forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 103 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 104 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 105 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 108
 109 @SuppressWarnings( "unused")
 110 public final class Test {
 111
 112     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 113     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 114                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 115                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 116     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 118                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 119     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 120     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 121                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 122                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 123     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 125                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 126
 127     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 128         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 129         return p;
 130     }
 131
 132     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 133         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 134         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 135     }
 136
 137     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 138         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 139     }
 140
 141     public static void main( final String[] args ) {
 142         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 143         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 144                 + "]" );
 145         Locale.setDefault( Locale.US );
 146         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 147         int failed = 0;
 148         int succeeded = 0;
 149         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 150         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 151             System.out.println( "OK.]" );
 152         }
 153         else {
 154             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 155             System.out.println( "Testing aborted." );
 156             System.exit( -1 );
 157         }
 158         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 159         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 160             System.out.println( "OK.]" );
 161         }
 162         else {
 163             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 164             System.out.println( "Testing aborted." );
 165             System.exit( -1 );
 166         }
 167         final long start_time = new Date().getTime();
 168         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 169         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 170             System.out.println( "OK." );
 171             succeeded++;
 172         }
 173         else {
 174             System.out.println( "failed." );
 175             failed++;
 176         }
 177         System.out.print( "Basic node methods: " );
 178         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 179             System.out.println( "OK." );
 180             succeeded++;
 181         }
 182         else {
 183             System.out.println( "failed." );
 184             failed++;
 185         }
 186         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 187         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 188             System.out.println( "OK." );
 189             succeeded++;
 190         }
 191         else {
 192             System.out.println( "failed." );
 193             failed++;
 194         }
 195         System.out.print( "NH parsing: " );
 196         if ( Test.testNHParsing() ) {
 197             System.out.println( "OK." );
 198             succeeded++;
 199         }
 200         else {
 201             System.out.println( "failed." );
 202             failed++;
 203         }
 204         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 205         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 206             System.out.println( "OK." );
 207             succeeded++;
 208         }
 209         else {
 210             System.out.println( "failed." );
 211             failed++;
 212         }
 213         System.out.print( "NHX parsing: " );
 214         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 215             System.out.println( "OK." );
 216             succeeded++;
 217         }
 218         else {
 219             System.out.println( "failed." );
 220             failed++;
 221         }
 222         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 223         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 224             System.out.println( "OK." );
 225             succeeded++;
 226         }
 227         else {
 228             System.out.println( "failed." );
 229             failed++;
 230         }
 231         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 232         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 233             System.out.println( "OK." );
 234             succeeded++;
 235         }
 236         else {
 237             System.out.println( "failed." );
 238             failed++;
 239         }
 240         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 241         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 242             System.out.println( "OK." );
 243             succeeded++;
 244         }
 245         else {
 246             System.out.println( "failed." );
 247             failed++;
 248         }
 249         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 250         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 251             System.out.println( "OK." );
 252             succeeded++;
 253         }
 254         else {
 255             System.out.println( "failed." );
 256             failed++;
 257         }
 258         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 259         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 260             System.out.println( "OK." );
 261             succeeded++;
 262         }
 263         else {
 264             System.out.println( "failed." );
 265             failed++;
 266         }
 267         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 268         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 269             System.out.println( "OK." );
 270             succeeded++;
 271         }
 272         else {
 273             System.out.println( "failed." );
 274             failed++;
 275         }
 276         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 277         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 278             System.out.println( "OK." );
 279             succeeded++;
 280         }
 281         else {
 282             System.out.println( "failed." );
 283             failed++;
 284         }
 285         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 286         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 287             System.out.println( "OK." );
 288             succeeded++;
 289         }
 290         else {
 291             System.out.println( "failed." );
 292             failed++;
 293         }
 294         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 295         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 296             System.out.println( "OK." );
 297             succeeded++;
 298         }
 299         else {
 300             System.out.println( "failed." );
 301             failed++;
 302         }
 303         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 304         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 305             System.out.println( "OK." );
 306             succeeded++;
 307         }
 308         else {
 309             System.out.println( "failed." );
 310             failed++;
 311         }
 312         System.out.print( "Copying of node data: " );
 313         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 314             System.out.println( "OK." );
 315             succeeded++;
 316         }
 317         else {
 318             System.out.println( "failed." );
 319             failed++;
 320         }
 321         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 322         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 323             System.out.println( "OK." );
 324             succeeded++;
 325         }
 326         else {
 327             System.out.println( "failed." );
 328             failed++;
 329         }
 330         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 331         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 332             System.out.println( "OK." );
 333             succeeded++;
 334         }
 335         else {
 336             System.out.println( "failed." );
 337             failed++;
 338         }
 339         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 340         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 341             System.out.println( "OK." );
 342             succeeded++;
 343         }
 344         else {
 345             System.out.println( "failed." );
 346             failed++;
 347         }
 348         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 349         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 350             System.out.println( "OK." );
 351             succeeded++;
 352         }
 353         else {
 354             System.out.println( "failed." );
 355             failed++;
 356         }
 357         System.out.print( "Re-id methods: " );
 358         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 359             System.out.println( "OK." );
 360             succeeded++;
 361         }
 362         else {
 363             System.out.println( "failed." );
 364             failed++;
 365         }
 366         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 367         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 368             System.out.println( "OK." );
 369             succeeded++;
 370         }
 371         else {
 372             System.out.println( "failed." );
 373             failed++;
 374         }
 375         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 376         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 377             System.out.println( "OK." );
 378             succeeded++;
 379         }
 380         else {
 381             System.out.println( "failed." );
 382             failed++;
 383         }
 384         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 385         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 386             System.out.println( "OK." );
 387             succeeded++;
 388         }
 389         else {
 390             System.out.println( "failed." );
 391             failed++;
 392         }
 393         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 394         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 395             System.out.println( "OK." );
 396             succeeded++;
 397         }
 398         else {
 399             System.out.println( "failed." );
 400             failed++;
 401         }
 402         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 403         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 404             System.out.println( "OK." );
 405             succeeded++;
 406         }
 407         else {
 408             System.out.println( "failed." );
 409             failed++;
 410         }
 411         System.out.print( "Rerooting: " );
 412         if ( Test.testRerooting() ) {
 413             System.out.println( "OK." );
 414             succeeded++;
 415         }
 416         else {
 417             System.out.println( "failed." );
 418             failed++;
 419         }
 420         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 421         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 422             System.out.println( "OK." );
 423             succeeded++;
 424         }
 425         else {
 426             System.out.println( "failed." );
 427             failed++;
 428         }
 429         System.out.print( "Support count: " );
 430         if ( Test.testSupportCount() ) {
 431             System.out.println( "OK." );
 432             succeeded++;
 433         }
 434         else {
 435             System.out.println( "failed." );
 436             failed++;
 437         }
 438         System.out.print( "Support transfer: " );
 439         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 440             System.out.println( "OK." );
 441             succeeded++;
 442         }
 443         else {
 444             System.out.println( "failed." );
 445             failed++;
 446         }
 447         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 448         if ( Test.testGetLCA() ) {
 449             System.out.println( "OK." );
 450             succeeded++;
 451         }
 452         else {
 453             System.out.println( "failed." );
 454             failed++;
 455         }
 456         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 457         if ( Test.testGetDistance() ) {
 458             System.out.println( "OK." );
 459             succeeded++;
 460         }
 461         else {
 462             System.out.println( "failed." );
 463             failed++;
 464         }
 465         System.out.print( "SDIse: " );
 466         if ( Test.testSDIse() ) {
 467             System.out.println( "OK." );
 468             succeeded++;
 469         }
 470         else {
 471             System.out.println( "failed." );
 472             failed++;
 473         }
 474         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 475         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 476             System.out.println( "OK." );
 477             succeeded++;
 478         }
 479         else {
 480             System.out.println( "failed." );
 481             failed++;
 482         }
 483         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 484         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 485             System.out.println( "OK." );
 486             succeeded++;
 487         }
 488         else {
 489             System.out.println( "failed." );
 490             failed++;
 491         }
 492         System.out.print( "GSDI: " );
 493         if ( TestGSDI.test() ) {
 494             System.out.println( "OK." );
 495             succeeded++;
 496         }
 497         else {
 498             System.out.println( "failed." );
 499             failed++;
 500         }
 501         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 502         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 503             System.out.println( "OK." );
 504             succeeded++;
 505         }
 506         else {
 507             System.out.println( "failed." );
 508             failed++;
 509         }
 510         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 511         if ( Test.testDataObjects() ) {
 512             System.out.println( "OK." );
 513             succeeded++;
 514         }
 515         else {
 516             System.out.println( "failed." );
 517             failed++;
 518         }
 519         System.out.print( "Properties map: " );
 520         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 521             System.out.println( "OK." );
 522             succeeded++;
 523         }
 524         else {
 525             System.out.println( "failed." );
 526             failed++;
 527         }
 528         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 529         System.out.println();
 530         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 539         System.out.println();
 540         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 541             System.out.println( "OK." );
 542             succeeded++;
 543         }
 544         else {
 545             System.out.println( "failed." );
 546             failed++;
 547         }
 548         System.out.print( "GO: " );
 549         System.out.println();
 550         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 551             System.out.println( "OK." );
 552             succeeded++;
 553         }
 554         else {
 555             System.out.println( "failed." );
 556             failed++;
 557         }
 558         System.out.print( "Modeling tools: " );
 559         if ( TestPccx.test() ) {
 560             System.out.println( "OK." );
 561             succeeded++;
 562         }
 563         else {
 564             System.out.println( "failed." );
 565             failed++;
 566         }
 567         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 568         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 569             System.out.println( "OK." );
 570             succeeded++;
 571         }
 572         else {
 573             System.out.println( "failed." );
 574             failed++;
 575         }
 576         System.out.print( "Split Matrix: " );
 577         if ( Test.testSplit() ) {
 578             System.out.println( "OK." );
 579             succeeded++;
 580         }
 581         else {
 582             System.out.println( "failed." );
 583             failed++;
 584         }
 585         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 586         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 587             System.out.println( "OK." );
 588             succeeded++;
 589         }
 590         else {
 591             System.out.println( "failed." );
 592             failed++;
 593         }
 594         System.out.print( "Basic table: " );
 595         if ( Test.testBasicTable() ) {
 596             System.out.println( "OK." );
 597             succeeded++;
 598         }
 599         else {
 600             System.out.println( "failed." );
 601             failed++;
 602         }
 603         System.out.print( "General table: " );
 604         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 605             System.out.println( "OK." );
 606             succeeded++;
 607         }
 608         else {
 609             System.out.println( "failed." );
 610             failed++;
 611         }
 612         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 613         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 614             System.out.println( "OK." );
 615             succeeded++;
 616         }
 617         else {
 618             System.out.println( "failed." );
 619             failed++;
 620         }
 621         System.out.print( "General MSA parser: " );
 622         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 623             System.out.println( "OK." );
 624             succeeded++;
 625         }
 626         else {
 627             System.out.println( "failed." );
 628             failed++;
 629         }
 630         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 631         if ( Test.testFastaParser() ) {
 632             System.out.println( "OK." );
 633             succeeded++;
 634         }
 635         else {
 636             System.out.println( "failed." );
 637             failed++;
 638         }
 639         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 640         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 641             System.out.println( "OK." );
 642             succeeded++;
 643         }
 644         else {
 645             System.out.println( "failed." );
 646             failed++;
 647         }
 648         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 649         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 650             System.out.println( "OK." );
 651             succeeded++;
 652         }
 653         else {
 654             System.out
 655                     .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 656         }
 657         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 658             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 659             if ( Test.testMafft() ) {
 660                 System.out.println( "OK." );
 661                 succeeded++;
 662             }
 663             else {
 664                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 665             }
 666         }
 667         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 668         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 669         //            System.out.println( "OK." );
 670         //            succeeded++;
 671         //        }
 672         //        else {
 673         //            System.out
 674         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 675         //        }
 676         System.out.println();
 677         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 678         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 679         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 680         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 681                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 682         System.out.println();
 683         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 684         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 685         System.out.println();
 686         if ( failed < 1 ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688         }
 689         else {
 690             System.out.println( "Not OK." );
 691         }
 692         // System.out.println();
 693         // Development.setTime( true );
 694         //try {
 695         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 696         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 697         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 698         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 699         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 700         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 701         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 702         // NHXParser() )[ 0 ];
 703         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 704         // }
 705         // catch ( final Exception e ) {
 706         //     e.printStackTrace();
 707         // }
 708         // t1.getRoot().preorderPrint();
 709         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 710         // .getInstance();
 711         // try {
 712         //
 713         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 714         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 715         // factory.create(
 716         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 717         // new NHXParser() );
 718         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 719         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 720         // factory.create(
 721         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 722         // new NHXParser() );
 723         //
 724         //
 725         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 726         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 727         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 728         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 729         // factory.create(
 730         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 731         // new NHXParser() );
 732         // factory.create(
 733         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 734         // new NHXParser() );
 735         //
 736         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 737         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 738         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 739         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 740         //
 741         // factory.create(
 742         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 743         // new NHXParser() );
 744         // factory.create(
 745         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 746         // new NHXParser() );
