 = factory
2000                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2001                              new NHXParser() );
2002             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2003             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2010             final Phylogeny[] ev_b = factory
2011                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2012                              new NHXParser() );
2013             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2014             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2015             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2019                 return false;
2020             }
2021             //
2022             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2023             final Phylogeny[] ev1x = factory
2024                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2025                              new NHXParser() );
2026             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2027             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2031                 return false;
2032             }
2033             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2034             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2035                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2036                              new NHXParser() );
2037             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2038             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044             //
2045             final Phylogeny[] t2 = factory
2046                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2047                              new NHXParser() );
2048             final Phylogeny[] ev2 = factory
2049                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2050                              new NHXParser() );
2051             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2052                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2053             }
2054             //
2055             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2056                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2057             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2058             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2059             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068         }
2069         catch ( final Exception e ) {
2070             e.printStackTrace();
2071             return false;
2072         }
2073         return true;
2074     }
2075
2076     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2077         try {
2078             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2079                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2080             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2081             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084         }
2085         catch ( final Exception e ) {
2086             e.printStackTrace();
2087             return false;
2088         }
2089         return true;
2090     }
2091
2092     private static boolean testDataObjects() {
2093         try {
2094             final Confidence s0 = new Confidence();
2095             final Confidence s1 = new Confidence();
2096             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2100             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2101             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2108             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             s3.asSimpleText();
2112             s3.asText();
2113             // Taxonomy
2114             // ----------
2115             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2116             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2117             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2118             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2119             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2120             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2121             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2122             t1.setScientificName( "E. coli" );
2123             t1.setCommonName( "coli" );
2124             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2125             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2129             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2130             t2.setScientificName( "what" );
2131             t2.setCommonName( "something" );
2132             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2136             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             t1.setIdentifier( null );
2140             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2141             t3.setScientificName( "what" );
2142             t3.setCommonName( "something" );
2143             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             t1.setIdentifier( null );
2147             t1.setTaxonomyCode( "" );
2148             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2149             t4.setCommonName( "something" );
2150             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2154             t4.setCommonName( "something" );
2155             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             t1.setIdentifier( null );
2159             t1.setTaxonomyCode( "" );
2160             t1.setScientificName( "" );
2161             t5.setCommonName( "COLI" );
2162             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             t5.setCommonName( "vibrio" );
2166             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             // Identifier
2170             // ----------
2171             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2172             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2173             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             id1.asSimpleText();
2183             id1.asText();
2184             // ProteinDomain
2185             // ---------------
2186             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2187             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2188             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             pd1.asSimpleText();
2195             pd1.asText();
2196             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2197             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2198             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             pd3.asSimpleText();
2208             pd3.asText();
2209             // DomainArchitecture
2210             // ------------------
2211             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2212             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2213             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2214             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2215             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2216             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2217             domains0.add( d2 );
2218             domains0.add( d0 );
2219             domains0.add( d3 );
2220             domains0.add( d1 );
2221             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2222             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2226             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2236             domains1.add( d1 );
2237             domains1.add( d2 );
2238             domains1.add( d4 );
2239             domains1.add( d0 );
2240             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2241             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2242                 return false;
2243             }
2244             ds1.asSimpleText();
2245             ds1.asText();
2246             ds1.toNHX();
2247             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2248             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2249                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             // Event
2256             // -----
2257             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2258             if ( e1.isDuplication() ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e1.isFusion() ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2271             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2278             if ( e2.isDuplication() ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2297             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2301             if ( e3.isDuplication() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( e3.isSpeciation() ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2314             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2315             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             e3 = null;
2319             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2323             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2330             e4 = null;
2331             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2332             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             final Event e5 = new Event();
2339             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2349             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2356             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2363             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369         }
2370         catch ( final Exception e ) {
2371             e.printStackTrace( System.out );
2372             return false;
2373         }
2374         return true;
2375     }
2376
2377     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2378         try {
2379             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2380             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2381             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2382             if ( t0.isEmpty() ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2389             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !t0.isEmpty() ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2396             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2400             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2407             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2411             if ( !t1.isEmpty() ) {
2412                 return false;
2413             }
2414             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2416                 return false;
2417             }
2418             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2419             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             t2.toNewHampshireX();
2423             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2424             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2428             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2432             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2440             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             n = t3.getNode( "A" );
2444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             n = n.getNextExternalNode();
2448             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2452             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             n = t3.getNode( "C" );
2456             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2460             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2461                 return false;
2462             }
2463             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2464             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2472             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2476             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2480             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2484             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             n = t4.getNode( "A" );
2488             n = n.getNextExternalNode();
2489             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             n = n.getNextExternalNode();
2493             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2497             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2501             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2502             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2506             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2510             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2511             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2515             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2519             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2520             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2524             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2528             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2529             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2533             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2537             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2538             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2542             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2546             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2547             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2551             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2555             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2556             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2560             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2564             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2568             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2572             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2573             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2577             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2581             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2585             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2589             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2593             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2597             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2601             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2602                 return false;
2603             }
2604             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2605             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2609             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2613             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2617             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2621             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2625             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2629             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2630             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2634             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2638             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2639             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2643             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2660             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2664             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2668             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2669                 return false;
2670             }
2671         }
2672         catch ( final Exception e ) {
2673             e.printStackTrace( System.out );
2674             return false;
2675         }
2676         return true;
2677     }
2678
2679     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2680         try {
2681             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2682             dss1.addValue( 82 );
2683             dss1.addValue( 78 );
2684             dss1.addValue( 70 );
2685             dss1.addValue( 58 );
2686             dss1.addValue( 42 );
2687             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             dss1.addValue( 123 );
2724             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2734             dss2.addValue( -1.85 );
2735             dss2.addValue( 57.5 );
2736             dss2.addValue( 92.78 );
2737             dss2.addValue( 57.78 );
2738             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2745             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             dss2.addValue( -100 );
2749             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             final double[] ds = new double[ 14 ];
2756             ds[ 0 ] = 34;
2757             ds[ 1 ] = 23;
2758             ds[ 2 ] = 1;
2759             ds[ 3 ] = 32;
2760             ds[ 4 ] = 11;
2761             ds[ 5 ] = 2;
2762             ds[ 6 ] = 12;
2763             ds[ 7 ] = 33;
2764             ds[ 8 ] = 13;
2765             ds[ 9 ] = 22;
2766             ds[ 10 ] = 21;
2767             ds[ 11 ] = 35;
2768             ds[ 12 ] = 24;
2769             ds[ 13 ] = 31;