 747         //
 748         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 749         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 750         // factory.create(
 751         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 752         // new NHXParser() );
 753         //
 754         // }
 755         // catch ( IOException e ) {
 756         // // TODO Auto-generated catch block
 757         // e.printStackTrace();
 758         // }
 759     }
 760
 761     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 762         try {
 763             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 764                 return false;
 765             }
 766             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 767             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 768             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 769             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 770             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 771                 return false;
 772             }
 773             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 774                 return false;
 775             }
 776             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 777                 return false;
 778             }
 779             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 780                 return false;
 781             }
 782             if ( !n3.isExternal() ) {
 783                 return false;
 784             }
 785             if ( !n3.isRoot() ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 789                 return false;
 790             }
 791         }
 792         catch ( final Exception e ) {
 793             e.printStackTrace( System.out );
 794             return false;
 795         }
 796         return true;
 797     }
 798
 799     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 800         try {
 801             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 802             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 803             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 804                                                               xml_parser );
 805             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 806                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 813             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 814             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 815             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 816             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !t1.isRooted() ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             if ( t1.isRerootable() ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 850                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 854                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 882                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 895                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 899                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 903                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 907                     .equals( "experimental" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 911                     .equals( "function" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 915                     .getValue() != 1 ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 919                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 923                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 927                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 931                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 935                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 939                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 943                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 947                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 951                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 955                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 962                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
 969             //     return false;
 970             //}
 971             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
 972             //                return false;
 973             //            }
 974             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
 975             //                return false;
 976             //            }
 977             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
 978             //                return false;
 979             //            }
 980             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
 981             //                return false;
 982             //            }
 983             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
 984             //                return false;
 985             //            }
 986             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
 987             //                return false;
 988             //            }
 989             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
 990             //                return false;
 991             //            }
 992             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
 993             //                return false;
 994             //            }
 995             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
 996             //                    .equals( "B" ) ) {
 997             //                return false;
 998             //            }
 999             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1000             //                return false;
1001             //            }
1002             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1003             //                return false;
1004             //            }
1005             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1006             //                return false;
1007             //            }
1008             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1009             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1010             //                return false;
1011             //            }
1012             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1013             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1014             //                return false;
1015             //            }
1016             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1017             //                return false;
1018             //            }
1019             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1020             //                return false;
1021             //            }
1022             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1023             //                return false;
1024             //            }
1025             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1029             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1030             //                ;
1031             //                return false;
1032             //            }
1033             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1034             //                return false;
1035             //            }
1036             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1037             //                return false;
1038             //            }
1039             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1040             //                return false;
1041             //            }
1042             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1043             //                return false;
1044             //            }
1045             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1055             //                                                              xml_parser );
1056             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1057             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1064             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1065             //                return false;
1066             //            }
1067             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076         }
1077         catch ( final Exception e ) {
1078             e.printStackTrace( System.out );
1079             return false;
1080         }
1081         return true;
1082     }
1083
1084     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1085         try {
1086             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1087             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1088             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1089                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1090             }
1091             else {
1092                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1093             }
1094             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1095                                                               xml_parser );
1096             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1097                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1104             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1105             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1109             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1110                 return false;
1111             }
1112             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1122             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1123             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1124             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1125                 return false;
1126             }
1127             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1137                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1141                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1145             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1146             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1147             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1148             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1152             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1168                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1178                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1182                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1186                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1190                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1194                     .equals( "experimental" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1198                     .equals( "function" ) ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1202                     .getValue() != 1 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1206                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1210                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1214                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1218                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1222                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1226                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1230                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1234                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1238                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1242                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1249                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1259                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1275                     .equals( "ncbi" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1282                     .getName().equals( "B" ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1286                     .getFrom() != 21 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1293                     .getLength() != 24 ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1297                     .getConfidence() != 2144 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1301                     .equals( "pfam" ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1317             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1354                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1355                 ;
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1377                 return false;
1378             }
1379             //
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1384                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1391                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1401                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1402                 return false;
1403             }
1404         }
1405         catch ( final Exception e ) {
1406             e.printStackTrace( System.out );
1407             return false;
1408         }
1409         return true;
1410     }
1411
1412     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1413         try {
1414             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1415             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1416             try {
1417                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1418             }
1419             catch ( final Exception e ) {
1420                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1421             }
1422             if ( xml_parser == null ) {
1423                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1424                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1425                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1426                 }
1427                 else {
1428                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1429                 }
1430             }
1431             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1432                                                               xml_parser );
1433             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1434                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1441             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1442             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1443             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1444             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1451                 return false;
1452             }
1453             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1466             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1467             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1468                 System.out.println( "errors:" );
1469                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1476                                                               xml_parser );
1477             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1478                 System.out.println( "errors:" );
1479                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1489                                                               xml_parser );
1490             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1491                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1498             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1511                                                               xml_parser );
1512             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1513                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1520             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             s.getNode( "first" );
1524             s.getNode( "<>" );
1525             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1526             s.getNode( "'''\"" );
1527             s.getNode( "\"\"\"" );
1528             s.getNode( "dick & doof" );
1529         }
1530         catch ( final Exception e ) {
1531             e.printStackTrace( System.out );
1532             return false;
1533         }
1534         return true;
1535     }
1536
1537     private static boolean testBasicTable() {
1538         try {
1539             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1540             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1547             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1548             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1549             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1550             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1551             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1552             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1553             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1554             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1555                 return false;
1556             }
1557             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1558                 return false;
1559             }
1560             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1561                 return false;
1562             }
1563             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1564                 return false;
1565             }
1566             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1567                 return false;
1568             }
1569             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1573                 return false;
1574             }
1575             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1585             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1586             source.append( "" + l );
1587             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1588             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1589             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1590             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1591             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1592             source.append( "40 41 42 43" + l );
1593             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1594             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1595             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1596             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1615             source1.append( "" + l );
1616             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1617             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1618             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1619             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1620             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1621             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1622             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1623             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1624             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1625             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1650             source2.append( "" + l );
1651             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1652             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1653             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1654             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1655             source2.append( "                     " + l );
1656             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1657             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1658             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1659             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1660             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1661                                                                         ";",
1662                                                                         false,
1663                                                                         "comment:",
1664                                                                         false );
1665             if ( tl.size() != 2 ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1669             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1670             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1686                 return false;
1687             }
1688         }
1689         catch ( final Exception e ) {
1690             e.printStackTrace( System.out );
1691             return false;
1692         }
1693         return true;
1694     }
1695
1696     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1697         try {
1698             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1699             final TolParser parser = new TolParser();
1700             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1701             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1702                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1709             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !t1.isRooted() ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1728             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1729                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1736             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( !t2.isRooted() ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1758                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1762             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1763                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1770             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1783             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1784                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1791             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1804             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1805                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1812             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824         }
1825         catch ( final Exception e ) {
1826             e.printStackTrace( System.out );
1827             return false;
1828         }
1829         return true;
1830     }
1831
1832     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1833         try {
1834             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1835             final Phylogeny t1 = factory.create();
1836             if ( !t1.isEmpty() ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1840             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( t2.isEmpty() ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1853             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1863             PhylogenyNodeIterator it;
1864             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1865                 it.next();
1866             }
1867             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1868                 it.next();
1869             }
1870             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1871             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1878                 return false;
1879             }