2770             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2771             if ( bins.length != 4 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2787             ds1[ 0 ] = 10.0;
2788             ds1[ 1 ] = 19.0;
2789             ds1[ 2 ] = 9.999;
2790             ds1[ 3 ] = 0.0;
2791             ds1[ 4 ] = 39.9;
2792             ds1[ 5 ] = 39.999;
2793             ds1[ 6 ] = 30.0;
2794             ds1[ 7 ] = 19.999;
2795             ds1[ 8 ] = 30.1;
2796             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2797             if ( bins1.length != 4 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2813             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2826             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2839             dss3.addValue( 1 );
2840             dss3.addValue( 1 );
2841             dss3.addValue( 1 );
2842             dss3.addValue( 2 );
2843             dss3.addValue( 3 );
2844             dss3.addValue( 4 );
2845             dss3.addValue( 5 );
2846             dss3.addValue( 5 );
2847             dss3.addValue( 5 );
2848             dss3.addValue( 6 );
2849             dss3.addValue( 7 );
2850             dss3.addValue( 8 );
2851             dss3.addValue( 9 );
2852             dss3.addValue( 10 );
2853             dss3.addValue( 10 );
2854             dss3.addValue( 10 );
2855             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2856             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2857             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2858         }
2859         catch ( final Exception e ) {
2860             e.printStackTrace( System.out );
2861             return false;
2862         }
2863         return true;
2864     }
2865
2866     private static boolean testDir( final String file ) {
2867         try {
2868             final File f = new File( file );
2869             if ( !f.exists() ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( !f.isDirectory() ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             if ( !f.canRead() ) {
2876                 return false;
2877             }
2878         }
2879         catch ( final Exception e ) {
2880             return false;
2881         }
2882         return true;
2883     }
2884
2885     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2886         try {
2887             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2888             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2889             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2890             n = n.getNextExternalNode();
2891             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             n = n.getNextExternalNode();
2895             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2896                 return false;
2897             }
2898             n = n.getNextExternalNode();
2899             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2900                 return false;
2901             }
2902             n = t1.getNode( "B" );
2903             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2904                 n = n.getNextExternalNode();
2905             }
2906             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2907             n = t2.getNode( "A" );
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = n.getNextExternalNode();
2917             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             n = t2.getNode( "B" );
2921             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2922                 n = n.getNextExternalNode();
2923             }
2924             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2925             n = t3.getNode( "A" );
2926             n = n.getNextExternalNode();
2927             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             n = n.getNextExternalNode();
2931             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             n = n.getNextExternalNode();
2935             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             n = n.getNextExternalNode();
2939             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2940                 return false;
2941             }
2942             n = n.getNextExternalNode();
2943             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             n = n.getNextExternalNode();
2947             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2948                 return false;
2949             }
2950             n = n.getNextExternalNode();
2951             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             n = t3.getNode( "B" );
2955             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2956                 n = n.getNextExternalNode();
2957             }
2958             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2959             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2960                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2961             }
2962             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2963             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2964                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2965             }
2966         }
2967         catch ( final Exception e ) {
2968             e.printStackTrace( System.out );
2969             return false;
2970         }
2971         return true;
2972     }
2973
2974     private static boolean testGeneralTable() {
2975         try {
2976             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2977             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2978             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2979             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2980             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2981             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2982             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2983             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2984             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2985             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3013             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3014             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3015             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3016             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3017             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3018             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3019             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3020             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3021             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3022             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052         }
3053         catch ( final Exception e ) {
3054             e.printStackTrace( System.out );
3055             return false;
3056         }
3057         return true;
3058     }
3059
3060     private static boolean testGetDistance() {
3061         try {
3062             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3063             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3064                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3065             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3160                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3192                 return false;
3193             }
3194         }
3195         catch ( final Exception e ) {
3196             e.printStackTrace( System.out );
3197             return false;
3198         }
3199         return true;
3200     }
3201
3202     private static boolean testGetLCA() {
3203         try {
3204             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3205             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3206                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3207             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3208             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3209             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3213             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3217             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3221             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3225             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3229             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3233             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3237             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3241             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3245             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3249             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3253             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3257             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3261             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3265             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3269             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3273             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3277             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3281             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3285             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3289             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3293             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3297             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3301             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3302             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3306             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3310             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3314             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3318             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3322             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3326             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3330             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final Phylogeny p3 = factory
3334                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3335                              new NHXParser() )[ 0 ];
3336             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3337             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3341             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3345             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3349             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3353             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3360             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             if ( !al_3.isRoot() ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3367             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3374             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3381             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3385             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3386             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3390             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3391             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3395             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3396             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3400             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3401             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3402                 return false;
3403             }
3404         }
3405         catch ( final Exception e ) {
3406             e.printStackTrace( System.out );
3407             return false;
3408         }
3409         return true;
3410     }
3411
3412     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3413         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3414         try {
3415             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3416                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3417             parser1.parse();
3418             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3419                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3420             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3421             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( proteins.size() != 4 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3437             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3444             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3451             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3455             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485         }
3486         catch ( final Exception e ) {
3487             e.printStackTrace( System.out );
3488             return false;
3489         }
3490         return true;
3491     }
3492
3493     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3494         try {
3495             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3496             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3497             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3498             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3499             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3503             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3504                 return false;
3505             }
3506             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3507             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3511             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3512                 return false;
3513             }
3514         }
3515         catch ( final Exception e ) {
3516             e.printStackTrace( System.out );
3517             return false;
3518         }
3519         return true;
3520     }
3521
3522     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3523         try {
3524             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3525             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3526             PhylogenyNodeIterator it0;
3527             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3528                 it0.next();
3529             }
3530             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3531                 it0.next();
3532             }
3533             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3534             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( it.hasNext() ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3559                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3560             PhylogenyNodeIterator it2;
3561             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3562                 it2.next();
3563             }
3564             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3565                 it2.next();
3566             }
3567             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( it3.hasNext() ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3647             PhylogenyNodeIterator it4;
3648             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3649                 it4.next();
3650             }
3651             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3652                 it4.next();
3653             }
3654             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3655             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3671             PhylogenyNodeIterator it6;
3672             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3673                 it6.next();
3674             }
3675             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3676                 it6.next();
3677             }
3678             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3679             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             if ( it.hasNext() ) {
3683                 return false;
3684             }
3685         }
3686         catch ( final Exception e ) {
3687             e.printStackTrace( System.out );
3688             return false;
3689         }
3690         return true;
3691     }
3692
3693     private static boolean testMidpointrooting() {
3694         try {
3695             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3696             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3697                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3698             if ( !t1.isRooted() ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3721             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740         }
3741         catch ( final Exception e ) {
3742             e.printStackTrace( System.out );
3743             return false;
3744         }
3745         return true;
3746     }
3747
3748     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3749         try {
3750             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3751             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3752             parser.parse();
3753             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3754             if ( labels.length != 7 ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3779             parser.parse();
3780             labels = parser.getCharStateLabels();
3781             if ( labels.length != 7 ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805         }
3806         catch ( final Exception e ) {
3807             e.printStackTrace( System.out );
3808             return false;
3809         }
3810         return true;
3811     }
3812
3813     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3814         try {
3815             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3816             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3817             parser.parse();
3818             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3819             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             //            if ( labels.length != 7 ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3850             //                return false;
3851             //            }
3852             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3859             //                return false;
3860             //            }
3861             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3871             //            parser.parse();
3872             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3873             //            if ( labels.length != 7 ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3886             //                return false;
3887             //            }
3888             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3889             //                return false;
3890             //            }
3891             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3892             //                return false;
3893             //            }
3894             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3895             //                return false;
3896             //            }
3897         }
3898         catch ( final Exception e ) {
3899             e.printStackTrace( System.out );
3900             return false;
3901         }
3902         return true;
3903     }
3904
3905     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3906         try {
3907             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3908             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3909             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3910             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             phylogenies = null;
3920             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3921             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             phylogenies = null;
3931             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3932             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             phylogenies = null;
3945             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3946             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4067                 return false;
4068             }
4069         }
4070         catch ( final Exception e ) {
4071             e.printStackTrace( System.out );
4072             return false;
4073         }
4074         return true;
4075     }
4076
4077     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4078         try {
4079             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4080             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4081             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4082             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4098                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             phylogenies = null;
4102             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4103             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4122                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4141                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4160                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             phylogenies = null;
4164             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4165             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4184                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4203                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4222                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225         }
4226         catch ( final Exception e ) {
4227             e.printStackTrace( System.out );
4228             return false;
4229         }
4230         return true;
4231     }
4232
4233     private static boolean testNHParsing() {
4234         try {
4235             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4236             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4237             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4241             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4242             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4243             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4244             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             final Phylogeny p1b = factory
4251                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4252                              new NHXParser() )[ 0 ];
4253             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4260             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4261             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4262             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4263             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4264             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4265             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4266             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4267             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4268             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4269             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4270                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4271                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4272                                                     new NHXParser() );
4273             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4286             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4287             final String p16_S = "((A,B),C)";
4288             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4289             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4293             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4294             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4298             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4299             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4303             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4304             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4308             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4309             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4313             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4314             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4318             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4319             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4323             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4324             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4328             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4329             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4333             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4334             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4335             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4342                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4343                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4344                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4345                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4346                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4347                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4348                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4349             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4350             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             final String p26_S = "(A,B)ab";
4354             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4355             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4359             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4360                                                     new NHXParser() );
4361             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4365             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4366             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4367             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4368             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4369                                                     new NHXParser() );
4370             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4383             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4384             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4388             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4389             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4393             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4394             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             final String p33_S = "A";
4398             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4399             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             final String p34_S = "B;";
4403             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4404             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             final String p35_S = "B:0.2";
4408             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4409             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             final String p36_S = "(A)";
4413             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4414             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             final String p37_S = "((A))";
4418             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4419             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4423             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4424             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4428             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4429             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             final String p40_S = "(A,B,C)";
4433             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4434             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4438             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4439             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4443             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4444             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4448             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4449             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4453             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4454             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4458             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4459             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             final String p46_S = "";
4463             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4464             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4468             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4472             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             final Phylogeny p49 = factory
4476                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4477                              new NHXParser() )[ 0 ];
4478             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4482             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4486                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4493                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4497             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4501             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             final Phylogeny p53 = factory
4505                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4506                              new NHXParser() )[ 0 ];
4507             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             //
4511             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4512             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4516                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4517                 return false;
4518             }
4519         }
4520         catch ( final Exception e ) {
4521             e.printStackTrace( System.out );
4522             return false;
4523         }
4524         return true;
4525     }
4526
4527     private static boolean testNHXconversion() {
4528         try {
4529             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4530             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4531             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4532             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4533             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4534                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4535             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4536                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4537             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( !n5.toNewHampshireX()
4550                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556         }
4557         catch ( final Exception e ) {
4558             e.printStackTrace( System.out );
4559             return false;
4560         }
4561         return true;
4562     }
4563
4564     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4565         try {
4566             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4567             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4568             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4569             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4570             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4571                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4572             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( n3.isDuplication() ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( !n5.isDuplication() ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4618                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4619                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4620             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4627                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4628                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4629             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4636                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4637             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4641                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4642             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4649                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4650             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4657                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4658             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4665                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4666             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4673                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4674             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4681                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4682             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4689                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4690             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4697                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4698             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4705                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4706             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4713                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4714             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4721                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4722                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4723             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4730                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4731                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4732             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4739                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4740                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4741             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4748                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4749                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4750             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4757                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4758             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4765                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4766             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4770                 return false;