1880             if ( it2.hasNext() ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1884             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1894             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1895             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1896                 return false;
1897             }
1898             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1902             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1903             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1907             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1908             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1912             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1913             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             final char[] a9 = new char[] {};
1920             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1921             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1925             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929         }
1930         catch ( final Exception e ) {
1931             e.printStackTrace( System.out );
1932             return false;
1933         }
1934         return true;
1935     }
1936
1937     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1938         try {
1939             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1940             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1941             final Phylogeny[] ev0 = factory
1942                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1943                              new NHXParser() );
1944             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1945             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1952             final Phylogeny[] ev1 = factory
1953                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1954                              new NHXParser() );
1955             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1956             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1963             final Phylogeny[] ev_b = factory
1964                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1965                              new NHXParser() );
1966             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1967             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
1968             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             //
1975             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1976             final Phylogeny[] ev1x = factory
1977                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1978                              new NHXParser() );
1979             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1980             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1987             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1988                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1989                              new NHXParser() );
1990             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1991             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             //
1998             final Phylogeny[] t2 = factory
1999                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2000                              new NHXParser() );
2001             final Phylogeny[] ev2 = factory
2002                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2003                              new NHXParser() );
2004             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2005                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2006             }
2007             //
2008             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2009                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2010             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2011             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2012             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2019                 return false;
2020             }
2021         }
2022         catch ( final Exception e ) {
2023             e.printStackTrace();
2024             return false;
2025         }
2026         return true;
2027     }
2028
2029     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2030         try {
2031             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2032             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2033             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036         }
2037         catch ( final Exception e ) {
2038             e.printStackTrace();
2039             return false;
2040         }
2041         return true;
2042     }
2043
2044     private static boolean testDataObjects() {
2045         try {
2046             final Confidence s0 = new Confidence();
2047             final Confidence s1 = new Confidence();
2048             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2052             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2053             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2060             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2061                 return false;
2062             }
2063             s3.asSimpleText();
2064             s3.asText();
2065             // Taxonomy
2066             // ----------
2067             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2068             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2069             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2070             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2071             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2072             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2073             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2074             t1.setScientificName( "E. coli" );
2075             t1.setCommonName( "coli" );
2076             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2077             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2081             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2082             t2.setScientificName( "what" );
2083             t2.setCommonName( "something" );
2084             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2088             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             t1.setIdentifier( null );
2092             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2093             t3.setScientificName( "what" );
2094             t3.setCommonName( "something" );
2095             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             t1.setIdentifier( null );
2099             t1.setTaxonomyCode( "" );
2100             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2101             t4.setCommonName( "something" );
2102             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2106             t4.setCommonName( "something" );
2107             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             t1.setIdentifier( null );
2111             t1.setTaxonomyCode( "" );
2112             t1.setScientificName( "" );
2113             t5.setCommonName( "COLI" );
2114             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             t5.setCommonName( "vibrio" );
2118             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             // Identifier
2122             // ----------
2123             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2124             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2125             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             id1.asSimpleText();
2135             id1.asText();
2136             // ProteinDomain
2137             // ---------------
2138             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2139             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2140             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             pd1.asSimpleText();
2147             pd1.asText();
2148             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2149             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2150             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             pd3.asSimpleText();
2160             pd3.asText();
2161             // DomainArchitecture
2162             // ------------------
2163             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2164             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2165             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2166             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2167             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2168             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2169             domains0.add( d2 );
2170             domains0.add( d0 );
2171             domains0.add( d3 );
2172             domains0.add( d1 );
2173             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2174             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2178             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2188             domains1.add( d1 );
2189             domains1.add( d2 );
2190             domains1.add( d4 );
2191             domains1.add( d0 );
2192             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2193             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2194                 return false;
2195             }
2196             ds1.asSimpleText();
2197             ds1.asText();
2198             ds1.toNHX();
2199             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2200             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2201                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             // Event
2208             // -----
2209             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2210             if ( e1.isDuplication() ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !e1.isFusion() ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2223             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2230             if ( e2.isDuplication() ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2249             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2253             if ( e3.isDuplication() ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( e3.isSpeciation() ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2266             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2267             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             e3 = null;
2271             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2275             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2282             e4 = null;
2283             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2284             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             final Event e5 = new Event();
2291             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2301             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2308             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2315             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321         }
2322         catch ( final Exception e ) {
2323             e.printStackTrace( System.out );
2324             return false;
2325         }
2326         return true;
2327     }
2328
2329     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2330         try {
2331             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2332             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2333             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2334             if ( t0.isEmpty() ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2341             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !t0.isEmpty() ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2348             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2352             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2359             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2363             if ( !t1.isEmpty() ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2367             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2371             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             t2.toNewHampshireX();
2375             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2376             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2380             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2384             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2388             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2392             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             n = t3.getNode( "A" );
2396             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             n = n.getNextExternalNode();
2400             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2404             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             n = t3.getNode( "C" );
2408             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2412             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2416             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2420             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2424             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2428             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2432             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2436             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             n = t4.getNode( "A" );
2440             n = n.getNextExternalNode();
2441             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             n = n.getNextExternalNode();
2445             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2449             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2453             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2454             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2458             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2462             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2463             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2467             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2471             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2472             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2476             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2480             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2481             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2485             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2489             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2490             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2494             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2498             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2499             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2503             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2508             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2512             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2516             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2520             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2524             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2525             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2529             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2533             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2537             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2541             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2549             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2553             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2557             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2561             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2565             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2569             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2573             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2577             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2581             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2582             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2586             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2590             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2591             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2595             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2599             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2600             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2604             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2608             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2612             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2616             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2620             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2621                 return false;
2622             }
2623         }
2624         catch ( final Exception e ) {
2625             e.printStackTrace( System.out );
2626             return false;
2627         }
2628         return true;
2629     }
2630
2631     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2632         try {
2633             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2634             dss1.addValue( 82 );
2635             dss1.addValue( 78 );
2636             dss1.addValue( 70 );
2637             dss1.addValue( 58 );
2638             dss1.addValue( 42 );
2639             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             dss1.addValue( 123 );
2676             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2686             dss2.addValue( -1.85 );
2687             dss2.addValue( 57.5 );
2688             dss2.addValue( 92.78 );
2689             dss2.addValue( 57.78 );
2690             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2697             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             dss2.addValue( -100 );
2701             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final double[] ds = new double[ 14 ];
2708             ds[ 0 ] = 34;
2709             ds[ 1 ] = 23;
2710             ds[ 2 ] = 1;
2711             ds[ 3 ] = 32;
2712             ds[ 4 ] = 11;
2713             ds[ 5 ] = 2;
2714             ds[ 6 ] = 12;
2715             ds[ 7 ] = 33;
2716             ds[ 8 ] = 13;
2717             ds[ 9 ] = 22;
2718             ds[ 10 ] = 21;
2719             ds[ 11 ] = 35;
2720             ds[ 12 ] = 24;
2721             ds[ 13 ] = 31;
2722             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2723             if ( bins.length != 4 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2739             ds1[ 0 ] = 10.0;
2740             ds1[ 1 ] = 19.0;
2741             ds1[ 2 ] = 9.999;
2742             ds1[ 3 ] = 0.0;
2743             ds1[ 4 ] = 39.9;
2744             ds1[ 5 ] = 39.999;
2745             ds1[ 6 ] = 30.0;
2746             ds1[ 7 ] = 19.999;
2747             ds1[ 8 ] = 30.1;
2748             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2749             if ( bins1.length != 4 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2762                 return false;
2763             }
2764             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2765             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2778             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2785                 return false;
2786             }
2787             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2788                 return false;
2789             }
2790             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2791             dss3.addValue( 1 );
2792             dss3.addValue( 1 );
2793             dss3.addValue( 1 );
2794             dss3.addValue( 2 );
2795             dss3.addValue( 3 );
2796             dss3.addValue( 4 );
2797             dss3.addValue( 5 );
2798             dss3.addValue( 5 );
2799             dss3.addValue( 5 );
2800             dss3.addValue( 6 );
2801             dss3.addValue( 7 );
2802             dss3.addValue( 8 );
2803             dss3.addValue( 9 );
2804             dss3.addValue( 10 );
2805             dss3.addValue( 10 );
2806             dss3.addValue( 10 );
2807             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2808             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2809             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2810         }
2811         catch ( final Exception e ) {
2812             e.printStackTrace( System.out );
2813             return false;
2814         }
2815         return true;
2816     }
2817
2818     private static boolean testDir( final String file ) {
2819         try {
2820             final File f = new File( file );
2821             if ( !f.exists() ) {
2822                 return false;
2823             }
2824             if ( !f.isDirectory() ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( !f.canRead() ) {
2828                 return false;
2829             }
2830         }
2831         catch ( final Exception e ) {
2832             return false;
2833         }
2834         return true;
2835     }
2836
2837     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2838         try {
2839             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2840             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2841             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2842             n = n.getNextExternalNode();
2843             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             n = n.getNextExternalNode();
2847             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             n = n.getNextExternalNode();
2851             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             n = t1.getNode( "B" );
2855             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2856                 n = n.getNextExternalNode();
2857             }
2858             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2859             n = t2.getNode( "A" );
2860             n = n.getNextExternalNode();
2861             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             n = n.getNextExternalNode();
2865             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n = n.getNextExternalNode();
2869             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             n = t2.getNode( "B" );
2873             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2874                 n = n.getNextExternalNode();
2875             }
2876             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2877             n = t3.getNode( "A" );
2878             n = n.getNextExternalNode();
2879             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n = n.getNextExternalNode();
2883             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n = n.getNextExternalNode();
2887             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             n = n.getNextExternalNode();
2891             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             n = n.getNextExternalNode();
2895             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2896                 return false;
2897             }
2898             n = n.getNextExternalNode();
2899             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2900                 return false;
2901             }
2902             n = n.getNextExternalNode();
2903             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2904                 return false;
2905             }
2906             n = t3.getNode( "B" );