4771             }
4772             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4773                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4774             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4781                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4782             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4789                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4790                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4791             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4801                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4802                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4803             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4813                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4814             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4821                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4822             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4829             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4830             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4873                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4874             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4899             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4903             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4907                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4908                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4909             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4916                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4917                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4918             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4925                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4926                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4927             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4937                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4938                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4939             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4949                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4950                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4951             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4958                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4959             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968         }
4969         catch ( final Exception e ) {
4970             e.printStackTrace( System.out );
4971             return false;
4972         }
4973         return true;
4974     }
4975
4976     private static boolean testNHXParsing() {
4977         try {
4978             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4979             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4980             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4984             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4985             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4989             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4990             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final Phylogeny[] p3 = factory
4994                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4995                              new NHXParser() );
4996             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             final Phylogeny[] p4 = factory
5000                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5001                              new NHXParser() );
5002             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final Phylogeny[] p5 = factory
5006                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5007                              new NHXParser() );
5008             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5012             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5013             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5014             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5018             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5019             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5020             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5024             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5025             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5026             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5030             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             final Phylogeny p10 = factory
5034                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5035                              new NHXParser() )[ 0 ];
5036             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039         }
5040         catch ( final Exception e ) {
5041             e.printStackTrace( System.out );
5042             return false;
5043         }
5044         return true;
5045     }
5046
5047     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5048         try {
5049             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5050             final NHXParser p = new NHXParser();
5051             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5052             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5056             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5066                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5085             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5086             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5087             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5091             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5092             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5093             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5097             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5098             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5099             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5103             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5104             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5105             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             final Phylogeny p10 = factory
5109                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5110                              new NHXParser() )[ 0 ];
5111             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5112             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5116             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             //
5120             final Phylogeny p12 = factory
5121                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5122                              new NHXParser() )[ 0 ];
5123             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5124             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5128             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5132             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5136             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139         }
5140         catch ( final Exception e ) {
5141             e.printStackTrace( System.out );
5142             return false;
5143         }
5144         return true;
5145     }
5146
5147     private static boolean testNHXParsingMB() {
5148         try {
5149             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5150             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5151                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5152                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5153                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5154                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5155                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5156                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5157                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5158                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5159             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5166                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             final Phylogeny p2 = factory
5176                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5177                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5178                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5179                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5180                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5181                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5182                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5183                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5184                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5185                              new NHXParser() )[ 0 ];
5186             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5190                 return false;
5191             }
5192         }
5193         catch ( final Exception e ) {
5194             e.printStackTrace( System.out );
5195             System.exit( -1 );
5196             return false;
5197         }
5198         return true;
5199     }
5200
5201     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5202         try {
5203             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5204             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5205             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5206             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5207             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5217             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5218             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5219             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5226             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235         }
5236         catch ( final Exception e ) {
5237             e.printStackTrace( System.out );
5238             return false;
5239         }
5240         return true;
5241     }
5242
5243     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5244         try {
5245             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5246             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5247             try {
5248                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5249             }
5250             catch ( final Exception e ) {
5251                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5252             }
5253             if ( xml_parser == null ) {
5254                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5255                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5256                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5257                 }
5258                 else {
5259                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5260                 }
5261             }
5262             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5263                                                               xml_parser );
5264             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5265                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5272             PhylogenyNode n = null;
5273             Distribution d = null;
5274             n = t1.getNode( "root node" );
5275             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             d = n.getNodeData().getDistribution();
5282             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( d.getPolygons() != null ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             n = t1.getNode( "node a" );
5307             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5314             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( d.getPolygons() != null ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             n = t1.getNode( "node bb" );
5339             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5346             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5371             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5375                 return false;
5376             }
5377             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5378                 return false;
5379             }
5380             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             p = d.getPolygons().get( 1 );
5393             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5394                 return false;
5395             }
5396             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5397                 return false;
5398             }
5399             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             // Roundtrip:
5406             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5407             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5408             if ( rt.length != 1 ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5412             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5413             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             d = n.getNodeData().getDistribution();
5420             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( d.getPolygons() != null ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5445             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5452             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             if ( d.getPolygons() != null ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5477             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5484             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             p = d.getPolygons().get( 0 );
5509             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             p = d.getPolygons().get( 1 );
5531             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543         }
5544         catch ( final Exception e ) {
5545             e.printStackTrace( System.out );
5546             return false;
5547         }
5548         return true;
5549     }
5550
5551     private static boolean testPostOrderIterator() {
5552         try {
5553             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5554             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5555             PhylogenyNodeIterator it0;
5556             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5557                 it0.next();
5558             }
5559             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5560                 it0.next();
5561             }
5562             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5563             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5564             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( it.hasNext() ) {
5610                 return false;
5611             }
5612         }
5613         catch ( final Exception e ) {
5614             e.printStackTrace( System.out );
5615             return false;
5616         }
5617         return true;
5618     }
5619
5620     private static boolean testPreOrderIterator() {
5621         try {
5622             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5623             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5624             PhylogenyNodeIterator it0;
5625             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5626                 it0.next();
5627             }
5628             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5629                 it0.next();
5630             }
5631             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5632             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( it.hasNext() ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5657             it = t1.iteratorPreorder();
5658             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5698                 return false;
5699             }
5700             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             if ( it.hasNext() ) {
5704                 return false;
5705             }
5706         }
5707         catch ( final Exception e ) {
5708             e.printStackTrace( System.out );
5709             return false;
5710         }
5711         return true;
5712     }
5713
5714     private static boolean testPropertiesMap() {
5715         try {
5716             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5717             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5718             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5719             final Property p2 = new Property( "something:else",
5720                                               "?",
5721                                               "improbable:research",
5722                                               "xsd:decimal",
5723                                               AppliesTo.NODE );
5724             pm.addProperty( p0 );
5725             pm.addProperty( p1 );
5726             pm.addProperty( p2 );
5727             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5746             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5753                 return false;
5754             }
5755         }
5756         catch ( final Exception e ) {
5757             e.printStackTrace( System.out );
5758             return false;
5759         }
5760         return true;
5761     }
5762
5763     private static boolean testReIdMethods() {
5764         try {
5765             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5766             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5767             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5768             p.levelOrderReID();
5769             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5812                 return false;
5813             }
5814         }
5815         catch ( final Exception e ) {
5816             e.printStackTrace( System.out );
5817             return false;
5818         }
5819         return true;
5820     }
5821
5822     private static boolean testRerooting() {
5823         try {
5824             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5825             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5826                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5827             if ( !t1.isRooted() ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5847             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5848             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5849             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5850             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5851             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5852             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5853             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5854             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5855             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5856             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5857             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5858             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5877                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5912             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5913             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5914             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5916             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5917             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5919             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5920             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5921             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5922             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5923             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5930             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5937             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5947             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5957             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5964             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5965                 return false;
5966             }
5967             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5968                 return false;
5969             }
5970             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5971                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5972             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5973             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5983             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5993             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002         }
6003         catch ( final Exception e ) {
6004             e.printStackTrace( System.out );
6005             return false;
6006         }
6007         return true;
6008     }
6009
6010     private static boolean testSDIse() {
6011         try {
6012             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6013             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6014             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6015             gene1.setRooted( true );
6016             species1.setRooted( true );
6017             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6018             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             final Phylogeny species2 = factory
6022                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6023                              new NHXParser() )[ 0 ];
6024             final Phylogeny gene2 = factory
6025                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6026                              new NHXParser() )[ 0 ];
6027             species2.setRooted( true );
6028             gene2.setRooted( true );
6029             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6030             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             final Phylogeny species3 = factory
6052                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6053                              new NHXParser() )[ 0 ];
6054             final Phylogeny gene3 = factory
6055                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6056                              new NHXParser() )[ 0 ];
6057             species3.setRooted( true );
6058             gene3.setRooted( true );
6059             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6060             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             final Phylogeny species4 = factory
6070                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6071                              new NHXParser() )[ 0 ];
6072             final Phylogeny gene4 = factory
6073                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6074                              new NHXParser() )[ 0 ];
6075             species4.setRooted( true );
6076             gene4.setRooted( true );
6077             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6078             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             final Phylogeny species5 = factory
6097                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6098                              new NHXParser() )[ 0 ];
6099             final Phylogeny gene5 = factory
6100                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6101                              new NHXParser() )[ 0 ];
6102             species5.setRooted( true );
6103             gene5.setRooted( true );
6104             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6105             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6124             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6125             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6126             final Phylogeny species6 = factory
6127                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6128                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6129                              new NHXParser() )[ 0 ];
6130             final Phylogeny gene6 = factory
6131                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6132                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6133                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6134                              new NHXParser() )[ 0 ];
6135             species6.setRooted( true );
6136             gene6.setRooted( true );
6137             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6138             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             sdi6.computeMappingCostL();
6166             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6176                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6177                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6178                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6179                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6180             species7.setRooted( true );
6181             final Phylogeny gene7_1 = Test
6182                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6183             gene7_1.setRooted( true );
6184             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6185             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             final Phylogeny gene7_2 = Test
6213                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6214             gene7_2.setRooted( true );
6215             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6216             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6244                 return false;
6245             }
6246         }
6247         catch ( final Exception e ) {
6248             return false;
6249         }
6250         return true;
6251     }
6252
6253     private static boolean testSDIunrooted() {
6254         try {
6255             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6256             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6257             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6258             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6259             PhylogenyBranch br = iter.next();
6260             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             br = iter.next();
6267             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             br = iter.next();
6274             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             br = iter.next();
6281             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             br = iter.next();
6288             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             br = iter.next();
6295             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             br = iter.next();
6302             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             br = iter.next();
6309             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             br = iter.next();
6316             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             br = iter.next();
6323             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             br = iter.next();
6330             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             br = iter.next();
6337             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             br = iter.next();
6344             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             br = iter.next();
6351             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             br = iter.next();
6358             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( iter.hasNext() ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6368             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6369             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6370             br = iter1.next();
6371             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             br = iter1.next();
6378             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             br = iter1.next();
6385             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( iter1.hasNext() ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6395             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6396             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6397             br = iter2.next();
6398             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             br = iter2.next();
6405             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             br = iter2.next();
6412             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( iter2.hasNext() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             final Phylogeny species0 = factory
6422                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6423                              new NHXParser() )[ 0 ];
6424             final Phylogeny gene1 = factory
6425                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6426                              new NHXParser() )[ 0 ];
6427             species0.setRooted( true );
6428             gene1.setRooted( true );
6429             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6430             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6431             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             final Phylogeny gene2 = factory
6447                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6448                              new NHXParser() )[ 0 ];
6449             gene2.setRooted( true );
6450             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6451             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             final Phylogeny species6 = factory
6467                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6468                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6469                              new NHXParser() )[ 0 ];
6470             final Phylogeny gene6 = factory
6471                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6472                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6473                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6474                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6475                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6476                              new NHXParser() )[ 0 ];
6477             species6.setRooted( true );
6478             gene6.setRooted( true );
6479             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6480             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             p6 = null;
6520             final Phylogeny species7 = factory
6521                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6522                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6523                              new NHXParser() )[ 0 ];
6524             final Phylogeny gene7 = factory
6525                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6526                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6527                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6528                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6529                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6530                              new NHXParser() )[ 0 ];
6531             species7.setRooted( true );
6532             gene7.setRooted( true );
6533             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6534             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             p7 = null;
6574             final Phylogeny species8 = factory
6575                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6576                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6577                              new NHXParser() )[ 0 ];
6578             final Phylogeny gene8 = factory
6579                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6580                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6581                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6582                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6583                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6584                              new NHXParser() )[ 0 ];
6585             species8.setRooted( true );
6586             gene8.setRooted( true );
6587             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6588             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             p8 = null;
6628         }
6629         catch ( final Exception e ) {
6630             e.printStackTrace( System.out );
6631             return false;
6632         }
6633         return true;
6634     }
6635
6636     private static boolean testSplit() {
6637         try {
6638             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6639             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6640             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6641             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6642             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6643             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6644             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6645             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6646             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6647             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6648             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6649             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6650             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6651             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6652             // System.out.println( s0.toString() );