2907             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2908                 n = n.getNextExternalNode();
2909             }
2910             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2911             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2912                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2913             }
2914             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2915             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2916                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2917             }
2918         }
2919         catch ( final Exception e ) {
2920             e.printStackTrace( System.out );
2921             return false;
2922         }
2923         return true;
2924     }
2925
2926     private static boolean testGeneralTable() {
2927         try {
2928             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2929             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2930             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2931             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2932             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2933             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2934             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2935             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2936             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2937             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2965             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2966             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2967             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2968             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2969             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2970             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2971             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2972             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2973             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2974             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004         }
3005         catch ( final Exception e ) {
3006             e.printStackTrace( System.out );
3007             return false;
3008         }
3009         return true;
3010     }
3011
3012     private static boolean testGetDistance() {
3013         try {
3014             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3015             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3016                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3017             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3018             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3112                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3113             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146         }
3147         catch ( final Exception e ) {
3148             e.printStackTrace( System.out );
3149             return false;
3150         }
3151         return true;
3152     }
3153
3154     private static boolean testGetLCA() {
3155         try {
3156             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3157             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3158                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3159             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3160             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3161             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3165             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3169             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3173             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3177             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3181             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3185             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3189             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3193             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3197             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3201             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3205             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3209             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3213             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3217             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3221             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3225             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3229             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3233             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3237             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3241             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3245             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3249             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3253             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3254             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3258             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3262             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3266             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3270             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3274             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3278             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3282             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final Phylogeny p3 = factory
3286                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3287                              new NHXParser() )[ 0 ];
3288             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3289             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3293             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3297             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3301             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3305             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3312             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             if ( !al_3.isRoot() ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3319             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3326             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3333             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3337             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3338             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3342             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3343             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3347             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3348             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3352             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3353             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356         }
3357         catch ( final Exception e ) {
3358             e.printStackTrace( System.out );
3359             return false;
3360         }
3361         return true;
3362     }
3363
3364     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3365         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3366         try {
3367             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3368                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3369             parser1.parse();
3370             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3371                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3372             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3373             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3389             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3390                 return false;
3391             }
3392             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3393             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423         }
3424         catch ( final Exception e ) {
3425             e.printStackTrace( System.out );
3426             return false;
3427         }
3428         return true;
3429     }
3430
3431     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3432         try {
3433             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3434             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3435             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3436             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3437             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3441             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3445             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3449             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3450                 return false;
3451             }
3452         }
3453         catch ( final Exception e ) {
3454             e.printStackTrace( System.out );
3455             return false;
3456         }
3457         return true;
3458     }
3459
3460     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3461         try {
3462             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3463             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3464             PhylogenyNodeIterator it0;
3465             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3466                 it0.next();
3467             }
3468             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3469                 it0.next();
3470             }
3471             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3472             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             if ( it.hasNext() ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3497                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3498             PhylogenyNodeIterator it2;
3499             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3500                 it2.next();
3501             }
3502             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3503                 it2.next();
3504             }
3505             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3506             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3549                 return false;
3550             }
3551             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( it3.hasNext() ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3585             PhylogenyNodeIterator it4;
3586             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3587                 it4.next();
3588             }
3589             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3590                 it4.next();
3591             }
3592             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3593             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3609             PhylogenyNodeIterator it6;
3610             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3611                 it6.next();
3612             }
3613             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3614                 it6.next();
3615             }
3616             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3617             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             if ( it.hasNext() ) {
3621                 return false;
3622             }
3623         }
3624         catch ( final Exception e ) {
3625             e.printStackTrace( System.out );
3626             return false;
3627         }
3628         return true;
3629     }
3630
3631     private static boolean testMidpointrooting() {
3632         try {
3633             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3634             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3635                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3636             if ( !t1.isRooted() ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3640             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3659             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3660             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3670                 return false;
3671             }
3672             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3673                 return false;
3674             }
3675             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3676                 return false;
3677             }
3678         }
3679         catch ( final Exception e ) {
3680             e.printStackTrace( System.out );
3681             return false;
3682         }
3683         return true;
3684     }
3685
3686     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3687         try {
3688             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3689             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3690             parser.parse();
3691             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3692             if ( labels.length != 7 ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3717             parser.parse();
3718             labels = parser.getCharStateLabels();
3719             if ( labels.length != 7 ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3741                 return false;
3742             }
3743         }
3744         catch ( final Exception e ) {
3745             e.printStackTrace( System.out );
3746             return false;
3747         }
3748         return true;
3749     }
3750
3751     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3752         try {
3753             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3754             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3755             parser.parse();
3756             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3757             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             //            if ( labels.length != 7 ) {
3785             //                return false;
3786             //            }
3787             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3788             //                return false;
3789             //            }
3790             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3791             //                return false;
3792             //            }
3793             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3794             //                return false;
3795             //            }
3796             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3797             //                return false;
3798             //            }
3799             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3800             //                return false;
3801             //            }
3802             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3803             //                return false;
3804             //            }
3805             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3806             //                return false;
3807             //            }
3808             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3809             //            parser.parse();
3810             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3811             //            if ( labels.length != 7 ) {
3812             //                return false;
3813             //            }
3814             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3815             //                return false;
3816             //            }
3817             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3818             //                return false;
3819             //            }
3820             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3821             //                return false;
3822             //            }
3823             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3824             //                return false;
3825             //            }
3826             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3827             //                return false;
3828             //            }
3829             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3830             //                return false;
3831             //            }
3832             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3833             //                return false;
3834             //            }
3835         }
3836         catch ( final Exception e ) {
3837             e.printStackTrace( System.out );
3838             return false;
3839         }
3840         return true;
3841     }
3842
3843     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3844         try {
3845             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3846             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3847             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3848             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3849                 return false;
3850             }
3851             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3855                 return false;
3856             }
3857             phylogenies = null;
3858             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3859             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3863                 return false;
3864             }
3865             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             phylogenies = null;
3869             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3870             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3880                 return false;
3881             }
3882             phylogenies = null;
3883             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3884             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3897                 return false;
3898             }
3899             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3900                 return false;
3901             }
3902             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4005                 return false;
4006             }
4007         }
4008         catch ( final Exception e ) {
4009             e.printStackTrace( System.out );
4010             return false;
4011         }
4012         return true;
4013     }
4014
4015     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4016         try {
4017             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4018             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4019             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4020             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4036                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             phylogenies = null;
4040             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4041             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4060                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4079                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4098                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             phylogenies = null;
4102             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4103             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4122                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4141                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4160                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4161                 return false;
4162             }
4163         }
4164         catch ( final Exception e ) {
4165             e.printStackTrace( System.out );
4166             return false;
4167         }
4168         return true;
4169     }
4170
4171     private static boolean testNHParsing() {
4172         try {
4173             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4174             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4175             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4179             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4180             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4181             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4182             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             final Phylogeny p1b = factory
4189                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4190                              new NHXParser() )[ 0 ];
4191             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4198             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4199             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4200             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4201             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4202             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4203             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4204             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4205             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4206             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4207             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4208                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4209                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4210                                                     new NHXParser() );
4211             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4224             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4225             final String p16_S = "((A,B),C)";
4226             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4227             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4231             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4232             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4236             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4237             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4241             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4242             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4246             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4247             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4251             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4252             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4256             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4257             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4261             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4262             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4266             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4267             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4271             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4272             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4273             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4280                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4281                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4282                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4283                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4284                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4285                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4286                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4287             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4288             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             final String p26_S = "(A,B)ab";