6653             //
6654             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6657             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6668             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             //
6672             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6676             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             //
6680             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6685             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             //
6689             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6694             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             //
6698             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6702             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             //
6706             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6709             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6710                 return false;
6711             }
6712             //
6713             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6715             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6716             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6719             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             //
6723             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6727             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             //
6731             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6736             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             //
6740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6743             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             //
6747             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6752             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             //
6756             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6762             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             //
6766             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             //
6774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6777             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             //
6781             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6784             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             //
6788             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             //
6795             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6798             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             //
6802             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6805             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //
6809             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6812             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             //
6816             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6819             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6820             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             //
6824             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6828             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             //
6832             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6836             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6837                 return false;
6838             }
6839             //
6840             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6841             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6842             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6843             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6845             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             /////////
6849             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6850             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6859             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6860             //                return false;
6861             //            }
6862             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6868             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6869             //                return false;
6870             //            }
6871             //            //
6872             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6878             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6879             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6880             //                return false;
6881             //            }
6882             //            //
6883             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6887             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6888             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6889             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6890             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6891             //                return false;
6892             //            }
6893             //            //
6894             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6896             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6897             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6898             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6899             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6900             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6901             //                return false;
6902             //            }
6903             //            //
6904             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6905             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6906             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6907             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6908             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6909             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6910             //                return false;
6911             //            }
6912             //
6913             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6917             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6918             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6919                 return false;
6920             }
6921             //
6922             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6927             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             ///////////////////////////
6931             //
6932             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6935             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6937             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             //
6941             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6943             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6944             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6945             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6946             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             //
6950             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6952             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6953             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6955             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             //
6959             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6961             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6964             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             //
6968             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6973             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             //
6977             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6981             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             //
6985             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6991             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             //
6995             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7001             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             //
7005             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7011             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             //
7015             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7020             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7022             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025         }
7026         catch ( final Exception e ) {
7027             e.printStackTrace();
7028             return false;
7029         }
7030         return true;
7031     }
7032
7033     private static boolean testSplitStrict() {
7034         try {
7035             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7036             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7037             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7038             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7039             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7040             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7041             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7042             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7043             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7044             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7045             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7046             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7049             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7060             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7061                 return false;
7062             }
7063             //
7064             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7068             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             //
7072             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7074             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7077             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             //
7081             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7086             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             //
7090             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7094             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             //
7098             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7101             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             //
7105             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7108             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7111             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             //
7115             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7116             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7117             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7119             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             //
7123             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7125             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7126             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7128             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             //
7132             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7134             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7135             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             //
7139             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7144             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7145                 return false;
7146             }
7147             //
7148             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7154             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7155                 return false;
7156             }
7157             //
7158             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7159             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7162             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             //
7166             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7169             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             //
7173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7176             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             //
7180             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7183             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             //
7187             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7190             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             //
7194             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7197             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7198                 return false;
7199             }
7200             //
7201             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7204             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             //
7208             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7212             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             //
7216             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7220             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             //
7224             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7228             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             //
7232             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7237             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7238                 return false;
7239             }
7240         }
7241         catch ( final Exception e ) {
7242             e.printStackTrace();
7243             return false;
7244         }
7245         return true;
7246     }
7247
7248     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7249         try {
7250             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7251             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7252             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7253             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             t1.toNewHampshireX();
7257             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7258             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             t1.toNewHampshireX();
7262             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7263             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             t1.toNewHampshireX();
7267             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7268             t1.toNewHampshireX();
7269             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7273             t1.toNewHampshireX();
7274             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7275                 return false;
7276             }
7277             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7278             t1.toNewHampshireX();
7279             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7283             t1.toNewHampshireX();
7284             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7288             t1.toNewHampshireX();
7289             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7293             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             if ( !t1.isEmpty() ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7300             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7301             t2.toNewHampshireX();
7302             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7306             t2.toNewHampshireX();
7307             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7311             t2.toNewHampshireX();
7312             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7313                 return false;
7314             }
7315         }
7316         catch ( final Exception e ) {
7317             e.printStackTrace( System.out );
7318             return false;
7319         }
7320         return true;
7321     }
7322
7323     private static boolean testSupportCount() {
7324         try {
7325             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7326             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7327             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7328                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7329                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7330                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7331                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7332                                                               new NHXParser() );