4292             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4293             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4297             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4298                                                     new NHXParser() );
4299             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4303             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4304             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4305             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4306             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4307                                                     new NHXParser() );
4308             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4321             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4322             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4326             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4327             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4331             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4332             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             final String p33_S = "A";
4336             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4337             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             final String p34_S = "B;";
4341             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4342             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             final String p35_S = "B:0.2";
4346             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4347             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             final String p36_S = "(A)";
4351             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4352             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             final String p37_S = "((A))";
4356             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4357             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4361             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4362             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4366             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4367             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p40_S = "(A,B,C)";
4371             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4372             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4376             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4377             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4381             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4382             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4386             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4387             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4391             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4392             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4396             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4397             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             final String p46_S = "";
4401             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4402             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4403                 return false;
4404             }
4405         }
4406         catch ( final Exception e ) {
4407             e.printStackTrace( System.out );
4408             return false;
4409         }
4410         return true;
4411     }
4412
4413     private static boolean testNHXconversion() {
4414         try {
4415             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4416             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4417             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4418             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4419             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4420             final PhylogenyNode n6 = new PhylogenyNode( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4421             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( !n5.toNewHampshireX()
4434                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( !n6.toNewHampshireX()
4438                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4439                 return false;
4440             }
4441         }
4442         catch ( final Exception e ) {
4443             e.printStackTrace( System.out );
4444             return false;
4445         }
4446         return true;
4447     }
4448
4449     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4450         try {
4451             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4452             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4453             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4454             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4455             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4456             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             if ( n3.isDuplication() ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !n5.isDuplication() ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             final PhylogenyNode n8 = new PhylogenyNode( "n8_ECOLI/12:0.01",
4502                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4503             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             final PhylogenyNode n9 = new PhylogenyNode( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4510                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4511             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             final PhylogenyNode n10 = new PhylogenyNode( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4518             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             final PhylogenyNode n20 = new PhylogenyNode( "n20_ECOLI/1-2",
4522                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4523             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             final PhylogenyNode n20x = new PhylogenyNode( "n20_ECOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4530             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             final PhylogenyNode n20xx = new PhylogenyNode( "n20_eCOL1/1-2",
4537                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4538             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             final PhylogenyNode n20xxx = new PhylogenyNode( "n20_ecoli/1-2",
4545                                                             ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4546             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             final PhylogenyNode n20xxxx = new PhylogenyNode( "n20_Ecoli/1-2",
4553                                                              ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4554             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final PhylogenyNode n21 = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4561             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final PhylogenyNode n21x = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4568             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             final PhylogenyNode n22 = new PhylogenyNode( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4575             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             final PhylogenyNode n23 = new PhylogenyNode( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4582             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4589                 final PhylogenyNode a = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI/1-2",
4590                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4591                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4592                     return false;
4593                 }
4594                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4595                     return false;
4596                 }
4597                 final PhylogenyNode b = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI1/1-2",
4598                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4599                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4600                     return false;
4601                 }
4602                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4603                     return false;
4604                 }
4605                 final PhylogenyNode c = new PhylogenyNode( "n10_RATAF12/1000-2000",
4606                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4607                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4608                     return false;
4609                 }
4610                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4611                     return false;
4612                 }
4613                 final PhylogenyNode d = new PhylogenyNode( "n10_RAT1/1-2",
4614                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4615                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4616                     return false;
4617                 }
4618                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4619                     return false;
4620                 }
4621                 final PhylogenyNode e = new PhylogenyNode( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4622                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4623                     return false;
4624                 }
4625                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4626                     return false;
4627                 }
4628             }
4629             final PhylogenyNode n11 = new PhylogenyNode( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4630                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4631             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode n12 = new PhylogenyNode( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4641                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4642             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4652             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4653             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4669                 return false;
4670             }
4671             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4681                 return false;
4682             }
4683             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final PhylogenyNode n00 = new PhylogenyNode( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4696             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             final PhylogenyNode nx = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4721             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             final PhylogenyNode nx2 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4725             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             final PhylogenyNode n13 = new PhylogenyNode( "blah_12345/1-2",
4729                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4730             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             final PhylogenyNode n14 = new PhylogenyNode( "blah_12X45/1-2",
4737                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4738             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode n15 = new PhylogenyNode( "something_wicked[123]",
4745                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4746             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             final PhylogenyNode n16 = new PhylogenyNode( "something_wicked2[9]",
4756                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4757             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             final PhylogenyNode n17 = new PhylogenyNode( "something_wicked3[a]",
4767                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4768             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final PhylogenyNode n18 = new PhylogenyNode( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4775             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784         }
4785         catch ( final Exception e ) {
4786             e.printStackTrace( System.out );
4787             return false;
4788         }
4789         return true;
4790     }
4791
4792     private static boolean testNHXParsing() {
4793         try {
4794             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4795             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4796             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4800             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4801             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4805             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4806             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             final Phylogeny[] p3 = factory
4810                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4811                              new NHXParser() );
4812             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             final Phylogeny[] p4 = factory
4816                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4817                              new NHXParser() );
4818             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final Phylogeny[] p5 = factory
4822                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4823                              new NHXParser() );
4824             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4828             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4829             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4830             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4834             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4835             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4836             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4840             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4841             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4842             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4846             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final Phylogeny p10 = factory
4850                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4851                              new NHXParser() )[ 0 ];
4852             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855         }
4856         catch ( final Exception e ) {
4857             e.printStackTrace( System.out );
4858             return false;
4859         }
4860         return true;
4861     }
4862
4863     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4864         try {
4865             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4866             final NHXParser p = new NHXParser();
4867             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4868             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4872             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4882                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4901             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4902             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4903             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4907             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4908             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4909             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4913             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4914             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4915             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4919             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4920             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4921             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final Phylogeny p10 = factory
4925                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4926                              new NHXParser() )[ 0 ];
4927             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4928             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4932             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             //
4936             final Phylogeny p12 = factory
4937                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4938                              new NHXParser() )[ 0 ];
4939             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4940             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4944             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
4948             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
4952             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955         }
4956         catch ( final Exception e ) {
4957             e.printStackTrace( System.out );
4958             return false;
4959         }
4960         return true;
4961     }
4962
4963     private static boolean testPhylogenyBranch() {
4964         try {
4965             final PhylogenyNode a1 = new PhylogenyNode( "a" );
4966             final PhylogenyNode b1 = new PhylogenyNode( "b" );
4967             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
4968             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
4969             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
4973                 return false;
4974             }
4975             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
4979             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
4980             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
4981             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
4988             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997         }
4998         catch ( final Exception e ) {
4999             e.printStackTrace( System.out );
5000             return false;
5001         }
5002         return true;
5003     }
5004
5005     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5006         try {
5007             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5008             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5009             try {
5010                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5011             }
5012             catch ( final Exception e ) {
5013                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5014             }
5015             if ( xml_parser == null ) {
5016                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5017                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5018                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5019                 }
5020                 else {
5021                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5022                 }
5023             }
5024             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5025                                                               xml_parser );
5026             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5027                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5028                 return false;
5029             }
5030             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5034             PhylogenyNode n = null;
5035             Distribution d = null;
5036             n = t1.getNode( "root node" );
5037             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             d = n.getNodeData().getDistribution();
5044             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             if ( d.getPolygons() != null ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             n = t1.getNode( "node a" );
5069             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5076             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             if ( d.getPolygons() != null ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5086                 return false;
5087             }
5088             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             n = t1.getNode( "node bb" );
5101             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5108             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5133             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             p = d.getPolygons().get( 1 );
5155             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             // Roundtrip:
5168             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5169             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5170             if ( rt.length != 1 ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5174             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5175             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5179                 return false;
5180             }
5181             d = n.getNodeData().getDistribution();
5182             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             if ( d.getPolygons() != null ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5204                 return false;
5205             }
5206             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5207             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5214             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( d.getPolygons() != null ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5239             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5243                 return false;
5244             }
5245             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5246             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             p = d.getPolygons().get( 0 );
5271             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             p = d.getPolygons().get( 1 );
5293             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305         }
5306         catch ( final Exception e ) {
5307             e.printStackTrace( System.out );
5308             return false;
5309         }
5310         return true;
5311     }
5312
5313     private static boolean testPostOrderIterator() {
5314         try {
5315             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5316             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5317             PhylogenyNodeIterator it0;
5318             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5319                 it0.next();
5320             }
5321             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5322                 it0.next();
5323             }
5324             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5325             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5326             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( it.hasNext() ) {
5372                 return false;
5373             }
5374         }
5375         catch ( final Exception e ) {
5376             e.printStackTrace( System.out );
5377             return false;
5378         }
5379         return true;
5380     }
5381
5382     private static boolean testPreOrderIterator() {
5383         try {
5384             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5385             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5386             PhylogenyNodeIterator it0;
5387             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5388                 it0.next();
5389             }
5390             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5391                 it0.next();
5392             }
5393             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5394             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( it.hasNext() ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5419             it = t1.iteratorPreorder();
5420             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( it.hasNext() ) {
5466                 return false;
5467             }
5468         }
5469         catch ( final Exception e ) {
5470             e.printStackTrace( System.out );
5471             return false;
5472         }
5473         return true;
5474     }
5475
5476     private static boolean testPropertiesMap() {
5477         try {
5478             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5479             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5480             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5481             final Property p2 = new Property( "something:else",
5482                                               "?",
5483                                               "improbable:research",
5484                                               "xsd:decimal",
5485                                               AppliesTo.NODE );
5486             pm.addProperty( p0 );
5487             pm.addProperty( p1 );
5488             pm.addProperty( p2 );
5489             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5508             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5515                 return false;
5516             }
5517         }
5518         catch ( final Exception e ) {
5519             e.printStackTrace( System.out );
5520             return false;
5521         }
5522         return true;
5523     }
5524
5525     private static boolean testReIdMethods() {
5526         try {
5527             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5528             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5529             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5530             p.levelOrderReID();
5531             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5574                 return false;
5575             }
5576         }
5577         catch ( final Exception e ) {
5578             e.printStackTrace( System.out );
5579             return false;
5580         }
5581         return true;
5582     }
5583
5584     private static boolean testRerooting() {
5585         try {
5586             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5587             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5588                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5589             if ( !t1.isRooted() ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5593             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5594             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5595             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5596             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5597             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5598             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5599             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5600             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5601             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5602             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5603             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5604             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5605             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5606             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5607             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5608             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5609             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5610             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5611             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5612             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5613             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5614             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5615             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5616             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5617             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5618             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5619             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5620             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5639                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5640             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5641             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5642             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5643             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5644             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5645             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5646             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5647             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5648             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5649             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5650             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5651             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5652             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5653             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5654             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5655             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5656             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5657             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5658             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5659             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5660             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5661             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5662             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5663             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5664             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5665             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5666             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5667             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5668             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5669             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5670             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5671             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5672             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5673             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5674             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5675             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5676             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5677             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5678             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5679             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5680             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5681             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5682             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5683             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5684             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5685             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5692             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5699             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5709             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5719             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5726             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5733                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5734             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5735             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5745             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5755             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5762                 return false;
5763             }
5764         }
5765         catch ( final Exception e ) {
5766             e.printStackTrace( System.out );
5767             return false;
5768         }
5769         return true;
5770     }
5771
5772     private static boolean testSDIse() {
5773         try {
5774             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5775             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5776             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5777             gene1.setRooted( true );
5778             species1.setRooted( true );
5779             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5780             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             final Phylogeny species2 = factory
5784                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5785                              new NHXParser() )[ 0 ];
5786             final Phylogeny gene2 = factory
5787                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5788                              new NHXParser() )[ 0 ];
5789             species2.setRooted( true );
5790             gene2.setRooted( true );
5791             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5792             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5811                 return false;
5812             }
5813             final Phylogeny species3 = factory
5814                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5815                              new NHXParser() )[ 0 ];
5816             final Phylogeny gene3 = factory
5817                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5818                              new NHXParser() )[ 0 ];
5819             species3.setRooted( true );
5820             gene3.setRooted( true );
5821             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5822             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5823                 return false;
5824             }
5825             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5826                 return false;
5827             }
5828             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             final Phylogeny species4 = factory
5832                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5833                              new NHXParser() )[ 0 ];
5834             final Phylogeny gene4 = factory
5835                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5836                              new NHXParser() )[ 0 ];
5837             species4.setRooted( true );
5838             gene4.setRooted( true );
5839             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5840             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             final Phylogeny species5 = factory
5859                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5860                              new NHXParser() )[ 0 ];
5861             final Phylogeny gene5 = factory
5862                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5863                              new NHXParser() )[ 0 ];
5864             species5.setRooted( true );
5865             gene5.setRooted( true );
5866             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5867             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5886             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5887             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5888             final Phylogeny species6 = factory
5889                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5890                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5891                              new NHXParser() )[ 0 ];
5892             final Phylogeny gene6 = factory
5893                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5894                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5895                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5896                              new NHXParser() )[ 0 ];
5897             species6.setRooted( true );
5898             gene6.setRooted( true );
5899             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5900             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5901                 return false;
5902             }
5903             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5904                 return false;
5905             }
5906             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             sdi6.computeMappingCostL();
5928             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5938                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5939                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5940                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5941                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5942             species7.setRooted( true );
5943             final Phylogeny gene7_1 = Test
5944                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5945             gene7_1.setRooted( true );
5946             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
5947             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             final Phylogeny gene7_2 = Test
5975                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5976             gene7_2.setRooted( true );
5977             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
5978             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6006                 return false;
6007             }
6008         }
6009         catch ( final Exception e ) {
6010             return false;
6011         }
6012         return true;
6013     }
6014
6015     private static boolean testSDIunrooted() {
6016         try {
6017             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6018             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6019             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6020             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6021             PhylogenyBranch br = iter.next();
6022             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             br = iter.next();
6029             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6030                 return false;
6031             }
6032             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             br = iter.next();
6036             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             br = iter.next();
6043             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             br = iter.next();
6050             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             br = iter.next();
6057             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             br = iter.next();
6064             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6065                 return false;
6066             }
6067             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             br = iter.next();
6071             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             br = iter.next();
6078             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             br = iter.next();
6085             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6086                 return false;
6087             }
6088             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             br = iter.next();
6092             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             br = iter.next();
6099             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             br = iter.next();
6106             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             br = iter.next();
6113             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             br = iter.next();
6120             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( iter.hasNext() ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6130             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6131             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6132             br = iter1.next();
6133             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             br = iter1.next();
6140             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             br = iter1.next();
6147             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( iter1.hasNext() ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6157             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6158             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6159             br = iter2.next();
6160             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             br = iter2.next();
6167             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             br = iter2.next();
6174             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( iter2.hasNext() ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             final Phylogeny species0 = factory
6184                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6185                              new NHXParser() )[ 0 ];
6186             final Phylogeny gene1 = factory
6187                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6188                              new NHXParser() )[ 0 ];
6189             species0.setRooted( true );
6190             gene1.setRooted( true );
6191             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6192             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6193             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             final Phylogeny gene2 = factory
6209                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6210                              new NHXParser() )[ 0 ];
6211             gene2.setRooted( true );
6212             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6213             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             final Phylogeny species6 = factory
6229                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6230                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6231                              new NHXParser() )[ 0 ];
6232             final Phylogeny gene6 = factory
6233                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6234                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6235                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6236                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6237                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6238                              new NHXParser() )[ 0 ];
6239             species6.setRooted( true );
6240             gene6.setRooted( true );
6241             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6242             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             p6 = null;
6282             final Phylogeny species7 = factory
6283                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6284                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6285                              new NHXParser() )[ 0 ];
6286             final Phylogeny gene7 = factory
6287                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6288                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6289                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6290                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6291                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6292                              new NHXParser() )[ 0 ];
6293             species7.setRooted( true );
6294             gene7.setRooted( true );
6295             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6296             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             p7 = null;
6336             final Phylogeny species8 = factory
6337                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6338                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6339                              new NHXParser() )[ 0 ];
6340             final Phylogeny gene8 = factory
6341                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6342                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6343                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6344                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6345                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6346                              new NHXParser() )[ 0 ];
6347             species8.setRooted( true );
6348             gene8.setRooted( true );
6349             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6350             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             p8 = null;
6390         }
6391         catch ( final Exception e ) {
6392             e.printStackTrace( System.out );
6393             return false;
6394         }
6395         return true;
6396     }
6397
6398     private static boolean testSplit() {
6399         try {
6400             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6401             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6402             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6403             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6404             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6405             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6406             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6407             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6408             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6409             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6410             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6411             ex.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6412             ex.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6413             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6414             // System.out.println( s0.toString() );
6415             //
6416             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6417             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6418             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6419             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6423             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6424             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6425             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6426             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6427             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6428             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6429             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6430             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             //
6434             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6435             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6436             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6437             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6438             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             //