7333             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7334             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7335             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7336                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7337                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7338                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7339                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7340                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7341                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7342                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7343                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7344                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7345                                                               new NHXParser() );
7346             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7347             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7348             while ( it.hasNext() ) {
7349                 final PhylogenyNode n = it.next();
7350                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7351                     return false;
7352                 }
7353             }
7354             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7355             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7356                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7357             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7358             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7359             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7390             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7391                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7392             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7393             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7394             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7425             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7426             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7427             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7432             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7433             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7437             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7438             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7439             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7443             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7444             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7445             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7446                 return false;
7447             }
7448         }
7449         catch ( final Exception e ) {
7450             e.printStackTrace( System.out );
7451             return false;
7452         }
7453         return true;
7454     }
7455
7456     private static boolean testSupportTransfer() {
7457         try {
7458             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7459             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7460                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7461             final Phylogeny p2 = factory
7462                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7463             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7470             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7471             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7484                 return false;
7485             }
7486             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7490                 return false;
7491             }
7492             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7493                 return false;
7494             }
7495         }
7496         catch ( final Exception e ) {
7497             e.printStackTrace( System.out );
7498             return false;
7499         }
7500         return true;
7501     }
7502
7503     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7504         try {
7505             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7506                                                                                                  10 );
7507             if ( results.size() != 1 ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             results = null;
7526             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7527             if ( results.size() != 1 ) {
7528                 return false;
7529             }
7530             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             results = null;
7546             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7547             if ( results.size() != 1 ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             results = null;
7566             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7567             if ( results.size() != 1 ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7580                 return false;
7581             }
7582             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7592                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7593                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7594                 return false;
7595             }
7596         }
7597         catch ( final IOException e ) {
7598             System.out.println();
7599             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7600             e.printStackTrace( System.out );
7601             return true;
7602         }
7603         catch ( final Exception e ) {
7604             return false;
7605         }
7606         return true;
7607     }
7608
7609     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7610         //The format for GenBank Accession numbers are:
7611         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7612         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7613         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7614         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7615             return false;
7616         }
7617         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7618             return false;
7619         }
7620         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7621             return false;
7622         }
7623         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7624             return false;
7625         }
7626         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7627             return false;
7628         }
7629         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7630             return false;
7631         }
7632         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7633             return false;
7634         }
7635         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7636             return false;
7637         }
7638         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7639             return false;
7640         }
7641         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7642             return false;
7643         }
7644         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7645             return false;
7646         }
7647         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7648             return false;
7649         }
7650         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7651             return false;
7652         }
7653         return true;
7654     }
7655
7656     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7657         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7658             return false;
7659         }
7660         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7661             return false;
7662         }
7663         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7664             return false;
7665         }
7666         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7667             return false;
7668         }
7669         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7670             return false;
7671         }
7672         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7673             return false;
7674         }
7675         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7676             return false;
7677         }
7678         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7679             return false;
7680         }
7681         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7682             return false;
7683         }
7684         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7685             return false;
7686         }
7687         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7688             return false;
7689         }
7690         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7691             return false;
7692         }
7693         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7694             return false;
7695         }
7696         try {
7697             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7698             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713         }
7714         catch ( final IOException e ) {
7715             System.out.println();
7716             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7717             e.printStackTrace( System.out );
7718             return true;
7719         }
7720         catch ( final Exception e ) {
7721             return false;
7722         }
7723         return true;
7724     }
7725
7726     private static boolean testWabiTxSearch() {
7727         try {
7728             String result = "";
7729             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7730             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7731             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7735             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7739             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7743             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7747             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7751             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7755             queries.add( "Campylobacter coli" );
7756             queries.add( "Escherichia coli" );
7757             queries.add( "Arabidopsis" );
7758             queries.add( "Trichoplax" );
7759             queries.add( "Samanea saman" );
7760             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7761             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7762             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7763             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7764             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7765             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7766             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7767             ranks.add( RANKS.GENUS );
7768             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7769             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7770             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7771             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7772         }
7773         catch ( final Exception e ) {
7774             System.out.println();
7775             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7776             e.printStackTrace( System.out );
7777             return false;
7778         }
7779         return true;
7780     }
7781
7782     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7783         try {
7784             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7785             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7798             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7802             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7806             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809         }
7810         catch ( final Exception e ) {
7811             e.printStackTrace();
7812             return false;
7813         }
7814         return true;
7815     }
7816
7817     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7818         try {
7819             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7820             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7827             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7831                 return false;
7832             }
7833         }
7834         catch ( final Exception e ) {
7835             e.printStackTrace();
7836             return false;
7837         }
7838         return true;
7839     }
7840
7841     private static boolean testFastaParser() {
7842         try {
7843             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7850             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868         }
7869         catch ( final Exception e ) {
7870             e.printStackTrace();
7871             return false;
7872         }
7873         return true;
7874     }
7875
7876     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7877         try {
7878             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7879             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7880             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
7881             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7882             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7883             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7884             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7885             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7886             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7890                 return false;
7891             }
7892             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7923             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7933             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7943             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7944                 return false;
7945             }
7946             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952         }
7953         catch ( final Exception e ) {
7954             e.printStackTrace();
7955             return false;
7956         }
7957         return true;
7958     }
7959
7960     private static boolean testMafft() {
7961         try {
7962             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7963             opts.add( "--maxiterate" );
7964             opts.add( "1000" );
7965             opts.add( "--localpair" );
7966             opts.add( "--quiet" );
7967             String path = "";
7968             final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
7969             if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
7970                 path = "/usr/local/bin/mafft";
7971             }
7972             else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
7973                 path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
7974             }
7975             else {
7976                 path = "/home/czmasek/bin/mafft";
7977             }
7978             Msa msa = null;
7979             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
7980             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
7981             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7982                 return false;
7983             }
7984             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
7985                 return false;
7986             }
7987         }
7988         catch ( final Exception e ) {
7989             e.printStackTrace( System.out );
7990             return false;
7991         }
7992         return true;
7993     }
7994
7995     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
7996         try {
7997             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7998             PhylogenyNode n;
7999             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8000             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8001             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8002             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8003             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8004             n = t0.getFirstExternalNode();
8005             while ( n != null ) {
8006                 ext.add( n );
8007                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8008             }
8009             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             ext.clear();
8028             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8029             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8030             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8031             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8032             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8033             n = t1.getNode( "ab" );
8034             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8035             while ( n != null ) {
8036                 ext.add( n );
8037                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8038             }
8039             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             //
8055             //
8056             ext.clear();