6442             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6443             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6444             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6445             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6446             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6447             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             //
6451             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6452             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6453             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6454             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6455             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6456             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             //
6460             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6461             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6462             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6463             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6464             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             //
6468             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6469             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6470             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6471             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             //
6475             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6476             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6477             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6478             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6479             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6480             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6481             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             //
6485             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6486             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6487             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6488             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6489             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             //
6493             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6494             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6495             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6496             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6497             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6498             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             //
6502             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6503             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6504             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6505             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             //
6509             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6510             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6511             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6512             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6513             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6514             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             //
6518             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6519             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6520             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6521             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6522             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6523             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6524             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             //
6528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6529             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6530             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6531             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6532             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             //
6536             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6537             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6538             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6539             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             //
6543             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6544             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6545             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6546             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             //
6550             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6551             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6552             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6553             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             //
6557             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6558             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6559             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6560             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             //
6564             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6565             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6566             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6567             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             //
6571             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6572             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6573             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6574             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             //
6578             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6579             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6580             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6581             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6582             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             //
6586             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6587             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6588             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6589             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6590             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             //
6594             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6595             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6596             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6597             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6598             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             //
6602             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6603             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6604             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6605             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6606             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6607             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             /////////
6611             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6612             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6613             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6614             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6615             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6616             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6617             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6618             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6619             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6620             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6621             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6622             //                return false;
6623             //            }
6624             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6625             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6626             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6627             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6628             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6629             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6630             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6631             //                return false;
6632             //            }
6633             //            //
6634             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6635             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6636             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6637             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6638             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6639             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6640             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6641             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6642             //                return false;
6643             //            }
6644             //            //
6645             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6646             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6647             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6648             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6649             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6650             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6651             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6652             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6653             //                return false;
6654             //            }
6655             //            //
6656             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6657             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6658             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6659             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6660             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6661             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6662             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6663             //                return false;
6664             //            }
6665             //            //
6666             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6667             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6668             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6671             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6672             //                return false;
6673             //            }
6674             //
6675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6676             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6677             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6678             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6679             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6680             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             //
6684             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6685             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6686             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6687             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6688             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6689             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             ///////////////////////////
6693             //
6694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6695             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6696             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6697             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6698             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6699             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             //
6703             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6704             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6705             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6706             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6707             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6708             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             //
6712             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6713             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6714             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6715             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6716             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6717             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             //
6721             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6722             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6723             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6724             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6725             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6726             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             //
6730             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6731             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6732             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6733             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6734             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6735             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             //
6739             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6740             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6741             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6742             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6743             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             //
6747             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6748             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6749             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6750             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6751             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6752             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //
6757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6758             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6759             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6760             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6761             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6762             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6763             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             //
6767             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6768             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6769             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6770             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6771             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6772             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6773             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             //
6777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6778             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6779             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6780             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6781             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6782             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6783             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6784             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787         }
6788         catch ( final Exception e ) {
6789             e.printStackTrace();
6790             return false;
6791         }
6792         return true;
6793     }
6794
6795     private static boolean testSplitStrict() {
6796         try {
6797             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6798             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6799             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6800             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6801             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6802             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6803             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6804             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6805             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6806             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6807             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6808             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6809             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6810             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6811             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6815             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6816             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6817             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6818             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6819             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6820             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6821             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6822             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             //
6826             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6827             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6828             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6829             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6830             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             //
6834             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6835             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6836             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6837             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6838             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6839             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             //
6843             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6844             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6845             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6846             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6847             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6848             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6849                 return false;
6850             }
6851             //
6852             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6853             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6854             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6855             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6856             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             //
6860             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6861             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6862             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6863             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             //
6867             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6868             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6869             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6870             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6871             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6872             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6873             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6874                 return false;
6875             }
6876             //
6877             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6878             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6879             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6880             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6881             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             //
6885             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6886             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6887             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6888             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6889             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6890             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6891                 return false;
6892             }
6893             //
6894             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6895             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6896             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6897             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             //
6901             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6903             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6904             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6905             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6906             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             //
6910             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6911             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6912             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6913             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6914             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6915             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6916             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6922             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6923             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6924             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             //
6928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6929             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6930             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6931             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             //
6935             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6936             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6937             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6938             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             //
6942             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6943             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6944             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6945             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             //