8057             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8058             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8059             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8060             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8061             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8062             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8063             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8064             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8065             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8066             n = t2.getNode( "ab" );
8067             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8068             while ( n != null ) {
8069                 ext.add( n );
8070                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8071             }
8072             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             //
8085             //
8086             ext.clear();
8087             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8088             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8089             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8090             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8091             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8092             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8093             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8094             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8095             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8096             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8097             n = t3.getNode( "ab" );
8098             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8099             while ( n != null ) {
8100                 ext.add( n );
8101                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8102             }
8103             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             //
8113             //
8114             ext.clear();
8115             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8116             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8117             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8118             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8119             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8120             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8121             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8122             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8123             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8124             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8125             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8126             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8127             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             //
8131             //
8132             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8133             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8134             ext.clear();
8135             n = t5.getFirstExternalNode();
8136             while ( n != null ) {
8137                 ext.add( n );
8138                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8139             }
8140             if ( ext.size() != 8 ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             //
8168             //
8169             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8170             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8171             ext.clear();
8172             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8173             n = t6.getNode( "ab" );
8174             while ( n != null ) {
8175                 ext.add( n );
8176                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8177             }
8178             if ( ext.size() != 7 ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             //
8203             //
8204             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8205             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8206             ext.clear();
8207             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8208             n = t7.getNode( "a" );
8209             while ( n != null ) {
8210                 ext.add( n );
8211                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8212             }
8213             if ( ext.size() != 7 ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             //
8238             //
8239             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8240             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8241             ext.clear();
8242             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8243             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8244             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8245             n = t8.getNode( "a" );
8246             while ( n != null ) {
8247                 ext.add( n );
8248                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8249             }
8250             if ( ext.size() != 7 ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8260                 System.out.println( "2 fail" );
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             //
8276             //
8277             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8278             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8279             ext.clear();
8280             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8281             n = t9.getNode( "a" );
8282             while ( n != null ) {
8283                 ext.add( n );
8284                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8285             }
8286             if ( ext.size() != 7 ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8296                 return false;
8297             }
8298             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             //
8311             //
8312             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8313             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8314             ext.clear();
8315             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8316             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8317             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8318             n = t10.getNode( "a" );
8319             while ( n != null ) {
8320                 ext.add( n );
8321                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8322             }
8323             if ( ext.size() != 7 ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             //
8348             //
8349             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8350             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8351             ext.clear();
8352             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8353             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8354             n = t11.getNode( "a" );
8355             while ( n != null ) {
8356                 ext.add( n );
8357                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8358             }
8359             if ( ext.size() != 6 ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             //
8381             //
8382             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8383             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8384             ext.clear();
8385             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8386             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8387             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8388             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8389             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8390             n = t12.getNode( "a" );
8391             while ( n != null ) {
8392                 ext.add( n );
8393                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8394             }
8395             if ( ext.size() != 6 ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             //
8417             //
8418             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8419             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8420             ext.clear();
8421             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8422             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8423             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8424             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8425             n = t13.getNode( "ab" );
8426             while ( n != null ) {
8427                 ext.add( n );
8428                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8429             }
8430             if ( ext.size() != 5 ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             //
8449             //
8450             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8451             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8452             ext.clear();
8453             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8454             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8455             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8456             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8457             n = t14.getNode( "ab" );
8458             while ( n != null ) {
8459                 ext.add( n );
8460                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8461             }
8462             if ( ext.size() != 5 ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             //
8481             //
8482             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8483             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8484             ext.clear();
8485             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8486             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8487             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8488             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8489             n = t15.getNode( "ab" );
8490             while ( n != null ) {
8491                 ext.add( n );
8492                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8493             }
8494             if ( ext.size() != 6 ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             //
8516             //
8517             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8518             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8519             ext.clear();
8520             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8521             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8522             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8523             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8524             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8525             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8526             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8527             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8528             n = t16.getNode( "ab" );
8529             while ( n != null ) {
8530                 ext.add( n );
8531                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8532             }
8533             if ( ext.size() != 4 ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548         }
8549         catch ( final Exception e ) {
8550             e.printStackTrace( System.out );
8551             return false;
8552         }
8553         return true;
8554     }
8555
8556     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8557         try {
8558             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8559             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8560             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8561             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8562             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8563             l.add( s0 );
8564             l.add( s1 );
8565             l.add( s2 );
8566             l.add( s3 );
8567             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8568             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8578                 return false;
8579             }
8580         }
8581         catch ( final Exception e ) {
8582             e.printStackTrace( System.out );
8583             return false;
8584         }
8585         return true;
8586     }
8587
8588     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8589         try {
8590             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8591             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8592                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8593                 if ( id != null ) {
8594                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8595                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8596                 }
8597                 return false;
8598             }
8599             //
8600             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8601             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8602                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8603                 if ( id != null ) {
8604                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8605                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8606                 }
8607                 return false;
8608             }
8609             //
8610             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8611             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8612                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8613                 if ( id != null ) {
8614                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8615                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8616                 }
8617                 return false;
8618             }
8619             //
8620             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8621             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8622                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8623                 if ( id != null ) {
8624                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8625                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8626                 }
8627                 return false;
8628             }
8629             //
8630             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8631             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8632                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8633                 if ( id != null ) {
8634                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8635                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8636                 }
8637                 return false;
8638             }
8639             //
8640             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8641             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8642                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8643                 if ( id != null ) {
8644                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8645                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8646                 }
8647                 return false;
8648             }
8649             //
8650             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8651             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8652                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8653                 if ( id != null ) {
8654                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8655                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8656                 }
8657                 return false;
8658             }
8659             //
8660             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8661             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8662                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8663                 if ( id != null ) {
8664                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8665                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8666                 }
8667                 return false;
8668             }
8669             //
8670             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8671             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8672                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8673                 if ( id != null ) {
8674                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8675                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8676                 }
8677                 return false;
8678             }
8679             //
8680             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8681             if ( id != null ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             // lcl_91970_unknown_
8685         }
8686         catch ( final Exception e ) {
8687             e.printStackTrace( System.out );
8688             return false;
8689         }
8690         return true;
8691     }
8692 }