6949             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6950             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6951             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6958             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6959             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             //
6963             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6964             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6965             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6966             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             //
6970             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6971             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6972             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6973             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6974             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             //
6978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6979             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6980             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6981             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6982             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             //
6986             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6987             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6988             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6989             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6990             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6996             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6997             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6998             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6999             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002         }
7003         catch ( final Exception e ) {
7004             e.printStackTrace();
7005             return false;
7006         }
7007         return true;
7008     }
7009
7010     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7011         try {
7012             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7013             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7014             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7015             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             t1.toNewHampshireX();
7019             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7020             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             t1.toNewHampshireX();
7024             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7025             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             t1.toNewHampshireX();
7029             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7030             t1.toNewHampshireX();
7031             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7035             t1.toNewHampshireX();
7036             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7040             t1.toNewHampshireX();
7041             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7045             t1.toNewHampshireX();
7046             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7050             t1.toNewHampshireX();
7051             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7055             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             if ( !t1.isEmpty() ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7062             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7063             t2.toNewHampshireX();
7064             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7068             t2.toNewHampshireX();
7069             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7073             t2.toNewHampshireX();
7074             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7075                 return false;
7076             }
7077         }
7078         catch ( final Exception e ) {
7079             e.printStackTrace( System.out );
7080             return false;
7081         }
7082         return true;
7083     }
7084
7085     private static boolean testSupportCount() {
7086         try {
7087             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7088             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7089             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7090                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7091                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7092                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7093                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7094                                                               new NHXParser() );
7095             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7096             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7097             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7098                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7099                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7100                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7101                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7102                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7103                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7104                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7105                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7106                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7107                                                               new NHXParser() );
7108             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7109             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7110             while ( it.hasNext() ) {
7111                 final PhylogenyNode n = it.next();
7112                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7113                     return false;
7114                 }
7115             }
7116             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7117             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7118                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7119             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7120             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7121             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7149                 return false;
7150             }
7151             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7152             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7153                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7154             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7155             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7156             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7187             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7188             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7189             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7193             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7194             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7195             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7199             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7200             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7201             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7205             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7206             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7207             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7208                 return false;
7209             }
7210         }
7211         catch ( final Exception e ) {
7212             e.printStackTrace( System.out );
7213             return false;
7214         }
7215         return true;
7216     }
7217
7218     private static boolean testSupportTransfer() {
7219         try {
7220             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7221             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7222                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7223             final Phylogeny p2 = factory
7224                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7225             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7232             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7233             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7255                 return false;
7256             }
7257         }
7258         catch ( final Exception e ) {
7259             e.printStackTrace( System.out );
7260             return false;
7261         }
7262         return true;
7263     }
7264
7265     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7266         try {
7267             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7268             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7269             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7270             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7271             s0.setRooted( true );
7272             g0.setRooted( true );
7273             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7274             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7275                 return false;
7276             }
7277             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7278                 return false;
7279             }
7280             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7284             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7285             g0.setRooted( true );
7286             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7287             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7297             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7298             g0.setRooted( true );
7299             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7300             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7310             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7311             g0.setRooted( true );
7312             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7313             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7323             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7324             g0.setRooted( true );
7325             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7326             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7327                 return false;
7328             }
7329             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7333                 return false;
7334             }
7335             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7336             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7337             g0.setRooted( true );
7338             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7339             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7349             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7350             g0.setRooted( true );
7351             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7352             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7359                 return false;
7360             }
7361             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7362                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7363                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7364                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7365             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7366             s0.setRooted( true );
7367             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7368                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7369                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7370                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7371             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7372             g0.setRooted( true );
7373             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7374             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7390                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7391                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7392                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7393             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7394             g0.setRooted( true );
7395             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7396             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7412                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7413                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7414                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7415             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7416             g0.setRooted( true );
7417             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7418             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7434                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7435                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7436                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7437             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7438             g0.setRooted( true );
7439             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7440             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7456             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7457             g0.setRooted( true );
7458             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7459             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7469             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7470             g0.setRooted( true );
7471             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7472             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7482                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7483                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7484                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7485             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7486             g0.setRooted( true );
7487             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7488             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7489                 return false;
7490             }
7491             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7510                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7511                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7512                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7513             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7514             g0.setRooted( true );
7515             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7516             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7538                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7539                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7540                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7541             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7542             g0.setRooted( true );
7543             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7544             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7566                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7567                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7568                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7569             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7570             g0.setRooted( true );
7571             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7572             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7594                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7595                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7596                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7597             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7598             s0.setRooted( true );
7599             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7600                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7601                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7602                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7603             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7604             g0.setRooted( true );
7605             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7606             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612         }
7613         catch ( final Exception e ) {
7614             e.printStackTrace( System.out );
7615             return false;
7616         }
7617         return true;
7618     }
7619
7620     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7621         try {
7622             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7623                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7624             if ( results.size() != 1 ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             results = null;
7643             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7644             if ( results.size() != 1 ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             results = null;
7663             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7664             if ( results.size() != 1 ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             results = null;
7683             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7684             if ( results.size() != 1 ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) {
7709                 return false;
7710             }
7711         }
7712         catch ( final Exception e ) {
7713             System.out.println();
7714             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7715             e.printStackTrace( System.out );
7716             return false;
7717         }
7718         return true;
7719     }
7720
7721     private static boolean testWabiTxSearch() {
7722         try {
7723             String result = "";
7724             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7725             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7726             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7730             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7734             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7738             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7742             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7746             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7750             queries.add( "Campylobacter coli" );
7751             queries.add( "Escherichia coli" );
7752             queries.add( "Arabidopsis" );
7753             queries.add( "Trichoplax" );
7754             queries.add( "Samanea saman" );
7755             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7756             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7757             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7758             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7759             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7760             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7761             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7762             ranks.add( RANKS.GENUS );
7763             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7764             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7765             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7766             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7767         }
7768         catch ( final Exception e ) {
7769             System.out.println();
7770             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7771             e.printStackTrace( System.out );
7772             return false;
7773         }
7774         return true;
7775     }
7776
7777     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7778         try {
7779             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7780             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7793             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7797             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7801             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804         }
7805         catch ( final Exception e ) {
7806             e.printStackTrace();
7807             return false;
7808         }
7809         return true;
7810     }
7811
7812     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7813         try {
7814             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7815             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7822             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7826                 return false;
7827             }
7828         }
7829         catch ( final Exception e ) {
7830             e.printStackTrace();
7831             return false;
7832         }
7833         return true;
7834     }
7835
7836     private static boolean testFastaParser() {
7837         try {
7838             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7845             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7861                 return false;
7862             }
7863         }
7864         catch ( final Exception e ) {
7865             e.printStackTrace();
7866             return false;
7867         }
7868         return true;
7869     }
7870
7871     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7872         try {
7873             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7874             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7875             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
7876             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7877             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7878             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7879             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7880             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7881             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7882             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7892             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7902             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7909                 return false;
7910             }
7911         }
7912         catch ( final Exception e ) {
7913             e.printStackTrace();
7914             return false;
7915         }
7916         return true;
7917     }
7918
7919     private static boolean testMafft() {
7920         try {
7921             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7922             opts.add( "--maxiterate" );
7923             opts.add( "1000" );
7924             opts.add( "--localpair" );
7925             opts.add( "--quiet" );
7926             Msa msa = null;
7927             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
7928             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
7929             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932         }
7933         catch ( final Exception e ) {
7934             e.printStackTrace( System.out );
7935             return false;
7936         }
7937         return true;
7938     }
7939 }